4YZ4A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, in complex with n-acetylneuraminic acid.
Total Genus 199
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
199
sequence length
658
structure length
655
Chain Sequence
NTPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFEKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase, NanC
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 199
structure length 655
sequence length 658
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz4A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz4A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz4A02
4ISQA 2XZIA 2B7YA 3N36A 1L7FA 1DQ1A 1MR5A 1A78A 4YW4A 1V0FA 5AVAA 1FV3A 2NP0A 4FOYA 1IS4A 4QN5A 1H9WA 1N1VA 2NMNA 3ZPYA 3ZXKA 4UW4A 2PHTA 5GLTA 1V6KA 4WEGA 3O9JA 1MS3A 5H9QA 1HQLA 5CB7A 4BM8A 5GZDA 1LEMA 1KDMA 1RINA 4Y1VA 1I3HA 3WDVA 5HUNA 1W6QA 3NV3A 1S0FA 1UZZA 4DQAA 1RIRA 3T2TA 1GV9A 3OGGA 2DURA 4XXAA 3WHTA 1DHKB 3B3QE 4M4VA 1J1TA 2ZAAA 1W0OA 1WW7A 2ZGUA 3AZXA 2UWAA 2AEPA 4FOQA 1NXD1 4XJQA 4NCSA 1Z4YA 2AYHA 4LBQA 4GWMA 4Z8BA 2D6KA 3INAA 1SO7A 4ATEA 4SLIA 4BLJA 3IKWA 4GA9A 2JECA 2UWBA 2QWIA 2RHPA 2NZ9A 3C2UA 3BEQA 2V73A 3PVNA 2WT1A 2YDPA 1INFA 1IVCA 4CPYA 2A7AA 1QNWA 4Y1YA 1Q8QA 1SLBA 1Y7BA 2YROA 1MACA 4YW5A 3IN9A 4C1XA 4H53A 4NO4A 1LOGA 1INGA 1XOGA 3A0KA 3BIWE 3IM0A 3AP6A 3ENRA 1IVFA 4GZTA 3HR9A 2AGSA 4K1HA 1SLAA 2ARBA 4UW3A 2HTRA 3ALXA 1SFYA 2D6LX 3CNAA 5HCFA 3FFZA 3GALA 2V5YA 1KDKA 2HTYA 1CESA 5B2DA 4GDJA 1F8BA 1XOEA 2GALA 3O9KA 1DFQA 2CYFA 2X9MA 1OQ1A 5GLUA 3U4XA 4R9CA 5GZFA 1S1AA 2OUJA 2EXIA 1G9AA 4MWYA 1NMBN 5CNAA 1W20A 1LULA 3K39A 2R1BA 3AYCA 2GNMA 5H9PA 1QOTA 4FPGA 4MZEA 3PJQA 4PF5A 2D6MA 2YA6A 4MZAA 3OBRA 2WT2A 2ZA9A 2A6ZA 2R16A 1VCUA 3ZSJA 1A4GA 2R1DA 4GKYA 1A4QA 3NV4A 1GYKA 2NN8A 1Z0HA 2HTVA 3INBA 3ZSLA 2VSMA 2A3YA 4H55A 4XILA 1WW4A 5CBLA 1W6OB 4CPZA 1DQ4A 2ZGRA 2ZKNA 3NN9A 4XJWA 1YXWA 3UJQA 2F13A 2YDTA 2P3JA 1KJRA 1UPSA 5GJ6A 1NNCA 3CYEA 3B9CA 3WDXA 1LOFC 4K1YA 5E89A 1S0CA 3W58A 1CONA 4X6KA 2ERFA 3AJZA 4Q8LA 1JHNA 4YFWA 4Q6KA 1MWEA 5GM0A 4Y20B 1C1LA 5F9TA 2A6XA 3GVLA 5JVVA 4MWJA 1E8UA 1VIWB 1HKDA 1KQRA 1QKQA 4AVTA 4AWDA 2E7QA 3ASIA 5DUUA 1AJKA 1KRIA 4XJ8A 3VV1A 3AZVA 3AP9A 4MWXA 1B09A 4Y26A 4YW2A 4CPOA 1NCCN 1UKGA 4XHBA 5KXBA 4UF7A 3WUDA 4WA5A 1GLHA 2VK5A 3AXEA 2HTQA 2ZBJA 3TI5A 4RA0A 5EWSA 1F8CA 3ALWA 1SCRA 2E6VA 1LECA 2WSVA 4KS1A 4Y1UA 2UU8A 5IUQA 1ULFA 3TI4A 1NMCA 4M4UA 1FNYA 2WLQA 3K37A 4XXPA 1W1XA 1UMZA 4GWNA 2SIMA 2ZHNA 4CPLA 1INYA 5IT6A 2ZGSA 4XYXA 4C1WA 4KS3A 1G7YA 1INHA 4FVVA 1LEDA 1ENSA 2R0HA 4KBBA 2F0ZA 4NN9A 3USUA 3WG3A 4D8SA 2LALA 4CPNA 1GANA 4DFSA 1WUVA 4DRVA 1C57A 5JOWA 2DUQA 1JXNA 4YFZA 3PVEA 2D3SA 2D6NA 4CRQA 2DVDA 1IVBA 1W6PA 4X4AA 2HU0A 1VLNA 1H9PA 1SCSA 1WW5A 3V0AA 1JW6A 2VW1A 2CTVA 1MS5A 1A3KA 3B7EA 1Z4ZA 1V00A 4GZXA 3IPVB 4MWRA 4FPYA 2UURA 4HIZA 3WDWA 2VWDA 4FP2A 2EALA 4PQ9A 1AVBA 1AZDA 4P9XA 2PHWA 4WA3A 4GZOA 1FNZA 1DYPA 3FLTA 4BMEA 3LCPA 5DUWA 1IS6A 4U2AA 1FV2A 3NV2A 4AGVA 4XJAA 2PELA 2P37A 4MWUA 1WD3A 4H52A 4XJRA 4W65A 3TIBA 1QGLA 4GZQA 4ISRA 1YYNA 3ZVXA 3ZSKA 2D7FA 4FPFA 3A71A 1Z78A 2FMDA 1Q8SA 3VKFC 1WCQA 1CQ9A 5SV8A 4Q27A 4CZSA 3TI6A 2P3KA 4P9YA 2SILA 3TI3A 4B7NA 1W6NB 4FQ4A 3UL2A 3AP4A 1MVEA 3TI8A 3WDTA 1YI7A 4XTMA 4F83A 1L7HA 3R4UA 3K3AA 3ZYRA 4YW3A 3BODA 5T55A 1ENRA 1W8NA 2XZKA 3K36A 4XIOA 2A6VA 1LHWA 5BYNA 2ZGPA 1GZCA 1F31A 2PHUA 2H0BA 1A14N 2YMZA 2AR6A 2F24A 4AVSA 4FOVA 4XMIA 3D12A 4FP3A 2HT8A 4BPZA 4YM3A 2DTYA 3VKOA 3SITA 1F9KA 4YZ5A 2A6YA 5E88A 1MS8A 3GNEA 4GEZA 3H72A 5KXCA 3D4KA 2VY0A 5IK5A 2WQZC 4M3CA 5DZFA 2BZDA 1GBGA 3WLUA 4M3CB 4FPLA 1LOCA 4YZ2A 4M01A 1BJIA 2VVZA 1QF3A 1C1FA 4R9BA 3KQRA 2YA8A 1AXKA 2GN3A 4K1KA 5IK4A 4M3CF 2VK7A 1SBEA 4I30A 2A6WA 2VXRA 3AYDA 3N3HA 2E51A 4GDIA 3WOGA 3AFKA 5HCAA 4XBQA 2A70A 5FREA 5KXDA 2A3XA 3LSEA 1O4ZA 1Q8OA 2BERA 5EYXA 4YLZA 1BXHA 1USRA 1LODA 1Q56A 5GLZA 2ARXA 1APNA 1V0EA 2DV9A 2YV8A 3AZWA 5IK7A 4XE9A 5T54A 1AX1A 2QWHA 2A75A 1GSLA 1QOSA 1CPNA 3WNXA 3V0BB 2RKCA 4HZYA 3K38A 1JYIA 2W39A 3DUIA 2ZGOA 2TEPA 3D5OA 3RSJA 1PZ8A 1N1SA 1SLLA 1LGCA 1F8DA 4LBLA 4WVWA 2PHFA 2NMOA 1BZWA 2JDZA 2D44A 2D3PA 4ATFA 4MWLA 1IVDA 1V0ZA 3OY8A 4XJUA 4AGGA 1JYCA 1VALA 2BATA 3OY8B 1WW6A 1INWA 1A8DA 2DUPA 1N47A 2ZB6A 1W6OA 1UN1A 2W52A 4HZVA 3FLPA 5F5QA 3N7JA 2CWSA 3KM5A 1QNYA 2ZGKA 4B7MA 1W21A 3MPPG 1QU0A 1ZA4A 2WT0A 3APBA 3AP5A 3JU4A 3WCSA 2VW0A 1LU2A 4X49A 3O0XA 1UL9A 4NC5A 2ZMKA 3V64A 2EXJA 4Y20A 1Q8PA 4DS0A 2F28A 5JMCA 1GZ9A 1V6IA 2GN7A 4CTEA 2KM2A 1EURA 2YA5A 1LOBA 4FPCA 1V6NA 4GZWA 3A0NA 5T5JA 5EYYA 3WDYA 1IVGA 4Q8KA 2JD4A 4AGRA 1DIWA 1SLIA 3B69A 2I2SA 1GZWB 3RQ0A 4HZXA 1PZ9A 3WHUA 3I8TA 2JJ6A 4AVVA 5GZCA 5KXEA 2Z42A 2WJSA 3GVJA 3H73A 3QCWA 1Z4VA 4L8QA 4FVKA 1CPMA 4GKXA 2ZHKA 3A4UA 2AENA 3MEPA 5GZEA 2W38A 3H6JA 2VU9A 2FHRA 4MWQA 4NOTA 2PHXA 4R9DA 1LJ7A 1IOAA 4D69A 4QN3A 1W0PA 1B9VA 5JDBA 2ES3A 5JYYA 2DU1A 2VW2A 3HMYA 2HU4A 1U0AA 1MVQA 1V6MA 2ZGLA 2D6OX 1VCJA 3GVKA 3W09A 2VH9A 1MS0A 3LSDA 1JUIA 1HQWA 2F11A 4YGDA 4M3MA 1V3EA 3AK0A 4YG3A 4P14A 3PMEA 3H0OA 2OVUA 1ULCA 5DG2A 1DGLA 2DVGA 3H71A 5DZEA 5JOZA 4LBJA 3RG0A 1BKZA 2XG3A 4X47A 1Z4WA 5T50A 4GXLA 2PHRA 1ULGA 4JCKA 1EPWA 3JU9A 5E8AA 3O12A 4TZDA 4B7JA 2C9AA 2C4AA 1KJLA 5H9RA 3FUOA 1ZM1A 5B2CA 3VKNA 1ULDA 4FPEA 1DQ2A 5CA6A 4LBQD 4GB1A 4MWWA 1GNZA 1XQNA 1URXA 1AX0A 5T5PA 2GMPA 1EUSA 1E8VA 1V3CA 1EUTA 3IPVA 2OW4A 1HDKA 5NN9A 5EXOA 2P2KA 3ZSMA 4GZSA 4U36A 2DYCA 4K1JA 3SH5A 5LK5A 1UZYA 3RMXA 3I4IA 5DUXA 3M2MA 5HUKA 3AYAA 1WD4A 4Q2FA 2DVFA 4XBNA 3B00A 1AJOA 1N1YA 2YY1A 4RL7A 2HYKA 5HUMA 6NN9A 1S0BA 3NV1A 2VK6A 3NWKA 1G9DA 1MS4A 4ITCA 2QWCA 3D6EA 3WG2A 3ZYPA 4M4NA 2A3WA 3POWA 1ENQA 2Q5TA 1ONAA 4Y1ZA 1DYKA 4ASMB 1LESA 1V6LA 1KITA 4J9TA 4ZXKA 4XTPA 4K1ZA 2C5DA 1FYUA 1SBFA 1R1ZA 3VKMA 4BQ1A 2ZGTA 1CIWA 2AUYA 3D11A 3MW2A 3WG1A 1W6NA 4YZ4A 1W6MB 4XJ9A 5DG1A 1OFSA 3ZXFA 3CL2A 3VUOA 5CAZA 1LHVA 4Q1PA 2QWJA 2WNEA 1LGNA 3SLIA 1EUUA 3SH3A 2C4LA 4XDQA 2A71A 3M1HA 2R49A 2D6PA 2DVAA 5IK8A 5JOYA 4MWVA 3UK9A 4Y24A 1RITA 4MJVA 5M1ZA 2G4IA 3L2YA 1Z4XA 4XHXA 3N7MA 4FOWA 3MW3A 3N7LA 1C4RA 1N3PA 3SH4A 5L73A 4XMAA 4K1IA 2DWRA 2GNBA 3SANA 1NLSA 2GMMA 1NCAN 3SILA 3O5SA 2HT5A 1UX6A 1I1EA 2YA4A 1FAYA 2EIGA 4XBLA 4GJTA 1V2IA 5H9SA 1W6QB 4LBOA 1S0GA 2YZ4A 3SISA 4YG6A 3R4SA 1F8EA 3ZXEA 1QDCA 1JBCA 4UW5A 3UJOA 4GALA 2CNAA 1N3OA 3BTAA 2NYYA 4HZWA 2JE9A 4WEFA 4LBQB 1NN2A 3OBTA 2BQPA 3VKLA 1MS1A 4P9WA 4WZFA 3WCRA 1LHNA 2E7TA 4JRAA 4JC1A 4WV8A 1LTEA 4XJZA 4FJ6A 2QWEA 4TYSA 1WLDA 1N1TA 2F25A 1INVA 4LBMA 3M3OA 1SACA 4K3YA 4WVVA 3OYWA 3V0BA 4KS4A 2D43A 2ZACA 4MX0A 1WLCA 3OYWB 2W20A 3M3CA 1NSCA 3POYA 1JN2P 2XB6C 1CN1A 1LCLA 2CY6A 4HANA 4FQZA 2QWGA 3WDUA 1CJPA 3OJBA 3WUCA 3TIAA 4QN6A 2ZMLA 1NCBN 2ZB5A 5DXDA 1IVEA 4JF7A 3JUUA 1G8WA 3M3EA 3N35A 2BF6A 4YM2A 1VAVA 5DZGA 4BMBA 3FBYA 3RMYA 2XCYA 4QN7A 2P34A 1FX5A 4UW6A 4AYUA 2ENRA 3PVOA 1SBDA 3CKZA 5GALA 5HUGA 4CPMA 2QWFA 1V3BA 4M3CE 4YZ3A 4B7RA 3IMNA 2EXKA 1NMAN 3RRDA 3AZZA 4KS5A 1G86A 3WZ1A 3AP7A 4YGEA 3ZXLA 1MZ5A 3T1EA 2ZGMA 3AXDA 4WA4A 1Q8VA 4Q1RA 4XOGA 2F12A 2OUHA 2R0FA 4LBKA 1NNBA 2UWCA 1LOFA 5GZGA 4IQPA 2EXHA 2NM1A 2ZZJA 4BBWA 4BLIA 1MZ6A 2ZHLA 5T52A 5HCBA 4PCRA 2HT7A 1H30A 2QWDA 1Z50A 4PBOA 3NSSA 4ZKTB 4OZXA 4K21A 4MC7A 5GLWA 3TB0A 4QN4A 1DZQA 1AXYA 3SALA 2JE7A 4MYEA 1AX2A 2F26A 4MJUA 2GDFA 5JLVA 1WCSA 2P3IA 1NSBA 1GNHA 2LTNA 1GZWA 2W08A 2DTWA 3O0WA 1DLLA 2AEQA 3T1MA 2AREA 3WVJA 1B9TA 4QNPA 1LOAA 2E53A 4XIKA 3ILRA 4FZHA 3RS6A 1YO8A 2SBAA 1CVNA 1GICA 3TAYA 1DQ6A 4PBPA 1G9CA 2CWMA 1V3DA 2EF6A 2QWBA 2VUAA 1F5FA 4YGBA 1S0JA 3FLRA 4M00A 2W5NA 1LHOA 5T5OA 3V65A 2F10A 4YG0A 3CL0A 1QOOA 1WLWA 4LBNA 1HLCA 4HZZA 1D0HA 3W59A 1S0EA 2DVBA 2SLIA 4K20A 1ULEA 2HTWA 4YM1A 1N3QA 3ILFA 1IS3A 2EAKA 1GKBA 3POSA 1SNTA 2YXSA 4FPKA 1S0DA 1UAIA 2W5OA 2QWAA 4Y1XA 1SLCA 1BQPA 1B9SA 2ZGNA 1INXA 4FPJA 1DBNA 1IKPA 1CR7A 1V6JA 4R9AA 3FUQA 3ZXJA 1O4YA 1QDOA 2W68A 3QLQA 3AJYA 1LENA 3OPZA 3Q9OA 2F29A 1FATA 3ILNA 5DUVA 1PZ7A 2QWKA 4DGRA 2AH2A 3BOPA 3WG4A 3USUB 1BJQA 2GNDA 2ZGQA 4HL0A 3WV6A 1LHUA 5T5LA 2F27A 1SLTA 2D3RA 2CMLA 4YZ1A 1TEIA 4KS2A 2GMEA 2ZMNA 4BOWA 3M3QA 4YW1A 1JOJA 3HN1A 2A5ZA 3T1LA 2HTUA 3R05A 4B7QA 1LGBA 1W6PB 1DILA 2VSKA 2XZJA 1MS9A 1LU1A 1NNAA 1OKQA 2GNTA 2WKKA 4GZPA 1G9FA 3A72A 4DPNA 3V0AB 5HX0A 4FPHA 1V6OA 2JKBA 4Y22A 5FRAA 1DIMA 1NSDA 3O0VA 2YA7A 2WSUA 1WBFA 3SNMA 3AYEA 1YIFA 3N7KA 4Y22B 1S0IA 3B01A 1W8OA 1WBLA 3DGTA 1D2SA 1YRZA 4DRRA 1AXZA 2B8HA 5JOXA 2CL2A 1E8TA 1IS5A 4YM0A 4YGCA 1DQ0A 3TICA 1NCDN 4FPOB 2ZHMA 1IKQA 2ZABA 1G9BA 2DUOA 1BYHA 1W6MA 3AZYA 3AX4A 1QMJA 1USXA 1L7GA 1VAMA 1AF9A 4XZPA 1X50A 1DQ5A 3ATGA 1LOEA 5GLVA 3MW4A 4I00A 7NN9A 2DU0A 4Q26A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FXZA 3ETQA 4ISQA 1PO22 3I2GA 3WXPA 2XZIA 2B7YA 2B42B 1DLCA 3N36A 1L7FA 2W8BA 2RM23 3P3PA 5BNPB 1BVVA 4D94A 4LPLA 4P9IA 2AACA 1VBE2 1RUNA 1PJXA 1DQ1A 1MR5A 3H50A 3PU3A 1AL21 3O1SA 1A78A 3OEBA 3UKTA 1WA4A 2XL9A 4JHZA 1NZIA 5FZBA 4BQ5A 3HWJA 4CU9A 1JMUB 4YW4A 1V0FA 5AVAA 1MQTB 1NY71 1H6XA 1FV3A 1F8VA 2Y34A 2CDPA 2NP0A 4FOYA 1QJY2 1WZXA 2J42A 1IS4A 2X5IC 3WW3A 1O3QA 4GNCA 2HEYF 3JBG2 4DUWA 5B2GB 1H9WA 1N1VA 2NMNA 4ES8A 3ZPYA 3ZXKA 4D8SA 1VBA1 1CX1A 1FMD3 4UW4A 1HRI2 2VCMA 3T3YA 4NHMA 4BYYA 4Q5OA 3DYMA 2VBBA 5JZGC 2PHTA 3HOBA 5GLTA 1UU6A 4CP9B 2VQAA 3CKHA 1ASJ3 1V6KA 4KI5M 4LE4A 5A1LA 4WEGA 3O9JA 1MS3A 5H9QA 3IMMA 1W0NA 5F3CA 4V2WA 1HQLA 1U6DX 3ZGDA 5CB7A 4G3YC 4BM8A 3LB9A 4WVZA 4D6SA 3PUHA 1R1A2 5FPXA 5FBJA 4ZZ5A 4AI0A 1Q7FA 3K75B 3OG2A 5GZDA 1LEMA 3JB8A 1KDMA 4Z2WA 4FFGA 1RINA 2GU9A 5LA1A 3MUY1 5FR3A 4Y1VA 3ME2A 2VMFA 3ZDSA 2LUWA 4ARYA 4AHAA 5FLIA 3CBNA 4ZU7A 4L99A 1I3HA 4BB3A 3WDVA 5HUNA 3A21A 5D1IA 1W6QA 3NV3A 1W3VA 4QHBA 4JHTA 1S0FA 5HI0A 1UZZA 4DQAA 3FHAA 3VBUA 1RIRA 3T2TA 1GV9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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