5F9TA

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, covalent complex with a fluorinated neu5ac derivative
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Neuraminidase C
total genus 200
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 5f9tA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 5f9tA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 5f9tA02
1I1EA 1E8UA 4QN7A 1S0EA 3UL2A 2P2KA 1OFSA 3A4UA 2KM2A 2JJ6A 2AGSA 1NCDN 4X6KA 3FUQA 4XIKA 2HU4A 4ISQA 1INVA 1JOJA 4ASMB 1W6QA 3M3QA 5E88A 2ZHNA 3AP6A 3O0VA 4B7RA 4UW3A 3AZWA 4MWVA 1F9KA 4Q2FA 5CNAA 1YO8A 5T54A 2QWHA 3AYEA 4GZQA 1GV9A 3T1MA 2VW1A 2AREA 4Q27A 5GZDA 1WUVA 4WEFA 1GYKA 1LOCA 1C4RA 1OKQA 2ZAAA 2GMMA 2DUPA 3LSEA 2PHRA 5IK5A 5GLWA 1CR7A 4YG3A 4YM2A 4M4VA 2VW0A 1GSLA 4GDIA 3WDUA 4YW4A 5BYNA 2YA7A 3ZXEA 5IUQA 3TIBA 2A7AA 1G86A 2PELA 3OPZA 2NM1A 1X50A 2YROA 4FPJA 3SITA 2GDFA 3CYEA 1V3EA 1NCAN 3W09A 1Z4WA 3QLQA 2QWDA 1JUIA 1FAYA 3USUA 4AVVA 4YM1A 3V64A 3ILNA 1AVBA 2WLQA 4H52A 4XJAA 1C57A 2PHFA 3IPVB 1QU0A 2CNAA 1SBEA 4M3CA 3TIAA 3CNAA 1Q8OA 4DS0A 2BATA 4GXLA 3V0AA 1MACA 1HQWA 3U4XA 4MWXA 3WG4A 2A6ZA 3OGGA 2A5ZA 3T2TA 2HU0A 1DGLA 4FPLA 1HDKA 5H9QA 5HCBA 4PBOA 1VAVA 1LODA 1LU2A 1QOSA 4FOWA 1A4GA 5EYYA 4XOGA 4ZKTB 1QNWA 1GICA 2VUAA 2F29A 5GZGA 4NO4A 3WNXA 2VH9A 3POWA 1O4ZA 4XJQA 4K1JA 3N7MA 3PVNA 2XG3A 3VUOA 1W0OA 4AGGA 4NC5A 4XJ8A 2AR6A 4YGBA 3USUB 1NSDA 2VK7A 1W8OA 2R0HA 3N3HA 2YA8A 4L8QA 4NOTA 1EUTA 4YG0A 4M3CB 2YDPA 2ZZJA 1KJLA 1DIMA 1V3BA 2DTWA 3AYCA 1W6PA 3D12A 5JLVA 2W5NA 4I00A 3LCPA 1E8TA 4Y24A 3RMXA 2YV8A 2HTWA 5IK7A 2ZGLA 1SBFA 1MWEA 5T55A 4LBQA 2SILA 2W39A 3WDYA 2NYYA 5DG1A 3GVLA 2GN7A 1INYA 1MVEA 2W5OA 5IK4A 1LEDA 1ENQA 2VWDA 1W8NA 1MVQA 5JOXA 1WLDA 1N47A 2GNMA 1AX1A 3A0NA 1W1XA 2QWKA 2F12A 4LBOA 1WW4A 4K1YA 4BM8A 2DVBA 2VXRA 2A3WA 2EXJA 4OZXA 4GKXA 1NNAA 4WVVA 4FZHA 4YGCA 3AJYA 2UURA 1W6PB 3H71A 4YG6A 1HKDA 1XOEA 3VKFC 1SACA 2A75A 2DVAA 2A3XA 3H73A 3UJQA 1AJOA 4WA4A 4XTPA 3K39A 4XBQA 5SV8A 4KBBA 1Z4VA 3VV1A 2D6NA 3INAA 3BIWE 4LBKA 1QGLA 1LTEA 1JYCA 4HZYA 2YMZA 1F8BA 5DZFA 4CTEA 4JRAA 3KM5A 4XJWA 1N1YA 2P3KA 3AZZA 5HCAA 2YY1A 5NN9A 1N1VA 3AX4A 2XZKA 1QNYA 4ITCA 1NSBA 1WLCA 4XXAA 1ENRA 2AEPA 2VVZA 7NN9A 2W68A 2F0ZA 4BMBA 2R1DA 2D6KA 1A8DA 3CL0A 4D8SA 4BMEA 2HTYA 1G9CA 1RITA 2OUHA 2OVUA 3TAYA 4X49A 2ARXA 1LULA 1PZ9A 2LTNA 3VKOA 1JHNA 3IM0A 4Q8LA 4CRQA 4FOYA 1NMAN 1Z0HA 3NV1A 1NXD1 2DU0A 3PVOA 3ZXFA 4HL0A 3PVEA 5JMCA 1LOGA 1RINA 1NCBN 2JECA 4M3CE 3I4IA 1H30A 5H9SA 1BJIA 4CPMA 1VAMA 1IS5A 3WCRA 1LCLA 1LU1A 1Z50A 1FATA 4CPYA 3C2UA 4PQ9A 3Q9OA 1EPWA 3HN1A 1ZM1A 4GALA 2CL2A 3VKLA 2DVGA 1LHWA 2OUJA 1LEMA 3TB0A 3B69A 4CPZA 1CIWA 3NWKA 3RG0A 4AGVA 5GZEA 3WDTA 1XOGA 1F8CA 1CPNA 1MZ5A 3L2YA 4K20A 3GVJA 2F27A 1F5FA 1WCSA 1W6OB 4JCKA 4FP3A 1GBGA 5GLUA 2ZGRA 1IS6A 2ZGNA 3FLTA 2EXKA 1KDMA 1DHKB 4AWDA 1CVNA 5F9TA 1LGCA 2YDTA 3OY8B 1INFA 1CQ9A 1S0JA 2SLIA 1G8WA 4MWRA 4Y1ZA 1V00A 2WSUA 4HANA 2OW4A 4YZ4A 3RMYA 3FLRA 4K21A 2E51A 1IVBA 1FV2A 3PJQA 2D6LX 1Z4XA 1LOAA 1ULEA 3ENRA 4ISRA 5GZFA 3WZ1A 4Q1RA 5B2DA 3O9KA 2DURA 5H9RA 1TEIA 1F8EA 2ZKNA 3FFZA 3RSJA 2W20A 4GWMA 1MS0A 2ZABA 4DRVA 1WCQA 2JKBA 2DVDA 1Q8PA 3B01A 3WG1A 5CB7A 4Q6KA 2EXHA 2NP0A 4YM0A 4MWWA 4GZWA 2R49A 3WDXA 1N3QA 3IPVA 1GZCA 2Z42A 4NCSA 1YRZA 4XYXA 1DQ2A 2AUYA 4Y26A 4GZXA 4MX0A 3ZXKA 4P9WA 1WLWA 2R1BA 2VY0A 3WDVA 4BPZA 3K36A 3I8TA 1JW6A 3ATGA 1A3KA 3AXDA 3V0BA 1DYPA 4Y1YA 1WD3A 3SANA 2UWAA 2A3YA 2D3PA 3MEPA 3TI6A 1UZYA 4B7JA 4K1IA 2WSVA 1G7YA 3AZVA 1AXYA 3TI3A 2VW2A 3BODA 2GMPA 1LOFA 3ZSJA 3N7LA 4MC7A 4DRRA 3AYAA 3B9CA 4QN6A 5F5QA 1N1TA 4FPCA 4XE9A 3TI4A 1NMBN 5JYYA 2FHRA 5DUUA 1LHUA 1W6MB 4BQ1A 3H0OA 4YGDA 1VIWB 1ULDA 2I2SA 1LESA 4C1WA 1A78A 1QDOA 5DUWA 3D11A 1S1AA 1B9TA 3AJZA 1L7GA 4YW5A 3V0BB 5T5OA 3POSA 1QDCA 4HZVA 4D69A 2VSKA 4GB1A 1QOTA 2VK5A 4Q26A 4Y1VA 1S0GA 3BTAA 2BZDA 2R16A 6NN9A 2UWBA 1V0EA 4XBLA 1IKQA 3ZYPA 1UPSA 1QOOA 1BKZA 3B00A 4WV8A 1SNTA 1W21A 1GZ9A 5JDBA 2ZHLA 2DUQA 1JYIA 2E7QA 3NV2A 1SLAA 2X9MA 1BXHA 1IVDA 1DQ5A 4Y20B 4YW3A 1FNZA 3O0XA 3D5OA 3WG3A 2C4LA 1INHA 4XIOA 3KQRA 5E89A 1YIFA 1SLBA 5DZGA 4HZWA 1DQ0A 4XTMA 1GNZA 1WBFA 3O12A 1WW6A 5M1ZA 4HZXA 5JOZA 1H9WA 3H6JA 1JXNA 1IOAA 1FNYA 4FQ4A 2WT1A 2A70A 4R9CA 5DXDA 2AENA 4XMAA 4HIZA 3M3CA 1BJQA 4MWQA 3IMNA 5L73A 1MS3A 1SCSA 1G9AA 2QWIA 4XILA 1RIRA 4KS4A 4ZXKA 4FPHA 3SISA 3TI5A 1WD4A 1XQNA 3M3OA 1Z4ZA 1NNCA 2ZGKA 2BQPA 2HT7A 2VK6A 3B7EA 2NN8A 2ZB6A 1U0AA 5GJ6A 1MZ6A 4KS5A 1DYKA 4KS3A 2QWEA 1VALA 3WVJA 4HZZA 5LK5A 2ZBJA 4UW4A 3APBA 2SIMA 1FX5A 1KJRA 2V73A 4XDQA 1W20A 2BF6A 4M4NA 4Y22B 1DQ1A 2XZIA 2JE9A 3N36A 1Q8VA 4AGRA 4MZAA 3FBYA 1ENSA 2F24A 4XJRA 5IT6A 5HX0A 3MW3A 4LBNA 2GMEA 3NN9A 1INWA 2W38A 1ZA4A 3O9JA 1USXA 1NLSA 4Q1PA 3UJOA 3WCSA 4XMIA 1N3PA 1LOFC 1WW5A 2GNDA 3JU4A 4CPLA 4NN9A 1AX2A 2D6OX 2NZ9A 5DZEA 2B8HA 3QCWA 1ULFA 4WA3A 4FJ6A 1FYUA 3B3QE 3JU9A 4LBJA 1GKBA 1MS9A 2CWSA 1DBNA 3PMEA 4AVTA 3OYWA 4MWYA 2AEQA 2VSMA 4YLZA 5B2CA 1AX0A 2YZ4A 4K1KA 2JE7A 4MWUA 3ALWA 2ZHKA 4B7MA 4GKYA 3ZSLA 3RQ0A 2UU8A 3VKNA 1UL9A 1W6OA 4FPKA 2DV9A 1BZWA 1JBCA 3IN9A 2WT0A 2ZGSA 1C1FA 3N35A 1L7HA 3OJBA 4XJ9A 4MWLA 4GZTA 2QWCA 3VKMA 1LHNA 4GZPA 1SLIA 3DUIA 4SLIA 2DTYA 2A6YA 1UZZA 3OY8A 4BLIA 1MS1A 5AVAA 3OBTA 1DIWA 4FP2A 5FREA 2CMLA 2TEPA 1VCUA 4BLJA 2PHWA 4LBLA 5EWSA 2ENRA 3WHUA 3OYWB 4XJZA 1HQLA 2D43A 3M1HA 1VCJA 3A71A 1W0PA 4X4AA 1IS3A 1Q56A 1UKGA 4PF5A 2PHXA 4FPFA 3WV6A 5HUGA 3WUDA 1J1TA 1GZWA 1I3HA 1S0DA 1LHVA 3AYDA 3MW4A 4QN3A 1GANA 4DGRA 2YA5A 2A6VA 1Z4YA 2XB6C 3R05A 2W08A 4WZFA 3ZXJA 1SCRA 3ZSMA 4XJUA 3LSDA 4YGEA 5KXDA 4AVSA 1IKPA 1L7FA 4JC1A 3M3EA 1S0BA 2F25A 4DFSA 1V6JA 2JDZA 3ILFA 1IVFA 1BQPA 2ERFA 1DQ4A 4XBNA 3AZYA 4R9AA 1SO7A 1LGBA 4GDJA 1H9PA 4GWNA 4KS1A 3SALA 2EALA 5IK8A 2CWMA 4R9BA 4M3CF 1LENA 4YFZA 4M4UA 2WNEA 2HTUA 1G9FA 5JOYA 4M3MA 3CL2A 5GLZA 4CPOA 5FRAA 1GZWB 1D2SA 5KXEA 5HCFA 2R0FA 3WOGA 4MJUA 3NV4A 1GNHA 1LHOA 1O4YA 2QWGA 5HUNA 2G4IA 1V6IA 5JOWA 2CTVA 2YXSA 1EUSA 1QMJA 5T50A 5GZCA 2GN3A 1S0IA 1V3DA 2HTRA 1JN2P 4FPEA 2CY6A 1W6MA 1NN2A 3NV3A 1A4QA 1SLCA 1PZ8A 4PBPA 2YA6A 3UK9A 5T5JA 2ZHMA 3WDWA 3SLIA 2AYHA 4LBQD 4YFWA 3SH3A 1MR5A 2H0BA 5T5PA 1LOEA 2ZGMA 3WUCA 2WQZC 1KRIA 1MS4A 1R1ZA 1DZQA 1CESA 1IVEA 4MYEA 3GALA 4FVVA 4U36A 1W6NA 4XHBA 3A0KA 4UF7A 1OQ1A 1S0FA 3HMYA 1APNA 3FUOA 2ZGUA 1KITA 4M01A 2EIGA 3AP9A 3ALXA 1N1SA 1W6QB 2D44A 5T5LA 4FPOB 1UX6A 2E53A 2E6VA 5GLTA 1YI7A 5HUMA 1CN1A 1GLHA 1NMCA 2VU9A 4K3YA 3R4UA 5GALA 2JD4A 2DVFA 1B9VA 4K1HA 4Y20A 4YM3A 3SILA 3MPPG 2ES3A 2P3JA 4U2AA 2F13A 2F26A 5JVVA 2ZMKA 4XZPA 1CJPA 3AFKA 2UWCA 1B09A 1V6KA 1AXKA 4Q8KA 2B7YA 1NSCA 2HTQA 4WA5A 1V3CA 1WW7A 3RS6A 1S0CA 3INBA 1W6NB 4JF7A 4ATFA 2P37A 3ZYRA 1EUUA 4YW1A 1V6MA 1G9BA 4DPNA 3WLUA 4B7QA 4GZOA 2E7TA 2V5YA 2ARBA 1YXWA 2D6PA 3W58A 1Q8QA 1KQRA 1B9SA 4R9DA 3GNEA 1EURA 3M2MA 3JUUA 5EXOA 2DWRA 4BBWA 4H55A 2F10A 4ATEA 1QKQA 2NMNA 1LGNA 2QWAA 1MS8A 1DILA 1IVCA 3ZVXA 1HLCA 2DYCA 2ZA9A 3GVKA 3V0AB 4CPNA 3BOPA 2NMOA 4RA0A 4FOQA 3TI8A 2QWJA 1USRA 4M00A 1ULGA 2F11A 4P14A 1LOBA 2PHTA 3BEQA 4TYSA 3RRDA 5E8AA 1V6LA 3AXEA 3DGTA 1V0ZA 1SBDA 3AZXA 2C9AA 4Y22A 2PHUA 2C4AA 2D3RA 5EYXA 3AP5A 4FPYA 1ULCA 2QWBA 1INXA 1Z78A 3V65A 3IKWA 3K38A 3D6EA 4RL7A 2HTVA 2BERA 1UMZA 2ZGPA 1KDKA 1NCCN 2GNTA 2ZMLA 4F83A 3SH4A 2D7FA 4KS2A 2GALA 2WT2A 3AP4A 3ZXLA 4MZEA 2GNBA 4TZDA 4BOWA 2CYFA 3N7JA 2A6WA 3K3AA 3O5SA 5DUXA 3POYA 2C5DA 3R4SA 5DG2A 2WJSA 2P34A 3ASIA 4XHXA 4LBQB 3FLPA 4QN5A 4DQAA 1AJKA 1SLLA 4PCRA 4W65A 5CBLA 5KXBA 1Q8SA 4H53A 1F31A 3OBRA 2SBAA 2F28A 4GA9A 1Y7BA 4Y1UA 2ZGOA 4YZ5A 3MW2A 2W52A 3N7KA 4WEGA 1SFYA 1CPMA 4Z8BA 4YW2A 1AF9A 2HT5A 2ZMNA 1IS4A 2WKKA 1IVGA 5DUVA 3O0WA 2DUOA 4AYUA 2XCYA 4GJTA 5H9PA 5KXCA 4J9TA 1AXZA 1V0FA 2EAKA 1NNBA 1F8DA 1DLLA 2ZACA 2DU1A 1V2IA 4CZSA 3ZSKA 3NSSA 5HUKA 2HYKA 4P9YA 1PZ7A 2QWFA 4FQZA 4IQPA 1YYNA 4Y1XA 1V6NA 1C1LA 1WBLA 1UN1A 3T1EA 1LJ7A 4YZ1A 5CAZA 4YZ3A 4B7NA 4FPGA 1BYHA 4LBMA 2ZGQA 2AH2A 1SLTA 2D3SA 2A6XA 4X47A 1FV3A 4GEZA 2FMDA 2YA4A 1E8VA 1MS5A 4QN4A 3H72A 1CONA 1A14N 2ZB5A 2XZJA 4P9XA 3AP7A 2EF6A 1N3OA 4FOVA 3SH5A 5CA6A 4MWJA 1UAIA 2Q5TA 4K1ZA 1INGA 2EXIA 2HT8A 1ONAA 4UW6A 3SNMA 3WG2A 1QF3A 5GM0A 3W59A 3AK0A 4I30A 2RKCA 3HR9A 2A71A 4WVWA 4MJVA 3TICA 3ZPYA 3D4KA 2ZGTA 1V6OA 5T52A 3ILRA 3WHTA 1VLNA 4GZSA 1URXA 4C1XA 2LALA 1G9DA 1D0HA 3T1LA 4UW5A 3CKZA 4QNPA 4YZ2A 5GLVA 2D6MA 4XXPA 3K37A 2P3IA 3A72A 4FVKA 1AZDA 1DFQA 2RHPA 1LECA 1DQ6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JKMA 3C7HA 1I1EA 1PMHX 1POQA 5LCWL 1AYN3 1E8UA 1QJU3 1OLRA 1NE6A 1RUG2 3VN4A 1VBE2 1IPSA 2J7MA 4QN7A 3MDPA 4YPJA 2DBIA 1S0EA 3L9JT 5FZKA 4QX1A 5A32B 3UL2A 5D8AB 3ACIA 3FL7A 4XQ4A 2P2KA 1OFSA 3A4UA 4BZ4A 1OQEA 1GWKA 3H8UA 1V04A 4D8MA 1H4HA 1U5XA 2KM2A 2RMU2 2JJ6A 4AF9A 2AGSA 3AMSA 4XABA 3VBHB 1NCDN 5A7OA 4X6KA 3FUQA 3THDA 4XIKA 1BCXA 2HU4A 2BPA2 4ISQA 5CFDC 4M4RA 1INVA 2O8QA 4E4DX 4L7DA 4URTA 3ZPOA 4NN0A 1JUHA 3N9QA 3ZN4A 2JDHA 4Q1UA 1JOJA 2E31A 2ZPXA 2XQXA 4Q0QA 4ASMB 2PAKA 1W6QA 1IUBA 3M3QA 4PF1A 3OUHA 2ZHNA 3AP6A 2VR4A 5E88A 2DSOA 3O0VA 4B7RA 4LEJA 3OD0A 3RZKA 5FPXA 4UW3A 3AZWA 4MWVA 4HW6A 1I9RA 3VZJA 1F9KA 4M4PA 4Q2FA 5CNAA 1RUF3 1YO8A 4S2FA 5T54A 2QWHA 5H47A 1NCRB 4LKSA 2VVDA 1JZ3A 3RJ2X 3AYEA 2HYXA 1W0NA 5HI0A 2DG1A 4GZQA 3U07A 4I3PA 1GV9A 4CE8A 3T1MA 2VW1A 1TG7A 2AREA 4Q27A 3MIEA 1WUVA 4NR1A 5GZDA 4OUEA 5FPLA 4ORFA 4BB3A 4CUGA 4WEFA 5FO9B 2WQ8A 2OPKA 1H8TC 1X8MA 2QQVA 3KHBA 2HWE2 3CBNA 1EAH3 1GYKA 3UKVA 4HHQA 2RVAA 1LOCA 4IETA 1C4RA 1UKRA 4BQ3A 4YSFA 3KZ4C 2J1EA 1QXPA 2HWF3 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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