4YZ2A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, in complex with 2-deoxy-2,3-didehydro-n-acetylneuraminic acid.
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
657
structure length
655
Chain Sequence
TPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFEKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase NanC
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 194
structure length 655
sequence length 657
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz2A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz2A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz2A02
1CVNA 1Q8QA 4HZXA 2GMMA 1QF3A 2VW0A 3IPVB 2YA8A 3CYEA 1DQ2A 4B7MA 1H9PA 2I2SA 2ERFA 2A71A 2GMEA 1GZWA 5IK5A 3OGGA 5CB7A 1DQ4A 3JU4A 1USRA 1GNZA 1W6PA 1KDMA 1F31A 1IS6A 3TI6A 1CQ9A 1GSLA 4HANA 1VAVA 4WVVA 1B09A 3WG3A 3TAYA 4XIOA 5GLTA 4MWXA 3KM5A 4QN6A 4MJVA 1W0OA 1IS3A 1CN1A 1NSCA 3AXDA 2F12A 4RL7A 4YZ5A 4XZPA 1S0EA 2YDTA 2D6LX 4D8SA 4YGDA 3D5OA 3ALXA 5DUWA 1JN2P 5H9PA 4XJQA 1DQ6A 1S0IA 3WUDA 4M3CE 3CKZA 1UKGA 2QWFA 1MZ5A 4H55A 1SLLA 2ZMKA 3BOPA 1AF9A 1KQRA 2D3RA 2DVBA 4NN9A 1H30A 1W6OA 1SACA 3SH4A 3PVOA 3IPVA 1ENSA 2ENRA 1NNAA 3FUOA 2VSMA 2VY0A 2D44A 2BATA 2HTUA 1Z4WA 3K3AA 4GZPA 4UW5A 4JRAA 2A5ZA 3LCPA 1NCCN 4FOWA 3SALA 1VALA 3D11A 2NP0A 1LU2A 1MS0A 1V6KA 2P3IA 2AREA 5GLWA 1A4QA 4X4AA 2DURA 5KXDA 1A78A 1G7YA 4DGRA 1LEMA 3FUQA 3ZSLA 1IOAA 5HCFA 2D6OX 5HUGA 2V73A 3D4KA 1DILA 5CBLA 4NCSA 2A3YA 5T55A 3POSA 1MS3A 1MVQA 5JOWA 1WD4A 2XZKA 2VH9A 4XILA 4R9BA 1UMZA 2DV9A 3GALA 4KS3A 3TB0A 2D43A 3IMNA 1VLNA 5GM0A 1SCRA 3VKOA 2XB6C 4AVSA 1D2SA 1V3EA 2F26A 4AGGA 4Q27A 3A72A 4XYXA 1PZ8A 4YZ3A 2GN7A 1Z4XA 4B7RA 1G9FA 3N36A 4FPJA 4M00A 4NOTA 3FFZA 4QN5A 2A6ZA 2XG3A 1N3PA 1QDOA 3UJOA 1Z4ZA 3GVLA 4YW5A 1INGA 2ZB5A 1AXYA 1LOAA 2VVZA 2RKCA 4HIZA 2CYFA 3RSJA 1HQLA 3N7JA 3ALWA 2HU0A 2ZA9A 2ZKNA 4F83A 2A75A 4L8QA 2ZGNA 4WA5A 1B9SA 4P9YA 1V6JA 4U36A 4M4VA 3GVKA 1DGLA 1UL9A 1Z50A 1U0AA 2E53A 2QWDA 1N1YA 2WLQA 1BYHA 4FPLA 4BM8A 2EXHA 2YY1A 4DS0A 4ATEA 2R16A 1LHUA 4FPYA 1ULCA 5JMCA 1G9DA 2ZGUA 2DVGA 3VKMA 1ULFA 2W39A 5JYYA 4CPLA 3K37A 4WEGA 4AVVA 3LSDA 1NNBA 2ZGKA 2B8HA 4FOVA 1AX1A 4Y1VA 3ZSKA 2QWCA 2A7AA 1N1VA 1SLBA 1Q8PA 3BTAA 1A8DA 1WCQA 1LCLA 1SO7A 1AXZA 1UZZA 2SIMA 1YO8A 2NZ9A 3TIAA 3O9JA 3BODA 1C57A 3R4SA 5JDBA 5KXBA 5CNAA 1NCAN 2GNDA 3MPPG 4ZXKA 3R4UA 1JBCA 4PF5A 2EALA 4YM3A 4FPHA 1N1SA 3D12A 3ILNA 2C4LA 1E8UA 1GBGA 4KS5A 4FP3A 3K39A 1XQNA 4C1WA 4YFWA 2D3SA 2NN8A 4FPCA 2D6PA 3AXEA 4GDIA 4HZWA 4FQZA 4BPZA 1QNYA 4M3CF 1G8WA 1LTEA 4H53A 2A6VA 2LTNA 3DUIA 3ASIA 2QWBA 4MZAA 1W8OA 3T1MA 2VSKA 2VK6A 3B01A 1L7HA 2VXRA 4X6KA 1YIFA 3AP5A 3JUUA 4ISQA 1USXA 1Y7BA 1MS1A 2GNMA 4LBNA 3TI4A 2NMNA 1R1ZA 2ZGRA 1FAYA 2VUAA 1EURA 4XOGA 1L7FA 3ZXLA 3VUOA 3SILA 4K1YA 2DVDA 1SLCA 1LGCA 2JDZA 4LBJA 2XZIA 1E8VA 1MWEA 4TYSA 4WZFA 4DPNA 1WW6A 1VIWB 1BZWA 1MS8A 3WCSA 2ZB6A 2VW2A 4PQ9A 5T5PA 1QOTA 3PVNA 3WDXA 4K1IA 2GN3A 3M2MA 1G9AA 3NSSA 2EXIA 3ZYRA 1D0HA 5L73A 1O4YA 2UU8A 1S0BA 4FPOB 1LODA 2W5OA 2EAKA 1S0CA 2HTWA 5DUXA 4K1ZA 5EYXA 3FBYA 2W68A 2P3KA 4YG0A 4GB1A 4M3CB 1IS4A 5SV8A 4MZEA 5GZFA 4GJTA 4Y1YA 3ZXEA 4K1KA 5HCBA 1ULDA 2WSVA 5GJ6A 2JE9A 5H9QA 2F29A 2F25A 5HUNA 4FPEA 2YA5A 3NV4A 3B3QE 5JLVA 3MEPA 1YYNA 4TZDA 4Q8LA 1QNWA 1KITA 1O4ZA 1F8EA 3INBA 1WW5A 1SLAA 2AGSA 4KS1A 1RINA 4KS2A 1W21A 3L2YA 1UN1A 5F5QA 4CPZA 4AGVA 3B00A 4XJ9A 4M4NA 2LALA 4XE9A 1IVBA 1DYPA 4LBOA 2TEPA 3PJQA 1Q56A 2PELA 5AVAA 4XJRA 3WDWA 5DUVA 3OY8B 2HTYA 2AUYA 1V6IA 2DYCA 3POYA 2D7FA 2DVAA 1AVBA 4FJ6A 1UPSA 3V64A 1IVCA 2ZHMA 1W6NB 4MX0A 1JXNA 1IVEA 1A14N 1LJ7A 4GZQA 2W20A 1QDCA 1FX5A 1ENQA 2QWKA 1FV2A 1OQ1A 1JW6A 5EWSA 1AJKA 1ONAA 2V5YA 3RMXA 5DZFA 5HUKA 1CJPA 3GVJA 4R9DA 5GALA 5FRAA 3K38A 5EYYA 4M3CA 4HZVA 1PZ9A 3R05A 5DG2A 4M01A 3HMYA 4YFZA 3IKWA 1UX6A 2ZACA 2F27A 5JVVA 2OUJA 5DZGA 3V0BB 3H0OA 3SNMA 1V3CA 2YXSA 1V3DA 4R9CA 1LGNA 4UW4A 2ES3A 2AEQA 1XOGA 4XHXA 2OVUA 3V0AB 2YA6A 3WLUA 1FV3A 1NMBN 1WW7A 1Z4VA 5CAZA 5LK5A 3FLPA 1IVFA 2AH2A 3N35A 2JE7A 2PHRA 2GDFA 3ENRA 1FNZA 3I8TA 2HT8A 1SBDA 4XJUA 4B7QA 1W8NA 3OY8A 4Y26A 5H9RA 3NN9A 2BF6A 2BZDA 3ZXFA 1CIWA 4LBQB 1G9CA 1W6NA 4Y1UA 2PHWA 4XBNA 4PBPA 2DWRA 3WUCA 4FVVA 5T5JA 4DRVA 1NXD1 1KJRA 3B9CA 1F5FA 1F8DA 4WV8A 4K3YA 2PHFA 3ZSJA 4Q1PA 2HT5A 4FOYA 1GLHA 2UWCA 2WQZC 4HZYA 3ZYPA 4YLZA 4U2AA 3V0BA 1WBLA 2A6WA 4C1XA 5DUUA 2HTRA 1VAMA 4XXAA 4Y24A 2UWBA 3RRDA 1V0ZA 3APBA 3CNAA 4FPKA 1SBFA 1N1TA 4UW3A 3BEQA 4XBLA 4M3MA 3V0AA 4CPNA 1L7GA 4AWDA 2YROA 1APNA 2QWGA 3WZ1A 1YXWA 1IVDA 4GDJA 2W08A 4JF7A 1QOSA 3U4XA 3WDUA 3ATGA 1DIWA 1OKQA 1WLWA 4CRQA 4PBOA 2JD4A 1HKDA 1EPWA 4Q8KA 3TIBA 2PHTA 1VCJA 4YM2A 2P2KA 4GKYA 3AZYA 3K36A 1LHNA 3ZVXA 1LHOA 1A3KA 1NMCA 3RMYA 4LBQA 2ARBA 2Z42A 3RQ0A 2EF6A 1LOCA 1LECA 1Z4YA 4J9TA 2QWHA 5M1ZA 1RIRA 5KXCA 4FZHA 4YW4A 1QOOA 4DRRA 3M3OA 2SILA 5F9TA 3VKNA 2F13A 2D6MA 1F9KA 4R9AA 3PVEA 5H9SA 4ISRA 2QWEA 3AZZA 1HLCA 1C1FA 1G86A 1V6OA 2ZGMA 1W6MB 4GWNA 3WOGA 1NSBA 4MWQA 4UW6A 1C1LA 2VU9A 4QNPA 3FLTA 5HUMA 1AZDA 3IM0A 2CTVA 1INYA 1DBNA 2AYHA 3AK0A 3I4IA 2EXJA 2ZGPA 2WSUA 2YMZA 2D6NA 3CL2A 3TI8A 5B2CA 2BERA 3AYCA 2PHXA 4MWLA 5B2DA 1CPNA 4XJ8A 4MWYA 4X47A 1SBEA 1PZ7A 5IK7A 3AFKA 4P9WA 4GA9A 1V0EA 4Y20B 4YG3A 2HU4A 1EUUA 4BLJA 2CY6A 1QGLA 1V2IA 4GKXA 1J1TA 2RHPA 4B7JA 3WDYA 4BLIA 3KQRA 1BXHA 2OW4A 3N3HA 3TI5A 2A6YA 4LBMA 4BMBA 1EUSA 1INXA 2R0FA 1INWA 4FVKA 3H72A 3ILRA 1QKQA 4QN4A 1MVEA 2F0ZA 3NV3A 1NNCA 1A4GA 1V6NA 4K1JA 1FYUA 3USUB 1LULA 5GLZA 1I1EA 1DFQA 4GWMA 4Q1RA 2DU0A 3LSEA 2A70A 1V6LA 1W6QB 4I30A 1GZCA 3H6JA 4YW3A 1W6MA 1VCUA 1IS5A 2ZGQA 3O5SA 2QWIA 2GNTA 1INVA 2HYKA 1WUVA 4KBBA 2ZHNA 5T5LA 1F8CA 3PMEA 2DVFA 2D3PA 1GZ9A 4YW1A 4CTEA 3T1LA 1N3QA 4YG6A 3M3CA 4BQ1A 2DUQA 1Q8SA 3UK9A 3WV6A 1ZA4A 1Z0HA 2GMPA 2ZHKA 3MW3A 4QN7A 3UL2A 1OFSA 4Y20A 4NC5A 5GLVA 3JU9A 5T52A 2W52A 1IKQA 1S0FA 4K1HA 2A6XA 4X49A 2WJSA 5EXOA 3ZPYA 1B9VA 4BOWA 7NN9A 5IK4A 2SBAA 2GALA 2DTYA 1TEIA 4XMAA 2VK5A 1V6MA 1NCBN 4GZOA 1GYKA 4H52A 4PCRA 1LGBA 3M3QA 3AZWA 5DZEA 5IT6A 1S0GA 2VWDA 2JKBA 4MWUA 4WA4A 1INHA 4ITCA 1WW4A 3AZXA 1H9WA 4UF7A 1YI7A 4DFSA 1ZM1A 3OBTA 1AXKA 3USUA 1W1XA 4RA0A 2YA7A 3B69A 5JOZA 4YGEA 4Q26A 1CR7A 3ZXJA 2XCYA 3AP9A 4MJUA 1W6QA 4GALA 3WHTA 4ASMB 5HCAA 4MWJA 1GANA 4LBQD 1C4RA 1XOEA 1GKBA 1SNTA 4Q2FA 5E88A 3WVJA 3C2UA 2ZAAA 4DQAA 3WDVA 4D69A 3M3EA 1LESA 2AEPA 4P9XA 1UAIA 1UZYA 1DLLA 2W38A 1AJOA 1LOEA 1DHKB 2XZJA 3HN1A 1ENRA 2EXKA 1BJIA 5T54A 5DXDA 4XDQA 3RG0A 3O9KA 4XTMA 4B7NA 1MR5A 3OJBA 1JYCA 4Y1XA 3AP6A 3WG2A 3RS6A 1KDKA 1F8BA 4FQ4A 1MZ6A 3SISA 1KJLA 3POWA 5IK8A 4MWWA 3D6EA 2B7YA 4WEFA 1QMJA 2ZBJA 2F24A 3ILFA 4HZZA 2R0HA 2WKKA 4YGBA 2P3JA 3NV2A 2E6VA 1AX2A 4JCKA 1NN2A 2VW1A 2FHRA 1NSDA 4YZ2A 3FLRA 3WDTA 3O12A 4WA3A 3A4UA 4CPYA 3AZVA 2E7QA 1S1AA 4XJZA 5GZEA 2X9MA 3NWKA 1Q8OA 2JECA 1DYKA 4XXPA 4XIKA 3WG1A 3TI3A 3TICA 3M1HA 6NN9A 2AR6A 2ZABA 2C9AA 1LENA 2CWMA 3A0KA 2UWAA 4GZXA 1LU1A 1LHVA 3WG4A 4AGRA 4GZWA 1LOGA 3ZSMA 1MS5A 1CESA 2KM2A 3OBRA 2C5DA 2CWSA 1BKZA 4GZSA 2C4AA 2D6KA 2WT2A 1S0JA 1FNYA 1Z78A 4MC7A 1V3BA 1IVGA 1SLTA 4GXLA 1NCDN 3DGTA 2A3WA 4KS4A 3SH3A 2ZMLA 2HTQA 4P14A 3O0XA 3AYEA 4YZ1A 5JOYA 1QU0A 1DQ1A 4IQPA 1WCSA 1URXA 5GZCA 3OPZA 1LEDA 1GICA 2G4IA 4CZSA 2DTWA 1DZQA 3BIWE 3W59A 3HR9A 3A71A 1SFYA 2WT1A 4YGCA 3UJQA 3MW4A 3QLQA 3NV1A 3W09A 2SLIA 2DUPA 4GZTA 4CPMA 2F10A 4AVTA 3H71A 1AX0A 3O0WA 3VKLA 2R1BA 3AX4A 2YV8A 2ZGOA 2YA4A 2ZZJA 5FREA 2PHUA 4YM1A 1KRIA 1W20A 2OUHA 1NMAN 2YDPA 3T2TA 4MYEA 1B9TA 3CL0A 3WHUA 2R1DA 4Y22B 2AENA 4BBWA 2ZGLA 3SLIA 1DQ5A 1HQWA 1ULEA 3SH5A 5GZGA 4MWVA 3INAA 4XBQA 1BQPA 3OYWB 4M4UA 1G9BA 2VK7A 1S0DA 3N7LA 2DUOA 1LOFA 2GNBA 4W65A 5DG1A 4FPGA 4XTPA 3GNEA 4WVWA 5T50A 4I00A 1JUIA 1E8TA 3MW2A 1X50A 4FP2A 4MWRA 2NM1A 4Y1ZA 3SITA 3WNXA 1SCSA 2A3XA 5GLUA 1V00A 3A0NA 5E89A 5JOXA 2ZMNA 3AJZA 2CL2A 3W58A 2ZGSA 4Q6KA 3ZXKA 4XHBA 1DQ0A 2NMOA 3Q9OA 5HX0A 3IN9A 1WLCA 1ULGA 1N3OA 5IUQA 4QN3A 2ZGTA 4ZKTB 1DIMA 4FPFA 1RITA 4GEZA 1JYIA 2FMDA 1MS9A 2R49A 1JOJA 3WCRA 2QWJA 3V65A 2YZ4A 1N47A 2H0BA 3H73A 1IKPA 4K20A 2P37A 4Y22A 1Q8VA 5BYNA 1LOFC 2JJ6A 4BMEA 2QWAA 1INFA 3OYWA 1WD3A 1HDKA 4Z8BA 1JHNA 5GZDA 1FATA 3N7MA 4AYUA 2P34A 2NYYA 4FOQA 5T5OA 1WLDA 3QCWA 4XJAA 1GZWB 1BJQA 2F28A 2CNAA 1MACA 1W6PB 2HT7A 3O0VA 2WNEA 1V0FA 1W0PA 2EIGA 3AP4A 2UURA 4YM0A 4JC1A 1GV9A 3AP7A 4CPOA 5NN9A 2HTVA 3SANA 4SLIA 2F11A 1YRZA 3N7KA 1GNHA 2DU1A 1LOBA 5E8AA 5KXEA 5CA6A 4ATFA 4YW2A 1I3HA 3AYDA 3VV1A 2E7TA 3VKFC 2W5NA 2ZHLA 1CONA 3B7EA 2Q5TA 1LHWA 2E51A 1WBFA 4HL0A 1SLIA 2ARXA 1EUTA 4LBLA 4YZ4A 2CMLA 2BQPA 3AJYA 4LBKA 4K21A 4XJWA 4NO4A 2WT0A 3T1EA 1CPMA 1MS4A 3AYAA 4XMIA 1NLSA 1W6OB 4OZXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CL1A 3V56A 4CCLA 4OYUA 1CVNA 2GC3A 1W2AX 1Q8QA 1LKNA 4HZXA 4C0BA 1PMIA 2RMU2 4OHWA 2GMMA 3VHPA 3ST7A 1QF3A 4BDVB 4MGSA 4Q4Y2 3WW3A 1E5IA 2VW0A 4XAEA 5FZ0A 3IPVB 1XRUA 4AAPA 2YA8A 3MBWA 1DF0A 3RVHA 1RUE3 1ASJ3 3BGAA 4IEUA 4YW7A 2BV4A 2ORXA 1CD3G 4FO9A 1N6DA 3CYEA 3SREA 1DQ2A 2VNRA 5JIUA 4B7MA 3VDBA 3NAPC 4P5YA 1H9PA 3N9NA 4L11A 2I2SA 2Q8DA 1YJKA 2ERFA 2WZPP 3NQHA 4R4XA 2A71A 2GMEA 5FUPA 3BU0A 1GZWA 1QXJA 1YHFA 2QZ2A 4WVZA 3OGGA 2IVJA 5CB7A 1DQ4A 5IK5A 4XF4A 4NIAA 1RUNA 3JU4A 3SKJE 2WA3A 1USRA 5JZGC 1UXXX 1UW8A 2JDMA 1D7PM 4UI9L 3TN93 1GNZA 4IV3B 3SEPA 5FZEA 1BMV2 5C7GA 1CZVA 1W6PA 5CFDB 4J1WA 1CZSA 4KI5M 1KDMA 1F31A 3EYPA 3SHRA 4EN0A 5CISA 1IGOA 3ME2A 3PIJA 4IEXA 1IS6A 2Y6LA 4XCBA 1C8NA 3J4UH 1Y9MA 3VBHA 5AC91 4UBHA 3TI6A 4ET7A 4HG6B 2RR13 3M7AA 3TN92 2HJIA 4QDSA 2PXJA 3A22A 5FZIA 3MFCA 3M70A 4LA2A 3LE0A 2GP3A 1CQ9A 1GSLA 2FDJA 3WP5A 3GF6A 1PHMA 1ZRIA 2P4EA 1YEWA 2GSYA 1XU1A 2WNVB 3OD0A 4HANA 4ONUA 1VAVA 2PAKA 4WVVA 2UY8A 1ZX5A 1B09A 1NCRA 2QE8A 3WG3A 3TAYA 4XIOA 3HEIA 4OUEA 1DYOA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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