4YW1A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, complex with neu5ac and neu5ac2en following soaking with 3'sl
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Neuraminidase C
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 196
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw1A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw1A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw1A02
5IUQA 1H30A 2BZDA 1GZCA 1LHVA 1LOGA 1NSBA 2GMMA 2ZGTA 1LENA 3SISA 1JYCA 5IT6A 5T5LA 2A71A 1UZYA 2ZGOA 1LHOA 2D6KA 3ENRA 1B9VA 1BKZA 1ULFA 4YGEA 4LBJA 2DUPA 1W6OA 3C2UA 3VUOA 1A14N 3WCSA 2YXSA 1HLCA 5HCFA 5CAZA 1YYNA 3AX4A 1Q8VA 4YGCA 4WVVA 4AGGA 1L7HA 3V0AB 3WLUA 2W39A 1MS5A 3V0BA 5GZFA 3ZXLA 3FUQA 1W6QB 4DPNA 3RQ0A 1H9WA 3WDWA 1SLBA 1QKQA 1SLAA 1V6JA 1DIWA 3M2MA 2EXHA 4B7JA 5JOXA 4B7RA 1C1LA 1WD4A 4ATFA 2DVGA 2E7QA 2D3SA 5CNAA 4X4AA 2YV8A 1WLWA 2NYYA 2QWCA 3SNMA 2GMEA 3B00A 5T54A 3M3EA 4MC7A 4X6KA 3PVNA 3NV2A 4ISQA 3WDYA 3WOGA 2CY6A 1MWEA 1DQ2A 2ZHKA 4K1ZA 4LBNA 2PHUA 1V0EA 5GLUA 4MWYA 4H55A 4HZYA 1CIWA 2V73A 3NV3A 2ZMKA 2CL2A 4XOGA 4MWLA 4KS2A 4MZAA 2A6YA 4AGVA 2P3JA 2EXJA 5IK5A 4U36A 1ULCA 1JYIA 3ZXKA 1S0GA 4B7NA 1WLDA 2R49A 2NM1A 1V0FA 2ZAAA 3AFKA 2WT0A 3GNEA 3LSDA 1N1TA 4QN3A 4JF7A 4I00A 3K36A 3FLRA 5KXCA 1WW5A 2OUJA 4XJWA 3KQRA 4YM2A 5B2DA 4J9TA 1FAYA 2JE7A 1Y7BA 1V6OA 2AUYA 4Q27A 1KITA 4MYEA 4Q26A 1JUIA 2WSUA 4MJUA 3B01A 4UW4A 3B3QE 2A5ZA 3I4IA 2PELA 2UWAA 4WEFA 5EWSA 2HYKA 4MJVA 4Y1VA 4M3CF 1Z4WA 3IKWA 1S0FA 4AVVA 3VV1A 4Y20B 4Y1ZA 1LULA 4AGRA 5F5QA 3IN9A 2DV9A 4Q2FA 3MW4A 1DGLA 4AYUA 2HT5A 4JRAA 4GXLA 4Y22B 4YM3A 2VH9A 2C9AA 4GZWA 2VK7A 3D12A 3HR9A 4RA0A 1W6NB 1IVEA 5JMCA 1LOEA 3BTAA 1V00A 1LODA 3QCWA 3AJYA 3JUUA 4Y26A 2W5NA 4CPYA 4QN7A 4R9BA 3ASIA 2EIGA 4LBLA 2R16A 1V0ZA 3ILFA 3CL2A 4R9AA 1NNCA 1DQ5A 2W08A 3H0OA 1EURA 5H9PA 3AP6A 3T2TA 2R0FA 3AZZA 1LHUA 1FX5A 1F31A 2YA5A 1Z4YA 3ZYRA 4LBQA 5JOYA 2VY0A 1YO8A 3RRDA 3K38A 4FZHA 1HDKA 4Q1RA 1FV2A 1S0JA 4LBKA 1URXA 5DZFA 3BOPA 3ILRA 3OPZA 1GSLA 3UJOA 2GDFA 4K1KA 3D11A 2ZB5A 3D4KA 3ILNA 3WDVA 4W65A 3OY8B 2JDZA 1MS8A 4GZTA 4BMEA 1HQLA 1A4QA 4LBOA 1AX1A 1S0DA 1I1EA 2VU9A 2HTRA 1MVEA 5SV8A 1BZWA 3AP9A 1YIFA 3IPVA 1O4YA 2PHXA 5LK5A 1QU0A 4GWMA 3H71A 1IVBA 2UWBA 1E8UA 2YMZA 4M00A 1E8VA 1DIMA 4QN4A 2A3WA 1F8BA 4FVKA 1G9FA 5E8AA 2W52A 1GICA 4XXPA 2E51A 1DQ6A 4HANA 2WQZC 1F8DA 4DGRA 5H9RA 5L73A 2EALA 1JOJA 5HCAA 1UN1A 1IS3A 1A4GA 5DG2A 2BF6A 3GVJA 1C1FA 4FP3A 2DURA 4MWUA 1AJKA 1LU2A 1SLCA 3W58A 1KRIA 1RITA 4YM1A 5GALA 4K1JA 2A7AA 2GN7A 3K39A 4X47A 5GZEA 4Y1UA 4Z8BA 1LOFA 1V3BA 3V64A 1IS5A 1TEIA 1NCDN 3AXDA 2GN3A 1Z50A 1V3DA 2H0BA 4FPFA 3ALXA 4GEZA 3TI5A 1MS3A 4WVWA 5B2CA 1J1TA 5AVAA 1Q8QA 4PF5A 2JJ6A 2VK6A 1LEMA 4K3YA 1DLLA 2P3KA 3TICA 3USUB 1RIRA 2QWBA 2VUAA 4YFWA 4MWXA 2HU4A 1UL9A 5H9QA 2D43A 1D0HA 3N3HA 1Q8SA 1JHNA 2D6LX 5T50A 1QGLA 3DGTA 4WZFA 2TEPA 4WA4A 2QWHA 1LHNA 1V6LA 1A78A 1MS4A 1EUTA 3K3AA 4YG6A 4FOQA 4PBOA 1KDKA 4IQPA 4XBLA 3JU4A 1AJOA 2WSVA 4XBQA 1LOFC 2P3IA 1F5FA 2A6XA 1CQ9A 3O0XA 1W6MA 5T5JA 2WKKA 1JXNA 4R9CA 1CN1A 2Q5TA 1IVGA 1OQ1A 1NN2A 5DG1A 1INGA 1Z0HA 1VIWB 3WG1A 4MWQA 3O0WA 1GZ9A 3AP7A 2ES3A 1GANA 4XJQA 2W5OA 1CJPA 2LTNA 1ZA4A 2DVAA 2VW2A 3B7EA 4HZVA 3CL0A 4KBBA 5T5PA 4R9DA 1WW7A 2ZGPA 3TI8A 2WLQA 2DVBA 1VCUA 1Z4VA 1SLIA 4PBPA 2R1BA 2ZGKA 3O9JA 2HTVA 3TI6A 3R4UA 3AP5A 1C57A 3SILA 1UPSA 5KXBA 1LOBA 3TB0A 4OZXA 1W0PA 4CRQA 2HT7A 4WA5A 1LGBA 4CPLA 3PVEA 3D5OA 1O4ZA 2W20A 3H6JA 5DUWA 5GJ6A 4UW3A 2XCYA 1UMZA 1DQ1A 4LBQB 3IM0A 2A3YA 2YDPA 1FNYA 2VW0A 5DZGA 1SBDA 4JCKA 3V65A 2CTVA 5JYYA 1WW4A 2QWFA 3NV4A 4M01A 2W68A 2GNBA 1SBFA 2DTYA 3N35A 2NMOA 4XZPA 1NXD1 3PMEA 1WCSA 1V6MA 1EPWA 2ZHMA 2B8HA 3RMYA 4XE9A 1MR5A 3IPVB 4GALA 2NZ9A 4BMBA 1KQRA 5HX0A 2F0ZA 1QMJA 3AYCA 1AX0A 1NMAN 3U4XA 1GZWB 3T1LA 3B9CA 5NN9A 1RINA 3R4SA 2ZACA 4MWRA 1DFQA 1H9PA 1OFSA 4BOWA 4Y1YA 1BXHA 3TIBA 4XJUA 2F24A 2ENRA 4YM0A 4XTMA 1LGCA 2D3RA 2JD4A 4AWDA 4XJ9A 1DQ4A 3ZVXA 2FMDA 1INHA 1W6PA 3O12A 1QDOA 3ZSJA 3ZSLA 1Z4ZA 1SLLA 2F25A 5EYXA 5GZCA 2C4AA 4GKXA 1N47A 1CESA 2XZIA 4TZDA 4ATEA 1S0IA 5IK7A 1BJQA 2DU0A 2DYCA 1USXA 4FPJA 1R1ZA 1IKPA 2QWDA 4K21A 1FYUA 2ZHNA 2HTUA 4ITCA 5JOWA 4NC5A 1GV9A 1LECA 4C1WA 5JLVA 2AREA 2ZGUA 2F13A 4NCSA 5KXEA 1BQPA 2E6VA 3WZ1A 1IOAA 2P37A 1QOSA 1WBLA 1PZ9A 3M3QA 3N7KA 4YG3A 1Q8PA 3V0AA 2OW4A 2PHTA 1INFA 2AR6A 1W6QA 2R0HA 3SH5A 3ZXJA 3ZPYA 4FP2A 3MW3A 2A70A 2ZGLA 1MS0A 1ENSA 3SALA 3SH3A 3H72A 1S0EA 3WDXA 2VK5A 3ZSMA 2D6PA 1B09A 2D3PA 4DRVA 2ZHLA 5H9SA 4I30A 1BYHA 2BERA 4DQAA 5GLTA 4FPCA 1INWA 1F8CA 1OKQA 1LTEA 1W8OA 2CNAA 1A8DA 3HMYA 4XJAA 1W6OB 4ASMB 1IVDA 2GNMA 2GNDA 4H52A 4CPNA 3T1MA 2NMNA 3PJQA 3CKZA 4YFZA 1S0CA 1Q56A 2VSMA 4FPGA 1W6MB 2R1DA 2DWRA 2KM2A 4K1YA 1DILA 1G9CA 4YG0A 1G9AA 3V0BB 1KDMA 4L8QA 4GJTA 3UL2A 4XYXA 3K37A 2A75A 3INBA 4YW5A 4XILA 2ERFA 3L2YA 2DTWA 5T55A 5GLWA 3UK9A 1GBGA 1W0OA 2ZMNA 1UZZA 3ZXEA 2SILA 1N3OA 3TI4A 4D8SA 1IS6A 5DUVA 4X49A 2HTYA 4HIZA 4UW5A 4FQZA 2CWSA 1MZ6A 4ZXKA 2F28A 3TIAA 4YW3A 2AH2A 4FPYA 5GZDA 2HT8A 3LCPA 1G8WA 2SLIA 4BBWA 3I8TA 5CB7A 1UX6A 2Z42A 3AK0A 4D69A 1SCSA 1QOTA 4GDJA 1DYKA 2QWIA 4XMAA 4YZ4A 4P9XA 1LJ7A 2OVUA 3VKNA 4YGDA 5JDBA 2F29A 3OBTA 4Q8LA 2ZA9A 4GA9A 2P34A 3WDTA 4M3MA 1UAIA 4XTPA 1YI7A 3N36A 1PZ8A 2ARXA 1N1YA 6NN9A 3LSEA 1G9DA 2V5YA 4XJRA 3OJBA 3OYWA 3WV6A 3JU9A 2DUOA 4GZPA 3TI3A 4CPOA 2XZKA 2YA8A 4GB1A 1VAVA 1USRA 1D2SA 4DRRA 3WG3A 4Y20A 3WDUA 5T52A 2D6MA 1QNWA 1HQWA 4GZXA 4K20A 1ONAA 4Q1PA 1V2IA 2E7TA 2C4LA 2QWGA 2JE9A 1GLHA 3AZVA 2X9MA 1A3KA 1AXKA 1MS9A 1NLSA 1W20A 1W6NA 5CA6A 1U0AA 2ZZJA 3AYDA 1FATA 2QWAA 2HTWA 1FV3A 1Z78A 1LOAA 4WV8A 1N1VA 2D7FA 1NSCA 3AZXA 5E88A 2QWKA 3T1EA 7NN9A 3FLPA 1WW6A 2NP0A 4NO4A 3CYEA 4JC1A 1Q8OA 1E8TA 4M4UA 4BM8A 3W09A 1AF9A 4UW6A 5FREA 3WNXA 4XHXA 4CZSA 1V3EA 2CMLA 4M3CA 1VAMA 4YGBA 2RHPA 2VW1A 1ZM1A 4SLIA 4MX0A 4M4NA 2XG3A 3OY8A 4Q6KA 3A0KA 3HN1A 2E53A 1ENRA 4YW4A 3AZYA 2YA7A 1CVNA 4CPMA 4XHBA 1APNA 1S0BA 1AXZA 3O0VA 1SCRA 1IS4A 4LBQD 3WHUA 1AZDA 3R05A 1L7GA 4RL7A 1G7YA 4DFSA 4CTEA 1WCQA 3MW2A 3AZWA 1WBFA 5M1ZA 2VWDA 3VKOA 3ZSKA 2F11A 1CR7A 4XMIA 3M3CA 1IKQA 5KXDA 2CWMA 3A0NA 3NV1A 4XXAA 1W21A 4YZ3A 1F9KA 5DXDA 4YZ1A 3AYAA 4DS0A 1XOEA 1DYPA 4BPZA 1B9SA 4K1HA 4FJ6A 5HCBA 2LALA 5GLVA 1DHKB 3A72A 2YZ4A 1NMCA 2AENA 5E89A 2UURA 3GVLA 4XBNA 3B69A 3FUOA 2GMPA 1WD3A 3M3OA 3OBRA 2JECA 1NCBN 5FRAA 4BQ1A 2A6ZA 3AJZA 3WCRA 4B7MA 4GWNA 4KS1A 4FOVA 4YZ2A 2I2SA 2DVFA 2NN8A 2VXRA 4BLIA 1QOOA 3POSA 2F27A 1ULDA 3FBYA 4GZQA 3SITA 1JW6A 1VALA 3RS6A 3INAA 4Y24A 2F10A 1INXA 3A71A 1SO7A 1CONA 3RSJA 2D44A 3MPPG 4FPEA 4HZXA 2SIMA 2F12A 1XQNA 1NMBN 4XJ8A 1KJLA 1NSDA 2D6OX 1ULEA 1AVBA 4GZSA 1KJRA 3USUA 3VKFC 3W59A 3WUCA 1SNTA 1N3PA 5BYNA 2QWEA 3DUIA 3TAYA 1WLCA 2ZMLA 1YRZA 3O5SA 1MZ5A 2CYFA 1F8EA 2OUHA 1V6IA 4XJZA 1ENQA 3OGGA 4FOYA 2FHRA 4NOTA 3RG0A 4PQ9A 4QN6A 3OYWB 4HZWA 4FQ4A 3WUDA 4GKYA 2AEPA 3BODA 1G9BA 1X50A 2GALA 2WNEA 4FOWA 4FPLA 1MS1A 4YLZA 5GM0A 1HKDA 4M3CE 1NCCN 4MWWA 3ZYPA 3IMNA 3NWKA 3CNAA 4P14A 4FPHA 3ALWA 3ATGA 4AVSA 3AXEA 2VVZA 1XOGA 4HZZA 1S1AA 2DUQA 2D6NA 1V3CA 2YY1A 2VSKA 1W8NA 5CBLA 5JVVA 1INYA 2F26A 4NN9A 1CPNA 4P9WA 1JN2P 4WA3A 2AYHA 3VKMA 5EYYA 1SACA 3PVOA 4F83A 2RKCA 2PHRA 1C4RA 5GLZA 3N7JA 3UJQA 1L7FA 5DZEA 2YA6A 2EAKA 1LU1A 1LGNA 3WG2A 1DBNA 1G86A 4QNPA 2P2KA 4P9YA 5DUXA 4M4VA 1Z4XA 1SFYA 1I3HA 2UWCA 2BATA 5HUGA 1VCJA 1VLNA 3O9KA 3SH4A 3N7MA 2XZJA 1EUSA 2A6WA 4KS3A 3NN9A 5GZGA 1EUUA 2W38A 5DUUA 1LESA 2EF6A 4M3CB 1PZ7A 3POYA 5HUNA 1QNYA 1UKGA 2QWJA 3Q9OA 4FVVA 1QF3A 2UU8A 2YDTA 3KM5A 3FLTA 1MACA 4YZ5A 4FPKA 2EXIA 5JOZA 2G4IA 4Q8KA 4C1XA 2AEQA 4K1IA 1WUVA 2HTQA 1V6KA 2WT2A 2ZGQA 2ZABA 3VKLA 4KS5A 2JKBA 2YA4A 4MZEA 3ZXFA 1LOCA 1W1XA 1YXWA 3A4UA 2YROA 2DVDA 3WHTA 3APBA 1IVFA 3RMXA 2XB6C 3AP4A 3POWA 1IVCA 3FFZA 1GYKA 3MEPA 1N3QA 4UF7A 1SLTA 1GZWA 4Y1XA 2A3XA 1GNHA 1LCLA 1MVQA 1B9TA 4QN5A 3N7LA 1JBCA 4BLJA 1LHWA 4ISRA 1DQ0A 1N1SA 1GNZA 2GNTA 4XDQA 2ZGNA 3AYEA 5HUMA 3GALA 2WT1A 4LBMA 1AXYA 2WJSA 2ZB6A 4FPOB 1ULGA 2PHFA 4ZKTB 3BIWE 5EXOA 4AVTA 5F9TA 3NSSA 3QLQA 3D6EA 2HU0A 4CPZA 1DZQA 4KS4A 4PCRA 1NNBA 4MWJA 2AGSA 2C5DA 4YW2A 1GKBA 3M1HA 4YW1A 4H53A 4GDIA 2ARBA 3BEQA 3WVJA 1AX2A 2PHWA 2BQPA 4B7QA 2ZKNA 4WEGA 4GZOA 2EXKA 1FNZA 1NCAN 2ZBJA 2SBAA 4MWVA 5IK8A 1NNAA 3SANA 1INVA 3SLIA 4XIOA 1CPMA 3GVKA 2ZGRA 3WG4A 4HL0A 1SBEA 2B7YA 4U2AA 4Y22A 3H73A 2DU1A 1W6PB 5HUKA 2ZGMA 4XIKA 5T5OA 2ZGSA 2A6VA 5IK4A 1V6NA 1LEDA 4TYSA 1QDCA 1BJIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SMVA 5IUQA 1TNFA 1H30A 2R062 3RWKX 5FOBB 1V9U3 1C8NA 1JI6A 1T2XA 2BZDA 3U37A 2ZTNA 3VB9A 4CU7A 3SOVA 2HWC1 1NPEA 1GZCA 1NCRB 4AI8A 2DCYA 5JCTA 1LHVA 2VZSA 4IGQA 4P9GA 3UT0A 2OT7A 1LOGA 2VCAA 2R061 3M3IA 3B93A 3R6SA 1NSBA 2CGOA 4XFAA 1PIV2 2GMMA 2ZGTA 4GJYA 4S2HA 2IVIB 1LENA 1ASJ2 2BU9A 4IEPA 3SISA 1JYCA 4IW3A 2JDYA 2XJQA 5IT6A 5IAXA 5T5LA 2A71A 1UZYA 3OSDA 1XNCA 4XF0A 3VNGA 2RS52 2ZGOA 1DZTA 4GAZA 3OB8A 1B35C 2F17A 4HVRA 1LHOA 3PMSA 4HSLA 4UOUA 2XXZA 2D6KA 3ENRA 2MEV3 4D7TA 4COYA 1RHI1 4FFHA 1B9VA 1OQEA 4CDWB 1BKZA 1ULFA 2D98A 2RS51 3J26N 3MPBA 2WFF2 4LBJA 4YGEA 4XUOA 4CZSA 3SEPA 4HMZA 3HT2A 2DUPA 3ACIA 1V0AA 1OLRA 2Q8DA 5HCHA 3JD73 3OCPA 1W6OA 1JTZX 3C2UA 2RS12 2RDRA 2VOKA 4LNVA 2IZWA 5FMBA 3O1MA 3CLPA 3BVCA 4FAHA 5B2GB 4S2FA 3VUOA 1CAXB 3WCSA 4ZZ5A 1A14N 5K0UB 1JOPA 2JB8A 3WDZA 4JX0A 5C9AA 3C7GA 3I54A 1PO12 4DOUA 5C3QA 2NLRA 1K12A 2YXSA 4CDQC 1HLCA 3VD7A 1O8PA 5BXXA 5C5TA 4GN7A 4ZY3A 1J58A 2IAQA 4XCBA 5HCFA 2YGMA 3NAPC 1W0NA 5CAZA 2E26A 2WZR3 1YYNA 3POBA 4FTSA 2DSOA 5EPAA 3AX4A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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