4YW3A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, complex with neu5ac and neu5ac2en following soaking with neu5ac2en
Total Genus 202
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
202
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Neuraminidase C
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 202
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw3A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw3A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw3A02
2Z42A 5KXCA 3N3HA 5GZCA 4R9AA 1V3EA 3QLQA 4WEFA 3FUOA 1V0FA 5GZDA 1VAMA 1V00A 2CY6A 3TI3A 1LCLA 1A4QA 4H52A 2R1BA 1LHWA 3ZYPA 2JECA 2PHUA 1ULEA 5L73A 1S0GA 4LBOA 5GZEA 4GKYA 4Y1UA 1MWEA 1GICA 3CYEA 1DLLA 2YDTA 3AZWA 3R4UA 2R0FA 2NM1A 1EPWA 1UAIA 1GBGA 1LULA 3IPVB 2A7AA 3GNEA 5FREA 1ENQA 4U2AA 1G9DA 3ASIA 1DQ6A 1UPSA 4MWYA 3AYCA 3SLIA 3W59A 3D11A 1DQ4A 2SBAA 3ATGA 3PVEA 1QDOA 2UURA 5GZGA 1WCSA 4XHXA 4RL7A 2BZDA 1W6PA 1AX2A 2GDFA 1MS3A 1VAVA 1A3KA 5JMCA 1N1YA 1IKQA 1CR7A 2P34A 2A3XA 4PBOA 4W65A 5DZGA 1FV3A 2WT0A 2VK5A 4XJZA 1DGLA 1S0CA 1URXA 2DTWA 2HTWA 1ULCA 5EXOA 2P37A 1GYKA 1JXNA 2SLIA 4WV8A 3ZYRA 1G86A 3C2UA 2XZKA 3AJYA 1QU0A 3AP6A 2DVFA 4K1HA 1E8VA 5HCAA 3IMNA 3AXEA 3HN1A 3POYA 1JBCA 1CPMA 1N1VA 5JVVA 4MWXA 3K39A 2V73A 1N47A 3D4KA 3VUOA 3B01A 3WDVA 2F11A 4ITCA 4Q1PA 2ZAAA 2HTRA 1GZ9A 2E7QA 3AZZA 4M3CA 5CA6A 3WG4A 4LBJA 5T54A 5KXBA 1RINA 3WG2A 5FRAA 4LBKA 1V6KA 1QOOA 3IPVA 3M3CA 3CKZA 2A6ZA 4FJ6A 2AENA 2HTYA 5SV8A 3ENRA 2W39A 3MEPA 3V0AB 4JC1A 4SLIA 1N3PA 3ZXLA 5HCFA 5JOZA 3O0VA 3GVLA 3USUB 3PMEA 4PBPA 5KXDA 4ATEA 2WSVA 1JW6A 4Q6KA 1UX6A 3NV3A 1LESA 3AZYA 1HQWA 4Q1RA 5HUKA 2JD4A 3T1MA 4HANA 1LU2A 1UZYA 1NCCN 4GWNA 2JDZA 1XOGA 1O4ZA 1INHA 1SO7A 4DRRA 3O9KA 1SFYA 3HMYA 3TI8A 4MJVA 3NV2A 4GWMA 3RSJA 4UW3A 4FQZA 2EAKA 2VW2A 2WNEA 3BEQA 1YO8A 2TEPA 1SLCA 5IUQA 4YZ5A 3SH5A 4ZKTB 2EXKA 3DUIA 1MVQA 2WT2A 2JJ6A 3TB0A 3ZPYA 2VW0A 4GZSA 4YM3A 1CONA 4DS0A 1DIMA 1IOAA 4LBMA 1WBFA 1F8BA 1CN1A 1QNYA 2QWEA 3WV6A 4TYSA 4QN7A 4YFZA 1B9TA 4PCRA 4C1WA 1LECA 2PHTA 3V0AA 3SH3A 4XBLA 4K21A 1W20A 2A6XA 1NMBN 1NXD1 3W09A 2GNBA 2DWRA 2RHPA 3USUA 1G9CA 3VV1A 2ZABA 1BKZA 1F9KA 2NMOA 4MWJA 1LOGA 1LEMA 4P9YA 2AR6A 1KJRA 3O0XA 4MWLA 2ZZJA 4XOGA 1LOBA 1MACA 4FOQA 4DPNA 2GMEA 2D3SA 4XTPA 3ZXJA 2WQZC 1B09A 2YXSA 2AUYA 4QN6A 2QWJA 3RRDA 1F31A 2VSKA 2VVZA 4ZXKA 4FQ4A 2GN3A 5JYYA 2EIGA 2W20A 2DVAA 3B00A 1USRA 1AJOA 5H9PA 5IT6A 3ZXFA 2YA7A 4GA9A 4UW4A 4NCSA 2F0ZA 2YA4A 2ZGOA 3WDXA 4GKXA 1AX1A 4H53A 2G4IA 2RKCA 3DGTA 1Z78A 4GB1A 1SACA 4K1KA 5DUXA 3WG1A 4YM0A 1CESA 3PVOA 1LU1A 2F28A 4UW5A 4UF7A 2QWAA 2AEQA 2ZB6A 1INWA 1ULFA 3ZXKA 2VK6A 1CQ9A 2YROA 2BERA 3T1LA 1IS5A 3K37A 1GZWB 1NSDA 2C5DA 1LHNA 2PHXA 3ILFA 4MZAA 4K1IA 2ZHMA 4KS4A 1EURA 1LENA 2CL2A 1LHVA 1V6IA 1W6QB 1APNA 1INXA 5DXDA 2ZBJA 1BZWA 1J1TA 2ARBA 1NNBA 5DG2A 4DGRA 2ZGQA 3NWKA 1CIWA 4FOWA 3ZSMA 4J9TA 4XHBA 2VXRA 1A8DA 3N35A 4C1XA 2X9MA 2ZGMA 2F24A 1NSCA 3M1HA 5JOXA 3RMYA 2P3JA 3OYWB 3QCWA 2ZGLA 4YG3A 1AXZA 3FFZA 5IK4A 1BJQA 3RQ0A 2QWGA 4B7QA 2I2SA 1QMJA 2AEPA 4YZ1A 1WW6A 1JHNA 2W5NA 2HTUA 1S0JA 1KITA 1YIFA 1QOSA 1SLLA 3O5SA 5NN9A 1YRZA 1PZ8A 2DYCA 4MX0A 3AFKA 4XZPA 4CRQA 1WD4A 3CL0A 2ZGKA 4Q8LA 2SILA 3V65A 2OVUA 4YGBA 5B2DA 1L7HA 1QDCA 4NOTA 1JYCA 5T5PA 4XMIA 1W8OA 1I3HA 3WUCA 4Q27A 1F5FA 4FPYA 1G7YA 4Y1ZA 1XQNA 4X49A 2NYYA 1DYKA 1AZDA 3NN9A 1GZWA 1AXYA 4BPZA 3A4UA 1KDKA 2R16A 2A6VA 4YW2A 3VKNA 2A71A 3N7JA 4GZOA 2YDPA 3PVNA 4BMBA 2UWAA 3H6JA 2C9AA 1W6QA 4CPOA 4YW3A 4CZSA 1G9FA 2V5YA 4XJ9A 5GZFA 1AX0A 2P2KA 4WVWA 2D6MA 4YW1A 4FPKA 4YM2A 1Z0HA 1HLCA 4FPEA 4I30A 3FLRA 1QGLA 4Q26A 2ENRA 3T2TA 3OYWA 4LBNA 3FLTA 4K1YA 3R4SA 1LOEA 3AZVA 4HIZA 4K3YA 4XJRA 4TZDA 2ZMLA 3JU4A 2R49A 3AP4A 3POSA 2ZGPA 2NP0A 2ZGUA 4FVKA 4NO4A 3AYDA 2ZGSA 1NCDN 1UZZA 4GDIA 1LOFA 1GNHA 4GZTA 3AZXA 1B9VA 1HQLA 2VUAA 3WLUA 4XXPA 1VALA 4FPGA 1V3DA 2D3PA 1NLSA 3KQRA 4X6KA 2EXHA 3JU9A 4WVVA 2HT5A 2GNMA 5T52A 3INAA 1G9AA 4MYEA 1KJLA 2F13A 4BLIA 3RS6A 2ZHKA 2A3WA 1DZQA 1ZM1A 3AYAA 4X4AA 1W6OB 4ATFA 1V6JA 1VCUA 3TI4A 3ALXA 3BODA 2Q5TA 2OW4A 3FLPA 1V3CA 1LTEA 5E88A 6NN9A 2NN8A 2VH9A 2HYKA 2F29A 4P9WA 4HZVA 5DG1A 1L7FA 1FV2A 1ULDA 1TEIA 5GLUA 4B7NA 4Y1XA 1Z50A 1WW4A 1LJ7A 5T5LA 2DVDA 4BQ1A 1W0PA 1GNZA 2CYFA 2DVBA 2CWSA 1KQRA 2ZB5A 2A70A 1NCBN 1UL9A 1LOFC 1ENRA 5T55A 4FPOB 1LHOA 3D5OA 4CPMA 3LCPA 1XOEA 1OKQA 4QN5A 4YGDA 3IKWA 3ZXEA 1SCRA 2HT8A 3N7LA 2CNAA 3AP7A 5M1ZA 1UKGA 5HCBA 3WCSA 5JOYA 1VIWB 2DUQA 4P14A 4HZWA 2DV9A 1DILA 3I4IA 4GZWA 2GNDA 1S0BA 2VY0A 4YG0A 3H73A 3WCRA 1WLWA 2D6KA 1FX5A 4K1JA 1N3QA 1W6OA 2F26A 1INFA 5T5OA 3TIAA 1NSBA 4MWUA 3WDWA 2ZHNA 3AX4A 2YY1A 3M2MA 3BIWE 3TICA 4PF5A 4Y1VA 4BBWA 1QOTA 2ZMKA 3N7MA 1MZ5A 4Q2FA 1MS4A 1H9PA 2QWCA 5H9RA 1RIRA 4LBLA 2R1DA 3UJQA 4XJ8A 1QKQA 3M3QA 2HTVA 3NV1A 3ZSLA 1AVBA 1Q8PA 4Y20B 4ISQA 1IS4A 2ZHLA 3VKFC 1Q56A 4HZXA 5AVAA 3B3QE 2F12A 3V64A 4CPYA 1EUTA 3O12A 3SISA 1FNYA 1LODA 3TI6A 4D8SA 2VW1A 5E8AA 1WUVA 4R9DA 1Z4YA 1S0IA 3V0BB 3AP5A 3APBA 4LBQB 4HZZA 4YFWA 4F83A 4QN3A 4RA0A 4UW6A 2WJSA 5CBLA 2D3RA 1C57A 4AGGA 1Z4XA 4AYUA 1DQ2A 2D7FA 5GJ6A 5CAZA 1SLBA 5LK5A 4M00A 2E7TA 3HR9A 3UJOA 2ES3A 4B7JA 1C1LA 1IVBA 1V3BA 3H71A 1E8UA 5GM0A 2D6OX 4Y22B 4JCKA 5CNAA 1DYPA 2ZGNA 3SNMA 1SCSA 1Z4WA 1V6MA 2ZACA 5HUMA 3FUQA 4YGCA 4GDJA 2B7YA 1V0EA 3AP9A 2ZKNA 1X50A 5EYYA 1IS3A 3OY8B 2WKKA 1ZA4A 3GALA 3B7EA 3WOGA 1S0FA 4MWWA 1D0HA 2ARXA 1SBDA 4GJTA 3N7KA 3TAYA 1Q8OA 1LGNA 3RG0A 1MZ6A 3OJBA 1LOCA 1CJPA 3OGGA 2DURA 2XZIA 1GSLA 4Y20A 3A0NA 3UL2A 2D6PA 2DUOA 3A71A 1DQ0A 1USXA 5DZFA 2E51A 2EF6A 4BM8A 3OBRA 4L8QA 1FAYA 4WZFA 3V0BA 2OUJA 5EWSA 2XB6C 2W08A 5JOWA 3H0OA 1YYNA 1SBFA 2DU0A 5GLTA 2VU9A 2D6LX 4MWVA 1OQ1A 2F25A 4FPJA 3POWA 3H72A 4KS3A 4FOVA 2AGSA 3ZVXA 3B69A 4AGRA 4MC7A 4YW5A 1INVA 2GN7A 1Q8QA 1V6OA 3M3OA 1JN2P 4NC5A 4XYXA 4M3CE 1SLTA 4Y22A 3I8TA 4YM1A 3W58A 1DQ5A 4WA4A 3N36A 4XJWA 1KRIA 4FP3A 4XDQA 1A14N 4JRAA 2YA6A 2LALA 4FPLA 4M3CB 2FHRA 3OY8A 1AJKA 2DU1A 2LTNA 3MW2A 3VKMA 1PZ9A 1A78A 3R05A 1V6NA 1W6MB 3AYEA 1W21A 1IKPA 1MS8A 4CPZA 2W68A 2BQPA 3LSDA 2VSMA 4BOWA 2DVGA 1W0OA 4ASMB 3WUDA 3VKOA 2A6YA 2JE9A 2YZ4A 1W6NB 1SBEA 1PZ7A 4M01A 2AH2A 1S0EA 2EXIA 4AVSA 4M3MA 4YZ4A 2KM2A 2WT1A 1F8EA 1WD3A 1W1XA 1KDMA 3NV4A 1D2SA 1AXKA 3JUUA 1JUIA 1WLDA 2JE7A 1S1AA 3WDUA 5GLVA 1VCJA 2CMLA 2SIMA 1G8WA 4I00A 1DBNA 4AWDA 4BMEA 2XZJA 1IVEA 4M4NA 4FP2A 2QWDA 2YV8A 4BLJA 5B2CA 4XJQA 2WLQA 4KS2A 1JOJA 1G9BA 5IK5A 2GMMA 1MS0A 4K1ZA 1R1ZA 2UU8A 2HTQA 1GV9A 1YXWA 1LEDA 1WW5A 1A4GA 1Z4ZA 3NSSA 3CNAA 4KBBA 4YZ2A 2AREA 2D43A 2CWMA 4HZYA 5DUVA 1ENSA 3Q9OA 3B9CA 2W52A 1V0ZA 2BF6A 1WCQA 5HUNA 1SLAA 1LHUA 2PHRA 3WG3A 4GZQA 1FNZA 4R9BA 2P3IA 1IVDA 4YZ3A 4K20A 1YI7A 1MS5A 1MR5A 1H30A 4HL0A 4X47A 1W6MA 1MVEA 1O4YA 1ONAA 5HUGA 3MW4A 3AJZA 2ZA9A 2E6VA 4GZPA 4WA3A 1WBLA 4FPFA 2DTYA 3KM5A 5T50A 3CL2A 3L2YA 5DUUA 1UN1A 4U36A 1W6NA 2XG3A 3K3AA 3T1EA 5IK7A 3INBA 2A3YA 1FYUA 1BJIA 4R9CA 4NN9A 4ISRA 4FPCA 1IVGA 4YGEA 1WLCA 1AF9A 4KS1A 2C4LA 2HU4A 2A5ZA 2EXJA 4B7MA 1NMCA 4FPHA 1EUUA 4JF7A 4LBQD 2ZGRA 1ULGA 1HKDA 4DQAA 5T5JA 4YLZA 1DQ1A 2UWBA 4XIKA 5JDBA 4MZEA 4Y26A 2NZ9A 2PHWA 4B7RA 3GVKA 3ILRA 2F10A 3PJQA 4DRVA 1INYA 5IK8A 3ILNA 4AGVA 1BYHA 3MPPG 1GLHA 1Z4VA 2BATA 5JLVA 1C1FA 5DZEA 2ERFA 2YMZA 4Z8BA 3SALA 2FMDA 1W8NA 3BOPA 4XXAA 5HX0A 1HDKA 4MWRA 4YW4A 3IM0A 2WSUA 7NN9A 2XCYA 2YA5A 2D44A 1CPNA 2NMNA 5E89A 1GANA 1LGCA 3AK0A 1U0AA 4IQPA 3RMXA 2QWHA 2QWIA 4GZXA 1NMAN 1H9WA 4Y24A 4P9XA 1Q8VA 2HT7A 1QF3A 1MS9A 4XJUA 3A72A 3WNXA 3A0KA 5KXEA 4PQ9A 3OBTA 1BQPA 2DUPA 1Q8SA 3SITA 1I1EA 2F27A 4XTMA 4XBNA 1UMZA 3WHUA 4XILA 2E53A 2W5OA 4FOYA 3M3EA 3SILA 1F8DA 3WDTA 4CPLA 3WZ1A 2CTVA 1MS1A 4XIOA 1F8CA 4MWQA 5EYXA 3TIBA 1DIWA 2GNTA 4XJAA 4XBQA 2UWCA 4H55A 4QN4A 1NN2A 3ALWA 1JYIA 5H9QA 1GKBA 5CB7A 2EALA 1OFSA 2H0BA 1INGA 3O9JA 2VK7A 2C4AA 1BXHA 2OUHA 1IS6A 4MJUA 2ZGTA 3K36A 2GMPA 1SNTA 1E8TA 1IVCA 1QNWA 2GALA 3LSEA 3D6EA 3UK9A 1LOAA 5GLWA 1V6LA 4GALA 4Q8KA 2D6NA 4D69A 4GXLA 3ZSKA 1L7GA 4FVVA 2PHFA 3VKLA 3SH4A 4YG6A 3MW3A 5H9SA 3OPZA 3SANA 2HU0A 2VWDA 1WW7A 4GEZA 3D12A 5DUWA 3WDYA 3FBYA 3ZSJA 2W38A 1SLIA 2A75A 4M4UA 4XMAA 1C4RA 2A6WA 1FATA 2JKBA 3O0WA 1DFQA 4DFSA 3AXDA 4CPNA 2QWFA 4Y1YA 3IN9A 4AVTA 1NNAA 1N1SA 5GALA 1IVFA 2ZMNA 5GLZA 2PELA 4CTEA 1LGBA 3TI5A 5F9TA 2QWBA 4AVVA 1W6PB 2QWKA 4WEGA 3BTAA 3K38A 5F5QA 5BYNA 3GVJA 1EUSA 2P3KA 4FZHA 2AYHA 3WHTA 4QNPA 1V2IA 1VLNA 2R0HA 3U4XA 4OZXA 4LBQA 1GZCA 1N3OA 1CVNA 1NCAN 1S0DA 1RITA 4KS5A 2YA8A 1DHKB 3WVJA 1N1TA 2B8HA 4M4VA 1NNCA 4XE9A 4WA5A 4M3CF 1B9SA 1Y7BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z42A 5FLHA 1JUHA 4O5TA 5E1RA 2IVJA 5KXCA 3N3HA 5GZCA 1QJU2 1I5PA 4RHV3 4R9AA 2ZX3A 2R042 3CIHA 1QXJA 5BNNB 1V3EA 3ZSEA 3SOVA 2YGLA 5LRRA 3QLQA 4WEFA 2XR4A 3FUOA 1NY72 4D52C 1EV13 2GP3A 2R062 1V0FA 2DFBA 5GZDA 1VAMA 1W8TA 2R071 1V00A 4GB31 4A7YA 2CY6A 5IFPA 1IUBA 3L6VA 1BBT1 4QQOA 3TI3A 1LCLA 2XOMA 1UW8A 3OSDA 1W2OA 1A4QA 2IAPA 4QMAA 2XL9A 2AEZA 5LA1A 4H52A 1ZX5A 2R1BA 5D9BA 1LHWA 2IFRA 2JECA 2PHUA 4WVMB 1ULEA 3S7IA 3ZYPA 5L73A 4CP9B 5A6YA 1S0GA 1PM4A 2BGOA 4LBOA 2FZ2A 1NLRA 2JDYA 4YVWC 5GZEA 3KVAA 4DUVA 1COV3 3K51A 4P9LA 4MG2A 4GKYA 2XPJA 4BQYA 5DDJ1 2WAOA 4DEVA 1WA4A 4Y1UA 1MWEA 4E4ZA 1GICA 3CYEA 3G7DA 5F2SA 1L7LA 2PQSA 1DLLA 4I2OA 2YDTA 3C7GA 3AZWA 2VZPA 1VBC1 3R4UA 2W1QA 4QGLA 2R0FA 2V4AA 3JD71 3J7MA 1O3SA 5GX1A 1UD1A 1RUF2 2NM1A 2E26A 1NA1A 4TN7A 3VBSB 4B4QA 4CDWA 1EPWA 4CXYA 1UAIA 2QFEA 4JGYA 1F5JA 1GBGA 2JDNA 3ABZA 1LULA 3IPVB 2A7AA 5FXXA 1NY71 4AI3A 2CV6A 3GNEA 4ARXA 5JXHA 5LW9A 2R061 2WWJA 3JQXA 1HB3A 1FOD3 1YWKA 5FREA 1ENQA 5HI0A 2XHKA 1RUH3 2VCMA 2D98A 4LHKA 4U2AA 3ASIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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