4YW2A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, complex 6'sl
Total Genus 201
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
201
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase B
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 201
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw2A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw2A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw2A02
2DVDA 2H0BA 1JXNA 4LBNA 3Q9OA 1W0OA 4FZHA 2VW1A 1LHWA 1INHA 5E89A 5GLVA 1INYA 3SITA 1LHUA 4FPLA 2P2KA 1JBCA 3INAA 5JOZA 4MWYA 1VIWB 4M4VA 1A8DA 1ULFA 1CJPA 3T1MA 3NWKA 1DIMA 2JD4A 5DUVA 3SISA 2PHRA 2F12A 3WG4A 3H72A 1SLAA 3ZPYA 5T55A 1SFYA 2FMDA 1LGNA 1VAMA 2D44A 3PVNA 4YZ3A 4B7MA 4XIOA 5T5JA 5L73A 5M1ZA 5DUXA 5GLWA 1G8WA 1Q56A 2ZMNA 2DVGA 5HUMA 5JOWA 4K1JA 2LALA 3OJBA 1L7GA 4YGEA 3GNEA 4FPFA 4XHBA 1F8BA 3SNMA 2ZABA 1A3KA 2CL2A 4DRRA 2E7QA 2HTQA 5EXOA 3N7JA 2YROA 1DHKB 1Z78A 4LBJA 4M3CE 3MPPG 4ATFA 1HLCA 5E8AA 4K20A 5GALA 3KQRA 2HTWA 5CAZA 4DPNA 2NZ9A 4MWQA 2BERA 4DRVA 4XJUA 1X50A 4KS5A 1ULEA 1A4GA 3H0OA 4DGRA 3N3HA 2BATA 3A72A 1DBNA 4XJZA 5AVAA 4M4NA 5DG1A 3V65A 2QWHA 4GZXA 1XOGA 1MS8A 3RG0A 4CRQA 1AVBA 4XYXA 3ZVXA 2AH2A 3O0VA 1NMAN 5IK5A 2AR6A 1W0PA 1FV2A 1KJLA 3CKZA 3INBA 1NXD1 1ZA4A 3SILA 1GZCA 4H52A 3OPZA 1AX1A 1KJRA 4PBOA 1SLCA 3WDWA 3FUQA 3VKMA 4QN6A 3D4KA 3ILFA 3JUUA 1DQ1A 2DV9A 1WW4A 5IK7A 4HZWA 4X4AA 4AVVA 1QU0A 2WT0A 1NNCA 3TIBA 4U36A 1SO7A 4WEFA 4IQPA 2A3YA 4X47A 3TB0A 5KXDA 4MC7A 3A71A 4HZZA 3WHUA 1Q8VA 1GICA 2AYHA 1WBFA 2AENA 3AP6A 2WJSA 4K1KA 2ZMKA 4Q6KA 4ZKTB 2EAKA 1Z4WA 4JC1A 1WLCA 2CWMA 3BTAA 1JUIA 1A78A 2DVAA 5DZGA 4GA9A 4BLJA 2D3RA 2D6PA 4YM3A 3TICA 3D6EA 2HYKA 2VH9A 2YA5A 2W38A 2I2SA 3R4SA 2R0FA 1IVBA 3T1EA 5FREA 2GMEA 2SBAA 1DQ0A 3ASIA 1F8CA 3WDVA 2QWKA 1V3CA 2A3XA 3ILRA 2SIMA 1S0GA 1PZ9A 1VALA 1AXYA 2F0ZA 1S0EA 3M1HA 4I00A 2OW4A 3HN1A 1V0ZA 2E53A 1WW7A 2CY6A 2JECA 1SLLA 3AX4A 3RMYA 1F31A 5BYNA 1NNAA 3BEQA 4Q8LA 3NV3A 1B09A 2ZGQA 1G9AA 2ZMLA 1OKQA 4BQ1A 2W5OA 2P3IA 1W6PB 2ARBA 2DU1A 1V6IA 4WV8A 1SLBA 3WUDA 4MZAA 4R9DA 1YXWA 1LEDA 1N3QA 4YZ4A 2R16A 5H9RA 2ZB5A 4XJAA 1GBGA 2ZHMA 1GYKA 4FPCA 4WVVA 2D3PA 3SALA 2QWBA 4Y1XA 1GNZA 1JOJA 1NNBA 2R0HA 3KM5A 3WUCA 4GZOA 3CL2A 2DUOA 2VSKA 2DVBA 1DQ4A 5KXBA 2A6WA 2YY1A 1GZWA 5NN9A 5CBLA 4XMAA 1CR7A 1GZWB 4AGGA 4BMBA 4R9AA 1JYIA 3MW2A 4U2AA 5HCAA 2VVZA 3A0NA 4M3CF 4HIZA 4FPYA 1ONAA 3V0AB 5GZGA 4PQ9A 1GZ9A 1YIFA 4Q8KA 1FNZA 3ATGA 2AUYA 2WT2A 4GXLA 4GZTA 2VW0A 4HZVA 3UK9A 3RSJA 4LBQD 5GM0A 3K3AA 4RA0A 2YZ4A 3K39A 2D6LX 2EIGA 4GB1A 1W6MA 1N1SA 2W5NA 1QF3A 1W6QA 1HDKA 1W6MB 1G86A 3OBTA 2F10A 3VV1A 2ZBJA 1W6QB 4K21A 5HX0A 3GVKA 1KDKA 2V5YA 1IKPA 4DFSA 1AX2A 1W6NA 3V64A 3JU4A 3AK0A 1GNHA 1W6NB 1V00A 1LGCA 3AP4A 4XXPA 3QCWA 2PHTA 4LBLA 1BZWA 1Z0HA 2NP0A 2ZHLA 2ZHNA 1CONA 1IVCA 1YYNA 2A71A 1ULCA 1DQ5A 4UW6A 3O5SA 1QOSA 2WSUA 1ENQA 2WKKA 4H55A 5DUWA 4YLZA 1IS3A 4M4UA 2VW2A 1WCQA 3HR9A 2VXRA 3AYEA 2HT8A 1UMZA 4GDJA 4FOQA 1KDMA 2GNMA 2ZGRA 4WA4A 1V3BA 3AFKA 1LJ7A 5JVVA 1CIWA 1XQNA 5EYXA 1WW6A 1NLSA 3QLQA 3WZ1A 2AEPA 7NN9A 2XZKA 4YW2A 1Q8QA 3BOPA 2EXKA 3OY8A 2F28A 4WEGA 2GMMA 2D6MA 3OY8B 3TI3A 5FRAA 4PCRA 3TAYA 1S0CA 5H9SA 3GVJA 4YZ1A 1SLIA 3B69A 4D8SA 1G9BA 2QWFA 2VK5A 3B3QE 1G9DA 2ZZJA 4NOTA 4XMIA 1QGLA 1MS0A 1CN1A 4HANA 1VLNA 4FPKA 4M00A 3N7KA 3O0XA 4TYSA 1WCSA 1MS9A 4FQZA 3GVLA 1NSDA 2JKBA 3V0BA 3V0BB 3HMYA 4JF7A 4BBWA 1FAYA 1WBLA 1MS4A 2ZAAA 1URXA 1LEMA 4XE9A 1S0JA 2BF6A 2CMLA 2HT5A 3D12A 4L8QA 2X9MA 2HTUA 3H73A 2D6OX 4BMEA 4MWUA 2EXJA 3ZSMA 2DTWA 2ZGPA 1N3OA 3NV2A 4XHXA 1YO8A 3O12A 3N7MA 4ISRA 4XBNA 2VUAA 1B9SA 5GZEA 3O9JA 5B2CA 3OBRA 3M3EA 1RIRA 2GN3A 1QOOA 5JMCA 2ENRA 2DU0A 1IVEA 1MVEA 1SBFA 4H53A 1HQWA 3WNXA 2F25A 4XXAA 1Z4XA 1MR5A 1UN1A 1UKGA 4FPEA 3N36A 1DILA 4NO4A 2PHWA 5F5QA 4P14A 3PJQA 1LOEA 4QN5A 2V73A 1NCDN 1U0AA 2R49A 2QWEA 2CTVA 2A3WA 1SLTA 4Y1VA 4Y1UA 1EUTA 2DTYA 5JOYA 1ZM1A 2UU8A 2RKCA 4Q1RA 1O4YA 1N1TA 4MWLA 2NN8A 1INGA 2YV8A 1V6MA 4AYUA 3UL2A 2CWSA 1ENRA 1JHNA 1W21A 3SANA 1LHNA 2ZHKA 2DWRA 3RRDA 1JW6A 1DQ2A 4QN7A 1IVDA 3O9KA 3CNAA 2A6ZA 2GMPA 4KBBA 4XTMA 4CPLA 1UPSA 1IS5A 1GV9A 4FPHA 4Q1PA 2DURA 1YI7A 3NV1A 5EWSA 1DFQA 2ZGLA 3SH3A 1V6NA 5B2DA 2EF6A 1PZ8A 5H9QA 1RINA 1AXKA 5HUGA 4MJVA 1CQ9A 2D7FA 4UW4A 1H9PA 3GALA 1Z4ZA 2OUJA 1NMCA 4GZQA 2ARXA 3ZXEA 4Q2FA 2A75A 1IOAA 1F9KA 2D3SA 4C1WA 4XJ9A 2XCYA 3FLPA 2EXHA 1LODA 4M3MA 2UWCA 3BIWE 1LULA 5T5OA 1NN2A 1EUSA 2ZKNA 4HZXA 2EXIA 1LOGA 4Y24A 4YM1A 2GNTA 3AYDA 1LGBA 3AP5A 3UJQA 4OZXA 3RMXA 1LOBA 2C4AA 1V6LA 1XOEA 4FPGA 2ZB6A 4FOYA 4R9BA 4HZYA 4WVWA 4YW4A 1NCAN 3SH5A 1AZDA 1LHVA 4YW1A 2A6XA 3ZYPA 4FPJA 4P9WA 4MWWA 4YZ5A 5CNAA 1I1EA 4XTPA 3MW4A 5IK4A 1E8VA 3VKOA 2P3JA 2JJ6A 4JRAA 2QWCA 2ZGTA 2F13A 2F24A 4Z8BA 5IK8A 3B01A 1BYHA 2SILA 3ZXLA 1V3EA 3NSSA 4XJRA 1OQ1A 4KS1A 4ZXKA 3ALWA 2TEPA 5HUKA 3W59A 1CVNA 1N47A 1QNYA 3VKLA 1D2SA 1DIWA 1AX0A 1LU1A 3FFZA 1ULGA 2QWJA 3FLRA 1L7HA 4C1XA 5F9TA 1QOTA 5JOXA 1UAIA 4MWJA 1E8UA 4LBMA 2F26A 4GWNA 4YGCA 3K38A 2DVFA 4YZ2A 5GZDA 2CYFA 4KS4A 4YG0A 5DUUA 2C9AA 1QNWA 4FJ6A 1IKQA 4NCSA 3LSEA 1HQLA 3WHTA 3VUOA 1KQRA 2ZGSA 3WDXA 1MWEA 1NCCN 1NMBN 2FHRA 4DS0A 4XZPA 5DZEA 4GZSA 1V3DA 4B7QA 2JDZA 2OVUA 4Q27A 4YM2A 3POYA 1B9TA 4XJ8A 1W20A 3PVEA 3ZYRA 4X6KA 1V6KA 2LTNA 4NC5A 2GNBA 1V2IA 3USUA 5T52A 1MZ6A 1USXA 3OYWA 4XDQA 3CYEA 2AREA 3FLTA 1S0FA 5JYYA 4ISQA 2BQPA 3C2UA 5DG2A 4CPNA 1UZZA 1IVGA 4CPZA 2E7TA 4MX0A 5T5LA 4YM0A 4BOWA 4K1HA 3AP7A 4Q26A 3N7LA 3TIAA 4CTEA 4FP2A 1SBDA 1FX5A 2PELA 2SLIA 4WZFA 3FUOA 4CZSA 5KXEA 4FOVA 1WD4A 3VKNA 4XILA 4CPYA 1WUVA 4AGVA 2W08A 2HTRA 5KXCA 2G4IA 2PHXA 3M3OA 2F29A 4B7JA 1FNYA 1BXHA 3TI8A 1S0BA 1LCLA 2WNEA 1R1ZA 1L7FA 1WW5A 4Y1ZA 1CPMA 4YG6A 2DUPA 5GZFA 5DXDA 1GLHA 3IKWA 3IPVA 3M3QA 5T50A 1AF9A 1V6OA 2AEQA 3IPVB 4FP3A 4YGDA 1LOFA 1W8NA 5GLUA 1INFA 1JN2P 2HT7A 1Z4YA 3SLIA 2XZJA 1QDCA 1DZQA 5JDBA 4NN9A 2VWDA 1LTEA 4LBQA 1C4RA 3B7EA 1MS5A 1SACA 1E8TA 4LBQB 3ILNA 3SH4A 2ERFA 2P3KA 1V0FA 1D0HA 2BZDA 2VU9A 4K1YA 2PHUA 4X49A 5H9PA 1IVFA 1NSBA 3AJZA 5HUNA 2ZGMA 4AVTA 2DYCA 1GSLA 5GZCA 3AZZA 4PF5A 4GZWA 1KITA 1N1YA 4FPOB 2R1BA 2GNDA 2A5ZA 2GALA 4Y22A 1W8OA 1KRIA 2DUQA 2YDTA 4K1IA 4YGBA 4Y22B 3ALXA 2D6KA 4AGRA 3AZYA 4GZPA 2YA6A 1Z4VA 4PBPA 3WV6A 3AP9A 1N3PA 4QNPA 2E51A 4WA3A 3PVOA 2QWGA 3W09A 1SCRA 2Z42A 3WVJA 1LESA 1IS6A 1WD3A 2WSVA 2W20A 1I3HA 1FYUA 3AXDA 3VKFC 4GALA 2HU4A 4GJTA 3BODA 2ZGOA 2VY0A 5GJ6A 4FOWA 3L2YA 1SCSA 3O0WA 1LU2A 4GEZA 4P9XA 2B7YA 4RL7A 3TI4A 2YMZA 3IM0A 1LECA 2HU0A 1SBEA 4MZEA 3RS6A 2PHFA 1GANA 2CNAA 3PMEA 1MVQA 1AXZA 1LOCA 4ATEA 4KS2A 5SV8A 4YW5A 1CESA 4CPMA 3MW3A 4W65A 3I4IA 5JLVA 4ITCA 2NYYA 2YA8A 3AYCA 1UL9A 2A7AA 1USRA 3TI6A 1MS3A 3AYAA 5LK5A 1DGLA 3WDYA 3AZXA 4M01A 4HL0A 1BJQA 2VK7A 3WCRA 4WA5A 1PZ7A 4QN4A 1ENSA 1IS4A 5T5PA 2D43A 2ES3A 3ZSKA 2YA4A 2YXSA 2E6VA 4MWVA 2HTYA 1S1AA 2ZA9A 4BM8A 3H6JA 5CB7A 2Q5TA 1G7YA 1N1VA 3ZSLA 3UJOA 1AJKA 1VCUA 3OGGA 1NCBN 2ZACA 1APNA 3NV4A 1HKDA 2F27A 3WLUA 1BQPA 4I30A 5E88A 1C57A 1MZ5A 3APBA 4GKXA 4QN3A 1V0EA 3NN9A 4Y1YA 1JYCA 4LBOA 4GKYA 2WLQA 3T1LA 5EYYA 4AVSA 4CPOA 3WG2A 3ENRA 4YFWA 3D5OA 3B00A 1S0IA 5IT6A 4BLIA 3K37A 1INXA 2WQZC 4K1ZA 2NM1A 4XBQA 2F11A 4UW5A 5IUQA 1Q8OA 1QDOA 2XZIA 1V6JA 4GWMA 2AGSA 1C1LA 3AZVA 1UZYA 3IMNA 3R05A 4B7RA 1W6PA 4D69A 4R9CA 1AJOA 1B9VA 2C4LA 2QWIA 4FVKA 4MYEA 4KS3A 5T54A 2D6NA 1Y7BA 1G9CA 1DLLA 3ZSJA 1UX6A 4DQAA 5CA6A 1DQ6A 1LENA 2JE9A 2W39A 1H9WA 5HCFA 3RQ0A 3MEPA 1TEIA 2A70A 2QWDA 2WT1A 3M2MA 2QWAA 1QMJA 1RITA 1A14N 4FQ4A 5GLZA 1LOAA 4Y26A 1DYKA 2W52A 3JU9A 1LOFC 1INVA 4UW3A 3WDUA 3U4XA 3ZXKA 2VK6A 2P37A 3N35A 3TI5A 4XBLA 3A0KA 1C1FA 3D11A 3V0AA 2KM2A 4P9YA 1QKQA 3WDTA 4B7NA 3DGTA 3WOGA 3ZXFA 1BKZA 3AJYA 4MWXA 3IN9A 4XJWA 1J1TA 2R1DA 2OUHA 2UWBA 3DUIA 1G9FA 3H71A 3WG3A 4YFZA 3ZXJA 2NMOA 3LSDA 1Q8PA 4YG3A 1WLWA 3POSA 1WLDA 3W58A 4XOGA 2XB6C 3WG1A 3FBYA 2NMNA 3USUB 1EURA 1EUUA 1SNTA 2UURA 2RHPA 4XIKA 3OYWB 3LCPA 2JE7A 4LBKA 2ZGUA 2ZGKA 1ULDA 1INWA 2YA7A 4AWDA 1A4QA 1H30A 1YRZA 5GLTA 1FATA 2GN7A 3AXEA 4Y20A 1CPNA 4J9TA 3B9CA 2C5DA 2UWAA 3AZWA 1OFSA 2ZGNA 4Y20B 2YDPA 3POWA 3A4UA 2EALA 2P34A 2VSMA 4XJQA 3I8TA 1F8DA 2A6YA 4UF7A 1O4ZA 2GDFA 1VAVA 1MACA 4FVVA 2B8HA 1Z50A 2HTVA 4BPZA 1EPWA 4F83A 4SLIA 2A6VA 2W68A 1DYPA 1MS1A 4M3CA 4GDIA 3CL0A 5DZFA 4MWRA 1S0DA 5HCBA 1BJIA 3T2TA 1VCJA 4MJUA 1Q8SA 4YW3A 3R4UA 4M3CB 1F8EA 1NSCA 4TZDA 1W6OA 1W1XA 1LHOA 1GKBA 1F5FA 2XG3A 4ASMB 6NN9A 1FV3A 3K36A 3WCSA 1W6OB 3M3CA 4JCKA 4K3YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BZ4A 3MIBA 5ABJC 2I45A 2QDRA 1RUH2 2H2UA 2MHFA 3HBKA 3O1MA 2DVDA 1RUF3 4HBNA 5A1AA 3OSDA 4EJRA 3O7OA 1NLRA 3NW4A 2J1AA 1DZRA 3HBZA 2H0BA 1JXNA 3IDCB 1WCUA 1EAH3 5FYIA 4JX0A 4LBNA 1REEA 3Q9OA 1W0OA 4P5HA 5FY0A 4FZHA 3N9LA 2KXLA 3AMHA 3WNPA 2VW1A 4DB5A 2J7MA 4D6QA 3M4FA 3FHIB 4BXFA 5FNUA 1LHWA 1INHA 3DV8A 2B8MA 2YG0A 5LEKA 1JTZX 5E89A 3CLPA 1MZFA 5GLVA 4N53A 4KL1A 4XF0A 4B3NA 1BEV1 5D8AA 1INYA 4LKSA 2BNMA 3SITA 1LHUA 4P9GA 4FPLA 5JXIA 2P6HA 1HRI2 2P2KA 1JBCA 3INAA 1S1DA 5JOZA 4IE5A 5D8AB 4IETA 4NIHA 1VIWB 4JVAA 2DCZA 4MWYA 4PLOA 4A3ZA 1A8DA 5KC5A 4M4VA 5GX5A 2ZX1A 3RZZA 1N6EA 1ULFA 4C1YB 3IT8A 4JTOA 1TNFA 1CJPA 1AR72 2HWE3 1RUC2 3T1MA 5L36A 3NWKA 1FPN2 4P9JA 3VBSC 1EP0A 1DIMA 1BHGA 3VNHA 3HIFA 2JD4A 2CU5A 5C8WA 4QD2A 5DUVA 3SISA 2RE9A 2WFF2 3JB8A 4ZU7A 2PHRA 3U14A 4ZU5A 2F12A 3CHXA 1RUJ3 1QJY3 1XE8A 1PIV2 4GWJA 4K3UA 1BK1A 3VLBB 4BHPA 3N4MA 1H2LA 2PFWA 2VZVA 4O7XA 4C0BA 3RI8A 2DG0A 4ZZ5A 4TLFA 1BBT2 3OUIA 3H72A 2BGPA 3WG4A 4NIGA 3VZLA 5JXHA 1SLAA 3ZPYA 2BGOA 4KGGA 1VBC1 5FZCA 5A1LA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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