4XOGA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin and dana
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
660
structure length
660
Chain Sequence
LSISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase B
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 193
structure length 660
sequence length 660
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xogA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xogA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xogA02
4H52A 4PCRA 5HUNA 2WSUA 1IS3A 3O12A 2YA7A 1DQ4A 5CA6A 1WW6A 3FUOA 2CMLA 2ZACA 4CPYA 4BLJA 3ILFA 3RMYA 3NV1A 4Q27A 4MWLA 1I1EA 4YW5A 5GJ6A 1ENRA 3B9CA 4LBMA 2ZGOA 1W6QA 4X6KA 4GZQA 2G4IA 2QWKA 4Y20A 1CQ9A 1V3BA 2HTYA 3TI4A 1A4GA 2JJ6A 2E51A 2XZJA 1PZ8A 4Q2FA 5GALA 2JDZA 1IVBA 1UZZA 2P3JA 4FP2A 3WDUA 2DV9A 2WT1A 3D5OA 3SH3A 4MWQA 2GNMA 1R1ZA 2XZIA 1MVQA 1V3DA 1F8EA 4P14A 4OZXA 4XZPA 5EYYA 4YG6A 3SNMA 1W6PA 3AK0A 3O0VA 1FNZA 2NM1A 2W08A 1NNCA 2GMPA 1UKGA 3ZVXA 4FOYA 1V6MA 2NMOA 2WNEA 4FPJA 2F29A 1IKPA 3JU4A 5KXEA 4H55A 5DZEA 3H71A 3FLTA 3H0OA 2A6ZA 4YLZA 1NNAA 3WG1A 1SCSA 3OBTA 1INYA 4GDIA 2H0BA 5FRAA 4MWUA 1LOBA 4M3MA 2GALA 3AYAA 1G9FA 4XHBA 1V3EA 4MZEA 4FZHA 2E53A 3GVLA 1KJRA 1MS0A 4YGBA 4XJQA 3AP6A 1E8VA 3U4XA 3ATGA 3WZ1A 4JRAA 2AEQA 2D44A 1GZWB 1JW6A 2PELA 3APBA 4R9DA 2QWBA 4CZSA 1EUSA 1YO8A 5GLTA 1QOTA 2E6VA 3FLPA 2SIMA 2PHUA 1N1YA 4GA9A 5M1ZA 4C1WA 4FOVA 3TICA 1QKQA 4FPEA 1WCQA 3SH4A 2VK6A 1NXD1 2NYYA 3NV3A 1F5FA 1QF3A 4XJZA 2A70A 1QOSA 4K1HA 2HYKA 3D6EA 3H6JA 3KQRA 4M4UA 4NC5A 2DYCA 1AX2A 1INGA 1S1AA 4XXAA 4FOQA 1J1TA 3RRDA 4M4VA 2R0HA 1B9VA 4YZ1A 2D3RA 4WVWA 5DUUA 1GZWA 3SANA 3HN1A 2NMNA 1NNBA 3AZZA 3MPPG 2RHPA 1CR7A 5GLVA 1WLWA 3O0WA 2LTNA 4R9CA 1BKZA 2ZGRA 1H30A 1S0JA 2D6OX 1Q8QA 2YA5A 4CPZA 1G86A 1V0EA 1GANA 4H53A 2NZ9A 3ZYRA 4AVSA 5CBLA 5JOYA 5DZFA 4NO4A 1UX6A 1H9WA 2F26A 3DUIA 5DUXA 3GALA 4IQPA 2A6XA 3A0NA 4HZVA 5HUMA 4BQ1A 2EALA 6NN9A 2AREA 3T1MA 3R4UA 2GMEA 3GVKA 2AUYA 2UU8A 4YG3A 1KRIA 4M4NA 1SBEA 2GN3A 2UURA 2C4LA 2HTVA 1O4ZA 2A75A 4XE9A 1DYKA 2DVGA 1AX1A 1VAVA 3IPVB 5FREA 4GEZA 1A3KA 2EAKA 2WQZC 1DQ0A 2VSKA 4QN6A 4NN9A 4UW3A 1GSLA 2SILA 1UPSA 1ULDA 1UAIA 1SACA 2VH9A 2E7TA 3OYWB 1HQLA 4LBQB 2DTYA 3VKOA 4MJVA 1G7YA 1WW7A 2W38A 2DVBA 1LCLA 3WCSA 1V3CA 1KJLA 1IVFA 1XQNA 2GN7A 2D6MA 3SITA 1AZDA 3V65A 2YA4A 2UWBA 3K3AA 4CPNA 1NSCA 2VK5A 4GKXA 3CNAA 4ZKTB 3UJOA 2ZB6A 3IPVA 1Z78A 1DGLA 2ZGSA 2D43A 4AYUA 2BF6A 3OJBA 2C9AA 3O5SA 4RA0A 3TI3A 2DWRA 2ZGPA 2ZMKA 3OYWA 4DGRA 1QNWA 2D3PA 5EYXA 1ZA4A 4JC1A 3V0AA 3AXDA 1V0FA 3VKNA 1HDKA 3CYEA 5H9QA 1Y7BA 1W8NA 1SLIA 1Q8VA 2KM2A 1QGLA 5B2DA 5HX0A 3O0XA 1SLLA 1FAYA 2ZHKA 5GZDA 3CL2A 2VW0A 3GNEA 1WD4A 3R4SA 3ALXA 3N7KA 1IS6A 4GZTA 4BMBA 1LHWA 2HU4A 1ULFA 2VW2A 1FATA 3V0BB 1MZ6A 1HLCA 2ZZJA 4XILA 1QNYA 3N7MA 3K36A 2VSMA 1F9KA 3POYA 2E7QA 1B9SA 4NOTA 4CRQA 4XJRA 3ZSMA 1LOAA 4RL7A 2ARBA 1F31A 4WA4A 1LU1A 2XB6C 1D2SA 3QCWA 1ENSA 1PZ7A 2ZMLA 2JE9A 3B69A 1PZ9A 1DILA 1NN2A 4M3CE 3WHUA 3ZPYA 1W6QB 5HUKA 2YXSA 2F24A 4CPMA 3HR9A 5EWSA 1OQ1A 3SLIA 4Y20B 4XBLA 2F13A 1W6NA 1N1SA 2HT8A 3WDXA 3SISA 4B7RA 1VCUA 3V0BA 1YXWA 1G8WA 3WDWA 3I8TA 1S0EA 3M1HA 4LBJA 4YGEA 3SH5A 5CNAA 3OY8B 3RQ0A 2ZHMA 4Y26A 4FOWA 4YZ3A 4LBOA 1W0OA 1LGNA 3TIAA 2VW1A 4DFSA 3LCPA 1W6PB 3IMNA 2F12A 2OVUA 3WHTA 4JF7A 1IS4A 2ZGNA 5GZFA 1DIMA 5JOWA 2EXKA 2ZABA 4HL0A 1USRA 4HZXA 3WDYA 4CPLA 2WKKA 5T5PA 4PF5A 5AVAA 4QN4A 2HTQA 5F5QA 2P3IA 4HZYA 2YA8A 2EIGA 4ISQA 1C1FA 1Z4VA 4LBNA 4KS4A 1L7GA 2W52A 2XG3A 2TEPA 5T55A 1LENA 2A7AA 3SALA 2W39A 3OY8A 4XJWA 3MW3A 3CL0A 1DQ1A 1LEDA 5T54A 2JECA 2CWMA 1Z50A 3OBRA 1N3OA 1CESA 3TI6A 5SV8A 2CL2A 4QNPA 4XIKA 4I00A 4XTMA 4FPLA 1V6LA 1DQ2A 4CPOA 5DUWA 4XJ9A 2A3WA 4UW6A 2GNBA 4Q8LA 4YW1A 2R49A 2HTWA 2DUQA 3AZWA 5IK7A 1APNA 1JYIA 1V6NA 1DLLA 3O9KA 1H9PA 4KS1A 5H9RA 4YGDA 3T1LA 1N1VA 4M01A 3A72A 2ES3A 4GZWA 2YY1A 4WVVA 4BM8A 1EURA 4WEGA 1GZCA 3VV1A 3N36A 3POWA 2YROA 1V6JA 1AXKA 2QWFA 1WW5A 2NN8A 2QWGA 4XHXA 4K21A 1W6MA 5T5LA 4YW4A 1C57A 2YZ4A 2WLQA 1B9TA 1QDOA 3USUA 1MR5A 2ZBJA 3AP5A 1FV2A 3D4KA 4AVTA 1ULEA 1LECA 1AF9A 2VK7A 4Q6KA 4FVKA 2CYFA 4XBNA 3JUUA 4XIOA 3OGGA 1CPMA 5H9PA 4DRRA 2SLIA 2VU9A 1MZ5A 3BODA 1GV9A 1SCRA 3ZXKA 1CONA 1F8BA 4MJUA 1S0BA 1KDMA 4AWDA 4Z8BA 2JE7A 1CIWA 3VKMA 4FPFA 1AVBA 3WUCA 2AENA 4LBLA 2QWCA 4U2AA 4XMAA 4B7JA 5GZEA 2FMDA 1SLAA 3UJQA 5JLVA 1NCCN 1C1LA 3LSDA 2ZGLA 2HTRA 4GDJA 1Z4WA 4MZAA 1INHA 4Y1UA 4Y1YA 2R1DA 3I4IA 4P9WA 1AXYA 3UL2A 4YM1A 1WLDA 4XBQA 1YRZA 4YZ4A 3CKZA 1SBFA 3NSSA 2CNAA 4P9XA 4B7QA 4KS2A 5IK4A 1WW4A 1IVGA 4YM3A 1LEMA 4K1IA 4QN3A 4YM2A 3O9JA 1NLSA 2WT2A 3ASIA 4YW3A 2PHWA 1X50A 1UMZA 2A6WA 2D6LX 4Q1RA 2ENRA 2C4AA 4LBQD 2GNTA 2R0FA 5DG2A 5H9SA 1ULGA 4QN7A 1N47A 3QLQA 3RS6A 1YIFA 4FJ6A 5DXDA 4I30A 3N3HA 3ZSLA 1L7HA 2ZGMA 1E8TA 3W59A 2YDPA 1V2IA 4ITCA 1VAMA 2W68A 3WOGA 1Q8PA 5JDBA 1Q8SA 1LGCA 3K39A 3RSJA 2JKBA 4SLIA 4M3CF 1GICA 3V0AB 1LJ7A 4JCKA 3D11A 4X4AA 4WEFA 4KS5A 4BBWA 1Z4ZA 3BIWE 1LODA 2R1BA 1VCJA 1W1XA 1UZYA 1BJIA 4HANA 1JUIA 5CB7A 3BOPA 4Y1XA 1A4QA 1NMAN 1W8OA 2SBAA 2GNDA 2BQPA 3INBA 1V6IA 1ENQA 3BEQA 1OFSA 1JHNA 3RG0A 4GZPA 2P34A 1KITA 3T2TA 3D12A 4KBBA 4K20A 5LK5A 1SLBA 2X9MA 2R16A 2OW4A 1LU2A 3FBYA 3WV6A 3M3QA 1ZM1A 2P37A 1MS3A 2WSVA 3SILA 4W65A 2W20A 1MS4A 1Z4XA 3R05A 2DVAA 1S0CA 3OPZA 1USXA 1DQ5A 1NMCA 1DZQA 3Q9OA 2ZAAA 2B8HA 4XOGA 4ATFA 3INAA 1NSBA 1DQ6A 1NCBN 1N3PA 2HTUA 1INVA 1W6NB 5KXBA 1Z4YA 2AGSA 2P3KA 4M00A 1WBFA 4WV8A 3VKFC 2AH2A 5GLUA 5F9TA 3VUOA 4TZDA 1GNHA 1DFQA 2ZGTA 3M3EA 3ZSKA 4M3CA 5KXDA 3V64A 2QWEA 3WDVA 3NWKA 3PMEA 1G9CA 1XOEA 1UL9A 3UK9A 1WLCA 4LBKA 2AR6A 3WVJA 2P2KA 2PHXA 1Q8OA 1DBNA 2DTWA 3DGTA 3VKLA 5IK8A 2QWIA 4FPKA 4MWVA 2DUOA 1SNTA 4Q8KA 2D3SA 4WA5A 2YA6A 4Y22B 4BOWA 4KS3A 4QN5A 3H72A 3B7EA 4AGGA 3AZXA 1JOJA 3B3QE 1ULCA 3AZYA 3WUDA 4XMIA 5HCBA 1EUUA 2A6VA 4BPZA 4FPYA 3AX4A 3N35A 1AJKA 4UW5A 1BQPA 4HIZA 3N7LA 2D6PA 4DRVA 1V6KA 1IKQA 1LULA 3A0KA 2DURA 1CPNA 4BMEA 4DS0A 4GALA 4PBOA 5E89A 2DVDA 3TI8A 3KM5A 3ZSJA 2F28A 3AP7A 5JYYA 1WD3A 4Y22A 1MACA 4DQAA 3MW2A 3L2YA 4YGCA 2C5DA 4XJUA 3TAYA 1CVNA 4F83A 1W20A 2A6YA 4K1KA 3MW4A 2QWJA 3ZXJA 4C1XA 3W58A 1JXNA 1L7FA 5HCAA 1LTEA 2ZB5A 3T1EA 3PVOA 1W6MB 2UWAA 1WUVA 4Y24A 1BXHA 4YW2A 1MS8A 4MWRA 1C4RA 3USUB 2OUHA 4GZXA 1N3QA 4WZFA 2HT7A 5HCFA 5CAZA 2WJSA 3B01A 3IKWA 5JVVA 2WT0A 1MS1A 1FX5A 1LGBA 1IVDA 4GWMA 4J9TA 5B2CA 4XJ8A 5GZCA 2BZDA 4DPNA 3ZYPA 1EUTA 4K1JA 4YM0A 1MWEA 2QWAA 1LOCA 3BTAA 3ENRA 4XYXA 5E88A 4X47A 1RIRA 3WG3A 3WG2A 1UN1A 2VUAA 5T5JA 3AYDA 1WCSA 4FVVA 1LOFA 3W09A 3M3CA 2YDTA 1A8DA 3WLUA 3ALWA 2F25A 2EXJA 2V5YA 5GM0A 4FPHA 3FFZA 3AYCA 4AGRA 2YMZA 2ZGQA 4NCSA 3WG4A 4X49A 3M3OA 1W0PA 1O4YA 5DG1A 1INWA 3LSEA 4U36A 1G9DA 5EXOA 1NMBN 1DIWA 1SO7A 4P9YA 1BYHA 3PJQA 2LALA 4MX0A 1NSDA 2BATA 2F0ZA 2B7YA 1DHKB 4FP3A 2ARXA 1NCAN 1G9BA 4GB1A 2CY6A 4YFZA 1HKDA 4GWNA 3IN9A 3AP9A 1LOEA 1S0IA 2ZMNA 4YG0A 4MWWA 1BZWA 5IK5A 1LOGA 4ASMB 3N7JA 2PHTA 2GDFA 1RITA 7NN9A 1JN2P 2A5ZA 2AYHA 1TEIA 1GYKA 4FQZA 4XXPA 1LHNA 3WDTA 4R9BA 4K3YA 2F27A 4GXLA 1LHOA 1G9AA 3AXEA 4B7NA 4D8SA 4ATEA 4FPOB 2QWDA 1QMJA 1JYCA 1URXA 3POSA 5BYNA 2OUJA 2A3YA 2ZKNA 3AYEA 1AXZA 4GJTA 3TIBA 1VALA 1Q56A 4D69A 4R9AA 2QWHA 1MS9A 3AP4A 2DU1A 2VWDA 3TB0A 1IOAA 3C2UA 1GLHA 2W5NA 2XZKA 5DZGA 2DVFA 5JOZA 2Q5TA 1LESA 2JD4A 1MS5A 2VXRA 4YZ5A 3PVEA 4PQ9A 2I2SA 5DUVA 1SLCA 2VY0A 2HU0A 2V73A 4ISRA 2GMMA 2ZHLA 1OKQA 5GLZA 1V00A 1QU0A 1WBLA 5IT6A 1VLNA 5GLWA 3ZXLA 2VVZA 1LHVA 1YI7A 4XTPA 2XCYA 3NN9A 3ILNA 1Z0HA 4MC7A 3WCRA 5NN9A 2AEPA 4HZZA 4MWYA 1A78A 5JOXA 1MVEA 3RMXA 2DU0A 1B09A 2Z42A 4WA3A 1SFYA 4AVVA 4Y1ZA 4Q26A 1IVCA 1QDCA 3M2MA 5IUQA 2F11A 3A4UA 4HZWA 1LOFC 4K1ZA 3HMYA 3ZXEA 1IS5A 1NCDN 2EF6A 2UWCA 2PHFA 1YYNA 2D6NA 1AX0A 1LHUA 4FQ4A 2F10A 2DUPA 1KQRA 2EXHA 3WNXA 1S0DA 4B7MA 2W5OA 5T50A 2ERFA 4M3CB 2ZHNA 5GZGA 1SLTA 1BJQA 5KXCA 1RINA 2D6KA 1VIWB 4LBQA 3B00A 3MEPA 1FNYA 4L8QA 1I3HA 4FPCA 1SBDA 3AJYA 2PHRA 2A71A 1GZ9A 4YZ2A 4GKYA 1F8CA 3AFKA 5T5OA 1IVEA 4UW4A 3ILRA 2ZGKA 1FYUA 5E8AA 4K1YA 3JU9A 1F8DA 1S0FA 1QOOA 4GZSA 2BERA 3NV2A 1AJOA 4MWXA 2ZA9A 1EPWA 4XJAA 3PVNA 1GNZA 1U0AA 2YV8A 4GZOA 1N1TA 4Q1PA 3FLRA 3AZVA 1FV3A 1A14N 1CN1A 1W6OB 1CJPA 4UF7A 1HQWA 3TI5A 1INFA 4CTEA 3A71A 2CTVA 4MWJA 4AGVA 1W21A 4Y1VA 3AJZA 1GKBA 2CWSA 1INXA 2D7FA 2FHRA 5HUGA 2EXIA 4YFWA 4ZXKA 3K38A 3K37A 1V6OA 2A3XA 1S0GA 3IM0A 2RKCA 3ZXFA 1XOGA 2HT5A 1D0HA 3NV4A 1KDKA 2NP0A 2ZGUA 1GBGA 5L73A 3FUQA 1V0ZA 3H73A 4MYEA 1DYPA 4PBPA 5T52A 4FPGA 5JMCA 4TYSA 1JBCA 1E8UA 4BLIA 3GVJA 4XDQA 1W6OA 1ONAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JZ6A 1PNGA 4H52A 4ZU4A 3HVDA 3ZSEA 3B94A 4PCRA 1VRH2 2WFF2 1DZRA 2WSUA 1O5UA 2KA3A 5HUNA 1IS3A 3O12A 2YA7A 5F5CA 4CDXC 1RUG1 1DQ4A 5CA6A 4AEDC 1Q7FA 1R083 1OOPA 1VBA3 4QKBA 4OHZA 1WW6A 2BNOA 3FUOA 1IQDC 3RJ2X 2ZACA 2CMLA 4CPYA 3I3BA 4BLJA 2WQ8A 5FNQA 1UMHA 4OVEA 3CU7A 3ILFA 4FSJA 3WWAA 3ACIA 3RMYA 5HI0A 2Y6LA 5GX5A 2BJSA 4IMBA 2QQPA 1WCDJ 2XR4A 3NV1A 4I0WB 2VQUA 4Q27A 4MWLA 3N9LA 3DPRB 4HETA 3KS7A 4X6RB 5FZAA 1I1EA 4YW5A 4UFJA 4Q4X2 3LDBA 1KD7A 3WNKA 5IVBA 5GJ6A 1FOD1 2OA2A 1ENRA 3UGHA 3T0AA 3VBRA 1NYWA 2AC1A 2JENA 3VBUC 3B9CA 2VZSA 4LBMA 3VBOC 2ZGOA 2GVVA 3ZPOA 1UCXA 2WN3A 1W6QA 3HLIA 5FMOS 5C8CC 1AYM1 4X6KA 2FCTA 4CEWC 4GZQA 1AL22 2G4IA 2QWKA 4L97A 2VCCA 4QWNA 2VZQA 4GNAA 4JKMA 4Y20A 1CQ9A 4IW3A 3O7OA 1R093 1V3BA 2HTYA 3TI4A 2HEWF 3OGSA 1NX9A 4IE6A 1Y9MA 3SQOA 1A4GA 3TBDA 1QJX1 2YDEA 1UIJA 5EP9A 2JJ6A 3VZLA 2E51A 1FMD2 4OI4A 5FZLA 2XZJA 1PZ8A 2RS11 4Q2FA 4AVCA 5GALA 3I2FA 1VPHA 3JB8A 2IAUA 2OJHA 2JDZA 1QQP1 2DDUA 3IT8A 4NAOA 1IVBA 4MGIE 1QJY3 4LO7A 4OZOA 3T4HB 2VOXA 2C0ZA 1OURA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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