4XYXA

Nanb plus optactamide
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
660
structure length
660
Chain Sequence
SPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLTKLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase B
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 200
structure length 660
sequence length 660
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-02-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xyxA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xyxA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xyxA02
1ULDA 1BZWA 2A6ZA 5H9QA 4MWLA 1MVQA 1PZ7A 2V5YA 2GMPA 4Q6KA 3WZ1A 3CL0A 2VW0A 1DILA 1RINA 2ZAAA 1Q8OA 3WDUA 3ZVXA 5JVVA 2D6PA 5F5QA 2B8HA 4GZPA 4KS1A 1V6JA 1SLIA 1IKPA 2OUJA 3B01A 1HKDA 4HZVA 3AZVA 1CR7A 1U0AA 4D69A 1N1SA 2ARXA 5DZEA 2NMOA 4XJ9A 4QN7A 2B7YA 3SH3A 4WVWA 1GYKA 4NCSA 1LGCA 3POSA 3NSSA 4FPJA 2QWKA 3H72A 2XG3A 4FOWA 2SIMA 1ONAA 2ZGOA 2P3JA 4AYUA 2UURA 3K39A 4XOGA 3RRDA 1JW6A 2P3KA 4YM1A 3MW4A 5JOXA 3TI6A 4IQPA 4GKXA 1FV3A 1N1YA 1V3CA 4XHXA 3OJBA 4CPNA 5DXDA 2D6OX 1Z4XA 2ZMLA 2WT0A 2EF6A 1V6OA 2A70A 1MS8A 4LBNA 2CTVA 3OY8B 2EXJA 3TI8A 2RHPA 4MWYA 3ZXJA 2R16A 3K3AA 4H52A 3V0AA 4XDQA 1BKZA 3AZZA 2PELA 4GB1A 2PHXA 1Q8VA 3ZXFA 4MWXA 1AX0A 1USRA 5AVAA 3OYWA 3LCPA 3OPZA 4Y20A 5DUWA 3TB0A 4YZ5A 4YZ4A 1F9KA 1KDMA 3ENRA 1GZWA 4MZEA 1UN1A 4W65A 3VKLA 2QWHA 2DVFA 1F8EA 4Q8KA 3ATGA 4YG6A 2VK7A 5EXOA 2QWIA 1NMBN 1KJRA 1LOFC 3N7KA 1WW7A 2R1DA 3ZXEA 3RG0A 3MPPG 2D6MA 2DVDA 4FZHA 3USUA 4ISQA 3UL2A 4ATFA 3AK0A 1LGNA 2CWSA 1IVDA 1GBGA 4CPMA 3WCSA 2YMZA 4M01A 4QN3A 1FNYA 1IS3A 3QCWA 2HT5A 1WLDA 1UZYA 1W8NA 1AXZA 2VY0A 4I00A 2VSKA 4AVTA 2E51A 1URXA 5GZGA 3AZXA 4M4NA 3AP5A 4CTEA 4PF5A 4BOWA 1AZDA 4XTMA 2C4AA 3D11A 3NV3A 1ULEA 3T1EA 2EXHA 1DQ1A 2ZGKA 3B7EA 4AGVA 1NCCN 1Q8PA 2A6YA 3RS6A 1NNCA 1MS5A 1LTEA 2W5OA 4M3CE 4YZ2A 4WA4A 2DU0A 4DGRA 1G7YA 1V6KA 2VK6A 3A71A 3HMYA 4GWNA 4FPCA 1LU2A 4NO4A 1GLHA 4GZWA 4GZQA 4DQAA 3H6JA 4HZZA 5GLZA 3AP6A 1G9DA 1IVCA 4Q8LA 4R9AA 4FJ6A 3ILNA 1NCAN 1SCSA 3BOPA 1ZM1A 5T50A 1B9VA 4HL0A 2EXIA 5HUNA 3FBYA 1FNZA 4XMIA 5EYYA 4XJRA 2YROA 1LENA 4WV8A 2DVGA 1Z4VA 2A71A 2ARBA 1OFSA 2EAKA 4YW2A 3GVJA 1IS5A 2PHFA 3CNAA 2VK5A 3WNXA 2UU8A 5LK5A 1DQ2A 3NWKA 1NLSA 2YDPA 5B2DA 4YW1A 1V6NA 1EURA 2GNTA 2AUYA 3N36A 1BJQA 5L73A 2BERA 1SLLA 4Q2FA 1MZ6A 5GZCA 3SALA 2DVBA 2HTUA 1LGBA 5E8AA 1NCDN 4H55A 2CY6A 2ZHLA 5DUUA 1DZQA 2QWAA 1GNHA 1W20A 2ERFA 1G9CA 5FRAA 3WDTA 3U4XA 3V0BA 3D5OA 3M3EA 1WLCA 2F24A 2R0FA 2H0BA 1USXA 3KQRA 4FOQA 3ILFA 1Y7BA 2ZHNA 3ZSJA 4M00A 1KQRA 4FVVA 2A7AA 1WBLA 2ZHKA 2F12A 3FLTA 1Z78A 2D6KA 2QWJA 4MWUA 1NNBA 2R0HA 1C1LA 1CN1A 3SANA 1KITA 1UMZA 3WG1A 4WA5A 4QNPA 1Z0HA 2ZGSA 1Q56A 5HX0A 4GZXA 1LULA 3RMXA 2D3RA 5JOYA 3RMYA 1G9AA 4X4AA 4NN9A 4JC1A 1WCSA 4CPZA 4HZXA 1MS9A 3M2MA 3CL2A 3B9CA 2YDTA 1I3HA 2HU0A 4P14A 5CBLA 3BODA 1SBFA 1INGA 3SILA 3NV2A 3A72A 3POWA 2QWDA 2DV9A 5IUQA 2DTYA 2F0ZA 2YZ4A 2JD4A 1B09A 3TICA 2VUAA 3FUQA 3H73A 4FVKA 3V0AB 1LHNA 2R1BA 1JYCA 1WUVA 2HTWA 3O9JA 5M1ZA 3TIBA 2VW2A 3SH4A 1S0GA 1W0PA 3OYWB 1JUIA 4FP2A 4Y1YA 1S0DA 1NMCA 2DVAA 2VWDA 1GZWB 1IVEA 4OZXA 3INAA 3GALA 1GKBA 1UAIA 1MR5A 1W8OA 1V2IA 3O0VA 4CPYA 1SO7A 3SITA 3K36A 3AXEA 5T5OA 2D6NA 1GNZA 2WT2A 2E7QA 2EXKA 1QDOA 4C1WA 1E8VA 4CPOA 1W6MB 4MJVA 1PZ9A 1LOEA 1N47A 1VAVA 4BLJA 2W39A 3USUB 3NN9A 3IKWA 4FPHA 3BTAA 3LSEA 1G9BA 1FV2A 2DTWA 1EUUA 3OBRA 4WZFA 2RKCA 1A14N 1QOTA 3DUIA 4GWMA 1B9TA 1Z4WA 2AEQA 1ENSA 3C2UA 2PHRA 3ZSKA 4FPOB 1QU0A 2CYFA 1RIRA 3AX4A 1SFYA 4R9CA 2A3XA 1V0EA 2GNMA 2CWMA 4B7RA 4WVVA 2JKBA 1GZ9A 5HUGA 1NSDA 1G9FA 4GA9A 4GXLA 1GV9A 2HU4A 1DLLA 5KXBA 5JMCA 4K1ZA 5CNAA 1IS6A 2YA5A 4XJZA 4XBQA 4LBQD 3PVOA 2SBAA 1N1TA 1RITA 2GNBA 3MEPA 1ENQA 4GJTA 1SCRA 2BZDA 4BBWA 4GDJA 4JF7A 1UL9A 4K21A 4GKYA 3K37A 3POYA 1JBCA 2LALA 1C1FA 3IPVB 1FYUA 1INVA 4Q26A 3FLRA 4FOVA 2XB6C 4K1HA 4WEFA 1AJKA 1NMAN 4Z8BA 1WBFA 1MS4A 5KXEA 2OW4A 5IT6A 4Y1XA 3A0KA 4L8QA 3WUDA 2ZACA 2YA6A 4LBJA 3I8TA 2W68A 2A6XA 5GZEA 1WD4A 1DBNA 2EALA 1CPNA 1SLBA 2AYHA 2DWRA 5HCBA 1MS3A 3O12A 3UJQA 3TI5A 4B7NA 3R4SA 2DUOA 4FQ4A 4P9YA 1V6MA 3GVLA 1W6MA 4GZOA 3N3HA 2ZB5A 3VV1A 2KM2A 4Y22B 4XJQA 2E53A 1S0JA 4LBMA 1QGLA 4YZ1A 4K1IA 4M3CA 4XJAA 5GLTA 3V0BB 1W6NA 1WLWA 2FMDA 1DIMA 4J9TA 2ZHMA 4CRQA 2NN8A 1QF3A 4MWQA 1W0OA 3M3CA 5JOZA 4I30A 3B3QE 3JU4A 1Z4YA 2HTRA 1IOAA 3ZSLA 3ZYRA 3BEQA 4KS2A 2F29A 2ZGUA 1CESA 3WCRA 2TEPA 4FQZA 5GZFA 2YA8A 3I4IA 1HDKA 1V3BA 1LEDA 4Y24A 4K1KA 2PHWA 5GLVA 2HTQA 5GLWA 4F83A 2DUPA 4FPKA 1O4YA 1Q8SA 5HUMA 1AJOA 2VVZA 2JJ6A 2ZABA 1LECA 4YLZA 2QWFA 2W52A 4PBOA 4XXAA 2A6VA 1ULFA 1VALA 2GN7A 3IPVA 2BATA 1H30A 5E88A 1NSCA 4YGBA 1INHA 4HIZA 1LJ7A 5DZGA 1D2SA 5H9SA 2HT8A 3PJQA 1FX5A 5JLVA 1XOGA 3WHUA 5BYNA 2ZGNA 1HQLA 1MS0A 3WV6A 1CONA 1YO8A 1J1TA 1SBDA 1QOSA 4DPNA 3ILRA 3PVNA 2NP0A 1MZ5A 2AGSA 3V65A 4XJUA 5KXCA 3WHTA 3BIWE 2I2SA 3KM5A 1SLAA 2QWEA 4GEZA 4TZDA 3N7LA 2UWBA 3A4UA 2X9MA 3H71A 5GALA 1EUTA 5JYYA 4MWWA 1D0HA 4Y22A 1A4QA 1QNWA 2YA4A 3T2TA 4MC7A 5E89A 5T54A 1NXD1 4M3MA 1DQ0A 1SNTA 1W21A 2WNEA 4WEGA 2ZGRA 1YXWA 1N1VA 1INFA 4BM8A 2A75A 2ZGMA 2NMNA 7NN9A 4KBBA 2D6LX 2HT7A 1LOAA 1JOJA 4M4VA 3AYCA 4XIKA 4YM0A 1NNAA 3IM0A 2HTYA 4FPFA 1WW6A 1Z50A 3AJYA 1W6OA 2JE7A 4YW3A 2P3IA 3O0WA 3AZYA 2WT1A 4BLIA 1IS4A 5DG2A 1HLCA 2P34A 4FOYA 1N3OA 5CA6A 1V00A 3WLUA 2QWGA 1JXNA 5F9TA 1DQ6A 5DUXA 5B2CA 4XYXA 1KRIA 5T5JA 4NOTA 4B7MA 2A6WA 4MWRA 2W08A 4YGCA 3R05A 3SISA 4LBLA 1MVEA 4ISRA 2XCYA 1NCBN 1HQWA 1LHVA 4C1XA 1INWA 2YV8A 2ZMNA 4XIOA 4ZXKA 2FHRA 4FPEA 4JRAA 4YGDA 2GNDA 1QMJA 2XZJA 3L2YA 3RQ0A 2WQZC 1G8WA 2D3SA 4FPGA 3WDXA 1SLTA 3SLIA 2E7TA 3VKOA 1INXA 4XMAA 2SLIA 1IVBA 2ZGTA 2NM1A 4DRVA 2UWCA 2A5ZA 3AYEA 1LOCA 1VLNA 3WDYA 4PCRA 1V6IA 1YYNA 2V73A 3GVKA 4UW5A 2CL2A 4XXPA 3JU9A 4YM2A 5HCFA 3FLPA 3Q9OA 1WCQA 4WA3A 4QN6A 4AGRA 4HZWA 1DYKA 5GM0A 1R1ZA 3WOGA 3TIAA 1Z4ZA 2F28A 4YW5A 3ZYPA 4TYSA 2ZGPA 1G86A 1LHUA 3VKNA 1XOEA 4DS0A 3H0OA 4XZPA 3PVEA 4CPLA 2WSVA 1VCUA 3WDVA 1L7HA 4MWJA 4Y1ZA 4NC5A 5H9RA 3CYEA 1QOOA 4LBKA 3N7JA 2GDFA 1V3DA 4B7QA 2VW1A 2ZKNA 3WG4A 3O0XA 4U2AA 1SLCA 3W59A 2EIGA 4HZYA 1DHKB 1CPMA 3RSJA 6NN9A 4M3CB 2C9AA 3VKMA 4Q27A 1W6NB 2G4IA 3ALWA 2UWAA 3M1HA 4MYEA 4GZSA 3ZXKA 1VIWB 2DUQA 4P9WA 1YIFA 1I1EA 3WVJA 1BQPA 5FREA 2W5NA 2AENA 1QKQA 4GZTA 4YM3A 3PMEA 4DRRA 1V6LA 2C5DA 5KXDA 2GMMA 2HYKA 4YGEA 3NV4A 4FPYA 3ZSMA 5GLUA 1ULCA 3WUCA 1F5FA 3ZPYA 4P9XA 2DYCA 4PQ9A 2P2KA 5GZDA 1JN2P 1KDKA 1S0EA 3APBA 4ATEA 3HN1A 3A0NA 4AWDA 3V64A 4LBOA 2F10A 4LBQA 1OQ1A 3FUOA 3O9KA 4H53A 1LHOA 2YY1A 4YZ3A 2D43A 3R4UA 3INBA 4R9DA 1MS1A 1S0IA 2ZMKA 1V3EA 4K1YA 1S0FA 2F27A 5IK8A 4XJWA 4M4UA 2ES3A 4AGGA 4ZKTB 1WD3A 1PZ8A 4XE9A 4PBPA 1A4GA 1DGLA 1VAMA 2WLQA 1NSBA 2CNAA 1AX2A 1O4ZA 3CKZA 1L7FA 5JDBA 1AXYA 1ENRA 3AP7A 4Y26A 4R9BA 3W09A 2YXSA 3QLQA 2NZ9A 3WG2A 4QN4A 4YW4A 5HCAA 4XTPA 1LODA 2ENRA 3AP9A 2ZGQA 5EYXA 1LCLA 2JE9A 1E8TA 3W58A 4Y1VA 1YI7A 4HANA 1W6QB 3WDWA 4UW3A 1SACA 4Y1UA 3IN9A 5H9PA 5CAZA 2OUHA 4YG0A 1TEIA 2BQPA 1MACA 1V0FA 2F13A 4XJ8A 5DUVA 1DIWA 2ZBJA 2Z42A 3LSDA 4DFSA 5IK7A 2CMLA 1W6OB 2ZB6A 2QWBA 4ASMB 2WKKA 1NN2A 4B7JA 2A3WA 1GICA 2XZKA 1YRZA 1N3PA 1IVGA 4MJUA 1H9WA 3NV1A 3OBTA 3MW2A 4FPLA 1B9SA 3UJOA 2F25A 1F8DA 1BXHA 1UKGA 2VU9A 1LHWA 4K3YA 1W6PB 2ZGLA 1FATA 3N35A 3T1MA 3B00A 3SNMA 1WW4A 1S0BA 4MZAA 2GMEA 1MWEA 1LOFA 4XILA 2WJSA 3OY8A 5T55A 1LOBA 1GZCA 1SBEA 4Q1PA 3WG3A 5T5LA 2JDZA 2AREA 1QNYA 1APNA 4AVSA 1S0CA 1W1XA 4YFWA 4UF7A 4U36A 2VSMA 1XQNA 4XBNA 4BMBA 1L7GA 3AZWA 3D6EA 3UK9A 3AYDA 3JUUA 4KS5A 2WSUA 3TAYA 4M3CF 1EPWA 2GN3A 5DG1A 3DGTA 3VUOA 2Q5TA 2W38A 3AJZA 1DFQA 1OKQA 4XHBA 1W6QA 3ALXA 1JYIA 1UPSA 1GANA 1F8BA 1BJIA 4YFZA 2AEPA 4AVVA 2DU1A 2XZIA 3TI4A 1DQ5A 3D4KA 3AYAA 4GDIA 3B69A 4JCKA 2OVUA 1N3QA 2YA7A 3VKFC 4BQ1A 2QWCA 1KJLA 5DZFA 4KS4A 2PHTA 1ULGA 2ZA9A 4X47A 2F26A 5T5PA 2AH2A 3N7MA 1Q8QA 1CJPA 2AR6A 5GJ6A 1GSLA 4X49A 4UW4A 4KS3A 1IVFA 3IMNA 2W20A 4YG3A 3T1LA 1VCJA 4ITCA 1LESA 3HR9A 3TI3A 2BF6A 1LEMA 1S1AA 3K38A 1CVNA 3FFZA 4BPZA 1DQ4A 1UX6A 1W6PA 1F8CA 4GALA 2JECA 3AFKA 3D12A 1IKQA 4BMEA 1AVBA 5CB7A 1A8DA 2VXRA 1WW5A 2R49A 1FAYA 3AP4A 4LBQB 5T52A 1AXKA 4K20A 2LTNA 1CQ9A 4QN5A 1CIWA 4CZSA 1H9PA 1A3KA 1LOGA 3SH5A 1X50A 3ASIA 4MX0A 4SLIA 1E8UA 2GALA 1C57A 1C4RA 3O5SA 2D7FA 1UZZA 3GNEA 2A3YA 4XBLA 4K1JA 1INYA 4RA0A 5IK5A 1DYPA 2E6VA 4MWVA 5SV8A 1V0ZA 2ZZJA 2F11A 5EWSA 2HTVA 2C4LA 2PHUA 2VH9A 1EUSA 5HUKA 3ZXLA 4RL7A 3OGGA 4FP3A 2D44A 5IK4A 5NN9A 4Y20B 2SILA 2NYYA 4UW6A 2D3PA 4X6KA 1F31A 2DURA 3M3QA 3M3OA 1A78A 1JHNA 1AX1A 1BYHA 3MW3A 4D8SA 3AXDA 2P37A 1AF9A 4Q1RA 1ZA4A 5JOWA 1LU1A 1QDCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LOIA 3AMQA 1ULDA 1BZWA 5F3GA 2A6ZA 3POEA 2B42B 3BTXA 5H9QA 1VB4A 2R042 2XLFA 4CEYA 2BOJA 1MVQA 5IFPA 4MWLA 1F2NA 3WW9A 3ZXGA 1PZ7A 2QJVA 4JX0A 1W05A 1XSRA 2V5YA 3POGA 1ND2C 2GMPA 4Q6KA 5A3LA 3H9AA 5IATA 2ZCWA 3RPQA 3WZ1A 4OMCA 3CL0A 2VW0A 1DILA 4JAAA 2RMU2 4M0NA 1RINA 2ZAAA 3EQEA 4XCBA 1Q8OA 3OBZA 4W6XA 1RUH2 2ZX4A 4QQHA 4CPBD 1HN1A 3WDUA 3OEAA 4Q4X1 2PHDA 3ZVXA 2W3JA 2OS2A 4XUQA 5JVVA 2D6PA 5F5QA 4EN7B 2B8HA 1RUF2 1V6JA 4GZPA 1SLIA 4KS1A 3W21A 4LHKA 2IVIB 4W4ZA 1IKPA 2RDNA 2OUJA 3B01A 3LDRA 4NPRA 4QT6A 2V4VA 3CJIB 5L7OB 1TMF2 5FNQA 5DDJ2 3AMRA 1HKDA 1GR3A 3I3DA 5FR3A 3MIDA 4HZVA 3AZVA 4RD7A 1CR7A 5C9AB 1OQDA 3CEWA 1U0AA 5EQUA 4FBFA 4A0PA 4D69A 5EP9A 1N1SA 3HJRA 1PVXA 2ARXA 3C7FA 4LK7A 1G6NA 4LA2A 5DZEA 2VO5A 2NMOA 1D4VB 4XQWA 4GNCA 1ZBE3 5FNUA 4XJ9A 5FPVA 4QN7A 2VZOA 2B7YA 3SCGA 3SH3A 1WLTA 4WVMB 1CAWB 4QX0A 1GYKA 2W5FA 4WVWA 3U0ZA 1OUXA 4NCSA 3VBHB 1LGCA 1EYBA 3EYPA 3POSA 2P4OA 3NSSA 5C6CA 4CEWB 2MEV2 5F39A 4QKDA 1UZWA 4FPJA 2QWKA 4XMBA 1RUI1 1AUYA 3H72A 1V04A 1CVMA 4AHXA 3IBMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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