4XMIA

Crystal structure of the k499g mutant of nanb sialidase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
658
structure length
657
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALGSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
molecule keywords Sialidase B
total genus 192
structure length 657
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xmiA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xmiA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xmiA02
2FHRA 3SH5A 1CJPA 2B7YA 3TI5A 3USUB 4GZWA 4WEFA 4NOTA 3D5OA 3N7KA 3IN9A 4MC7A 4Y24A 1UN1A 1WW4A 2XCYA 3MPPG 3RRDA 3AXDA 5L73A 5HX0A 3OJBA 4CPYA 3K3AA 5F5QA 5KXEA 2VK7A 2F10A 5GALA 1UKGA 2ZHKA 1AX1A 1MS3A 4F83A 4FPFA 1CESA 5FRAA 1MS5A 5JOZA 2ZGMA 1NNCA 3SILA 1SCSA 3O0WA 1VCJA 1GICA 1CVNA 1NSDA 2YA6A 5DZGA 2HT7A 3GVLA 2UWBA 4MWJA 1Q8SA 1RITA 1ONAA 1ULEA 1S0BA 5CB7A 1H30A 2KM2A 4NC5A 5T5LA 4M00A 4B7NA 2NN8A 4YW5A 1KDMA 4CTEA 4GA9A 3O12A 5GJ6A 3GNEA 4B7MA 3W09A 1S0CA 1ENQA 4MWLA 2A6VA 1LGBA 1VAMA 1PZ8A 3GVKA 2YA7A 1LU1A 2E53A 5GLTA 3M1HA 3ZXKA 1INYA 3WV6A 2GNTA 3ZXJA 4R9CA 4DPNA 1SNTA 2HT8A 1DGLA 1PZ9A 1WW5A 1N1VA 1W6QA 4WA4A 3WG4A 2ZGPA 1F8EA 2ZGRA 1KJRA 1X50A 3GALA 4MYEA 1YYNA 2A3YA 4HZZA 2DTWA 4ZKTB 3N36A 4M4VA 1I3HA 2TEPA 1B9TA 4Y1ZA 3H73A 2QWIA 2HU0A 2EXKA 5EYXA 2JE9A 4LBOA 3JU4A 3I8TA 3CYEA 3APBA 1ULCA 4K1JA 2LALA 4FPHA 5JOYA 1V6NA 4FZHA 1D2SA 4Y26A 1N3OA 4Y22A 2G4IA 1KRIA 1NNBA 2AENA 4X49A 1GANA 1GZWB 5JOWA 5CNAA 2VW1A 2QWEA 4U2AA 1YO8A 5B2DA 3UJQA 1ENRA 2W08A 3V0BB 3POWA 3NV1A 4HZVA 2ERFA 2YROA 4WV8A 4K1HA 1DIWA 1GKBA 2A6ZA 3ALWA 4WZFA 2WSVA 1OKQA 1S0DA 3O9JA 4BQ1A 1W6MB 3V0AB 4YW1A 2CYFA 3AJYA 2D6OX 2DVGA 2P3KA 4D8SA 2WT0A 2YZ4A 3GVJA 1URXA 1I1EA 2R1DA 3TI6A 1UMZA 1V2IA 5GZFA 4M3CE 4Q27A 4M3MA 3ZSKA 1GYKA 4XZPA 3BEQA 1JYIA 4QNPA 5E88A 2GNMA 2CY6A 1FV2A 3AYEA 1V0FA 2ZKNA 2WKKA 2PHWA 1SLCA 1A78A 2E7QA 1V3DA 4MWYA 4WEGA 4ZXKA 2ZB5A 4WVVA 1QOOA 2R0HA 1JYCA 5B2CA 4GXLA 1DBNA 1SFYA 2F11A 3AP7A 4KS2A 3WHTA 2XZIA 1DQ2A 1R1ZA 1Q8VA 2OUHA 3RG0A 1JUIA 3WHUA 4PF5A 1WW6A 2ENRA 2DV9A 2AH2A 2LTNA 4QN5A 2ZMNA 1ENSA 2DWRA 4PBOA 4XJUA 2F0ZA 1Z4VA 4WA5A 1NCBN 4AGRA 1NSCA 3SLIA 3WUDA 1S0IA 1UL9A 4LBQD 5JDBA 1ZM1A 1LOGA 1Q8PA 4BMBA 1WBLA 3BOPA 4AVTA 3TAYA 1S1AA 4Q8KA 1EUTA 4L8QA 1GZCA 1FX5A 2HU4A 2R1BA 4FPGA 4XJZA 3VKFC 1S0EA 4LBMA 4YM2A 5AVAA 3TI8A 1G86A 4MWVA 2QWDA 2AUYA 1C4RA 3OYWB 1NMCA 1W6OA 2CL2A 2F24A 4BM8A 2JKBA 3PVNA 5DZFA 4LBLA 3O0XA 1Z4WA 1CPNA 3OPZA 1G7YA 3H0OA 3T1EA 3QCWA 1UPSA 4Y1VA 1G9FA 3AYDA 2ARXA 2WNEA 3TIAA 2WLQA 1N47A 2ZHMA 5DUVA 3ZSLA 3B7EA 1MS8A 5JVVA 1LTEA 4I30A 1HLCA 1J1TA 2AREA 2GMMA 2QWAA 2Z42A 1D0HA 1IKQA 3D12A 2W39A 1QNYA 1IVGA 5IUQA 4K3YA 2R0FA 1AXZA 2DYCA 3M3EA 4AYUA 3A0KA 4M3CB 3WVJA 2WSUA 5GZDA 4SLIA 2UU8A 1DQ4A 1N1TA 1LEMA 3H72A 1PZ7A 3H71A 4MWQA 4LBQB 2P2KA 4XMIA 4RA0A 1SLAA 3VKMA 4Y20A 1Z78A 1WLCA 1AX0A 4NCSA 1N3QA 2XZJA 1SACA 1O4YA 2C4LA 4K1ZA 4XOGA 1NCAN 5JMCA 4FPOB 2ZACA 3WDUA 4PBPA 1DQ5A 5T5JA 5HUGA 1GV9A 3N3HA 2SIMA 1YRZA 4YG6A 3R4SA 2HTRA 4GWMA 1V6IA 2OVUA 4YW2A 1V6LA 5CA6A 3VUOA 4M4NA 1NMBN 5F9TA 2DUQA 2ES3A 4YM1A 3UJOA 2ZGSA 1HDKA 1OFSA 4GDIA 3OGGA 1MS0A 4PQ9A 1LOAA 3NV2A 4TYSA 2QWCA 3T1LA 2ZZJA 2C4AA 4AWDA 4C1XA 4KS5A 2D3RA 3AZYA 4Q1PA 1YXWA 3ILNA 5DUWA 2ZMLA 2P34A 4H52A 2BQPA 3M3CA 4XTPA 4GDJA 1LHUA 2A3XA 4XHXA 2WQZC 3TI3A 4KBBA 2B8HA 4XE9A 4MWUA 3ZXLA 1EPWA 1DIMA 5M1ZA 2QWHA 2XB6C 1APNA 1Z0HA 2YMZA 1Q56A 4GKXA 1JW6A 3C2UA 4IQPA 4XJAA 2C9AA 2DURA 4QN7A 2PHUA 4P9YA 1BXHA 1W6NA 3RMXA 1MS9A 1A4GA 1W8OA 4GZOA 1QDOA 3PJQA 2NM1A 1NSBA 3FLPA 1YIFA 2UWCA 1NN2A 4QN4A 4ISRA 1DYKA 1V0ZA 1QMJA 4NO4A 5HUMA 1SBEA 1LOCA 3INBA 1GSLA 2JD4A 1MACA 4HL0A 3OY8A 1W20A 1IVBA 3SNMA 1JBCA 2CTVA 1LECA 4K1KA 1AXYA 3AZWA 1V6MA 2D44A 1DQ6A 3M3QA 4XBNA 5H9RA 3B69A 1Q8OA 1QDCA 4YGCA 2X9MA 1V6OA 2D6KA 2GMEA 1DILA 1FNZA 1FYUA 3CNAA 1IS4A 1FNYA 4D69A 1CPMA 4M01A 1V3EA 2D3PA 2ZGTA 4YZ4A 5E89A 1LOBA 1INFA 3WZ1A 1DZQA 1F5FA 4X47A 3USUA 1XQNA 1Z50A 1LHWA 2HT5A 4R9AA 1S0JA 3R4UA 1SBDA 4XIOA 1MZ5A 1EUUA 4GB1A 3ZXFA 3K36A 4H53A 2OW4A 3TIBA 1LHOA 1F9KA 4C1WA 1EURA 1HKDA 2PHRA 3V65A 2NP0A 3TI4A 3ILRA 3K39A 1AZDA 5KXCA 3MW3A 2E51A 5T5PA 4Q2FA 3M2MA 4CPMA 3IPVB 5JLVA 1GZ9A 3NN9A 1NCCN 3V64A 2Q5TA 3KM5A 2AEPA 1SCRA 1VAVA 2QWKA 3AJZA 3N35A 1WLWA 2D6LX 6NN9A 2GN7A 4YW4A 3POSA 1ULGA 1INVA 3ZYPA 4U36A 1UAIA 1MS1A 1Q8QA 2DVBA 1JHNA 3ATGA 4AVVA 3N7LA 4XDQA 1G9CA 3WG1A 2W38A 4XYXA 2JE7A 3VKOA 4ATEA 1BQPA 4M3CF 5DG2A 4Q8LA 4FOYA 4CPOA 1DLLA 2I2SA 1ULFA 3SISA 4XILA 3WNXA 4Q1RA 2HTQA 4XIKA 4X4AA 3UK9A 1LGCA 2QWBA 1MVEA 2NMOA 4Y1YA 4XBLA 1V00A 5GM0A 3WG3A 3KQRA 3ZYRA 3LSDA 2D6MA 5EWSA 4P9XA 5GZGA 1G9AA 4MZAA 3AP6A 5IK8A 2D6NA 5HCBA 2DTYA 1W21A 2ZGLA 1VCUA 1LEDA 5BYNA 3PVEA 1MR5A 1LODA 2D43A 3HR9A 1LHVA 3N7MA 3MEPA 1C1LA 1AJKA 3QLQA 1VALA 1Y7BA 2ZGNA 4MX0A 4CRQA 2P3JA 2SBAA 2QWGA 1LHNA 2P37A 2GALA 4LBJA 3LSEA 3AZVA 2F29A 4QN6A 1GZWA 1INGA 1L7HA 1LULA 4GALA 2AEQA 3BIWE 3M3OA 4B7RA 5DXDA 4CPLA 1KITA 1LGNA 2A71A 5DUUA 3W58A 4AVSA 1B9SA 3RQ0A 3V0BA 4PCRA 2P3IA 4FPLA 5IT6A 1W6PB 5HUKA 4MWRA 1VIWB 2D7FA 2YV8A 5GZCA 3FLRA 2OUJA 4MZEA 4DGRA 1NLSA 2GN3A 1F8CA 1WUVA 1DFQA 2YA5A 4UW3A 4B7JA 3TB0A 1O4ZA 1H9WA 4ATFA 5T55A 2XZKA 1A14N 4GJTA 4Q6KA 4YW3A 5SV8A 1W0PA 3AZZA 1W6MA 3V0AA 1QKQA 3FBYA 1WD4A 1WLDA 3MW4A 2VW2A 1S0FA 5E8AA 2XG3A 4K1IA 2HTWA 4XXPA 3OBTA 4LBKA 4YM3A 3BODA 3CKZA 3JUUA 3A71A 2YA8A 1NCDN 4GZSA 1C57A 2BERA 1JOJA 5H9PA 2W68A 4BLJA 4KS1A 4R9DA 4BLIA 1KDKA 1IVDA 1IVCA 3FUQA 2ZGQA 2NYYA 2QWJA 2ZABA 2SLIA 3WCSA 4YFWA 1SLIA 4HZXA 1QU0A 4GZQA 1H9PA 4AGGA 3DGTA 1Z4ZA 3LCPA 1A8DA 2YXSA 3MW2A 3D11A 3NWKA 4YGEA 4MWWA 2CNAA 2WT1A 1IKPA 4ASMB 4FQ4A 5IK4A 3T1MA 2CMLA 2F27A 2BATA 4Q26A 1DHKB 4YM0A 1XOGA 2VWDA 1CQ9A 1WW7A 1QOSA 4AGVA 1F8DA 3U4XA 2W5NA 4FPJA 4K1YA 1NNAA 5GLWA 4XMAA 1AJOA 1MZ6A 4K21A 4FP3A 2YY1A 1KQRA 1USRA 2F28A 1RINA 3A0NA 4RL7A 3RS6A 2GNDA 4JF7A 1W6QB 3WCRA 1QF3A 2F26A 1CN1A 2HTVA 2AYHA 5IK7A 4HIZA 3B9CA 4UF7A 2VSMA 4JRAA 1JN2P 5GZEA 4DRRA 2ZA9A 5KXDA 1L7GA 3OYWA 2H0BA 4GEZA 3SALA 3AX4A 2VXRA 1VLNA 4OZXA 4DS0A 4XJ9A 1AX2A 4P9WA 1AXKA 4Y22B 3H6JA 4DQAA 1INXA 4M4UA 3ENRA 3HMYA 2VY0A 5T50A 2DU0A 1WCSA 2VH9A 4ITCA 3AZXA 1LJ7A 3AFKA 1HQLA 4GZPA 3NV3A 2W52A 1Z4YA 4HZWA 3B3QE 3ZSJA 3RMYA 1S0GA 3WOGA 3W59A 1LOFC 5JYYA 3D6EA 4XHBA 1QGLA 3PMEA 3BTAA 4FP2A 4M3CA 5HCFA 3ZSMA 3SANA 4FPCA 3WDTA 2PHTA 1U0AA 2VU9A 5DG1A 1ULDA 4LBQA 2NZ9A 2ZGUA 2ZMKA 4UW6A 4YZ1A 4XJWA 4FPYA 4HZYA 2F25A 5T5OA 1SO7A 1V6JA 3UL2A 2R49A 1MWEA 4XJRA 4GZXA 3OBRA 4DRVA 1FV3A 4Z8BA 4WVWA 4P14A 4GZTA 2A5ZA 2EIGA 2BF6A 4XXAA 4FOQA 2ZHNA 5H9QA 4BBWA 1B9VA 1C1FA 4MJVA 3N7JA 3WDWA 5GLVA 1SLTA 1SLLA 1FAYA 2ARBA 2FMDA 4X6KA 7NN9A 2C5DA 1BZWA 2EALA 1USXA 4J9TA 3ZVXA 3PVOA 3WDXA 3B01A 5FREA 4JCKA 5CBLA 1BKZA 1E8VA 2W20A 2F12A 2GMPA 1BJQA 3ALXA 2EF6A 1N3PA 1SLBA 3O0VA 3SITA 5GLZA 2A70A 2WJSA 2DU1A 3AP4A 1Z4XA 2V5YA 2JJ6A 4XTMA 1A3KA 4XBQA 1HQWA 4CPZA 2R16A 2A75A 5LK5A 1UZZA 2A3WA 2YDTA 5KXBA 5CAZA 5DUXA 1IS3A 3IM0A 3ASIA 5H9SA 3Q9OA 1CR7A 4W65A 1WD3A 1WBFA 2D6PA 5T54A 2BZDA 3AYAA 1ZA4A 2ZHLA 3A72A 2WT2A 1DQ1A 2E7TA 3JU9A 1EUSA 2ZB6A 1F8BA 4Y1XA 4K20A 1W8NA 2A6WA 1CONA 1JXNA 4FVVA 2VK6A 4YG0A 2YDPA 2W5OA 2VVZA 2GDFA 1UX6A 1LU2A 1W6OB 3ZPYA 1E8UA 3K37A 4NN9A 1LCLA 3CL0A 3O5SA 2AGSA 2CWSA 3AXEA 1INHA 3POYA 5HCAA 4TZDA 2A7AA 1KJLA 3IKWA 4GWNA 3RSJA 3CL2A 1L7FA 1LESA 4YGBA 3ZXEA 2EAKA 3VKLA 2CWMA 2ZGKA 4GKYA 1MVQA 3B00A 1GNZA 1OQ1A 2GNBA 1XOEA 3WUCA 1INWA 3AP9A 2DUOA 3VV1A 3IMNA 2SILA 2EXHA 4CPNA 1LENA 1G8WA 2QWFA 3FUOA 2PHFA 1GNHA 4FPKA 1V0EA 4Y1UA 2JECA 3ILFA 4QN3A 3AK0A 4YZ2A 2DUPA 2UURA 1GBGA 3SH3A 2DVFA 3FLTA 3HN1A 2RKCA 4LBNA 4Y20B 4I00A 3T2TA 2EXJA 4BOWA 3R05A 2NMNA 3IPVA 4BPZA 3VKNA 1FATA 2HTUA 5DZEA 4HANA 2A6XA 4YLZA 4WA3A 2VW0A 3AYCA 1LOEA 3D4KA 2PELA 2DVAA 4JC1A 2VUAA 1RIRA 4ISQA 3WG2A 5NN9A 1NXD1 2E6VA 1N1SA 4UW4A 1V3BA 3NV4A 5T52A 2YA4A 2EXIA 1IVFA 5EYYA 4FPEA 2VSKA 4MJUA 1IS5A 4BMEA 4YG3A 1IVEA 1F31A 2ZAAA 2D3SA 1BYHA 1QOTA 2AR6A 4FOWA 3L2YA 2ZGOA 4B7QA 1A4QA 5GLUA 2VK5A 4DFSA 1B09A 1G9DA 1IOAA 1W6NB 1DQ0A 1GLHA 1AVBA 4MWXA 1MS4A 5HUNA 2RHPA 1LOFA 3TICA 3WLUA 1V6KA 4KS3A 4UW5A 4KS4A 3DUIA 1AF9A 3A4UA 1G9BA 4FVKA 2DVDA 1W1XA 2ZBJA 1W0OA 1CIWA 3WDYA 3O9KA 4FJ6A 5EXOA 1N1YA 4XJ8A 2UWAA 4FQZA 3OY8B 2HYKA 3I4IA 4R9BA 3NSSA 1QNWA 4YZ3A 3FFZA 5JOXA 1TEIA 2A6YA 1UZYA 1WCQA 2PHXA 5IK5A 2V73A 4YZ5A 2HTYA 1DYPA 1SBFA 1YI7A 3AP5A 3WDVA 1V3CA 1IS6A 1W6PA 2JDZA 1NMAN 4YGDA 4CZSA 1BJIA 3K38A 4YFZA 1E8TA 3INAA 4H55A 3SH4A 4FOVA 4XJQA 2F13A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4R4ZA 2FHRA 3SH5A 1CJPA 1QY4A 4NRPA 2B7YA 3PTYA 3TI5A 3USUB 3IIAA 3K4DA 3MYXA 4XUNA 5EV7A 4ZXEA 3SXWA 3MO4A 4GZWA 4BWOA 3DYMA 4IEZA 4INDA 4CCEA 1Z7S3 4NOTA 3ZMNA 4CEYB 1LR5A 4KU8A 3VDCA 3D5OA 3GBWA 3NRUA 3N7KA 4A2UA 1YIPA 4NUBA 3IN9A 1FMD3 2VZPA 4F7ZA 4RFRB 3P1IA 4MC7A 5JI7A 4A3ZA 3BPZA 4Y24A 1UN1A 1RUG1 3U11A 4E8CA 1WW4A 3PDQA 4MGTA 5CG8A 1YFWA 3JD71 3GF6A 1OLME 2XCYA 1HJGA 4LITA 4AH4A 4BJ0A 1PVC2 5FO7B 5IATA 1U5YA 3U10A 3DPRB 3WP3A 3MPPG 2PHDA 1AR73 2DDUA 3RRDA 4DXRA 1Q43A 1QJU1 4CDUA 2FZ2A 1XNCA 1W2TA 3AXDA 4RD7A 5FK7A 2Q1MA 5L73A 5F3IA 4N53A 1VBB2 3OJBA 5HX0A 4FBFA 4CPYA 1R1A3 2RJ2A 2YG0A 4H7LA 4RSUA 4S2FA 2QZ3A 3AKSA 5F5QA 5A80A 3K3AA 5KXEA 2VK7A 2JIGA 3NJZA 5CKNA 2F10A 2CGOA 5GALA 3I59B 3RZKA 4Y4YA 2RVAA 4NROA 2CSGA 1UKGA 2ZHKA 3HBZA 2GP3A 4MZUA 1AX1A 2W9XA 1MS3A 2MPFA 3LD8A 4F83A 4FPFA 1UZVA 2XQRA 1CESA 4XFGA 5FRAA 5FK8A 1DLCA 1MS5A 5FZAA 5FNQA 4HKWA 5JOZA 4LXLA 5F5CA 5FV3A 1EAH2 1TZOA 2W2IA 4B1MA 4Z2AA 5C3RA 1E5IA 1UYPA 2ZGMA 4N8MA 3VBFA 1NNCA 4N1BA 1SCSA 2BFUL 3O1UA 4UYBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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