5F9TA

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, covalent complex with a fluorinated neu5ac derivative
Total Genus 200

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
100200300400500600600500400300200100
050100150200Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Neuraminidase C
total genus 200
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 5f9tA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 5f9tA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 5f9tA02
2CWMA 4H53A 4XZPA 1MS1A 1TEIA 1Q56A 4DRRA 1QU0A 1W20A 1B09A 1URXA 3POYA 4YGEA 1N1SA 1RITA 1S0DA 3POWA 1MACA 5GALA 1G9BA 2F27A 3H6JA 1BKZA 2VW1A 2VVZA 3O5SA 3V0AB 4K21A 1IVGA 3PMEA 5L73A 3DUIA 2ARXA 1SLAA 5B2DA 1N3OA 1AJOA 1CESA 2GNBA 1H9PA 4FPCA 4UW6A 1DQ5A 1NMAN 4YG6A 4I00A 4CPNA 1OQ1A 1S0FA 3ZXJA 2R16A 4AGVA 4MJVA 4YW1A 4BLJA 4HZZA 1X50A 1GNHA 3K36A 4GZXA 1IS5A 2AGSA 1LHOA 1LU2A 1WUVA 1R1ZA 1EUTA 4FOVA 4B7MA 3N7LA 3TAYA 2JE7A 2DU1A 5H9RA 2OUHA 3SNMA 1CONA 1JW6A 3FBYA 2HT7A 1UZYA 2NZ9A 5GM0A 2A3YA 5M1ZA 1E8TA 3ZPYA 1Z78A 2H0BA 1D0HA 1G9CA 4FQZA 1G9DA 3WDVA 4J9TA 3VKNA 2JDZA 1W6PB 3BOPA 2A6XA 2GMEA 5F5QA 1Q8OA 2Z42A 1DQ4A 2A3XA 1B9SA 2A7AA 4MWXA 4WA4A 3I4IA 1SACA 1LGCA 4MZAA 3NWKA 1NN2A 3M1HA 3AJZA 3N36A 1VAVA 4GKYA 2ZBJA 2V73A 2DVFA 3PVOA 2CNAA 1GBGA 1AXKA 4WZFA 1GZ9A 1CIWA 3MW3A 1A4GA 1DQ0A 4FP2A 4K20A 2EXIA 1G86A 3M3QA 4CTEA 4MWJA 1V6KA 2DURA 1GKBA 3RG0A 3W09A 3BEQA 2LALA 1KJRA 3ZSMA 2ZAAA 1FAYA 1JYIA 2EAKA 1C57A 1Q8VA 1GV9A 2GDFA 5DUVA 2TEPA 1NCAN 1AX1A 2ZMKA 3TI5A 4XTMA 5E89A 3SH4A 3VKFC 2ZKNA 4MWYA 2AEPA 4XJWA 4ZKTB 1W6OA 2B8HA 2DTWA 3AZVA 3FFZA 4LBQA 3SITA 3FLRA 2QWDA 5IUQA 4MWUA 4FPKA 2XB6C 4YM1A 2BZDA 2EXJA 3WLUA 1DFQA 2YV8A 3BIWE 3CKZA 3T1LA 2W38A 3WNXA 3AZWA 5GZFA 1Z4XA 5F9TA 2VW2A 1W6QA 1SFYA 3WZ1A 5DUWA 1Q8PA 2PHXA 1IKQA 2WT2A 1JUIA 3WDXA 1JXNA 4KS1A 4Y20B 1MS8A 1Z0HA 5GLWA 3UJOA 4GZPA 4M3CA 3USUA 2VW0A 4LBLA 5DG2A 3K37A 4YZ3A 2QWAA 2YMZA 4JRAA 1V3CA 4XHXA 4SLIA 5EXOA 5GLVA 1I1EA 1LEDA 1N1YA 4YFWA 1QDOA 4MWWA 5DUXA 3SALA 2WLQA 3RSJA 2QWJA 4FP3A 1AF9A 3IM0A 3INBA 2UWCA 2A6YA 1W8OA 2HTVA 5NN9A 1LU1A 4GWMA 1H9WA 1LENA 1UMZA 3JU9A 2ZGRA 4XMIA 4FPFA 2VSMA 3Q9OA 5T5JA 1C1LA 1LGBA 2CWSA 3ALWA 2BF6A 4Q1RA 3N7JA 4K1KA 3OBTA 2W08A 4X4AA 1QNYA 1FATA 2D44A 1GANA 2ZGNA 2A6VA 4H55A 2F25A 1Z4VA 2F24A 1GNZA 1AZDA 1YI7A 3AP5A 2QWIA 4D69A 2EXHA 4D8SA 1ENSA 3OY8B 4Q8LA 2BATA 3TI6A 5GZGA 4HZXA 1GSLA 3ZSJA 4WVWA 2ZB5A 1HLCA 1GZWB 5CAZA 4YZ2A 2C9AA 3WOGA 2UWAA 2QWGA 2ERFA 2YDPA 2BERA 1WW5A 1UL9A 3INAA 3ZXEA 3APBA 4C1WA 3ZYRA 5GZCA 3O0VA 1HQLA 3FLPA 1YYNA 4YLZA 2W68A 4FVVA 3ZXFA 2GNMA 2D6KA 5KXBA 4KS4A 4YZ5A 1G7YA 1LTEA 2V5YA 5IT6A 4C1XA 4X47A 4WEFA 2DVGA 3WUCA 1G9FA 3OYWA 1WCSA 2E6VA 3B01A 1UN1A 2DYCA 3I8TA 2R0HA 1NSCA 3N35A 5GLUA 3AFKA 1L7FA 4XJ8A 2Q5TA 2ZZJA 2HTYA 1SBFA 3M3EA 4BLIA 1SCRA 4Q27A 2JE9A 3AXDA 4K3YA 1SBEA 1V3DA 1F31A 2VUAA 5LK5A 1MS3A 1W6NB 4JF7A 1W8NA 2X9MA 2WKKA 3AZYA 2ZHNA 2XCYA 4P9YA 2P37A 3FUOA 1B9VA 4Y1XA 3RMXA 1NNCA 3VKOA 4CPMA 1IVDA 4FPEA 1NXD1 5EYXA 2GN3A 4FPOB 1ONAA 1IS3A 3OGGA 1INXA 4FOYA 3H73A 1CVNA 1FV3A 1WW6A 3B3QE 3TIAA 2F11A 1UZZA 2F10A 2W39A 4F83A 4ASMB 2XZIA 1V6NA 1ULCA 3WG3A 1V2IA 4GZWA 4B7QA 4XDQA 1D2SA 5T54A 2CL2A 3PVNA 5CA6A 1WBLA 4FPJA 1AX2A 2R49A 1INGA 3IPVA 1NLSA 3V0BA 5H9QA 2CTVA 2G4IA 1LOFA 3RS6A 1SLIA 1KJLA 1WLDA 2HTQA 1A4QA 5CB7A 1Z50A 2AREA 4AWDA 3WV6A 1SLBA 1LHNA 2NMNA 1IVBA 7NN9A 1IVEA 4NC5A 3TI8A 1Y7BA 1W1XA 5IK7A 1N47A 3LSDA 1WW4A 1QMJA 1YRZA 3R05A 3SISA 4ATEA 5T50A 3WHUA 3M2MA 3A72A 2VY0A 5T5PA 1OKQA 2DUQA 2OVUA 3WUDA 1I3HA 2XZJA 4MWVA 4K1ZA 4R9AA 2NP0A 4Y1YA 2SBAA 5JOZA 1WCQA 4QN3A 1PZ9A 1DGLA 4MC7A 2W20A 1NMCA 3WDWA 2OUJA 5JDBA 4PF5A 2F29A 2ZGOA 3KM5A 2E51A 1OFSA 2FMDA 3K38A 1VLNA 5FRAA 3AX4A 4GJTA 1NCCN 2QWFA 1QF3A 1WD3A 1JOJA 4ITCA 4YG0A 3WG4A 3TIBA 1WW7A 2HTUA 3WDUA 2D3PA 4CZSA 4Q6KA 2W5OA 1VCJA 3B00A 4LBJA 2A70A 2YROA 2AH2A 4Y24A 1XOGA 2A5ZA 3SILA 4LBMA 1SLLA 1W0PA 2AR6A 4ISQA 2DVDA 1H30A 2A6WA 4Z8BA 4FZHA 5HUGA 2YDTA 5JOWA 4QN5A 4XJQA 1PZ8A 4R9DA 1NNBA 6NN9A 2F13A 2SILA 2P3JA 3ILFA 5DZEA 1INVA 1QOSA 5DG1A 2VH9A 3VV1A 4BQ1A 2GN7A 1S0IA 3AJYA 3A0NA 1F9KA 2QWKA 4M3CF 3M3CA 2XG3A 1VAMA 2BQPA 1DIWA 2AYHA 4XIKA 2ZACA 4P14A 2ENRA 1S0EA 3NV2A 3GVJA 4MWLA 1GICA 4M4NA 3O0WA 1MR5A 4LBNA 2QWCA 3ZSKA 1W6OB 3BODA 2FHRA 4MZEA 1LHUA 2CMLA 4LBQB 2CY6A 5HUNA 2ZHLA 4Y22B 4UW3A 3AP7A 1UKGA 1S0CA 1V00A 1N3PA 5AVAA 3KQRA 2VU9A 5CBLA 5HCFA 2VXRA 1V6OA 5DZGA 4PBPA 1LCLA 3LSEA 4DGRA 2NN8A 2ZABA 3OBRA 1NCBN 1V3EA 2YXSA 1DZQA 2DVBA 3T2TA 1W6QB 4BMEA 1UX6A 4M3CE 5GJ6A 4AVSA 2P3IA 3JU4A 5T52A 1EUUA 4YGDA 2KM2A 3R4SA 3A71A 3D11A 2UU8A 1MS0A 1NSDA 5EWSA 3NV3A 3FUQA 2DU0A 2D6PA 4R9BA 2ES3A 2EXKA 4LBQD 1CR7A 2ZGSA 2D6MA 4FPYA 1BJIA 4NO4A 1S1AA 3OPZA 4M3CB 3USUB 5JLVA 2QWEA 1DYKA 1B9TA 1SO7A 1V0FA 2HYKA 3WCRA 1V6LA 4K1JA 4XXAA 4HANA 5CNAA 1V6IA 1ULGA 1N1VA 2AENA 3ENRA 1VIWB 4GZOA 3T1MA 1KITA 2JKBA 3WG2A 1DIMA 4XJRA 2GMMA 4YGCA 2SLIA 4Y1UA 1WBFA 1DBNA 4QNPA 4U36A 3NV1A 3HN1A 2VWDA 1BJQA 2WSVA 3W58A 4B7JA 2PHUA 4BMBA 2C4AA 1YO8A 2D6OX 1N1TA 1QNWA 2WJSA 2DWRA 2JJ6A 2VK6A 5HCAA 1LULA 3AYCA 2PELA 1G8WA 3N7MA 3ASIA 1DQ6A 2P3KA 1LJ7A 1QOTA 4X49A 1BYHA 3UK9A 3MW4A 4XYXA 2SIMA 1LOBA 1S0GA 3D4KA 4M4VA 2ZGQA 2F26A 3SANA 1WLWA 4KBBA 2D6LX 4YGBA 2ZGUA 4FPHA 4CPOA 5KXEA 1XQNA 2PHRA 3TI4A 4GXLA 1W6MA 1WD4A 5FREA 2EIGA 1UAIA 2ZGLA 3L2YA 4YW4A 4Q8KA 3D12A 4XILA 4XIOA 3FLTA 3V65A 2NYYA 3PJQA 3WDTA 4Y26A 2GALA 5HX0A 5GZDA 1INHA 3N3HA 3AZZA 1ZA4A 5E8AA 5HUMA 1YIFA 4U2AA 3OYWB 2AUYA 4GEZA 4KS2A 2P2KA 5EYYA 2PHTA 5T5OA 3NSSA 3T1EA 4NCSA 1GZCA 3ATGA 3A0KA 4QN7A 3SH5A 1DLLA 1HQWA 3A4UA 3JUUA 4PBOA 3HR9A 1F8BA 4XTPA 3TB0A 3TICA 3N7KA 3O12A 1BXHA 4GALA 4K1IA 4K1HA 5JYYA 4MWQA 1GLHA 3MEPA 1DQ1A 1MZ5A 2ZA9A 5HCBA 5JOYA 5IK8A 3V64A 3SH3A 3WCSA 2ZB6A 4YZ4A 4MYEA 4YW5A 4M4UA 1VALA 4M3MA 3UL2A 3QCWA 4M00A 3M3OA 5JMCA 2C5DA 1V6JA 4HZWA 3AYDA 1L7HA 1INWA 1ULFA 1KRIA 5IK4A 1ENRA 1CQ9A 1ENQA 2QWHA 3ZYPA 4FVKA 3V0AA 1SLCA 4PQ9A 3ALXA 1QKQA 3LCPA 2W5NA 4GDIA 4NN9A 1SBDA 2GNTA 2GMPA 4LBKA 3AP6A 1LOFC 3TI3A 3IPVB 4Q1PA 1JN2P 3B69A 3V0BB 4XBNA 2DVAA 3RMYA 1LECA 1IS6A 4B7RA 1DYPA 4GZSA 3WVJA 1RIRA 1O4ZA 4NOTA 4UW4A 1LOCA 3AP4A 1PZ7A 3CL0A 4AVTA 1USXA 1CJPA 3PVEA 1GYKA 1AJKA 5B2CA 4XJAA 4XBLA 1U0AA 2YA7A 3NV4A 1DHKB 4FPLA 1EPWA 2P34A 1Q8SA 3O9KA 3O9JA 1W21A 4TYSA 4AVVA 2ZGPA 1JYCA 4L8QA 4DS0A 1W6PA 4ISRA 2ZGTA 1MZ6A 3H0OA 3U4XA 3H71A 2C4LA 4FOQA 1QGLA 4Q2FA 2ZGMA 4CPZA 1MVQA 4CPYA 1ULEA 1INFA 4LBOA 4XBQA 4FJ6A 5JOXA 2F0ZA 3UJQA 2E7TA 4YM2A 3DGTA 2B7YA 2RKCA 3ZSLA 3ILNA 1FYUA 2YA8A 5BYNA 1C4RA 2DV9A 4MX0A 5GLZA 5SV8A 4HL0A 4K1YA 2NMOA 4CPLA 5DXDA 3GVLA 4XJUA 4X6KA 2D7FA 4AYUA 1J1TA 4B7NA 1ZM1A 5IK5A 1QOOA 1AXYA 2E7QA 4M01A 4GDJA 4TZDA 1QDCA 3VKMA 3ZVXA 4QN4A 1FX5A 1LESA 2ZHMA 1G9AA 5KXCA 2QWBA 1LODA 4WV8A 4DRVA 4KS5A 2YA6A 3NN9A 3H72A 4Y1VA 5E88A 1EURA 5H9SA 2HU4A 4HIZA 1IVCA 1SCSA 3D5OA 3WG1A 4CRQA 3CNAA 4GZTA 1KDMA 2R1DA 2D6NA 1LHWA 1Q8QA 4FOWA 3GALA 3AK0A 2WNEA 4Y22A 4H52A 4FPGA 3GVKA 1LEMA 4ATFA 3B7EA 2OW4A 3AP9A 1MS9A 4GB1A 1A78A 4GKXA 1F5FA 3IN9A 2GNDA 2VK5A 2YA5A 1E8VA 4XXPA 3B9CA 2CYFA 3BTAA 2DTYA 2R1BA 5JVVA 4XHBA 3ZXKA 2A6ZA 2WSUA 1CN1A 2ARBA 1NCDN 2HTWA 3ILRA 3OJBA 1YXWA 4Y20A 2HTRA 3MW2A 2VK7A 2W52A 4AGGA 2DUPA 2HT5A 4XJZA 1V0EA 4IQPA 3HMYA 3RRDA 1LOEA 1V0ZA 1HDKA 5GLTA 2XZKA 3CYEA 3WHTA 4XE9A 4P9XA 1JBCA 5T55A 2PHFA 1CPMA 3ZXLA 4YG3A 1AXZA 1MVEA 1BZWA 1A14N 2YY1A 4OZXA 3WDYA 1AVBA 4BBWA 1NMBN 2UURA 1MWEA 2D43A 5T5LA 4DFSA 1USRA 3POSA 4HZYA 4DQAA 2JECA 4WA3A 2E53A 4RL7A 1IS4A 4KS3A 1DQ2A 1L7GA 3AXEA 2JD4A 3R4UA 2WQZC 1APNA 4R9CA 3W59A 2HU0A 4YM3A 2VSKA 4WVVA 1DILA 1ULDA 4YZ1A 3AZXA 1MS4A 4BM8A 4I30A 4RA0A 4MJUA 2D3SA 3QLQA 2HT8A 2NM1A 1S0JA 2EF6A 2A75A 2A3WA 2RHPA 4YFZA 1F8CA 1NSBA 1JHNA 3K3AA 2I2SA 3SLIA 2ZGKA 3OY8A 4P9WA 1FV2A 3IMNA 4DPNA 2AEQA 4FQ4A 1WLCA 3K39A 1W0OA 4AGRA 1E8UA 4XJ9A 1O4YA 1GZWA 4W65A 1RINA 5KXDA 1A8DA 1VCUA 1IOAA 1BQPA 1S0BA 2F28A 1INYA 2PHWA 1AX0A 3VUOA 4YM0A 1C1FA 4UF7A 2UWBA 5HUKA 4PCRA 4XMAA 4GZQA 3MPPG 4XOGA 3D6EA 1UPSA 2DUOA 1KDKA 4UW5A 4WA5A 2YA4A 1A3KA 4GA9A 1V3BA 4ZXKA 1F8DA 4GWNA 3RQ0A 4JC1A 1LOAA 1W6MB 1NNAA 2ZMNA 3GNEA 3IKWA 1EUSA 1LGNA 2ZMLA 1LOGA 1FNZA 1W6NA 3AYAA 4QN6A 1V6MA 4Y1ZA 1CPNA 2D3RA 2WT0A 1SLTA 4JCKA 1KQRA 1LHVA 4BOWA 1SNTA 1XOEA 5DUUA 5DZFA 1F8EA 4MWRA 4YW3A 2YZ4A 1FNYA 1IKPA 2A71A 4BPZA 4WEGA 3C2UA 4YW2A 1MS5A 2EALA 2R0FA 2ZHKA 3O0XA 4HZVA 5H9PA 1Z4WA 2F12A 3CL2A 1Z4YA 2WT1A 3AYEA 5GZEA 2LTNA 1N3QA 1HKDA 1Z4ZA 1IVFA 3VKLA 4Q26A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5ABJC 4UBHA 2JG8C 2GH2A 2CWMA 4WVMB 2VOXA 1F15A 5FYYA 5L9RA 4H53A 4XFHA 3MHZA 4XZPA 4CCEA 2Y64A 1MS1A 3M4FA 1RUJ3 1TEIA 1Q56A 2ZEWA 3JD72 4GB32 2WO3A 3CO2A 5C8CB 4DRRA 2YGMA 1FOD3 2OZJA 3O1TA 3P5BL 4YRDA 5FZHA 1QU0A 1POV3 1PK6A 2DF7A 5FNUA 2D93A 3OGJA 1F4HA 5ABJB 2JG8B 1W20A 1B09A 3ZYGA 1URXA 4LTAA 1XU1A 2PQQA 3WQBA 1W90A 4DXRA 1BEV1 2Y0IA 3K77A 3POYA 3GZEA 4YGEA 1N1SA 1RITA 1S0DA 3POWA 1MACA 2WWSA 4TN7A 5GALA 4OFGA 1G9BA 4TSVA 2F27A 5FNRA 2F4PA 1EP0A 3H6JA 1BKZA 1GQHA 2BEOA 1QJU3 2XH6A 3ACFA 5A7WA 4YYOA 3VD5A 2VW1A 2CAVA 5CADA 3ZN6A 3VBFA 2VVZA 5JI9A 1K32A 4KL1A 3O5SA 3V0AB 4KG8A 4K21A 5CG8A 1IVGA 1QJY2 5FMOS 3H3UA 3PMEA 4KBZA 2RS33 5L73A 3DUIA 2ARXA 1SLAA 2BGOA 5FPUA 1ZA7A 1SZBA 5B2DA 1N3OA 4H3WA 1AJOA 4JTOA 2QUOA 2C1FA 1CESA 3T4VA 5FBJA 5KHGA 2GNBA 3AFGA 1NY72 3GJBA 3KCYA 3OUIA 4IETA 5FK7A 4D0QA 3I49A 1H9PA 2WWJA 3ROUA 5J48A 4FPCA 1US2A 3NJYA 4UW6A 3IZOA 1HXS2 4AAPA 2ZCWA 2TUNA 1DQ5A 1VBC3 4YG6A 4OHZA 1NMAN 4I00A 3WXPA 4CPNA 2KXLA 1OQ1A 5FXVA 4CU7A 5M1ZA 3T09A 1S0FA 3ZXJA 4LO4B 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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