4XMIA

Crystal structure of the k499g mutant of nanb sialidase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
658
structure length
657
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALGSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
total genus 192
structure length 657
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xmiA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xmiA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xmiA02
2DWRA 3WLUA 1NLSA 1F8DA 3C2UA 2W5OA 2YMZA 1Q8SA 1C57A 1KQRA 1GV9A 4ITCA 3AZZA 2ZAAA 4R9DA 2A71A 5IT6A 2F13A 2W5NA 4D8SA 3ZXEA 3D12A 5GZCA 4FQ4A 3VV1A 3WUDA 4BMBA 5DUVA 4FPYA 4WVVA 4YFWA 2KM2A 4RA0A 3WHTA 2A3YA 3WG1A 3V0AB 4LBKA 3NV3A 4HZXA 4GDJA 2DURA 2VK7A 2AEQA 2GMEA 5KXEA 3IMNA 4MWLA 2BQPA 4KS3A 1JOJA 4FP3A 1WW7A 3PJQA 1A3KA 5GM0A 4KS2A 5DUXA 1WCSA 5LK5A 1FYUA 2XZIA 3OY8B 1YIFA 1LCLA 1Q56A 1H30A 3ILFA 3D5OA 3ALXA 2NP0A 2PHTA 4NOTA 3LSEA 1G9FA 3USUA 5KXCA 2ZHMA 4Q8LA 2YA7A 4Q6KA 3R4SA 1BJQA 3M1HA 1V00A 1A4QA 5IK7A 3BOPA 3B01A 3UJQA 1V2IA 4YZ1A 4MZEA 3MW3A 4XTPA 2D3SA 3HR9A 1GZWA 2AYHA 2ZZJA 4JC1A 2R1BA 1NNCA 2GNMA 2VH9A 2D3RA 2WLQA 2ES3A 1LU1A 1XQNA 4BLIA 2WQZC 4UW5A 3ZXLA 3WVJA 2ZGOA 2QWEA 1ZA4A 3QLQA 1WLCA 2P3JA 3PMEA 3ZSLA 3M3QA 2HU4A 3WNXA 4AYUA 2F26A 1WBLA 2EXKA 2CMLA 4FOWA 3SLIA 3USUB 2D6MA 1N1VA 1G86A 3WG4A 2AENA 3PVEA 3MPPG 4XMAA 2E7QA 4RL7A 3K3AA 3B3QE 4CPLA 4OZXA 1GZWB 4FVVA 4MX0A 3O9JA 4Z8BA 2VK6A 5F9TA 1MS4A 2E6VA 3INBA 3N7LA 1YXWA 1G9BA 2SLIA 1LOGA 4IQPA 1FNZA 3RMYA 3HMYA 2NZ9A 4GZOA 5JMCA 3WDWA 2CYFA 2QWCA 3TIBA 1AX2A 2HTRA 4FOVA 2ZABA 4GZSA 2F28A 5JOXA 1W6PB 4LBOA 2W39A 2F27A 4H52A 2Q5TA 1H9PA 2P3KA 1V3EA 5GLVA 2DU1A 4NC5A 2DUOA 2PELA 3M3EA 1QDCA 2WKKA 2PHWA 1DQ6A 4Y20B 1CIWA 2NMOA 1MACA 1IVBA 1S0GA 2A3WA 1INFA 5DXDA 1WLWA 2UWBA 1BYHA 4YW2A 4XXAA 3FBYA 1INGA 2FHRA 1V3BA 1AX0A 1V3DA 4Q1PA 5GZDA 2QWKA 4MZAA 3UK9A 1GNZA 1MS9A 1LJ7A 3MEPA 4M3CA 1DHKB 3AX4A 2GDFA 2YDTA 2AH2A 2OVUA 1Q8PA 5CB7A 2VW0A 1QMJA 4YGBA 4MJVA 4WEGA 1FATA 4H53A 4YM2A 3POSA 4XE9A 4LBLA 1B9SA 4LBMA 2ZGUA 5GLZA 4DS0A 2VXRA 3AYDA 1IKQA 3RSJA 3IM0A 2I2SA 1ULFA 4Q2FA 3W09A 1S1AA 4DQAA 2GMMA 3IPVB 1D2SA 1F8EA 4K1YA 4XJAA 1UKGA 2ZB6A 2R0FA 1GLHA 1YI7A 1QOSA 3CL2A 4CPZA 3O0XA 1S0JA 3FUQA 1IVDA 4XJQA 3I4IA 1N47A 4GKYA 1Z78A 4JF7A 1AJKA 1MZ5A 5HCFA 2QWFA 2NYYA 4X4AA 3VKLA 5KXDA 4MWWA 5HCAA 3H0OA 4GA9A 1W6MB 5H9SA 2UWAA 1A8DA 3AXEA 4GZWA 2A6VA 4XILA 3LCPA 2A75A 4FJ6A 1INXA 1DFQA 1E8TA 4YW3A 1QOOA 1WW4A 4GZTA 4XYXA 3BIWE 3OPZA 1XOEA 4WV8A 1AX1A 1SLLA 1SLTA 2A6XA 4B7NA 1I1EA 1VIWB 2A70A 4HZVA 1QDOA 1SBEA 4GZPA 4U2AA 3CKZA 2JD4A 4XHXA 1DIMA 1MS1A 1ENRA 5E89A 2VK5A 3AP7A 3NV1A 2DVDA 4B7JA 4DGRA 3SH5A 2CWMA 4Q27A 4FOQA 3RG0A 5E88A 1L7FA 1NMBN 1XOGA 3UJOA 1VAVA 1EURA 1JYIA 4MWYA 3ILNA 3A72A 3VKOA 1QNYA 4K21A 1GSLA 2VSKA 4B7RA 1V0FA 1INVA 4BM8A 4XHBA 1TEIA 2AR6A 4YG6A 1LTEA 3D11A 1RINA 2C4LA 4R9AA 5HUMA 1A4GA 1L7GA 4W65A 2DUPA 3BEQA 4JCKA 3JU4A 5JYYA 1NSDA 3INAA 1AXKA 4YGCA 3B00A 4XJRA 3ENRA 4YGDA 2E7TA 1MVEA 3TI3A 2VSMA 2CL2A 1X50A 1E8VA 1LHWA 2V5YA 2ZGMA 3TAYA 2VU9A 2YY1A 2YA6A 1V6LA 4LBQA 2HT8A 1LHUA 4FPEA 2GMPA 4CPOA 1IOAA 1S0EA 1Z50A 2YDPA 1LHVA 2VY0A 3ZXJA 3GNEA 4XBQA 4Y1UA 3TB0A 1Z4WA 2D3PA 2ZGRA 1SCSA 2VW1A 1AZDA 1WD3A 1ULGA 1URXA 1FV3A 1CQ9A 2CNAA 3N3HA 5T5LA 1JYCA 4P9WA 1NCAN 2R1DA 2SIMA 3V64A 1LHOA 2JE9A 1VAMA 4ISRA 5IK4A 2DU0A 4GZXA 2QWDA 4MWXA 3V0BB 5CA6A 2VUAA 1UL9A 5EXOA 1MS5A 1N1TA 4TYSA 2D7FA 1ENSA 4KBBA 4MWQA 1S0IA 3WG2A 1Z4XA 3WDXA 4LBNA 4KS1A 1ZM1A 1VALA 2WT1A 1PZ9A 1SLIA 3ZSKA 4QNPA 3AFKA 1W0OA 4JRAA 4XTMA 1BXHA 2W38A 4YG0A 3SNMA 4QN7A 2F0ZA 1U0AA 4Y1VA 2ZACA 1CPMA 3FUOA 4AGRA 5E8AA 3ILRA 4XIOA 3D4KA 1F8CA 1S0BA 1E8UA 5FRAA 3BODA 2F10A 5IK8A 1NSBA 2ZBJA 4PBPA 4XXPA 2HTUA 1LGBA 1GKBA 4XBNA 1F31A 2EXIA 2YA8A 4GXLA 3ATGA 4Q26A 3AZVA 1EUUA 2GALA 1Z4ZA 4HZYA 2P34A 1NCCN 3OYWA 1LOEA 1UPSA 1GANA 3WV6A 3H73A 5KXBA 1R1ZA 1LHNA 1V3CA 4Y22A 4WA3A 4ASMB 1W0PA 1W1XA 5F5QA 5HUNA 2D6PA 1JHNA 3AXDA 1DYPA 3SALA 3ZPYA 3HN1A 4GALA 2A6WA 2ZGTA 2DUQA 2DV9A 1LECA 1Q8QA 2ZMLA 1G8WA 1NSCA 4XJZA 4BQ1A 4XOGA 1C4RA 3BTAA 4NCSA 3O5SA 1KRIA 1F9KA 2A3XA 1DBNA 4HZWA 4K1JA 3PVNA 4MWVA 5FREA 5B2CA 3OYWB 5CAZA 2HU0A 3AYCA 1GZ9A 3NWKA 3WUCA 4YW4A 4C1XA 1SNTA 3CL0A 4YZ3A 4AVVA 2E51A 3AYEA 4U36A 4FPLA 2F29A 3ZXFA 5B2DA 5CNAA 4Y26A 2VVZA 4TZDA 2HTYA 3R4UA 3APBA 4C1WA 3TIAA 4L8QA 3R05A 5HX0A 1WBFA 2WT0A 2HTVA 3AK0A 3JUUA 4UW3A 3WDTA 1B9TA 1CONA 7NN9A 2YA5A 4MWJA 1QOTA 3ZSJA 2YV8A 2XG3A 4NO4A 2XCYA 4Q8KA 1W6QA 1MS0A 1V0EA 4LBQD 1KJLA 1IS4A 1GZCA 3ZYPA 4PF5A 3MW4A 2BF6A 3T1LA 2OW4A 2RHPA 3AJYA 4FPJA 5GALA 5GJ6A 1QKQA 3AZXA 4XJ8A 3DUIA 1BZWA 4DRVA 1CVNA 4M01A 1LGCA 5CBLA 1ENQA 5L73A 1PZ8A 1KJRA 2F25A 5GLWA 4LBJA 1SFYA 2YXSA 4FZHA 1KITA 1W6QB 4M3CB 3WHUA 2JE7A 1C1FA 2W20A 1AVBA 4MWUA 3ASIA 1APNA 2DYCA 3RRDA 2OUJA 3H6JA 4YGEA 4ZXKA 2W68A 4M00A 3O9KA 4R9BA 4Y1ZA 3WOGA 3FFZA 1KDKA 1LGNA 3SH3A 3K38A 1AF9A 1Z4YA 3LSDA 3AJZA 4M3MA 4CPYA 2QWHA 1D0HA 3ZYRA 6NN9A 4K1HA 3WDYA 1PZ7A 2BZDA 2P2KA 3CNAA 1V6OA 3AYAA 2CWSA 2D6NA 2AGSA 1ULDA 4M4UA 2OUHA 3AP5A 2AEPA 3TI8A 3A0NA 1F8BA 4FP2A 1RITA 2P3IA 1W8NA 2JDZA 3AP9A 4M4VA 1JN2P 4J9TA 2C4AA 1GYKA 3JU9A 2GN3A 1GICA 4FPKA 1INWA 2ERFA 4CZSA 1WW5A 1W6NA 5HCBA 3H71A 3QCWA 4YFZA 1G7YA 4PBOA 1MWEA 5GZFA 2LALA 3OGGA 3O12A 3N7KA 4XIKA 1RIRA 4X49A 3WCSA 1Y7BA 2LTNA 1JUIA 2DTYA 4MWRA 1JXNA 5EYXA 1UZYA 3N35A 1G9DA 2DVBA 1DLLA 2YA4A 2NM1A 4GEZA 4PCRA 3VKFC 4BLJA 4AGGA 5JOZA 1HQLA 1LOAA 1SO7A 4DPNA 2C5DA 2DVGA 1Z4VA 1EUTA 3ZXKA 2YROA 2AUYA 4YZ4A 4X47A 5NN9A 5T52A 1DQ0A 3W58A 1HQWA 1W6NB 2XZJA 3V0AA 3A4UA 1USRA 1VCJA 3AP4A 1JW6A 2VWDA 1UAIA 2GNDA 5HUKA 4HIZA 3WCRA 4BOWA 1SACA 4UW6A 1CESA 2D43A 3N7MA 3OY8A 3AZWA 4I00A 4BBWA 5T5OA 4CPNA 4YW1A 4M4NA 4M3CE 5T54A 1YO8A 1V6IA 1INYA 1O4YA 3OJBA 2D44A 1CPNA 3TICA 1MZ6A 3FLPA 4NN9A 4YZ5A 1OQ1A 2H0BA 3B9CA 5JOWA 4MYEA 4SLIA 2EAKA 4ATEA 5EWSA 4LBQB 2JECA 1SBFA 4ISQA 3K36A 3WDUA 1Q8OA 2SBAA 1MR5A 1LODA 2ZGKA 1IS5A 1OFSA 1HKDA 2HTWA 5T55A 4GKXA 1DQ1A 1AJOA 1NNAA 5T5PA 2ZHKA 2ZGPA 4K3YA 2A6YA 1BJIA 1N3OA 5SV8A 1IS6A 1S0FA 1YYNA 2ZGLA 1SCRA 1CN1A 3NV4A 4D69A 1BKZA 1UN1A 2BATA 3U4XA 1EPWA 1FAYA 1H9WA 2DVFA 2FMDA 2A5ZA 1L7HA 1LOFC 4GB1A 2X9MA 2A6ZA 3A71A 5DZFA 5H9PA 4FPGA 2F12A 4P9XA 4K1IA 3I8TA 5H9QA 1SLBA 1IS3A 3PVOA 1LENA 1QU0A 3M3OA 4YM3A 2WSVA 3NSSA 1B09A 1QGLA 4KS5A 3T2TA 4XBLA 3VUOA 2ZA9A 3WG3A 3O0VA 2EF6A 3AZYA 2B8HA 1W6PA 4B7MA 1VCUA 3CYEA 3ZVXA 1LU2A 5GLUA 1W8OA 3RS6A 4R9CA 2CY6A 1V6NA 2D6KA 3L2YA 1Q8VA 4GDIA 4XJWA 1W6OA 1NMAN 4FVKA 3W59A 5JLVA 4Y20A 4CPMA 4FPHA 1UX6A 1SBDA 3SH4A 3D6EA 2ZGNA 2F11A 5T50A 2ZB5A 3TI5A 1IVFA 1AXYA 1WLDA 2YZ4A 3IKWA 4YLZA 3WZ1A 1DGLA 4UW4A 1F5FA 5DZGA 3SITA 2XZKA 1DQ4A 1BQPA 1GNHA 4Y22B 4UF7A 2BERA 2R0HA 4QN5A 4QN4A 4GWNA 3N36A 1QNWA 1JBCA 4PQ9A 1EUSA 4WEFA 3UL2A 4Q1RA 1W6OB 4H55A 2EALA 4M3CF 1N3PA 2ENRA 1J1TA 1DILA 3T1MA 2D6OX 4YZ2A 2ZGQA 4GWMA 1IVCA 1KDMA 1N3QA 3B7EA 1UZZA 3VKMA 3A0KA 5GZEA 1DYKA 1V6KA 5M1ZA 1DIWA 4K1KA 2UU8A 2ZKNA 2HTQA 1V6JA 1NNBA 4YG3A 4GJTA 3IPVA 1FX5A 1UMZA 2QWIA 4MC7A 2JJ6A 2GN7A 1G9AA 5DG1A 2V73A 2SILA 3M2MA 2WJSA 4Y24A 3Q9OA 4XJ9A 1MS8A 1A14N 2GNTA 1NXD1 3M3CA 5H9RA 4YW5A 1INHA 2TEPA 1B9VA 3V65A 1VLNA 1OKQA 4P14A 2ARXA 2ZMNA 1DQ5A 4HZZA 3RMXA 1MVQA 1LOBA 5JVVA 3TI4A 4XJUA 1S0CA 2C9AA 1W6MA 2ZMKA 2A7AA 4WA4A 4AWDA 4AVTA 3DGTA 3SANA 2ZHLA 4HANA 1DZQA 3FLTA 5DZEA 5GZGA 2CTVA 4Y1YA 2WNEA 1WCQA 4WVWA 4KS4A 2EIGA 2GNBA 5EYYA 1QF3A 3GVKA 4FOYA 2QWAA 1CR7A 1S0DA 3IN9A 1HDKA 2DTWA 1HLCA 1O4ZA 1LEMA 1WD4A 2PHRA 4BMEA 2RKCA 3T1EA 3KQRA 2W52A 1LEDA 3K39A 1GBGA 1FV2A 4BPZA 2VW2A 1Z0HA 3SISA 4FPCA 4Y1XA 1N1SA 4ZKTB 3ALWA 1WW6A 2EXJA 2DVAA 4CRQA 5BYNA 4FQZA 3B69A 3N7JA 2WSUA 3POWA 4QN3A 3GVJA 2PHUA 2XB6C 5DUUA 1IVEA 4MJUA 3RQ0A 5GLTA 1NCDN 1ULCA 2QWBA 2QWGA 3OBTA 4WA5A 3NV2A 2QWJA 1V0ZA 5AVAA 3MW2A 1WUVA 2HYKA 4XMIA 1FNYA 1G9CA 3GALA 2PHFA 1LOFA 4B7QA 1DQ2A 3WDVA 4ATFA 1SLCA 1LULA 4HL0A 2ZGSA 1W20A 3OBRA 2JKBA 3FLRA 2NN8A 5DUWA 3H72A 1NN2A 4WZFA 3AP6A 3KM5A 5DG2A 1ULEA 5JDBA 1ONAA 4YM1A 4X6KA 1IVGA 3NN9A 2W08A 4AVSA 1W21A 2HT5A 3O0WA 1LOCA 1YRZA 2R49A 1LESA 5HUGA 4XZPA 1NCBN 3TI6A 1C1LA 2NMNA 4DFSA 3GVLA 4GZQA 3VKNA 2R16A 1I3HA 1IKPA 5IUQA 5IK5A 2UURA 1N1YA 3SILA 2ARBA 4FPOB 4XDQA 4I30A 3ZSMA 4K1ZA 4DRRA 2P37A 5JOYA 1AXZA 2HT7A 4FPFA 2UWCA 2B7YA 1SLAA 2E53A 1USXA 2Z42A 1CJPA 1MS3A 1NMCA 4CTEA 3K37A 3POYA 2ZHNA 5T5JA 2F24A 2PHXA 2EXHA 2G4IA 2WT2A 1A78A 4K20A 4F83A 3V0BA 2AREA 1V6MA 4P9YA 2D6LX 4QN6A 4YM0A 4AGVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QBIA 2DWRA 2BUKA 5D8AC 3WLUA 4LIVA 1RUE3 5BNOA 3R4DB 4ZZ5A 3BGAA 3JBG3 4EZHA 5A7OA 4K8RB 2RS51 1NLSA 1F8DA 3EBRA 3C2UA 4NPRA 4AFBA 2DBIA 1AYN3 5JUVA 4JTNA 1VRH1 4GQ7A 2W5OA 2WWSA 5KHHA 4DUVA 2YMZA 3TNQA 3WF2A 1Q8SA 2BPA2 2VTXA 1C57A 1UOJA 2VD7A 1CZTA 4LKDA 2VJXA 1KQRA 1UPIA 1QJU1 2H6CA 1GV9A 1UXZA 1XNKA 4XAAA 2VBBA 1POV1 3ECQA 4ITCA 2RJ2A 3AZZA 4EJRA 5JWPA 2X53S 1YLLA 4QPGA 1QWRA 5C3PA 2ZAAA 2XPJA 4R9DA 2A71A 5IT6A 1XNDA 2F13A 1ZBA3 1PGW2 2W5NA 4D8SA 2FBEA 3PUIA 4YW7A 3ZXEA 2ZZKA 3D12A 5GZCA 1AR63 4Y3OA 4FQ4A 3VV1A 2JWPA 3WUDA 3UKTA 4BMBA 5DUVA 4FPYA 4WVVA 1ZZ9A 1MEC2 2KM2A 4HMZA 4OFGA 4YFWA 4JKKA 1AL23 3ACLA 4RA0A 3WHTA 1ZZBA 3UV9A 1IZ3A 2XVLA 4AXOA 2A3YA 5A7PA 3WG1A 3O1RA 2JDNA 4E2QA 4INDA 3V0AB 4LBKA 2FDIA 3NV3A 2XUMA 4L97A 4QU1A 2WQ4A 3O4PA 4HZXA 3GZAA 2JXAA 2C24A 3ZIXA 4KH9A 3H7YA 4GDJA 2DURA 2VK7A 2AEQA 2GMEA 5KXEA 3HLIA 2X29A 5I0TA 3VBOC 1QJEA 4CCOA 2HWB2 1TG7A 3IMNA 3OBAA 4RFT0 4MWLA 3Q6KA 2BQPA 5GX1A 4KS3A 1JOJA 2MHFA 4FP3A 2I45A 4OCTA 1WW7A 3PJQA 3S6PA 1W99A 1A3KA 2J1AA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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