4XYXA

Nanb plus optactamide
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
660
structure length
660
Chain Sequence
SPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLTKLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 200
structure length 660
sequence length 660
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-02-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xyxA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xyxA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xyxA02
3ZXFA 2QWBA 2ZMNA 2ZGRA 5T5LA 2VW2A 4GALA 3GVLA 2C4LA 5IT6A 1Z4VA 1MS0A 2SBAA 2R1BA 3WG4A 4LBQD 3D12A 3MW2A 2SLIA 4MJVA 1KJRA 4BLIA 3GNEA 1V3DA 3TB0A 3FUQA 1UPSA 1GZ9A 1INVA 3HN1A 5DUWA 4H55A 1GLHA 4BLJA 2UWBA 2ZB6A 2XZKA 1AXKA 1AF9A 4KS2A 2WKKA 1LEDA 1PZ7A 4PQ9A 4B7MA 4GZSA 4LBQB 4QN4A 2P34A 3K38A 1CONA 2EF6A 1YYNA 5EWSA 1BJIA 1QMJA 3TIBA 2HTYA 2X9MA 5H9PA 2HT7A 2VXRA 5DG2A 1ULDA 2C9AA 4YZ1A 5JOYA 4AGGA 5EYXA 2E53A 4Q8KA 2ARXA 2RKCA 1F8CA 1BQPA 4NCSA 3T1MA 4Y1UA 1C4RA 3FBYA 3V65A 1CVNA 4CZSA 1A78A 1V6LA 4M01A 3WHUA 4CPZA 4K1ZA 1S0JA 4XIOA 4M3CA 4BMBA 4CPOA 1S0FA 1AJKA 3AJZA 2EALA 4XJUA 4HZWA 1DLLA 3TAYA 2ZAAA 3KQRA 3SANA 1LULA 3SLIA 3APBA 4YFWA 4FPHA 2YA6A 2ZGLA 3RSJA 2YA4A 4GKYA 3CNAA 3OBTA 2NYYA 2H0BA 3SH5A 4MJUA 1W21A 3WDUA 1FV3A 4GWNA 5HUNA 2JECA 4XXPA 3O12A 2FHRA 2A7AA 1FYUA 2CWSA 2F25A 5HX0A 1UX6A 2WT1A 2UU8A 1GZWA 5GLTA 1AXZA 4CPMA 1NSCA 4MWLA 1GNZA 4PCRA 2V5YA 4JRAA 3M3OA 4X4AA 5JLVA 1NMAN 3NN9A 4WA5A 2QWFA 4M3CB 3N3HA 3O0WA 5CAZA 2Z42A 1LHWA 3VKNA 1VCJA 1MS8A 2A3WA 4IQPA 1EURA 4XJWA 4J9TA 2YROA 3QLQA 2DUPA 5GLVA 4L8QA 2TEPA 1MACA 4GDJA 2Q5TA 4XXAA 1RINA 4Q27A 1N1YA 2WT2A 3M3EA 1V3EA 4X49A 4FVVA 2GDFA 4FOWA 3HR9A 4JC1A 5CA6A 2DU0A 2ARBA 2ERFA 1ENQA 2EXKA 2A70A 3N35A 1VAMA 3ILNA 5IK7A 1GZWB 3WOGA 4M4UA 1INYA 3N36A 1F8BA 3IM0A 2BF6A 2EXIA 1SFYA 2ZGOA 5GZGA 2F0ZA 2R0HA 4GDIA 1QF3A 1Q8QA 2PHXA 2QWDA 3D6EA 4XTPA 2D3SA 1MVQA 2ZGSA 5LK5A 4R9CA 4DRRA 4C1WA 2AGSA 1DIMA 4HL0A 4B7JA 5DZEA 1W1XA 1DZQA 1MZ6A 4GZPA 2HYKA 2QWAA 3VKLA 3VUOA 1IKPA 4P9WA 3BEQA 4XJZA 2A6WA 4YG6A 1LU2A 1NLSA 4HZYA 3ILRA 2BATA 4R9AA 2F10A 2ZABA 1LEMA 4GZOA 1ENRA 3ALXA 3O0VA 1GYKA 4Q1PA 2XZJA 3H6JA 2VSKA 1V0FA 5DUUA 4OZXA 5GJ6A 5SV8A 4W65A 4Q2FA 5T5PA 1AVBA 3ZSMA 2CTVA 1B09A 4XE9A 1XQNA 4YW5A 3OYWA 4UW5A 5HUMA 1WBFA 3ILFA 2AUYA 3AYEA 3IKWA 4YM0A 4Y26A 3SITA 2A3XA 2NMNA 3SALA 1IOAA 1DBNA 5JOZA 1F8EA 1R1ZA 5EXOA 2W39A 2WT0A 4CRQA 1OFSA 1OQ1A 3A0NA 1V6MA 4PBOA 1LU1A 2JD4A 4M3CF 1DIWA 1MS5A 1FX5A 1NMBN 4MWYA 4YZ3A 3NSSA 3POWA 3L2YA 2GN7A 3SH4A 1G9CA 3UK9A 5GM0A 4Y1YA 4FQZA 3KM5A 3WDXA 3ZYRA 4C1XA 2LALA 4SLIA 4BPZA 4GJTA 3TI6A 2LTNA 4GXLA 2AH2A 5DG1A 1IKQA 5GLUA 2BQPA 1Q8OA 3OYWB 5BYNA 1HQLA 4TYSA 4NC5A 1DQ1A 1JHNA 3ENRA 3M1HA 3OJBA 3AP7A 3OBRA 4BMEA 3O0XA 4B7NA 2DTWA 1N3PA 4LBLA 1W6PA 4P9YA 1A3KA 3V64A 2CNAA 2GMPA 2DWRA 1DGLA 4Y1ZA 2VSMA 4Y20A 1H30A 1IVGA 3POYA 3A71A 1FAYA 2NP0A 1S0DA 3UL2A 3PVNA 4MYEA 4R9DA 2E7QA 2W20A 5CB7A 1AJOA 1INWA 1TEIA 2JJ6A 4YGCA 1SCRA 1INHA 3A72A 4AVVA 4HANA 4YLZA 3WV6A 2W52A 1Y7BA 4M3MA 4YW4A 4YZ4A 3B7EA 2D3PA 4ISQA 3AYAA 1EUTA 1ULEA 1NN2A 5GZEA 4FOYA 1QKQA 3ZSJA 3AP9A 1WD3A 5GZCA 2VK5A 1JUIA 4UF7A 1MS1A 4WEGA 3I4IA 1W6PB 3JU9A 2F28A 1ZA4A 4Q1RA 4FPJA 2HTVA 2P3KA 1E8VA 1QOSA 3ZVXA 3V0BA 4Q8LA 4YW1A 3B00A 2WLQA 4DGRA 1WW7A 4AVSA 1MS9A 4MZEA 2GNBA 4Y20B 3MW3A 4GZWA 4YG3A 4MX0A 3WNXA 1LGBA 1MS4A 1DQ2A 3A0KA 4ITCA 4YW2A 2XG3A 1DFQA 4YGDA 4H53A 4Q26A 2PHRA 3D11A 1A14N 2W38A 2ZBJA 5T52A 2YV8A 1LOFC 2BERA 1NCAN 1YXWA 5T55A 1WW6A 4ATEA 3B69A 1L7HA 1SBDA 2W68A 1RIRA 4XBLA 2QWHA 1C1LA 2EAKA 1PZ8A 2D7FA 2ZMLA 1DYPA 4KS1A 4QN7A 2ZACA 1DQ4A 3I8TA 3V0BB 3WDVA 1JW6A 3C2UA 4M4NA 1NXD1 1GBGA 7NN9A 1D0HA 2A6ZA 4RL7A 4YZ2A 3RMXA 2GMEA 3LSDA 1HKDA 3AX4A 3WZ1A 2AREA 2VK6A 1Z4ZA 1UL9A 1BZWA 1QOOA 1WW5A 2WJSA 3M3CA 1E8UA 1UZZA 3RRDA 1ENSA 1LECA 1GNHA 5DZFA 2OVUA 1Z78A 3AYDA 1INXA 2YDPA 2HU4A 2YA5A 1B9TA 1WLWA 4K1JA 3RG0A 1IS4A 1ULGA 2ZGTA 3W09A 3WDTA 2AYHA 4PBPA 4XJ8A 1EPWA 2ZGUA 4CPYA 4K21A 4D69A 2QWEA 2EXHA 4GWMA 3FLPA 2WQZC 1W8OA 4WA4A 1UKGA 3D4KA 2PHWA 4YGBA 2D43A 1W6NA 1AXYA 5T50A 1BKZA 4FPLA 1ULCA 1IVFA 1A4GA 3R05A 5E88A 3GVJA 1QU0A 5JVVA 4MC7A 1SBFA 3NV4A 4FPCA 1LGNA 3BTAA 3AP4A 4YM2A 1G8WA 1INGA 2PHFA 3R4UA 3WUCA 5DZGA 4NO4A 1MWEA 5HUKA 4M3CE 4XDQA 2D6MA 1JN2P 3B3QE 5JDBA 1N3QA 4M00A 1Z0HA 1V2IA 1V6IA 1S1AA 1NSDA 4Q6KA 3W58A 1HLCA 2VUAA 2DURA 3ATGA 4YM1A 2D6PA 1LOCA 1CJPA 1LOBA 2DUOA 1LHOA 4M4VA 3ZYPA 1G86A 1HDKA 4MWRA 3GALA 3AZVA 1LODA 1MZ5A 4KS5A 1YO8A 1WUVA 4ZXKA 3AZYA 1U0AA 1EUUA 1CPNA 1QNWA 2SIMA 2AR6A 3WG2A 3H71A 3CKZA 4H52A 1Q8PA 1LESA 2D44A 4WA3A 1UZYA 3PMEA 3LCPA 1YIFA 1W6NB 2ZHMA 1V6NA 2YMZA 1F8DA 2DVDA 5IK5A 1NCBN 2XZIA 3WG1A 4U36A 1APNA 1LHVA 3N7JA 5E8AA 3AXEA 3POSA 2PHTA 4YZ5A 1D2SA 1LGCA 1CR7A 3VKMA 3M3QA 4HZXA 2OW4A 2I2SA 4FPOB 4U2AA 2A75A 4QN3A 4DPNA 1WLCA 4KBBA 4XJ9A 4X47A 4FPEA 2P3IA 4I30A 4WVWA 1QGLA 2BZDA 1UN1A 3B9CA 3HMYA 2ZGPA 3INBA 4BOWA 3WUDA 5KXEA 1ULFA 2D6KA 5HCAA 2GNDA 2ZA9A 1DILA 4WV8A 2DV9A 3ZSLA 4HIZA 1V6KA 4AGRA 4Y1XA 4FP3A 2W5NA 3CL0A 1URXA 1Z4WA 1W0OA 3O9JA 4FOVA 3SILA 4GEZA 3NV3A 4FPKA 1LOGA 3INAA 4FQ4A 2HTQA 3IN9A 4DFSA 5HUGA 2W5OA 3T2TA 4XBQA 1G7YA 4F83A 1QNYA 1UAIA 2UURA 3AP5A 2D6LX 2EXJA 1B9SA 4YM3A 2W08A 5NN9A 4YGEA 4AWDA 3R4SA 3TIAA 1W6OA 4MWWA 4JCKA 1EUSA 4FJ6A 4R9BA 1IVBA 2ZHNA 1L7GA 1VAVA 4XYXA 2EIGA 3D5OA 1LOFA 1G9FA 2P3JA 1LHUA 4HZVA 3OPZA 4XHXA 1L7FA 3MPPG 2VU9A 1WBLA 2OUHA 4CTEA 6NN9A 5DXDA 5F9TA 5JYYA 3RS6A 1BYHA 1JYCA 1V6JA 3NV1A 4XBNA 5EYYA 1SBEA 2E6VA 1GV9A 5T54A 2AENA 4B7RA 5IUQA 4Y24A 1CESA 1AZDA 1W6QA 4LBNA 1V3BA 3PJQA 2YZ4A 2HT8A 1N1TA 2GALA 2F29A 1W6OB 1XOEA 3SISA 3JUUA 3WCSA 1JXNA 5AVAA 1IS5A 3H0OA 1QOTA 3BOPA 3RQ0A 3GVKA 1LENA 3M2MA 2VK7A 2CWMA 2CMLA 2D6NA 3VKOA 1V00A 4Y22A 5DUVA 1NCDN 1X50A 3AZZA 3AXDA 3AFKA 1SLLA 2G4IA 3TI3A 4HZZA 2JE7A 1WW4A 1CN1A 3CL2A 2JDZA 5HCBA 1KDKA 1W6QB 2YA7A 1BJQA 1A4QA 1YRZA 4GZXA 2HTWA 1INFA 4NN9A 3ZXKA 4XJAA 2SILA 2VY0A 3FLRA 1NMCA 4MWQA 4MZAA 4UW6A 4ATFA 5M1ZA 4BBWA 4AYUA 2GN3A 1KJLA 4CPLA 3WHTA 5H9SA 5JOXA 2DVBA 3WG3A 3MEPA 4MWXA 2F13A 1IVEA 3FFZA 1Z50A 1G9BA 1DYKA 4B7QA 4FP2A 1FNYA 4XMIA 3WLUA 4MWUA 3K36A 5CNAA 2ZGNA 3AYCA 3DUIA 1H9WA 4Y22B 2F11A 1V0ZA 4KS3A 4AVTA 4XILA 1F9KA 1Q8SA 2QWGA 4DS0A 1CQ9A 2VH9A 5FREA 5GZFA 1W8NA 1CIWA 2DVGA 2WSVA 3TI5A 4Y1VA 3DGTA 1N1VA 1DQ0A 2GMMA 3FLTA 2A71A 2D3RA 2DUQA 4PF5A 1DQ5A 4K1IA 5IK8A 4XZPA 1VLNA 1WLDA 1GZCA 4FVKA 1SO7A 4K3YA 3O9KA 1DQ6A 4GZTA 3SNMA 2YDTA 1PZ9A 4LBMA 4GB1A 1IVDA 1NSBA 2F26A 5GLZA 1NNCA 4K20A 4NOTA 3O5SA 4D8SA 3PVEA 1I1EA 3B01A 5FRAA 5KXDA 2YA8A 1ONAA 4XJQA 1QDCA 2KM2A 2R1DA 4GKXA 5B2CA 4FPYA 2CYFA 3K37A 1JOJA 4FPFA 3BODA 1F31A 3SH3A 3USUA 2YXSA 4XJRA 2JKBA 1UMZA 3WDYA 1WCSA 4RA0A 2ZKNA 3A4UA 1FATA 2C5DA 4BQ1A 3TI4A 1C1FA 1GKBA 3W59A 4MWJA 2F27A 3VV1A 3N7KA 2ES3A 1IVCA 3JU4A 2R0FA 4BM8A 4WZFA 2CL2A 2A3YA 1KRIA 1S0EA 2P2KA 4XTMA 3AZWA 2D6OX 3V0AA 2UWAA 1CPMA 2F12A 1LTEA 3CYEA 2HTRA 3FUOA 5HCFA 3TICA 1E8TA 1I3HA 2ZMKA 3AJYA 5KXBA 1NNBA 1W6MA 2FMDA 2DVFA 3NV2A 2ENRA 4YFZA 3WVJA 2QWIA 1IS6A 3UJOA 2GNMA 1S0IA 1N1SA 1F5FA 1SLIA 1USRA 1S0GA 4TZDA 2QWKA 3WCRA 3ALWA 3ZXLA 3ZXJA 3PVOA 1MR5A 3AZXA 3USUB 4FZHA 2NZ9A 2A6YA 1LJ7A 1KQRA 1RITA 4P9XA 1O4ZA 1N47A 1NNAA 5GLWA 2QWJA 2F24A 1V3CA 1A8DA 2P37A 2NMOA 4GZQA 5GZDA 5JOWA 1V6OA 3AP6A 2OUJA 1Q8VA 5B2DA 1AX2A 5T5OA 3IMNA 4YW3A 2QWCA 2YY1A 2V73A 2A5ZA 4XOGA 3NWKA 1WD4A 3IPVA 4GA9A 1VCUA 5H9QA 3V0AB 4MWVA 1MS3A 3ASIA 2HT5A 5JMCA 4ISRA 1SLCA 1G9DA 1W6MB 3T1EA 1NCCN 1LOEA 3N7MA 1SNTA 5KXCA 4CPNA 2ZGKA 1MVEA 3WDWA 3K3AA 1KDMA 1VIWB 1FV2A 3LSEA 2R49A 4XIKA 2VVZA 1J1TA 1XOGA 2NN8A 4K1KA 1V0EA 4DRVA 4UW3A 1SACA 3U4XA 2VWDA 3QCWA 2E51A 2DTYA 2UWCA 4LBKA 4WVVA 1DHKB 1HQWA 1LOAA 3RMYA 3ZSKA 4LBOA 3OY8A 3T1LA 3IPVB 4FPGA 2A6XA 1WCQA 4K1HA 1N3OA 3TI8A 1KITA 1Q56A 1Z4YA 2HU0A 1B9VA 2JE9A 3AK0A 5T5JA 1OKQA 2ZHLA 2ZGMA 2AEQA 4Z8BA 2ZZJA 2VW1A 5L73A 2NM1A 4ZKTB 4P14A 1JYIA 4QNPA 1S0CA 2HTUA 4YG0A 4WEFA 1O4YA 3BIWE 1S0BA 1W0PA 4K1YA 3Q9OA 5DUXA 1C57A 3OGGA 1Z4XA 4X6KA 1FNZA 2ZB5A 5IK4A 3K39A 1JBCA 3ZPYA 1LCLA 1SLTA 3MW4A 1USXA 2PELA 4ASMB 1AX1A 5E89A 1YI7A 3OY8B 4AGVA 2C4AA 1LHNA 4I00A 4XMAA 1GICA 3N7LA 3H72A 2WSUA 2GNTA 2A6VA 2AEPA 2E7TA 3H73A 5CBLA 2VW0A 3UJQA 5H9RA 2B7YA 4LBJA 1VALA 2DVAA 4XHBA 1ZM1A 2B8HA 2PHUA 2ZGQA 1AX0A 1QDOA 1BXHA 2RHPA 1GSLA 1SLBA 2R16A 2WNEA 2ZHKA 1IS3A 3VKFC 1SLAA 4FOQA 4QN6A 4QN5A 5F5QA 1H9PA 3ZXEA 2DU1A 1W20A 4KS4A 2XB6C 4LBQA 4DQAA 4UW4A 1GANA 1SCSA 2CY6A 4JF7A 2DYCA 5GALA 1G9AA 2XCYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4N9IA 3RVHA 3ZXFA 4ONUA 1DGWA 2B39A 3WNKA 2QWBA 2ZMNA 2VTXJ 2ZGRA 4IV1B 2B5HA 2GSYA 5FZAA 2YGLA 5T5LA 4DIQA 5F39A 2Q4SA 2VW2A 2XBO2 3T2PA 3T2QA 5C3OA 1AL23 3LA7A 1JI6A 1QJY1 4GALA 4FFIA 3GVLA 1C8M3 1UU4A 5DN2A 2Z2SB 2C4LA 1GQHA 3H7JA 5IT6A 3ZFEA 1Z4VA 2FP9A 1MS0A 3NO8A 2SBAA 2R1BA 4RN5A 4QD2A 3CBNA 4OVEA 5K8SA 3ZIXA 1PGW2 4IXLA 4MXWB 4MGYE 2HWC1 3CL1A 3ZYHA 5ABJB 5CFCB 2QFEA 1U5ZA 2L9LA 4BA6A 2CGPA 3DR2A 4RHV2 1TNRA 2WZPP 4LBQD 3WG4A 2HWD3 3D12A 3MW2A 3RGBA 2GHSA 1UOJA 2SLIA 2VD7A 4MJVA 1KJRA 4BLIA 3ZYBA 5FPLA 3GNEA 3K75B 3WXPA 4AFAA 1V3DA 1HN1A 4Q29A 3TB0A 5JZGC 3FUQA 3DV8A 1UPSA 5CKMA 3SC7X 3O1SA 1GZ9A 4BJ0A 1INVA 3HN1A 5C8WA 5DUWA 1NYWA 4H55A 2OQ7A 3E5UA 1GLHA 4BLJA 2C24A 4XUPA 1L7RA 2MEV1 3MLLA 2UWBA 3ZYFA 2ZB6A 2JB8A 3VBRA 4D3WA 4QWNA 4DXZA 2IXLA 5EV7A 3RZKA 2BBVA 2XZKA 1AXKA 2JG9B 2XHKA 5IAXA 3ME2A 1AF9A 2GC2A 1IUBA 4XQDA 3V56A 4KS2A 3TRSB 2WKKA 4W6YA 4CEWC 1LEDA 4MGKE 4GN8A 3T3YA 5JIAA 2WZR1 3U10A 2BRTA 3DF0A 3BTXA 4CDXA 1GWKA 1NCRB 3A7QA 2Q0AA 2VR4A 1PZ7A 3C8XA 3EB7A 1Y3TA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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