4YZ3A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, in complex with oseltamivir.
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
657
structure length
654
Chain Sequence
TPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of Streptococcus pneumoniae NanC.
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4
molecule keywords Neuraminidase
total genus 194
structure length 654
sequence length 657
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz3A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz3A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz3A02
2UURA 4FVKA 1LHOA 3CL0A 5CA6A 1O4ZA 1FATA 3AK0A 1Z4WA 4QN4A 4QN5A 3ATGA 1JYIA 4R9DA 3WG2A 5JOXA 3SLIA 4XTPA 1GSLA 1TEIA 3V64A 1NNCA 1IOAA 1ENSA 1SBEA 4MWRA 4UW3A 4DRVA 2F11A 3ALXA 3H6JA 4CPYA 3FUOA 1BZWA 4Q1PA 1QGLA 4LBQA 4PCRA 2DTWA 2QWDA 2EXJA 2VXRA 3VKLA 1HQLA 4H53A 2E6VA 5T55A 1LGBA 2V73A 1L7FA 1UZYA 1MS9A 1IVCA 4CTEA 2P2KA 1IVBA 1W6PA 1YIFA 1SFYA 3B7EA 3T1EA 2GMEA 4SLIA 1CN1A 1HQWA 5SV8A 5CAZA 4K21A 4CPLA 2OUJA 2NZ9A 1IS6A 4AYUA 2X9MA 1N1SA 1Q8VA 4WVVA 4ZKTB 1MVQA 3TB0A 4Z8BA 2EXHA 4Y22A 4U36A 1GV9A 2HTWA 4M4NA 2FMDA 1BQPA 4LBQB 4J9TA 2HYKA 1Z4ZA 2A3YA 1N47A 3AYCA 3TICA 1DZQA 3TI4A 1MZ6A 1KITA 5GLZA 3OYWB 5JMCA 3O12A 1NXD1 2ZA9A 3IKWA 1GZWA 1W6PB 3VKFC 5CB7A 1DQ6A 2SILA 4M4UA 5HUGA 4AVSA 4Y1YA 2JE9A 4H52A 3AXDA 4NC5A 1AJKA 1NSCA 4M3CE 4WA4A 4B7RA 1SLTA 5IK5A 1UKGA 4C1XA 4Y22B 3H71A 2A70A 4FQZA 2DUOA 1V6LA 3TI5A 1INWA 1V3BA 1GYKA 3O0WA 3K37A 3BTAA 1O4YA 1AVBA 3OPZA 4ISRA 3GALA 1V0EA 3POYA 5E89A 2D6OX 4KS3A 1SLCA 2HU4A 1GZWB 2ZGNA 4Y26A 2GALA 3AP9A 1INXA 4DQAA 2CYFA 1Q8PA 2JE7A 3HMYA 5L73A 2P3IA 1WLWA 2W08A 2EXIA 4YM1A 3T2TA 4Y20A 3UJOA 2WT2A 2VU9A 4FOVA 4FPHA 5AVAA 2BF6A 1SBDA 5JVVA 4XYXA 6NN9A 1QNYA 1USXA 1LU2A 3QLQA 4YLZA 4FJ6A 4Q6KA 5KXEA 1JXNA 4FOYA 4Y1UA 4AGRA 1ULGA 5B2DA 5LK5A 4X4AA 5T54A 3TIBA 2D6KA 1CIWA 3GNEA 1DBNA 4FPGA 2D3RA 4CPMA 4Y20B 1MS8A 3LSDA 1INGA 1IVFA 1AXKA 1GANA 2VW0A 5IK8A 3ZSMA 4MWYA 3N3HA 4Q27A 3ZSLA 3AXEA 2C4LA 2B7YA 1W6QA 4LBQD 3DUIA 4BLIA 1HLCA 1BJQA 2VH9A 5F9TA 1CVNA 2DUQA 3ZSKA 4YG3A 2Z42A 1E8TA 1EUUA 4P9XA 5F5QA 4YZ3A 3IPVA 4DPNA 1VAVA 4XJ9A 1QDOA 1IS4A 3V0BA 1A8DA 1LESA 4RA0A 3NN9A 1VLNA 1B9SA 4MWQA 2F12A 2ZBJA 3V0AA 3BOPA 1V3DA 1UPSA 2YA4A 4XJ8A 1CONA 3ZVXA 1W6MA 2D6NA 2QWAA 2QWHA 3O0XA 1UAIA 1QOTA 1R1ZA 1FNYA 5T50A 4M01A 1W6QB 3R4SA 1G9AA 2YA6A 3SH5A 3RMYA 2A7AA 5GZGA 4B7MA 2OUHA 2QWIA 2VW1A 3M3CA 4ZXKA 3IPVB 3I8TA 4OZXA 1DYPA 3V0BB 1A4GA 3D6EA 1OFSA 4BOWA 2GNDA 5GZCA 3DGTA 2PHFA 1F5FA 3MW4A 3V0AB 1S0EA 4XMAA 2F25A 4I00A 4QN3A 1EUTA 3ENRA 4P9YA 4TZDA 1Z0HA 1APNA 4MJVA 2WSUA 2CTVA 1RINA 5EYXA 1GBGA 4BLJA 1FAYA 2F10A 1G9DA 4UF7A 3N7KA 3WHTA 1F31A 4FPYA 4TYSA 5HCBA 1QDCA 1WD4A 2CMLA 2YA7A 5BYNA 4LBJA 4YFWA 3SISA 2ZGPA 1DYKA 4BMBA 1NSDA 1Z50A 3PVEA 4XBQA 4WA3A 4FP3A 1Y7BA 3NWKA 4YZ4A 4YW4A 4HANA 2JDZA 4ISQA 4K1HA 3WZ1A 4MJUA 2GNMA 4MWWA 2R1BA 4LBNA 3SH4A 1W6NB 1B09A 1I1EA 1QKQA 3AP6A 5EWSA 2BERA 1LOFC 4HZVA 1AJOA 2DUPA 3BEQA 4CPZA 1WW6A 1V6NA 5FREA 1OQ1A 1U0AA 1CESA 1AF9A 3ZXJA 2VK6A 3PVOA 3POSA 2GNTA 3IM0A 2SIMA 1IS5A 4WVWA 5HUNA 1WBLA 1S0DA 1V3CA 2XZKA 2XCYA 2AEQA 4BPZA 1CPNA 4XZPA 1WBFA 4GZPA 3WLUA 4MWVA 1UN1A 4RL7A 2AREA 2NYYA 3ZXLA 1URXA 4CPNA 5GZEA 1SO7A 3NV2A 1QNWA 4YFZA 4WV8A 1LOEA 5DUXA 4AWDA 1INVA 3AZWA 1QOSA 1DQ4A 3FLPA 2W68A 1GNHA 4Q2FA 3VUOA 2HU0A 3NV4A 3O9JA 3ILFA 3SALA 2CWMA 3A0KA 1NLSA 3FLTA 4FOWA 3ZXFA 1WCSA 1S0IA 3CNAA 4YGBA 1ZA4A 1S1AA 3H72A 4K3YA 3TI6A 5T5JA 2ES3A 2YV8A 2WT1A 4WA5A 2R1DA 4XBLA 5E88A 4KS4A 5IK4A 3UL2A 1UL9A 4R9AA 2YROA 3UJQA 1WLCA 3OJBA 2WNEA 1N1VA 3MEPA 4K1JA 3V65A 3RG0A 4XHBA 4FVVA 3AZYA 1S0JA 4GZTA 2VSMA 2R0FA 3B3QE 3VKMA 3SITA 3WCSA 1YXWA 4YGCA 3Q9OA 2NMOA 4HZZA 4X49A 1AX2A 3AP5A 3OGGA 4ATFA 1Q8SA 2AYHA 2P37A 1XOEA 2P3JA 1AX0A 1QMJA 5IT6A 2SLIA 5HUKA 1NMBN 4L8QA 2ZMKA 4U2AA 1A78A 4NO4A 1C1FA 4I30A 2AEPA 3BIWE 1V0FA 2DYCA 2QWJA 3OBRA 1KDKA 4GZXA 1LHNA 1MVEA 2E7TA 2D6MA 2R16A 2UU8A 4GXLA 3AJZA 2JD4A 4P14A 3IMNA 1LENA 2NMNA 2A71A 1SCSA 5DZEA 4WEFA 3M1HA 4MZAA 2A6WA 2WLQA 1D2SA 4DRRA 1PZ9A 4MWJA 1A14N 2AR6A 4R9BA 3SANA 1SLIA 1UZZA 3WG3A 1Q56A 5B2CA 1YYNA 3POWA 3B69A 2RHPA 1DIWA 4X6KA 1VAMA 1GZ9A 2EXKA 2ZZJA 2ZHNA 4YW1A 4AGVA 2ZGMA 2Q5TA 1EPWA 2ZACA 2C4AA 2W5NA 1E8VA 3B00A 2D3SA 4GA9A 3OBTA 5IUQA 2P3KA 5GLVA 3VKNA 1BJIA 3CL2A 1J1TA 2PHRA 5CNAA 1X50A 3K36A 1UX6A 4FPOB 1DIMA 2QWFA 2QWBA 2ZGSA 2YY1A 1QF3A 1N3OA 4JF7A 1YRZA 3USUA 2BQPA 5GZDA 1WCQA 1V6JA 3WVJA 1XQNA 5EYYA 2ZMLA 5KXCA 2ZABA 4XOGA 2YA8A 4LBMA 3AYAA 2DVFA 3INBA 1V6MA 2DWRA 4KS2A 5T52A 5DUUA 4AVTA 4JRAA 4YW5A 1G9BA 2LTNA 4HIZA 1AX1A 2AGSA 4NCSA 2GN7A 4M3CA 2HT5A 4GKXA 4HZWA 2ZHMA 3N7JA 2PHTA 4Y1VA 1N1TA 1USRA 2VK5A 3USUB 4WZFA 2AH2A 4PBPA 1ULEA 2ZGKA 4BM8A 1LECA 4CRQA 4YGDA 3T1LA 1CQ9A 2HTUA 3C2UA 3H0OA 2EALA 5GLWA 3D11A 2DU1A 1MS3A 4LBLA 1W8OA 1V00A 1N3QA 3JU9A 1S0FA 4MZEA 3A71A 1WW5A 1GNZA 2FHRA 1IS3A 3KQRA 4IQPA 4K20A 4C1WA 1G9CA 2ZKNA 3M3OA 5T5PA 4R9CA 3SNMA 5FRAA 3WG1A 3TI3A 4M3CB 3FFZA 3NV3A 2I2SA 2A75A 1EUSA 1DGLA 3VKOA 3H73A 3HR9A 3M3QA 1I3HA 5JOZA 2W39A 3LCPA 2OW4A 2QWKA 1DLLA 1B9TA 4M4VA 4HL0A 1WW4A 5NN9A 1DQ5A 1DFQA 1Q8OA 4B7NA 3WHUA 2BATA 1ULCA 2ZB6A 4K1ZA 1W0OA 1LEMA 2D44A 5T5LA 1S0BA 2NP0A 2CL2A 1V6KA 4CZSA 5JOWA 2GNBA 3K38A 4FPLA 1NMAN 1FNZA 2GMMA 3W59A 4M3MA 3N35A 1W6MB 1WD3A 1JHNA 3AZVA 5DZFA 2YMZA 1IKQA 4FPJA 1GICA 2ZGTA 2F0ZA 1NCAN 2A6XA 1Z4YA 1V3EA 1GZCA 2QWGA 5HX0A 1LOFA 2F28A 2E53A 1MS5A 3WDTA 4YM3A 1ENRA 2PHUA 5JDBA 1LOCA 4X47A 5EXOA 3O9KA 2DTYA 3FLRA 1SCRA 2PHWA 1MS4A 3WCRA 2VWDA 4GZOA 4XJWA 3AYDA 4XIOA 1LHUA 4FPKA 2QWEA 2QWCA 4XHXA 4P9WA 3T1MA 2A3WA 3A72A 3MW3A 3R05A 2DVGA 4GWNA 4YZ2A 1JYCA 2XB6C 2ZB5A 2WQZC 1JUIA 4W65A 1A4QA 3M2MA 4PQ9A 1SBFA 1IVDA 3JUUA 3WUDA 2VSKA 2W52A 1L7HA 1W6OA 4GDIA 1SLLA 3WDYA 4QN6A 2ZMNA 5DXDA 5GZFA 3AZZA 1G7YA 4XJAA 1SACA 1JOJA 1NCBN 1ONAA 2D7FA 4QN7A 2CNAA 1F9KA 1N1YA 3I4IA 3U4XA 1MR5A 1JW6A 4UW6A 3M3EA 1EURA 3ZYRA 1NCDN 2B8HA 2OVUA 2PHXA 2YZ4A 4XBNA 4FOQA 4FZHA 5CBLA 2ZHLA 1RIRA 1W6OB 4DFSA 3WDUA 4YM0A 4DGRA 4ATEA 4Y1XA 3VV1A 2V5YA 1G8WA 1LGCA 4YZ1A 2VUAA 2ENRA 4D69A 2R0HA 4MWUA 3AFKA 2AUYA 1BYHA 4GKYA 4GEZA 3K39A 3W09A 4UW5A 1S0GA 2XG3A 2H0BA 5JYYA 2PELA 5KXDA 5GLUA 4BQ1A 2HTVA 4B7JA 1RITA 5DUVA 3TIAA 4GDJA 1MWEA 3A0NA 4Q8LA 4D8SA 4MX0A 2D6PA 3OYWA 5E8AA 4KS5A 5H9SA 2DVBA 2DVDA 3GVLA 1A3KA 1H30A 5JOYA 2P34A 5GALA 2UWBA 4AGGA 4LBOA 4BBWA 4GZQA 1UMZA 3CYEA 2YA5A 1LOGA 2GN3A 3INAA 1NSBA 1OKQA 1DILA 1CPMA 1Z4VA 1NMCA 3B01A 2HTRA 5DG2A 1KQRA 4Y1ZA 4YW3A 1V2IA 2D43A 2F26A 2C9AA 2ZGQA 2GMPA 4YGEA 3ZSJA 3RS6A 3W58A 3AZXA 3D12A 1CJPA 4UW4A 2UWAA 1AZDA 2A3XA 4YM2A 3WNXA 3D5OA 2ZHKA 1LHWA 1HDKA 4ITCA 3TAYA 3WUCA 4GZWA 2F29A 5IK7A 2VY0A 1QU0A 1ULDA 1E8UA 4GB1A 5DZGA 1SLBA 3APBA 1JN2P 1H9PA 3WG4A 4Q1RA 1DQ0A 3ALWA 4XJUA 4KBBA 4LBKA 4JCKA 3WDWA 3OY8A 4BMEA 3RMXA 1W8NA 2CY6A 2DURA 2RKCA 2DU0A 5GLTA 1INHA 1LCLA 1NN2A 2WKKA 1QOOA 3JU4A 1L7GA 4AVVA 3ASIA 1ZM1A 3ILNA 3N7LA 1LODA 2F13A 2NN8A 1C1LA 4M3CF 1FX5A 3IN9A 1IKPA 1PZ7A 2HTQA 5KXBA 2GDFA 5HCAA 3KM5A 5GM0A 2EAKA 4K1YA 2SBAA 4K1KA 2DV9A 4MYEA 1W0PA 2LALA 4GJTA 1LOAA 1MACA 2F27A 4QNPA 4XTMA 4XIKA 4GZSA 2EIGA 2A6VA 1MS0A 3OY8B 3NSSA 1AXZA 1BKZA 1KDMA 3R4UA 1S0CA 5H9PA 1JBCA 4B7QA 4M00A 2BZDA 4YG6A 1XOGA 3ZXKA 2ZAAA 4ASMB 2G4IA 4XXAA 1VCUA 1YI7A 2CWSA 1VALA 1SLAA 1C4RA 1KJRA 4Y24A 4NN9A 1DHKB 2D6LX 4XILA 7NN9A 5HCFA 3PVNA 2W20A 1NCCN 3NV1A 3WV6A 4XE9A 2ARXA 5T5OA 5HUMA 4GALA 4XXPA 3MW2A 4MWLA 2E51A 3O0VA 1ENQA 1VCJA 1W1XA 3K3AA 1WUVA 5H9QA 1LGNA 1INFA 4Q26A 1KJLA 3FUQA 4K1IA 3AYEA 2XZIA 4YG0A 2R49A 1F8DA 1LOBA 4F83A 1H9WA 3RSJA 4FPEA 1LULA 3PJQA 4KS1A 1LEDA 3WDVA 4DS0A 3AJYA 1BXHA 4WEGA 2ZGOA 4PF5A 1SNTA 1INYA 3WDXA 2YDPA 3A4UA 5H9RA 1IVEA 3MPPG 1F8BA 1WLDA 4JC1A 3GVKA 1F8EA 1W21A 1G86A 2VK7A 4XJQA 5JLVA 3PMEA 2A5ZA 1YO8A 2W38A 2YXSA 4YZ5A 1IVGA 3RQ0A 1GLHA 2F24A 2AENA 2A6YA 4FP2A 1PZ8A 2XZJA 4MC7A 2UWCA 2E7QA 2WJSA 2JJ6A 3TI8A 1HKDA 3O5SA 4FPCA 2ZGRA 1B9VA 4PBOA 2ZGLA 1DQ1A 1Z4XA 5GJ6A 3B9CA 3ILRA 1LHVA 1LJ7A 3SH3A 2HT7A 4NOTA 3RRDA 1D0HA 1W6NA 2W5OA 3UK9A 4HZXA 1Q8QA 1NNAA 2C5DA 2HTYA 1N3PA 3L2YA 3ZYPA 1LTEA 1MZ5A 3AP4A 1WW7A 2WT0A 3QCWA 1CR7A 3N7MA 1G9FA 3N36A 1DQ2A 3HN1A 2A6ZA 3BODA 4FQ4A 3AP7A 1C57A 2VVZA 1FV3A 4MWXA 2ARBA 3SILA 3CKZA 3ZPYA 4FPFA 1ULFA 4H55A 4HZYA 1V6IA 2NM1A 4XDQA 1VIWB 2DVAA 3GVJA 1FV2A 2ERFA 3D4KA 2TEPA 3FBYA 2JECA 4GWMA 5DUWA 2HT8A 1GKBA 3ZXEA 2KM2A 1KRIA 4CPOA 3AX4A 1F8CA 1V0ZA 1Z78A 4XJZA 4YW2A 2ZGUA 2VW2A 4XJRA 3WOGA 4Q8KA 5M1ZA 1V6OA 2WSVA 5DG1A 1AXYA 1LU1A 2JKBA 1W20A 4XMIA 2EF6A 1NNBA 1MS1A 2YDTA 1FYUA 2D3PA 3LSEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2UURA 2V5DA 3HNYM 3ME2A 1LHOA 4FVKA 4GWJA 3CL0A 1PGSA 4UFKA 5CA6A 1VBB3 1UZVA 5IAVA 4M4RA 4FTBA 1CZVA 1O4ZA 1RVF1 1FATA 3AK0A 4XAEA 3LDRA 1Z4WA 4QN4A 4QN5A 4JGYB 4S2HA 4JGYC 1E5RA 1W3VA 2WO2A 3ATGA 3BTZA 1JYIA 2TBVA 4R9DA 3NVCA 5FYCA 3WG2A 5JSRA 2VNOA 5FZBA 3SLIA 4XTPA 5JOXA 1H1AA 5DMYA 1EAH2 1YLLA 1GSLA 1PK6B 1VB2A 2D97A 4QMAA 4IERA 4M0HA 1TEIA 2RE9A 2XQRA 2D5HA 3V64A 4S2FA 3THTA 4XUQA 4CPBD 5FUPA 4AEDC 3I7DA 1NNCA 1O3TA 1IOAA 1EY2A 4BDVB 1ENSA 1OI6A 1SBEA 3ZXAC 1ODMA 4ASCA 5F3IA 2FBEA 1WCDJ 4HSLA 5FMDA 3FW0A 4MWRA 4UW3A 1X2RA 3CLPA 1U5ZA 4DRVA 2F11A 3ALXA 3H6JA 3S94A 4GH4B 4CPYA 4EQVA 5A3TA 3FUOA 3KGZA 4A7YA 4MGZE 4HKOA 1BZWA 2P4EA 2OZ6A 4C91A 4MSVA 4Q1PA 5KHHA 4FXGB 1QGLA 3MF9A 2WO7A 3OG2A 1ACCA 1HRV2 4LBQA 5FY9A 1NCQC 4PCRA 4DOUA 3H8RA 1NPEA 2DTWA 2QWDA 1AR61 3CIHA 4JV4A 2EXJA 4AFCA 4D6RA 1HQNA 1X8MA 2VXRA 3K3NA 4IV1A 4Y5TA 3VKLA 1HQLA 5A6XA 4ONUA 3R4DB 4IFJA 3KT7A 2KD7A 3G4HA 3ABZA 2F17A 4H53A 2E6VA 5T55A 1LGBA 2V73A 5C8CB 1L7FA 4HW6A 1E5HA 1CIYA 2BRTA 4XPVA 1K12A 1UZYA 1MS9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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