4YZ4A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, in complex with n-acetylneuraminic acid.
Total Genus 199
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
199
sequence length
658
structure length
655
Chain Sequence
NTPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFEKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase, NanC
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 199
structure length 655
sequence length 658
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz4A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz4A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz4A02
2QWKA 1NMAN 4HL0A 4XOGA 4GALA 1V6NA 3WDYA 2XZJA 2VSMA 2ZGTA 3POWA 4Q8LA 1ENRA 4Y1XA 1AJKA 1WW6A 4LBKA 2R1DA 3MEPA 4TZDA 3SH4A 1IVGA 1V6IA 3KM5A 4FPEA 5GZCA 1SBDA 4CZSA 2A70A 4AVVA 4XJUA 3USUA 4M4NA 3B01A 3OY8B 2ZHKA 4FPOB 4UF7A 1LTEA 5FRAA 1G9FA 2ZMLA 3O12A 4KS4A 1YIFA 1ZM1A 5GZFA 4WA5A 5CNAA 1PZ7A 4MWVA 4DQAA 2WSUA 1B9SA 3FLTA 1LGBA 4WVWA 2DTYA 1GZCA 5T52A 4WA4A 2VK7A 1L7HA 4UW6A 5GZEA 4XZPA 1S1AA 1F8EA 1N47A 1VLNA 4XHBA 3ASIA 4B7NA 1UN1A 3VKNA 3O0VA 1W8NA 1ULEA 3AX4A 2RKCA 4MWYA 5DUUA 3AZWA 4YW1A 5B2DA 3UJQA 4L8QA 1Q56A 5GLVA 3NWKA 3JU4A 2PHFA 4X47A 4XDQA 4ATFA 1NSCA 5IT6A 3AYAA 4U36A 1F8BA 1Z4VA 4YG0A 1ULGA 2HT5A 1AX1A 2XB6C 1W6OB 2R1BA 1QNYA 1QGLA 4C1XA 1NNCA 1INVA 1LU1A 5JLVA 3TI8A 1W6MA 2A3XA 3AP9A 1LOEA 5T5LA 1NSBA 1S0IA 1RIRA 1URXA 2WT2A 4XJAA 4XXPA 3ENRA 1GZ9A 3QCWA 1F8CA 4TYSA 2BF6A 3H72A 1UZZA 4DPNA 1QNWA 2R16A 1V3DA 5GM0A 2QWEA 3OGGA 3M2MA 5SV8A 2VK5A 2FMDA 1KITA 3WDVA 3AYEA 1DFQA 2A6YA 2YA8A 2F28A 1QMJA 2JD4A 2ZGKA 3AZZA 5T54A 1N3QA 4R9BA 3H0OA 1OKQA 1KDMA 2AREA 1JOJA 3JUUA 3SALA 1ENQA 3AJYA 3RSJA 1HDKA 1W6QA 1MZ6A 5H9PA 3N7JA 4MZEA 1A14N 1YI7A 1QOTA 3NV1A 4HZVA 1WCSA 5KXCA 1SFYA 4Q1PA 2EAKA 4P9XA 1BJQA 3TICA 1KJLA 3IKWA 4K1IA 1C1FA 1VAVA 2YMZA 3MW3A 5DZEA 2A71A 1DQ4A 3DGTA 1LOGA 3ZYRA 3WDTA 2D6MA 1N1TA 2JE7A 2ERFA 4HZXA 2D6LX 2PHWA 4LBQD 1IKPA 3TI3A 1UPSA 2LTNA 1V0ZA 1CVNA 3SH3A 4FPYA 3UL2A 2Z42A 1WLCA 3WOGA 4BMEA 4OZXA 4K1JA 5AVAA 3IM0A 3MW2A 2DTWA 4ASMB 2ZMNA 1V6JA 2V5YA 2F29A 1WW7A 5IUQA 2KM2A 1HLCA 4CPOA 3HR9A 4YFWA 4GDIA 4XXAA 3RS6A 2GNMA 3AZVA 3IPVB 2VWDA 2HTVA 4MJVA 5HUKA 1NLSA 2UWAA 2PHRA 1INFA 4X49A 1A3KA 4Z8BA 4IQPA 5JVVA 4PBOA 3V0BA 3INBA 1A4QA 4PBPA 3KQRA 1AXYA 5HUGA 1G9CA 1GZWB 1G9DA 1FATA 4KBBA 2ZAAA 5KXDA 2A3YA 1FAYA 1INWA 4YGDA 3V0AB 5HCAA 4K21A 5T5OA 2EALA 4B7MA 2VW1A 1VAMA 1BYHA 2YV8A 1DBNA 1GYKA 3CL0A 4DFSA 3WCRA 2R0FA 2AENA 3O9JA 4FP3A 2JKBA 4LBOA 1WLWA 2BZDA 3ZSJA 3WUDA 4MJUA 1NXD1 3WCSA 4MYEA 2DU0A 2XG3A 3WDUA 4YGBA 1PZ8A 1G8WA 3HMYA 5DXDA 1Q8QA 1DQ6A 4R9AA 4WZFA 1INYA 2EIGA 3BODA 2ZGRA 4XMIA 2DYCA 5CA6A 1LOCA 3GALA 3ZXFA 4ATEA 1W21A 4DGRA 2FHRA 2DVFA 1WBFA 3M1HA 2ZZJA 1INXA 3CYEA 1A78A 1LECA 2HTRA 2ZGSA 1NN2A 1DZQA 1V6KA 3N36A 5EXOA 1Z50A 4BBWA 4CPYA 2YDPA 1SLIA 4YZ3A 1X50A 1E8TA 1DYPA 2F10A 1BJIA 4YW5A 4FQ4A 3ZSMA 3B00A 1WBLA 4WEFA 4SLIA 4WA3A 3CKZA 1OQ1A 1EUUA 1VCUA 5T50A 1W20A 3DUIA 5H9RA 4AVTA 5CBLA 4D8SA 2JDZA 2GALA 3PMEA 4QN4A 1DHKB 4M4UA 3FUQA 1H30A 2P2KA 4Q2FA 1V6MA 4FPLA 1SLBA 4Q1RA 3WV6A 4LBQB 3I4IA 4XIOA 4MX0A 2JE9A 4YW3A 3AP5A 1DYKA 1JBCA 4DRRA 1QDCA 2ZMKA 4I30A 3AYCA 1CR7A 5DUXA 1Z4YA 1LENA 1NCAN 2DVAA 4ZXKA 1G7YA 4HIZA 2CY6A 3PVEA 3N7LA 1MR5A 2C4AA 3ILNA 3POSA 3O0XA 3M3EA 5H9SA 1L7FA 4K1KA 4M3MA 3SILA 2PHTA 4AVSA 1W6NB 5KXBA 1W6OA 2VW2A 3NV4A 3TB0A 2C5DA 3FUOA 1V3CA 1V2IA 3OYWB 1INHA 1CIWA 1JYCA 4XJWA 2D3PA 3VV1A 4H53A 3ZXEA 2ZGOA 5IK8A 4QN7A 1DIWA 4XBQA 4M3CB 2ENRA 4C1WA 1V3BA 1E8VA 1BXHA 4BM8A 4H52A 1KRIA 2AGSA 2D3SA 3Q9OA 1YRZA 3B3QE 3VKFC 1FV3A 4XYXA 4GZTA 4FQZA 2AUYA 2GN7A 3BIWE 3OBTA 3ZXJA 1OFSA 4YGCA 2YXSA 1EUTA 1Z4XA 1GBGA 4FOWA 2HTQA 4GWMA 2D3RA 3W58A 3PVOA 3T1LA 2P3KA 1V0FA 4Y22A 2F24A 1NSDA 2A6VA 3SISA 2VK6A 2Q5TA 1TEIA 3M3QA 1SLCA 4GZQA 4AGVA 5JOWA 3B7EA 1C1LA 3V64A 3ZSLA 1LEMA 1LOFA 1LOAA 3PVNA 1MS9A 1WCQA 1XOGA 5IK5A 2DUPA 4YZ2A 2EXHA 1GICA 3USUB 1S0FA 1A8DA 1UMZA 2ARXA 2G4IA 1IS5A 2CWMA 1NCCN 2I2SA 4Y20B 2XZIA 4GZSA 2H0BA 1N1SA 1VCJA 4FZHA 3AK0A 1Z4WA 1ULCA 1JW6A 3BOPA 1ULDA 1CONA 2NMNA 1U0AA 4M3CF 2ARBA 1V6LA 3HN1A 1NMCA 1AX2A 4YW4A 4XMAA 1MS5A 4XJRA 4XJ9A 1E8UA 2E6VA 3TI6A 1MVEA 1NCBN 1ULFA 3AXEA 4GDJA 3WLUA 1DGLA 2B8HA 2AYHA 2CNAA 1KDKA 2GNTA 3ZXKA 1IVDA 3L2YA 2HYKA 4J9TA 1UX6A 2C4LA 5T55A 2PHXA 4QNPA 4PQ9A 4MWUA 5HX0A 2NN8A 2HTWA 1DQ2A 3TAYA 1GZWA 2A6WA 1MVQA 4ZKTB 1V3EA 4KS2A 5EYYA 1XQNA 3UK9A 3R4UA 2AR6A 3TI4A 2WJSA 3V0AA 5HCFA 3A4UA 2DV9A 1B09A 3SLIA 2CMLA 4AYUA 2SIMA 3A72A 4XIKA 1WD3A 3LSEA 3WHUA 2F27A 4K1YA 3RRDA 2EXKA 2WNEA 3C2UA 3AP4A 4CTEA 2VY0A 1WW5A 4I00A 4KS5A 1MZ5A 1IKQA 2ZGPA 2WQZC 3SNMA 3PJQA 3GVKA 1F8DA 4X6KA 3MW4A 2A6ZA 3ZSKA 4BPZA 1DLLA 1LESA 4BOWA 3AXDA 2D44A 4JF7A 4WVVA 3RMYA 4YG6A 2XCYA 4LBMA 3ZYPA 1G86A 1AF9A 4QN3A 4GZWA 4ISQA 2TEPA 2AEPA 2A6XA 2OVUA 3A0NA 2D6OX 4AGRA 5DZGA 4LBNA 2EF6A 2WT1A 4B7JA 2WLQA 1G9AA 4YM0A 5M1ZA 2PHUA 2ZGQA 2OW4A 3IN9A 2D6PA 4K20A 3VKLA 2P3IA 2QWIA 3ALXA 1LOFC 2DURA 4FOQA 1B9TA 3AZXA 1MS3A 1IS6A 4PF5A 4K1ZA 4YG3A 6NN9A 4Q8KA 5GLZA 1N3PA 3POYA 3TI5A 4XE9A 3SANA 1QF3A 4YZ1A 3A0KA 1S0BA 2HTUA 1BZWA 5JOYA 3R4SA 4BLJA 4NO4A 1W1XA 3WG1A 4GXLA 2WSVA 4DRVA 4M00A 1B9VA 4GKXA 1DQ1A 1VIWB 4GZPA 4GJTA 3CL2A 4M01A 5F9TA 4LBQA 4LBLA 2DVDA 1DILA 1QU0A 1IS3A 2XZKA 3INAA 3AP6A 1AX0A 4R9CA 4WEGA 3WUCA 1H9PA 1FNYA 2SILA 5HUNA 2NZ9A 3WG3A 4MZAA 4GKYA 4MC7A 1CPNA 1D0HA 1IVBA 5EYXA 1LHVA 4P9YA 4FPJA 1W6NA 1USXA 1GKBA 3OY8A 5BYNA 3ILFA 3OYWA 5DG1A 2UU8A 2CL2A 1LHNA 2DVBA 3N35A 2C9AA 2F12A 1N1VA 2BATA 1ENSA 3D6EA 1HQLA 3D4KA 3K37A 2W20A 2YA4A 1EURA 5T5PA 1SLLA 4FVKA 4JRAA 1LODA 2VSKA 1CESA 4YM1A 2R0HA 2W68A 3NV3A 4AWDA 1XOEA 1VALA 2ZB6A 4XJQA 4UW3A 4FPGA 5DUWA 4HZWA 3VKMA 2UURA 1IS4A 1I1EA 3K3AA 3O5SA 2X9MA 1LJ7A 4GA9A 2EXIA 4Y1UA 2OUJA 1F5FA 1V0EA 2R49A 5IK4A 2ZGUA 1IVFA 1JUIA 3VUOA 2ZBJA 2UWBA 3B9CA 2D6KA 3ZXLA 2A3WA 4JCKA 2W08A 3K36A 3M3CA 2QWHA 2JJ6A 3NV2A 2ZGMA 2ZGNA 1CQ9A 3H71A 4Q27A 1JYIA 3U4XA 5L73A 1IVCA 3AYDA 1UKGA 5T5JA 3H73A 1DIMA 4W65A 1GV9A 1MWEA 4CPLA 4XBNA 1Q8SA 4MWXA 2HU0A 4KS1A 2D43A 1AXKA 3CNAA 3OBRA 2SLIA 4X4AA 2YY1A 5E88A 1FNZA 1O4YA 4QN6A 4ISRA 1SLAA 2DU1A 2ZKNA 4Q26A 5E89A 1LGCA 1S0JA 1SLTA 4MWRA 2F25A 1HQWA 2QWFA 5JYYA 3BEQA 4XJ8A 4UW4A 3FLPA 4DS0A 4K1HA 1S0CA 4Y20A 1EPWA 2ZACA 4D69A 2GMEA 1Q8VA 4AGGA 4HZZA 1EUSA 2F0ZA 4P14A 4YM2A 3NSSA 4XTPA 3K39A 4Y1ZA 1Z0HA 2YA5A 4JC1A 5GZDA 4MWQA 2GNDA 4Q6KA 4CPNA 4NOTA 1BQPA 2A75A 2ZGLA 1N3OA 5HCBA 2E7QA 1MS4A 2VW0A 4QN5A 2WT0A 1HKDA 1AZDA 2EXJA 1IOAA 2JECA 4ITCA 1W6PB 4WV8A 2P3JA 4BLIA 1S0DA 5LK5A 4XJZA 3WDWA 4Y1VA 4GWNA 2YZ4A 2V73A 1GNHA 2E7TA 1LEDA 1G9BA 1WD4A 4P9WA 1DQ5A 3T1MA 3RQ0A 1LHOA 1JN2P 4YZ5A 4NCSA 5DZFA 1Z4ZA 2GN3A 3ALWA 3O0WA 3JU9A 3WNXA 5F5QA 2QWGA 1LCLA 4LBJA 3ZPYA 1JXNA 3GNEA 5JOZA 1W8OA 3ATGA 4FPFA 2VH9A 2OUHA 1MS1A 1MS0A 3WZ1A 4U2AA 1WUVA 2GMMA 2ZHLA 5GZGA 4XTMA 1NCDN 4FPHA 2VUAA 3M3OA 4XBLA 3MPPG 2DUQA 1NNBA 4M4VA 2QWCA 1C4RA 4FPKA 1QKQA 2VXRA 3OPZA 2CTVA 1NNAA 3AP7A 3FLRA 5CAZA 1FV2A 2AEQA 3GVJA 5GALA 1GSLA 3IPVA 3BTAA 1RINA 3GVLA 2W38A 1S0GA 1KQRA 5FREA 3V65A 2YDTA 2QWDA 2LALA 3SITA 4CPZA 2AH2A 4GZXA 4Y22B 3I8TA 1SBFA 1CJPA 3K38A 5GLWA 1QOOA 1MS8A 2YA7A 4FOYA 1WLDA 5CB7A 1SCRA 1W6MB 1DQ0A 4HANA 3H6JA 5DG2A 1LULA 3RMXA 1LHWA 3OJBA 2ZHNA 2W5NA 3D11A 2YA6A 2ZABA 2F11A 3R05A 3SH5A 4RA0A 1USRA 1Q8PA 4GEZA 3VKOA 4FVVA 2GDFA 2BERA 1FX5A 4Y24A 2F26A 1V00A 3D5OA 1I3HA 4CRQA 1J1TA 4UW5A 5JOXA 2HT8A 4M3CE 4BQ1A 1JHNA 1RITA 3W59A 2E53A 2PELA 3QLQA 4B7RA 4NC5A 1WW4A 3WHTA 4GB1A 1APNA 2DWRA 2DVGA 1LU2A 2W39A 3N7MA 5GLUA 5GLTA 1AVBA 4Y26A 1LOBA 2P37A 3B69A 2A7AA 1AXZA 3FBYA 3D12A 2YROA 1W6QB 3TIBA 2HU4A 4XHXA 1ONAA 4GZOA 1SBEA 1KJRA 3AJZA 3AZYA 1MACA 1O4ZA 1QOSA 1UZYA 5JMCA 4MWJA 2ZA9A 1A4GA 3LSDA 3AFKA 1BKZA 4Y1YA 4RL7A 3T2TA 2QWAA 5EWSA 4YM3A 2QWJA 2B7YA 7NN9A 5HUMA 4YLZA 1S0EA 1YYNA 2VU9A 4FP2A 1SNTA 1YXWA 3APBA 1LHUA 2NP0A 1W0OA 4F83A 2NMOA 3ILRA 5H9QA 3IMNA 5DUVA 5B2CA 2E51A 1PZ9A 5NN9A 1SCSA 4XILA 1INGA 4K3YA 1CN1A 1UAIA 2RHPA 1C57A 3ZVXA 4YZ4A 1QDOA 4FPCA 1LGNA 3A71A 1GLHA 4PCRA 4HZYA 1N1YA 2BQPA 3W09A 3V0BB 1YO8A 4R9DA 4KS3A 2A5ZA 1F31A 5GJ6A 2VVZA 3N3HA 1H9WA 2CYFA 1AJOA 1Q8OA 2HT7A 2QWBA 3FFZA 1SO7A 2D6NA 3O9KA 1F9KA 3RG0A 5IK7A 1V6OA 2SBAA 2ZHMA 4MWWA 3NN9A 3WVJA 5KXEA 2GNBA 3LCPA 1ZA4A 5JDBA 1Z78A 1NMBN 1GNZA 1D2SA 2W5OA 4M3CA 1W0PA 1FYUA 3WG2A 1Y7BA 4FJ6A 1L7GA 4NN9A 2D7FA 1CPMA 4YFZA 3TIAA 4MWLA 1GANA 2ZB5A 2NM1A 1SACA 4BMBA 4B7QA 4CPMA 1IVEA 1UL9A 2CWSA 2GMPA 4YGEA 1R1ZA 2F13A 3UJOA 3T1EA 3N7KA 4H55A 4YW2A 3WDXA 4FOVA 2P34A 1W6PA 2ES3A 2DUOA 2W52A 3WG4A 2UWCA 2NYYA 5E8AA 2WKKA 2HTYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QWKA 1NMAN 5FNQA 4HL0A 4L2NA 4XOGA 2OS2A 2XJVA 3LEIA 3TN93 3MICA 4CDWA 5JXHA 4PDWC 4GALA 1V6NA 3CJIA 3WDYA 3ZYJB 4B4QA 5LY1A 3SOQA 2XZJA 1ZZ9A 2V91A 2VSMA 2ZGTA 3POWA 4Q8LA 5K0UC 4GN8A 1ENRA 5EJ1B 4IL7A 1O3SA 2VULA 4K8FA 5FZ8A 3PUAA 5C70A 1NZCA 1AJKA 4Y1XA 5F5IA 1HRV1 4JDMA 5FYZA 1WW6A 3LZZA 4LBKA 4YPJA 2R1DA 3MEPA 4TZDA 5JR7B 3SH4A 4AL9A 4L7CA 3KB5A 2OPKA 1V6IA 2J1RA 3KM5A 2B39A 5EP9A 1IVGA 2W1SA 3KV5A 1EV13 4FPEA 5GZCA 5LBBA 3II7A 1SBDA 3PDQA 2A70A 2ZEZA 4IEOA 4Q4W2 5HXVA 4AVAA 4CZSA 5JI9A 2UYAA 4AVVA 5A1AA 3DR2A 3KF3A 3RGBA 1PGL2 5HCHA 4EJRA 1XYPA 5FBJA 5FY7A 5LB6A 2Z69A 4Y5TA 4XJUA 3TNPB 5AC93 3USUA 4XMBA 5FZAA 5I0RA 4M4NA 3B01A 5FZ6A 3LA2A 3OY8B 2HWD3 2ZHKA 1CQ1A 5CADA 5L7OB 4FPOB 4UF7A 5F32A 3PMSA 5FO9B 3N4MA 2W46A 1NLRA 3R0RA 5GKAC 5JSPA 1M4WA 1SZBA 1LTEA 3LIGA 5FRAA 3TOJA 2PAMA 3T0AA 1G9FA 1Q5OA 1D4VB 2ZMLA 3NKTA 4XQ4A 3CJXA 3MF9A 5FPVA 1SG3A 3O12A 5I0TA 4QQ2A 5FJKA 4QMAA 5FZHA 3ZKUA 5C8CC 3H8RA 5AFBA 5A3UA 5G04L 4KS4A 1YIFA 1RUG3 1ZM1A 5ANQA 5GZFA 1J59A 4WA5A 5CNAA 1PZ7A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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