4XMAA

Crystal structure of the k499g mutant of nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALGSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase B
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 tigr4
total genus 200
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xmaA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xmaA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xmaA02
4M3CB 1OKQA 3WV6A 1IS4A 3USUB 3N7JA 1BYHA 3N35A 2NYYA 4CTEA 3O5SA 1INFA 2GALA 1AXZA 4DQAA 2NMNA 4QN5A 5B2DA 1JBCA 3AZWA 4ZKTB 6NN9A 1SBEA 1USRA 3HN1A 4XBQA 1QU0A 2DTYA 4UW6A 3POSA 3ZSJA 5EXOA 1Q8OA 1YI7A 1LEDA 1EPWA 1IS5A 3WDXA 3AP5A 4KBBA 3B69A 4Y22B 5GZGA 5IK4A 2R16A 3WLUA 1LHVA 4KS1A 3V0AA 2CWMA 1W21A 3AZVA 5DG1A 2D3PA 4CZSA 1V00A 3GVLA 3POYA 2FHRA 1SBFA 4GXLA 4KS2A 4FP2A 3AJYA 1BKZA 1Z4XA 1N3OA 4YM0A 2ZGPA 3OPZA 2AREA 1QOTA 1LOFC 4DS0A 5JLVA 4BLJA 2QWFA 1VIWB 2TEPA 4H55A 3W59A 1Q8VA 4XILA 4P9XA 1AJOA 1CESA 2JDZA 3ZXFA 4BLIA 4FJ6A 3K3AA 4YM2A 2H0BA 3IPVA 1U0AA 3SITA 1W6MB 3SALA 4LBKA 1DFQA 1AXYA 1O4ZA 2PHWA 2WT2A 2HT7A 1JUIA 4DGRA 5DZEA 3ILNA 1CR7A 1V6LA 2OUJA 2WNEA 4RL7A 2ZGLA 1MS5A 1BZWA 3CL0A 1S1AA 2YA8A 4GKYA 5DUUA 4ISRA 1UZZA 4WA5A 4FPKA 1MWEA 4Y1XA 3HMYA 4K21A 1LECA 3BTAA 3AXDA 3WDTA 1FNYA 4Y24A 3TIAA 3DUIA 3A72A 1GZWA 4KS4A 1W6OB 2AEQA 1N1YA 2A3WA 3AJZA 4K1KA 5HCAA 2AENA 3LSDA 2D7FA 2P2KA 2LTNA 5GLZA 5H9SA 2QWGA 2A71A 2EXHA 1RIRA 4CPLA 3SLIA 4R9CA 3N7MA 1YRZA 5EWSA 3V65A 4UW4A 1QMJA 3H0OA 2R0HA 4M3MA 2JE7A 3T1LA 4Q27A 2P37A 2A6ZA 4Q6KA 4K1YA 1UL9A 4XE9A 2VU9A 4NO4A 1RINA 1S0CA 4IQPA 3CL2A 3IMNA 1KITA 4WZFA 2W38A 2NP0A 2ZMNA 3R4UA 3O0VA 2ZBJA 1IVBA 2BF6A 1QKQA 4FPHA 3WUCA 3MW3A 1CIWA 1FX5A 2YXSA 1MS1A 1R1ZA 4GDJA 4K1IA 1UKGA 5FRAA 2ZHMA 2VVZA 4GA9A 3AYEA 4WV8A 4FPFA 4W65A 1V2IA 4UW3A 1SCRA 5E8AA 2ZHLA 4I00A 2WKKA 1G9AA 2F29A 5GALA 1SLTA 3R4SA 1WCQA 1C57A 2VSMA 2AH2A 4Q8LA 1DQ0A 5KXDA 2F13A 3OY8B 2PHUA 4KS5A 1Z4WA 3CYEA 1DQ1A 2F10A 4B7MA 2CWSA 4Q1PA 1GZ9A 2A6WA 3BEQA 1B9TA 2DVFA 4XXAA 2ZMKA 5T5OA 1KJRA 1ENQA 2JE9A 2A6YA 3O12A 1TEIA 4ASMB 4TYSA 4YG3A 4M4UA 4AGVA 4AVSA 4FPEA 1KRIA 3PVOA 4K1JA 2ZABA 4AWDA 4X6KA 5EYXA 3NV4A 2W5NA 3I4IA 3H72A 4MC7A 4LBQA 4P9YA 2YA5A 1LEMA 3AP6A 3ILFA 1X50A 4HZVA 1F8DA 3B01A 4LBOA 4HANA 4FOYA 1WCSA 1F8EA 1NNAA 1MS3A 5EYYA 3QCWA 1IVEA 2CTVA 5HCBA 2R1BA 5JDBA 1DQ2A 3U4XA 2ERFA 3MPPG 4R9BA 3RRDA 2QWBA 7NN9A 1PZ9A 5T50A 2HTWA 2SILA 1MS8A 3W09A 1EUTA 2CY6A 3V64A 4YGDA 4MJVA 1W0OA 4XMAA 5T5PA 1L7HA 2B8HA 1JHNA 2JKBA 5IK7A 1NNBA 1NMCA 4DFSA 1GANA 4YW5A 3OYWA 4DRRA 1DYKA 2D6LX 4XHBA 5H9RA 4GEZA 4ISQA 4OZXA 1W6NB 4MWWA 1ENSA 3B3QE 2ZACA 2ZAAA 2NM1A 2D6PA 4B7QA 4ATEA 3FUQA 1EURA 1MVEA 3K36A 2GMEA 2UURA 3FUOA 3RQ0A 1ENRA 2UWCA 4FPYA 5T5LA 4M4NA 2XZJA 4XJWA 3ASIA 1WLCA 3AK0A 1CPMA 1A4GA 4GWNA 1N1SA 1NCBN 1ULCA 1VAMA 2W52A 1URXA 5JYYA 3TB0A 2YA6A 5CBLA 1S0JA 3ATGA 1I3HA 1G7YA 4X47A 2OVUA 2R1DA 1G9DA 3A4UA 1W0PA 1AX1A 4K20A 1F9KA 5DZGA 5SV8A 1W20A 3NV1A 4QN4A 5GLUA 3TI6A 4DRVA 1SO7A 5GLWA 2A70A 3R05A 4LBJA 2HTUA 1N1VA 1UX6A 1N1TA 4QNPA 1LGNA 4GJTA 2GN3A 3AP4A 1NCAN 4QN3A 1CONA 2CL2A 3M3QA 1ZA4A 1AZDA 4NCSA 4YM3A 2XZKA 1ULGA 2HU0A 2DV9A 2A75A 4XIKA 1B9VA 3D4KA 1AF9A 4FPCA 4HL0A 5IK8A 1QOOA 3B7EA 1ULDA 1UN1A 3Q9OA 2DUQA 5JMCA 4YW3A 1W8NA 4Y26A 2OW4A 1N3PA 1DHKB 2UWAA 4X49A 1GSLA 1MS9A 4YG6A 2C4LA 3JU4A 3BOPA 3V0BB 3WCSA 1V3CA 4FOWA 1B9SA 3JU9A 2BATA 3K39A 1CJPA 2BQPA 1MZ6A 5GJ6A 1LCLA 3FLRA 1WW6A 4YW2A 1WW5A 1JOJA 2KM2A 4YM1A 1S0EA 5FREA 1VCUA 2QWEA 4MWQA 2SIMA 3B00A 1XOEA 5JOWA 1UMZA 4CPOA 5IT6A 3LSEA 4MWVA 3WUDA 5HX0A 3O0XA 1WBLA 2AR6A 4P9WA 4J9TA 3RSJA 1LJ7A 3TI5A 1V3EA 3AYCA 4M00A 3ILRA 1F8CA 4BM8A 1USXA 1QDOA 2ZHNA 4Y1UA 2QWDA 1H9WA 4MWYA 1FV3A 3WG3A 5GZDA 1NMAN 2WQZC 1G86A 3SH3A 3ZSKA 1FATA 4X4AA 2P3JA 2WSVA 4C1WA 1IVGA 4XJZA 2ZB6A 3K38A 1YO8A 3SNMA 3CNAA 2XZIA 2VXRA 3KQRA 1L7GA 1IS6A 4TZDA 3VKNA 1W6PA 3PVNA 1SCSA 1W8OA 3NWKA 1LOBA 1D2SA 1Z50A 3A0KA 2EXIA 2D43A 1IOAA 3PVEA 3GVKA 2GN7A 3BIWE 1W6QA 1WW7A 3APBA 1NCDN 2EIGA 4FOQA 1UZYA 5LK5A 2D6OX 5CA6A 1SLCA 5T52A 3D12A 1QNYA 4AVTA 2JJ6A 5GLTA 4PBOA 1F8BA 4PQ9A 1S0GA 3CKZA 4XTMA 3OBRA 4BMEA 4XJAA 2E6VA 4XXPA 5H9PA 4Y20B 1V0EA 4MWJA 2BERA 3N7LA 4Y1VA 5GZEA 2DYCA 3D5OA 2DTWA 4PCRA 1NSCA 4YW4A 1N47A 4H53A 2DURA 2VH9A 4D8SA 5NN9A 4Z8BA 1AXKA 2W68A 3AP7A 1AX2A 5B2CA 2DUOA 2JECA 2AUYA 4AGRA 5HCFA 4M3CA 2ENRA 4FP3A 2XCYA 1VLNA 1LULA 3SANA 4GKXA 2Q5TA 3ENRA 2ZGQA 5L73A 1QGLA 4YZ4A 1LESA 2P3KA 1MS0A 2A7AA 2D6MA 3JUUA 1L7FA 3TAYA 1LU2A 3AZXA 2HT8A 3AX4A 3SH4A 1LHOA 4BQ1A 3OBTA 4GZSA 2HTRA 4XJQA 1IS3A 4CRQA 4XTPA 1Z78A 4I30A 1DQ5A 4Y22A 4XJ8A 5JVVA 1V6NA 3I8TA 3WDUA 2HTQA 2EALA 1MS4A 2UU8A 1HLCA 4C1XA 2A3XA 4FPOB 1NXD1 1YXWA 4Q1RA 1NMBN 3SILA 2AGSA 1DZQA 1MR5A 1ULEA 4LBQD 1IKPA 4UW5A 3V0AB 4CPNA 3WG1A 1OQ1A 5H9QA 2I2SA 2ZKNA 1GNZA 2YA4A 1SNTA 4YG0A 1F31A 2P34A 4DPNA 1A78A 4LBNA 1YYNA 5T5JA 2ZGOA 1V3DA 4FVKA 2VW1A 4L8QA 1JN2P 2D3RA 1INVA 1QOSA 1CPNA 1LHUA 1Q8QA 1W6MA 5HUNA 1OFSA 4M01A 1O4YA 2D44A 3POWA 1KQRA 4PF5A 2GNDA 3VKFC 3N7KA 1MACA 1BJQA 4FOVA 1FV2A 4BOWA 1MZ5A 1GKBA 3IPVB 3O9JA 1Q8PA 4BMBA 2SBAA 1BQPA 4XHXA 1INHA 1SLLA 4FPLA 5JOZA 2ZZJA 5M1ZA 2R0FA 2YROA 4GZOA 3TIBA 3N36A 2R49A 1W6OA 3AYAA 5F9TA 2VK6A 4XOGA 2AYHA 2GMMA 1WUVA 2E7TA 4H52A 3O0WA 2DU0A 3NSSA 2G4IA 3K37A 2YY1A 4F83A 5HUKA 1W6PB 2F12A 1EUUA 3FFZA 1GZWB 1S0DA 2WT1A 5GZFA 1V6KA 1LOEA 2YMZA 3UJQA 2F25A 4GWMA 3KM5A 2WJSA 4Y1YA 3IKWA 3AP9A 4YFWA 4B7JA 5E88A 1Y7BA 3ZXKA 5F5QA 4YZ5A 3ZSLA 2ZB5A 1SLAA 4MWXA 1INYA 4XBLA 1V0FA 5T54A 2EF6A 3M3EA 3WG2A 1V6IA 1LGCA 4Q26A 1LHWA 4GZTA 2W08A 3WVJA 1S0IA 2D6KA 4M3CE 3NV2A 2ZA9A 2A6VA 4M4VA 2C4AA 2PELA 3W58A 1WLWA 1BXHA 3TI4A 4ZXKA 1V6MA 4BPZA 4Q8KA 2NN8A 1FNZA 1GLHA 5DUXA 3WZ1A 5DUWA 4GB1A 4HIZA 3UJOA 2F11A 4XZPA 1JW6A 1H30A 2QWCA 2RHPA 3OY8A 2VWDA 4WEFA 3MW4A 4XMIA 2QWHA 4JRAA 1G9FA 1E8UA 4XDQA 3AXEA 5DXDA 1DYPA 1SBDA 4GZPA 2GDFA 3ALXA 1KJLA 1INXA 2OUHA 1WD3A 1D0HA 3VV1A 3H71A 5E89A 2PHTA 1A8DA 2NMOA 1FYUA 3VKLA 2B7YA 1VALA 4RA0A 1LENA 1RITA 2HTYA 4GZQA 1LOGA 1NLSA 4HZYA 2VK7A 3WDVA 1XOGA 3DGTA 2CMLA 1ZM1A 1W1XA 1DIWA 2NZ9A 4AYUA 1A3KA 3MEPA 3WHUA 4MWUA 1IKQA 1INGA 4BBWA 4NOTA 4JC1A 4K3YA 4K1ZA 1YIFA 2YDTA 2QWAA 1HQLA 2HYKA 2DU1A 5GZCA 1JYCA 1A4QA 4LBQB 1S0BA 5DZFA 2XB6C 1ONAA 2ES3A 4FZHA 2YDPA 4YZ3A 3SH5A 2ZHKA 4JCKA 1NNCA 4WEGA 3INAA 2P3IA 4LBMA 1G9BA 4Q2FA 3WNXA 4MZAA 1GV9A 1C1FA 2VSKA 1Z4ZA 4PBPA 4YLZA 2X9MA 4LBLA 1SACA 1Z0HA 4YZ1A 2D6NA 2WSUA 1NCCN 5KXEA 1I1EA 1DQ6A 2DVBA 2F24A 2HU4A 4FQZA 4GZXA 1W6NA 3HR9A 1SLBA 5KXBA 1HQWA 5KXCA 3FLPA 3OYWB 1WLDA 4YGCA 4WA4A 2ZGSA 2CNAA 4ATFA 2ZGKA 4U2AA 2DVGA 1VCJA 1DGLA 1LOFA 1BJIA 3NV3A 2W20A 1E8VA 4Y1ZA 4B7RA 5CAZA 3ZXEA 4NN9A 3RG0A 5IK5A 5CNAA 3AZZA 1LOAA 2VK5A 5DG2A 1GBGA 3A0NA 1DLLA 2DVAA 3OJBA 3LCPA 5GLVA 1ULFA 4MZEA 3T1EA 2F28A 4M3CF 4R9AA 4QN6A 3WDWA 2PHXA 2SLIA 3ZVXA 1FAYA 1NSDA 1DQ4A 4CPYA 1V6OA 1PZ7A 2DVDA 3USUA 3FBYA 4FVVA 2GNBA 3H6JA 1QDCA 1V3BA 1APNA 2WLQA 1IVCA 1WBFA 2A5ZA 1IVDA 4B7NA 2ZGTA 2HTVA 4HZWA 5JOXA 4WVVA 3D11A 2ARBA 4MX0A 1S0FA 3TI8A 3WCRA 5CB7A 1LOCA 1MVQA 4FPJA 2EXKA 1HDKA 4AVVA 1UAIA 4MJUA 2D3SA 4XYXA 1KDKA 2VW2A 3PJQA 2YZ4A 4WA3A 4YZ2A 3FLTA 3PMEA 1CN1A 3L2YA 1Z4YA 2YV8A 2BZDA 2ZMLA 3V0BA 3C2UA 2W39A 1N3QA 1GYKA 3MW2A 1Q56A 3VKMA 3M1HA 2V73A 1INWA 3N3HA 3BODA 3RMXA 3IM0A 4U36A 1V6JA 1E8TA 1DIMA 3A71A 4YFZA 2F26A 3TI3A 4QN7A 4YW1A 3GVJA 3AFKA 2QWJA 2Z42A 3AZYA 2GMPA 1AVBA 1NSBA 3WDYA 2W5OA 2XG3A 4YGEA 1F5FA 2QWKA 2DUPA 2GNTA 3D6EA 2AEPA 1J1TA 4XJRA 2ZGNA 2A6XA 2V5YA 4XJ9A 3WG4A 2ZGUA 1A14N 2F27A 3H73A 3O9KA 2VY0A 3T1MA 3ZYRA 5IUQA 2JD4A 1GNHA 1LGBA 3RMYA 1JXNA 1AJKA 2LALA 5HUGA 1DILA 4GDIA 4UF7A 3B9CA 3QLQA 2E7QA 3T2TA 3TICA 4P14A 3OGGA 3ZXJA 3ALWA 2C5DA 3ZSMA 5GM0A 1CVNA 1KDMA 3ZXLA 4MWRA 5HUMA 4K1HA 2ZGMA 2CYFA 1Z4VA 1NN2A 4MYEA 5DUVA 1C1LA 1LODA 1HKDA 4HZZA 3INBA 1WW4A 4CPMA 2F0ZA 4FQ4A 4XIOA 1V0ZA 4GALA 4AGGA 4MWLA 3UK9A 5T55A 1LU1A 3AYDA 1IVFA 1CQ9A 1QF3A 4WVWA 2PHRA 4SLIA 2WT0A 2A3YA 4NC5A 3M2MA 2RKCA 1B09A 1W6QB 4FPGA 1H9PA 1AX0A 5JOYA 4JF7A 4XBNA 2EAKA 3WOGA 1PZ8A 1G9CA 2ZGRA 1UPSA 2EXJA 2HT5A 3SISA 4YGBA 2E53A 5BYNA 2YA7A 2ARXA 3NN9A 2PHFA 1C4RA 1VAVA 1SFYA 4Y20A 4CPZA 4KS3A 2E51A 1GICA 2FMDA 3GALA 1JYIA 4D69A 3M3OA 3M3CA 2QWIA 1QNWA 3VKOA 1XQNA 4XJUA 2C9AA 4HZXA 2VUAA 1SLIA 3GNEA 3WHTA 3ZPYA 3RS6A 3UL2A 1WD4A 2GNMA 3IN9A 1LTEA 1GZCA 1G8WA 5AVAA 1DBNA 4ITCA 2DWRA 1EUSA 3VUOA 4R9DA 1Q8SA 2VW0A 4GZWA 1LHNA 2UWBA 3ZYPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TYJA 2BNOA 4M3CB 1OKQA 4QKBA 1IS4A 3USUB 3WV6A 3FVZA 3N7JA 1BYHA 4XQWA 5A70A 1SUUA 4PLOA 3N35A 2NYYA 4CTEA 5FWJA 1ZA7A 3E5UA 3O5SA 2WFPA 1O3QA 1INFA 1VBE3 2GALA 2OQ7A 4GN8A 1AXZA 1PX3A 5HI0A 2AEYA 1N6EA 2ZX4A 4AF9A 3WQ1A 1XYOA 1UMIA 4DQAA 2BGPA 4Z2WA 2JG8B 2NLRA 4AGIA 5K8SA 5FZMA 2NMNA 4BDVB 1RUC2 2B39A 4DZGA 4QN5A 5B2DA 2VZ1A 1JBCA 5LBEA 3BTYA 1STMA 3KCXA 4RYDA 3AZWA 5FUIA 1ZYBA 4ZKTB 1U5ZA 6NN9A 1SBEA 2W94A 3NNJA 4B7KA 2W1UA 1USRA 5A1FA 1FPN1 1OPOA 2R041 2Z69A 1AR91 3HN1A 2J1EA 1JMUB 3Q6PA 4BQ3A 4XBQA 1RJ7A 3S2KA 1QU0A 2DTYA 4UW6A 3POSA 3ZSJA 3B7MA 3Q8FA 5FDBA 3GBGA 3UT0A 5EXOA 4LO6B 1HRI3 4FAGA 1ZRFA 4J1XA 1Q8OA 1AR72 3OUIA 2XJUA 3TNPB 4BJ0A 3ZYIB 4BIFA 5HCHA 3AL6A 3S7IA 5FZ8A 3C7GA 1W2OA 5FKBA 5JZGC 2XGXA 4N53B 3RWNA 4YY8A 1YI7A 2XQRA 2GC3A 3PUAA 1LEDA 1EPWA 4CUCA 1IS5A 4A2UA 3KLSA 4XDOA 3WDXA 3AP5A 5DAXA 3SKVA 4IV1A 1JI6A 2ADEA 5DDJ2 4QXBA 4CEWA 4IMBA 4R40A 4KBBA 3PURA 4XFGA 3B69A 2PMWB 1AR82 4LJHA 4Y22B 3TRSB 1BVVA 5GX3A 3RWKX 5GZGA 5IK4A 1UOJA 2WFF1 3HAGA 2VOVA 4JGYB 4UFHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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