The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
108
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sequence length |
250
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structure length |
250
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Chain Sequence |
STDEAKMSFLVTLNNVEVCSENISTLKKTLESDCTKLFSQGIGGEQAQAKFDSCLSDLAAVSNKFRDLLQEGLTELNSTAIKPQVQPWINSFFSVSHNIEEEEFNDYEANDPWVQQFILNLEQQMAEFKASLSPVIYDSLTGLMTSLVAVELEKVVLKSTFNRLGGLQFDKELRSLIAYLTTVTTWTIRDKFARLSQMATILNLERVTEILDYWGPNSGPLTWRLTPAEVRQVLALRIDFRSEDIKRLRL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Structural basis for a human glycosylation disorder caused by mutation of the COG4 gene.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Transport protein
|
source organism |
Homo sapiens
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molecule keywords |
CoG4
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total genus |
108
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structure length |
250
|
sequence length |
250
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chains with identical sequence |
B
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2009-06-08 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | ESAT-6-like | ||
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3FD9 A; 4GZR B; 1WA8 B; 3GVM A; 3GWK C; 4I0X A; 2KG7 A; 4ABM A; 3FAV B; 2AZ2 A; 3Q4H B; 4LWS B; 2VRZ A; 3HR0 A; 3TXS A; 2VS0 A; 1WA8 A; 2B9Z A; 2AZ0 A; 3TXQ A; 3ZBH A; 2KG7 B; 4I0X B; 3FAV A; 3Q4H A; 3OGI B; 4LWS A; 2DE0 X; 3O9O A; 3G80 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3V5S A; 4TWD A; 2BTO A; 5CBH A; 4I5S A; 2WAU A; 5F8P A; 3K0G A; 5LHG B; 5F3J A; 1SF9 A; 3LJC A; 2CWY A; 2HJF C; 4F6R A; 3JAK A; 3UT5 B; 2CBJ A; 4G63 A; 2QSA A; 3E22 A; 2XAS A; 4KFM A; 5KHK A; 1YTF D; 2HN1 A; 5HCM A; 1WA8 A; 1HFA A; 2YS8 A; 5FL1 A; 1V54 C; 2V5D A; 5JDL A; 2BG9 B; 2CE4 A; 3ZKR A; 3ZHS A; 1HG5 A; 4IHJ A; 2OYQ A; 4PEL A; 1H2K A; 3MHH C; 4PJN A; 2PTM A; 3J7A U; 3BAA A; 1H8E G; 4WBN B; 1QCE A; 2ARH A; 4I55 E; 4WNK A; 5AQI B; 3ABL C; 2M6Y A; 4BW5 A; 1J5E B; 1XOU A; 5LG3 A; 1SZX A; 2ZM2 A; 3ZYM A; 4CC5 A; 5GON E; 5FY0 A; 3L73 H; 3ASN B; 3RRW A; 5CA0 B; 2OCC B; 1MMG A; 1GM7 A; 4DV1 T; 1WNS A; 2IJI A; 5IYZ B; 4B3S O; 4AQF C; 4OXS A; 4LCU C; 3J9X 1; 4B7K A; 1KF6 A; 1VOM A; 3T1C A; 4LML A; 3P4R A; 2K3W A; 4ZI7 B; 1KC8 W; 1Y01 A; 4LF8 T; 1OWA A; 3P4W A; 3CCM V; 3JAD A; 1FXK B; 5JDN A; 1XWM A; 3CXH F; 1GN3 A; 3MD0 A; 2V1D B; 4E4E A; 3H01 A; 4JPR A; 3ZSS A; 1WFD A; 3ABK C; 1W2B U; 1Q7Y W; 3MKD A; 1VF5 B; 1P4R A; 2PYJ A; 2IHR 1; 3LSS A; 4DBQ A; 1BS3 A; 4R50 A; 2UUC B; 2DYS C; 2CDY A; 2X6C A; 4IIJ E; 3SYO A; 2NOX A; 2JS3 A; 4DV7 O; 2K24 A; 3ZX6 A; 3D36 C; 1COW G; 1YVW A; 1XDP A; 4DV4 T; 3UT5 A; 3IAY A; 4H9O C; 2IJK A; 1K7D A; 2P06 A; 1Q81 W; 4O8S A; 2XND G; 4JAV A; 3VQY A; 2UXN B; 1BSM A; 1P49 A; 5B1A B; 3PJA A; 2BG9 A; 4JLE A; 1SQV H; 3JSL A; 3OTO B; 4H13 B; 4UB6 Z; 1IXB A; 2EJR A; 4ZHQ A; 1N34 B; 2XQ8 A; 2M6I A; 3E89 A; 3E0Z A; 5LHI B; 5BMV A; 1B04 A; 2BG9 C; 2K5B B; 1E7P A; 1OZ0 A; 3ANW A; 1AI7 A; 2AW9 A; 3E8F A; 3SFD A; 2K9A A; 2D2C B; 1YJW V; 1AB3 A; 4EV6 A; 4P2Z A; 1R8I A; 2ETN A; 2OA5 A; 2Q9Q B; 3C98 B; 3LDC A; 3VHL A; 1JMK C; 4EYU A; 3OVU A; 4X66 T; 3AEA A; 4TV9 B; 4YXD A; 2XJ7 A; 5LBQ B; 1NH2 B; 2GBO A; 3K9A A; 2E9X B; 3Q5D A; 2BVL A; 2WLL A; 2KMF A; 5KX5 E; 3P7I A; 4O2B B; 2X66 A; 2A79 B; 5CA0 A; 1R1B A; 1VQK V; 5L47 A; 4LFC T; 5JRE A; 3M3Z B; 5KMG B; 5JH7 B; 1AP5 A; 4YJ2 E; 3ASN C; 4FVM A; 3S3X A; 2XQ7 A; 2DOS A; 2OCC C; 4Z90 A; 4EZH A; 4ZI7 A; 4IL6 Z; 4FM1 A; 4TN7 B; 3V5U A; 2KWH A; 2ZM8 A; 3FXD B; 2NWB A; 2I6H A; 1TUB A; 1M5I A; 4IL9 A; 5EK4 A; 3ZRV A; 1FXK C; 2W61 A; 2WPD G; 3QO5 A; 3H9V A; 3OMN B; 2AHZ A; 4X5T A; 3HKB B; 4J10 A; 5FNV E; 2M7W A; 3FZL B; 4NB5 A; 4MVQ A; 4QH4 A; 1YTF B; 3LFM A; 4WYV A; 2WM9 A; 3J80 N; 2ZT9 B; 4CXX A; 5LOV E; 1W9R A; 3PDY A; 1HP8 A; 4TX5 A; 3N2K B; 3NZQ A; 5LMU B; 3IC9 A; 4O2A A; 1NQT A; 4QNH B; 2NR4 A; 4GYR A; 4DV6 O; 5CA1 B; 3BRC A; 1OED B; 4JYA T; 5HXC A; 4JV5 B; 3LG7 A; 2WWW A; 5LMN B; 4H63 H; 4QE9 A; 1L8D A; 5B1A C; 1GRJ A; 3P32 A; 4GYC B; 5KAF Z; 3O1I A; 4QH1 A; 2L35 A; 4B3T O; 3ZN0 B; 4KHP B; 4MW3 A; 2X9X A; 2WDR A; 4XBF A; 5LNK A; 1Y74 A; 4AQY B; 1XL4 A; 2WSS G; 1IZ3 A; 4UVB B; 3ML0 A; 3EI0 A; 2VKJ A; 4U3J B; 4IE7 A; 3VU7 H; 3UU6 A; 1ARO P; 4JI2 O; 2A3Q A; 2Q9Q C; 4U3C A; 2UXB T; 2K48 A; 2V7K A; 3TLT A; 2K1E A; 3J7Y q; 4J11 A; 3A7M A; 2QDO A; 3ZMT B; 5JVD B; 2ZE7 A; 3E8B A; 4G2K A; 3EXA A; 5JH7 A; 5KMG A; 1YXB A; 5FLX N; 2E9X C; 1NJI W; 2IJH A; 4X89 A; 2QA4 V; 4PJJ A; 1HNZ T; 3APQ A; 3ZHT A; 4LF5 O; 4LF7 T; 2W0G A; 2EHO D; 1ZL8 A; 4UXN A; 1LR1 A; 1QBZ A; 2O57 A; 1K92 A; 2GDS A; 3CRR A; 3LSQ A; 3RYF A; 4EED A; 3G67 A; 5FXV A; 1R3K C; 4FLX A; 3JAR B; 3OW2 U; 1N33 O; 2A0L A; 1V9P A; 1YCI A; 4YY3 T; 2XHB A; 4JI4 T; 3N9Q A; 2JQ9 A; 1UX4 A; 2KG7 B; 2XAF B; 3F31 A; 3K9S A; 3EHB B; 3RC3 A; 2ZNI A; 2F4V O; 2OIG A; 4YJ3 A; 3GN5 A; 4LF9 T; 3SOL A; 3CB2 A; 4MVR A; 3HKE B; 4OX9 O; 1ZX3 A; 4PK5 A; 2QRX A; 2MPK A; 3L72 H; 3IC7 A; 1AR4 A; 5L3E B; 3AE6 A; 3AA0 B; 1OED A; 3ABV A; 4X1I A; 3CC7 V; 5EZY E; 4NXN T; 1VQ6 V; 2CTP A; 4QKN A; 1QVG U; 3L70 H; 1I5X A; 2H7V C; 4UF0 A; 3DC6 A; 1OED C; 4J9Y B; 2XQ5 A; 1NEN A; 4K8Z A; 3A0B Z; 5ABE A; 5K1X A; 4U3J A; 4JI1 B; 3I5D A; 2DCF A; 4FLU A; 1ZV4 X; 4PK4 A; 4JBW F; 1WYB A; 4DR3 T; 2XY8 B; 4IST A; 1IBK B; 4DW0 A; 2QWO B; 4DV5 O; 3L39 A; 2ZR2 A; 5BR8 T; 3CML A; 4OK0 A; 1H2S B; 5KA6 A; 3ZYK A; 4UCS A; 1YQ4 A; 2UXX B; 3CC4 V; 1MA1 A; 2E74 B; 1K4C C; 2CHN A; 2AXD S; 3RN4 A; 4LF6 B; 4TUY A; 4PDV A; 5ABF B; 4LMJ A; 1T7S A; 4DR6 T; 4I9W A; 2BVM A; 2CCQ A; 4DYL A; 5LP6 B; 1DU2 A; 2F93 B; 3R66 A; 4EFE A; 3L3P A; 4WZX A; 2Q68 A; 5FVL A; 2DWD C; 3AEF A; 1YSC A; 1IBL B; 4PW8 A; 1BHB A; 1MNE A; 2WY2 A; 2UUB O; 1XBL A; 1M4U A; 1YW0 A; 1D5N A; 4TSF G; 4BIO A; 4DR5 O; 2KSR A; 4XDL A; 3EDV A; 2UXD T; 3OJA A; 4P1N A; 1XHX A; 4XAX B; 2QWQ B; 2EZP A; 3E86 A; 1HF8 A; 3QC9 A; 2L9Q A; 2KG7 A; 3QO8 A; 1QQC A; 4C90 A; 4FM2 A; 3FB8 C; 4MHC A; 2H3O A; 5IHY A; 1JJO A; 4DUY B; 3ZT7 A; 2Y48 A; 3OMA B; 5DEC A; 3N9M A; 3AG1 B; 2YXH A; 4PV1 B; 1ROP A; 2X0H A; 2Y4T A; 3D0T A; 3ETG A; 3JCU Z; 1SZT A; 5L3D A; 1MIW A; 4EEB A; 1A32 A; 3EAB A; 4B3R O; 5KHI A; 3C50 A; 3K3W A; 5H2F Z; 4B3M T; 2XT9 A; 2CBI A; 2PUS A; 2ACZ A; 4DO0 A; 3UQ8 A; 3VRB A; 2YIB D; 4H9R C; 3B8N A; 2JPF A; 2R9I A; 2ODU A; 2QWP B; 3GWK C; 4I55 A; 3UUX B; 5ITZ B; 4WBO A; 4DK0 A; 4X64 B; 1XMO T; 3HKD B; 1Y6X A; 1R3I C; 4UFZ A; 3P4S A; 3F5T A; 1NAF A; 1N32 O; 1J5E T; 3ABT A; 5GON A; 2ITC C; 1WLE A; 4YHH O; 2YEV A; 3BY6 A; 5IWA O; 4GKK B; 2H7O A; 3UU3 A; 2CWO A; 2W6I G; 2DMX A; 3RKG A; 3CCE V; 3RYH E; 2Z3Y A; 4MSW C; 3OGI B; 1NEK A; 2EHO B; 5FXZ A; 1CP9 A; 1OCC B; 1VCS A; 2DE0 X; 3AAE B; 4IGG A; 5ABF A; 2H94 A; 2D0T A; 4DVD A; 1N36 B; 4ILU A; 5LB7 B; 3K3Q C; 4DBR A; 5LP6 A; 1VMG A; 1VQL V; 1H8H G; 2NLJ C; 2LJ2 A; 1K33 A; 3JAE A; 3MXZ A; 2QTS A; 2RDC A; 3CC2 V; 2LM2 A; 1T98 A; 2SPC A; 4GX5 A; 3OT7 A; 1KEY A; 1FKA O; 1AJ3 A; 2XAH A; 5CBF A; 4QXH B; 2LT3 A; 3MHS C; 2CAZ C; 2DQ0 A; 4JI6 B; 4QJF B; 1Z8U A; 3C4Z A; 3PU3 A; 1M56 B; 4NXM B; 2XUE A; 3S3W A; 4MVZ A; 1P7B A; 2WMO A; 1OCO C; 3RYC E; 3STZ C; 2ZE6 A; 4PD4 F; 3ETQ A; 1BE3 H; 2JIW A; 5LHH B; 4W4L A; 4IE0 A; 5LGU B; 2C0S A; 3ABM C; 4EYY R; 1PNK A; 5C8Y B; 2VWK A; 2ZR3 A; 2A7W A; 1N34 T; 2YU2 A; 1AVM A; 3Q5X A; 4JEH B; 1AI5 A; 2LSG A; 4JTA B; 4P0A A; 4OYJ A; 2ODV A; 2XAQ A; 1M7K A; 3HKD A; 3T4D A; 1AI4 A; 3DTU B; 4YIO A; 5J2U B; 3K5M A; 5KX5 A; 1Q82 W; 2VQF T; 5EK3 A; 4FLW A; 1HNW B; 4EB6 E; 3JCZ A; 2HKO A; 4PI2 A; 3CE2 A; 4Z1M G; 3G6E V; 4AIS A; 1AP6 A; 1RPR A; 4LH7 A; 4JYB A; 3T4Z A; 3Q4H B; 4HFD A; 2Y4U A; 2D9D A; 5FP3 A; 3VBB A; 2QEX V; 1FMV A; 1JR9 A; 1HCI A; 2HHH O; 3LDD A; 3WB0 A; 3A0H Z; 2EHO C; 3SR2 C; 1OCC C; 2N2N A; 4DV0 B; 3E83 A; 2WSS V; 3RHW A; 1B7T A; 3RIA A; 3AE4 A; 4Q20 A; 1YHQ V; 2E5L B; 1CXZ B; 1EZJ A; 1OV9 A; 4CZZ B; 4G27 B; 3O9O A; 1Y64 B; 2NW8 A; 2JJ1 G; 4LFA B; 1BMF G; 1BCC H; 3MK7 C; 2QVA A; 3CHX A; 4IDZ A; 1KQS U; 3CX5 F; 2YUA A; 5BZB A; 4I9Q A; 1XNQ T; 1ZUQ A; 4X62 B; 3NKZ A; 5LOV A; 3SJA C; 3P50 A; 3KFW X; 5EBL C; 1G4Y B; 3FB6 C; 2LSI A; 4LF8 O; 1XMQ T; 2B1G A; 2Q4P A; 4X65 B; 4DR7 T; 2DWE C; 1D0X A; 3K57 A; 4ZIB A; 4OYK A; 4ZS2 A; 1SRY A; 1M56 C; 4U33 A; 3FB2 A; 1U96 A; 3HKC B; 4CN6 A; 4AI6 A; 5CJ5 A; 2F23 A; 4GK0 E; 4DR2 T; 3AG2 B; 2DW4 A; 2H8P C; 2RQ6 A; 5LXT B; 3CCJ V; 2CA5 A; 3SS1 A; 4IE5 A; 3VR8 A; 3H1H H; 3IFX A; 1WB7 A; 2BZB A; 2CHO A; 4A98 A; 4DV4 O; 2W66 A; 5JR9 C; 1H2N A; 3CJH B; 3N2G B; 3L74 H; 3SJQ C; 3RGL A; 1R6K A; 3AEI A; 3X1D A; 5AQG B; 4AKI A; 3TXS A; 3LDQ B; 3QUJ A; 4TQF A; 4X1Y B; 5L4H A; 5AQT B; 1PNM A; 2N9D A; 3BFR A; 1U5P A; 4DID B; 5HXH A; 2M6B A; 5BXZ A; 3E8G A; 4HE8 A; 3FBL A; 1S5H C; 3PUS A; 2JGD B; 4H9Q C; 5L3F B; 4PA6 A; 1WYC A; 2XPK A; 3OR7 C; 1TUE B; 3O65 A; 4X66 O; 1SET A; 1Q5O A; 3UTK A; 1WP7 A; 2IW5 A; 2BSK B; 1XIL A; 2VQE T; 1LVK A; 3ZC1 A; 3B40 A; 4O4L B; 1IX9 A; 3CCU V; 5EC2 C; 2G0U A; 1WR6 A; 4JI0 B; 1QSD A; 1US7 B; 4U7O A; 1WRD A; 4QH5 A; 2HJD A; 5CMU A; 4LFC O; 2QE7 G; 3UU8 A; 2X0Y A; 2KWI B; 3CCV V; 5EYP B; 3ZRW B; 4MTG A; 3FZK B; 2W6J G; 3N9O A; 1VQM V; 2DWK A; 1VQN V; 4PNI A; 4UVA A; 5TAO A; 3QTC A; 1FPO A; 3H3M A; 3C64 A; 1FD9 A; 3CRQ A; 1H7C A; 3AA1 B; 4KBM B; 4WF9 V; 3T1Y B; 2YIB A; 4FFB A; 5JDH A; 5FKY A; 2QTO A; 4IDO A; 1VAR A; 3AG7 A; 4IGU A; 2ODM A; 1KKC A; 1LUW A; 3N9P A; 3EHZ A; 5LXT A; 4HKA A; 4WFB V; 3SYQ A; 1JNZ A; 5L3B A; 5L3G A; 4DUZ B; 2C5K T; 3AG2 C; 3K08 A; 2D2S A; 2EZO A; 1QUU A; 4YIP A; 4F6R B; 2WA4 A; 3JAK B; 5DAB A; 2WZI A; 2PI5 A; 2DYR B; 1DGS A; 2XAS B; 4JI1 T; 3FBZ A; 1WA8 B; 4R7C A; 5J2T B; 1IBK T; 2ES0 A; 3CRA A; 2VKH A; 3TLS A; 1FAF A; 5CN0 A; 4JYA O; 2NTY A; 3EAM A; 4IHJ B; 2F1M A; 5LA6 B; 5AQF B; 2AZ2 A; 3AA7 B; 2KND A; 1KNP A; 2JGD A; 1LRZ A; 3GWO A; 5L3F A; 4IYH A; 2XQ3 A; 3LUT B; 1NWM X; 4GKJ B; 3JAT B; 1QLN A; 3K58 A; 1VF6 A; 1E1R G; 2UXB O; 4NUU A; 4U7Y A; 4MTX A; 4CS2 A; 1D0Z A; 2LSK A; 5AQU B; 1RSO A; 4I0X A; 4QPK A; 1J95 A; 3NRY A; 4TZ4 C; 1XL6 A; 2YDQ A; 4AKH A; 1Q90 D; 3CX8 B; 3PUQ A; 3BVO A; 4ZI2 D; 4X88 A; 4P09 A; 1FIO A; 1HX8 A; 4DO2 A; 1HNZ O; 1GH6 A; 1SER A; 4JGS A; 4HWD A; 3KZI Z; 2X7R B; 4LF7 O; 1Q6H A; 3PU8 A; 4J9Z B; 4PK6 A; 3JYC A; 4N23 A; 3RGB A; 3TET A; 2IDO B; 2WBL A; 2W00 A; 3J81 N; 4B08 A; 1D0Y A; 3VOU A; 4TNV A; 4PJ0 Z; 4YY3 O; 2PI4 A; 4GYS A; 4JI4 O; 1S5J A; 2P90 A; 1QU7 A; 5FPO A; 1UCU A; 3K8P C; 1MND A; 2MW2 B; 1WPB A; 3JAW A; 4NTX A; 2ADP A; 4D6T H; 2C5I T; 2LGQ A; 4LF9 O; 4TV8 E; 2YI9 A; 2LM9 A; 5F5W A; 2LO1 A; 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