1AWC | Genus

Total Genus 36

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	36
sequence length	110
structure length	110
Chain Sequence	IQLWQFLLELLTDKDARDCISWVGDEGEFKLNQPELVAQKWGQRKNKPTMNYEKLSRALRYYYDGDMICKVQGKRFVYKFVCDLKTLIGYSAAELNRLVIECEQKKLARM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	The structure of GABPalpha/beta: an ETS domain- ankyrin repeat heterodimer bound to DNA. pubmed doi rcsb
molecule keywords	DNA (5'-D(APAP(BRU)PGPAPCPCPGPGPAPAPGPTPAP*(CB
molecule tags	Transcription/dna
source organism	Mus musculus
total genus	36
structure length	110
sequence length	110
ec nomenclature
pdb deposition date	1997-10-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00178	Ets	Ets-domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.10.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain	1awcA00

5K1YA 1SD6A 1J9IA 4G6QA 3HHHA 2ZNYA 3GUDA 4A0XA 2Z3YA 4QLCU 4BAYA 3ZMZA 3RKWA 2CGPA 2J5OA 4BQAA 3GXOA 2FNAA 4AWXB 4KICA 1MJAA 4UUVA 2IA2A 5D5XB 3J81Z 2FBHA 1D3YA 4M9XA 4NHJA 3DKWA 5HDKA 3H3UA 2DTRA 4RAYA 2W85A 3MEXA 1QPMA 1FOKA 5DUIA 2YSRA 5EEHA 2P5KA 2UXNA 2Q2EA 3ML6A 4A5NA 2LSOA 3DPLC 4HQEA 2F2EA 3NQOA 2QYOA 1JE8A 3SHFA 3MZHA 4LG0A 4LFUA 4A12A 3RYPA 4FX0A 3GFMA 4O5VA 3C1DA 2HKXA 2EWNA 4TV7A 1X3UA 3ZMSA 1CF7B 3HOSA 5D6EA 2LF8A 3I0TA 1TNSA 5ILVA 5FGMA 4YFKF 4ZYDA 2VBWA 3C3WA 3ZQ7A 4ESFA 2FQ3A 2PBIA 5ICCA 4RS8A 2FOKA 4KDPA 4HX4A 1FBSA 2DK8A 1Z6RA 1IN5A 1IXRC 5CJ9A 2DBBA 2FEZA 5BPDA 1XN7A 4I02A 2XROA 5LGNA 1Q1HA 1WKMA 2V9VA 4LD5A 2EV0A 1KU3A 5HLHA 3D0SA 3E5UA 3FXQA 3JTHA 4L9JA 1TLHB 4ASNA 1YG2A 2FBKA 2IA0A 2RC4A 2HKOA 1TQMA 1LB2A 4HDVA 2AS5F 2HTJA 2OD5A 1O3SA 2GA2A 2STTA 4MGRA 2DPUA 1P92A 1GHCA 2NRAC 5HDNA 1WSUA 3PQKA 3VODA 3GW2A 4ZYEA 3MFKA 3GFJA 4ENJA 4UVAA 2CW0F 3LSTA 2ZMEA 1JHFA 2COMA 2VXZA 3T8TA 3DPTA 4KN4X 5HLGA 3I54A 5TRDA 3BZ6A 3MAJA 2XRNA 4E70A 3I64A 1G3TA 4EM0B 4YFNF 1J0RA 3WTVC 2GQQA 1ZRCA 2HEOA 3TDUC 1SD4A 1QZYA 5BMZA 1ZYRF 4K2EA 1KQ8A 5ICEA 1H9TA 5H6RA 3RJPA 2XKPA 1JHHA 1K78B 3LFKA 1ZARA 4G9YA 4M9ZA 2OZUA 2H6BA 2K02A 2EFWA 5E1ZB 1GVJA 1HXDA 1L0OC 2FE3A 5H6QA 2F5DA 1GXQA 1FYLA 1UB9A 1FX7A 4BNCA 2A69F 1FZPB 2QLZA 4WXCA 1ZH5A 4GCVA 1LVAA 3GFIA 2FBIA 4EJOA 4A0YA 3WODF 3JAMK 3HOTA 2GIVA 3RPQA 4IVNA 1P4XA 1Z6TA 2HFHA 3HUGA 3OOPA 3BDDA 4HOBA 3M8EA 4L0ZB 4Q5SF 4KIGA 2M30A 1O7LA 2XV4S 4UVBA 1IUYA 2CO5A 3FXRA 1ZGJA 2IJLA 4OIQF 2XKOA 5BPIA 1QO0D 1YYVA 5FO5A 3DF8A 1S3JA 2CQKA 3OV8A 2YU3A 2AXLA 1YIOA 2IW5A 4U0VA 3GX4X 4EVIA 3L7WA 4UNOA 2BYVE 4AIKA 3DP7A 2Z33A 4XRFA 1EH7A 2IPQX 2Y48A 3KZZA 2IT0A 1XB4A 4XSXF 1YO5C 2RNJA 1R23A 1MJBA 2UZKA 3F22A 2OAZA 4BHPA 1K79A 4R79A 1U78A 1KU9A 2VC0A 1FSEA 3VEPA 2BGCA 3KFWX 2YR2A 4UHTA 3WTYC 1G6NA 1Z91A 4PDKA 4RB0A 1ZLKA 1W7PA 2HYGD 1XCBA 4M73A 3REOA 2CSOA 2QQ9A 4R1HA 3F8FA 3K9TA 2ACJA 3HTUA 3KEOA 4U0YA 1O7FA 4BH9A 3NEUA 3K0LA 5FB2A 4JQFA 2L54A 1MDMB 2LKPA 2PLYA 3KCCA 4HF1A 2WV0A 4L18B 1OKRA 4KIFA 2C6YA 1HSTA 3EETA 4I0BA 2HZTA 5F6FA 3KP6A 3CUOA 1F9NA 3F3XA 4WCGA 2ZNZA 1TW3A 3ELKA 2Z99A 2V1DA 5D8LB 4PZJA 3KZYA 1S6LA 2QQBA 1WRJA 5HOOA 1HW2A 1D5VA 2WTEA 2XAFA 3ZP5A 1PDNC 4RGRA 3I58A 1P4WA 3LA7A 1KGSA 2DI3A 5ERIA 3WTWC 5DD8A 1V3FA 3F8CA 1ODDA 2DQRA 2W24A 3V7RA 4YG2F 4MHGA 2FMLA 1F1ZA 1BC8C 1PP7U 3ZN1A 3EYIA 3KETA 1LJ9A 2GZWA 1FBQA 1FBUA 2HR3A 2ZMEB 1LDDA 3WTZA 2JRTA 1XGOA 3ECOA 1C0WA 1IXSB 4HV6A 3WGHA 4UXNA 4EGZA 3T5XA 1GXPA 2Y0MA 4I98B 3E5XA 2VBZA 2E1CA 4EM1A 3IHUA 2WC2A 3SQNA 5DD4A 4IHTA 2FRHA 3V7CA 2NNYA 2KKOA 5K5RA 2EA4A 3R4KA 4CGZA 2P8TA 2O8XA 4S04A 1R36A 3F72A 2L01A 3BPXA 2FNPA 1STZA 3U1DA 2KIFA 4WWCA 4ETSA 2A6EF 2MD5A 1S7AA 1R7JA 1RUOA 2KJBA 1XMAA 2M45A 4N9HA 4AIJA 4G7HF 2PEXA 3EYYA 1YW8A 4Z2YA 3LAPA 3V8JA 4O6JA 4ZH4F 3PFIA 3CUQA 4ENNA 4CO8A 3N4MA 3V8LA 5F1RA 4OIOF 5LEJA 4YIFA 2PFBA 2R7FA 2QWWA 4ON0A 1ZN2A 3CDHA 3GF2A 5DCMA 3TDZC 4KUMA 4LJZF 5AIPA 4WF2A 4WXHA 1R1VA 1MJ9A 3MZYA 1T98A 1YS6A 1BIAA 3J80K 3HRUA 2MH2A 3FHZA 2JPBA 4RAZA 1LQ1A 1FYMA 3SXYA 3IWFA 1T0FA 2RQPA 1KA8A 5ED4A 1MD0A 4FT8A 5FLXK 5K5OA 1F5TA 1DUXC 3J80Z 3FX3A 1W5TA 3BJOA 2K4JA 2V1XA 1XSVA 2H6CA 4N9IA 5FLXZ 2HTSA 2P5LC 4I09A 3ZN0A 3I59B 4XBFA 2JT1A 1R58A 3Q9VA 1P4AA 2GAUA 3COAC 3R6SA 1YQAA 2Q0OA 3LQQA 3EQLF 5BS6A 3RYRA 5L3FA 1IAWA 2MLKA 3QU3A 4HYEA 1W7PB 2L3DA 1W4MA 1XDUA 1XMKA 2OU2A 1SAXA 2FMYA 3LQRA 3ZPLA 2LNBA 1HSJA 3FF5A 2H94A 4OIRF 3MQ0A 2CG4A 2P7VB 2UXXA 2W84A 1ZRDA 5LHGA 1R5GA 1IN8A 1TBXA 3WGIA 3E3VA 2XVCA 4OOIA 2EV6A 3U9GA 1KQ0A 1MZBA 2STWA 4EQQA 1U6GA 2HQNA 1IN7A 1O3QA 1YTYA 3SZTA 1A04A 1P6RA 2EFPA 2A07F 1B1BA 2DLLA 2LF7A 1I1GA 2QVOA 2FSWA 1L3LA 2QQAA 2RGVA 3R0AA 2PMHA 2EB7A 2GA1A 2MBFA 1G3YA 1ON1A 3RKXA 2VOPA 2HGCA 1QGPA 2PG4A 4PGHA 5K5QA 3C7JA 3FMQA 5DCFA 4KMUX 1U5TA 4DQ2A 4HQMA 2NS0A 4XLNF 3QP6A 3O3KA 3R61A 3ABUA 2XAHA 3W6JB 4U0WA 1R5HA 2GXBA 3FM5A 3HTSB 1YW9A 1OMIA 2DT5A 2MC3A 5L3CA 1IZ1A 5DUKA 4UV9A 4BHBA 4LMYA 1BC7C 3E6BA 3BOQA 3EDPA 1R1TA 4HLXA 1SFEA 2NNNA 4GGGA 1YLFA 2TDXA 2JPCA 3HRTA 3I4PA 1SD7A 4LGWA 2G9WA 3JTGA 1ZREA 5IT3A 3BROA 5E20A 2EK5A 3LWFA 2IA1A 3TO7A 4G7OF 3ISPA 1TW2A 3TOBA 1U5TC 2Z5UA 2VN2A 5FD5A 2VT2A 1ZHFA 4BYYA 4EV0A 1DPUA 3JAMZ 1XDSA 4LLNA 2P6SA 3RTRA 3M9AA 4KNYA 5DDGA 3BJ6A 5L3GA 3CLOA 2VE8A 2QBYA 1KQ9A 4UVCA 2X0LA 3F6VA 4I7HA 5H20A 1USSA 1WWXA 5KK1A 1T39A 3GO5A 1G3SA 4Q47A 3B73A 2RVCA 2ZCWA 5DCMB 2BEOA 4MNUA 4IRHA 1HQCA 1UHMA 3K1NA 4IHSA 1KU7A 4S05A 3DQVC 1LDKB 1BM9A 2ISYA 3KP5A 1HW5A 2HWVA 2K27A 2RDPA 4Y15A 2M1BA 3SZPA 2EJRA 5LRRA 3I71A 2OQRA 3V7SA 1RI7A 1W7PD 2Q8KA 2NYXA 4EJTA 5HVQC 1IN4A 1HBXG 3P9KA 3ZMUA 2CYYA 2E7WA 4MQVA 3TO6A 2PJPA 4KN7X 1BN5A 3RPUA 1J75A 4LG0B 4WX9A 1DDNA 1LNWA 1CF7A 1T6SA 3P9CA 1R22A 5CYVA 1ZG1A 1BI3A 5L3BA 2A3SA 1Z05A 3KE2A 1JGSA 1HW1A 3JSOA 3GZ6A 3K1MA 1XSDA 4M9SA 2YX7A 5E1XA 2EFNA 2FF4A 4KFCA 4LB5A 2VC1A 2WWYA 3CJNA 1W5SA 3FZVA 3L00A 3T1BA 3TGNA 2E7XA 4B8XA 2ISZA 4G7ZF 1YFHA 5LRSA 1DPRA 3E5QA 1BJAA 2D45A 4U7DA 2F5EA 4I0AA 4MQ9F 2JSCA 3Q5FA 3U2RA 4DNCA 3HSFA 5LBQA 2ELHA 1ON2A 5IT9K 1J5YA 3RIRA 1WI9A 5DV5A 3IKVA 5EEGA 3H3ZA 2HQRA 5JVTA 5CVVA 3V4GA 4A5MA 1KYZA 2XGXA 2O3FA 2V6CA 2A61A 2VOOA 2V79A 3MWMA 3HRMA 5JFRA 3WTUC 4LLGF 1BBYA 5CVIA 3IC7A 4Y17A 2ETHA 1B4AA 4EJUA 4MEYF 1XD7A 4M71A 1OYWA 4R8HA 5HLIA 1D8JA 4WK8F 3L2CA 2VONA 3Q9SA 4MTEA 1YW7A 2OBPA 2IVMA 5JHUA 1U5TB 4A0ZA 4EMSA 4A6DA 3WG9A 1I6XA 4KYWA 4IRGA 5F64A 3L09A 2F5CA 4L9NA 4RB2C 1U2WA 3IKTA 2ZJ2A 5ILUA 1E17A 1XGNA 4AD9A 2QENA 1I1SA 1K78A 2RKHA 1IW7F 3VOEA 3E6CC 2ZO4A 1Z7UA 1K7AA 1BI1A 1Y0UA 1SFUA 2EFOA 4NQWA 2ESNA 2HYFA 3BWGA 2OQGA 2K7LA 4ENMA 4ZZDA 5CLSA 2ADUA 1XCVA 2O03A 1OYYA 1FYKA 2VT3A 5J6XA 1HKTA 3LAJA 3TQNA 1KYWA 3QP5A 3DV8A 3RKYA 4F7ZA 1QBJA 2KIMA 4HF0A 1SFXA 2EV5A 4WXDA 1ZLJA 3P9IA 1FWZA 3FM3A 5HDGA 1AOYA 4HLYA 3R0JA 1MKMA 4HBLA 3E6DA 4GYIA 4EJWA 1P2FA 4GXOA 3L9FA 2QBYB 3RDIA 2B0LA 2O61A 4FX4A 5E17F 4N0BA 3QRFF 3HYIA 1O3RA 2M5WA 2OZ6A 3K2ZA 4EM2A 1SD5A 1K6OA 5LGUA 3J81K 4P9FA 2KRFA 1QQIA 3LA2A 3F23A 1BI2A 1J2XA 1B9NA 1I27A 4KT5C 2VBXA 5BQTA 3T0YA 3DEUA 3CTAA 3ECHA 4PCQA 3CUQC 4RB3C 1E2XA 5E1WA 2KIUA 4P5OA 4XSZF 3T8RA 2Z9OA 4HZFA 1HKQA 4ZYHA 1SMYF 5E8GA 2HOEA 2R7DA 2DW4A 2XHKA 2PMUA 4CICA 2XAGA 2OA4A 5ILSA 2JTVA 4MTDA 2MA3A 5D4SA 4Q48A 3WE2A 1PUEE 1BIBA 1REPC 3HRSA 3QOPA 2DQLA 1B9MA 4LB6B 1MGTA 3N97A 1VTNC 3SFZA 1TNTA 5D5VB 2IRFG 4BXUA 5DEQA 2JZYA 2PN6A 1LEBA 4L5IA 1LDJA 3WTXC 6PAXA 4L0YB 2KJCA 2P6TA 3GZ5A 3ROUA 1G4DA 3PQJA 2BBYA 2YPRA 1MDMA 2HDCA 4M74A 2L4AA 4Q4ZF 4L5JA 1T2KA 4HA8A 3W6KB 2L4MA 5JI6A 1FLIA 1TQPA 1EV7A 4YFXF 3WGGA 2F5FA 1IN6A 2L02A 1O57A 2BE5F 2O0YA 4PGGA 4AIHA 3ABTA 3ERED 1JXSA 1U3EM 2K4BA 2GWRA 3WTTC 3AAFA 4KA4A 2VE9A 4L9TA 3F8NA 5D6FA 3GVAA 2XIGA 2ZFWA 3GFLA 2DU9A 2M87A 2A5YB 3M1EA 4MEXF 4D0PA 2GXGA 2ZBKA 1R1UA 4JBAA 2QZ8A 5CVUA 2EA2A 3G73A 4CHUA 3KEQA 1CGPA 1S29A 1RNLA 3HSRA 3K69A 1T38A 1J7KA 1IF1A 4OMZA 4HV5A 2FA5A 4LK1F 1B6AA 5HS8A 1PP8F 2VBYA 1ZG5A 3DXJF 2RN7A 1ZRFA 1EH8A 2R3SA 2MH9A 2G7HA 3QPTA 3TO9A 4OU0A 3O6BB 1ZAOA 2Y75A 5JR3A 4CXFA 4RGXA 5FFZA 3RI4A 1F4KA 3KP3A 2H27A 3G3ZA 4G6DA 2FXAA 5AIQA 2ZKZA 5L3DA 2IP2A 2M8EA 3J7AO 1UCRA 4G94A 2A68F 1TQIA 1LEAA 3IWZA 4HX8A 3KP7A 5HS7A 4OIPF 1FT9A 4U7BA 1OYIA 3EUHA 1QZZA 2W57A 2K86A 5LHIA 4HW0A 1IXCA 5E18F 4OINF 3K1PA 3M8FA 3CUQB 4I01A 2D1HA 1OPCA 2LDUA 3WE3A 4LLLA 2XAJA 4CZZA 3R60A 3BY6A 1FPQA 3BP8A 1XGSA 3ZMVA 1FP2A 3E97A 2XAQA 4Y13A 2XUBA 1TTYA 3QPHA 1FP1D 2J5PA 4EGYA 3HHGA 2DAOA 5KVRA 4EJVA 1U8RA 5LEKA 5BOXA 5FD6A 1FC3A 1ULYA 2D2WA 4GYGA 1KU2A 3TOAA 3H92A 4P96A 1RUNA 2P5VA 1AWCA 1ZG3A 3F21A 5D5WB 3ULQB 5CVJA 4CYDA 2P4WA 3KLNA 4ENKA 4ZYGA 3NRVA 1FSHA 3C18A 1DP7P 3GYHX 4KIBA 3GLXA 1QNTA 2DO7A 4NB5A 3IL2A 3CO6C 2NAZA 2PQ8A 3TKYA 3I59A 2QUFA 5LGTA 2P7CB 5TJJA 2X4HA 5ICGA 4M6XA 2V1UA 4P9UA 2D1VA 4CDGA 5L3EA 2H09A 3DFGA 4A2UA 2HS5A 2BV6A 2XASA 3WTSC 1RIOH 1V4RA 5ICFA 3WU0A 4HDUA 4P55A 4GO1A 1YS7A 3I53A 3B02A 2UWMA 3VFZA 5D8KB 4G8XA 1IRFA 1RZ4A 4RGUA 5J8CA 1USTA 4AVPA 2ESHA 4B09A 4QWQA 5J8FA 1XGMA 4IPAA 2G7UA 3JW4A 4FHTA 1EH6A 4BHCA 1H0MA 1UFMA 1Z1DA 1Z9CA 4IRIA 2CFXA 4ESBA 1R00A 1S7OA 3HSEA 5D4RA 1I5ZA 2A6HF 2O6GE 4XLPF 3E6MA 4ZZLA 1IRGA 3FWEA 2CWEA 5IT9Z 2ZXJA 3CO7C 3BPVA 3KLOA 1BOAA 3BJAA 3ZMDA 4H0EA 1D8KA 3QAHA 3IRRA 1HKSA 3QU6A 4UV8A 2QM3A 3LA3A 3V8KA 4A6EA 1FY7A 1BI0A 3GWZA 4RB1A 3P7NA 1H9GA 1NHAA 4L9VA 2MLGA 3KP4A 1O3TA 4M6YA 4RGSA 3O2PE 5E8IA 4I2OA 3WU1B 2YX4A 3ZMTA 1S8NA 1XSXA 3D5LA 4YIIA 4HF2A 3F6OA 5CVRA 3JSPA 2E1NA 1ONVA 1ZGAA 4IJAA 2DPDA 4KMFA 2W25A 5D5UB 3MCZA 3FXUA 5HS9A 3KP2A 4IF4A 5FFXA 4OMYA 1OR7A 5DYMA 1FNNA 3S2WA 4HAMA 4ESJA 3GEZA 5AONA 1J59A 4U88A 5LHHA 3VB2A 3F8BA 3F8MA 4HX7A 4O3MA 5A2QK 2DK5A 3FMRA 1SMTA 1WQ2A 3HIFA 2FU4A 1B59A 3M7GA 1G3WA 2DFIA 3IRQA 2EFQA 5A2QZ 3FMSA 2VODA 4M72A 3I5UA 2PI0A 2RV8A 4JK1X 5LLQA 1UHWA 4LK0F 4IXAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5K1Y A;  1SD6 A;  1J9I A;  4G6Q A;  3HHH A;  2ZNY A;  3GUD A;  4A0X A;  2Z3Y A;  4QLC U;  4BAY A;  3ZMZ A;  3RKW A;  2CGP A;  2J5O A;  4BQA A;  3GXO A;  2FNA A;  4AWX B;  4KIC A;  1MJA A;  4UUV A;  2IA2 A;  5D5X B;  3J81 Z;  2FBH A;  1D3Y A;  4M9X A;  4NHJ A;  3DKW A;  5HDK A;  3H3U A;  2DTR A;  4RAY A;  2W85 A;  3MEX A;  1QPM A;  1FOK A;  5DUI A;  2YSR A;  5EEH A;  2P5K A;  2UXN A;  2Q2E A;  3ML6 A;  4A5N A;  2LSO A;  3DPL C;  4HQE A;  2F2E A;  3NQO A;  2QYO A;  1JE8 A;  3SHF A;  3MZH A;  4LG0 A;  4LFU A;  4A12 A;  3RYP A;  4FX0 A;  3GFM A;  4O5V A;  3C1D A;  2HKX A;  2EWN A;  4TV7 A;  1X3U A;  3ZMS A;  1CF7 B;  3HOS A;  5D6E A;  2LF8 A;  3I0T A;  1TNS A;  5ILV A;  5FGM A;  4YFK F;  4ZYD A;  2VBW A;  3C3W A;  3ZQ7 A;  4ESF A;  2FQ3 A;  2PBI A;  5ICC A;  4RS8 A;  2FOK A;  4KDP A;  4HX4 A;  1FBS A;  2DK8 A;  1Z6R A;  1IN5 A;  1IXR C;  5CJ9 A;  2DBB A;  2FEZ A;  5BPD A;  1XN7 A;  4I02 A;  2XRO A;  5LGN A;  1Q1H A;  1WKM A;  2V9V A;  4LD5 A;  2EV0 A;  1KU3 A;  5HLH A;  3D0S A;  3E5U A;  3FXQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1AWCA

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