4XYXA

Nanb plus optactamide
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
660
structure length
660
Chain Sequence
SPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLTKLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 200
structure length 660
sequence length 660
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-02-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xyxA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xyxA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xyxA02
2PHTA 4GALA 3FLPA 2ENRA 2PELA 1LECA 4NCSA 2QWKA 1RIRA 2BERA 1NSBA 1F8EA 1LULA 1N3OA 1QF3A 1PZ7A 1ULGA 2UWAA 1ONAA 4XHXA 2ZGKA 3ASIA 4HZVA 4JF7A 1IKQA 4U36A 1MWEA 2D44A 4TYSA 5GZFA 2YA8A 1CIWA 1W6NA 1LOEA 3JU4A 3M3CA 2QWGA 4CPMA 2B8HA 3RS6A 1UL9A 1DYPA 3ZPYA 4YW3A 2ZMLA 4K1ZA 2NMNA 3V0BA 1V0ZA 1A3KA 2SILA 1NCDN 3AZZA 4K3YA 1SFYA 3AXDA 1AZDA 4WVWA 2JE9A 1C4RA 4HZWA 4YW2A 1AX0A 4WA3A 1L7GA 2SBAA 2W38A 1EUTA 1MZ5A 4B7QA 2ZGNA 1IVEA 3W09A 4LBQB 2FHRA 3INBA 1N3PA 2ZGLA 3CL0A 2JECA 4M4NA 4Q6KA 1FX5A 1GSLA 4FQZA 1DBNA 2GALA 2XZJA 4K1JA 1ULDA 1VCJA 4XBQA 4Q1RA 5GZDA 4YG3A 4KS1A 7NN9A 1Q8SA 1TEIA 4FPLA 3B9CA 4MWYA 1RITA 4YGDA 1UZZA 2XB6C 3AP7A 1URXA 2A6VA 4NOTA 1KRIA 5DZFA 1QOTA 2EXKA 5GZCA 1Q8VA 1NLSA 1WBLA 2VW1A 4M3CF 1V3CA 2NM1A 2YY1A 1DIWA 1JN2P 4Y22A 3APBA 4H55A 5JMCA 1MACA 2VU9A 2R1BA 4FVVA 3K37A 3K3AA 3TIBA 1S0DA 2DURA 4D8SA 1Z0HA 2A6XA 1YYNA 4YW4A 5DXDA 4XDQA 3IPVA 5HUKA 3ZXLA 1GV9A 3NSSA 2ZGTA 1W6OB 2EF6A 3OJBA 1ZM1A 4GKXA 2PHFA 5JVVA 4LBMA 5JOWA 3OGGA 2A71A 4LBQA 1NMAN 2HT7A 4PBPA 2ARXA 4AYUA 4Y1ZA 2ZHLA 1CONA 1W6PB 4Q27A 4GZTA 4AVVA 4MX0A 1LOFA 3B00A 3VUOA 1FATA 4ZXKA 4UF7A 5JYYA 1V6LA 4OZXA 2HU0A 2XZKA 5DUVA 5H9QA 3SISA 1YXWA 4QN3A 3AZYA 4HL0A 3N36A 3O9KA 2ZGSA 1W1XA 3WDVA 4NC5A 3NV2A 4HZZA 4X4AA 1L7HA 4XTMA 3NV3A 2CYFA 3RMYA 1N1VA 1WW4A 2ZGUA 1MZ6A 2F28A 3ILNA 2OW4A 3D5OA 1LOAA 4GZWA 2E51A 4PQ9A 2R16A 3WCSA 2EIGA 2R0FA 4JRAA 4XXAA 3DGTA 4LBQD 5F9TA 1BQPA 4HANA 3OY8B 2DVGA 2JD4A 1PZ9A 1SLTA 2YROA 1WLWA 4CTEA 4WEGA 1S0FA 3A72A 4KS5A 2DVFA 2YXSA 1SLBA 1W6QB 2ZGOA 2P37A 1X50A 5JLVA 1UPSA 1INVA 2D6KA 1AXYA 3AP6A 3TI8A 3NV1A 1W6OA 4K1YA 3WNXA 1GZCA 3ALWA 4GWMA 3A0NA 4FVKA 1SCRA 1AX2A 4M3CE 2WT1A 1G8WA 2W39A 4K20A 3IMNA 1ENQA 2VK7A 4MWLA 1IS3A 1W6MA 4ISRA 1W6PA 2P34A 3FBYA 4Q8KA 3IN9A 3A71A 1V0FA 1UN1A 2HYKA 4M00A 3AYEA 1J1TA 2F12A 1LCLA 2W08A 5L73A 2C4AA 3D12A 3WOGA 1SBEA 4TZDA 1NNCA 1INYA 2FMDA 2EALA 4UW6A 1JYCA 1YI7A 2ZABA 1V6KA 3N35A 1CJPA 2OUJA 4AVTA 3OPZA 2UWCA 4Y24A 3ENRA 2HT5A 3R05A 2VW2A 1V2IA 4XYXA 3D6EA 1CQ9A 1UMZA 4Z8BA 2D7FA 3O5SA 2W5OA 3AFKA 4FOWA 4HZYA 1LESA 1L7FA 4AWDA 1DQ4A 3SALA 2ZBJA 1I1EA 1G9FA 4XMAA 1USXA 4JC1A 1SLAA 4FP2A 3TI3A 2DYCA 4GZXA 2A6ZA 1V6IA 4CRQA 1KQRA 1W6NB 2Z42A 2CNAA 4GZQA 2HTUA 2UU8A 5EXOA 3SH4A 3AZWA 1SLLA 3ZYRA 6NN9A 2ZKNA 2ZB5A 4FPFA 3T1EA 2ZAAA 1INWA 3WG2A 4WZFA 3WUDA 1V6JA 2DU0A 2VH9A 4BQ1A 3TI6A 2UURA 3TICA 2F27A 1WCQA 4Y20A 2XZIA 1APNA 5HUMA 5NN9A 2WKKA 4WA4A 4ISQA 3TI4A 1ULFA 1FNZA 1IVGA 4QN7A 3VKMA 3SH5A 4MWWA 2GNBA 1FNYA 3V64A 2DVBA 2OUHA 3AYAA 3ILFA 5FRAA 1GLHA 2D43A 1Q8PA 2NYYA 4XJQA 2GN3A 1IVCA 4FPCA 3WDYA 3H72A 4I00A 4MZEA 4BPZA 4ASMB 4M3CB 4X47A 4CPNA 1DQ2A 3POYA 2D6NA 1Q8OA 2AYHA 5IK7A 4M3MA 4XHBA 4DPNA 5DG2A 2DWRA 2EXHA 1AJKA 2YA7A 1VIWB 1NSCA 2QWFA 3WG1A 1H9PA 1IVFA 2DTWA 4Y1XA 4Y22B 4XJZA 3QCWA 4R9CA 1S0BA 2DUOA 2F29A 1BKZA 3T2TA 3POSA 2QWIA 1GNZA 2CY6A 4MJVA 3RG0A 2VSMA 1N47A 2GNTA 3O12A 3V0AA 3IPVB 5DUXA 1AF9A 2D6OX 4QNPA 4ATFA 2JDZA 4MWVA 2DUPA 1N1TA 2C5DA 4RA0A 3LSDA 3WZ1A 1KJLA 3VKOA 1Q8QA 4XJAA 1KDMA 1AX1A 3O0WA 1GZ9A 2VSKA 1WW5A 1V6NA 2ZGQA 3FUOA 5E8AA 3CNAA 3ZSKA 4LBOA 4YM3A 4M4UA 2DVAA 1USRA 5CNAA 4P14A 3MW2A 3O9JA 1DYKA 3UK9A 1QKQA 1MS5A 3WHUA 2D6LX 1NCAN 1DQ1A 3GALA 1C1LA 4YLZA 4KS2A 1UAIA 1HLCA 5GLWA 4DRVA 1QGLA 4XJWA 4M4VA 2AREA 4D69A 1IS4A 2GDFA 4YGEA 1JXNA 4XILA 1UZYA 1O4ZA 1JBCA 1MS3A 4XJUA 4Y1UA 4Q2FA 1LHOA 1ENSA 5T5LA 1OQ1A 4M3CA 1HQLA 1G9BA 5H9SA 3KM5A 3AK0A 1SO7A 1VALA 4BLIA 2ARBA 3O0XA 1UKGA 3A0KA 4FPOB 3ZXJA 1Q56A 2PHUA 1KDKA 3ILRA 3ZVXA 2A3YA 3PMEA 1V00A 1DQ6A 3TAYA 4GKYA 3C2UA 4C1WA 2JE7A 2AEPA 3V65A 2EXIA 3IKWA 4I30A 1A4GA 2F24A 1FYUA 2BQPA 2XG3A 1B9VA 3ZXEA 1BZWA 3CYEA 1G7YA 2F26A 1GZWB 1YRZA 4Y1VA 1GKBA 1W21A 5T50A 4WA5A 1W6MB 4BMEA 3RRDA 1RINA 1NN2A 4R9DA 3D4KA 1V6MA 2QWDA 1O4YA 4DFSA 2W68A 4KS3A 2WJSA 3R4SA 1Z50A 4YGBA 1S0IA 3N3HA 3SH3A 1NNBA 2P3KA 1ULEA 4FPEA 2YV8A 3OBTA 3BIWE 4XIKA 3ZYPA 2P3JA 2D6MA 1NMCA 4MWJA 2EAKA 4YM2A 1GNHA 1SBDA 1A78A 1NNAA 1CVNA 4AGRA 2B7YA 3NV4A 3MEPA 1SLIA 3FLRA 3JU9A 2GNDA 2XCYA 1VLNA 3DUIA 4FP3A 1G86A 1NSDA 5B2DA 3GVLA 5HUNA 3AX4A 2E53A 2QWBA 1NMBN 4B7MA 1LOGA 2X9MA 1WLCA 4Q26A 4P9WA 1NXD1 5SV8A 3AYDA 3SITA 5GJ6A 1QOOA 1S1AA 1UX6A 2ZGMA 3MW3A 3WDWA 2BATA 1B9TA 2RKCA 5IT6A 1QU0A 1DFQA 2DU1A 1WD3A 3GNEA 1CESA 4DGRA 5F5QA 1LJ7A 4FJ6A 1S0CA 3NWKA 3A4UA 4GB1A 3QLQA 5DUWA 2C9AA 5CAZA 3W58A 3WDTA 4K21A 3OBRA 1Z4XA 1E8TA 1VAMA 4B7NA 1GZWA 2ZMNA 1IS6A 4MJUA 2GN7A 3HR9A 2F25A 3ZSMA 3L2YA 1HKDA 5IK5A 3AXEA 4Y20B 4HZXA 4CPOA 3K36A 1LEDA 4Q1PA 4CPZA 5HX0A 4YZ3A 4C1XA 4YZ5A 4YGCA 4BM8A 4XZPA 2RHPA 1H30A 2V5YA 3H6JA 2TEPA 2YZ4A 2VK6A 3NN9A 1ENRA 1E8VA 2QWEA 4MYEA 1INGA 3AJYA 5HCFA 3TB0A 1D0HA 2HU4A 1XOGA 3TIAA 2R1DA 4BLJA 3I4IA 2HT8A 1S0EA 2A75A 1LU1A 2PHXA 4SLIA 1MS9A 1QDOA 5DG1A 4B7JA 1HQWA 3U4XA 2GNMA 5HCBA 5DZEA 2YDPA 2VWDA 1VCUA 4YZ2A 1XOEA 3H0OA 1IOAA 4K1HA 2ZHMA 4MZAA 4BOWA 1AXZA 5T54A 1DILA 1LGBA 2ZA9A 2SLIA 1MR5A 1SNTA 1BYHA 2F10A 3LCPA 5CBLA 1KITA 5CA6A 1CR7A 2EXJA 4L8QA 3RSJA 4AVSA 3KQRA 4XBNA 5BYNA 3V0AB 4Y1YA 3D11A 1W8OA 1WUVA 4XIOA 1DQ0A 4YZ4A 2YA4A 3RQ0A 2YMZA 2ZB6A 2HTYA 2VW0A 3VKNA 3H71A 1MVQA 4LBKA 5T5OA 4FZHA 5IK8A 1G9AA 1CPMA 1WLDA 5H9RA 2I2SA 4WEFA 5M1ZA 1B09A 3R4UA 2UWBA 3AP9A 3ATGA 2A5ZA 2AEQA 1INHA 4R9AA 1GANA 1KJRA 1F9KA 1LGCA 1S0JA 2W52A 3MW4A 5GALA 4X49A 4DRRA 3SLIA 1QNWA 4R9BA 3HN1A 1LTEA 1MS8A 1A8DA 2WLQA 4LBLA 2AR6A 2G4IA 1MVEA 1CN1A 2ZGPA 1MS4A 3FFZA 4J9TA 1LENA 3IM0A 3MPPG 2R49A 2SIMA 2DUQA 1DIMA 4X6KA 4GZSA 4ITCA 1BJQA 4XXPA 5GLTA 4XJ9A 4ATEA 1AXKA 1W8NA 4ZKTB 2R0HA 3WV6A 3N7KA 5AVAA 1U0AA 3WUCA 2DTYA 2CL2A 2E6VA 3HMYA 2QWHA 3WDUA 3O0VA 3WHTA 2WT0A 1QNYA 5T52A 3USUB 1A4QA 1LOFC 2A3WA 2YA5A 5EYYA 2BF6A 5HUGA 2DVDA 2ZACA 1C1FA 2YA6A 2VUAA 3B01A 5E88A 3M1HA 2WNEA 4JCKA 4YW5A 2A6WA 3SANA 1NCCN 3AYCA 1E8UA 4PF5A 2VXRA 4DQAA 5JDBA 4MWUA 4GWNA 4MC7A 1WW6A 1YIFA 1JHNA 5T55A 1W0OA 1Z78A 1GICA 1LHNA 1DZQA 1IKPA 2WQZC 1I3HA 2VY0A 1JOJA 1INXA 2HTVA 2ES3A 4LBNA 3BOPA 1F31A 1Z4WA 2F0ZA 2NMOA 3SILA 1HDKA 4QN6A 1Z4VA 5GLUA 1F8DA 5IUQA 4GXLA 2YDTA 2A7AA 3JUUA 1LHWA 1IS5A 2GMMA 1JYIA 4GZOA 1SCSA 2Q5TA 3AP4A 3B69A 3WDXA 2OVUA 1V3EA 1FV3A 4GA9A 3T1MA 2ZHNA 3FUQA 4AGGA 1WD4A 3ZSJA 4H53A 4QN4A 3M3EA 3M3QA 1WBFA 4YG0A 4NO4A 2BZDA 2HTQA 1SACA 2CMLA 3LSEA 2ZGRA 1D2SA 1DGLA 1V3BA 1V0EA 3WG4A 1LU2A 5KXEA 5B2CA 1N3QA 3WG3A 3ZXFA 4KBBA 1DLLA 3USUA 5LK5A 1C57A 5FREA 1WCSA 5H9PA 2CTVA 5HCAA 3H73A 4HIZA 4XTPA 1AJOA 3VKFC 4FPKA 5EWSA 1F5FA 4YM0A 2D3RA 4K1KA 2JJ6A 4XJRA 2LTNA 4XBLA 2HTWA 2AUYA 2ZZJA 4XE9A 4GDJA 4WVVA 3GVKA 4RL7A 4U2AA 1ZA4A 1GYKA 3K38A 3BODA 1IVDA 5KXBA 3UJOA 4FOQA 4IQPA 5IK4A 2CWSA 3M3OA 2GMPA 2LALA 2W20A 1LGNA 2NP0A 1PZ8A 1EUUA 3PJQA 4WV8A 1Z4ZA 3ZXKA 4DS0A 1SLCA 3I8TA 1GBGA 1N1SA 4H52A 2AENA 1F8BA 2WT2A 3PVOA 1DQ5A 2HTRA 5GZGA 3TI5A 4PBOA 1W20A 3K39A 2WSUA 1VAVA 3OYWB 1N1YA 3WCRA 5T5JA 3UJQA 2A3XA 4Q8LA 2D3SA 2PHRA 4GEZA 1QMJA 2H0BA 1QOSA 1OFSA 1LOCA 4FQ4A 3VV1A 4XJ8A 2WSVA 4CPYA 5E89A 1LEMA 3POWA 4MWRA 5JOZA 1QDCA 2E7QA 1F8CA 1INFA 4BMBA 2AGSA 1G9DA 2CWMA 5KXCA 3AJZA 4YFZA 2PHWA 3ZSLA 2C4LA 3N7JA 1IVBA 2E7TA 1CPNA 2NN8A 4QN5A 3CL2A 4YW1A 1MS1A 3B3QE 5CB7A 1FAYA 4FOVA 3INAA 2A6YA 1EUSA 1SBFA 4P9XA 4XOGA 2VVZA 1Y7BA 1S0GA 2F13A 4PCRA 4MWQA 4K1IA 4CZSA 2P2KA 2F11A 2VK5A 2DV9A 3N7MA 2V73A 1EPWA 3B7EA 2ZHKA 4BBWA 1JW6A 5GLVA 4UW3A 4GZPA 2QWAA 5GLZA 3UL2A 4GJTA 3BTAA 1DHKB 2A70A 3PVEA 3OYWA 4GDIA 1B9SA 2QWJA 1ULCA 5JOYA 3OY8A 4P9YA 1JUIA 4NN9A 1Z4YA 1FV2A 1BXHA 3AZXA 2JKBA 1LODA 2QWCA 4M01A 1H9WA 4UW4A 1W6QA 4FPGA 4Y26A 1NCBN 4UW5A 1W0PA 4YM1A 1LOBA 1OKQA 2ZMKA 5GZEA 3Q9OA 4F83A 3AZVA 1WW7A 4YFWA 1LHUA 4FPYA 3V0BB 3SNMA 4MWXA 2P3IA 4XMIA 3FLTA 2W5NA 2ERFA 1BJIA 3WLUA 4W65A 4CPLA 2D6PA 1V6OA 5EYXA 3ALXA 3RMXA 4LBJA 3PVNA 3N7LA 3BEQA 5JOXA 2D3PA 3AP5A 4YG6A 5KXDA 2AH2A 1V3DA 3T1LA 5DUUA 4FPJA 1LHVA 3GVJA 4FOYA 3WVJA 4AGVA 3VKLA 1YO8A 5T5PA 2GMEA 1R1ZA 4FPHA 1XQNA 1A14N 2KM2A 1MS0A 3W59A 3M2MA 1AVBA 5DZGA 4KS4A 1G9CA 5GM0A 4B7RA 2NZ9A 4YZ1A 1EURA 3CKZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2PHTA 4LO8A 4GALA 3FLPA 1GR3A 3WQBA 1POV1 2ENRA 1TQ5A 2VR4A 4Q0SA 2VQ0A 5D8AB 3WY6A 3LD8A 4WVMA 3BB6A 1YFUA 3P1IA 5IVCA 2WDBA 3WD5A 2PELA 1CGPA 1ZBE1 1LECA 3N4MA 4NCSA 2C26A 3JXSA 5C3RA 5JI9A 3U10A 4BXSV 2O14A 2WS91 3MIFA 2QWKA 4K8RB 2AEZA 1RIRA 2BERA 2O8OA 2VC9A 1NSBA 2GC3A 4QXKA 1F8EA 1V9U3 4HOOA 4P9GA 2FDKA 3M70A 4LO5B 3VGIA 1LULA 5A7WB 2RDSA 2QE3A 1N3OA 2WYSA 3FHAA 4EROA 1SDDB 5BNPB 2QKDA 1QF3A 1PZ7A 3TRSB 2QVSB 1E5SA 4CEYC 1RVF3 2XN4A 1ULGA 2UWAA 1ONAA 3RGBA 4Q0UA 4XHXA 2ZGKA 3GBWA 3LGRA 4HPKA 4NRPA 3ASIA 4FBFA 1M4WA 1QJY3 5HCHA 1YC61 2VMHA 4FFFA 4XFBA 2Q8EA 4HZVA 1ZBA3 4V2VA 4XPVA 1SPPA 2ET1A 4JF7A 1IKQA 2H6BA 1RUH1 2CDPA 4GH4A 4U36A 4O9GA 1MWEA 2D44A 2Q8CA 2G9GA 2KR2A 1PO23 2VM9A 2MHFA 4TYSA 4B1LA 5GZFA 2YA8A 1CIWA 1OXCA 5JSRA 1J84A 4KU7A 1XB9A 3ABZA 1ND3C 1W6NA 1LOEA 3JU4A 3M3CA 3POIA 5L9RA 2IAQA 1XC6A 2Y64A 4V2WA 2B8HA 2QWGA 4CPMA 2RMU2 3RS6A 3RZKA 3BOWA 5C4WC 1UL9A 2UYBA 4CEYB 3R6SA 1DYPA 3DEMA 4IV3B 5ANNA 3ZPYA 4YW3A 1Y9GA 2ZMLA 4K1ZA 2NMNA 3ME2A 5KHKA 4LO7A 1K45A 3IDAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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