4XMIA

Crystal structure of the k499g mutant of nanb sialidase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
658
structure length
657
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALGSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase B
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
total genus 192
structure length 657
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xmiA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xmiA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xmiA02
4GDJA 3AJZA 4P9WA 3K37A 5H9SA 1KJRA 5IK8A 1QDCA 4D69A 2NMNA 2WSUA 3INAA 1NNBA 3R05A 2GNTA 4WEGA 2DVFA 2BATA 1CQ9A 1Q8PA 2VWDA 1NLSA 1NN2A 1Q8QA 4BPZA 1B9VA 4B7JA 3BOPA 3WVJA 4GZOA 1Z4XA 5T54A 4U36A 5BYNA 1G8WA 1Q8OA 5CB7A 4TYSA 3V65A 3B7EA 4YGCA 2GN7A 1IS6A 3D5OA 4YW1A 2D7FA 4HZXA 2VH9A 1HQWA 4LBJA 4GWMA 1G9AA 3RG0A 3FFZA 5CBLA 4XHXA 4AGGA 1SFYA 5GLZA 3KM5A 3POSA 1V0FA 4AVVA 2G4IA 4UW5A 1W0OA 1KDMA 3FLTA 1NMBN 1PZ9A 3N36A 4UW6A 1V6JA 1Z50A 5JMCA 2A5ZA 1MS9A 5CA6A 2HT5A 2YMZA 5IT6A 4MWRA 2GDFA 2WT1A 2A6WA 3H0OA 3ZXEA 4HZWA 2BF6A 1MS4A 3U4XA 2F28A 2HTQA 1S0CA 1WW6A 3VKLA 1NMAN 1Z4YA 1VAMA 4FQZA 5IK7A 1N1VA 2PHWA 3WHTA 2QWCA 2W52A 4HIZA 1G9BA 2P3IA 4MWVA 5GLWA 4YG3A 3SITA 1F8DA 3BTAA 5T55A 4M3CA 1A3KA 2EXKA 2GN3A 3TIBA 1Z78A 4AGVA 1AX0A 4B7NA 5DUUA 1JUIA 3AP4A 2HYKA 3ZPYA 5IUQA 1NCDN 1GZWA 1V3BA 3JU4A 1JXNA 4FPYA 1E8UA 4GWNA 4GXLA 1BXHA 3WDVA 4YG0A 2WLQA 2ZGSA 2PELA 4LBQB 1U0AA 3O9JA 3AJYA 1N3OA 1DLLA 3H73A 2ES3A 3A71A 3H71A 1DZQA 2WT0A 1INWA 2F26A 1QU0A 3QLQA 1VIWB 5T5OA 4K1YA 4FVKA 2YDTA 1FAYA 2GNMA 4YGBA 4QN3A 3QCWA 1Y7BA 3LSDA 4LBLA 4GZSA 2DUPA 2ZHMA 4XJRA 1W6QA 1AX2A 1WLWA 3AYDA 1ZA4A 1D2SA 1WCSA 5GZCA 1W8OA 2PHXA 4XBLA 5GZDA 3MW3A 5HUGA 5JYYA 4L8QA 4BM8A 2QWKA 3AP7A 2A6ZA 4GDIA 3N7LA 4YM3A 5H9QA 4LBNA 5H9PA 2YA4A 4QN7A 4NN9A 2HT8A 5E89A 1IS4A 2A3WA 4TZDA 4MC7A 2FMDA 2RHPA 4CPNA 2E53A 1G86A 4ATFA 1BJQA 1W6NA 4XDQA 1JYIA 3PMEA 5GZGA 4LBOA 4M3CE 1S0BA 2XG3A 3APBA 1KJLA 3IKWA 1UMZA 4Q8LA 5HUNA 1QOSA 2NM1A 2UWAA 3O0VA 2LALA 1S1AA 2CY6A 2QWAA 2WSVA 4H52A 1AZDA 1SLBA 1A14N 4Y1XA 1URXA 1SLLA 2ZMLA 1WBFA 5GLVA 1WW4A 3O9KA 4K1ZA 2ZHNA 3CL0A 2A3YA 2YY1A 2EAKA 1QMJA 3WCSA 1F8EA 5DG1A 4WA5A 3ALWA 2SBAA 2GNDA 1DQ1A 4X47A 4XHBA 4CPYA 4BBWA 1ENRA 1GSLA 4SLIA 3B9CA 3ILRA 4XJAA 3SLIA 2YA5A 3IN9A 1FV3A 3AZZA 3AXDA 4MX0A 3GNEA 5T52A 1NXD1 2ENRA 3OY8B 4XTMA 3W59A 3AZVA 1C1LA 4K20A 3T2TA 2ZHKA 1FV2A 1INHA 3NV3A 2YDPA 2ZA9A 3HR9A 4KS2A 1LEDA 5KXCA 4Q26A 5JLVA 2D6KA 2ZGPA 4MJVA 3N3HA 4PF5A 5FREA 5HCBA 1LODA 4MYEA 1DGLA 2ZMNA 4Q27A 1V6NA 2WQZC 3IPVA 1SBEA 1F8BA 3H6JA 2AEQA 2D3PA 3LSEA 1QGLA 2BERA 3AYEA 1HDKA 1KDKA 1CONA 2VVZA 3WDWA 3ZSMA 2UU8A 2XCYA 4K3YA 2F12A 4IQPA 3AYCA 3V0AB 2ZACA 3OBTA 4Q6KA 3I8TA 1YI7A 4BLJA 1INVA 2F27A 1SBDA 1WBLA 1J1TA 3VV1A 3V0BB 1O4ZA 5DZEA 4LBQD 4Y1ZA 1S0EA 1EURA 1QNYA 2F10A 5HCFA 2UWBA 3TICA 2D44A 2ZGNA 3HN1A 1B9TA 1LJ7A 1LU1A 1QOTA 2H0BA 4M4VA 5AVAA 2ZGLA 3AP6A 2X9MA 4ATEA 3NV2A 6NN9A 4XBQA 1SBFA 1I3HA 1IVCA 3GALA 1D0HA 3SH4A 4Q2FA 2R0FA 1UAIA 4XJ9A 4Y24A 2EIGA 3T1LA 2ZB5A 2AGSA 2ZGTA 4M3CF 2OUHA 4B7RA 1LGNA 4C1WA 1VAVA 5JOYA 4HANA 4MZEA 4MWYA 4FPLA 4Y20A 4KS5A 4WVVA 3WDUA 3CL2A 1E8TA 3RS6A 1V0ZA 3I4IA 1NSDA 4CRQA 4YW2A 1G9CA 1FX5A 1IS3A 3NWKA 4GZQA 2ZGQA 2YROA 1LENA 2JJ6A 2W5NA 1KQRA 1GV9A 2DVBA 1Z4WA 2UWCA 4YGDA 2JECA 4H55A 2KM2A 1TEIA 1FNYA 2EALA 4UF7A 3D11A 1MZ6A 1SO7A 5JOWA 2W08A 2A3XA 1AX1A 1N1SA 3WDYA 2HU0A 3JUUA 2JDZA 3K36A 4M3MA 2AENA 1V6IA 1JN2P 2EXHA 1JBCA 2F25A 4KS3A 1AJOA 3ASIA 2ZGUA 1JOJA 4WA3A 2C5DA 4FPFA 5E8AA 2VW2A 5JVVA 2W39A 3WG1A 3B69A 4MWJA 3FBYA 2FHRA 1C1FA 4YW3A 3CYEA 1H30A 2F13A 3ALXA 4ZKTB 2GMEA 2YV8A 4NO4A 1DQ4A 1BKZA 2XZIA 3RMXA 2B7YA 4ASMB 4QN6A 3M3QA 1QF3A 5CAZA 3WZ1A 5FRAA 4CPZA 4JF7A 4PQ9A 1NCAN 4ISRA 1LOCA 3RMYA 1S0JA 2ZGMA 2QWGA 1LOGA 3SNMA 1W6OA 5T5PA 3VKNA 2ZABA 5GALA 4XOGA 1ONAA 4YGEA 5GM0A 1DIMA 2HTUA 3OYWA 1GZWB 3VUOA 2ERFA 2VSMA 1APNA 4R9AA 1MS3A 5KXEA 4BMBA 1HQLA 5KXBA 5B2DA 4PBOA 4NC5A 3D4KA 1LHNA 4XILA 1DQ2A 4HL0A 4FPEA 3ZXJA 1AXKA 2AYHA 1V3CA 1IKQA 1OQ1A 3FLPA 4ITCA 4JC1A 4K21A 1W20A 1QKQA 2DURA 4FVVA 1R1ZA 1LEMA 1Z0HA 2F24A 1EUTA 5KXDA 3OBRA 2CNAA 2HT7A 1LCLA 2R1BA 1LECA 1GANA 1NSCA 1B9SA 1WLCA 4XJQA 1S0IA 1INYA 2A6XA 2ZB6A 2DYCA 4Y22A 4PBPA 3DGTA 4XYXA 4JRAA 4B7MA 4PCRA 3NSSA 1SLTA 2ZZJA 4BQ1A 1SLAA 1BYHA 2YA7A 1GZ9A 3SANA 4KS1A 5NN9A 3AZWA 4Q8KA 1LHUA 1AF9A 1A4QA 3ZSLA 4M01A 4GEZA 2ZGKA 4WZFA 3PVEA 2OUJA 1F5FA 1N1TA 3KQRA 2PHUA 5T5LA 1ENQA 1I1EA 1W6NB 2R0HA 1N47A 3TAYA 2C9AA 3W09A 3OJBA 1V6KA 1GBGA 3USUB 2BQPA 1DHKB 4AVSA 1BJIA 4XZPA 4UW4A 3TI3A 5CNAA 4NCSA 2DTYA 3JU9A 1ULFA 2W5OA 3SISA 2B8HA 3TI6A 2F0ZA 1AVBA 4FPGA 2QWBA 2BZDA 3WDXA 1YO8A 1CJPA 3FUOA 4P9XA 4FP2A 3AZXA 5L73A 3WDTA 1L7GA 4Y1VA 3O0WA 1LOFA 2YZ4A 1DYPA 2ZBJA 2A6VA 3GVJA 2YA6A 1SCSA 2HTWA 4FPOB 2HTRA 4MWQA 4Q1RA 1ULEA 2HTVA 4FPKA 1B09A 1DFQA 2DV9A 2W20A 3VKMA 4B7QA 3AX4A 1GICA 4I30A 1VCUA 3K38A 1SLCA 4AVTA 4C1XA 1IVFA 5SV8A 2PHRA 4GZPA 4DFSA 1Z4ZA 2P34A 2JE9A 1IVEA 3T1EA 1AJKA 3IPVB 2V5YA 3ENRA 4MZAA 1CIWA 4XIOA 1Q8SA 4YG6A 2LTNA 1USRA 5T5JA 3M3EA 1WLDA 2VSKA 1INXA 2D6PA 3RRDA 3WG3A 3SH3A 3AYAA 1FNZA 4AWDA 4BMEA 2P37A 2D3SA 5DUWA 4HZVA 4CPOA 1F9KA 4YM2A 1YRZA 4R9DA 3B01A 4MJUA 3SILA 3OPZA 3ZSJA 5B2CA 2PHTA 2A6YA 1LHVA 3WLUA 4RL7A 1XOEA 2E7QA 4M4UA 3D12A 4FOQA 2SLIA 2A75A 1NCCN 1IKPA 2WT2A 1OKQA 5GLUA 1VLNA 3ZYRA 1E8VA 2CTVA 3NV4A 4YZ2A 1FYUA 4YM1A 4YZ4A 4YM0A 2EXJA 1LESA 1W6MA 1CPMA 1DQ6A 1OFSA 2VU9A 2A71A 2DVGA 2EF6A 2DWRA 2ZHLA 5IK5A 4MWLA 3H72A 4YLZA 4KS4A 3POWA 5H9RA 2SILA 3NV1A 2ZKNA 5JOXA 4Y1YA 4P9YA 2CL2A 4DRVA 1LGBA 3GVLA 5GJ6A 3N7KA 1C57A 4WA4A 3FUQA 1N3QA 1W1XA 1DIWA 1N3PA 3AP9A 5HCAA 4R9CA 1JW6A 2AUYA 3B00A 1IVGA 3GVKA 4DRRA 2EXIA 4HZYA 1QDOA 3AP5A 1NSBA 2JKBA 3R4UA 3HMYA 2D6LX 1L7FA 2D3RA 4XJZA 3AZYA 3WCRA 4F83A 1PZ7A 1GNZA 1MS5A 4FP3A 4CPLA 1H9WA 1S0FA 4YFWA 3ZSKA 4MWXA 3UK9A 1CESA 3CNAA 5EWSA 4K1HA 4XJWA 4AYUA 1RINA 2I2SA 2VK7A 4DPNA 5DUXA 1ULGA 4U2AA 3ZXFA 3ILFA 3UL2A 2NP0A 4XBNA 1V2IA 1WCQA 1KITA 4RA0A 1QOOA 2Q5TA 1ZM1A 3NN9A 2DU1A 4XMAA 1INGA 1W6PA 2QWDA 7NN9A 1DQ0A 4Y1UA 2QWFA 4MWUA 4NOTA 4Q1PA 4WEFA 5HUKA 5GZEA 2RKCA 4D8SA 3VKFC 1YYNA 2QWHA 3N35A 4X49A 1NCBN 1V6OA 4GALA 1SCRA 3M3CA 1MVEA 3ATGA 3L2YA 1CVNA 1V6LA 4QN5A 2P3JA 1GZCA 1H9PA 3SH5A 2GALA 4W65A 1ULCA 4YFZA 3T1MA 4XXAA 2XZKA 1W6OB 1WD3A 2VK5A 4LBMA 1EUUA 2OW4A 1S0GA 2ZMKA 2OVUA 1G9DA 4GZXA 2NZ9A 3OYWB 1MACA 5GLTA 1USXA 3K39A 4M3CB 4P14A 2HTYA 1UL9A 1Q56A 1DYKA 3WG2A 3A72A 4X4AA 3TIAA 1G9FA 3MW2A 1IVBA 1MS1A 1DILA 4M4NA 2WKKA 3TB0A 1WW5A 1Q8VA 5JOZA 1G7YA 3VKOA 3DUIA 5EXOA 4Z8BA 1V6MA 5GZFA 3MEPA 1FATA 1DBNA 4Y22B 1UZYA 5DZFA 2CWMA 3WUCA 3V64A 1JHNA 4XIKA 2QWIA 2UURA 1W21A 1Z4VA 4GKYA 2DVDA 1XQNA 3AXEA 2W68A 3AK0A 5HX0A 5T50A 3AFKA 2ZGOA 2TEPA 3WUDA 2R49A 1W6QB 2PHFA 2HU4A 2C4LA 1A8DA 3WOGA 2NMOA 4FZHA 1PZ8A 3M1HA 3A0KA 1VCJA 2V73A 4FOVA 1LOEA 3POYA 1QNWA 3BEQA 1CR7A 1HKDA 2JE7A 3O12A 2Z42A 1EUSA 4BLIA 5F9TA 1GNHA 1GYKA 1A78A 1WW7A 3O5SA 1SLIA 1LGCA 4CTEA 4FJ6A 4MWWA 4QN4A 1ENSA 4OZXA 3TI8A 4X6KA 1O4YA 3B3QE 4LBQA 2ARXA 1JYCA 2P3KA 3UJQA 2DUOA 2D43A 1YIFA 4DQAA 3INBA 1AXYA 2GMPA 1V3DA 1N1YA 4M00A 3R4SA 1ULDA 2QWEA 1V00A 5M1ZA 2XB6C 4LBKA 3BIWE 4CPMA 3M2MA 1NNCA 2CMLA 2DTWA 1LHOA 3W58A 1RITA 1LOFC 4GB1A 3ZVXA 4K1JA 3K3AA 2E7TA 1MWEA 3PVOA 5DXDA 3ILNA 3IM0A 1MS8A 3CKZA 5DG2A 3UJOA 4AGRA 1LU2A 1GLHA 5DZGA 4XXPA 3BODA 3A4UA 1IVDA 3USUA 2D6MA 4GJTA 2VW1A 3OGGA 1LULA 4H53A 3SALA 4GA9A 2P2KA 3RQ0A 3ZXKA 1V0EA 2W38A 2D6OX 1WD4A 3TI4A 1MVQA 4XMIA 4YW5A 1V3EA 2AH2A 2CWSA 1W8NA 2R16A 2YXSA 4XTPA 1XOGA 2VY0A 3WV6A 4XJUA 1F8CA 3RSJA 1NNAA 3WG4A 4FOWA 5E88A 2VUAA 2F29A 2ARBA 4ISQA 4K1IA 3N7MA 4DGRA 2QWJA 4YZ5A 4BOWA 3MW4A 2A70A 2WJSA 1DQ5A 3MPPG 1UN1A 4I00A 1IS5A 1KRIA 1SACA 3TI5A 3IMNA 1IOAA 4UW3A 2GNBA 2VW0A 2A7AA 5LK5A 4K1KA 1LOAA 1WUVA 2ZAAA 4KBBA 2R1DA 1CPNA 4R9BA 2XZJA 4YW4A 2VXRA 1W6MB 5HUMA 1MS0A 3N7JA 1UX6A 1BQPA 4YZ3A 5F5QA 1BZWA 4XE9A 1SNTA 1X50A 4CZSA 3OY8A 4YZ1A 1GKBA 2VK6A 3WNXA 4J9TA 4FPJA 5DUVA 2AREA 3WHUA 1UZZA 4FPCA 2E51A 4DS0A 1A4GA 1L7HA 3PVNA 4JCKA 3O0XA 3D6EA 4FPHA 3M3OA 1LHWA 2F11A 1HLCA 4WVWA 1AXZA 2NYYA 2C4AA 4WV8A 3FLRA 2AEPA 2SIMA 4FOYA 3C2UA 5EYYA 4Y20B 5IK4A 1NMCA 2GMMA 3V0AA 3A0NA 1C4RA 3ZYPA 4FQ4A 3LCPA 4HZZA 1UKGA 1LTEA 4GZTA 3V0BA 1YXWA 2CYFA 2NN8A 1RIRA 4Y26A 1F31A 3ZXLA 2DVAA 2WNEA 2D6NA 4ZXKA 4QNPA 2YA8A 1INFA 3Q9OA 4GKXA 1MZ5A 1S0DA 1W6PB 1CN1A 2DUQA 2DU0A 5EYXA 2AR6A 2E6VA 2ZGRA 1VALA 5JDBA 2JD4A 1UPSA 4XJ8A 1MR5A 1LOBA 1W0PA 3PJQA 1EPWA 4GZWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WKYA 4GDJA 1X9TA 1JMUB 2HH9A 3WP3A 2GVXA 3AJZA 2ZX3A 1RVF2 1NQJA 4P9WA 3VBHB 4N43A 3K37A 5H9SA 2VL4A 1KJRA 4QPWA 4QMAA 1SDWA 2WO3A 5IK8A 5EO8A 1QDCA 1PO23 3LIGA 4GB33 4CDXB 4D69A 4HHOA 2NMNA 2WSUA 3INAA 4XFBA 2KA3A 1UIKA 3VBHC 1RUNA 1NNBA 3R05A 5GX3A 4J1WA 2FZ2A 3E6CC 2GNTA 5ABJA 1PK6B 1VB2A 4A2UA 5A7QA 4CDXC 4BCUA 4BH9A 3OF1A 1HXS3 4WEGA 2XDVA 2QKDA 1J3RA 5GX5A 2DVFA 2BATA 4A7KA 2JDNA 3HEIA 4DXRA 1XYNA 1CQ9A 1VBE1 3MIFA 4L99A 1Q8PA 1CAXB 2VWDA 3GDBA 3ZFFB 5I91A 1MQTC 1NLSA 1NN2A 1Q8QA 4HT1T 4BPZA 5JSPA 1WMDA 2R062 3BOPA 1B9VA 4B7JA 3IIAA 2EAAA 2Y64A 4H7LA 1DZRA 2PHDA 4GZ9A 3ZFFC 1XC6A 3ZYFA 2ID4A 3VDBA 5F6KA 1J3QA 3WVJA 4OI1A 4CSWA 3P3NA 5F2SA 2XKPA 4GZOA 1AL22 1YFUA 5FBJA 1Z4XA 1QQP1 5T54A 3B9IA 3DPRB 4U36A 4NIHA 3A9GA 1W9FA 5BYNA 1G8WA 1Q8OA 4NPMA 5CB7A 1R093 1U5YA 4K8FA 3P1IA 1JS9A 4AW7A 4TYSA 3V65A 1AR93 4UFJA 3DPRC 4LOTA 3B7EA 4YGCA 2WYSA 2VOTA 2G9FA 3J7NA 4IL7A 4AEJA 1W04A 2GN7A 2QQLA 3HBZA 5B2GB 4GNAA 4PQQA 1IS6A 3D5OA 1RUD2 1JTZX 4NR1A 4QKFA 1QJY3 3FMGA 2YC2A 3AMHA 4YW1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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