4YZ3A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, in complex with oseltamivir.
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
657
structure length
654
Chain Sequence
TPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Neuraminidase
publication title Crystal Structure of Streptococcus pneumoniae NanC.
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4
total genus 194
structure length 654
sequence length 657
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz3A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz3A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz3A02
4YG0A 1NCDN 1YRZA 2PHXA 3I8TA 1AZDA 2EIGA 2A7AA 4HANA 2RHPA 5B2CA 1S0IA 2GMEA 1Z4WA 3B00A 1BKZA 1XQNA 3ALWA 1FAYA 1XOEA 3K39A 5SV8A 1GLHA 3VUOA 1NSCA 3T1MA 1NN2A 2BERA 3ILFA 2C4LA 5JYYA 2TEPA 1QMJA 2GNMA 3OY8A 4M3CF 2A70A 1LCLA 3SANA 2F26A 2HYKA 2W5NA 3A4UA 1NCCN 5CAZA 4KS1A 3JUUA 2VW0A 4R9DA 4WEFA 2HT5A 3NV3A 1LOFC 1DQ5A 3WUDA 2DU0A 3PMEA 4UW3A 1MS3A 1F31A 1LOCA 4BLJA 3ZYRA 2D6MA 4XMIA 1QU0A 1UN1A 1IVEA 3K38A 1U0AA 1JHNA 4DS0A 5B2DA 3R4UA 2P3KA 4AGRA 1UAIA 3N7MA 5GZDA 1LECA 3OPZA 3WZ1A 4CRQA 3ZPYA 3SLIA 1BQPA 2Q5TA 3TI6A 3WLUA 2EXHA 3TI8A 1OQ1A 2EALA 3MW4A 3BTAA 2WSUA 2DVGA 5LK5A 4CPZA 3ZXEA 4B7RA 1W6OA 2PELA 4UW4A 3W59A 3MW2A 1MS5A 2CWMA 2HT8A 2PHFA 4YM3A 5M1ZA 1WD3A 3RMXA 4NOTA 4C1XA 4ISRA 3M3EA 5DZEA 2JDZA 4MZAA 1BJIA 3AYDA 4XTMA 1YIFA 2R16A 1S0BA 2NMNA 1LEMA 1LOGA 3SALA 2GALA 4P14A 1IVDA 3UJOA 3T2TA 1CIWA 2XZJA 2EF6A 3ZSMA 1CQ9A 1ZM1A 1V0ZA 3H0OA 4DGRA 1IS4A 1QNWA 1VAVA 1H30A 1FX5A 5HCBA 4Q27A 5DXDA 2FMDA 4PBOA 3ALXA 1W8NA 3FUOA 1DQ0A 2ZHMA 2DURA 3A0KA 2VK6A 3INBA 4MWJA 5BYNA 2W52A 1C1LA 1YI7A 2DVBA 3SH3A 3W09A 1IS5A 2XG3A 4XZPA 3ZVXA 1SACA 4PCRA 2WNEA 4P9WA 2OUJA 2VK7A 3O0WA 5F5QA 1EUUA 3H72A 1AX2A 1FV3A 1OFSA 3VKOA 1KJRA 2ZGLA 2JKBA 4GA9A 4AWDA 4XJQA 4ATEA 4I30A 2AREA 1URXA 4K1KA 4AYUA 1S1AA 2V73A 3ZXFA 4J9TA 1IVFA 3VV1A 5KXEA 1LGBA 2A6XA 2BATA 1SLIA 1ONAA 3ILRA 1E8TA 3AYEA 1GANA 4QNPA 3N35A 1V0FA 3NN9A 2ZAAA 2ZHKA 4YZ3A 1NCAN 4XILA 2GNTA 2DYCA 1VAMA 3CKZA 4LBOA 4YLZA 2DUQA 4MJUA 1G9AA 1V3DA 1S0EA 1LHOA 1BXHA 4X47A 1MZ6A 1EURA 1SO7A 4Q1PA 2QWFA 4YW2A 3TAYA 2QWAA 1KQRA 4C1WA 4FOQA 2E51A 4JRAA 1ULEA 3APBA 2I2SA 1DGLA 1G9FA 4DQAA 1C4RA 3GVKA 1AJOA 1Z4ZA 4NCSA 1RINA 2GNBA 3POYA 1V2IA 4HZWA 2ZBJA 3AZWA 4YFZA 4CPOA 4XIKA 2QWGA 1ENSA 3FLPA 3CL0A 2ZA9A 3AP9A 1SNTA 5H9RA 3VKFC 1JW6A 2JE9A 1W6PA 1W1XA 1INWA 1ENQA 1G86A 1L7GA 1LULA 2D3SA 3ASIA 4NO4A 4YGDA 4R9CA 2HTYA 1VIWB 1NNCA 3ZXJA 2JJ6A 2D3PA 2QWHA 5EXOA 2R0FA 4LBJA 4M3MA 5JOXA 1V6MA 1LU1A 4H52A 2P34A 3AK0A 3IN9A 5CBLA 4RA0A 1UL9A 2C9AA 4HZXA 3B69A 1CPNA 2DU1A 4ASMB 4UF7A 4GJTA 3UL2A 3IPVB 1QGLA 4KS3A 1HDKA 4H55A 4JCKA 4YGEA 1FYUA 1V6KA 1X50A 2HTQA 4XJ9A 4K1JA 2A75A 2A6YA 1B09A 2DTWA 1INHA 4YW4A 1N1YA 4YW1A 2PHWA 2HTWA 2XZKA 1GNZA 2F28A 1Z4YA 3POSA 1WLDA 4BLIA 4FPYA 3AX4A 1MS9A 2PHUA 4GZXA 1G9CA 2ZMLA 1QKQA 2ZB5A 3FLTA 2W20A 4AGGA 2GMPA 1CESA 3ZYPA 1AVBA 2ZGTA 1V6NA 3NV2A 3IKWA 3SH5A 1GZWA 4Q8LA 3LCPA 3WVJA 2ZGOA 3O12A 3I4IA 1DIWA 4LBNA 4AVTA 2ZGUA 1LJ7A 3PJQA 2JE7A 2QWIA 5DZGA 2A71A 1SBDA 3WNXA 1WLCA 4B7QA 1V3EA 2QWEA 1S0DA 3AXEA 3W58A 2ARXA 2ZZJA 5IK4A 3RS6A 3WDUA 2R1DA 2ZACA 3M3OA 2NZ9A 1W0PA 3WG1A 3SILA 1V00A 5GZGA 1F5FA 4H53A 3IM0A 4FP3A 1SLBA 1PZ9A 1BJQA 4MYEA 5JOWA 4CPLA 3M3QA 4MWUA 3TI5A 3TIBA 1ULDA 1DQ6A 1C57A 4XJRA 3INAA 4QN4A 1Q8SA 2VW1A 1NMBN 4CTEA 3A72A 2DVDA 4Z8BA 1GZWB 4GZQA 2D6KA 3WDXA 2BF6A 4MX0A 3D5OA 1E8VA 5H9PA 3HR9A 4FVKA 2VU9A 1LHVA 4GZWA 2F24A 2WT1A 1DYKA 3O0XA 1N47A 1ULFA 1G9BA 1KDMA 1Q8PA 4MWRA 4GDIA 2SILA 4KS5A 1GV9A 2DTYA 2P3IA 5FREA 4HZYA 5GZFA 4FQ4A 4RL7A 2FHRA 1QOOA 2HTRA 4YW3A 5FRAA 5EYYA 1Q8OA 4YFWA 1ZA4A 1JYCA 5DZFA 4B7MA 1LEDA 2AGSA 1NXD1 3M1HA 2ZABA 3ENRA 3D6EA 4U36A 2VXRA 4XXAA 4HZVA 4GKYA 2D3RA 4K1IA 5T5JA 1I3HA 1AJKA 4B7NA 1INXA 5DUVA 1MS8A 5CA6A 4Q2FA 3B9CA 3TI3A 1R1ZA 3B01A 2YA8A 1AX0A 3N7LA 4HIZA 4R9AA 1KITA 1UPSA 2OW4A 1SCRA 3N7JA 2DUOA 2ZHNA 3JU4A 2YA5A 2EXIA 5IUQA 1SBFA 5H9SA 4CPMA 5T54A 1SFYA 1DIMA 1INFA 1V6IA 7NN9A 1LHUA 3D12A 1H9PA 4BMBA 1V3CA 1NLSA 2ZGPA 2F10A 3V0BA 5DUXA 5JOYA 5GZCA 1JXNA 4FPKA 1UMZA 3ZXLA 4GXLA 1GICA 5HX0A 4QN5A 3RG0A 2R0HA 1MS4A 2SLIA 1XOGA 1G8WA 3TB0A 3T1LA 4Y26A 4DFSA 4KS2A 1QOTA 5JMCA 4AVVA 1F8DA 1USXA 2F12A 2YXSA 1WW7A 2ZGMA 1HKDA 3WOGA 4BPZA 1UZYA 4NC5A 3O0VA 3SNMA 2D6LX 3PVNA 3OBRA 4WZFA 2AR6A 4BBWA 2DUPA 4GZSA 1RIRA 3V0BB 1W6MA 1G7YA 1DQ2A 2ES3A 2BQPA 4GDJA 4XHXA 4XJ8A 1V6JA 1GKBA 1CONA 3R05A 3AZXA 1HQLA 2C4AA 1SBEA 2E7TA 4LBQA 4D8SA 4YM0A 3VKMA 1B9VA 3KM5A 4Y22A 1PZ8A 1KJLA 2JECA 1WW5A 4ISQA 1LGNA 4ATFA 1O4ZA 4M00A 2AYHA 2VVZA 1AF9A 1MWEA 1DHKB 4PQ9A 3CYEA 2AUYA 3GALA 5HUNA 2SBAA 1CR7A 2B7YA 2XB6C 2HU0A 3KQRA 5HUKA 1I1EA 4OZXA 4GZTA 5E8AA 1WBLA 2ZGQA 3IPVA 3UJQA 3BODA 1ULCA 1DLLA 3V0AB 3M3CA 3WDYA 1W6MB 5DG1A 1YYNA 5IT6A 4FOYA 4FQZA 1O4YA 1LOBA 4LBQD 1MZ5A 1W20A 2CTVA 4GWMA 1NNAA 2D6NA 3N3HA 4LBQB 4CPYA 4KBBA 4SLIA 1INVA 3TIAA 5EWSA 1GZ9A 4Y1ZA 3LSEA 4GEZA 4Y22B 2D6OX 4YM2A 1W0OA 2ZHLA 2VSKA 5CNAA 1EUTA 5IK5A 2ZGSA 2R1BA 3AP6A 4QN6A 5GLUA 2ZGKA 4FPLA 4JF7A 3LSDA 1HQWA 1B9SA 2YDTA 1V6OA 1QDCA 4FPHA 3DUIA 2XCYA 1KRIA 2WLQA 2UWCA 1N3PA 6NN9A 1CVNA 1MVEA 4FJ6A 1J1TA 5JDBA 2WQZC 1W6QA 1WLWA 2GN3A 4UW6A 3POWA 3GNEA 1NSBA 2W5OA 4Y1UA 2WJSA 2D44A 4FVVA 2VK5A 5JVVA 2ZKNA 4W65A 4XJWA 4M3CE 1Z0HA 4AGVA 2D6PA 5AVAA 4HL0A 1Z78A 1WW6A 1DZQA 2ARBA 4YZ4A 3ILNA 2CNAA 4GB1A 4Q8KA 1SLCA 3TI4A 2UWAA 4PBPA 3V64A 1N3OA 5HUMA 1NNBA 1WCQA 2HU4A 1QDOA 2WT0A 2WSVA 3QLQA 3JU9A 1SLTA 2UU8A 2YDPA 1Z4XA 1LOEA 3NWKA 4XBQA 1D0HA 4ZKTB 1V6LA 1GBGA 4CPNA 1F8EA 3AP7A 1Q8VA 5T5LA 2YA7A 1GNHA 3ZXKA 3V65A 1Q8QA 2CL2A 3USUA 4XJZA 1IOAA 1W6QB 2CYFA 2VW2A 4FPJA 1JN2P 4FPOB 5T5PA 4X6KA 1LOFA 1MS0A 1AXZA 1F8CA 2GNDA 4WEGA 4HZZA 4XJUA 3RRDA 1GSLA 4GZOA 1LGCA 3SITA 4Y20A 4MWLA 2NM1A 4FPGA 4MWWA 3O5SA 1H9WA 2ZMNA 2PHTA 3AFKA 4K1HA 3OGGA 3H6JA 1W8OA 2CY6A 1B9TA 3BIWE 2OVUA 2W38A 1WBFA 5JLVA 2HTUA 2BZDA 4Q26A 1S0GA 4FZHA 1AX1A 3CL2A 2DVAA 4I00A 5T55A 2F0ZA 2E7QA 3O9JA 4Y1XA 1N1SA 4TZDA 1INYA 1SCSA 1DQ1A 2NMOA 4YM1A 3USUB 1LESA 3M2MA 3HMYA 1S0FA 2D7FA 4D69A 5KXDA 4GALA 5GLTA 2B8HA 1G9DA 3D4KA 2VUAA 1FNYA 3PVOA 4FP2A 3AP4A 4LBLA 2EXJA 3WCSA 3HN1A 3DGTA 4M4VA 4FPEA 2RKCA 1LHNA 3SH4A 2YROA 5GM0A 4P9XA 2LALA 4Y20B 2E53A 2E6VA 3AZVA 1AXYA 1Z50A 2AENA 4WVWA 5E88A 1QOSA 4IQPA 1DILA 3D11A 4M4NA 4B7JA 3GVLA 2D43A 5JOZA 2ZB6A 1MVQA 2HTVA 2P2KA 3VKLA 1FV2A 1A14N 3FFZA 3N36A 1NMCA 4Y1VA 5T5OA 1DYPA 2ENRA 1UKGA 3RQ0A 3WDWA 4YGCA 5KXBA 3AYAA 2ZMKA 3QCWA 1W6NA 2QWDA 2C5DA 1A3KA 1IVBA 3WHTA 3WG3A 4U2AA 4K21A 1S0JA 4LBKA 1APNA 2A6WA 1LODA 1LHWA 3MEPA 2NP0A 2P3JA 4K20A 1IS6A 1GYKA 1IS3A 2GN7A 4BQ1A 1L7FA 4GWNA 4DRVA 1WW4A 1Q56A 3OY8B 4FOWA 1BYHA 1S0CA 1LOAA 3N7KA 3RMYA 4XOGA 2VWDA 2VSMA 2F27A 4ZXKA 2AEQA 3NV1A 1TEIA 1IVGA 4GZPA 2A6ZA 3NSSA 3AZZA 1CPMA 4GKXA 4KS4A 1N1VA 1UX6A 2QWJA 2G4IA 2WT2A 3BOPA 1YO8A 4MZEA 2A6VA 4XJAA 1JOJA 5T50A 1EUSA 1D2SA 3A0NA 2NN8A 1NMAN 2EXKA 1JYIA 2WKKA 4K1YA 3H73A 4MJVA 5H9QA 1W6NB 2CMLA 1N3QA 4XYXA 1LU2A 4L8QA 3ZSJA 3V0AA 5CB7A 1VCJA 1W6OB 5IK8A 4Q1RA 3WG2A 3FBYA 2HT7A 2PHRA 2EAKA 1MR5A 1NCBN 3O9KA 3H71A 2R49A 3MPPG 3WDVA 1E8UA 1GZCA 4M3CA 2F29A 4YZ1A 1YXWA 1HLCA 3AJZA 1A78A 4X49A 5DUWA 4YW5A 3ZSKA 2QWKA 5GJ6A 3NV4A 3CNAA 2DVFA 1VLNA 3A71A 3WUCA 4XBNA 1F8BA 3OYWA 5EYXA 5E89A 3AXDA 4M01A 5GLZA 3B3QE 5DG2A 4DRRA 1EPWA 4MWYA 1L7HA 4QN3A 4JC1A 4BMEA 2A3XA 1USRA 4XDQA 2UWBA 4XIOA 3AYCA 2YMZA 4XBLA 1N1TA 2F13A 2ERFA 4QN7A 4LBMA 2W39A 4MWVA 4FOVA 3AZYA 5DUUA 1BZWA 1W21A 4WV8A 1PZ7A 1QF3A 2YZ4A 5GALA 2F11A 1DFQA 2KM2A 2AEPA 2VH9A 2QWCA 2H0BA 3SISA 4Y24A 4TYSA 3L2YA 2Z42A 3GVJA 3U4XA 1LTEA 4YZ2A 2YY1A 3VKNA 4M3CB 1JUIA 2GDFA 4XE9A 5T52A 2YV8A 4BM8A 1A4QA 4MC7A 2A3WA 1DBNA 1ENRA 4FPCA 1ULGA 2XZIA 1FNZA 3OYWB 1AXKA 4X4AA 3B7EA 1A4GA 4F83A 1JBCA 4YZ5A 1IKQA 3R4SA 3TICA 4YG6A 1Y7BA 3WDTA 1LENA 1V3BA 3UK9A 1UZZA 5GLWA 4DPNA 1C1FA 1FATA 2OUHA 3ZSLA 3K36A 1VALA 1CJPA 1VCUA 3FUQA 3T1EA 4K3YA 2DV9A 2CWSA 2DWRA 4WVVA 5GLVA 4R9BA 1Z4VA 4XMAA 4XTPA 3WV6A 3MW3A 3ATGA 4NN9A 4XXPA 4MWXA 1RITA 5HCFA 2X9MA 4M4UA 2JD4A 1INGA 3K37A 1F9KA 3C2UA 1IKPA 4UW5A 2AH2A 3PVEA 3RSJA 2A3YA 1SLAA 4WA5A 1IVCA 4YG3A 1W6PB 4YGBA 1KDKA 2A5ZA 2YA6A 1WD4A 3IMNA 2GMMA 5IK7A 4FPFA 2VY0A 3AJYA 4PF5A 3K3AA 3OBTA 2YA4A 5KXCA 4MWQA 4WA3A 5L73A 3AP5A 4K1ZA 5F9TA 4ITCA 3BEQA 4Y1YA 2V5YA 2LTNA 4BOWA 4Q6KA 1WUVA 1SLLA 2W68A 1CN1A 2NYYA 2W08A 3WG4A 5HCAA 1WCSA 5HUGA 5NN9A 2QWBA 2ZGNA 1V0EA 3FLRA 3OJBA 3WCRA 3Q9OA 4AVSA 5GZEA 1QNYA 2P37A 1MACA 2F25A 1OKQA 2ZGRA 1A8DA 1NSDA 4P9YA 4XHBA 4WA4A 2UURA 4CZSA 2SIMA 3WHUA 1DQ4A 1MS1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IESA 2WOZA 2WS92 5FP8A 4J25A 1OQEA 1R1A3 2QQMA 4YG0A 1OLMA 1HB3A 3JB8A 4URAA 3RZHA 4OZOA 2OQ6A 1NCDN 1XE8A 2X5IC 1VMJA 3J4UH 2BTVC 3FW0A 3RGBA 1FMD3 3N9PA 5B2GB 2B45X 4MXVA 4AHXA 1YRZA 1IGOA 5FZKA 1BLZA 4IE0A 4QWNA 4DINB 5D9CA 1X2RA 1AYN2 2PHXA 3I8TA 4LO8A 1H2KA 5A70A 5FFOC 1ZI0A 1AZDA 2EIGA 2A7AA 1ND3B 2XJUA 3AMMA 4A3ZA 3L2HA 4Q1UA 4S2GA 1AHSA 4HANA 4AI9A 1XSRA 5J3UA 5B4NA 4PT6A 1SFPA 4LA2A 2RHPA 1H0BA 5B2CA 1HB2A 1S0IA 2JDUA 1JU4A 4G4FA 1NT0A 4OHZA 4Z2AA 3JD72 2Y6GA 3DPRA 3EQEA 4QU2A 2QE8A 1VBB1 4GN9A 3V64C 4CCJA 2GMEA 5FWJA 2MPFA 4BQWA 3MIDA 3R0RA 4PI0A 4TTGA 4DEVA 2C4XA 3HQRA 4P02B 1NXMA 1Z4WA 4QGMA 5F39A 3GJAA 3B00A 4LO6B 1BKZA 5TSWA 3G4EA 1JOPA 4DG6A 1XQNA 3ALWA 4X6QB 1FAYA 4PWZA 1XOEA 5A6QA 4D52C 3K39A 1VBE1 2N7GA 1JS9A 4L0PA 1VRH2 1GLHA 1NZIA 5SV8A 1V70A 2RJLA 4PIYA 3VUOA 3AL5A 4FTSA 1NSCA 1QJY2 1O5LA 3PIGA 3ROUA 2IVIB 3T1MA 3KT4A 1WMFA 3OGRA 4FAHA 1NN2A 1ASJ3 1QXJA 1W9WA 1Y9QA 2BERA 2DCTA 3ILFA 5LCWL 4XUOA 1YFXA 3Q8FA 2YGMA 5DDJ3 3SKVA 3VBSB 2WO2A 1RUC1 2FZ2A 2TEPA 2YC0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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