4YW1A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, complex with neu5ac and neu5ac2en following soaking with 3'sl
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Neuraminidase C
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 196
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw1A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw1A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw1A02
5GLUA 1AXKA 4R9BA 5IUQA 1SLCA 1V3BA 2QWHA 3K38A 2XZIA 2P3KA 4MWUA 1INHA 4WA5A 4GZWA 2P34A 3W58A 2D3SA 5CB7A 4JRAA 1INWA 1DZQA 2PHTA 2ZMLA 1DQ5A 3D4KA 4AVVA 1V3CA 4XJ8A 1ULFA 3PVOA 2VW1A 1W6MA 3OYWB 2ZABA 4BLJA 5JOXA 3V0BA 4K1JA 3WG1A 4GZSA 2OW4A 3H0OA 4QNPA 1W8NA 1MS4A 2CNAA 3PMEA 4FPOB 1CPMA 3SLIA 1IS3A 1YIFA 1AF9A 1G9AA 2W20A 5E8AA 2EXJA 2ARXA 4XYXA 4CPOA 4Y1XA 3WUDA 4Q6KA 5GLWA 1A78A 1SLTA 1WW6A 2ZGUA 2HT5A 2RHPA 4YGBA 1HQWA 4KS1A 3WCRA 4FP2A 1KJLA 2DVFA 1H9PA 3JU9A 4MWVA 3LCPA 2GNMA 5DZGA 5EYXA 5T54A 1V0EA 3T1EA 2CY6A 1S0JA 4YGCA 4FOVA 2W68A 1IKQA 1ULDA 3ATGA 2NM1A 1RIRA 4Q2FA 4P9XA 2C4LA 3AP4A 2YDTA 4K21A 1R1ZA 1W6NA 2FMDA 3ASIA 1LEMA 1UZYA 3SISA 4KS2A 1TEIA 4GB1A 3FUQA 1HLCA 4AYUA 3ZSJA 3WG2A 1DQ0A 4XIKA 3D5OA 4FPFA 2E7TA 1Z50A 1KRIA 1UX6A 2ZGTA 2QWKA 4Y24A 1INFA 4B7MA 3GVKA 5FRAA 4BMBA 4Q8LA 1QDOA 1GZWB 1DQ1A 2A3YA 4P14A 1INGA 3VV1A 5GZGA 4YGEA 1A8DA 1IS5A 3AXEA 1G9BA 2JE7A 1KDKA 5B2CA 4YLZA 4PBOA 4LBNA 3ZVXA 3BOPA 1FV2A 1D2SA 2ZZJA 1J1TA 3C2UA 4QN7A 1C57A 1LHWA 2DVDA 4X6KA 2D6KA 4M3CB 2ZMKA 3PJQA 3WVJA 3ZXJA 1GANA 5T52A 1PZ8A 4LBQD 4PCRA 5H9RA 1S0FA 3SH5A 3M3QA 1LOFA 1LTEA 3A4UA 4Y22A 3GVJA 4W65A 1V3DA 1V00A 1UZZA 5JOWA 3WDXA 1WCQA 3CL0A 1Z78A 1ZM1A 2I2SA 3Q9OA 2YMZA 1AX2A 4WA4A 2AUYA 2VVZA 2A6XA 3INBA 1LEDA 2HYKA 1N3PA 1YI7A 2R0HA 3N36A 4U2AA 1ZA4A 3ALXA 3V65A 1CVNA 2F25A 1MVEA 3SANA 4GALA 3AX4A 4Z8BA 1JHNA 4GZQA 5E88A 1QNWA 1ENRA 4K3YA 4TZDA 4UW6A 1A4QA 3AFKA 1SLIA 2WSVA 2GN3A 3KQRA 2AREA 4M4VA 2A71A 4BQ1A 1INYA 3TI6A 5F5QA 1SLLA 1ULGA 4XOGA 3FFZA 3ZSKA 2VK6A 2GALA 3WDVA 1QU0A 4Y20A 2VW2A 4LBQA 3OY8A 1FAYA 2YROA 4YZ3A 3HR9A 2AEQA 4BM8A 1W6OA 2ZBJA 4HZXA 2HTUA 4BLIA 4CZSA 4YZ5A 2XB6C 4HL0A 2AENA 2VK7A 3FLRA 1V3EA 4YM2A 2CL2A 1DHKB 4K1ZA 5T5JA 3SILA 2DYCA 2ZHNA 4D8SA 3RMYA 2SBAA 1GV9A 2A6WA 3MW2A 1ENSA 1MACA 1BQPA 4XXPA 2EIGA 3B3QE 4GWNA 2F24A 2DTWA 1UPSA 3JU4A 3B01A 2HTWA 2UWCA 2A3XA 2JE9A 1IVEA 5JVVA 1IVCA 3MPPG 4MZAA 1V6IA 4XBLA 5T50A 1EUUA 2A7AA 2W52A 5GJ6A 3GNEA 1USRA 1NSCA 3O0XA 2DVBA 1G9CA 1LHVA 4MZEA 1E8TA 5CA6A 2P3IA 3LSDA 1N47A 1IKPA 1BYHA 2W39A 1WW7A 5M1ZA 4XMAA 2ES3A 2LALA 1B9SA 1Z4XA 3T2TA 2VUAA 1MS0A 1Z4ZA 3AJYA 1S0DA 1Q8QA 4GZPA 2DTYA 1OKQA 1CJPA 2EALA 3U4XA 2BF6A 4AGGA 1JOJA 5HX0A 4NN9A 1G8WA 1VCJA 4MWLA 2BERA 4CPMA 1Z4YA 2DUOA 5JMCA 4FPYA 3WG3A 5BYNA 1NSBA 3CL2A 1QDCA 4P9WA 2VY0A 1AJKA 4YM1A 2E51A 1LJ7A 1UAIA 4FJ6A 3I8TA 1YRZA 4B7QA 4HZWA 3IKWA 3IN9A 3UK9A 1S0BA 1DGLA 2F10A 1Q8PA 3WOGA 2ZHKA 3VUOA 1B09A 1VAMA 2HTQA 1XOGA 1Y7BA 4WV8A 4J9TA 5FREA 5H9SA 1VIWB 1JYCA 4XJUA 4MWXA 2VWDA 4XDQA 4HZZA 4GXLA 3AYEA 4WA3A 1IS4A 3ZSLA 1MR5A 2F26A 2VXRA 4R9DA 4BPZA 4FPKA 1L7GA 4YW2A 3AYCA 4ATEA 4DGRA 3BODA 2C9AA 1LOGA 5GZFA 3ZYRA 1INVA 1GYKA 2NYYA 1CR7A 3GVLA 3SH4A 4HANA 1W6QA 3USUB 1CONA 4M3CE 3R4SA 5DZEA 4CPYA 1ENQA 4FQ4A 5GZCA 1NMAN 2VK5A 3H6JA 1N1VA 3ALWA 2YA7A 4AVTA 4M4UA 1QOSA 4MWYA 3B9CA 3APBA 5JOZA 4K1KA 1O4YA 2D44A 2PHFA 1SLAA 2F28A 1KJRA 4XJWA 1VLNA 4M4NA 4B7NA 1MS3A 4PBPA 3HN1A 1NNCA 4F83A 4NO4A 1DBNA 2DV9A 2AH2A 2D6PA 1H9WA 2D6LX 1B9VA 4HIZA 4XJQA 2R1BA 4TYSA 3WLUA 3OBRA 4MWWA 3RQ0A 4LBKA 3FLTA 1AVBA 1XQNA 2ZGMA 4GZTA 3A0NA 4YW3A 1GNHA 5IK5A 4FPCA 1QGLA 2OUHA 2HT7A 3WZ1A 4XE9A 5DXDA 1F9KA 3WNXA 2ERFA 1A3KA 2CWSA 1JBCA 2WT0A 3N7JA 1S0IA 2OVUA 2PHUA 3WCSA 5KXBA 1IS6A 1LHUA 3SALA 1YYNA 5DUUA 1PZ7A 1A14N 4WZFA 1E8VA 4I30A 1SBDA 1LESA 4PQ9A 4GKXA 2XZKA 4FP3A 2Q5TA 1SO7A 5IK4A 2SILA 3OYWA 3O5SA 2OUJA 1AX1A 1MZ5A 3DGTA 4BOWA 4UF7A 4FOYA 4YW1A 4FZHA 2P3JA 6NN9A 4AGVA 2E6VA 1BKZA 1F8CA 4X47A 2VSKA 2W5NA 3V0AB 4CPZA 3WV6A 2D6NA 2B8HA 2C5DA 2DURA 3OPZA 3POWA 1LGNA 1NCDN 1INXA 3OJBA 1NXD1 1WBLA 1W0OA 3R05A 5T5LA 3ZPYA 1G9DA 4YGDA 5SV8A 4C1XA 4M3MA 5HUKA 1SLBA 1VCUA 1LOFC 3NV1A 4YG3A 4CPLA 3CNAA 3DUIA 1AJOA 1AZDA 1CESA 2E7QA 5DUVA 2EF6A 1LODA 1WUVA 4GJTA 1XOEA 1WD3A 2GNTA 5CAZA 1W6PB 2VU9A 1NCCN 3RSJA 1CN1A 2VW0A 1S1AA 4UW3A 5GLZA 1LOEA 1JXNA 3AZVA 4Y26A 5T5OA 3AZWA 4WVVA 4KBBA 2D6OX 1LHOA 3R4UA 1BJQA 3AJZA 3RRDA 2NZ9A 4HZYA 1DYPA 3QLQA 3FLPA 1YO8A 4LBLA 3MW4A 1WCSA 3UJQA 2CWMA 1FX5A 1GZWA 4YZ1A 1HQLA 2AR6A 4JCKA 3D12A 4XILA 1L7FA 3FBYA 3ENRA 3VKMA 4B7RA 2CMLA 4QN3A 4KS3A 4AVSA 3PVEA 2ZGRA 2QWAA 4QN5A 3N3HA 4CTEA 2WT1A 4UW4A 1BZWA 2R1DA 3V64A 1N1YA 4YW4A 1V0FA 3VKNA 1F8DA 4M3CA 1SFYA 2EXIA 2G4IA 2UWBA 2QWCA 1MS5A 1YXWA 3BIWE 4CPNA 2DUQA 4FOQA 4ATFA 1V6OA 4XJRA 4FVVA 2NMOA 3N35A 3AYDA 3K37A 4Q26A 2WJSA 3MW3A 2JJ6A 2V73A 1LU1A 4FOWA 3W09A 5NN9A 2ZA9A 3H72A 2DVAA 5E89A 1URXA 5F9TA 1V6NA 2A5ZA 3SNMA 1EUSA 1V6MA 1BJIA 1W8OA 3IPVB 1APNA 4NC5A 4NOTA 4M00A 3N7LA 3SITA 5HUGA 1OFSA 1DQ4A 3RG0A 5GZEA 2NP0A 3NN9A 2DU1A 2GNBA 2TEPA 2ZGSA 3INAA 3A71A 5L73A 1Z4VA 2E53A 2LTNA 4ASMB 3PVNA 5EYYA 1Z0HA 1JW6A 3O12A 4XTPA 2F11A 3NV2A 1EURA 5EXOA 7NN9A 5H9PA 1WBFA 4U36A 2WLQA 2YA6A 3A0KA 5DUXA 1PZ9A 1ULEA 1GLHA 4L8QA 4RL7A 1UN1A 4FQZA 4K1YA 2EXKA 1W20A 2PHXA 4MWJA 3WUCA 4B7JA 1A4GA 4ISRA 1W6MB 2WNEA 1CPNA 1JUIA 3N7MA 3TI8A 3TI3A 3ZXKA 3WHUA 3V0BB 2XZJA 5KXDA 2PHRA 4DFSA 1NNAA 2ZB5A 1HKDA 4GA9A 4GEZA 3H73A 2YDPA 4YZ4A 1Z4WA 3M3EA 4YW5A 5GALA 1GZCA 3W59A 5IK8A 4YG0A 2HTVA 2AGSA 5CBLA 4ZKTB 2ZHLA 4MWRA 1NSDA 1F31A 2D3PA 5IT6A 1WW5A 2YA4A 2HTYA 1GSLA 2Z42A 2R16A 5T55A 2ZB6A 1LOAA 1N3OA 5CNAA 1ULCA 4MX0A 5DZFA 5IK7A 2P37A 3AXDA 1IVDA 5GM0A 1FV3A 3AZYA 4R9CA 2YY1A 2A6VA 5DG2A 4BBWA 1SBEA 2AYHA 3AYAA 5JYYA 2A6YA 5GZDA 1GBGA 1DLLA 1MS9A 1OQ1A 1W6NB 2EAKA 4MJVA 5HUNA 1AX0A 2BZDA 4YZ2A 2UURA 3AP9A 4GWMA 2V5YA 2HT8A 2DUPA 3N7KA 2ZHMA 2ZAAA 2GMEA 1MVQA 2DWRA 4LBMA 2PHWA 1FATA 4LBOA 1NNBA 4MWQA 3TAYA 2UU8A 1Q8SA 4M3CF 3VKLA 3O0WA 1SCSA 1QKQA 3D6EA 2A3WA 1I1EA 1G7YA 4K20A 1MS8A 1FNYA 4KS4A 3A72A 3MEPA 4D69A 1GICA 4WEFA 2JECA 4YFZA 3WDWA 2GN7A 4R9AA 4FVKA 3ZSMA 4H52A 1FYUA 3AP6A 1QMJA 1SNTA 1DILA 1N1SA 1DYKA 2WT2A 1AXZA 2DU0A 3JUUA 3OGGA 3WDUA 1UL9A 3K36A 4Y22B 3UL2A 2GNDA 3VKOA 2D6MA 3BTAA 4Y1UA 4WVWA 2XCYA 1C1FA 2GMMA 4HZVA 5H9QA 3WHTA 4QN4A 3CYEA 1H30A 3USUA 4MYEA 2CYFA 2ZMNA 4DRVA 1USXA 2VH9A 4GKYA 2FHRA 2R0FA 1GNZA 4XZPA 1L7HA 2YA5A 1U0AA 2ENRA 4XJAA 2YV8A 3K3AA 2WSUA 2ZGLA 5GLVA 4LBJA 2ZGOA 1V6KA 4XHBA 1LULA 1FNZA 2H0BA 3CKZA 5JDBA 3VKFC 1V0ZA 3NSSA 1ONAA 4Q1PA 2JKBA 1W0PA 2X9MA 3L2YA 1IVFA 3ILFA 1W1XA 3RS6A 2ARBA 1LCLA 1LENA 4FPEA 3SH3A 1AXYA 1MWEA 3NV3A 5HCFA 4Y1YA 4YM3A 4AGRA 4BMEA 1LGBA 1V6LA 5HCAA 4SLIA 2F12A 1NCAN 4Y20B 2XG3A 4H55A 4LBQB 1BXHA 3OY8B 2D7FA 4UW5A 1DIWA 1IOAA 1NN2A 1W6OB 4X4AA 2A6ZA 2F13A 2ZGNA 4YM0A 1GZ9A 5T5PA 2BATA 4DS0A 1E8UA 2NN8A 1O4ZA 3TI5A 4JF7A 3RMXA 3D11A 4Q1RA 4MC7A 4XMIA 4XXAA 1CQ9A 4JC1A 2YZ4A 1WW4A 2ZACA 3TB0A 1C4RA 4FPLA 3T1LA 4Y1VA 1S0GA 5JLVA 3O0VA 1C1LA 5HUMA 3ZYPA 4PF5A 3I4IA 1IVGA 3OBTA 1WLCA 1F8BA 3TIAA 5KXCA 1QNYA 3V0AA 2D43A 3ZXLA 1VALA 3LSEA 2KM2A 2YXSA 4FPGA 4AWDA 4Q8KA 4C1WA 3IMNA 2F29A 3KM5A 4P9YA 1CIWA 4YG6A 1EUTA 4DPNA 2R49A 3ILNA 4I00A 1F5FA 3IM0A 3TI4A 4H53A 4DRRA 1Q8VA 1D0HA 3B7EA 1V2IA 3M3CA 3K39A 3M1HA 4Q27A 3BEQA 2HU0A 1Q8OA 1X50A 1F8EA 3AZXA 2F0ZA 1Q56A 3T1MA 1QF3A 1JYIA 5KXEA 4FPHA 3NWKA 4M01A 2C4AA 5DG1A 3AP7A 1MZ6A 2SIMA 4K1HA 2HTRA 1G86A 1LGCA 4XTMA 3UJOA 2GMPA 4XIOA 2W5OA 2QWEA 1QOOA 5AVAA 4XHXA 1G9FA 1LU2A 1NMCA 1W6PA 2EXHA 4GDIA 2A70A 1WD4A 2QWGA 2W08A 1WLDA 2QWJA 3O9JA 1DQ2A 4YFWA 2UWAA 1RITA 3QCWA 1SBFA 4FPJA 2WKKA 4XBQA 3AZZA 2P2KA 1MS1A 4WEGA 1KDMA 2B7YA 2QWFA 4Y1ZA 3POYA 3O9KA 1N3QA 1NCBN 1LOBA 4GZOA 1NMBN 5EWSA 3AP5A 1V6JA 5B2DA 2NMNA 2QWBA 2WQZC 4CRQA 1LHNA 2D3RA 4IQPA 1DIMA 5JOYA 2DVGA 1KQRA 3TICA 2AEPA 2W38A 2YA8A 2JDZA 4MJUA 4KS5A 1KITA 5LK5A 1NLSA 3WDTA 1DQ6A 5GLTA 2ZKNA 1W6QB 3H71A 1DFQA 1EPWA 2QWIA 3HMYA 4QN6A 4NCSA 4RA0A 4ISQA 2QWDA 3AK0A 3ZXEA 4XBNA 1VAVA 3TIBA 4GDJA 2VSMA 1B9TA 3FUOA 1UMZA 3WDYA 4XJ9A 5HCBA 5DUWA 2GDFA 4OZXA 1GKBA 1RINA 1IVBA 3WG4A 3M3OA 2A75A 4X49A 1LOCA 4XJZA 3GALA 2HU4A 1SACA 1UKGA 2ZGQA 2ZGKA 2JD4A 1WLWA 2SLIA 2ZGPA 4GZXA 4ZXKA 3M2MA 1S0CA 1JN2P 3ILRA 3IPVA 2F27A 1LECA 1SCRA 4ITCA 1HDKA 4DQAA 1QOTA 4K1IA 3NV4A 2PELA 1W21A 2BQPA 2RKCA 1S0EA 3B69A 1I3HA 3ZXFA 2CTVA 3B00A 1N1TA 3POSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Q4V1 2TNFA 2Z5WA 4AI2A 4Z2WA 4H2AA 4S2FA 3ZFFB 5GLUA 1AXKA 4R9BA 1HRV2 5IUQA 3VZKA 5C7GA 4BQYA 4GIQA 5JUVA 4RGKA 2CU5A 2YBPA 5C9AA 3H8RA 3SHRA 3JZVA 3LE0A 1SLCA 2JIGA 1HRI3 1V3BA 2WN2A 4GJZA 2QWHA 2JD9A 3WN7A 3K38A 2XZIA 3S5QA 3K75B 4IL7A 2P3KA 4JGZA 5FYHA 3WXPA 2ZZQA 3O1VA 1INHA 4MWUA 4WA5A 4GZWA 4O61A 5FFOC 2P34A 2WS93 2PTMA 2UY8A 3DV8A 1HXS2 2C26A 2XVLA 1W8ZA 3VN4A 4BQWA 1QJY3 3W58A 2D3SA 3KVBA 3E6DA 3VBSC 2IAOA 1ASJ2 5FYTA 5CB7A 2XKOA 4JRAA 1INWA 1VMFA 5D8AC 3WY6A 3ZFEB 4DY3A 4CEWC 2VZ1A 1SZBA 5C4WA 1S2EA 2J1VA 1DZQA 2DYHA 2PHTA 1WA6X 2ZMLA 1XNKA 4CCEA 3AMPA 1DQ5A 3D4KA 4AVVA 2WO1A 1V3CA 4XJ8A 2JDPA 3FHIB 4DOUA 1IJQA 1ULFA 4KG8A 4UBGA 2PAEA 2RM23 4LT5A 3SOVA 2BJSA 3OTFA 4AFDA 3PVOA 2VW1A 1W6MA 4FI9A 3GBFA 4FAGA 2D93A 2R071 3MV11 3MPBA 3OYWB 5FZ1A 2FPBA 2ZABA 4BLJA 3HQRA 3E97A 1BEV2 3GXUA 1CAUA 1H6XA 2D97A 2OPWA 1H8TB 2C24A 2YU2A 5JOXA 4OUSA 3V0BA 5A3LA 1QHDA 1US3A 5AC93 1H2KA 4K1JA 3USSA 2QVSB 3N4MA 3WG1A 4NVPA 1RUH2 2F4PA 2HYXA 4GZSA 3BALA 2OW4A 2WAOA 1CGPA 2J1EA 3H0OA 1RUJ2 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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