5F9TA

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, covalent complex with a fluorinated neu5ac derivative
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Neuraminidase C
total genus 200
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 5f9tA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 5f9tA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 5f9tA02
3WG1A 1LU2A 3W58A 3I4IA 4XXPA 1NMBN 1YRZA 1XQNA 2DVAA 1W6OB 1QDCA 3AZVA 4YW4A 1HDKA 1DQ0A 4CPMA 3TIAA 2PHRA 2QWGA 2D3PA 4Y24A 5GM0A 3N7KA 4MWJA 2AEPA 2YZ4A 1RITA 1G8WA 1G7YA 2RKCA 5HUGA 3PVOA 1N47A 3AX4A 4HZXA 2DTYA 3OY8B 4MYEA 4R9AA 2GMEA 2EXKA 1PZ9A 5IK4A 3ZXFA 3M1HA 1MVEA 3ZVXA 2DVBA 4LBKA 2AUYA 3CKZA 1WD3A 4MC7A 4M4UA 3A0NA 3NV4A 2V73A 5GZFA 5GALA 5DUVA 1LOFA 3K37A 1APNA 1DYKA 1GANA 2F13A 4XJUA 2P2KA 5T50A 4XOGA 2GN3A 1V0ZA 1W0OA 1DQ5A 2CL2A 5DUUA 2YDTA 2HT7A 2ZACA 2R0HA 2WKKA 3IKWA 4DPNA 1F8EA 3W09A 1S1AA 1WBLA 4KS3A 3H6JA 2PELA 1WCQA 1HKDA 4Y1XA 1USRA 1H30A 2B7YA 3ZXLA 1V6OA 3K3AA 4DS0A 3N36A 1ULGA 1JW6A 1LHUA 4YFWA 4GZOA 4GZTA 2ZB5A 4IQPA 2JE9A 4NOTA 4XE9A 4WA5A 1SLIA 4Z8BA 1F9KA 4QN3A 1N1VA 5T55A 2PHFA 2D3RA 1SACA 4I00A 5CAZA 5T54A 1N3QA 3MEPA 1W8NA 3PVEA 1CR7A 3PJQA 1G9CA 4YW1A 1JN2P 4HZYA 4HZZA 4XBLA 5L73A 3V65A 2W38A 4GZQA 4XTPA 4WA3A 5GLWA 4Y20A 4XJ8A 4M3CB 1QU0A 2BERA 5DZFA 1DGLA 1Z0HA 2XZIA 2Q5TA 5DZGA 1HQWA 4MWQA 4GB1A 2W5NA 4L8QA 2PHUA 4LBOA 1HLCA 3O0WA 4AGRA 4MWUA 3CL0A 4P9WA 1B9TA 2NP0A 3GVJA 1V0EA 3CL2A 5JOXA 4KS4A 5SV8A 3TIBA 2WT2A 4XJ9A 1URXA 1IKPA 1KITA 3T1MA 1U0AA 4M3CE 3QCWA 1DIMA 3M2MA 3RMXA 3WUDA 2DV9A 2VW0A 2XZJA 2BQPA 3UL2A 2ZA9A 2E7TA 2VWDA 3FFZA 1LHVA 1AZDA 1LENA 2ZB6A 3ZSJA 3AYAA 1V6JA 1N1YA 5CA6A 4FOYA 5H9SA 1G86A 4J9TA 3TI8A 1C1FA 3NV3A 4JF7A 4GKYA 5B2CA 2W39A 3V0BB 3PMEA 3ZSMA 4MX0A 1FV3A 3OYWB 1RINA 2VW1A 1V6IA 3POWA 4BOWA 1W8OA 4MJUA 4HZVA 4TYSA 4CZSA 3AZXA 2EIGA 3D6EA 4BMBA 4UW6A 3ENRA 2ZGPA 4NO4A 3A4UA 5JVVA 1F8BA 1O4YA 1IKQA 6NN9A 3RSJA 5IT6A 5H9QA 1WW5A 1JXNA 2SBAA 3B00A 1GBGA 3OPZA 4FPFA 1AX0A 4YFZA 5KXDA 1GZCA 2WJSA 1MZ5A 3TI4A 1V00A 2VSMA 2F24A 2QWFA 3ATGA 1BJIA 1YI7A 3NV1A 1EPWA 1WW7A 3O9KA 3ILFA 1V0FA 4YLZA 1UZZA 1WLDA 4M3CA 5HCFA 3OBTA 2NZ9A 4LBQD 3MW2A 1J1TA 2VK6A 3D12A 3AP9A 1NCBN 1UMZA 3O12A 2A5ZA 2DUPA 1B9VA 4AVSA 4K1IA 3BIWE 4ATFA 3N7MA 2DWRA 1GNHA 1WW6A 1LHNA 1FV2A 5NN9A 4FP2A 5HUKA 4YGBA 1CPNA 3HN1A 2JJ6A 5CBLA 1IVEA 4M3MA 3JUUA 3V64A 4YZ4A 4AGGA 2P3JA 1WD4A 4FPCA 1Q8SA 3MPPG 3R4SA 4LBNA 1WLCA 1ZM1A 4CRQA 3ZXKA 3N7LA 4YW3A 4Q2FA 1SLTA 3O5SA 3BODA 1SBEA 4M3CF 4GDJA 2ZGQA 4FZHA 2HTVA 4XTMA 1GLHA 2DYCA 1KJLA 1KJRA 3APBA 3FBYA 3BTAA 1UAIA 1ENQA 2NN8A 4WVWA 1W20A 1QNYA 3V0BA 1I3HA 1IVCA 4HL0A 3WDWA 1AVBA 3K39A 3OYWA 4CPNA 5T5PA 2JE7A 1OFSA 4NC5A 1NNCA 3ZPYA 2B8HA 2QWJA 3AP4A 1SLAA 1EURA 2EAKA 3AJYA 1MVQA 1S0CA 1NLSA 3AYEA 1AF9A 1AJOA 4DRRA 4C1WA 4MZEA 1LOBA 3RS6A 2QWEA 4YG6A 4FJ6A 3RRDA 3IM0A 2HTWA 3JU4A 2JECA 5IK5A 3AZWA 2F27A 1OKQA 1BJQA 3L2YA 1S0FA 5DUWA 4Y22A 2EXHA 4RA0A 4ZXKA 3VKFC 5JOYA 1E8VA 1G9DA 1CQ9A 2NM1A 1UZYA 1WW4A 5EWSA 3WLUA 2A6WA 4FOVA 2D6MA 1A4QA 4CPLA 2BATA 3BOPA 5B2DA 4ZKTB 1Z78A 1Z4YA 5KXEA 2EXIA 2AYHA 4XBNA 2AR6A 2ZZJA 1BZWA 1W6PB 1V6KA 4LBQA 1SCRA 4JRAA 3AYDA 4DRVA 2ZGMA 1MS3A 4BM8A 1MS1A 2YY1A 3IN9A 1GNZA 2A6YA 4K1YA 3AJZA 1DZQA 5LK5A 4MWLA 2ZGOA 2ZGKA 4ASMB 1S0DA 4XIOA 2WT0A 2ZHMA 4YGEA 1FNYA 2A6ZA 4MWYA 4LBJA 3JU9A 2ZMKA 1GZ9A 1GSLA 4K1KA 4FPJA 3ZYPA 3WDVA 1IS6A 1V3EA 1LGBA 4YG0A 4HIZA 1V6LA 2A3WA 1A14N 4XBQA 1AX2A 4WEFA 2I2SA 3AP7A 3NSSA 2D3SA 2VK7A 5GZGA 3FUQA 1XOGA 1FYUA 1C4RA 3VV1A 2VSKA 3WV6A 1NSDA 2AH2A 1LU1A 4UF7A 1E8UA 1KRIA 1LJ7A 2A7AA 2E7QA 3ILRA 5E8AA 2QWHA 1CIWA 3ZSKA 1W21A 2ZHKA 1S0EA 4XMIA 2W52A 4P9XA 3GNEA 1W6QA 1PZ7A 4RL7A 1VLNA 2OW4A 2GMMA 2P37A 1MS9A 2YA8A 5GLZA 5EYYA 2WT1A 3I8TA 1DQ1A 4FVVA 1N1SA 2HU4A 2D43A 1UPSA 4MJVA 1XOEA 1CN1A 3SH4A 5JMCA 1BYHA 2CY6A 2D6OX 2R49A 2UU8A 2ARBA 3FLRA 1BKZA 2DU0A 4QN7A 4B7JA 1ENRA 3ALWA 3HR9A 3OJBA 4QNPA 4GXLA 5EXOA 4OZXA 1SFYA 1F31A 1W6PA 2A70A 2H0BA 2HTUA 1C1LA 3VKOA 4H55A 2CTVA 7NN9A 1V6MA 2VW2A 4GJTA 1NMCA 2A71A 3WG4A 4GZXA 2EXJA 4XJWA 5H9PA 3GALA 4FOQA 2GDFA 2DUQA 2D6KA 1V3CA 1R1ZA 2HT5A 1LULA 2W08A 3NWKA 4TZDA 4HANA 5M1ZA 1INFA 3C2UA 1YYNA 1BQPA 1JHNA 2A3XA 1QMJA 2GNMA 2C9AA 3B7EA 4B7MA 2HU0A 1ULCA 5EYXA 4YG3A 2AEQA 1YO8A 4FQ4A 1CJPA 1DHKB 2ZMLA 3WG3A 3TI6A 1F8CA 1LEMA 4D8SA 1Q8PA 2SLIA 4X47A 1VIWB 3HMYA 4BLJA 5HUMA 4PBPA 3OGGA 2AENA 2D7FA 3SANA 5BYNA 4GKXA 2GNBA 1C57A 1V3DA 2D6NA 1TEIA 2OVUA 1G9AA 1QKQA 4KS1A 1Z4VA 3ZYRA 1UN1A 5H9RA 5GLTA 4X6KA 2SIMA 4DGRA 3WDTA 3D5OA 1S0GA 1GZWB 2DVFA 4GZSA 4QN4A 4Y22B 2UWCA 2ZBJA 1Q8OA 2DURA 4XILA 2UURA 2XZKA 2D6LX 2LALA 4Q8LA 3O0VA 1JBCA 5HUNA 1JUIA 5JOWA 4I30A 5IK7A 3A72A 4B7NA 4Q6KA 2ZKNA 3LSEA 2GNDA 1G9FA 1SBDA 1QOOA 1NXD1 1NMAN 1A8DA 2JD4A 3TB0A 3ZXJA 4LBQB 2E53A 1CPMA 4AGVA 3RG0A 4XHXA 2ES3A 4U2AA 5JDBA 4GZPA 3TI3A 2C4LA 1YIFA 2F26A 1BXHA 4Q1PA 3M3QA 5DXDA 3TAYA 1LHWA 4XJQA 1CONA 3ZSLA 2ZHLA 3U4XA 1O4ZA 1AXYA 5KXBA 4Y1ZA 4B7QA 4Q26A 4PQ9A 1LGNA 5HX0A 3WNXA 5DUXA 4FOWA 2GNTA 3D4KA 1HQLA 3Q9OA 3GVKA 1LCLA 1SLCA 2A6VA 4GDIA 3RQ0A 1CVNA 1NNBA 4WA4A 4AYUA 3INBA 1PZ8A 3FUOA 1DQ6A 1I1EA 4GEZA 3INAA 4W65A 1GYKA 4WZFA 1SBFA 2YA6A 3OBRA 4CPZA 3B3QE 2F28A 3VKMA 4F83A 3VKNA 3R4UA 1V2IA 1INVA 2WLQA 4Q27A 1NCCN 2LTNA 4WEGA 4AVTA 4CPOA 2CWSA 5JYYA 3POYA 3CYEA 4WVVA 5F5QA 1W6QB 4QN5A 4YGCA 3VUOA 3USUB 4K1HA 3UJOA 2E6VA 3D11A 1GZWA 5GLVA 3WDYA 1Q8VA 2VUAA 4XHBA 4PBOA 3WCRA 3GVLA 3SILA 3T1EA 1LOFC 2CYFA 2YROA 2YA5A 1G9BA 4GWMA 1VAMA 1MS4A 1KDMA 3LCPA 1W6NB 4KS2A 3CNAA 3ZXEA 2JDZA 1WUVA 4YGDA 3AZYA 1UKGA 4UW4A 1JYIA 4FPHA 4UW5A 4FVKA 1N3OA 1ENSA 4YW2A 4Y26A 2F10A 1WCSA 4NCSA 1NN2A 1ULFA 1LTEA 2ERFA 1FNZA 3M3EA 5T5OA 5T52A 3AP6A 2QWDA 2CMLA 1D2SA 1DQ4A 1Q56A 3K38A 4AWDA 3M3CA 2HTYA 2DU1A 2ZHNA 4YM1A 2YA7A 2R1DA 4PF5A 3ALXA 4BBWA 2VK5A 1F5FA 2A3YA 3AK0A 3ASIA 1EUUA 2ZGRA 4H53A 1NSBA 4QN6A 1LECA 4XYXA 3SH5A 2PHXA 4BQ1A 4R9BA 3NN9A 4CPYA 2D44A 4XJZA 3T2TA 1SNTA 3H73A 4YM0A 2OUJA 5CNAA 1VCJA 2NMOA 3V0AA 5E89A 2DTWA 4FPKA 3NV2A 3B69A 3WG2A 4X49A 4BPZA 3AYCA 2DVDA 2ZGNA 1NSCA 3UJQA 5GZEA 1DIWA 1W1XA 2A75A 1RIRA 3N7JA 3IPVA 4R9CA 4DQAA 1E8TA 1N3PA 5GZDA 3BEQA 1W0PA 4HZWA 3USUA 4U36A 4GZWA 2NYYA 1INHA 2F11A 4M01A 1V3BA 2NMNA 1AXZA 3WHTA 1L7GA 1MS0A 2ZGSA 1DFQA 4DFSA 4Y1VA 4Q8KA 5HCAA 3PVNA 1B9SA 4BMEA 3FLPA 1W6NA 2OUHA 2CWMA 1QOSA 2PHWA 1IVDA 1QF3A 2XG3A 3MW3A 2EF6A 1V6NA 1SO7A 3SNMA 1Z4XA 1IVGA 1SLLA 5T5LA 2DUOA 4ITCA 3WDXA 4K1ZA 3LSDA 1YXWA 1FX5A 1AXKA 2YA4A 3QLQA 1ONAA 1MS5A 3B9CA 4KS5A 5IUQA 1VALA 4UW3A 1H9PA 1VAVA 4YM2A 1NCDN 4X4AA 5DG2A 5KXCA 2R1BA 3W59A 2P34A 3SISA 2AGSA 2QWAA 4GA9A 4XMAA 2YDPA 2VU9A 1IS4A 4M4NA 5GJ6A 3WUCA 2W20A 1ULEA 1NNAA 4YZ5A 1W6OA 4XDQA 1DQ2A 5JLVA 4XJAA 2HTRA 1IOAA 3TI5A 2UWBA 3POSA 2V5YA 2EALA 2CNAA 3AXDA 2TEPA 1LOGA 1N1TA 5DG1A 3SITA 1LODA 4MWWA 1DLLA 3OY8A 3WOGA 1IS3A 2ZGTA 5HCBA 4XXAA 4FPYA 3N3HA 4P9YA 1S0JA 1Q8QA 1A4GA 1ULDA 1LOAA 3M3OA 1GICA 3A0KA 3WZ1A 1EUTA 3WVJA 1Z50A 1GKBA 2QWIA 1WLWA 5T5JA 3DUIA 5GZCA 1A78A 1INYA 1MS8A 1IS5A 1W6MB 2HYKA 3VKLA 4FPGA 2YMZA 1X50A 4FPEA 4LBMA 2QWBA 3B01A 2G4IA 1H9WA 3H0OA 4M4VA 4PCRA 4NN9A 2VVZA 2WNEA 1USXA 2HTQA 2WQZC 1ZA4A 2A6XA 3KM5A 3TICA 1L7HA 2GMPA 2E51A 1INXA 5FRAA 2GALA 2BF6A 4YW5A 3T1LA 4AVVA 1FATA 1LGCA 1Z4ZA 2QWCA 1NCAN 2ZGUA 4YM3A 5JOZA 4XIKA 5E88A 1KQRA 2GN7A 4LBLA 4ISRA 1QGLA 4Y1YA 2R16A 1SCSA 1OQ1A 3AXEA 2XCYA 1B09A 2C5DA 3N35A 3FLTA 2WSVA 2P3KA 4K1JA 2QWKA 2UWAA 2ZGLA 2YV8A 4ISQA 2F0ZA 4FP3A 4Y1UA 4P14A 2WSUA 3R05A 4KBBA 2KM2A 3RMYA 2PHTA 4D69A 3ILNA 1LOEA 4K20A 2DVGA 3O0XA 2Z42A 1JOJA 1MACA 2HT8A 4WV8A 2X9MA 1AX1A 5GLUA 5AVAA 1AJKA 4ATEA 4XZPA 1IVBA 1Y7BA 1JYCA 2RHPA 2FHRA 1DYPA 1SLBA 3SLIA 1FAYA 1LOCA 2F29A 2VXRA 1QOTA 2ARXA 3SH3A 3V0AB 3DGTA 4YZ3A 3WHUA 4CTEA 1S0IA 3SALA 2P3IA 3AFKA 1UX6A 5IK8A 4R9DA 2W5OA 3WCSA 1F8DA 4YZ1A 1W6MA 4YZ2A 3K36A 3AP5A 2D6PA 3IPVB 2ZABA 2AREA 4MWVA 4C1XA 3UK9A 1Z4WA 1CESA 5DZEA 1KDKA 4BLIA 1IVFA 4MZAA 2W68A 4K21A 1A3KA 2JKBA 4JCKA 3H72A 4SLIA 3MW4A 3H71A 1MR5A 1WBFA 1DILA 2FMDA 4JC1A 5F9TA 2ZAAA 2R0FA 2VH9A 4FQZA 4B7RA 4MWRA 2F12A 2BZDA 3IMNA 5CB7A 4Q1RA 1LHOA 3AZZA 1INGA 1MWEA 4MWXA 4XJRA 1VCUA 5FREA 3WDUA 1GV9A 2SILA 4FPLA 1QNWA 4FPOB 3A71A 4H52A 4GALA 1L7FA 3KQRA 1QDOA 2F25A 4K3YA 3O9JA 2C4AA 1D0HA 2ENRA 2VY0A 1LESA 1INWA 2XB6C 1EUSA 4GWNA 2YXSA 1LEDA 2ZMNA 4M00A 1UL9A 1MZ6A 1DBNA 1S0BA 4Y20B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WG1A 1LU2A 5IVCA 2Q8DA 4RGGA 3W58A 5I8YA 3I4IA 4XXPA 1NMBN 4AAXA 3VZOA 1H2KA 2QQOA 1ND2B 1YRZA 3CDZB 1XQNA 5BNPC 3T0BA 2CAVA 1E5IA 3H8OA 1T6BX 2DVAA 3LEKA 2IWGB 4HONA 3THTA 4CDQC 2PQSA 1W6OB 1GWLA 2RMU1 4IYGA 1BCXA 2VUJA 1QDCA 3WXPA 5A3UA 3KT1A 3AZVA 5L7OA 1OH3A 1C28A 4BWOA 1R093 4YW4A 4DXZA 1HDKA 2CDOA 4D7SA 2WO7A 3ES4A 1DQ0A 5LCWL 3TIAA 1ZBA2 4CPMA 4OI2A 2PHRA 1X8EA 3PL0A 3LI4A 4EE2A 5CFDA 2QWGA 2D3PA 4FO9A 2JX9A 2WWJA 3IWZA 4Y24A 5GM0A 3N7KA 4E4HA 5JPMB 3HT2A 3ETPA 5IVFA 2AEPA 2YZ4A 4MWJA 5DDJ3 4YVWB 1RITA 3WP4A 3GXUA 1PO13 1G8WA 4KWUA 4CXYA 4IEPA 1G7YA 1X7NA 4CP9B 2N7GA 2RKCA 4QX0A 2B42B 1P8JA 3SCGA 2K2SA 3PVOA 5HUGA 4LA2A 1N47A 1U5XA 4NE9A 2XDVA 5J36A 2RR11 2EIEA 3DF0A 3AX4A 2RM21 5FZIA 2YPJA 4HZXA 3MICA 2DTYA 4BQXA 4C1YA 3OY8B 1GWMA 4MYEA 1ZZ9A 4R9AA 2GMEA 2EXKA 1A8MA 1PZ9A 1SDWA 2CDPA 2VOXA 3EXUA 4IV1B 4C0BA 4BQ3A 5B4NA 5IK4A 2PHDA 4IE5A 2ADDA 4P5YA 3ZXFA 4RFT0 5A6XA 3AMRA 1RVF3 5DMYA 4JGYA 4HK9A 3AMSA 3I7DA 3M1HA 1MVEA 5AFEA 4D52C 1OF3A 4JTNA 3ZVXA 2B4KA 2DVBA 1UCXA 2ET7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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