5F9TA

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, covalent complex with a fluorinated neu5ac derivative
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Neuraminidase C
total genus 200
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 5f9tA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 5f9tA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 5f9tA02
4FPCA 2VSMA 3O0WA 3O9KA 2GN7A 2D7FA 1CPNA 1N3QA 4YM1A 2YROA 5E89A 1V6OA 4K1KA 4XTMA 4GJTA 1NNCA 3K39A 1DILA 2VU9A 3ZXJA 1S0EA 1DIMA 2UU8A 4KBBA 1LU1A 1INYA 2QWFA 5CNAA 5HUKA 1HDKA 1R1ZA 3UK9A 3ZSLA 1F5FA 3WOGA 4GZPA 3ASIA 3B3QE 4FPOB 4XHXA 3N36A 3ZSJA 1OFSA 1INVA 2QWAA 2NYYA 2QWEA 4XJAA 3TI5A 3SNMA 2YDPA 4NOTA 4QN3A 1WW7A 2AGSA 5GZDA 4KS5A 2OW4A 1Q8QA 2W39A 4GDIA 1ONAA 2DTWA 2AUYA 2WLQA 3FLTA 4DPNA 2B7YA 4XZPA 3PVOA 3IN9A 2GNTA 4DRVA 1JUIA 4GXLA 3M3EA 4LBKA 2ZHNA 4FPEA 1BQPA 2GNMA 1V3DA 4MYEA 1V6IA 1WD3A 3AP5A 3VKFC 3MW3A 1V00A 2JECA 1LODA 1Z4ZA 4DRRA 4HL0A 2DVDA 3N7JA 1EUUA 2D6KA 5IK4A 3A0NA 2ZHKA 4LBJA 4UF7A 4BM8A 3H0OA 1A4QA 5JYYA 1RIRA 1GBGA 3I4IA 1KJLA 3V64A 4Y1VA 4H55A 4U36A 4FOQA 2VK5A 2E53A 3R05A 2VSKA 4YM2A 1WCSA 1W20A 5CB7A 1VALA 4KS2A 1DQ5A 5HX0A 2C5DA 5GLZA 2A7AA 5KXBA 3Q9OA 3WCRA 2GMEA 1FV3A 4X4AA 1GANA 4SLIA 3ALXA 4LBOA 1PZ7A 4UW6A 4B7MA 2XCYA 4AVTA 1DQ4A 3A71A 2D3SA 1WLCA 1XQNA 4Y1ZA 4KS1A 4MX0A 5HCAA 1DGLA 4X49A 2YA8A 3A0KA 3LCPA 4BMEA 4FOWA 2QWJA 3AFKA 1LENA 5JOYA 1G86A 1URXA 4LBMA 2G4IA 3B00A 3C2UA 3W09A 1Z50A 1C1FA 4FPFA 3WCSA 2AEQA 3WDWA 2F24A 5IT6A 3CKZA 4YZ4A 2ZAAA 2UWCA 1UZZA 3M3CA 1LESA 3TAYA 1V3CA 1IS3A 2V5YA 4MWUA 4FVKA 3WDYA 2ZGKA 1IVBA 1SLCA 3NN9A 2ZKNA 3RMYA 3N7KA 1Q8PA 1E8UA 2FHRA 2NMNA 2XG3A 3WNXA 3KM5A 1BKZA 1HQWA 2EAKA 4P9XA 2HYKA 2A3XA 3B7EA 4AVSA 3RQ0A 2BZDA 4ATEA 4Q8KA 1LEDA 1OKQA 2AEPA 1W8OA 2AENA 3AJZA 1WLWA 2R16A 5LK5A 2W20A 1LOBA 1LU2A 3SLIA 3IMNA 1S0JA 5DZFA 4BBWA 4CPNA 4MWYA 3MW2A 1MZ6A 1LJ7A 1VIWB 2PELA 3ZXFA 1KQRA 1MS9A 1SNTA 4YW2A 4HZZA 2OVUA 2DV9A 2WSVA 1Y7BA 3USUA 4AVVA 1AX2A 4Y20A 3AZWA 5H9SA 3H73A 3U4XA 2A6XA 4WZFA 3GNEA 2YDTA 4I00A 4TZDA 3V0BB 4BQ1A 2QWKA 1UPSA 1EPWA 1CR7A 1KJRA 4XILA 3HMYA 2R49A 4Y20B 3K3AA 1SCSA 3GALA 1GICA 1NLSA 3V0AA 2WNEA 1MR5A 2GDFA 2XZIA 4Y22A 4QN5A 4MZEA 4LBNA 3D6EA 5F5QA 3GVLA 2NMOA 2WQZC 1QMJA 2CY6A 3V0AB 4GZQA 2SILA 2WSUA 2R1DA 3LSEA 5KXCA 4PF5A 2GALA 3H6JA 2XB6C 1S0GA 2P2KA 2F13A 5DZGA 2F29A 1MS1A 3ZPYA 1TEIA 4GZSA 3RG0A 4XJ8A 4Q8LA 2E51A 2GN3A 4X47A 1LOFC 2W52A 3QLQA 3JU9A 2ARBA 1GZCA 4MJUA 4YM3A 3K37A 4MZAA 3OY8A 5IUQA 2ZMKA 1SLTA 4YM0A 3WDVA 1AXZA 3TICA 1IS5A 1YI7A 2NP0A 5T5PA 4Q27A 1QKQA 2HT8A 4CTEA 1EUTA 2W5OA 1A8DA 3GVJA 1C57A 2ZGTA 4GZTA 1CONA 2A6ZA 2XZJA 1N3OA 1UZYA 4XBLA 5NN9A 3VKOA 3WUCA 5IK8A 2CMLA 5B2DA 4YLZA 5BYNA 4Q1PA 3SITA 3MW4A 4XXAA 2LALA 2WKKA 1IS4A 1FYUA 3PVNA 1LECA 2ZGLA 1NMAN 3JU4A 2E7QA 2P3IA 4FPLA 2R0HA 3OGGA 2NM1A 1W6PA 5DUVA 1IKQA 3UL2A 1LEMA 2VXRA 1ULDA 3FBYA 5F9TA 3RMXA 2HTYA 2A6WA 1CQ9A 2W38A 1IVFA 1AX0A 1DQ6A 1W6PB 1MVQA 4XXPA 4MWWA 4CPZA 4GALA 2DUOA 1BXHA 1ULCA 3VKNA 1Z4VA 1FATA 3ZSMA 1ENQA 3D4KA 4YFZA 2ZMLA 4YGDA 2HT7A 2DU1A 1L7HA 1Z4YA 3MPPG 3FUQA 4XJ9A 2WT2A 1L7GA 3H72A 1JXNA 1LOAA 1GZ9A 4B7NA 1JYCA 2EIGA 2D6NA 1O4ZA 4WV8A 1DLLA 1NMCA 2OUHA 2D6OX 3CL2A 2GNDA 3H71A 3N7LA 4ITCA 1EUSA 1WW5A 2UWBA 2CWMA 1MS8A 1VLNA 1QU0A 1A4GA 1N1SA 2DWRA 2YV8A 2VVZA 3APBA 4AGVA 1VAMA 2VH9A 1A78A 2DVAA 1BJIA 2SLIA 2WT0A 3T1EA 5IK5A 1N1TA 3AZXA 3BODA 3NV3A 3TIAA 5T55A 1MVEA 4XIOA 1QNWA 4K3YA 1F8EA 1V3EA 2D44A 4B7QA 1HLCA 1SBEA 1V6LA 1VAVA 1V0FA 1C4RA 2ZA9A 4FVVA 2B8HA 1IVEA 2DU0A 4CZSA 4YW3A 1GZWA 5CAZA 2DTYA 3D5OA 2EALA 2C4AA 3T2TA 1XOGA 4MWVA 2P3KA 2F11A 3D11A 1JW6A 4D8SA 1RITA 1DQ1A 5KXEA 3L2YA 4AGRA 4HZVA 2A75A 3R4UA 5FRAA 2Q5TA 3SH3A 1E8TA 5GLUA 4FOYA 1SLBA 1DYPA 5DUUA 1V6KA 2QWIA 1GZWB 1W1XA 2A5ZA 3WG3A 4M01A 5HUNA 1S0BA 2VK6A 1GNHA 3POWA 2A70A 4XMAA 1WW4A 1VCUA 2UWAA 1W6QA 3NV1A 2ZHLA 5SV8A 4XJQA 1G9FA 5FREA 1DQ2A 3UJOA 4GZXA 1SLIA 1LHNA 1ULFA 1NN2A 1LHUA 5JLVA 1QDOA 2EF6A 5DG2A 1W6QB 1QGLA 4JC1A 2EXIA 2ZGQA 1B09A 3CYEA 4YGEA 4JF7A 4M4UA 2YMZA 4LBQA 1D2SA 4GKXA 3RSJA 2H0BA 3WDTA 5HUGA 1N1YA 3O12A 3N3HA 4QNPA 3K38A 3IM0A 1DQ0A 1I3HA 4R9DA 4R9AA 5EYYA 1V3BA 5JMCA 3NWKA 3SALA 1W0PA 1F8DA 4FQ4A 1UKGA 1N1VA 4LBLA 4W65A 3AX4A 4M4NA 2QWBA 4FPYA 3M1HA 3PVEA 4YW5A 5GLWA 2ZGNA 4CPLA 2E7TA 3WDXA 1USXA 3AK0A 3OPZA 3INBA 5JVVA 4NN9A 1QF3A 1LHWA 5JOXA 2YA4A 3TI8A 4JCKA 1YO8A 4HANA 1VCJA 1NMBN 3WDUA 4DFSA 2I2SA 2PHUA 3TI3A 4M3CA 1HQLA 3W58A 4LBQD 3IPVA 1QNYA 1Q8VA 5M1ZA 4K1HA 4P9YA 1BJQA 1GV9A 1GLHA 4K1IA 3NV2A 3AXEA 1LGBA 2JE7A 1ULEA 4QN6A 1DHKB 1KDMA 4XJZA 3O5SA 1SLAA 4CPYA 2YXSA 2NZ9A 4FP3A 4XJWA 5H9PA 1B9TA 4M3CB 3IPVB 3M2MA 3AYAA 3WLUA 2EXJA 2YY1A 3V65A 3KQRA 3I8TA 1AXYA 4FPHA 1NNAA 1EURA 3DGTA 3POSA 2JKBA 1V0ZA 1MACA 1Q8OA 5L73A 3WUDA 1W21A 3WZ1A 2DVBA 4P9WA 5T5OA 1INFA 4Z8BA 3HN1A 5GZGA 1IVGA 4YW4A 2ZACA 5IK7A 4QN4A 3M3OA 1AJKA 1G9BA 2Z42A 1UN1A 2W5NA 3AP6A 3USUB 2EXKA 4K20A 4FZHA 3CNAA 1LULA 1H9WA 4PQ9A 4FQZA 4FPKA 2VW0A 1FAYA 1W6OA 2ZHMA 2D3RA 1F9KA 1B9VA 4AWDA 1KITA 3O0VA 1SBFA 4XE9A 2AREA 2ZBJA 2A6VA 1Z0HA 4CRQA 4WEGA 4RL7A 2A6YA 3AZYA 1JOJA 1MS3A 4Y22B 5T52A 2HTQA 5GZCA 2DUPA 3WHTA 1O4YA 1QDCA 3B01A 1INXA 4YZ5A 2JE9A 3BEQA 1INGA 5T54A 2YA7A 3AJYA 2R1BA 1LTEA 1ENSA 1FNYA 2F25A 2W08A 2FMDA 5DUWA 5DXDA 2D3PA 4D69A 3FFZA 3ZXLA 1S0FA 3RS6A 1YYNA 2ZGPA 1DYKA 4Y24A 4JRAA 1NCBN 1LOFA 2WT1A 1FX5A 4GKYA 4M3CF 4K1ZA 3INAA 4CPMA 1N3PA 1JBCA 3VKLA 2D6PA 4U2AA 1X50A 3ILRA 4YG3A 5HCBA 3OY8B 2HTWA 1ENRA 5DZEA 4NO4A 1IS6A 1FNZA 3ZXEA 4XBNA 3SANA 4HIZA 3ILFA 2KM2A 3AZVA 5GZEA 4BLIA 1V6NA 1W0OA 1KDKA 2PHWA 1BYHA 4Y26A 2F28A 1INWA 2HU4A 1W8NA 4WEFA 2F0ZA 4MWXA 5E88A 1V2IA 2PHFA 5HUMA 4P14A 2HT5A 2D6MA 5AVAA 4FP2A 4FOVA 1CVNA 1MS0A 4BOWA 2F10A 4FPGA 1DBNA 2QWHA 3O0XA 2VY0A 1GSLA 2CYFA 4XBQA 2RHPA 2X9MA 5H9RA 1OQ1A 4YZ3A 1U0AA 3SH5A 1I1EA 1SBDA 4DQAA 1CPMA 4Y1UA 2DURA 2ENRA 2OUJA 4Q26A 1IVCA 4M3CE 1ULGA 2D6LX 1G9AA 4GWNA 2C4LA 4TYSA 2ZGMA 4BMBA 1USRA 5GALA 5JOWA 1Z4XA 3TI6A 2HU0A 2F27A 1PZ9A 4H53A 4WA4A 3WVJA 3AP4A 3T1MA 2AR6A 4XYXA 2ERFA 1LOCA 5T50A 1QOOA 5KXDA 3N7MA 4K1YA 2VWDA 4MJVA 1S0CA 3PMEA 4YGCA 3W59A 3BTAA 4M4VA 5GLTA 2JJ6A 4XMIA 1MZ5A 4R9BA 2ZGOA 2ZGUA 3WG1A 1LHOA 3PJQA 3ENRA 3OJBA 4YZ2A 1D0HA 4GB1A 6NN9A 4BPZA 1YXWA 3B9CA 1NCDN 2ZGRA 1LGNA 3BIWE 4UW5A 4XIKA 1IOAA 1V6MA 4M3MA 5GLVA 1YIFA 4FPJA 2DUQA 4Q6KA 4L8QA 1F31A 2YA6A 1V0EA 4F83A 2A3WA 5HCFA 4PBOA 2BATA 5GZFA 1S1AA 3TB0A 1INHA 4HZWA 4J9TA 2XZKA 2W68A 4WVWA 1RINA 5EYXA 4BLJA 3HR9A 3POYA 4FJ6A 4DS0A 4WA5A 4B7RA 1AZDA 2CWSA 3R4SA 3JUUA 1H30A 1WLDA 4XJUA 2CNAA 3BOPA 2A3YA 3WHUA 2HTRA 4XDQA 1B9SA 4RA0A 1DFQA 1DZQA 1SCRA 1S0IA 1NSCA 2ARXA 3IKWA 2SIMA 2UURA 2ZB5A 1KRIA 5CBLA 4YW1A 7NN9A 4YG0A 1WBFA 2ZGSA 1N47A 1F8BA 2HTUA 1L7FA 2DVGA 2GMMA 3T1LA 4MWLA 1AVBA 1C1LA 5T5JA 1NNBA 4GWMA 4M00A 1NXD1 3LSDA 4YFWA 1SO7A 1A3KA 3ILNA 4ATFA 3A4UA 4I30A 3FLPA 4XTPA 3TIBA 1QOTA 1LCLA 1WD4A 4KS3A 1G9CA 3NV4A 3VV1A 4ZKTB 4Q1RA 1Q56A 2QWDA 1NSBA 3AZZA 4GZOA 4ISQA 3ZSKA 3OYWA 4K21A 4LBQB 1XOEA 3M3QA 2BF6A 2YA5A 4Q2FA 3NSSA 3AP7A 4PCRA 5EXOA 2PHTA 5GM0A 1FV2A 4XOGA 3CL0A 1SLLA 3RRDA 3OYWB 1LHVA 3GVKA 3WV6A 4CPOA 2GMPA 5H9QA 1NSDA 5JDBA 2P37A 1JHNA 1LOGA 4GZWA 1G7YA 3VKMA 5DUXA 1MWEA 5T5LA 1CESA 3K36A 1AF9A 2A71A 2CTVA 2WJSA 1LGCA 2ZABA 4MWJA 3ZYRA 2F26A 1APNA 2V73A 1AX1A 1AXKA 4YGBA 1J1TA 1G9DA 2PHXA 3ZXKA 3ALWA 1S0DA 1GKBA 4NC5A 2C9AA 2JDZA 3OBTA 3V0BA 3A72A 5EWSA 3AXDA 1WBLA 1CIWA 3SISA 2CL2A 4QN7A 5B2CA 1ZM1A 1HKDA 4XJRA 1E8VA 1A14N 2JD4A 1UAIA 4X6KA 1NCCN 4Y1XA 1PZ8A 1UX6A 3AYCA 3SH4A 3AP9A 4ZXKA 4NCSA 3ZVXA 4UW4A 4C1XA 1F8CA 2BERA 1G8WA 1WCQA 2YZ4A 4ISRA 3OBRA 1JN2P 3ATGA 3O9JA 4MWQA 1UMZA 5JOZA 5DG1A 3FLRA 3QCWA 1CN1A 2ZMNA 2RKCA 1W6OB 2DYCA 2VK7A 3TI4A 2P34A 4C1WA 2ZZJA 1SACA 4R9CA 2LTNA 1YRZA 3WG4A 1GNZA 4YG6A 2HTVA 3AYEA 3SILA 1SFYA 2R0FA 4MC7A 1IKPA 4WVVA 1IVDA 4AGGA 1UL9A 4KS4A 4IQPA 1W6NA 4XHBA 2D43A 3WG2A 2VUAA 2ZB6A 3MEPA 1BZWA 2BQPA 2ES3A 1MS4A 4GDJA 4UW3A 1AJOA 1H9PA 1CJPA 2AYHA 1MS5A 1W6NB 1Z4WA 3DUIA 1LOEA 2QWCA 4H52A 2SBAA 4PBPA 2GNBA 1W6MA 2TEPA 4B7JA 3VUOA 4HZYA 1NCAN 4ASMB 2QWGA 2VW1A 5E8AA 4GA9A 2F12A 4WA3A 3B69A 3AYDA 3D12A 1W6MB 1WW6A 4K1JA 4MWRA 5CA6A 2NN8A 3UJQA 4YZ1A 4Y1YA 3FUOA 1ZA4A 3ZYPA 4GEZA 1Q8SA 1Z78A 2AH2A 4HZXA 1V6JA 1GYKA 2E6VA 4OZXA 4DGRA 1DIWA 2P3JA 2PHRA 5GJ6A 1QOSA 2EXHA 3N35A 2DVFA 2VW2A 1WUVA 4AYUA 1JYIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3J7HA 4BH9A 3BTXA 4RS5C 4FPCA 3NO0A 2VSMA 1NXMA 1U5XA 3O0WA 2QZ3A 4DXSA 4GN8A 3O9KA 5DN2A 1RC6A 3AB0A 3RDIA 5FK8A 4HOOA 5B4NA 2GN7A 4N90A 4NAMA 3LAGA 2VZRA 2D7FA 4WM7B 1CPNA 1V04A 2DYHA 4B4QA 1JYXA 2VQAA 1GP5A 3CEWA 3AVSA 5EPAA 1N3QA 1RMU3 4YM1A 1MZFA 5C5UA 4E2SA 2J1RA 2QQKA 2YROA 4QM8A 3TOJA 5E89A 1D4M3 2JICA 1V6OA 4OUEA 5K4LA 3U10A 2ZX3A 3VBHC 4EZ4A 3S8ZA 5FP4A 4K1KA 4W4ZA 4XTMA 4NPRA 4GJTA 2IASA 3MV01 3J4UH 4XF3A 3W20A 1XJAA 2RR12 3G4EA 3Q8BA 2NLRA 3I3QA 4ZU5A 2FDFA 3UYJA 1NA1C 1NNCA 1X2JA 1ZVFA 3K39A 1UYXA 1O3SA 1DILA 3THTA 3VBHA 4GNBA 2IVIB 4IXLA 4IQKA 4RQPB 1H1IA 4N1BA 2VU9A 3ZXJA 1S2EA 4OYUA 1S0EA 1WLTA 4Q0QA 4NROA 1DIMA 1NA1A 1DCSA 1W8UA 3I2FA 3DPRC 2IARA 3BOWA 2UU8A 4GWJA 4KBBA 2P4EA 5DAWA 4IV3B 1OLME 3BPZA 2GC3A 4XUPA 1LU1A 4KG0A 2IAPA 1INYA 2QWFA 1WMXA 5CNAA 1VBC3 3TRSB 5F3CA 1OBNA 5HUKA 4DXRA 4NAOA 3FVZA 5IAXA 4Q4Y3 5A7NA 2WO3A 1AYM1 3RWKX 1HDKA 1R1ZA 2WR9A 3UK9A 1ND2A 1QH6A 2MEV1 2BUKA 1K5MA 1F5FA 3ITQA 3WOGA 3ZSLA 1A4QA 4EJRA 4GZPA 3ASIA 1D2QA 4IERA 3B3QE 4B3NA 4XPVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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