4YW2A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, complex 6'sl
Total Genus 201
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
201
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 201
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw2A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw2A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw2A02
4YGBA 2CWSA 4B7QA 2A75A 2PELA 2JDZA 4XHBA 1NSCA 2ZGQA 5JOZA 3WOGA 1W6QB 2XCYA 3K3AA 4FP2A 1W6NA 2VW1A 3UJQA 2JKBA 2GDFA 1IKPA 1Z50A 4YFZA 4GXLA 1Q8PA 2YA5A 3NV2A 2ZHNA 1A3KA 4NN9A 3AYAA 3OPZA 4M3CA 2HU4A 5EYXA 2D6PA 4YGCA 4XJAA 4AVVA 2UWCA 3O5SA 4PQ9A 1AVBA 2H0BA 4XJUA 3FLPA 4DFSA 2SBAA 1GZWA 1WW4A 3ASIA 1H9WA 4M4UA 2JECA 1F8CA 2X9MA 3IM0A 2E6VA 1WCSA 1JYCA 5HUGA 1IS4A 4AWDA 4GZQA 4DRVA 1MS3A 2R49A 1DYPA 1LHOA 2WLQA 3POWA 1S0DA 1Z0HA 1MS1A 1XQNA 1WW5A 2GN7A 1QNWA 3AZWA 3SH4A 3WNXA 1SCSA 3H72A 4Y26A 1BKZA 2ES3A 3UL2A 4GZSA 1V0FA 3CL2A 4GWMA 2W38A 5CAZA 3H6JA 3WDTA 4P9WA 4MZEA 2EXKA 1ULEA 1RIRA 1Q8OA 3K38A 4FJ6A 1F9KA 2F24A 3RMXA 2EAKA 1LOEA 1DYKA 4H53A 1CONA 2QWKA 5CB7A 1HQLA 1AF9A 2BATA 3D6EA 1G7YA 4Y1ZA 5GZCA 2QWIA 3H73A 4X4AA 3N3HA 4FPKA 1IVCA 2E51A 1UKGA 3PVNA 4Y1UA 1DIMA 7NN9A 2W52A 4MWUA 1Q56A 2C5DA 3VKNA 3AYCA 5GLUA 4FPYA 1WLDA 4FP3A 1IOAA 1N1TA 2EIGA 2DVAA 5GALA 3N35A 3W59A 1WW7A 1QDOA 2DUQA 1CR7A 3TI5A 2VY0A 3MEPA 4CPYA 1AX1A 5DXDA 3V0AB 4Q1RA 2AR6A 3ATGA 4XIKA 2UWBA 4K1IA 3HMYA 1IVGA 1EURA 1VIWB 2PHUA 3ZPYA 1IVFA 2ZGUA 2A6VA 1QNYA 4NC5A 1DQ4A 1UPSA 5HUMA 4LBMA 4YM1A 1LOBA 1Q8QA 3GVJA 5HCBA 4FQZA 2GNMA 4NCSA 1LOFA 2DVFA 3TAYA 2ZGTA 5GLVA 3GVKA 3AXDA 2P3IA 1G9AA 4Y20B 1W6QA 2A6WA 3NN9A 1V0ZA 4CPLA 2ARXA 5IUQA 1PZ7A 1W6OB 1W6MB 4FOWA 1ENQA 1KITA 1SNTA 2YY1A 4RL7A 4TZDA 1JBCA 2EF6A 4YGEA 1N47A 1F8EA 2EXJA 4XXAA 5NN9A 4XJQA 2AEPA 2WT2A 4M4VA 1TEIA 1S0IA 3PVEA 1KRIA 3B00A 1LGCA 2VK6A 1MR5A 4HANA 4YGDA 2XZJA 2BERA 5KXBA 1A78A 1NN2A 3ZSJA 4W65A 1V3CA 4AGVA 4ISRA 3A0KA 2QWDA 3AYDA 3AZZA 1DHKB 1INYA 1WCQA 2HTRA 4DPNA 2DTYA 3RS6A 1CESA 3KM5A 2HTWA 3SH5A 1ULGA 3N7KA 3HR9A 4Y1XA 1VAVA 4D8SA 4KS5A 2VK7A 4Y1VA 3D4KA 4Q8LA 1ONAA 4GKYA 1GLHA 1NNAA 1X50A 3C2UA 2F12A 1H9PA 3AP6A 5DZFA 1W21A 2UWAA 2V73A 1KJLA 5L73A 2D3RA 1O4ZA 1ZM1A 2WSUA 1N1VA 3DUIA 1AX2A 5T50A 1APNA 3WDWA 2ZBJA 2HTUA 2Z42A 2ZACA 2AENA 5H9PA 3AZXA 3O12A 1C57A 1QMJA 1OKQA 2AYHA 1AXYA 4MWVA 6NN9A 3TIBA 4XXPA 3POYA 1MVQA 2JD4A 4BLIA 2P3KA 1V0EA 2B7YA 1QOSA 1SFYA 3JU4A 1DQ5A 1ULFA 4AGGA 1QKQA 2NP0A 1ENRA 1YRZA 5DZEA 1QU0A 1UZYA 4FVKA 3B69A 4WA5A 3A0NA 2XZIA 1HLCA 2D7FA 4BQ1A 4MWXA 1CQ9A 1NSDA 2W08A 1SLAA 3JU9A 5BYNA 2F25A 1GNHA 2W68A 2C4LA 1FATA 2CYFA 4LBLA 1S0BA 3V0AA 2A3YA 1QDCA 1DILA 3BODA 1SBEA 4PCRA 4XJ8A 3AZYA 4X6KA 5DZGA 4XJZA 2D6LX 3WHTA 2WT1A 3SALA 1RITA 1B09A 5GZEA 3SISA 4HIZA 2ZGLA 2P3JA 4Q26A 4B7JA 4SLIA 3SANA 2CL2A 5KXDA 2HT5A 3K36A 3GALA 3ILFA 1WLCA 1JYIA 3PJQA 4Y20A 2A3WA 1C1LA 1FNYA 4ZXKA 4NOTA 2ZHKA 1SLBA 2EXHA 4YLZA 3AK0A 2GMPA 5GLTA 1W6OA 1W6MA 1B9TA 1N3QA 1IKQA 1S1AA 2W5OA 3OY8B 4MJVA 3FUQA 4FQ4A 1LENA 2R0FA 5GZDA 1A4GA 4KS4A 4AYUA 1Z4ZA 2EALA 1SBDA 1LHUA 4XZPA 2DUPA 4Q1PA 3O0VA 1QGLA 4MWRA 3TB0A 2VK5A 3AXEA 4XYXA 5KXCA 1PZ9A 5T52A 4CPNA 5GZFA 4YFWA 2G4IA 2QWEA 4GEZA 1MS4A 5LK5A 3VKOA 5T5JA 3N7LA 2AH2A 2DWRA 1DFQA 3ILNA 4WA3A 1F5FA 4QN7A 4M4NA 3A4UA 2JJ6A 4GA9A 1MACA 2WJSA 2XG3A 5HUKA 4YZ1A 4GWNA 5T5LA 4JC1A 1LJ7A 1EPWA 4KS3A 4LBNA 3PVOA 3W58A 3VUOA 1JOJA 2W20A 2ZMKA 1LODA 3RMYA 4MZAA 1NCDN 3AJYA 1MVEA 3O0WA 1IS5A 1JUIA 3TI6A 3T1MA 3M3EA 2A6XA 2UURA 5DG1A 3USUB 3IKWA 1IVEA 2VWDA 3NV4A 4LBOA 4FVVA 4YZ3A 1GICA 1INXA 3VKFC 5E8AA 4QN6A 5SV8A 3CNAA 1SO7A 5IK8A 1LESA 3ZSKA 2R1BA 3LCPA 2BF6A 4CPOA 2GNBA 1XOGA 2YA8A 1CPMA 2NN8A 2ZKNA 3WUDA 5JOWA 3M2MA 4B7NA 2YXSA 3K39A 1Z4YA 3T1LA 3INAA 2AEQA 2HTVA 4UW6A 1NLSA 2OUJA 3D5OA 4KS2A 2D6NA 3DGTA 4B7RA 3ALWA 1Z4XA 4GJTA 1MWEA 4FZHA 1LECA 4FPCA 3H71A 1LOAA 4RA0A 2A3XA 2DU1A 5HCAA 3OGGA 5JOXA 5H9QA 3ALXA 4YG6A 3OBTA 2HTYA 5EXOA 3TIAA 4QN3A 1LOFC 4X49A 1S0FA 4NO4A 1USRA 4MWLA 1L7FA 1INHA 3PMEA 3NV1A 4GDJA 2F0ZA 1INGA 2YV8A 1SLCA 1MZ6A 1S0CA 4XHXA 3H0OA 1CIWA 2LALA 4PF5A 3ZXJA 3B9CA 3OY8A 5CBLA 2RKCA 4F83A 3NWKA 2NM1A 4GZPA 2HTQA 4WV8A 2ERFA 3RSJA 1W6PB 3T2TA 3FLTA 5JLVA 4IQPA 3GNEA 5IK5A 4K1YA 5DUUA 2VXRA 1LOGA 2ZGMA 4HZYA 3MPPG 3ENRA 4XE9A 2F26A 1UMZA 2TEPA 4XDQA 4YW4A 2E53A 1GYKA 2R0HA 1V6OA 1G86A 4WVVA 5T54A 2VU9A 2ZGNA 1G9CA 2EXIA 4DS0A 1YYNA 4XTMA 1B9SA 2YDPA 1NSBA 1DBNA 1BJQA 1QF3A 5DUXA 1FNZA 2DU0A 4XBNA 2I2SA 3N7MA 5T5PA 4JRAA 4Y1YA 2D43A 2DVGA 3M3CA 4B7MA 4BPZA 1VAMA 2ZB6A 4YW3A 4ASMB 1D0HA 3WG2A 1JN2P 4FPHA 1L7HA 2A71A 2GN3A 2HYKA 4I30A 3USUA 2VSMA 2CY6A 1BQPA 3WUCA 1QOTA 1LOCA 5GM0A 3A72A 4XMIA 1W1XA 4M3CB 3SLIA 1GSLA 2DVDA 5DUVA 2QWBA 2NYYA 2F29A 2AREA 2PHXA 5GLZA 3WG3A 3SILA 4H55A 1CJPA 1LGBA 1WBFA 1KDMA 1LGNA 4GDIA 3B7EA 3AP5A 2QWGA 4C1WA 3L2YA 4FPJA 1G9BA 4XBQA 4FOQA 1EUSA 1SBFA 3N36A 2VW0A 2A7AA 2F11A 4CTEA 4FPFA 2OUHA 1YIFA 3IN9A 5B2CA 4YW2A 3AP7A 1V6NA 1MS0A 3Q9OA 2JE9A 1WD4A 1GNZA 1UX6A 4FPLA 3BOPA 1F8BA 1SLLA 4M00A 4CPMA 1BJIA 4ZKTB 1A14N 4BM8A 4XJ9A 4Q2FA 5FREA 4PBOA 1IVDA 1GV9A 2P2KA 4P9XA 1MS5A 3AZVA 3I4IA 2QWFA 1GZ9A 4K1HA 1EUTA 3B3QE 3FFZA 4ISQA 4UW3A 5JDBA 2R16A 3AP4A 3QCWA 3POSA 4CZSA 1NCBN 1WD3A 2YA6A 4YZ4A 3MW2A 1Z4VA 1V3EA 4XIOA 5GJ6A 2D44A 3OYWB 2NMNA 3WDVA 1ZA4A 4P9YA 2RHPA 5F9TA 1V00A 3TI3A 3W09A 1DZQA 1DQ0A 2D3PA 3RRDA 2P37A 1WUVA 1BZWA 4YM0A 1NMAN 2PHRA 4R9BA 1NXD1 5JMCA 4M3CF 2C4AA 1DLLA 2WNEA 2OW4A 2R1DA 2C9AA 3NSSA 4YG3A 1Q8SA 4YZ5A 4ATEA 1GKBA 5DG2A 3IMNA 4XJRA 4K20A 4XJWA 3SITA 3SNMA 4YZ2A 3RG0A 3SH3A 5JOYA 3WDUA 3AFKA 2CMLA 3TICA 1FV3A 4MJUA 5CNAA 1INFA 1IVBA 1O4YA 3BEQA 3UK9A 1W20A 2PHFA 4YW5A 4Q27A 2F27A 1BXHA 4XTPA 1NNCA 2GALA 4HZXA 4YG0A 2VW2A 3ZXFA 2NMOA 1OFSA 4M3MA 1V6KA 1LHVA 1H30A 1VALA 1ULCA 3WHUA 1LHWA 4Y22B 1MZ5A 2ZGPA 3O0XA 4M01A 1E8TA 5JYYA 5E88A 3ZXLA 1W8OA 1BYHA 2UU8A 4X47A 4BOWA 2QWAA 5B2DA 2F28A 1IS6A 4YM3A 4K1JA 1S0JA 3K37A 3APBA 1V6JA 1J1TA 4R9CA 2DV9A 3ZSMA 2D6KA 3A71A 2A70A 4L8QA 3TI4A 1YI7A 3UJOA 1DQ2A 1AZDA 1V2IA 2A6YA 4XILA 4Q6KA 1GANA 2CTVA 1N3OA 3IPVB 3FUOA 1NNBA 4WA4A 5E89A 1N3PA 2GMMA 3V65A 3ILRA 4CRQA 4H52A 4U36A 3JUUA 1LU2A 4MWJA 2F10A 3V0BB 1INVA 1LEMA 1FYUA 2F13A 1WBLA 2CWMA 4FPEA 4QN5A 4GZXA 4FOVA 2PHWA 4Z8BA 3WG4A 4ATFA 2FHRA 2D6MA 3WVJA 4TYSA 2QWJA 1JHNA 1YXWA 2QWHA 4BMBA 1NMBN 1C4RA 2ZZJA 4LBQD 3ZXKA 2GNDA 1DGLA 2CNAA 4GKXA 1NMCA 2PHTA 4FOYA 4LBQB 4ITCA 1HKDA 2ARBA 1FX5A 1F31A 1ENSA 4I00A 4WEGA 1LU1A 3OYWA 1S0GA 4XOGA 5H9RA 3AJZA 1Q8VA 2P34A 1LULA 1CN1A 2DURA 1UN1A 2OVUA 3WCSA 4J9TA 1QOOA 3FLRA 2VVZA 2WSVA 4HZVA 2DYCA 3ZVXA 2SLIA 1CVNA 4PBPA 3WDYA 2ZGSA 1C1FA 2V5YA 4Q8KA 3T1EA 3D12A 2E7TA 4WEFA 5FRAA 1A4QA 4AGRA 3ZYRA 4BLJA 2ZA9A 3R05A 5JVVA 3WV6A 1GBGA 2W5NA 1DIWA 4OZXA 3CL0A 3FBYA 4DQAA 2VSKA 2YZ4A 3NV3A 2DUOA 4BMEA 4DGRA 1MS9A 2VUAA 1LHNA 3MW4A 3CYEA 4YW1A 1A8DA 4KS1A 1NCAN 3U4XA 3WG1A 5HUNA 1V6MA 4YM2A 2KM2A 4Y22A 2NZ9A 5HX0A 1I1EA 3AP9A 1SLIA 2HT8A 1LEDA 5CA6A 4CPZA 2HT7A 1V6IA 3ZXEA 5IK4A 2YDTA 3M3QA 3WLUA 1S0EA 2FMDA 4C1XA 5DUWA 3ZSLA 4GALA 3INBA 2WT0A 3AYEA 4JCKA 3LSDA 3CKZA 3QLQA 1W0OA 4M3CE 4HZZA 1W8NA 1PZ8A 4DRRA 5IK7A 1AJKA 4K1ZA 3GVLA 1AJOA 4Y24A 3V64A 3N7JA 3OBRA 3BTAA 4GB1A 5F5QA 1W0PA 1E8VA 5M1ZA 1W6NB 2ZGRA 3IPVA 5T55A 3MW3A 3KQRA 1SLTA 2ZMLA 1LTEA 1DQ6A 1UZZA 1U0AA 2ZGKA 2XB6C 1JW6A 4LBJA 3OJBA 2ZGOA 2DVBA 1VLNA 4GZTA 4HL0A 3V0BA 1I3HA 3BIWE 3ZYPA 1URXA 3O9JA 3O9KA 2ZHMA 2ENRA 1Z4WA 3I8TA 3B01A 1F8DA 1V6LA 3RQ0A 2GNTA 2ZAAA 2ZHLA 3R4SA 5EYYA 4BBWA 4K1KA 4GZWA 1HDKA 4WZFA 1DQ1A 1GZWB 4R9AA 2SILA 2YMZA 2WQZC 1IS3A 4LBQA 2VH9A 1ULDA 2A6ZA 2WKKA 2YA7A 4FPGA 1FV2A 2ZB5A 1B9VA 4XMAA 1KQRA 1MS8A 1SCRA 1V3DA 5GZGA 1E8UA 2A5ZA 4U2AA 3WDXA 1G9FA 5IT6A 4D69A 2W39A 1G8WA 2AGSA 1R1ZA 1VCUA 1HQWA 1N1YA 1V3BA 1VCJA 4UF7A 3M1HA 4MWWA 2DTWA 4K3YA 3TI8A 4UW4A 4AVTA 4K21A 2YA4A 3R4UA 1WLWA 4QN4A 1RINA 2E7QA 1FAYA 4MC7A 5T5OA 5AVAA 4QNPA 1Y7BA 1NCCN 3VKLA 4UW5A 1OQ1A 4AVSA 4XBLA 4MX0A 3AX4A 1L7GA 2HU0A 2B8HA 4WVWA 5H9SA 4LBKA 1KJRA 2QWCA 5GLWA 4P14A 2SIMA 3WZ1A 3VV1A 1XOEA 2AUYA 1GZCA 2YROA 2D6OX 1YO8A 3M3OA 4JF7A 2ZABA 1UAIA 1W6PA 4FPOB 3LSEA 2XZKA 2BQPA 1Z78A 1AXKA 1AX0A 2ZMNA 3WCRA 2D3SA 1WW6A 1SACA 4GZOA 1N1SA 1LCLA 5EWSA 3HN1A 5KXEA 2JE7A 2GMEA 1EUUA 4KBBA 4MWQA 2LTNA 2BZDA 4R9DA 1INWA 3D11A 1G9DA 1KDKA 2Q5TA 4MYEA 1JXNA 4HZWA 1UL9A 1AXZA 1D2SA 3VKMA 1CPNA 4MWYA 5HCFA 1USXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3H42B 4YGBA 1RUF1 3J7MA 2CWSA 5APAA 4CDUB 1W0NA 2E32A 4TLFA 4B7QA 3UESA 2A75A 2N7GA 2PELA 2JDZA 2WFF3 1OUSA 4XHBA 2KD7A 4Y5SA 4CU7A 1R1A2 2HBTA 1NSCA 2WNUB 2ZGQA 4IV3B 4CCCA 3WOGA 2W2IA 3JBG2 3KV9A 5JOZA 3LGRA 1W6QB 2X29A 4LO8A 3WT3A 5FNQA 2XCYA 2CGPA 3K3AA 3NJYA 4FP2A 4AQ6A 1W6NA 3EQEA 2PAKA 4JGZA 4Q4W2 2VW1A 2LW8A 2BOIA 1NE4A 4GH4A 4RS5B 4XACA 4LA3A 2HWE1 3UJQA 1CAWB 2IXIA 4GIQA 4IQKA 4A2UA 1V70A 4I3GA 4PDWA 4ARXA 5BNNC 5G04L 2VGDA 2VZUA 2JKBA 2GDFA 3SCGA 4CUBA 2MEV2 2QTWB 3WEZA 1AUYA 1IKPA 3TICA 4C0BA 1Z50A 3SQOA 4ONUA 2YB7A 4YFZA 5AC91 4GXLA 1FPN1 5KHIA 1Q8PA 4QHOA 5L19A 2HEWF 2WWUA 2CGNA 5M0TA 3FBMA 2YA5A 2R061 2V4VA 4LUKA 3ZPOA 3VD4A 2IATA 1RB8G 4ZZ5A 3EXUA 1YHFA 1ZBE3 1X2JA 3UGHA 3NV2A 1H8TA 2ZHNA 3F95A 1A3KA 4NN9A 1ZRFA 5F3IA 1OA3A 3FWEA 3AYAA 3OPZA 4CP9A 4M3CA 4R40A 1GR3A 1HRV3 2LS6A 4IL7A 2HU4A 3WNNA 3TN91 2WA4A 1SZBA 4YARA 1K32A 5EYXA 4CXYA 2WWSA 1VBA3 1ZGKA 3WF3A 1QJY2 2D6PA 4YGCA 1YFWA 4XJAA 3UGFA 1HB1A 1ND2A 2EICA 4AL9A 1W99A 3CMGA 1WA6X 3RJRA 4AVVA 5B2GB 1OMIA 3O1PA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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