4YZ5A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, in complex with 3-sialyllactose
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
657
structure length
656
Chain Sequence
TPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative neuraminidase
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 194
structure length 656
sequence length 657
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz5A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz5A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz5A02
1Y7BA 2PELA 4Q8KA 1LTEA 2F13A 1L7FA 1FATA 4K1ZA 4YM2A 3IMNA 2A3WA 3O0VA 4PBOA 2YA8A 4MWLA 5JDBA 4P9WA 3ZXLA 1H9WA 2GN3A 1E8VA 1IKQA 4KBBA 3ATGA 2JDZA 3ZYPA 1NMCA 5JOYA 3POWA 2GALA 2NYYA 3K38A 1W6NB 5FRAA 4Q27A 2ZB6A 4K1YA 3OY8A 1OQ1A 5HUKA 5DUUA 2XZKA 1S0DA 1LU1A 1QNWA 3AP7A 1BJIA 3CNAA 2ZGKA 4XTPA 2W08A 4FPJA 4FPOB 2C4LA 2YA4A 2E51A 1FNZA 1V0EA 4K21A 4LBLA 2VK7A 2JKBA 3WDXA 4YM3A 2ZGOA 2YZ4A 3B3QE 5T5JA 1W6OA 1GYKA 2F24A 1R1ZA 1F8CA 1USXA 1X50A 1HQWA 2NMOA 4R9DA 3UL2A 2DYCA 3UJQA 1LGNA 4YZ1A 1SLCA 1ULCA 5JVVA 1A4QA 4SLIA 1LHUA 1IS6A 1DQ6A 4FZHA 3SLIA 3M2MA 3DUIA 5DZEA 4R9AA 1CPNA 4FQ4A 2ZGQA 1MS5A 1GBGA 3MW2A 4B7RA 4MWQA 1XQNA 1G9BA 2W38A 3ZSKA 4NCSA 4D8SA 3TIAA 1C57A 3O9KA 4H55A 1LEDA 1DQ2A 4FP3A 2EXJA 1DBNA 4XXAA 2R49A 2P34A 4JC1A 1B9VA 1XOEA 4QN4A 2ZHLA 2QWHA 1IS3A 1LU2A 3M3EA 2YDPA 1JYCA 3PJQA 1DQ4A 4H52A 2QWBA 1BXHA 2A7AA 4ZKTB 4DRRA 2CTVA 1LENA 2WT1A 1F8BA 2JJ6A 4LBOA 2VWDA 3QCWA 3T2TA 4GJTA 1INGA 3SILA 4FQZA 4TYSA 2VW0A 4MZAA 1LGBA 4J9TA 2HT5A 4ISRA 1LOBA 2YXSA 3B00A 1Q8OA 2HTYA 4JCKA 1CJPA 3FUOA 2DVDA 1QF3A 3JU4A 5DZGA 3OPZA 1UKGA 3CKZA 4ISQA 3RRDA 2R16A 3HR9A 3U4XA 2BZDA 2PHWA 4MWVA 4HANA 2BQPA 4ATFA 4FVVA 2KM2A 2EXIA 2F25A 2A6YA 1BYHA 1JN2P 4UW3A 4P14A 1WW5A 1AZDA 2VU9A 5HUGA 3IPVA 4GZSA 3TI5A 3A72A 1W6MA 3A71A 2D3PA 1O4YA 2AREA 1NXD1 1WW7A 5T5LA 3W59A 4C1XA 1Q8VA 5E89A 1LJ7A 4MWYA 1NMBN 3TI4A 5F5QA 1V3EA 4AGRA 4FOVA 4UF7A 4K3YA 4CPMA 3GNEA 3RMYA 2UURA 1APNA 5HCAA 1IOAA 1WLWA 1NNBA 2HTWA 2WT2A 4AYUA 2WKKA 3WUDA 4MWJA 4Y1XA 4Y1UA 1IS5A 1Z4XA 4YM1A 4Y1ZA 2ZB5A 4DFSA 3FBYA 4PQ9A 3M3QA 3AFKA 3M1HA 1VALA 2WJSA 2SIMA 5DG1A 1MVEA 2DUOA 1PZ7A 2W68A 1AJOA 3GVKA 2EALA 1DLLA 2D7FA 4GZOA 1FNYA 3AK0A 2AUYA 3SISA 2QWIA 1QMJA 1TEIA 3Q9OA 1F31A 2HTRA 5E8AA 4XHXA 4BOWA 4PBPA 1DQ5A 3PVOA 2XG3A 3W09A 4ASMB 5HCFA 1V3BA 4MJUA 2DVBA 1S0EA 2VVZA 2ENRA 2F27A 1NSBA 3OBTA 4YW2A 4WA4A 2E7QA 4YG0A 3TI8A 1Z0HA 2D6OX 5DUXA 4NOTA 3D5OA 2NP0A 1UL9A 1NSDA 1CONA 3KQRA 1FV3A 4M3CE 4DPNA 5KXBA 4Y22B 4XJAA 2P2KA 5IK8A 2HTUA 2VY0A 2HT8A 1KDMA 2LALA 2WSVA 4FOYA 4FPLA 4R9BA 2A3YA 3WCRA 3TIBA 3NWKA 3AYDA 4HZWA 2DVGA 3T1EA 2ZHKA 5H9QA 1V0FA 4BMBA 1C1LA 3TAYA 3ZXJA 1V6MA 2AGSA 3HN1A 3ZYRA 1IVCA 2DVFA 4YGCA 4GEZA 4B7JA 4YZ5A 3A0KA 4LBNA 3OY8B 4HIZA 3SITA 1V00A 2V5YA 1WUVA 2PHTA 1B9SA 2W52A 2C5DA 5DUWA 4X49A 1AX1A 1WBFA 2JE7A 4P9XA 1G86A 4WV8A 3R4SA 4YG3A 1IVFA 2B7YA 1VCJA 4F83A 1D2SA 2OW4A 5KXEA 1DZQA 4CPYA 1PZ9A 1W6OB 3ASIA 1UPSA 3SH5A 1BKZA 1Q8QA 1HDKA 3WLUA 3V65A 4AGGA 3MEPA 3AJYA 4JRAA 2AH2A 5T52A 4PF5A 5H9PA 4LBMA 5GZFA 3OJBA 1WBLA 1SO7A 2A70A 1ZM1A 5F9TA 4I00A 2GNMA 4K1KA 2SLIA 1AVBA 2ZZJA 4NC5A 4BM8A 5IK4A 5GLTA 1INXA 5LK5A 1N3OA 4XJZA 1S1AA 1LOAA 1W6PA 1SBFA 1YRZA 5M1ZA 2OVUA 2XZIA 1AJKA 2HT7A 4HL0A 1DGLA 1D0HA 2W39A 1JBCA 5CNAA 3INBA 5GLUA 4WA5A 3ZXEA 3WV6A 1GKBA 2ZGRA 4XILA 4HZVA 1URXA 2VK5A 3WHTA 3KM5A 4BMEA 5JMCA 5GZDA 3AZWA 2XZJA 4WVWA 4XIKA 2WT0A 4AVSA 1XOGA 1Z78A 1W0PA 3ZSJA 1WCQA 1YO8A 2W20A 5HX0A 4FPFA 2E7TA 1LODA 3WCSA 4X47A 1UN1A 4XE9A 2A6ZA 1FYUA 3LCPA 2ZGMA 1FX5A 4TZDA 2QWCA 2F12A 1G9DA 3NN9A 1DQ0A 1SFYA 5GALA 3USUA 2CYFA 1AF9A 2GMPA 4B7MA 3V64A 1I1EA 2VSMA 1S0GA 5L73A 3ILNA 4FOWA 4C1WA 2DURA 5GZGA 4D69A 5GLZA 2CWSA 4GDJA 4CPNA 1H9PA 3BEQA 4GKXA 2VW2A 1MACA 1OKQA 1VLNA 2R0FA 3IPVB 2F10A 1KRIA 4XIOA 5IK5A 3ZVXA 1W6MB 1MZ5A 2CNAA 1V2IA 1S0BA 2EF6A 4HZYA 4Y24A 2AEQA 3IN9A 1YYNA 4YGDA 4WA3A 4QN6A 3POSA 4CRQA 3N7JA 3V0AA 4FPHA 1SLAA 3H71A 1QDCA 1QOSA 4YW3A 3A4UA 4YFWA 1CIWA 1G9CA 3V0BA 1VAMA 4GZXA 1G8WA 2D6LX 2LTNA 1G9AA 1B09A 3ILRA 1LHVA 2G4IA 4H53A 3ILFA 5IUQA 4XJWA 1AX0A 4FPKA 2B8HA 3VKOA 2F11A 1W8NA 2EXKA 1CVNA 4BBWA 3W58A 1WLDA 3AP5A 4LBQA 1LOCA 3BIWE 4HZZA 2FHRA 2ZACA 2A75A 4Q6KA 2UU8A 2VUAA 4X6KA 4KS3A 3UJOA 3AYCA 2AENA 4LBQD 4YZ4A 1A78A 1LGCA 2ZMLA 1GICA 5GM0A 2A6WA 1CESA 4CZSA 4FPEA 1ENRA 2D43A 2BF6A 1MS9A 1VCUA 1FV2A 2A71A 2Z42A 1QOTA 2HU4A 1DHKB 1LULA 2D3RA 1Z4ZA 2EAKA 2ZGUA 1W21A 2NN8A 2ZA9A 3SNMA 2RHPA 2P3IA 3IKWA 3AZZA 2GN7A 3I4IA 4M4VA 2ZHNA 3PVNA 1LOEA 1ULDA 1F8EA 4U2AA 3APBA 4XJ9A 1SBDA 1YXWA 4YZ2A 2CMLA 4HZXA 3SH4A 4Y1VA 1JUIA 2GMMA 4FPCA 1MWEA 1MVQA 3C2UA 1UZYA 2PHXA 5CB7A 1E8UA 4Q2FA 5EWSA 1S0IA 1F9KA 5GZCA 3WDTA 4B7QA 2D44A 4KS2A 3VUOA 1V6OA 5T5OA 3MW4A 1E8TA 4OZXA 4M3CF 2WSUA 4QN3A 1LEMA 3BODA 2YROA 4FOQA 1JXNA 1MS4A 1KDKA 2VSKA 4AWDA 3AXEA 1QU0A 4GZTA 1GANA 1A3KA 1AXZA 1QKQA 1ULFA 4BQ1A 1SLLA 3AYAA 1QDOA 3AP4A 5GZEA 3WVJA 1ENQA 5BYNA 1H30A 4MWWA 1GZWA 4M4UA 2ERFA 3LSEA 1WD4A 1LESA 1W6PB 3B9CA 5HCBA 3IM0A 4MZEA 3ZPYA 1MR5A 1RINA 1IVEA 3TICA 1SNTA 3NV4A 3O12A 4M3CA 4Y20B 3ZSLA 4MWUA 5IT6A 4U36A 1NCDN 2PHFA 4Q26A 2W5OA 4GZQA 2RKCA 4MX0A 2HU0A 5GLVA 5IK7A 2F28A 2HYKA 3A0NA 3WDYA 1Z4VA 5GLWA 1KQRA 3HMYA 3O5SA 1BJQA 2QWGA 1VAVA 1S0JA 4XOGA 3CYEA 2EXHA 4Y1YA 3R4UA 5T50A 3L2YA 1NSCA 5AVAA 2SILA 1LCLA 2ZMNA 3K3AA 4MJVA 2X9MA 3USUB 4GKYA 4XDQA 1Z4WA 3BOPA 2OUHA 2OUJA 1IS4A 1INWA 2YDTA 5JYYA 2F29A 1W6QA 2DV9A 4XJ8A 4KS1A 4LBJA 4XMAA 2V73A 5DUVA 3RSJA 3K36A 2D6NA 2WNEA 5E88A 4YGEA 1N1SA 3N7MA 2ES3A 5HUNA 4GDIA 2YA5A 1ENSA 2CL2A 4Z8BA 4L8QA 3FLRA 1IVDA 1MS0A 4XBNA 5CAZA 1DYPA 2AEPA 3VKMA 2YY1A 3UK9A 4GWMA 1AXKA 3V0AB 3AXDA 3D12A 4GWNA 3RG0A 1NCCN 1CPMA 4YGBA 2WLQA 3WUCA 3V0BB 5T55A 3I8TA 1SACA 1QGLA 1DILA 1JW6A 2NZ9A 3O9JA 4GZPA 3R05A 1DIWA 1INVA 3PVEA 4AVVA 1F8DA 4I30A 2GNTA 2DU1A 1SBEA 5JOXA 1O4ZA 3AZVA 1NNCA 2JE9A 3WZ1A 4K1JA 3H6JA 4XZPA 4LBQB 2AYHA 1SCSA 2NM1A 1CQ9A 1DQ1A 3D11A 2UWAA 4XMIA 4XJUA 1CN1A 1AXYA 2YA7A 5JLVA 1ULGA 1USRA 2D6PA 1FAYA 4YZ3A 1Z4YA 3VKFC 3OGGA 2D3SA 2UWBA 5JOWA 3BTAA 2YA6A 1MS3A 2A6XA 4DGRA 4MWRA 1GNZA 2DU0A 4QN7A 4Q1PA 4JF7A 1ONAA 1U0AA 4QN5A 2DWRA 4GA9A 2JECA 4ATEA 1MS1A 2YV8A 1F5FA 1EUTA 2F26A 1INFA 4GB1A 3DGTA 1N3QA 3H0OA 1S0FA 1W1XA 3WG3A 3AP9A 1NN2A 3N7LA 2P3KA 4YFZA 1LOFA 5FREA 3VV1A 4IQPA 3FLPA 2ZGLA 4YW5A 3PMEA 3AZXA 3WNXA 1KJLA 1C4RA 2DUQA 2ZHMA 1OFSA 1EPWA 3OYWA 3JU9A 4M4NA 2HTVA 1V6JA 4UW5A 1V3DA 1W0OA 2H0BA 3NV3A 7NN9A 1S0CA 1SCRA 1G7YA 4KS4A 1GZCA 3B01A 1WLCA 1Q8SA 1NCBN 1CR7A 1J1TA 4GALA 5H9RA 3WDVA 4UW4A 1DYKA 2ZGSA 2QWKA 5EXOA 4KS5A 3CL2A 1IKPA 3H72A 1SLIA 3CL0A 3SALA 3LSDA 3SH3A 3M3CA 2FMDA 4RL7A 5HUMA 4YM0A 4K1IA 4X4AA 3GVLA 4WEGA 4CPZA 2PHRA 1W6NA 3NV2A 1MZ6A 1NMAN 1QOOA 5EYYA 4WVVA 4NO4A 3NSSA 1SLTA 1GZWB 2QWFA 1INHA 2A6VA 4MYEA 4YW1A 3TB0A 5SV8A 2QWEA 1V6IA 4XYXA 3K37A 3TI3A 3AYEA 4M01A 2ZGNA 5NN9A 3B7EA 4XHBA 4M3CB 1LECA 4P9YA 1WW4A 4CPOA 2D6KA 4CPLA 2VH9A 2TEPA 4W65A 2XCYA 4YG6A 4M3MA 2CY6A 2ZGPA 4MWXA 3WG2A 2VW1A 1JYIA 3POYA 3NV1A 1LHWA 2ZKNA 1B9TA 1PZ8A 1GNHA 1ZA4A 2D6MA 2AR6A 1L7GA 1N1VA 1LHNA 1V0ZA 1KJRA 1UX6A 1GLHA 2VXRA 4CTEA 4XJRA 4XJQA 2WQZC 5CA6A 4K1HA 2ARXA 1A14N 1BQPA 2DVAA 1V3CA 4BPZA 3RQ0A 2A5ZA 1EUUA 1W8OA 1EURA 3OBRA 3GALA 4DRVA 5EYXA 2PHUA 1LOFC 4QNPA 5GJ6A 3INAA 3FLTA 1VIWB 2GMEA 1INYA 3FFZA 1WD3A 4LBKA 3WG4A 1W6QB 3AX4A 4FP2A 5KXCA 3ALWA 2YMZA 1BZWA 2R0HA 2DTYA 1NNAA 1G9FA 1MS8A 1Q56A 5DXDA 4BLJA 1LHOA 1L7HA 1GV9A 3JUUA 4XXPA 3VKNA 1QNYA 1YIFA 3B69A 3N3HA 3VKLA 2EIGA 1GZ9A 2ZABA 1IVGA 2DUPA 1W20A 1NLSA 1AX2A 2UWCA 2F0ZA 2QWDA 1A8DA 2E6VA 3AZYA 4ITCA 1N1YA 4UW6A 1EUSA 4YLZA 1KITA 3T1MA 1NCAN 5KXDA 5T54A 3ALXA 4DS0A 2ZAAA 5B2CA 4DQAA 2Q5TA 2BERA 4B7NA 3D6EA 1HQLA 1YI7A 3N36A 2GNDA 3RS6A 3WDWA 4FJ6A 4MC7A 3T1LA 4FVKA 2QWAA 2ARBA 1DFQA 3O0WA 3QLQA 1HLCA 3MPPG 3ZXFA 3WDUA 4Y26A 3N35A 2HTQA 3N7KA 4Q1RA 5DZFA 2C4AA 2BATA 3D4KA 1RIRA 2CWMA 2W5NA 5JOZA 6NN9A 3O0XA 4K20A 4WEFA 1JOJA 3RMXA 2R1DA 4XBLA 2GDFA 1N1TA 1RITA 1WCSA 2A3XA 3WOGA 3MW3A 2I2SA 3FUQA 4ZXKA 1UMZA 1A4GA 1Q8PA 2VK6A 1ULEA 3TI6A 2XB6C 2P37A 5DG2A 4AGVA 4GZWA 3SANA 4PCRA 3H73A 2DTWA 3AJZA 2ZGTA 2R1BA 5B2DA 3WG1A 4AVTA 4XTMA 2ZMKA 4YW4A 2SBAA 2P3JA 1DIMA 4R9CA 3M3OA 3AP6A 1V6NA 4WZFA 4Q8LA 1C1FA 2C9AA 3WHUA 1JHNA 1N47A 2NMNA 2GNBA 1I3HA 5T5PA 4BLIA 1SLBA 4XBQA 1IVBA 1V6KA 3OYWB 1UZZA 3GVJA 1V6LA 3ZXKA 5CBLA 4FPYA 1GSLA 2JD4A 2QWJA 1HKDA 1WW6A 1Z50A 3K39A 2ZBJA 4M00A 5H9SA 1N3PA 3ZSMA 4RA0A 4GXLA 4FPGA 4Y20A 1LOGA 4Y22A 2E53A 1UAIA 4NN9A 3ENRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HOBA 2BFUS 3FZ3A 3P5BA 1Y7BA 1EV11 2WYSA 1YQ8A 2PELA 3RZJA 4Q8KA 1LTEA 4BZ4A 2BTVC 2F13A 5C7GA 4QKFA 3BVCA 1L7FA 2JXAA 1FATA 4K1ZA 1XC6A 4YM2A 5FK7A 4CDUA 4Q4X2 5FZAA 4A7KA 3IMNA 4QQHA 5JZGA 1WP5A 4GMP3 1NQDA 2A3WA 2E31A 3O0VA 4HETA 1CAWA 1PGL2 3CBNA 1TNFA 4PBOA 2LW8A 1R1A1 2YA8A 4NIHA 1TE1B 1AL21 4MWLA 1JYTA 5JDBA 3OBZA 4P9WA 3ZXLA 1H9WA 2GN3A 2WINB 1RUG3 1E8VA 1IKQA 4KBBA 1QJU2 2CHHA 1W2AX 3ATGA 2JDZA 3WNMA 3ZYPA 2VZQA 4D6RA 1NMCA 5JOYA 3POWA 2GALA 3GXUA 2NYYA 4IN4A 3K38A 2ZEXA 4B7EA 1W6NB 5FRAA 4I09A 4Q27A 4BHPA 2ZB6A 3K3OA 1RL3A 4CUAA 3EQEA 1X9TA 3ZYBA 4BJ0A 4UF0B 4IXLA 3OUJA 4K1YA 4CP1A 5JSRA 3OY8A 1AR92 1OQ1A 1IQDC 4LO5B 5CKNA 5HUKA 3AKQA 4XDPA 5DUUA 1RUE1 2XZKA 1S0DA 2RJ2A 3TWIA 3ACLA 5C8CA 1UIJA 2XJPA 1LU1A 1QNWA 3AP7A 5FFOC 3CNAA 2ZGKA 3ETQA 1BJIA 1WCUA 4IQKA 4XTPA 4BISA 2O14A 4QWNA 2W08A 2XJUA 3IZOA 2F4PA 1OBNA 1W8WA 2VNRA 5F3EA 4FFHA 1PHMA 1RUF3 1YQ6A 2WA4A 3L9JT 4KWUA 4UFJA 4BE3A 4BK5A 4FPJA 2MEV1 4L7CA 5FNRA 2FCTA 4ZZ5A 4FI9A 2DBIA 4H14A 4HK8A 4OCTA 4V1PA 5FUIA 5FZ9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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