4YW5A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, complex with oseltamivir carboxylate
Total Genus 202
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
202
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Neuraminidase C
total genus 202
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw5A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw5A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw5A02
5GLUA 1SO7A 4XJ8A 2GN7A 1NMAN 3QCWA 4GZQA 2GMEA 2PHFA 1UZZA 3ZSKA 1DQ6A 1V0ZA 1GZ9A 2OUJA 1MS9A 4QN7A 1KRIA 2GMPA 5EYYA 1NXD1 2YA6A 2OVUA 3BTAA 5T54A 3WLUA 5LK5A 3UK9A 4YGDA 4XHBA 1DFQA 2F28A 5E8AA 2KM2A 1MS5A 2D6NA 4XJRA 4SLIA 3A0KA 1N1VA 2ZHMA 3R4SA 3AJYA 3TIBA 2YXSA 4P9WA 3FFZA 1SNTA 4Y24A 3ASIA 2SBAA 1LENA 4NN9A 4MWXA 1USRA 3K3AA 2XG3A 1NSBA 4BQ1A 2A70A 2ZGTA 1F8EA 2FMDA 2ZBJA 4WZFA 1IVFA 3AZXA 3POYA 4B7MA 1S1AA 3R4UA 3T1LA 4GWNA 5H9QA 4H55A 2HTVA 4P9XA 1E8TA 3MEPA 4XZPA 1FATA 3O9JA 1QMJA 3WG1A 1W20A 1S0GA 1AX0A 1A78A 1PZ7A 4Q1RA 1LEMA 1WLCA 4XJQA 2GNMA 3T1EA 1V3EA 4HZXA 2E51A 3AXDA 1W0OA 4WEGA 5KXCA 3ATGA 3NV2A 4FPCA 4YM1A 2B8HA 2VK7A 1MVEA 2DU0A 1LODA 1MS3A 2ZHKA 1GLHA 1RITA 3K39A 1TEIA 2UWBA 4LBOA 4YZ5A 1VIWB 2BF6A 1B09A 1RINA 5HUMA 2P34A 1S0FA 1E8VA 1KDMA 4BBWA 1ZM1A 2AREA 4K1HA 3ZSMA 2B7YA 4UF7A 1UKGA 1KDKA 2ES3A 2VXRA 2CMLA 3VKOA 2VUAA 4Q2FA 1LOCA 1WW5A 2DUQA 4JC1A 1G9CA 4M4VA 4XHXA 5DG1A 2NN8A 4GZWA 3ZSLA 3WG3A 1DQ1A 1DHKB 1AJKA 2P3JA 4DS0A 3OBTA 4TYSA 3B3QE 1ULEA 4XXPA 5CA6A 1MACA 4FPJA 4FVKA 1NSDA 3CL2A 4H52A 4BM8A 2VY0A 1SBDA 2C4AA 2DVAA 4MWVA 2C9AA 3LSDA 5JVVA 1Q8QA 2D3RA 2AH2A 4WA3A 3M3OA 2GMMA 4NC5A 3ALXA 1H30A 1NNCA 3N3HA 5HUGA 4AGGA 2EAKA 4KBBA 2DYCA 2ZGOA 1QKQA 2EF6A 2D43A 2VSMA 1IVEA 3AP4A 3A71A 5DZFA 3INBA 4QN6A 4YGBA 2WT0A 1QDCA 3Q9OA 3IMNA 1WD4A 1INYA 4K1IA 1GNZA 4K21A 4WV8A 3UJOA 5DZGA 4IQPA 1SACA 3AJZA 4MX0A 1XOEA 2XZIA 5JMCA 5F9TA 5H9PA 4FPFA 2QWJA 4MWLA 2ZAAA 2ARXA 3AFKA 1UX6A 2D6PA 1NMBN 3N7LA 2F10A 1E8UA 2XZJA 2A75A 4M3CB 5JOWA 4M01A 1AXKA 4GZTA 1LOBA 2AENA 4U2AA 2SLIA 3VKNA 1CIWA 1VAVA 1Z4XA 4M3CF 2QWHA 3ENRA 1SCRA 2A6YA 1C4RA 4AYUA 4K1JA 1SLBA 1AZDA 2AEQA 5GM0A 4MJUA 1BQPA 3RMXA 2ZB5A 4I30A 1CESA 2G4IA 2ZGMA 3AP7A 5DUVA 3HN1A 4ZXKA 2E7QA 2AR6A 4CPZA 1LOAA 3RSJA 1W8NA 4XTPA 2DV9A 1G9FA 1WW6A 4CPOA 3D4KA 4NOTA 1ONAA 1NCCN 1G7YA 2WLQA 2P2KA 3FUQA 3WNXA 4MYEA 3ZXLA 5JYYA 1V3BA 3RMYA 1N1YA 2E53A 4GKXA 4Y1UA 3W58A 2V5YA 1DILA 1QOTA 4M00A 3GNEA 1Z4VA 1F9KA 4FP3A 5M1ZA 1CR7A 1WCQA 2W52A 3RG0A 1MS8A 1APNA 2JE7A 3AZWA 4LBKA 4WA4A 2VW2A 4XJ9A 3D12A 1LU1A 4M3CA 3QLQA 1ULGA 3C2UA 3WG4A 1VALA 2WQZC 5JDBA 4YM0A 3NN9A 3TI4A 1CVNA 4Y20B 1FNYA 3SILA 1Z50A 1LESA 3WDWA 2CWMA 3A0NA 3AXEA 4DFSA 1INGA 3FBYA 4YFWA 3ZPYA 2ZGPA 3O9KA 4RA0A 1JHNA 4B7NA 1Z0HA 2EXKA 4YGEA 1F31A 5KXBA 4DGRA 2QWGA 1A3KA 2PHRA 1MVQA 3CYEA 2ZGNA 3OJBA 1G8WA 1USXA 4CPNA 3APBA 1F8BA 2F24A 3B69A 5GZCA 1W0PA 4XJAA 1GANA 2C5DA 1BXHA 1WW7A 2AYHA 3FUOA 4HIZA 4Q26A 3H72A 1G86A 3M2MA 3LCPA 3OBRA 2XZKA 2H0BA 4GJTA 1LEDA 3USUB 2AGSA 2HT8A 1SLAA 4Q8KA 3WOGA 1WLDA 5EXOA 5HCAA 4AVTA 2GNTA 1GZWB 4XDQA 4YW4A 3ZYPA 2TEPA 2A6XA 1AXYA 1S0DA 1DQ4A 1LGNA 2PELA 1LHUA 4CPYA 3ZXKA 1LHOA 1KQRA 1DQ5A 5IK5A 3JU4A 1EUTA 1SBEA 1DGLA 1DQ2A 4Y1VA 2QWIA 4KS5A 4YZ1A 4C1WA 2WSUA 2NMNA 3SH3A 3KM5A 1F8DA 2HT5A 4DQAA 4Y20A 4UW6A 1IKPA 1MWEA 5HUNA 1JYCA 2D6MA 4YM2A 3O12A 3H0OA 1GKBA 3V0AB 2F27A 3SISA 4RL7A 5GLVA 4XBLA 2ZMKA 1NNAA 2ZB6A 5GLTA 5DUXA 2EALA 3B01A 4GALA 4X4AA 2UWCA 5T55A 3WUDA 3AP6A 2WT2A 5L73A 4FPHA 2CY6A 4LBQB 6NN9A 3OYWB 1B9TA 4QN4A 2QWKA 2YROA 2UWAA 4YW1A 3AK0A 2A6VA 3USUA 2DTWA 3A72A 2WT1A 2W20A 1Q56A 1Y7BA 2A3YA 1UMZA 1CPNA 3O0VA 3V0BA 2BERA 3RQ0A 5DG2A 3K38A 4XBQA 3V64A 1GZWA 4CPLA 5CAZA 1NSCA 1UPSA 3UJQA 2ZGLA 1OQ1A 3IM0A 2BATA 2WNEA 5CNAA 3HR9A 1JBCA 1JUIA 1SCSA 1VLNA 1G9DA 1CQ9A 3N7KA 4FVVA 2VK6A 4FPLA 1S0BA 2DU1A 3KQRA 2QWCA 1YIFA 1IOAA 3M3EA 1SLTA 2F0ZA 4D69A 2YA4A 4X49A 2VW0A 1A4GA 1GSLA 1QOOA 1YYNA 1W6PB 3WHTA 2A6ZA 1GV9A 3M3CA 4XXAA 3V0AA 1U0AA 4BMBA 2ZA9A 1UL9A 3WVJA 1IVBA 2SILA 5GZDA 1QGLA 3UL2A 3WDVA 4B7QA 1QNWA 2UURA 2JE9A 3D6EA 3B00A 4LBQD 3AX4A 3SITA 2F11A 2QWEA 1R1ZA 4GKYA 5HCBA 4LBQA 5GZFA 5FRAA 1L7GA 4FPGA 4GXLA 1WBLA 3OYWA 3T2TA 4TZDA 3TI5A 4YM3A 4PBPA 1RIRA 4GEZA 1UZYA 4XJWA 1MR5A 3PVNA 1BJQA 1FAYA 1ZA4A 4Q1PA 2CL2A 4DPNA 1WUVA 1V6MA 4Z8BA 1SLIA 2R49A 4AVSA 5JOZA 1S0EA 1INFA 2F29A 3VKLA 4FOWA 5GZEA 2W5OA 1DQ0A 2PHXA 5T5PA 3ALWA 3WHUA 1WD3A 5KXEA 5KXDA 1GNHA 1LTEA 2DUPA 1JOJA 4C1XA 4ATFA 5DXDA 5T50A 4FJ6A 2YA7A 2A71A 4XE9A 4AWDA 4ISQA 3SANA 3I4IA 5IK4A 3I8TA 2C4LA 1LJ7A 4LBLA 4J9TA 3POSA 2DURA 1QDOA 2I2SA 5HCFA 5BYNA 5GALA 4YGCA 3WG2A 3SLIA 1IKQA 3SNMA 1AVBA 1W6PA 4I00A 1N47A 1INXA 4JRAA 5T5LA 2BZDA 4UW4A 3N36A 2ZKNA 3BIWE 1S0CA 5JOXA 3VV1A 1W21A 3GVJA 5HX0A 1W6OA 4FZHA 4FQ4A 2EXIA 1W6MB 2OW4A 1V0EA 4XMIA 4BLJA 2QWBA 1WLWA 1VAMA 2YA8A 2YDTA 1INVA 4BOWA 1MS0A 5IK8A 5GLZA 3H6JA 4AGRA 1I1EA 2ARBA 2YZ4A 4FPYA 1ULDA 1F8CA 3VKFC 1SFYA 2DVBA 2CNAA 2XB6C 4XBNA 1IS4A 2AUYA 4FPKA 4YW2A 4ITCA 4WEFA 2A7AA 1G9BA 1SBFA 2P3IA 2CYFA 4FP2A 1AXZA 4UW5A 3O5SA 2EXHA 4CRQA 3W09A 1Z4WA 3CNAA 5IT6A 4DRRA 1LCLA 1HQWA 4CPMA 3ZXEA 1A8DA 3PVOA 4YFZA 1ULFA 1HDKA 1DYPA 1IS5A 5GZGA 3AP5A 2D6LX 3SH4A 1V6NA 3RS6A 3POWA 4ATEA 2ZHNA 3GALA 3IN9A 3M3QA 1IVDA 4PF5A 2Q5TA 1V0FA 5EWSA 2V73A 2GNBA 5JLVA 4ASMB 3SALA 1LECA 1LHWA 2QWAA 2ENRA 5E88A 1NN2A 4HL0A 4YG6A 2WKKA 2ZACA 1INHA 2EIGA 1KJRA 4Q8LA 5GLWA 4B7RA 2SIMA 2P3KA 1NLSA 1W6MA 5T5JA 2JKBA 3FLRA 4LBNA 4XMAA 4ZKTB 4HZVA 1YI7A 4Y1YA 5DUUA 1LU2A 1DZQA 2D3PA 4PCRA 2OUHA 1LOEA 4QNPA 3NV3A 2W38A 1HLCA 3OGGA 1DBNA 2D6OX 2EXJA 5CBLA 4Y1XA 4BLIA 4KS4A 1D0HA 4YG0A 1LULA 1FYUA 5B2DA 3AYDA 1DIMA 3IPVB 1Q8SA 3V0BB 3ILFA 4GZOA 1AF9A 2ZGKA 4GZSA 3AZVA 2ZGSA 3B9CA 4OZXA 1BYHA 2GDFA 2PHUA 2LTNA 2R0HA 1O4YA 1Z78A 3TI3A 3MW3A 2NZ9A 1IS3A 2D7FA 3R05A 4BPZA 1MS1A 4M4NA 4NCSA 1ENRA 1HKDA 3D11A 3U4XA 5HUKA 5CB7A 3AZZA 5T52A 1C57A 1V6JA 3FLPA 2YMZA 1H9WA 3TB0A 1A14N 1VCUA 3BEQA 1XQNA 1W6QB 3WDXA 2D3SA 1N3OA 2ZMLA 3WDTA 1MZ6A 1UAIA 4PQ9A 1QU0A 1S0IA 1JYIA 2VH9A 7NN9A 2HU4A 4WVWA 1LHNA 3JUUA 2PHTA 1OFSA 2F25A 2VVZA 4M3MA 1V3CA 3WCSA 2ZGQA 1FNZA 4AGVA 1JXNA 4M4UA 1JN2P 1W6NB 2R16A 4MZEA 4XJZA 5E89A 2DWRA 4YG3A 4FPOB 1KITA 4X6KA 1ULCA 3ZXFA 3O0XA 1FX5A 4Y26A 4JF7A 5NN9A 3CKZA 1NCDN 1Q8OA 2WSVA 4XIOA 3INAA 2ZZJA 2R1BA 4CTEA 3IPVA 5AVAA 3TICA 2HT7A 1Q8VA 1EPWA 3A4UA 2ZHLA 2A3XA 1GZCA 4CZSA 2DVGA 3NWKA 1CN1A 1GBGA 4ISRA 1NNBA 1CPMA 1QF3A 1V00A 5B2CA 3OY8B 2JD4A 2ERFA 3HMYA 3AP9A 1Z4ZA 4WVVA 2P37A 3MW2A 2LALA 1V6KA 1HQLA 3TAYA 1W6QA 1B9VA 3SH5A 5JOYA 2VU9A 4MWRA 3NV1A 2GALA 2W08A 2HU0A 1PZ9A 5T5OA 4MWUA 4MWQA 4AVVA 1EUUA 4K1ZA 2A6WA 2W39A 4XJUA 4R9CA 3O0WA 2JJ6A 1V3DA 4FOVA 4Y22B 1A4QA 1AJOA 5H9SA 2DVDA 4FOQA 3WCRA 1W6NA 1FV3A 4Q27A 2BQPA 1W6OB 3ZSJA 4L8QA 4HZYA 3B7EA 2R0FA 4P9YA 1JW6A 2X9MA 3N35A 3WDUA 1H9PA 3V65A 1N1TA 1CONA 1V6OA 4HZWA 5IUQA 1L7FA 4YZ4A 1XOGA 3DUIA 3NV4A 2WJSA 3TI6A 1LOGA 3PVEA 4YZ2A 1W8OA 3AZYA 4R9AA 2HTRA 4Y1ZA 1D2SA 1V6LA 2E6VA 3D5OA 3GVLA 4H53A 4LBMA 2GNDA 4HANA 4MWWA 3LSEA 1LOFA 5EYXA 1BZWA 2VSKA 4FOYA 1V6IA 1GYKA 4MJVA 2ZGUA 3TIAA 3ILNA 2W5NA 3T1MA 1MS4A 4HZZA 1C1FA 3OY8A 2A5ZA 2HTYA 1N3QA 4GZXA 1WBFA 2Z42A 3AYAA 1BJIA 5DUWA 1OKQA 2UU8A 4FQZA 1J1TA 1DYKA 3H71A 5F5QA 4GDIA 4NO4A 1QOSA 2NMOA 2RHPA 2HYKA 4GB1A 2DTYA 3IKWA 3N7JA 1VCJA 3MPPG 1YO8A 3M1HA 4D8SA 1F5FA 4Y22A 3ILRA 2D6KA 3WZ1A 1PZ8A 2ZABA 3L2YA 1LOFC 3RRDA 1V2IA 2E7TA 4GDJA 4YW5A 2ZMNA 3OPZA 4WA5A 3H73A 4KS3A 2YDPA 1YRZA 1Z4YA 2DUOA 4MWJA 3VUOA 3CL0A 4BMEA 4KS2A 1UN1A 4W65A 1FV2A 1BKZA 2NM1A 4Q6KA 4XYXA 5H9RA 4K1KA 4B7JA 1IS6A 1AX1A 1N1SA 2FHRA 1ENQA 4YZ3A 4UW3A 3TI8A 2HTQA 2D44A 5DZEA 1G9AA 4XOGA 2YY1A 1LHVA 1LGBA 3K37A 1EURA 4MZAA 3PJQA 1Q8PA 1ENSA 2W68A 1YXWA 1C1LA 4P14A 2A3WA 1W1XA 3BODA 3W59A 2PHWA 3ZVXA 5IK7A 4YW3A 2JDZA 1IVCA 1WCSA 3ZYRA 2QWFA 1NCAN 1I3HA 4K3YA 4GWMA 4R9DA 2F12A 2HTUA 3MW4A 4LBJA 4K20A 3WUCA 4KS1A 4X47A 3JU9A 1L7HA 1NCBN 2VW1A 2VK5A 2F13A 4F83A 3K36A 4R9BA 3DGTA 3VKMA 1SLCA 4FPEA 1CJPA 2AEPA 3PMEA 4XIKA 4U36A 1WW4A 4PBOA 1QNYA 4GZPA 2XCYA 1MZ5A 2YA5A 1B9SA 3ZXJA 1N3PA 4M3CE 2YV8A 4XTMA 4XILA 2R1DA 1S0JA 2JECA 1AX2A 3AYEA 1O4ZA 2GN3A 2NP0A 1X50A 5FREA 3WDYA 1SLLA 1DLLA 5GJ6A 4K1YA 1EUSA 3AYCA 4QN5A 4DRVA 3N7MA 4JCKA 1INWA 4YLZA 1GICA 4MWYA 1URXA 3FLTA 4MC7A 3BOPA 2ZGRA 2DVFA 2CTVA 1LGCA 2NYYA 3NSSA 3GVKA 2QWDA 2CWSA 1IVGA 5SV8A 1NMCA 2VWDA 2F26A 3WV6A 2RKCA 1DIWA 4GA9A 4QN3A 1KJLA 2HTWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QM9A 5GLUA 1SO7A 1SHWB 5K7PA 1AR62 4Q0SA 2VOXA 5JXIA 2IC1A 4XJ8A 5L9RA 2FQPA 2GN7A 2PXJA 3ROUA 1NMAN 4LHNA 3QCWA 4GZQA 4GN8A 2GMEA 2PHFA 1UZZA 3ZSKA 1DQ6A 1GOGA 1AYN1 1YFUA 3S5QA 3VNHA 3ZDVA 2Z79A 2OPWA 1RUJ2 1UYYA 3K46A 1JYNA 1O3TA 1V0ZA 5A33A 3VZKA 5FXXA 2HWE3 1SPPA 1GZ9A 2OUJA 4D6RA 2HWB2 2B5HA 1MS9A 4HW6A 2PLV1 2YFUA 4QN7A 1KRIA 1W2TA 2GMPA 5EYYA 1NXD1 3UYJA 4BIFA 1W90A 2YA6A 1H1MA 3GBGA 2OVUA 4N8MA 5IVYA 4EWEA 2QCSB 4AI8A 5CG9A 4QPGA 1WCUA 3BTAA 4I0AA 5T54A 3WLUA 4AEDB 1S1DA 3HNBM 5LK5A 4K6BA 3UK9A 1ND2C 1NOVA 5ACA3 4YGDA 4XHBA 5AC93 1K32A 5FNQA 4HXCA 1DFQA 4OHXA 5E8AA 2F28A 1GZTA 2KM2A 5LBCA 1MS5A 4QHZA 4LNVA 3P1IA 2E26A 3PMSA 2D6NA 3QH6A 3I3MA 4XJRA 4SLIA 3OSDA 2WO3A 1L7QA 1MQTA 2JB4A 3A0KA 1N1VA 4N9IA 5CYYA 2ZHMA 3VNGA 3RWNA 4CP2A 3SKVA 4RN5A 3OF1A 3A7QA 3R4SA 3AJYA 4Q29A 2W8BA 2YXSA 4M4PA 4P9WA 3FFZA 4MGIE 1SNTA 4Z1VA 5BNPA 3TIBA 1STMA 4XQ4A 4Y24A 4CXWA 3T0DA 3MLJA 1UY4A 3ASIA 3VD5A 1R093 3C7EA 3RVHA 4YWAA 4ZHNA 4CUCA 2SBAA 2WC2A 1GWMA 3HBKA 1LENA 4NN9A 4MWXA 1ZBA2 3AMSA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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