4YZ5A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, in complex with 3-sialyllactose
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
657
structure length
656
Chain Sequence
TPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Putative neuraminidase
total genus 194
structure length 656
sequence length 657
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz5A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz5A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz5A02
1LEMA 2JJ6A 2JE7A 2ZB6A 3H6JA 3O5SA 3RS6A 5T50A 2QWEA 2AYHA 2XZJA 2YXSA 3SLIA 2F28A 1S0JA 3UL2A 1X50A 4J9TA 3ZXKA 3SILA 3WHUA 1INWA 3AP7A 3GNEA 1QDOA 1BYHA 4FPEA 2YZ4A 4YFWA 2LTNA 1PZ9A 1Z50A 1WLCA 3AXEA 4BQ1A 4B7QA 4M3MA 3WDWA 1I3HA 3MW2A 2R49A 1S0GA 1PZ7A 1NMCA 3ALWA 3ZYPA 5DZGA 1DFQA 1LHVA 3WDTA 1GANA 4GKYA 5DUVA 3BEQA 2ENRA 4BBWA 2QWDA 5CA6A 4FPYA 3ILNA 5HUKA 4MWQA 4YW3A 1LU1A 5KXDA 2F12A 3ZXJA 1DQ0A 1UZYA 3TIAA 1LOEA 1W6MB 3MEPA 2YA4A 5HUNA 4XJQA 3AZYA 4HZYA 3K36A 2RKCA 2ZMNA 1DYKA 4XBNA 5H9RA 3PVEA 4MX0A 2EF6A 1SBFA 3A71A 1IVBA 3B3QE 1EUTA 4KS5A 4XBLA 5CBLA 4RA0A 3R05A 1V6OA 3M3EA 1KDMA 4PCRA 1WW4A 2ERFA 2PHUA 3T1MA 3D5OA 2JKBA 4LBJA 3WDYA 3O0VA 3R4UA 5KXBA 4BM8A 2Q5TA 2GMMA 1DQ4A 3TI4A 4K21A 2ZABA 2HTWA 4PF5A 4ATEA 3M3QA 1SLLA 2AEPA 4FOWA 1V3CA 4U36A 4YW1A 4Q8LA 1W6MA 1IS5A 2C4AA 1NCDN 3K38A 3Q9OA 1DQ2A 4Y1XA 1SLAA 4DFSA 5GLWA 5DZFA 2C5DA 2VWDA 1JN2P 1SLIA 1GZCA 3FLRA 3ZVXA 4AVSA 2EIGA 1W8OA 3VKMA 1EURA 4XXAA 1GZWB 5DXDA 4MJVA 1DILA 1LECA 3O0WA 2XCYA 2ZGKA 3N3HA 5F9TA 1BKZA 1DHKB 1JUIA 4XJZA 2R1BA 5IK4A 4CPZA 3WLUA 1G9BA 2ZGMA 4ZKTB 4HZXA 4U2AA 4MWWA 1LU2A 4GA9A 1INFA 1SBEA 1LCLA 3ZXFA 4BLJA 4XHXA 3H71A 2ZGSA 1XOEA 1JOJA 1AF9A 2VSMA 1E8UA 1CQ9A 4YM1A 4FPKA 5IUQA 5IT6A 2D3RA 2DURA 1CPMA 3INAA 1B09A 4XJUA 4L8QA 1WW7A 4YLZA 1AX1A 4Y1YA 1VIWB 3NV1A 1W20A 1DGLA 1Q8QA 3K37A 2CMLA 1ENQA 1GZWA 2XG3A 4XJWA 4X4AA 3GVKA 4GB1A 4AGVA 1Z4WA 2NM1A 2ZACA 2A3WA 4XTPA 2D6LX 3SITA 4R9AA 1S1AA 1YRZA 1B9SA 3WG2A 1AX2A 2QWAA 4GZXA 3VKLA 2WQZC 1GICA 3C2UA 1V3BA 1URXA 1WBFA 3A0NA 1UKGA 2YA6A 1F5FA 3WOGA 4GZTA 3MW3A 4JF7A 3RMYA 2D6KA 4UW4A 5HCAA 4YGCA 4XXPA 4R9DA 3TI5A 5L73A 2D6PA 1Z4XA 3AP6A 3AZZA 4GZQA 1DBNA 4PBOA 3USUB 1W6NB 5JOYA 4P9XA 3O0XA 2EXJA 2WSUA 4GZOA 2A6XA 1MS4A 2DV9A 3RMXA 4NCSA 4WEGA 2R1DA 4Z8BA 4FPJA 1LGBA 1SACA 1H9PA 3V64A 1IS4A 1LENA 2KM2A 5EXOA 1MS3A 3AYDA 2AGSA 4LBLA 4Y22B 1NN2A 5B2CA 2ES3A 2JDZA 3ASIA 4ZXKA 3QCWA 2HT5A 2B7YA 1WW5A 4YW4A 4TZDA 1W6PB 5BYNA 1V0FA 3TAYA 4DRRA 2ZKNA 4B7RA 4I30A 4M3CE 5IK8A 2C4LA 3USUA 2F24A 4HIZA 1W6NA 4GZWA 1Z78A 4BMEA 2C9AA 2DU1A 1JYIA 2YA5A 3TB0A 4I00A 4YM2A 2JECA 4FPOB 1GV9A 4K1KA 1UN1A 3I8TA 1G8WA 3AYCA 5T52A 3IPVB 4FPCA 1NNCA 3HN1A 2EXIA 3SALA 4Y22A 5DUXA 4LBOA 4XILA 3M3CA 3AJYA 1YI7A 1LOCA 4ASMB 1A3KA 1GNZA 2XZKA 2DTWA 4MWYA 1QOOA 3OBTA 1MS5A 1S0CA 1ULEA 1QF3A 2A71A 3WDUA 1CONA 1W6PA 5JVVA 4UF7A 3VV1A 2FMDA 2WT1A 2VU9A 3B01A 1MVQA 4MWJA 1UMZA 2GNTA 5GZGA 4P9YA 2YMZA 2HTVA 2W20A 4YGBA 5GLTA 4RL7A 2W5OA 3OPZA 3SANA 3NWKA 4DGRA 1JXNA 2A5ZA 4K1ZA 4Y26A 1GBGA 2YV8A 1O4ZA 2A3YA 2HTQA 2WLQA 3DGTA 4DS0A 3IPVA 3N7MA 3WVJA 1GZ9A 1QNWA 2ZB5A 1BQPA 2A75A 1N3PA 2YDTA 1MWEA 5E8AA 3R4SA 2F27A 3N36A 4QN6A 3ZPYA 4GZSA 4DQAA 1AJOA 1ULDA 1FYUA 1CIWA 5H9SA 2QWKA 5H9QA 1V6IA 3H73A 1D2SA 1N47A 4LBKA 2ZHNA 5JLVA 4WV8A 4IQPA 3WDXA 2D6MA 3IKWA 1NCCN 3TI3A 1GLHA 2ZGUA 5GZCA 2FHRA 2R16A 2E6VA 3PJQA 1LOAA 2SLIA 2BZDA 1F8DA 2XZIA 1USRA 1I1EA 1S0FA 3RSJA 1Z0HA 2RHPA 1W21A 5T54A 2NMNA 4B7JA 3WHTA 1V6LA 3AXDA 3ZYRA 1DLLA 4KS1A 4MZAA 2F13A 3NN9A 3AJZA 3AZXA 4K3YA 1L7GA 3PVOA 4BOWA 3NV4A 1DZQA 1MVEA 3VUOA 2VK7A 2UU8A 3JU9A 1G9CA 1AXKA 2BF6A 2AR6A 2R0HA 1V3DA 1W6QB 1W6OB 1S0EA 3NV3A 2UURA 2ZHMA 2D44A 4K20A 1BJIA 2P34A 1QKQA 1V3EA 3UJOA 3POSA 4Q8KA 1USXA 1CR7A 1IKPA 5GALA 2YDPA 1Z4YA 1KITA 1QOSA 2D7FA 4GDJA 1LODA 4WVVA 4GWMA 3N7LA 1S0BA 5JOZA 1LEDA 2VVZA 1H9WA 2WNEA 4YM3A 4HZVA 4WEFA 4Q2FA 1JBCA 1UX6A 3D6EA 2GDFA 2H0BA 2P3JA 2CYFA 1LOBA 1RITA 1W0OA 3WNXA 1LOFA 1W6QA 1W6OA 1SBDA 4LBQD 2ZGNA 1FV2A 2A7AA 4AYUA 2W5NA 3ENRA 1EUSA 4MC7A 3BIWE 3AYEA 3H0OA 1V6NA 2SBAA 4AVTA 1MACA 2Z42A 1ONAA 4OZXA 1A4GA 3HMYA 4XJAA 2QWFA 1YYNA 1F8EA 1V0EA 1MS9A 2WT2A 5T5LA 1SLTA 5IK7A 3V0BB 4YFZA 1A8DA 1XOGA 4FVKA 4WVWA 5AVAA 3ILFA 4WA4A 4X49A 3PMEA 1MR5A 1A4QA 4XJ8A 1LHNA 1WUVA 3B69A 4GEZA 5GLZA 4HANA 3VKNA 4LBNA 4KS3A 2GN3A 3IN9A 2HU4A 3K3AA 4XTMA 4Q6KA 1LESA 2GMEA 1FNYA 2DVDA 3OY8B 5T5JA 4K1IA 1FAYA 3DUIA 2HT8A 5HCBA 4R9BA 2ZGQA 2R0FA 2F26A 3V65A 5E89A 1E8VA 3W09A 4GKXA 2WSVA 4GXLA 4NO4A 4Y20B 1AXZA 2DVFA 3VKOA 2NN8A 4Y1VA 2W08A 1LJ7A 3MPPG 3LSEA 3CYEA 1CVNA 1V6JA 3V0BA 1F8CA 2E7QA 1NSDA 5E88A 2DUOA 1SNTA 4QN3A 2JE9A 4FZHA 5JOWA 2A6VA 2PHRA 5GZFA 4YZ2A 2B8HA 4YGDA 2PHXA 2GNMA 2GMPA 1N1TA 2QWBA 1N1SA 2A70A 2OW4A 1G9AA 4JCKA 1QNYA 5JYYA 3CNAA 3N35A 3SH4A 1FV3A 4HL0A 1AX0A 1NCAN 1GKBA 4FPGA 4D69A 2VSKA 4M00A 3ZXEA 1EPWA 4NC5A 4UW5A 4F83A 1UL9A 4UW3A 4CPOA 5JOXA 3H72A 4Y20A 1Q56A 4WA5A 2ZZJA 4XIKA 5DUUA 3ILRA 3A0KA 3W58A 4XDQA 2D43A 1LGNA 3WCSA 2OUJA 4DPNA 5DUWA 3HR9A 2ZHLA 1FATA 1ENSA 3A72A 1KJRA 1BJQA 3ZXLA 4LBQB 4Y1ZA 1V6MA 1SLCA 4ATFA 2ZMKA 3RG0A 3AK0A 1WCQA 2YA8A 2HTYA 1G86A 3LSDA 4BLIA 5GZDA 4JC1A 4JRAA 1WBLA 1HQWA 5EYYA 3AYAA 3WCRA 2EXKA 4M3CF 2W39A 3WUCA 4MYEA 2AH2A 2VW0A 1E8TA 1R1ZA 5HUMA 1ULFA 2EXHA 2HU0A 7NN9A 2VXRA 2D3SA 1G7YA 2HYKA 4XOGA 4XJ9A 2XB6C 3SH3A 1IVFA 1AZDA 2PHWA 3V0AB 2DVGA 3INBA 3AX4A 2A6WA 2VK5A 1QDCA 4TYSA 2CWMA 3OGGA 4R9CA 5GM0A 1SLBA 4GWNA 1A14N 3KM5A 4LBQA 1Z4VA 2F10A 1B9TA 2WT0A 3OYWB 1VALA 5HUGA 2VY0A 3SH5A 2CL2A 1AVBA 2ZBJA 2CWSA 1EUUA 4FJ6A 3JU4A 4C1XA 5T5OA 1KDKA 2PHFA 4M3CB 4XBQA 3B9CA 1GNHA 1UAIA 3AFKA 2GNBA 3WG4A 3WDVA 2HTUA 1JYCA 3VKFC 1INYA 5CAZA 3TIBA 4X6KA 3ZSJA 1QOTA 3U4XA 4M4UA 4MZEA 1DQ6A 5M1ZA 4XMIA 1QU0A 1INXA 2X9MA 2ZA9A 2SILA 4WA3A 1SFYA 3V0AA 1OQ1A 2PELA 3PVNA 4WZFA 4KBBA 3T1EA 1APNA 1YIFA 3N7KA 4QN5A 3AP9A 1JW6A 2HTRA 3ZSMA 5EWSA 1SO7A 1FX5A 5HCFA 5H9PA 4MWUA 1GSLA 2BQPA 4XE9A 4ISQA 3CL0A 4X47A 3SISA 4P9WA 1VCUA 3OYWA 1DQ1A 3POWA 2EALA 1NNAA 1D0HA 4D8SA 1QGLA 1LHUA 4M3CA 3WUDA 4YZ3A 2EAKA 3D12A 2D3PA 4YG0A 4PBPA 5GLUA 2WKKA 4MWLA 5NN9A 4C1WA 2DUPA 2DVAA 4XIOA 2G4IA 2AUYA 1Q8VA 3K39A 4XMAA 3AZWA 3ZSKA 1N1VA 3T1LA 2TEPA 2ZGTA 3ALXA 1SCSA 1NCBN 2DUQA 4MWXA 5JMCA 3CKZA 2DYCA 4M4VA 1LOGA 3FUQA 2GN7A 2UWBA 2NP0A 1XQNA 4Y1UA 3SNMA 2GNDA 2A6ZA 3AP5A 1IVEA 4M01A 1RIRA 5GZEA 4CPNA 3CL2A 4XHBA 1A78A 4MWRA 2AEQA 4MWVA 2ZGOA 4CPYA 1NNBA 3W59A 1V6KA 3WG1A 4P14A 5B2DA 1PZ8A 4YZ5A 2VW1A 1W8NA 3QLQA 3O12A 1INGA 1DYPA 2NZ9A 2OVUA 2CTVA 1Y7BA 5DG1A 1NMAN 1KJLA 2UWCA 2E53A 5FRAA 5DG2A 2UWAA 1W0PA 1NSCA 2ZHKA 1V00A 2ARBA 3ATGA 2VK6A 4Q26A 5GLVA 4ITCA 4Q1PA 1ZM1A 4FPFA 1MS1A 1G9DA 1DIWA 2YROA 1MS8A 3M2MA 1U0AA 4CTEA 4FVVA 2JD4A 2QWJA 1J1TA 2ZAAA 4NOTA 1TEIA 4YW2A 2ZMLA 2ZGPA 1CPNA 1B9VA 2A6YA 1UPSA 2V5YA 2GALA 2E51A 1OKQA 2P2KA 5F5QA 4FP3A 1N1YA 1Q8OA 3RQ0A 2F11A 1L7FA 1C1FA 2VH9A 1S0IA 4CZSA 3APBA 3NV2A 5CNAA 3WV6A 1ENRA 1V0ZA 1IVDA 1JHNA 4H53A 5EYXA 1VCJA 1SCRA 5KXCA 4CRQA 5CB7A 3AP4A 5DZEA 3MW4A 1OFSA 1HLCA 4MJUA 3FUOA 4K1YA 4YG6A 2ZGRA 3T2TA 1G9FA 1VLNA 1C1LA 1IVGA 1HDKA 1Z4ZA 3FLTA 1F31A 3I4IA 2P37A 1LOFC 3FBYA 2A3XA 3TI6A 4FPLA 2CNAA 4AGRA 4Q27A 1INVA 1IKQA 2YY1A 2DVBA 3IM0A 1YXWA 6NN9A 1IVCA 2W68A 5HX0A 1DQ5A 1LGCA 3TI8A 4H52A 4KS2A 1VAVA 2P3KA 1N3QA 4CPLA 1IS3A 1LHWA 1L7HA 3KQRA 4QNPA 3D4KA 3OBRA 1ZA4A 1RINA 4M4NA 1UZZA 4H55A 3WG3A 2P3IA 4FOQA 3OY8A 2VUAA 4AVVA 1F8BA 1IS6A 4KS4A 2F0ZA 3B7EA 2PHTA 4AGGA 2I2SA 5GJ6A 2DWRA 3GVLA 2D6OX 4GZPA 4Q1RA 4AWDA 4CPMA 1WD4A 3UK9A 1KRIA 2QWGA 1FNZA 1WW6A 3LCPA 1S0DA 3ZSLA 4BMBA 3TICA 1WD3A 5T55A 5KXEA 3NSSA 4YGEA 3O9JA 2DTYA 1LHOA 1NLSA 4PQ9A 4BPZA 3POYA 3N7JA 3AZVA 1Q8PA 1Q8SA 1LULA 1F9KA 3IMNA 1AJKA 4ISRA 1MS0A 2F25A 4YW5A 4FQZA 2WJSA 1CJPA 2ARXA 3GVJA 3GALA 2QWCA 1WLDA 2DU0A 2NYYA 5T5PA 1HQLA 4B7NA 3JUUA 5IK5A 2ZGLA 2F29A 3O9KA 3BOPA 2BERA 3BODA 4GJTA 2CY6A 2HT7A 2E7TA 4FOVA 1ULCA 1MZ6A 1V2IA 1YO8A 4GDIA 1W1XA 5JDBA 4HZZA 1C4RA 4W65A 4HZWA 2BATA 4YM0A 1IOAA 2AENA 1BXHA 4NN9A 2D6NA 1C57A 1WLWA 1DIMA 2VW2A 2V73A 1WCSA 3D11A 4SLIA 4QN4A 1BZWA 1GYKA 3L2YA 5FREA 4B7MA 3BTAA 1NSBA 4YZ1A 3M1HA 4FP2A 2NMOA 4XYXA 4Y24A 1N3OA 1MZ5A 5LK5A 3M3OA 4XJRA 3B00A 1CN1A 1LTEA 4FQ4A 4YZ4A 3RRDA 4FPHA 1INHA 2YA7A 4XZPA 1O4YA 2OUHA 1H30A 4GALA 3UJQA 2LALA 1NMBN 1ULGA 3FLPA 2QWHA 1KQRA 4K1HA 1CESA 4QN7A 2AREA 2QWIA 3A4UA 3WZ1A 1NXD1 4LBMA 4DRVA 4UW6A 1QMJA 1HKDA 4FOYA 4YG3A 3OJBA 5SV8A 2W38A 4K1JA 2SIMA 3FFZA 2W52A 1VAMA 1AXYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CGJA 1LEMA 2JJ6A 4DINB 1F4AA 2JE7A 2OX0A 4EN6B 2ZB6A 4HT1T 4JRLA 1AR92 3UC1A 3LWCA 4EZ4A 3OOXA 3H6JA 4HN1A 5CFDC 4UOJA 4NIIA 1ZA7A 5A32B 4S2DA 2BDRA 3O5SA 5L7OA 1W9SA 4JKMA 1KD7A 3BVCA 2G8SA 2BWAA 3RS6A 2P4EA 5T50A 2QWEA 1PMHX 4D7SA 5LCWL 1NA1B 4AGIA 3HAGA 2JIGA 1LRHA 2AYHA 5FOJB 2XZJA 2YXSA 3SLIA 2F28A 4A41A 4COZA 1OURA 1S0JA 1F8VA 5FNRA 2DBNA 3UL2A 2JG8A 4E27A 1X50A 5IATA 1JZ5A 3O1SA 3ABZA 1VMFA 3ZXKA 1BMV1 4J9TA 1COV3 1PGL1 5KHIA 4R4ZA 3SILA 4NAOA 2JENA 3WHUA 5C9AA 4A4AA 3AP7A 1INWA 3GNEA 1RUF1 1QDOA 1BYHA 3JQXA 4OHXA 2RS12 1F2NA 1XNTA 2DCKA 4MHRA 3SCHA 1GR3A 4MHUA 4FPEA 1GU3A 3I2OA 1JU3A 4AH4A 2YZ4A 3ZFGA 2XXZA 4RS5B 4YFWA 3JB8A 5A3LA 2LTNA 4XFAA 3K51A 1PZ9A 2KR2A 2BWCA 1WLCA 3AXEA 4CYDA 4DIQA 1Z50A 4AI3A 4BQ1A 4B7QA 1ST8A 4QXHA 1H8TA 2QZ3A 3DEMA 3WDWA 4M3MA 2FDJA 4ZGCA 1I3HA 4XDOA 3MBWA 5IVBA 3WF0A 2AEZA 3MW2A 4GQ7A 2R49A 1S0GA 1H2NA 2VTXA 1Y43B 2W47A 2XUEA 1NLRA 1PMJX 1PZ7A 2BOJA 3M4FA 4CP9B 2J1TA 1NMCA 4DB5A 4JDNA 4N9HA 3ALWA 1GP6A 4UFKA 3ZYPA 1XYNA 3LB9A 5DZGA 3TC9A 4E4HA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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