4YZ4A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, in complex with n-acetylneuraminic acid.
Total Genus 199
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
199
sequence length
658
structure length
655
Chain Sequence
NTPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFEKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase, NanC
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 199
structure length 655
sequence length 658
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz4A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz4A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz4A02
3UJOA 1GKBA 1V0ZA 1GZWB 3MEPA 3TIBA 1INHA 3AZXA 4WV8A 5DZGA 5T52A 1WUVA 4QN3A 1LEMA 1VLNA 3H0OA 1YYNA 2F12A 4FPCA 4B7JA 4M00A 3FUQA 5DUXA 1QNWA 2EXHA 1Z4YA 2D6KA 1IS4A 3FBYA 3SH3A 1UAIA 5JDBA 2P34A 2PHFA 1G9FA 4M4VA 1S0CA 3D11A 2DUPA 1N3OA 3APBA 1DIMA 1IKPA 2F13A 2OUHA 2QWFA 3VKOA 1V3EA 1MS1A 5DG2A 2XZIA 4FPEA 3PJQA 3K39A 1WLDA 1KRIA 2ZGSA 1H9WA 4ATEA 2V73A 2WT0A 5HUNA 3UJQA 1WBLA 1CPNA 5H9PA 5CBLA 3WCRA 4FPLA 4XIKA 4MWWA 2QWIA 1ULEA 3K37A 3LCPA 1LESA 5JVVA 5DUVA 2GNMA 4XTPA 1F8BA 5GLZA 4LBMA 4LBLA 2XZKA 2ZGLA 3N7KA 3WG1A 4PBOA 1W6PB 2D6MA 4BBWA 4HZYA 2EIGA 4M3CF 4HZXA 3TIAA 2LTNA 1D2SA 2Q5TA 1W6QB 1DFQA 4FJ6A 4XMAA 1W6PA 1JN2P 3V0BA 1A4QA 5IUQA 4U36A 2ZHLA 4K20A 4XTMA 4Y1ZA 1AX2A 2A5ZA 2QWCA 2BZDA 5FRAA 3NV2A 1CPMA 2VWDA 1SLIA 3WVJA 3I4IA 1DQ2A 4Q1RA 4AVSA 2F10A 2NP0A 4YZ1A 4FVKA 3N35A 1EUTA 5HUGA 4Y20B 3AJYA 1G9AA 2GN7A 4MWXA 1HLCA 2VW2A 5L73A 2YY1A 1S0BA 3HN1A 4MZAA 1NSDA 1WW7A 2YDPA 4XZPA 1MS5A 3OPZA 1S0GA 2ZHNA 4UF7A 2ARXA 2A3YA 1VAVA 3WUDA 4KS4A 5M1ZA 4M3CE 1NNBA 4WZFA 2AGSA 2ZMKA 2ENRA 1DILA 2BERA 2W38A 1GNZA 1BXHA 1HQWA 4FP2A 3BTAA 1DLLA 2A70A 3AP5A 2VK5A 1MS3A 1INVA 1MR5A 3ZXLA 3V0AA 4R9BA 2ZGUA 2AUYA 2WKKA 3B01A 4L8QA 3FFZA 3AZZA 1UX6A 1FV3A 1DGLA 4OZXA 4GZSA 2AYHA 4H52A 2NMOA 2C4LA 1N1TA 1NMBN 3CL0A 4XMIA 1DBNA 4NN9A 3AJZA 1FAYA 4M3MA 2ZGPA 1LHOA 2GMPA 2W5OA 1J1TA 3USUB 2HT8A 2Z42A 3O5SA 1GANA 4K1KA 1G86A 1W6OB 2WNEA 1LOCA 1W6NB 4FOWA 2WSUA 2SBAA 1XOEA 3AX4A 1YIFA 1A3KA 2CYFA 2DWRA 3USUA 1FV2A 3WLUA 1UL9A 4LBKA 4Y1UA 1W8NA 2AH2A 2QWBA 4XE9A 2A6ZA 2HYKA 2HTQA 4JF7A 4UW3A 4YFZA 1SBFA 1AJKA 1EUSA 2YV8A 4R9DA 2EXIA 1CJPA 1L7GA 2YMZA 1V0FA 1WD3A 2UWCA 4GDJA 3D4KA 4LBQA 4GZPA 2D3SA 1LHVA 3NN9A 4ISRA 1USXA 4GJTA 3AP7A 1VCUA 2DYCA 1C4RA 3MW4A 3MW2A 1NCDN 3AXDA 1S0FA 5H9QA 1A78A 3GVKA 5IK8A 3ILRA 5B2DA 3FUOA 1E8UA 5CB7A 1WBFA 2VSMA 3JU4A 4XJQA 1DQ0A 3R4UA 2B7YA 2GNTA 1LU1A 1NSCA 3H71A 2VK6A 1G8WA 5CAZA 2DVDA 3ZSLA 2OUJA 1F8EA 3WHTA 3TI6A 5IK4A 4XBNA 4MC7A 3SALA 4GWMA 3W09A 1LU2A 4GA9A 4YGBA 4YFWA 4BMBA 2DU0A 4CZSA 3TAYA 2YA4A 2UURA 2B8HA 1EPWA 3IMNA 4JC1A 4FPYA 2YDTA 3RS6A 1V3DA 1DQ1A 2VXRA 3WHUA 1NMCA 4YG6A 4MWJA 4P14A 1I3HA 3UK9A 1W6MA 1BZWA 1WCSA 1AVBA 3O9JA 2GN3A 5HCFA 1IS6A 2VH9A 4FPKA 2P2KA 4M01A 4Y1VA 3BEQA 3IPVB 4AVVA 1WD4A 2D6PA 3V64A 1Q8QA 3U4XA 3AYDA 2YA5A 4FPOB 2WJSA 1S0IA 2CWSA 4Q8LA 4GB1A 4MWQA 2GDFA 2HTRA 3WDTA 2R16A 1FNZA 4LBOA 2D6LX 1GZCA 1LGCA 2D6OX 1WLWA 4FPJA 1IVEA 1S0EA 1O4ZA 2AEPA 4M4UA 2QWAA 2DUOA 2HTVA 4XJWA 2DV9A 5GLUA 3PVEA 3SLIA 1AZDA 3ATGA 4MYEA 3M2MA 5HUKA 3OJBA 1Z4VA 1QDOA 2PHUA 5JOYA 1V6OA 5NN9A 4FP3A 3INBA 1N1SA 5GALA 3N7LA 4YW1A 3JUUA 3WG4A 3ZYRA 3VUOA 5DUWA 3AZVA 2W68A 1ULGA 2ZMNA 3NV4A 4YZ5A 4HZWA 1A8DA 4BMEA 4HZZA 1DQ4A 1DZQA 4XXAA 4WVVA 4CPLA 4MX0A 2JD4A 5EYYA 2A71A 1LENA 5GJ6A 1EUUA 4GKXA 3FLPA 3A72A 1CONA 3WNXA 2XZJA 5F9TA 2R1BA 3SISA 3O0WA 4H53A 4X49A 2D44A 2HTWA 2ZGTA 4WVWA 4DPNA 1LECA 4GDIA 1SLTA 5FREA 5BYNA 4MWVA 5LK5A 3VKLA 3QCWA 5IK5A 1KJRA 3T1MA 1JOJA 2ZGKA 4U2AA 4K3YA 5GM0A 3ENRA 1TEIA 2WT2A 1NCAN 3O0XA 3ZSKA 1QMJA 5DZFA 2A6YA 2KM2A 4R9CA 3V0BB 4HL0A 1RINA 2ZGNA 1AXKA 1MACA 1CVNA 1NLSA 4IQPA 3RMXA 3L2YA 4PQ9A 2SILA 5T5PA 4MWUA 2YA6A 4DGRA 2EAKA 4YW3A 4Q2FA 1X50A 4DQAA 2YROA 5HX0A 1MZ5A 2LALA 3IN9A 2VK7A 4FQZA 2ZB5A 1MS9A 1VCJA 1GSLA 1IOAA 5H9SA 4P9WA 4PCRA 1UPSA 1KDMA 1Q8PA 5T55A 1DHKB 2TEPA 1QKQA 2DURA 1OQ1A 4F83A 1F5FA 4JCKA 4JRAA 1QF3A 2G4IA 4FPFA 4XILA 4XHBA 1OFSA 1H9PA 2PHXA 3A0KA 1MZ6A 4UW4A 4YM0A 1W21A 1LTEA 3MW3A 4YGDA 4K1ZA 4X4AA 2CTVA 2GALA 3I8TA 1H30A 4K1JA 2SLIA 4TZDA 3H6JA 3ALWA 4DFSA 4B7NA 2R0HA 3OBRA 2A3XA 2DVFA 2PELA 2D7FA 3NWKA 4KBBA 4YG3A 1IS3A 4YG0A 2W5NA 1B9TA 1W0OA 2DTYA 3ZSMA 1GNHA 1WW4A 4P9XA 1ONAA 4UW5A 1C1FA 4Q1PA 1INWA 4HIZA 2D3PA 3V0AB 2QWJA 5KXCA 3SILA 2C9AA 1LOAA 3IM0A 3KQRA 1PZ7A 4NC5A 2R1DA 4Z8BA 1GICA 1QOSA 4ITCA 1Z4XA 2ZGQA 3LSDA 5CA6A 1LOBA 1V3CA 4DRVA 1G9BA 1CIWA 4MWRA 1C1LA 4Q8KA 2D43A 1KDKA 3W59A 1NCCN 2D3RA 1B9VA 4KS1A 3POWA 3AYEA 4GALA 3Q9OA 1SACA 2A6WA 3OY8A 1NXD1 1XOGA 4CTEA 1RITA 1IVCA 3M3OA 1BYHA 3NV3A 2F26A 4Q26A 4X6KA 3WOGA 2C5DA 3RG0A 1W1XA 2VU9A 4Y24A 3KM5A 4XBQA 4YM3A 2XG3A 5KXBA 7NN9A 3TI3A 5JYYA 2JJ6A 4YZ2A 1JBCA 2GMMA 2HT7A 3TI4A 3V65A 2RKCA 3RRDA 1A4GA 4M4NA 3TB0A 3CNAA 1CN1A 4BLJA 4X47A 2ZHKA 3IKWA 2NZ9A 4WEGA 2ZABA 1A14N 2ZMLA 1ENRA 2XB6C 4FOQA 4LBQB 1Z0HA 3W58A 3VKMA 4CPYA 4XJ9A 3PVOA 3GVJA 3AZYA 2C4AA 4MJVA 4R9AA 1LGBA 3OYWA 3QLQA 3O0VA 4RA0A 1JUIA 1NCBN 3R05A 2CWMA 1INGA 2BATA 1SBDA 4MWLA 1Z78A 2NM1A 2JE7A 3FLRA 5GLVA 2HU4A 4FOYA 4AWDA 1S0JA 2UWAA 2HTUA 1INXA 3CYEA 3N3HA 1GBGA 1UZZA 1DYPA 1N3PA 3T1LA 2A3WA 1BJQA 1SLLA 2BQPA 3GALA 3NV1A 3CKZA 4FVVA 2F24A 4XXPA 2ZBJA 2QWDA 3WG3A 1FATA 2DTWA 3ZXJA 2AENA 4BLIA 1KITA 2XCYA 2H0BA 1V6LA 3AP6A 1W6MB 3O12A 2QWHA 4YW2A 4FQ4A 3WUCA 1IVBA 1SLBA 1Q8OA 4CPNA 4Q6KA 1L7HA 2E53A 4YW4A 1V2IA 1E8VA 3WDWA 3DGTA 3N36A 3O9KA 5EWSA 3B00A 1FNYA 4XJRA 3D6EA 1N1VA 2HTYA 1V6NA 4GKYA 3B7EA 5GLTA 3K3AA 3NSSA 4AGVA 1ULCA 1Z4ZA 3RMYA 1Z4WA 3ZXKA 1F31A 1NNCA 1SBEA 2VW0A 1HDKA 2NYYA 4W65A 2W08A 3SNMA 1GYKA 1LOFA 3AFKA 5E8AA 1I1EA 4YGEA 2DUQA 2E7QA 1YO8A 2UWBA 2ZGMA 1APNA 1U0AA 4MWYA 3SH5A 5GZFA 2VW1A 6NN9A 2JECA 4XDQA 1YRZA 1Q56A 1G9CA 2X9MA 4AGGA 1MS0A 2ARBA 1MVEA 1SCRA 5GZCA 3GVLA 3WZ1A 1URXA 4GZOA 2DU1A 4Y22A 1FYUA 2W20A 1MVQA 3M3CA 3WV6A 4ZXKA 2GNBA 4WA4A 2PHTA 4LBQD 1QGLA 4FZHA 3M3QA 2CL2A 4XJZA 2A7AA 4XJUA 1YXWA 4GXLA 3UL2A 4K1IA 1L7FA 1AX1A 4M3CA 2WSVA 3C2UA 5JOWA 4PBPA 3WDYA 1V6MA 4AYUA 4C1WA 2PHRA 4DS0A 4ATFA 4NO4A 1GZWA 5KXDA 1EURA 3TI5A 3AP4A 1G9DA 3AXEA 3AYCA 1XQNA 4LBJA 4AVTA 5DG1A 1V0EA 1S0DA 2ZA9A 4B7MA 4QN7A 3WG2A 1USRA 4B7QA 4I30A 5GZGA 4BOWA 2F0ZA 1MS8A 3A4UA 2R49A 4Y1XA 2DVBA 1ENQA 4SLIA 4D69A 1B9SA 1G7YA 4QN4A 2EF6A 3SANA 2F28A 3OBTA 2QWGA 4MZEA 5DUUA 3VV1A 1AJOA 1RIRA 4ISQA 1LOGA 2ZB6A 5HCBA 4CPOA 5JOZA 5E89A 5T54A 1UMZA 2P3IA 4BPZA 5DXDA 3K36A 2F25A 4YM1A 1WLCA 1W20A 4HANA 3BODA 2CMLA 5GZDA 1IS5A 5E88A 2YA7A 4WA5A 2WT1A 2AEQA 2W52A 5JOXA 2QWEA 1ULDA 3PMEA 3WDUA 4K1YA 5HCAA 2NN8A 2UU8A 2ZGRA 1DQ6A 4XIOA 4TYSA 3ZSJA 2E6VA 1V6IA 3N7MA 2ZKNA 1N47A 3ZVXA 1JYIA 4UW6A 3T2TA 2F27A 4FPGA 1QU0A 2OW4A 1BKZA 3HMYA 2YA8A 4NCSA 3ZYPA 1W6QA 4KS5A 4YM2A 5CNAA 3VKFC 5IT6A 1MS4A 5T5JA 2ZHMA 2EXJA 1B09A 1DIWA 1HQLA 1DQ5A 4GEZA 4QNPA 2HU0A 4MJUA 3POYA 4YLZA 3AZWA 1D0HA 3D12A 1LHNA 1F9KA 1QNYA 1INFA 4Y26A 1WW6A 1LHWA 1BQPA 3B9CA 3POSA 1AXYA 3GNEA 4FOVA 4I00A 1SLCA 4Y20A 1ZM1A 3N7JA 1Q8SA 2VUAA 5B2CA 3B69A 2YZ4A 2D6NA 1V6KA 2WQZC 1JYCA 5T5LA 3OY8B 1F8DA 5EYXA 3TICA 1ENSA 1LEDA 2R0FA 2CNAA 1WCQA 3LSEA 5HUMA 3WDXA 4GZTA 4DRRA 1UKGA 3RQ0A 4ASMB 3CL2A 2GMEA 2VY0A 2GNDA 3OGGA 5GLWA 1Y7BA 1R1ZA 3A71A 3BIWE 2E7TA 1CESA 4BQ1A 3ZPYA 1CR7A 1N1YA 2DVAA 2SIMA 3M1HA 1YI7A 1C57A 1V6JA 1Q8VA 1VALA 1F8CA 4GWNA 3AYAA 1W0PA 1QDCA 1S1AA 1DYKA 1Z50A 3DUIA 3WDVA 1KJLA 3BOPA 5F5QA 5GZEA 2QWKA 4YW5A 1LOFC 5IK7A 1UN1A 1V00A 4YZ3A 4QN6A 2CY6A 3HR9A 2ZACA 4H55A 3OYWB 2P3KA 1ZA4A 1PZ8A 2A6XA 4XBLA 1JHNA 1O4YA 1SNTA 1MWEA 1NMAN 4Q27A 1W6OA 3ASIA 1VIWB 4WEFA 1LODA 1W6NA 3TI8A 3VKNA 1AF9A 1AXZA 1BJIA 5H9RA 3M3EA 3WCSA 4FPHA 4RL7A 4HZVA 4XJAA 1LCLA 2I2SA 1PZ9A 4QN5A 1FX5A 3D5OA 3FLTA 4CPMA 4CRQA 2E51A 4K21A 1IVDA 3ZXFA 4K1HA 3JU9A 2WLQA 1LGNA 3INAA 2RHPA 1ULFA 3K38A 1NN2A 1JW6A 5DZEA 1GZ9A 1CQ9A 5T50A 1WW5A 4XYXA 2A6VA 2ZGOA 2F11A 4XJ8A 4AGRA 2FHRA 3H72A 2VSKA 2AREA 1UZYA 1VAMA 1QOOA 5EXOA 1IVGA 2PHWA 2HT5A 3AK0A 5JMCA 2BF6A 5JLVA 2OVUA 1SLAA 4D8SA 4LBNA 4WA3A 1INYA 2F29A 2VVZA 2FMDA 4GZWA 4KS3A 1GLHA 4BM8A 2P37A 4CPZA 4NOTA 4B7RA 2YXSA 1V3BA 2P3JA 1LJ7A 4J9TA 2ZZJA 1QOTA 2AR6A 1OKQA 2V5YA 1IVFA 2EXKA 5T5OA 3ALXA 3R4SA 1JXNA 5SV8A 4XHXA 1KQRA 1LOEA 3ZXEA 1NNAA 3H73A 4YZ4A 4ZKTB 1NSBA 4GZXA 3ILNA 2EALA 1SO7A 1N3QA 2A75A 2ES3A 3SH4A 1IKQA 4P9YA 2W39A 3PVNA 4C1XA 4KS2A 2JDZA 3RSJA 2JKBA 3B3QE 1SCSA 2JE9A 4Y22B 5KXEA 3ILFA 1E8TA 2ERFA 4GZQA 4XOGA 3SITA 3IPVA 3MPPG 5AVAA 3A0NA 2DVGA 4YGCA 1SFYA 1LULA 3AP9A 1AX0A 4Y1YA 4M3CB 3T1EA 1LHUA 1W8OA 2NMNA 1GV9A 2ZAAA 1HKDA 4PF5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NLRA 3UJOA 1GKBA 1V0ZA 3N9PA 4HN0A 1RUJ2 1J1LA 1GZWB 1ST8A 1GWMA 3ZGDA 2V5DA 3MEPA 1RL3A 3VBRC 2HWE1 3TIBA 5ACA1 4FFIA 1INHA 3VBSA 2JX9A 3NQHA 5CVRA 3AZXA 3PDQA 4RHV1 4WV8A 1H4HA 2PFWA 2XXZA 1QJY3 2WABA 4JGZA 5DZGA 4YPJA 2XBO1 2PAKA 5T52A 4GH4B 4A7KA 4ASLA 4ARYA 4CH9A 1YQ5A 1WUVA 3NNFA 1CAWB 3UKNA 4HKOA 4QGLA 5BNPB 1PMHX 1LEMA 4QN3A 1O4TA 5JXGA 1VLNA 2BVVA 1FMD1 2Q8DA 4EWEA 3S57A 3DECA 2P6HA 3H0OA 1W0NA 3LDKA 4Z82A 3SOBB 1NYWA 3KWVA 3ETQA 2V4AA 4FTBA 5A32B 2RM22 5FXVA 1NCQC 1YYNA 2VBDA 3UGFA 4FPCA 1XPWA 2F12A 1QJEA 4B7JA 4M00A 2QQKA 3FUQA 5DUXA 2YPDA 1UO9A 1QNWA 2EXHA 4FO9A 1O3SA 1ACCA 2D6KA 4O61A 1D2QA 4FT8A 3FX3A 4JDMA 3ZYHA 1IS4A 2K0GA 3W21A 1VB4A 4GMP0 2HWB2 3FBYA 3SH3A 3FVZA 2AACA 1W3XA 4MHUA 2QQMA 1UAIA 1K3IA 3U78A 5JDBA 3UGGA 2P34A 5F3IA 3TWIA 1EP0A 4N8MA 5BNPA 2PHFA 1OOPB 1G9FA 2VOTA 4M4VA 2VD7A 1S0CA 1VJ2A 3Q8EA 3J7NA 4QQPA 2XHKA 1RWLA 4IL7A 5FZEA 3D11A 1AL23 2DUPA 1ZA7A 4JZRA 1N3OA 3APBA 3GJAA 2PAEA 2ADEA 3BPZA 4GWJA 4WVMB 1AR62 1F8VA 1GOGA 4NHXA 5A3MA 2RMU3 3BOWA 5B2GB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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