4YW4A

Streptococcus pneumoniae sialidase nanc
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Neuraminidase C
publication title Crystal structure of a novel sialidase
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 198
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw4A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw4A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw4A02
4GXLA 3AYDA 5EYYA 4K1JA 1IVGA 1L7FA 3ZSJA 3HN1A 1GZWA 3GVJA 4M4NA 1LOFA 5H9PA 1YXWA 2VSKA 2ES3A 2HTUA 4Y1UA 4BMEA 3PJQA 1LU2A 1NMBN 1UAIA 2Z42A 2W68A 2BERA 1FATA 1D0HA 1FNZA 1JOJA 1MVQA 3ILRA 1LU1A 1JYIA 3ZXEA 4AVSA 2V73A 1BXHA 3AFKA 1W6MB 1GICA 3ZXKA 2YA7A 5DZFA 1JW6A 1FV3A 2BATA 2AGSA 3W59A 5AVAA 1C57A 4K20A 2QWJA 3WDYA 3WVJA 4C1XA 1DIMA 1W6PB 1Q56A 1Z78A 4FPKA 2ARXA 2A3WA 1EUSA 3M3CA 4Q1PA 1WLWA 4MWQA 1QOSA 2F11A 2W20A 2A6ZA 1B9SA 4HZYA 1QKQA 3AK0A 4FP3A 4TZDA 3H71A 1GNHA 1WCQA 1GV9A 4XHXA 2ZMLA 1S0DA 4YW5A 1Z0HA 1F8BA 4AGRA 1HKDA 4LBQA 4XTMA 4ZXKA 4R9DA 3O0VA 2VK7A 1YYNA 2D6PA 2OVUA 4XOGA 1W8NA 2C4AA 4K1ZA 3NWKA 1V0ZA 4Z8BA 1EPWA 2NYYA 2WT1A 4MC7A 2XZJA 4HZVA 1NCCN 1S0EA 2HT7A 3CYEA 1O4ZA 1BKZA 4B7QA 1ZA4A 2ZGTA 5HUMA 1A3KA 5IK5A 2GDFA 3O5SA 1LHVA 2QWDA 1FNYA 4WA5A 1Q8QA 2DVDA 1INWA 2GNMA 3M3OA 1INGA 3WDUA 4HIZA 3H6JA 3ENRA 3H73A 2AH2A 1CESA 1WD3A 4H52A 1A14N 4WVVA 4BLIA 3IN9A 2F27A 7NN9A 1AX2A 3V0BA 2NMOA 2F25A 2W38A 4YW4A 4MZEA 4MWXA 4C1WA 1N3PA 4XJRA 1PZ8A 4MZAA 2UU8A 4R9CA 3BEQA 1SLTA 3OBRA 3O9KA 4KS3A 2P37A 4B7MA 3SNMA 4XBQA 4NO4A 1IS4A 1AX1A 3OY8B 1EURA 6NN9A 1W20A 4GZTA 3TIBA 2NN8A 1Q8OA 1G9AA 2JD4A 1A78A 4BLJA 1LESA 1IVCA 1LTEA 4Y1XA 2D6NA 1V0EA 1LGCA 2E51A 2VY0A 4CPNA 5CAZA 5GLVA 2D6OX 3MW3A 2C9AA 2ZABA 4LBNA 3WDTA 1QOTA 2W5NA 2JDZA 1N1SA 3OYWA 4YGBA 3WDXA 1B09A 1SLBA 4DS0A 5KXCA 3WLUA 3CKZA 1SCSA 4Q27A 1NMAN 1G8WA 5CNAA 1QNWA 1DQ4A 3APBA 4YM3A 4F83A 5GLZA 1I3HA 3D5OA 2WQZC 2FHRA 1F5FA 2ENRA 4MJUA 1BJIA 3ZVXA 3IKWA 2XB6C 3VKNA 1W6OA 1UKGA 1ULCA 2QWHA 1LOFC 2KM2A 3V64A 3GVKA 1INXA 4M01A 4MWYA 3TICA 3DGTA 2YXSA 2YROA 2CWSA 4QN6A 2DURA 3WNXA 3AZYA 3O12A 5EWSA 3C2UA 1N1TA 1S0GA 4I30A 4Q26A 1KDMA 4XZPA 1LOAA 1LCLA 5HCAA 5KXEA 1I1EA 1GZWB 3AP9A 3K3AA 1KQRA 5DZGA 4P9WA 1F9KA 2ZB5A 3WG3A 1NNAA 2VXRA 4GKXA 2A71A 1VCJA 3B9CA 2R0FA 4XYXA 1Q8PA 1AJOA 4XJ9A 1F8CA 2NM1A 3I4IA 1S0IA 1YI7A 1QU0A 3WHTA 1DHKB 1FV2A 2A6XA 2CWMA 3AZVA 5LK5A 3O0XA 3A0KA 1NNBA 4GZPA 2WT2A 1CPNA 1A4QA 1C4RA 3Q9OA 4FP2A 4DGRA 3H72A 2WNEA 2UWCA 1DILA 1WUVA 3M3EA 1J1TA 4YW1A 4BMBA 2DU1A 3L2YA 2W08A 1QNYA 2UURA 4PBPA 1GLHA 1XOGA 4D69A 2ZGMA 5CA6A 1LHWA 4WA3A 1NSBA 3WG1A 3T1EA 2PHXA 4LBQB 4ASMB 1CONA 1H30A 4XILA 1TEIA 1W21A 2QWKA 1DBNA 4BPZA 2F12A 4UF7A 3WOGA 3VUOA 1JXNA 1Z4YA 1G86A 1AJKA 1V6MA 5DUUA 4Y26A 2HTVA 4YFWA 3T2TA 1SLAA 2B8HA 3ALXA 5GLWA 1GZCA 2YA8A 1CN1A 1V00A 1AXKA 4FOVA 4XJZA 1EUTA 1KJRA 2CY6A 4KS2A 1DGLA 2V5YA 2SILA 1DLLA 3O9JA 4FVVA 2JJ6A 4LBOA 4AWDA 2YV8A 3K36A 2VK5A 1IVBA 3AP6A 3RQ0A 2BF6A 3SITA 2DVFA 2G4IA 1BQPA 4J9TA 1INVA 4YW2A 3V0BB 4QNPA 2W39A 2BZDA 2R49A 3LCPA 3UL2A 1GZ9A 2YDPA 2VW2A 5L73A 2YA6A 2ZA9A 2ZAAA 5DXDA 4YG6A 5IK4A 1WCSA 1SCRA 3ZXFA 1CIWA 2YMZA 1GSLA 1UZZA 1QGLA 1NCBN 2AREA 1WD4A 1DIWA 5B2CA 4P9XA 1A4GA 2C5DA 4L8QA 2F28A 4UW5A 1N47A 5JOYA 2HTWA 4MX0A 2B7YA 4XXPA 2HT5A 5H9QA 4M3CE 4W65A 2VW1A 3VKFC 2A3YA 4CPZA 3ZSKA 1DQ6A 4P9YA 1JYCA 3B3QE 4XJ8A 3V65A 4Q8LA 4MWJA 3ILFA 2WSUA 3OYWB 4XBLA 4MYEA 4UW4A 1L7GA 3AJYA 3IM0A 1DQ1A 1DQ0A 4XDQA 3U4XA 3ALWA 1V6IA 4WEGA 1G9DA 4FPEA 4YLZA 2DWRA 3WUDA 1VALA 2R1BA 3AZWA 3OBTA 2F0ZA 4Y22A 1V6OA 3M1HA 1UX6A 1S0FA 4UW3A 3ZPYA 2JKBA 5HUGA 1LOGA 1W6OB 1USRA 1IS5A 1FAYA 3POSA 1V0FA 2P2KA 1N1VA 2GNTA 3BODA 3ATGA 3QLQA 2OW4A 3AYCA 1LENA 1UZYA 3T1MA 1ULFA 3MW2A 1NSDA 2VVZA 1MVEA 2GN7A 1QMJA 1FYUA 3A71A 4FOWA 2YA4A 4XJQA 4GZQA 2A6WA 2YA5A 2ZMNA 2AEQA 4YGEA 5IUQA 5JOXA 1E8UA 1HDKA 4AVVA 3SH3A 4FPLA 1ZM1A 3N7MA 2I2SA 5F9TA 1WW6A 5IK8A 1FX5A 2WLQA 3H0OA 4HL0A 3TI3A 3INBA 3TI4A 5IT6A 1ONAA 3BOPA 2YZ4A 4MWLA 4XXAA 4YG0A 1S1AA 5JYYA 5JMCA 3AXEA 5DUXA 3TIAA 3KQRA 2QWAA 5CB7A 1H9WA 1R1ZA 4XJAA 2DV9A 2QWIA 2HYKA 4M4VA 5H9RA 1W6QA 4ATFA 3UJQA 1MS8A 4BOWA 3D11A 2C4LA 4HZZA 3WV6A 2PELA 4M3MA 1INYA 1RINA 3DUIA 1NCDN 2QWEA 1ULEA 4GZSA 1S0JA 1QDOA 2HU0A 3AZXA 5E8AA 3NV1A 4KBBA 2OUJA 2E6VA 4B7JA 1KJLA 1AVBA 4KS1A 1Z4VA 1NLSA 2R1DA 1D2SA 3B01A 4FZHA 2ZGUA 3AX4A 1IKQA 2A6YA 5KXBA 2RKCA 4HZWA 5SV8A 1MR5A 4QN5A 1LEMA 2P3JA 2FMDA 2ERFA 2WKKA 1SLIA 1DQ5A 2R0HA 3AXDA 3SH4A 3SALA 5IK7A 2ZGNA 2ZZJA 1WLCA 2XCYA 5B2DA 3VKOA 4K1HA 5HCBA 4YGCA 4X6KA 3W58A 3ZXJA 4FPYA 1VCUA 5GZFA 1CR7A 3CL0A 4X49A 5GZDA 1W6NA 4CTEA 2D6KA 2VSMA 1IS3A 1O4YA 5NN9A 2HTYA 5GZGA 2P3KA 4FPJA 1WW5A 4UW6A 3AP4A 1C1FA 5GLTA 2NZ9A 4YZ1A 4TYSA 4GALA 4R9BA 1MS9A 1INHA 4YG3A 1WW4A 2ZGQA 4MWWA 1CPMA 4Y1VA 2DUOA 4PQ9A 1Q8VA 5DZEA 3VKMA 2OUHA 3I8TA 1JUIA 2GMPA 4Q1RA 4XE9A 3A0NA 1KRIA 4GDJA 4Y20A 2ZGPA 3T1LA 3NV2A 3SH5A 3OPZA 2WT0A 1DYPA 4XJWA 5JOWA 3USUA 4DRVA 4FOYA 4K1KA 3LSDA 3HR9A 5GALA 3V0AA 1V3CA 4GB1A 1KDKA 1JHNA 2F24A 2LTNA 1LGNA 2W52A 1BJQA 1V3EA 3PVNA 3D6EA 2DTYA 2DVAA 2JE7A 1IOAA 2WJSA 3RMYA 5EYXA 5EXOA 1NMCA 4RL7A 5HUNA 1NN2A 1V6KA 1RITA 4P14A 5DG1A 3WZ1A 2GNBA 1IS6A 2TEPA 2ARBA 4JRAA 4Y22B 3O0WA 4M00A 4Y1YA 1N3OA 4HZXA 2GN3A 1OFSA 2CTVA 4GZXA 1AZDA 1DQ2A 5GM0A 2HTQA 4BM8A 2PHWA 2DU0A 1IVFA 3FBYA 1F31A 1PZ9A 2ZGKA 3VV1A 2VWDA 4M4UA 3WHUA 4FPHA 4YM1A 4H53A 3IMNA 4YW3A 3B7EA 2PHUA 2DUPA 1XQNA 2YDTA 1DZQA 4ZKTB 4K1YA 2ZB6A 2F13A 5FREA 3FLPA 1BYHA 4CPOA 1AXYA 2UWBA 2GMEA 1USXA 3PVOA 2D44A 2DTWA 2VW0A 4AYUA 4GWMA 1G9FA 1E8TA 2CMLA 2EXHA 2JE9A 4GJTA 3FUQA 4OZXA 4WV8A 1WBFA 2D3SA 3GNEA 5T5PA 1OKQA 3QCWA 1MZ6A 2HTRA 3SLIA 1DFQA 4LBJA 3TI8A 1XOEA 3FLTA 4NC5A 1GBGA 3INAA 1MS3A 5GLUA 2A6VA 1LGBA 4QN4A 1HQWA 3N7LA 1B9TA 4QN7A 2W5OA 2AENA 2ZACA 3JU9A 3W09A 4B7RA 4CZSA 1GYKA 2ZHNA 4PF5A 1Z4XA 2AR6A 1W6QB 1NNCA 5DG2A 1HLCA 1QOOA 1NCAN 4XMAA 3AYAA 5FRAA 1SFYA 5GZCA 1SLCA 2A7AA 5T55A 2LALA 1G9CA 1MACA 3SILA 4DQAA 3OJBA 4IQPA 3WUCA 2PHFA 3D12A 1LOEA 3IPVA 3TAYA 1ENSA 3BTAA 1EUUA 1LOBA 4D8SA 2JECA 1MZ5A 4XJUA 4FPGA 1BZWA 3B00A 1C1LA 1MS5A 4CPLA 1E8VA 1VLNA 1WLDA 4YZ5A 3ZSLA 1SBFA 2ZGOA 1V6LA 1V6JA 1SO7A 4M3CA 2X9MA 3POWA 4GWNA 3D4KA 4NN9A 4YFZA 1UPSA 4JCKA 3TB0A 3AP5A 3WCSA 3WG4A 4H55A 2ZBJA 2WSVA 1NXD1 1W6NB 4AGVA 3NV4A 1Z50A 4Q2FA 1X50A 4MWUA 2BQPA 2EALA 3UK9A 2EXIA 2NMNA 2XG3A 5T5JA 3N7KA 1LEDA 4X47A 3VKLA 1A8DA 1W1XA 5T52A 3ZYRA 1Z4WA 1LOCA 3MW4A 3GALA 2P3IA 3LSEA 3ZSMA 1QDCA 1AX0A 4FQ4A 2D7FA 2CL2A 3CNAA 2VUAA 1L7HA 1U0AA 4QN3A 1SBEA 4BQ1A 5KXDA 5T50A 1MWEA 4X4AA 2F10A 4PBOA 3UJOA 3BIWE 4Y20B 2QWCA 1LECA 2RHPA 5F5QA 4Y24A 1VAMA 1VAVA 3USUB 3M3QA 3V0AB 1OQ1A 4CPYA 3WCRA 1KITA 1Q8SA 2D6MA 1H9PA 1LODA 3CL2A 4WEFA 1SNTA 3PMEA 4PCRA 4K21A 1NSCA 4SLIA 5T54A 4GEZA 2D43A 2A75A 4FVKA 2XZIA 4DPNA 5JLVA 5BYNA 3MPPG 2E53A 2XZKA 1V6NA 5E88A 4JF7A 4GKYA 4LBLA 3NN9A 2F26A 2ZGSA 1ENQA 1V3BA 2D6LX 2ZMKA 2ZKNA 3AJZA 4FPFA 2AUYA 3R05A 4XIOA 1VIWB 1G9BA 4K3YA 1MS1A 4DFSA 3ASIA 2HT8A 3RS6A 2DVBA 2DUQA 4YZ2A 4DRRA 3K39A 1IVDA 5H9SA 2VK6A 3HMYA 2SBAA 1SACA 2SLIA 4YZ3A 4GZWA 2H0BA 2QWBA 1INFA 3SISA 1UL9A 3RSJA 5JOZA 3JUUA 4LBKA 1W6MA 2Q5TA 1UMZA 2PHRA 1LHUA 1CJPA 3N36A 5HX0A 3A72A 3RMXA 2DVGA 3FUOA 1LHNA 1G7YA 4FJ6A 4AGGA 4XBNA 4KS4A 2EIGA 1W6PA 1YRZA 2QWFA 2DYCA 4WZFA 4NCSA 1LHOA 1APNA 4FOQA 1SBDA 1AF9A 2A70A 4GZOA 3ILNA 4WVWA 4ATEA 2AYHA 3TI5A 5HUKA 3NSSA 3MEPA 1UN1A 1YIFA 4FQZA 4JC1A 1W0PA 2GALA 1V2IA 4HANA 5JVVA 4XIKA 1JN2P 4AVTA 4GA9A 3WG2A 4K1IA 1MS0A 3R4SA 1PZ7A 2EF6A 1F8EA 4MJVA 3POYA 2VU9A 2EAKA 4GDIA 3K38A 1Z4ZA 1SLLA 3IPVB 5E89A 1IKPA 2QWGA 1Y7BA 4M3CF 5T5LA 4MWRA 4R9AA 1B9VA 3FFZA 4Q6KA 3SANA 4Y1ZA 3WDWA 1ULDA 1V3DA 3NV3A 2GNDA 2P34A 3RG0A 1F8DA 4ISQA 5GJ6A 2YY1A 2GMMA 3AYEA 4YZ4A 1CQ9A 4M3CB 2D3RA 4CRQA 3JU4A 4XHBA 1RIRA 3B69A 2ZGLA 5DUVA 1JBCA 2A3XA 4U36A 3A4UA 3AP7A 2AEPA 3KM5A 2SIMA 2E7QA 4YGDA 3OY8A 1S0BA 4ITCA 4BBWA 1GNZA 4WA4A 3R4UA 3OGGA 1WW7A 2HU4A 1ENRA 1LULA 2D3PA 1W8OA 2CYFA 3N7JA 1MS4A 2E7TA 1AXZA 5M1ZA 4U2AA 3AZZA 3N3HA 4YM2A 1N1YA 3ZXLA 1DYKA 2ZHLA 1W0OA 1CVNA 3ZYPA 4YM0A 5DUWA 5T5OA 3WDVA 4MWVA 3GVLA 2EXJA 5GZEA 2A5ZA 1ULGA 1URXA 3M2MA 1YO8A 4KS5A 4I00A 2CNAA 1IVEA 4RA0A 2VH9A 2EXKA 4LBQD 1N3QA 2ZHMA 3K37A 2R16A 4FPCA 2ZHKA 2F29A 1GANA 5JDBA 2UWAA 3N35A 3TI6A 3PVEA 4B7NA 1HQLA 1LJ7A 2NP0A 4FPOB 4ISRA 1WBLA 1S0CA 3RRDA 4XMIA 5HCFA 4LBMA 3FLRA 5CBLA 4NOTA 2ZGRA 2PHTA 1QF3A 4Q8KA 1GKBA 4XTPA 4CPMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CZVA 2VJXA 4AK3A 3Q8FA 4GXLA 3AYDA 4IEOA 3SEEA 5EYYA 3LI5A 3ELNA 4K1JA 1IVGA 1L7FA 4KL1A 2BOJA 3ZSJA 3HN1A 2H0VA 1GZWA 4IV1A 3GVJA 4M4NA 1LOFA 5H9PA 4XFBA 1WCDJ 3AC0A 3Q8BA 3FBMA 2RS31 1YXWA 3RPQA 1CAXA 4O9GA 3SEPA 2VSKA 4YRDA 5IAXA 2DYHA 3ZOIA 2ES3A 2HTUA 1OURA 4HKWA 1EAH2 3A21A 4UFMA 4Y1UA 4BMEA 3F95A 4IMBA 3ZN6B 5K0UC 3D0SA 2PQSA 1YQ6A 4IESA 4BHPA 2A1XA 2Y6FA 3PJQA 2XR4A 2JG9B 1LU2A 4IEUA 1OLME 1UAIA 1NMBN 4NMIA 2Z42A 3JD73 2W68A 1AL22 5I0UA 1COV3 2BERA 1FATA 3AKSA 4C8DA 1BEV3 1D0HA 4OQ9A 1PX4A 4Q0VA 1ND2B 4XABA 1FNZA 1JOJA 1MVQA 2E31A 2CV6A 1WCKA 3ILRA 3Q8AA 2F17A 4AH4A 3OD4A 4X8NA 3BU7A 1LU1A 5LBBA 5FY5A 1JYIA 4CCJA 3ZXEA 5FPBA 4AVSA 2PAKA 2VQUA 4IXLA 2V73A 1BXHA 3NJXA 3POGA 4I02A 4A2UA 4CP9A 4KNCA 3KV9A 3AFKA 4RR3C 4QPGC 1W6MB 1OH4A 4HK9A 2CGOA 1K32A 2OKXA 1GICA 2P1BA 3ZXKA 5F5CA 1V04A 2BVVA 2YA7A 2D5FA 5DZFA 1JW6A 4ZY9A 2J1SA 1SQ4A 1O4TA 4OHZA 1HXS1 4QWNA 4X6QB 1FV3A 1VB4A 5JXIA 2BATA 5FPLA 4KU7A 1XE0A 2AGSA 4ET7A 3W59A 2R7EB 3K3OA 2RDSA 1STMA 5AVAA 2ZOEB 1MEC2 4LMFA 1C57A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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