4YZ2A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, in complex with 2-deoxy-2,3-didehydro-n-acetylneuraminic acid.
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
657
structure length
655
Chain Sequence
TPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFEKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sialidase NanC
total genus 194
structure length 655
sequence length 657
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz2A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz2A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz2A02
3N7JA 1ZA4A 1OQ1A 4C1WA 1A8DA 3POYA 1LODA 5T52A 1WD3A 3AFKA 4YW1A 5T5JA 4YZ5A 2DTWA 2AENA 5HUNA 5GZFA 1QDOA 4M4NA 3H0OA 5DZFA 5GLVA 4WEGA 3NV1A 1G9DA 1MR5A 2A6XA 1INWA 4HZYA 2B8HA 5HUMA 2QWIA 5IT6A 2LTNA 1F31A 2W5OA 4NN9A 2W5NA 1MZ6A 4GZSA 2SLIA 4XBNA 2JE9A 5F9TA 3M3QA 4Q1PA 1G9FA 4GJTA 2DVGA 2DUPA 2A6VA 1S0GA 1XOGA 2ZKNA 4AWDA 3SITA 3N36A 3O5SA 5IK8A 1UZZA 2HT5A 5E8AA 5GLUA 3L2YA 1Q8QA 5DG1A 1NN2A 2GMEA 4K1ZA 2DU1A 1Y7BA 4BPZA 5JDBA 4CZSA 3ATGA 1B9TA 3CL0A 2VW2A 2XB6C 2VK7A 1RINA 1SCSA 1H9WA 3GVKA 2A3YA 4AGRA 4DS0A 3IM0A 4D69A 1Z50A 1MS0A 1LGCA 4IQPA 2D3RA 2XZIA 5E89A 1C1LA 2ZGMA 3RQ0A 2Z42A 3K36A 3LCPA 2V5YA 1NCAN 2A6WA 2W20A 2SIMA 3AYDA 1NMBN 4Y26A 2NP0A 3OGGA 4QNPA 5SV8A 2WSVA 2VK6A 4M3MA 4CPYA 5HCFA 1B9SA 5EXOA 5H9RA 5HUGA 2VY0A 1MS9A 1MS5A 1DILA 1MS1A 1YI7A 1UKGA 4J9TA 3WDYA 1USXA 5GJ6A 3BODA 4YG0A 4TZDA 4XJ8A 3PVEA 2ARXA 3K3AA 3SH5A 4HANA 1CIWA 1W1XA 2ZGUA 2OW4A 4FPOB 1NMCA 4K1HA 1LOAA 2OUHA 2PHXA 1VIWB 2XG3A 2A3XA 3OJBA 4FPCA 4R9BA 3IPVB 4B7JA 4Y20B 4DQAA 3CNAA 3WOGA 3TB0A 3A71A 2D6NA 1WW4A 1V6IA 2WJSA 5IK4A 4K1YA 4YFZA 1LCLA 3AZXA 4PBOA 2YXSA 2ZGOA 2E6VA 3NN9A 2E51A 4RL7A 5GLZA 4JRAA 2D6LX 4Y1XA 4Q1RA 3H6JA 4YZ2A 4XJRA 3IN9A 4XXPA 2XZJA 4LBLA 2JECA 3ZYPA 3INBA 3IPVA 2BQPA 3V0BB 4Y1YA 1WBFA 5FRAA 2ZAAA 1N1SA 2KM2A 2HTVA 3O9KA 3VUOA 1S0JA 2BF6A 3ZYRA 2A6ZA 3OPZA 4NOTA 5EYYA 4PF5A 4X47A 4GZQA 2F11A 3ZXKA 3TICA 3TAYA 2PHUA 4FOQA 2EF6A 1SLBA 5H9SA 2YY1A 5T54A 1JYIA 2UWCA 3K37A 3V64A 3TIAA 4AGGA 2FMDA 1SBDA 3V0BA 1F8BA 2YMZA 1MVEA 1DYPA 1DQ5A 3B69A 5GLWA 4WEFA 1ULDA 3B01A 2G4IA 2OVUA 1MACA 4HL0A 5DUVA 3ALWA 1RITA 3TIBA 1AX1A 1SLTA 1VLNA 4FQ4A 4DRRA 3TI5A 1IS5A 5EWSA 3B9CA 1INVA 4X6KA 2C4AA 1CQ9A 2VUAA 4YGBA 4CTEA 2QWCA 3CL2A 2VWDA 3TI6A 1TEIA 4WA5A 1LHNA 5F5QA 3CKZA 2JD4A 3LSDA 3WDXA 2B7YA 2ZZJA 4MWQA 1INYA 2R1DA 4H53A 1W6QB 2AEPA 4X49A 4R9CA 3WDTA 3TI8A 2OUJA 4MZEA 4UW4A 4GKYA 4MWLA 3ZSLA 4XIKA 1QOTA 2F0ZA 1BKZA 5CB7A 2W38A 5H9PA 4GZOA 1DIWA 4DFSA 3M3OA 1BQPA 2H0BA 4MZAA 2WT2A 3AK0A 3AJYA 1LGBA 3WVJA 1CONA 4GDIA 4YM2A 1W6PA 4P14A 2W52A 3MW3A 1V6KA 3D12A 1C1FA 3NWKA 4XJWA 1A78A 2HU0A 3ZSJA 1F8DA 2P3KA 2VK5A 3SLIA 2R49A 4FZHA 1QKQA 5KXCA 2QWFA 1BJIA 1CN1A 3O12A 2ZACA 4MX0A 1D2SA 1LU2A 1G9AA 4JCKA 5M1ZA 2C9AA 5HCAA 5FREA 2P2KA 4XTMA 3W59A 1UN1A 3ENRA 3JUUA 4MJUA 3N7MA 1S0EA 1F8CA 2SILA 2UWAA 4UW5A 3ALXA 5BYNA 3O0VA 3LSEA 2E53A 1WCSA 1HQLA 1BJQA 1V0EA 2ZMKA 3OYWB 5JOYA 4HZWA 2PHRA 3ZVXA 1IVGA 1FV3A 2P37A 2ERFA 3POSA 1OFSA 2CYFA 4HZVA 1W21A 1UAIA 1DLLA 3ZXLA 2QWDA 3R05A 4BM8A 4BBWA 3UJOA 2DURA 4HZZA 2ZGNA 4Q26A 3USUA 1JN2P 2F27A 2ENRA 1DQ4A 3OYWA 4FPHA 1KITA 1AXYA 3W58A 1YO8A 2CTVA 4UW6A 2AGSA 4P9WA 1AJOA 4Y1UA 1QNWA 4XHBA 5LK5A 3WNXA 2D43A 4P9XA 2ZGQA 3N7KA 3UJQA 3JU4A 1AXZA 3B7EA 5DXDA 4MWJA 1JYCA 2PHWA 1S1AA 2PELA 4XILA 1Q8PA 3V65A 2AR6A 3AZWA 5GZDA 1F5FA 1IKPA 3ILFA 3OY8B 4MWXA 2ZGSA 3UK9A 5KXDA 1V3BA 2E7TA 1L7GA 3RMYA 3B00A 1NNBA 2ZHNA 5JYYA 3INAA 4RA0A 1FYUA 3RMXA 3WG2A 1BXHA 2D3PA 1AVBA 2AREA 1AZDA 1Z78A 2R0HA 2WLQA 3FLPA 2LALA 1WD4A 4B7QA 3OY8A 4MJVA 1V3EA 2QWEA 1ULCA 2UWBA 3WDVA 2AYHA 1IKQA 1SLCA 4YW5A 5AVAA 2P3IA 1VAMA 3H72A 4GEZA 4ZKTB 1XQNA 3OBTA 3PVNA 4XDQA 3HR9A 2F24A 4GXLA 2ZB6A 2ZMNA 1VCUA 1ENSA 2GN7A 1R1ZA 1W6OB 2D6PA 1WCQA 2X9MA 4YG6A 4KBBA 2WT0A 4Y1ZA 5DG2A 3WG4A 1SACA 1CPMA 1YXWA 4XTPA 2ZHLA 2YV8A 4YGDA 4CPZA 4YM3A 1DIMA 1W0PA 2NM1A 2WSUA 4MWWA 5DUWA 4PBPA 1LHOA 3WDUA 4K1IA 4NC5A 3SISA 4XMAA 4WVWA 3BOPA 4H55A 5GALA 3SH3A 4LBNA 2W08A 1I1EA 3AZVA 5T50A 2ZABA 1IOAA 4M3CE 4X4AA 3JU9A 1W0OA 4FVKA 2AUYA 4ATEA 4NCSA 1GNHA 1S0DA 2ZMLA 1LTEA 3TI4A 5T5PA 1PZ7A 3WHTA 1X50A 3KM5A 1GLHA 2QWGA 5NN9A 1N1VA 3RS6A 7NN9A 1XOEA 2R1BA 1PZ8A 5GZCA 2GDFA 2EXIA 4GZWA 4R9AA 3SANA 1GNZA 4M4VA 1SCRA 4W65A 4WZFA 1UMZA 4XBQA 3AP4A 1Z4YA 1IVEA 3A4UA 4YZ1A 1MS8A 2ZA9A 3WZ1A 1I3HA 4C1XA 4FPYA 2F26A 4WVVA 4YM1A 2YZ4A 3FUQA 1EURA 3ASIA 4XMIA 1AF9A 2HTRA 3A0KA 4Y20A 2XZKA 2R16A 1LOFA 3M1HA 1IS3A 1QMJA 1H9PA 3MPPG 4FJ6A 2NZ9A 1A14N 2JKBA 2CWMA 1B09A 1DGLA 1MS3A 4ASMB 2YA6A 1F8EA 2ZHMA 3SILA 2Q5TA 5T5OA 2BERA 3BIWE 4FQZA 1ENQA 2EXKA 4M4UA 1INGA 5L73A 1NCDN 1V6JA 1JOJA 3WCSA 3FFZA 1A3KA 5B2DA 1JW6A 4ZXKA 1LOFC 2D6KA 2DWRA 5B2CA 2ZB5A 3GVJA 5HUKA 3ILNA 4WV8A 2DUQA 3MEPA 1W6NB 2CL2A 1LOEA 3B3QE 4LBQB 1AX0A 1LOGA 1GZWB 4BMBA 1F9KA 1LHUA 3POWA 3WG1A 2DYCA 2YDPA 4CRQA 2RKCA 3N7LA 2HT7A 1FNZA 2JDZA 3WLUA 2PHTA 4DGRA 1LEMA 3SH4A 3ILRA 3AZYA 2EALA 2EXJA 1SLAA 1ULGA 3I8TA 4LBJA 3N3HA 4FPLA 4ISRA 4XJZA 1ULEA 2C5DA 1INXA 2QWKA 3VV1A 3ZPYA 1NSDA 3NV4A 4HZXA 4BOWA 4YW3A 5DUXA 1O4ZA 3D4KA 1W8OA 4YZ4A 3GALA 1QGLA 4QN4A 3AXDA 2XCYA 3SNMA 5DZEA 1Z4VA 4ATFA 2A7AA 4Q27A 1ENRA 1N47A 1DHKB 1GZ9A 1ONAA 4GZPA 4BLIA 2FHRA 1GANA 2ZBJA 1W6QA 2UURA 2WNEA 2RHPA 3WG3A 3AYEA 2P34A 4GALA 2VVZA 3K39A 1G7YA 1Z0HA 4L8QA 1V6NA 5HCBA 2EIGA 1NCCN 5CAZA 2GMPA 1GZCA 1YRZA 1AXKA 3WUCA 4BMEA 4Q8LA 1GBGA 1A4QA 1NCBN 4PQ9A 2BZDA 1IS4A 2ZGRA 3AX4A 1CJPA 3GVLA 2DV9A 1QOOA 2CY6A 4MWVA 2QWBA 5CNAA 1UX6A 1V3DA 1NNCA 1Q8SA 1FNYA 1G9CA 2HTQA 3R4UA 4XJUA 2YDTA 4WA4A 1V2IA 1Z4XA 1VCJA 5H9QA 3I4IA 1O4YA 3VKLA 4R9DA 4XXAA 2GNBA 2HT8A 3GNEA 3ZXJA 1HKDA 5HX0A 1EPWA 5EYXA 2HYKA 2VU9A 1WW6A 2GNDA 2W68A 3FLRA 1NMAN 5GLTA 3V0AB 2JJ6A 4K21A 3D11A 4I30A 1DQ2A 1IVFA 1L7HA 5JOWA 3T1EA 4XOGA 5CBLA 1UZYA 4D8SA 2E7QA 1KJRA 1LEDA 1LOBA 4KS1A 4XJQA 2F12A 4QN5A 1JHNA 3IKWA 1S0FA 3V0AA 4XYXA 4CPLA 3A0NA 4ITCA 2A3WA 4YZ3A 3M3CA 5KXEA 1C4RA 4Y1VA 5CA6A 4YGCA 4MWUA 4FP3A 2BATA 4FOYA 3NSSA 3Q9OA 3HMYA 1AJKA 4FOVA 4XZPA 1N3QA 4K1JA 1J1TA 2GN3A 2D44A 2A70A 4K3YA 1YYNA 4YM0A 1VALA 2YA4A 1V00A 2PHFA 4B7MA 2R0FA 5DZGA 3BEQA 1Z4WA 1WLWA 1GV9A 3T2TA 1V6OA 3MW4A 3KQRA 4MWRA 4XJAA 1FX5A 1USRA 4QN6A 1MZ5A 2ZGKA 1N1TA 2WKKA 3NV2A 3NV3A 4AGVA 5GZGA 3DUIA 4I00A 3VKNA 1KDKA 1LJ7A 4MYEA 4SLIA 3WV6A 1DQ0A 3SALA 1V6MA 5JOZA 3W09A 1HLCA 1JBCA 1LGNA 1LHVA 3FBYA 2DVDA 3O0XA 1N3PA 4BQ1A 4GA9A 4XHXA 1V0FA 1Z4ZA 2DTYA 1LOCA 5E88A 4GWNA 3M2MA 1G8WA 1ZM1A 3PJQA 1QF3A 2ZGPA 2D3SA 5GZEA 1WW5A 1B9VA 1S0BA 5JLVA 1WLDA 1WLCA 1HDKA 1QNYA 5JOXA 3K38A 2A6YA 3O9JA 2AH2A 2GNTA 4GWMA 4B7RA 4DPNA 3D5OA 2F13A 4YLZA 2HU4A 1IVCA 1N3OA 4M01A 2QWAA 4Z8BA 2ZGTA 4QN3A 4GZXA 1L7FA 5DUUA 4AVSA 2W39A 4LBOA 1QOSA 1W6OA 4NO4A 2D6MA 4CPMA 2YA5A 4WA3A 4AVTA 5JVVA 5IK5A 3PMEA 2QWJA 4LBMA 3QCWA 3RG0A 4XBLA 1INHA 1N1YA 2GMMA 1HQWA 1EUUA 4UF7A 3WUDA 2A75A 4DRVA 2CNAA 2A71A 1NXD1 4YG3A 1CVNA 1Q8OA 2VXRA 1V0ZA 4FPKA 4CPNA 4GZTA 2VW0A 1APNA 1IS6A 3FLTA 4M3CF 2ZGLA 2D7FA 4YW4A 2F10A 1BZWA 1Q8VA 2NMOA 1JXNA 1WBLA 3TI3A 1INFA 3U4XA 4KS3A 1S0IA 1DYKA 4Y24A 1LECA 5KXBA 1W8NA 1V6LA 2EAKA 1NSBA 3BTAA 1PZ9A 1GSLA 1SBEA 3AP7A 2YA8A 1Q56A 4LBQD 2F28A 2HTUA 3FUOA 1SFYA 4PCRA 1E8UA 5T5LA 1DQ1A 4FPFA 1CR7A 1BYHA 3ZXFA 3HN1A 1GKBA 1E8TA 1YIFA 4MC7A 4HIZA 4YFWA 1DQ6A 1DFQA 4XJ9A 2UU8A 3MW2A 4FPGA 3RSJA 1QU0A 4KS4A 4KS2A 4U36A 1EUSA 3N35A 1KJLA 3D6EA 4P9YA 2F25A 2VH9A 1FAYA 1DZQA 2CMLA 1UL9A 3OBRA 2WQZC 1LULA 3AP5A 4LBKA 3T1MA 1EUTA 5IUQA 1LHWA 1VAVA 6NN9A 2D6OX 4ISQA 3VKFC 4GB1A 2A5ZA 4U2AA 3CYEA 1W6NA 1IVDA 3AZZA 1SLIA 1H30A 3O0WA 4OZXA 4H52A 4LBQA 2DVFA 1GZWA 3QLQA 4FP2A 4TYSA 4F83A 1LU1A 1MVQA 3M3EA 1W6PB 3C2UA 3VKOA 2NMNA 1V3CA 1GICA 3H73A 1A4GA 1RIRA 4YGEA 1LESA 4AVVA 4GDJA 1WW7A 4FPJA 1FATA 2JE7A 1DBNA 1SNTA 2ARBA 2AEQA 2QWHA 4JF7A 4FOWA 1C57A 1D0HA 3RRDA 2YROA 4FVVA 2C4LA 3ZXEA 4QN7A 3UL2A 3T1LA 4BLJA 4Q8KA 3VKMA 4YW2A 1URXA 1UPSA 1JUIA 4XIOA 2NYYA 1GYKA 2VSKA 5GM0A 4AYUA 1W20A 3IMNA 3DGTA 2VSMA 4Q6KA 4JC1A 1MWEA 3AP6A 3APBA 4Q2FA 3ZSMA 4MWYA 1E8VA 2VW1A 1S0CA 1NLSA 1IVBA 1FV2A 1OKQA 1SLLA 3AYAA 1G9BA 5JMCA 2HTYA 5IK7A 4UW3A 4XE9A 2ES3A 1KRIA 4Y22B 2V73A 1NSCA 1SO7A 3AP9A 2P3JA 1AX2A 3R4SA 4FPEA 3USUB 2I2SA 4M3CB 2DU0A 3H71A 1W6MB 1CPNA 1KDMA 1U0AA 3WDWA 1NNAA 2DVAA 3WCRA 1CESA 4KS5A 2DVBA 4K20A 3WHUA 5T55A 2GALA 4M00A 1QDCA 1WUVA 2HTWA 3A72A 1LENA 3ZSKA 1KQRA 4CPOA 2TEPA 2DUOA 1SBFA 2WT1A 1MS4A 3AJZA 4Y22A 2NN8A 2ZHKA 4B7NA 2F29A 3AXEA 3AYCA 2SBAA 4K1KA 1G86A 2GNMA 3PVOA 4M3CA 2EXHA 1ULFA 2YA7A 1W6MA 2CWSA 4GKXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3N7JA 1ZA4A 3E5XA 1JTZX 3FVZA 1OQ1A 4C1WA 1NKGA 1A8DA 1PVC2 3POYA 2E26A 5CG8A 2HWB1 2RS33 4MGKE 3W20A 4E2GA 1LODA 5IVBA 5A3PA 2VD7A 5IHRA 4Y4RA 4FBFA 2IC1A 2JDNA 1IQAA 3VBRB 2GP3A 5T52A 1NG0A 5I0DA 1WD3A 1WZXA 4N43A 4A6SA 5JPMB 1PIV1 1NCRA 3AFKA 4RR3A 1MEC1 2QZ2A 4YW1A 1BHGA 5T5JA 1M06G 4C91A 4YZ5A 2VTXJ 3G4HA 2RS11 2O1QA 1MQTC 4ZZ5A 2A73B 5FXWA 5A32B 2DTWA 1AYN2 2AENA 1YEWA 2IAPA 5HUNA 5GZFA 1QDOA 5LBCA 4M4NA 3H0OA 5DZFA 4Y4YA 5EQUA 1V70A 4LMFA 5GLVA 2J42A 5EZWA 1BMV1 2HWC1 3I2GA 3NV1A 4WEGA 3VDCA 1G9DA 1MR5A 3GXUA 5FYHA 2A6XA 3O7OA 5F5CA 4CDWB 3U0ZA 3AB0A 1S2KA 1INWA 1BVVA 4HZYA 1OFZA 1X2RA 2B8HA 5FY9A 2QWIA 5HUMA 3NL1A 3VBUA 1Q7FA 5IT6A 2LTNA 5IFPA 5BNPA 3KV5A 3GCWA 1F31A 2W5OA 3ZYHA 4LKSA 2W5NA 4V2WA 3LF7A 3E6CC 4XURA 1MZ6A 2XL9A 4G3NA 3SOQA 5HV4A 2YDEA 2BOIA 4BU2A 4TSVA 2J1TA 4W8JA 5FR3A 4GZSA 2SLIA 5JIUA 3FHQA 2X09A 4Q4X3 3S7EA 4XBNA 3TC9A 1L7QA 1X36A 5F9TA 2JE9A 1VR3A 3M3QA 4Q1PA 4RN5A 1G9FA 4GJTA 2WFF2 4F8AA 1L3JA 3WF2A 2DVGA 3SOVA 2DUPA 2A6VA 2WAAA 3VBRA 1S0GA 5F37A 1XOGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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