4YZ2 | Genus

Total Genus 194

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	194
sequence length	657
structure length	655
Chain Sequence	TPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFEKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Sialidase NanC
molecule tags	Hydrolase
source organism	Streptococcus pneumoniae
total genus	194
structure length	655
sequence length	657
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date	2015-03-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02012	BNR	BNR/Asp-box repeat
A	PF02973	Sialidase	Sialidase, N-terminal domain
A	PF13088	BNR_2	BNR repeat-like domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.220.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Intramolecular trans-sialidase; domain 3	Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3	4yz2A03
2.60.120.200	Mainly Beta	Sandwich	Jelly Rolls	Jelly Rolls	4yz2A01
2.120.10.10	Mainly Beta	6 Propeller	Neuraminidase	Neuraminidase	4yz2A02

2C4AA 2ZAAA 3B00A 1DIWA 3WDVA 2XB6C 4ATEA 5H9PA 2W5NA 4H52A 3ZXFA 4PBPA 1IVEA 4B7NA 2SBAA 4HL0A 5H9RA 2ZHKA 4Y1UA 4GJTA 1SLAA 3CL2A 5SV8A 1JUIA 3HN1A 1IVCA 2BZDA 3WUCA 1V3EA 2D6PA 4GKXA 3VV1A 4MC7A 2PHUA 3WHTA 5EXOA 4CPOA 2DUPA 3AYAA 2A70A 2VW0A 1WW7A 1D0HA 3WV6A 3JU4A 4CPZA 5DG1A 1RITA 1IVGA 1QF3A 1UL9A 3M3QA 1WLWA 1ENSA 3JU9A 1LGCA 3D11A 3AYCA 1FYUA 1HQWA 1C57A 1LOAA 1F8CA 2NN8A 5T5JA 4LBKA 1HKDA 2PHWA 1FNZA 3U4XA 1LHNA 4H53A 4HZVA 5IK8A 3PMEA 2GNDA 3NV3A 1AJKA 1Z4ZA 1BKZA 3ZYPA 2R16A 4XIKA 2A6WA 2A3YA 5HCBA 2CWMA 4YGEA 1NNCA 3AP5A 1W6PA 1LU2A 4K1HA 5E8AA 4UW5A 2JJ6A 1NSDA 4JF7A 2ARXA 3ZYRA 4FPHA 2F26A 1LESA 4IQPA 1LODA 4FPJA 1IVDA 4FPFA 4MWQA 4YZ3A 2VW2A 2ZGMA 3NV2A 2A5ZA 1NXD1 3FBYA 2ZGNA 4PCRA 3BOPA 5KXEA 2BF6A 4MWJA 3WLUA 1A8DA 1NSBA 4Y20A 4BLJA 4FPCA 1WCSA 1Y7BA 4YZ2A 4KBBA 2VK7A 1DQ1A 4BMEA 1UKGA 1WD3A 2PHRA 1MS4A 2ARBA 4FOQA 2JKBA 2A3XA 1WLDA 2AREA 4F83A 2R1DA 4Y20B 4GKYA 3VKFC 1IS4A 3K39A 3NWKA 3PVEA 4ISRA 3UJOA 2HYKA 2GNTA 1A3KA 3WUDA 1AVBA 3HMYA 4HANA 3AX4A 2DV9A 2AENA 5EWSA 4M3CF 1IVFA 2AGSA 4GXLA 3ALXA 3TB0A 1SLTA 4ATFA 1ULCA 1MVEA 4D69A 1WUVA 2AH2A 4Y1VA 3AXDA 4B7MA 4GZPA 2ERFA 1I1EA 4YLZA 2ZKNA 1SFYA 3VKMA 2NP0A 1FNYA 2WNEA 4GALA 1GNZA 1N1TA 2F12A 1CR7A 4UW3A 3V0AB 4P9YA 1LOEA 2DYCA 2VSKA 4YZ1A 2SILA 4MZEA 3SNMA 2ZA9A 1SCSA 2DWRA 2VH9A 2R49A 2ZMNA 3RMXA 1MS1A 4L8QA 2ZGPA 1S0GA 3AK0A 4GZQA 4P9WA 4XJRA 2Q5TA 4M00A 5HUKA 2NZ9A 2ES3A 1LHOA 3MW2A 1N1SA 1W6OB 3AP7A 2HT8A 2XCYA 3ZSLA 4X4AA 4XHXA 2CWSA 3VUOA 3A0KA 4DRRA 1JBCA 4FOWA 4GB1A 1ENRA 2EXKA 4BLIA 2CY6A 4XMAA 3BIWE 1GKBA 1VLNA 3RG0A 3QLQA 1LGBA 1LHVA 2D6KA 2VVZA 2H0BA 1J1TA 2C9AA 1Q56A 5CAZA 5DG2A 2DVDA 1V00A 1USRA 3ZXJA 4Y1YA 4UF7A 1YXWA 1QDCA 3MW3A 4HIZA 4YGCA 1VAVA 1QMJA 1AX0A 1LULA 1Z78A 2WSUA 2P2KA 1W8OA 3M3EA 4M4VA 2EIGA 4AYUA 5JVVA 2LTNA 2QWGA 2ZHLA 2YA6A 4Q2FA 1URXA 4LBQD 2D3SA 3FUQA 4J9TA 1INVA 3UK9A 1GANA 2A6YA 3ZXLA 4YZ4A 3BTAA 1MR5A 1X50A 3AYDA 4LBJA 1C4RA 3RSJA 3GALA 1N3OA 1FATA 4QNPA 4XILA 2A6ZA 2ZGRA 3T2TA 2HU4A 1GBGA 4HZWA 1QOTA 2PHFA 2P3KA 3I4IA 1N3PA 1V3DA 4GEZA 4M3MA 1C1LA 2D3RA 1HLCA 4C1XA 3CL0A 4HZYA 1N1YA 2W5OA 3TI5A 3WVJA 2QWEA 4GDJA 3PJQA 1QU0A 1KRIA 1SNTA 2HTUA 4FPKA 3PVNA 2E6VA 1ULGA 1JOJA 4DS0A 3MW4A 4YG3A 3AP6A 4QN7A 4KS4A 2JE7A 1V2IA 1S0EA 3IKWA 5DUVA 4GDIA 1V6NA 4FP2A 2R0FA 5DXDA 1LOCA 2HTRA 2BATA 5CBLA 4K1YA 3T1EA 4M3CB 1W0PA 1UMZA 4ISQA 1AX2A 1XOGA 4AVVA 1CPNA 4XTMA 5JOYA 4YG6A 3WCRA 1QNWA 2ZGKA 4FQZA 3POYA 3K3AA 4LBNA 5H9QA 1RINA 3GVJA 1V6MA 1DFQA 1WW5A 1PZ7A 4TZDA 4OZXA 1R1ZA 1S0FA 1W6MB 4XXAA 1XQNA 1IKPA 4M01A 1WBFA 1F8BA 1AXKA 2DVAA 1MZ5A 5B2CA 3FFZA 2ZB6A 1EUSA 1KITA 1U0AA 1RIRA 2F28A 5DUWA 1E8UA 4YG0A 3K37A 1GYKA 3VKNA 1LOBA 1W8NA 3FLPA 4Y24A 1W6NB 1OQ1A 1BQPA 2W68A 3USUA 1LENA 4ZKTB 1EPWA 1MS5A 3WNXA 2DURA 3A4UA 4GWMA 2EXHA 2F10A 1A4QA 2R1BA 3O0WA 3TAYA 3WDYA 4WA3A 2HTWA 3O0XA 1N3QA 1NCBN 4AGGA 1JHNA 1MZ6A 3USUB 1Q8QA 2DVGA 1N47A 2QWHA 3UJQA 2VWDA 1BJQA 1AX1A 3N36A 1CPMA 2NMOA 2UWBA 3POSA 5GLUA 3W09A 4K21A 2E7QA 3OGGA 2DTWA 2EF6A 1DQ4A 4NOTA 1B9VA 4XE9A 2CL2A 1KJLA 4B7QA 3CKZA 2ZGTA 4P9XA 2TEPA 3ALWA 3ILNA 5GM0A 2R0HA 1IS3A 3O9KA 1W6QA 2JE9A 2Z42A 4WA4A 4MYEA 1NLSA 3OJBA 4R9CA 3H0OA 3ZSJA 3Q9OA 2VU9A 3WCSA 1G9BA 1UZYA 2A75A 2QWKA 2RKCA 2WT0A 2RHPA 1JYIA 5KXDA 3M1HA 1DGLA 1LGNA 2YZ4A 2BERA 1CVNA 1W6PB 1W6QB 4CRQA 4GA9A 3V65A 2YY1A 1F8EA 2FHRA 1SLCA 4HZXA 1USXA 4XIOA 1LEDA 2GNBA 2A7AA 3TI8A 3V64A 3ZSKA 1VAMA 2W20A 1GNHA 6NN9A 3MEPA 1AXZA 3AJYA 4X6KA 3AZYA 2PHXA 4WV8A 4XHBA 4GZXA 2WQZC 5T5OA 2ZMLA 1GZWA 3ILRA 1G9FA 3D4KA 2D3PA 2W38A 1QNYA 1ULEA 4MJUA 4C1WA 3D12A 1JYCA 5E89A 3ZXKA 1L7GA 1O4YA 4R9BA 3NSSA 1HDKA 2D44A 4MWLA 4MWVA 4Q1PA 1GZWB 1INYA 5T5PA 2XZKA 5HUGA 5JOZA 2E53A 2ENRA 3I8TA 4XBNA 2HT7A 2FMDA 1MS9A 4YM3A 3OPZA 4XJUA 2GALA 1LHUA 4Q6KA 3RRDA 4Q8KA 3B3QE 2JD4A 4YW2A 1DYPA 1W21A 2PHTA 1W0OA 3GVKA 3SALA 3WG4A 4DFSA 2QWBA 3R4UA 1GZ9A 4JC1A 1CQ9A 3JUUA 4K1IA 4YW5A 3V0BA 4YM0A 4UW6A 3IPVA 1V0EA 4KS3A 1H9WA 3BEQA 3NV1A 4Y26A 5HUNA 4WVWA 4NO4A 5KXCA 3O0VA 4XBLA 1XOEA 2EXJA 4Y22A 3CYEA 1YRZA 3N7MA 2D6LX 1B9SA 1Q8PA 1LECA 4YW1A 3N7KA 4DRVA 4MWUA 1FAYA 2P3IA 4U2AA 4MX0A 1N1VA 2ZB5A 1Q8OA 2F24A 4XTPA 4XMIA 3IPVB 3DGTA 3N7LA 4ASMB 2ZGUA 1CESA 4X49A 4MZAA 1QOSA 2NM1A 3GNEA 4MWWA 4Y22B 3SISA 1MACA 4ZXKA 3WG2A 1A78A 1SCRA 3OYWA 1Z4VA 4XBQA 4K1JA 5JOXA 3VKLA 1F8DA 1DHKB 1CJPA 4BOWA 2QWDA 3A72A 3GVLA 2W39A 5GALA 1WBLA 4PQ9A 4XZPA 5LK5A 3ILFA 5JYYA 2ZABA 2JECA 5EYYA 5DZFA 1LCLA 1KDMA 2AEPA 1AXYA 2W52A 1F5FA 1W20A 3OYWB 3H71A 3WZ1A 2OVUA 3B9CA 2ZHMA 2CYFA 2P3JA 2QWJA 1BYHA 2F27A 2ZGSA 2ZBJA 7NN9A 3OBTA 3IM0A 1TEIA 4CZSA 1INGA 1DLLA 2AR6A 3T1LA 3WHUA 2F29A 1VCJA 1KDKA 1WLCA 4CPNA 1JW6A 3T1MA 5JDBA 2KM2A 4XYXA 4B7RA 3SH4A 1WW4A 2D6MA 1W1XA 2P37A 3CNAA 3K36A 1SBDA 3LSDA 3H6JA 3AP9A 4KS1A 1EUUA 1DQ2A 2V73A 1ZA4A 2YDPA 4CPMA 2F13A 2UWAA 3WOGA 5GZEA 1V3BA 1MS8A 1Z0HA 1LEMA 3N35A 1IVBA 3D6EA 1NCCN 2UWCA 4XXPA 3RMYA 5IT6A 1FX5A 3SLIA 4FJ6A 1V6OA 5T5LA 2D6NA 1AZDA 4GZSA 3W59A 2WT2A 1ULDA 2AUYA 4FOVA 1INFA 4GWNA 5F9TA 4WEFA 4CPYA 2VSMA 1B9TA 3N7JA 4PF5A 1JN2P 4MJVA 1SLBA 1SO7A 1E8TA 3LSEA 1NSCA 2P34A 1DBNA 2OW4A 1SLLA 2VW1A 5HUMA 2D6OX 2QWFA 4XJAA 3O12A 5CA6A 4YM1A 4WVVA 3SH3A 1CIWA 3KM5A 1NMCA 3TIBA 3B69A 1GICA 1NNBA 1Q8VA 3TI4A 1PZ8A 4QN3A 4FQ4A 3VKOA 2DUOA 3PVOA 4CTEA 2A3WA 3FLRA 1KQRA 1UAIA 2VK6A 4QN4A 3TI6A 5GLWA 4XJZA 1Z4YA 1EUTA 1L7FA 2QWIA 4FVVA 1V6IA 1SACA 3ENRA 1DZQA 4PBOA 1G7YA 4KS2A 1OKQA 2HTQA 5KXBA 3A0NA 3AJZA 2D7FA 4GZWA 4JCKA 1LJ7A 4YM2A 2GN7A 4YGDA 3NV4A 3IN9A 3KQRA 1LOGA 2ZGLA 4FVKA 2DU1A 4M4NA 5EYXA 5NN9A 1MS0A 3UL2A 4U36A 2W08A 1S0DA 5CB7A 1G86A 2NMNA 2EALA 1IOAA 2GMEA 4AWDA 4DPNA 2CMLA 5GZGA 1B09A 1DQ5A 1F9KA 1OFSA 5JMCA 3WDXA 1WD4A 3TI3A 1SBEA 4BQ1A 3OBRA 1DILA 4M3CE 1MS3A 3C2UA 1PZ9A 4GZOA 2ZHNA 3R4SA 4B7JA 2VK5A 2C4LA 2GDFA 1LOFA 2ZACA 1DIMA 5DZGA 5JOWA 4K3YA 5DZEA 4MWXA 1QGLA 1ZM1A 2F11A 2B8HA 4LBOA 4FPOB 5IK4A 3O9JA 3AP4A 3FUOA 1ENQA 4DQAA 5CNAA 3HR9A 5GLTA 2XZJA 4LBLA 1D2SA 1V3CA 3ZPYA 4WEGA 4Y1XA 3R05A 5L73A 5IK5A 4FPGA 2A6VA 4RL7A 4LBQA 1LHWA 1VCUA 1INHA 2A71A 1IS6A 4XJ9A 2ZMKA 2YA7A 4XJ8A 1ONAA 2XG3A 1V0ZA 4FP3A 3B01A 3AFKA 2JDZA 3DUIA 4LBQB 1SLIA 2ZZJA 4GZTA 1DYKA 1LU1A 1G9CA 4BBWA 1V6KA 2DVFA 3ATGA 4UW4A 2OUJA 1EURA 3QCWA 2CTVA 4K20A 5JLVA 3NN9A 1NMAN 4HZZA 5DUUA 3APBA 2VUAA 2GMPA 2GN3A 1BJIA 2YV8A 1IS5A 1SBFA 2EXIA 3ASIA 4YW3A 5GZDA 4QN6A 3AYEA 4MWRA 4FPEA 3L2YA 1YYNA 4Q27A 1CONA 3W58A 3BODA 4AGVA 4NCSA 2DVBA 4FZHA 3WDWA 3M2MA 3B7EA 2YROA 4FPLA 3V0AA 4KS5A 2AEQA 2C5DA 1LTEA 3INAA 4D8SA 4CPLA 1GSLA 3O5SA 3WDTA 4K1KA 5T52A 1ULFA 3N3HA 5HCAA 1S0JA 1S1AA 1DQ6A 2DTYA 1NNAA 2F25A 1APNA 5B2DA 4Z8BA 2HU0A 1BZWA 1S0CA 3LCPA 4FPYA 1KJRA 3M3OA 2HTVA 3AZWA 4MWYA 1L7HA 1A14N 4BPZA 2BQPA 4WZFA 1WCQA 3TIAA 1G9AA 4WA5A 1JXNA 4Q1RA 2WSVA 1W6OA 3V0BB 1C1FA 5T55A 1Z4XA 3AZXA 1YIFA 3WG3A 3ZVXA 2HTYA 1Z4WA 2YMZA 5F5QA 1G8WA 3D5OA 5M1ZA 2VY0A 3K38A 1FV2A 2I2SA 2ZGQA 3SANA 4M4UA 4DGRA 2WLQA 4QN5A 1INWA 2V5YA 1H30A 4XJWA 3SILA 1GV9A 2UURA 1NMBN 4YGBA 3M3CA 4BMBA 1Q8SA 5E88A 1UZZA 1Z50A 2GNMA 2HT5A 2E7TA 5IK7A 4AGRA 5GLZA 4R9DA 1AJOA 4FOYA 1YI7A 2B7YA 4YZ5A 3AZZA 5BYNA 4K1ZA 2AYHA 2OUHA 4YFWA 2E51A 2WT1A 1VALA 5T50A 4I00A 2VXRA 3INBA 2F0ZA 2X9MA 5DUXA 3ZXEA 1S0IA 3IMNA 4XOGA 3MPPG 2YA8A 4X47A 4XJQA 2ZGOA 1G9DA 5FRAA 1GLHA 3A71A 1H9PA 4Q26A 4I30A 4LBMA 2UU8A 4YFZA 2DUQA 1HQLA 1NCAN 1IKQA 3FLTA 2CNAA 3H73A 1F31A 1VIWB 1AF9A 3SITA 2YA5A 1E8VA 4Y1ZA 4NN9A 1WW6A 5GLVA 1A4GA 2EAKA 5H9SA 2LALA 2WKKA 2G4IA 1INXA 2QWCA 2GMMA 1LOFC 2YXSA 1FV3A 3ZSMA 5GZFA 1NN2A 5T54A 1UN1A 3WG1A 3RQ0A 2YDTA 2QWAA 1NCDN 5GJ6A 1V0FA 4M3CA 2WJSA 3WDUA 2NYYA 4H55A 1BXHA 4TYSA 2A6XA 4JRAA 1QKQA 2D43A 2SLIA 1V6JA 1YO8A 5HCFA 4YW4A 4XDQA 3SH5A 4AVTA 3POWA 3AXEA 1QDOA 5HX0A 4Q8LA 1W6MA 3OY8A 2XZIA 4ITCA 1MVQA 4BM8A 2DU0A 4NC5A 1I3HA 1GZCA 4R9AA 4SLIA 2YA4A 5FREA 4P14A 4AVSA 5GZCA 5AVAA 3H72A 1CN1A 4RA0A 3RS6A 3OY8B 5IUQA 3AZVA 1UX6A 1UPSA 1O4ZA 1S0BA 1W6NA 1DQ0A 4W65A 2SIMA 1QOOA 1V6LA 3TICA 2PELA 1MWEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

2C4AA 2ZAAA 4EN0A 4CDQA 5FMOL 3FBMA 4QX8A 1S2EA 3B00A 3GBWA 1DIWA 1HXS2 5C3PA 2R063 3WDVA 1W3XA 2XB6C 4ATEA 1QJY1 3PIJA 5H9PA 3BTXA 3VL8A 1PNGA 2W5NA 3BUCA 2IZWA 3IAQA 4WBBA 1COV1 3ZXFA 5ACA1 2VNRA 5DAXA 4H52A 3ZN5A 3E6CC 4IE7A 4ZPIA 4PBPA 3S57A 2FDIA 1IVEA 4B7NA 4CCMA 4GZPA 2SBAA 3WW2A 3Q6KA 4HL0A 5H9RA 2ZHKA 4Y1UA 4GJTA 3GBFA 4L7CA 1BEV3 1SLAA 1UKRA 3CL2A 3T2OA 4LHNA 1W9FA 1ALYA 5SV8A 5KWRA 1JUIA 3ES4A 3WQBA 2F17A 1GOHA 1E57A 3KSCA 3HN1A 2Q1MA 4LO6B 2BZDA 2GC2A 3DYOA 4G3YC 1IVCA 2GVUA 3WUCA 3WDZA 1V3EA 1UPIA 2D6PA 3POBA 4NHMA 3WF2A 4GKXA 1VBD1 4DUVA 5FPAA 3VV1A 2EIEA 4CDQB 5L9BA 4MC7A 4H14A 2CU5A 4XCBA 2PHUA 3WHTA 1YQCA 5FZ4A 2Q0AA 1R093 4GULA 5EXOA 1H1AA 4CPOA 3IAXA 2DUPA 2V72A 2A70A 3AYAA 2VW0A 2DFCA 3MBWA 2QE3A 1WW7A 2BNNA 1D0HA 3H3LA 1UQXA 2ZEYA 3WV6A 4BQWA 2IXHA 3JU4A 2XBO1 1UOGA 3C7OA 5DG1A 4CA9A 1Y9QA 2XN4A 2XQXA 1RITA 1QEXA 4MLOA 4KG8A 4XF1A 1JYXA 1BMV1 1IVGA 3VHPA 5IYYA 1QF3A 1JZ7A 2X53S 1CAVB 1TE1B 3S7IA 1UL9A 2P6HA 5D8AC 2GVVA 1PVXA 4XABA 1AYM1 2ZX3A 3VBOA 3HD8B 1W03A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4YZ2A

Total Genus

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Chain Sequence

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