1I3AA

Rnase hii from archaeoglobus fulgidus with cobalt hexammine chloride
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
200
structure length
200
Chain Sequence
MKAGIDEAGKGCVIGPLVVAGVACSDEDRLRKLGVKDSKKLSQGRREELAEEIRKICRTEVLKVSPENLDERMAAKTINEILKECYAEIILRLKPEIAYVDSPDVIPERLSRELEEITGLRVVAEHKADEKYPLVAAASIIAKVEREREIERLKEKFGDFGSGYASDPRTREVLKEWIASGRIPSCVRMRWKTVSNLRQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural biochemistry of a type 2 RNase H: RNA primer recognition and removal during DNA replication.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE HII
molecule tags Hydrolase
source organism Archaeoglobus fulgidus
total genus 70
structure length 200
sequence length 200
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2001-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1i3aA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1i3aA01
3M8RA 5CY4A 3LDSA 2HHXA 2YV0X 3ITHA 1VK0A 2X78A 3VQAA 3ZSVA 3NE6A 2G8HA 4HCCA 2YNIA 4CF8A 3AVCA 5CYQA 4CF0A 1KCFA 4JLHA 1X1PA 1GOAA 3AV9A 1LWFA 1C1CA 1S6PA 4Q5VA 3AVGA 1NJZA 1RCHA 3KLIA 3OYFA 1FKOA 3AVIA 1J53A 1IKWA 5KTQA 3CQ8A 4DU4A 1RDAA 3PO4A 3HSTB 3V9ZA 3KK2A 5I3UA 2W42A 4FW1A 3S3MA 3OY9A 4N47A 1Z26A 4W5NA 2E4LA 4AHVA 2D0AA 3HVRA 3HP9A 3V1OA 2YNHA 3MEEA 5JS2A 1WSHA 4FJ8A 3T3FA 3NGZA 3QESA 1BISA 1QS4A 2ETJA 2Q3SA 4B8CA 2XRIA 3SQ4A 3QO9A 4EP5A 3KLFA 4CF2A 4BACA 1TK0A 3KD5E 3DYAA 4FVMA 4KKOA 4Z4HA 2VWKA 5SZTA 2ZD1A 1HNIA 4RW4A 3EYZA 4KAZA 3VQ7A 4E7IA 3EY1A 4ZTJA 3TAEA 1RT3A 4M3WA 1SL2A 5DMRA 1A5VA 3QIOA 4FCYA 3O3GA 1RDCA 2B4JA 1S1TA 4BDPA 4KHWA 3SUPA 4BE1A 1SL1A 1ZBIA 1U49A 4KHSA 4KI4A 4OVLA 3SCXA 1L3SA 2AJQA 3VQ9A 3TAPA 4E89A 4H4OA 4HHTA 3C95A 4CGDA 4CJPA 3VQPA 5C24A 3NH0A 3RTVA 4NYNA 1XHZA 4KB0A 3OYJA 1LW0A 2HVHA 3RMBA 3I0SA 4ELUA 4DG1A 3OYBA 3SPZA 3MEGA 3V1QA 2JGUA 3QINA 4ID1A 4HVJA 4B9NA 4K8ZA 2F8SA 4PQUA 2PZSA 3K5OA 3HL8A 1B9FA 5HP1A 4FJ9A 2QKBA 2Z1HA 4CHOA 1RT6A 3DLGA 3HK2A 4FM0A 4N76A 3OYDA 3RR8A 1T8EA 4KTQA 3KKRA 1VSFA 1NOYA 3DOLA 4FZYA 4C8LA 1WSEA 4LD0A 5I42A 1RTDA 1U04A 2WOMA 4W5TA 4NCBA 4CJQA 4RW9A 5HLFA 3NGYA 4CF9A 3SZ2A 2RF2A 3QEXA 1JL1A 3V6DA 3MXJA 2XY5A 4DTJA 3LP3A 3AVLA 3NAEA 2G8KA 3ZT1A 2X6NA 1VSEA 4CEOA 1RBVA 3ZSXA 4J2BA 3NF6A 3L8BA 4E7KA 1VSDA 3SQ0A 4F3TA 3NHGA 3SQ1A 4KHUA 5FRNA 2IDOA 1ASUA 4CIEA 1LWCA 1XI1A 1UA1A 1T03A 2G8VA 3ASMA 4B9LA 3CYMA 3IS9A 1WNSA 4O0JA 3ZSRA 2XY6A 1S9GA 4AH9A 4CGJA 1W0HA 3LWLA 3MXMA 4RW6A 4K8XA 3CFOA 4CIGA 1RBTA 3FFIA 3OYAA 2F8TA 1LAVA 1YTAA 3OYEA 3U3YA 2RKIA 3L2QA 4OPKA 1HJRA 2OA8A 4L8RB 4M3TA 1JLBA 3F73A 4PWDA 4Q0BA 2BDPA 1LWEA 4F2RA 4DQRA 4CJFA 4FJ5A 2NUBA 1NKEA 4EZ6A 1F21A 3ZSZA 1EXQA 2HB5A 3AO5A 1SKSA 4PY5A 1JLEA 3V81A 1YTUA 1IO2A 2YKMA 3D45A 4KB1A 5E41A 1J54A 1BCMA 1U48A 4QOZB 3RRHA 1JLQA 4W5QA 4TSXA 4CEQA 4DTNA 3LZIA 1ASWA 4DU1A 3QEWA 3CG7A 1NK0A 3DI6A 1CZBA 3RMAA 5K14A 4E3SA 4YFUA 4ELVA 3K5LA 4RW7A 3QERA 4CK3A 2HHVA 1BHLA 1BGXT 3JSMA 1FKPA 2P51A 1KRPA 2RN2A 1JKHA 3DLRA 1C0TA 3VA0A 4CJ3A 3K5MA 1RT1A 2ATQA 3ZSOA 3TI0A 3DLBA 3OYLA 3NH1A 2HHWA 1C6VA 3AVAA 2GBZA 3SJJA 1GOCA 2HMIA 4FK2A 1T05A 4DSJA 1IKXA 1ZBFA 3CM5A 2DFHA 4O44A 5SWMA 5CZ2A 4DFMA 2KZZA 4KI6A 1RBRA 1YVUA 1HYZA 4CIFA 4DTXA 4J2EA 2ITGA 2B6AA 4E1NA 2GV9A 2HNYA 3AVMA 4F3OA 2LSNA 1TKXA 4CEBA 3NDKA 5J2NA 3G0ZA 3MECA 4B08A 1WN7A 1TVRA 3ALYA 3OS0A 4NCGA 3ZT4A 3VN5A 1NK8A 1JLCA 1VSHA 5FROA 1WSFA 4CK1A 4LSNA 3PX6A 4LSLA 2BANA 1REVA 4DQSA 3AVBA 4F8RA 3DLKA 2YNFA 1B9DA 3OS1A 2HHUA 2IOCA 4FJJA 4DMNA 1XHXA 3KLEA 4DSEA 1J5OA 4FK0A 5KGXA 1D8YA 2HNZA 3ZSWA 4AHRA 1S9EA 3OYCA 3K5NA 5J1EA 3B6OA 3AVNA 4AHCA 2A1RA 3VQDA 1S1UA 1SKRA 2HW3A 2HHTA 2ZE2A 2IAJA 1IKVA 2KFNA 4FM1A 3C6TA 3HPGA 4CK2A 3AVHA 4CJSA 5HBMA 3SYZA 1BQMA 3LALA 4DSLA 1T7PA 1RDBA 3DLEA 3HYFA 3OJUA 4Z4CA 2HHSA 4CECA 1TV6A 5CZ1A 2EX3A 4O55A 2A1SA 4FLXA 1X9WA 2XY8A 1NKCA 4M3YA 2VG7A 1ZBUA 3LP2A 4FZXC 3WNFA 5CYMA 3M8QA 2Z1JA 4OKJA 4B9SA 3AVFA 4DU3A 2QK9A 1BIUA 3WNGA 3SV4A 4CGIA 1TAUA 3QNNA 4KREA 1RNHA 4BE0A 3MEDA 1C0MA 4C8OA 1D9DA 3TR8A 3F9KA 3PUFA 3I0RA 1MU2A 4HTUA 5HRPA 2VG5A 1L3VA 3AO3A 4DQQA 2D5RA 3K59A 4FYDA 4BWJA 2Y1JA 3L2VA 1TKDA 4FJKA 3AO1A 4DS5A 3M8PA 3HJFA 3VQBA 1VRTA 1WAFA 3V1RA 4DLGA 3DLHA 1Q9YA 3IRXA 1KLNA 4HUFA 2D0BA 4HUEA 1UA0A 4J2AA 1SKWA 1BIZA 4HUGA 1NJXA 3ZCMA 4IBNA 4CESA 4UQGA 5HROA 4B9UA 4DFJA 4FLUA 1Q8IA 3LWMA 4DTPA 2PYJA 1S6QA 5KRSA 2KTQA 4CJVA 3DRRA 2VG6A 1A5WA 3NFAA 3V9WA 4E1MA 4B9MA 4AHSA 5JS1A 1HQEA 1S1VA 1QE1A 1FXXA 1VSMA 1W9HA 4JRPA 3NF8A 1ITGA 3NF9A 4N5SA 3L2RA 2XHBA 2YHBA 1QHTA 2XY7A 3QNOA 1NK9A 3NBPA 3ZSQA 1IKYA 4MQ3A 2E6LA 3PX0A 1QSYA 2P5GA 3UIQA 2G8IA 1X9SA 1FK9A 4EP4A 1L3UA 4MFBA 4E7HA 1TL1A 1DLOA 3V9UA 3HP6A 4ELTA 2GUIA 5KRTA 1LW2A 1X9MA 1KVBA 1EX4A 1WSIA 4NYFA 1D5AA 4OLBA 2BGGA 3QLHA 2DFEA 1TGOA 2IS3A 2X74A 3L3VA 4OKKA 4CHZA 4DQPA 4M3ZA 3H08A 4KO0A 3L2WA 4B3OA 1C1BA 4IFYA 4OJRA 3THVA 3KK3A 1BCOA 1VSKA 3SNNA 3LANA 1WSGA 3G10A 5T7BA 4DTUA 2FC0A 4I2QA 4H8KA 3QEIA 4O5BA 4YNQA 4CGHA 2F96A 4CJKA 2OPPA 4FM2A 3ISNC 4DFPA 4DSFA 1IH7A 2HHQA 1BQNA 1EKEA 1VSJA 3LP1A 1VSIA 4M41A 3LP0A 4CGFA 1XWLA 1CXQA 3IG1A 1C1AA 3C6UA 2KQ2A 3LPUA 2PYLA 1Y97A 1CXUA 4JRQA 1RDDA 2E6MA 4CEEA 3CFRA 4IDKA 1U47A 3DRPA 4OGCA 4QAGA 3U6FA 3NGIA 1HYVA 4J2DA 2BE2A 3BDPA 1HNVA 4DLEA 1WLJA 1LAWA 4LY7A 5J2PA 2WONA 4FJXA 4RG8A 2X6SA 2Z1GA 4E7LA 4CEAA 3HXMA 4FXDA 1JL2A 4JS4A 4Y1CA 4CFAA 1RTJA 2ZQBA 3OJSA 3S3NA 4CGGA 3HPHA 3HPOA 3K58A 3ULDA 4DS4A 4I9LA 3TANA 1KLMA 1UAXA 3CFPA 4FLWA 1TKZA 4WE1A 1RT4A 1S1WA 4GW6A 4R5PA 3S3OA 4B9TA 2FBVA 4DSIA 4Z4IA 1ASVA 1DTTA 3OYHA 4DWIA 3SQ2A 3KIOA 3DMJA 4B9VA 3VQCA 4DTSA 1ZBHA 4FZZA 1Z25A 4ZHRA 1NK6A 4LH5A 1VSLA 4E0DA 3HVTA 1RTHA 2R7YA 4BDYA 3PX4A 3SUOA 2OZMA 1RT5A 3OYNA 4BE2A 3NH2A 3M8SA 2VWJA 4DF4A 1HRHA 1Q9XA 3KTQA 1RBUA 3AA2A 5HRNA 4C8NA 5EU7A 2O4GA 4ZTFA 4PUOA 3LZJA 4BDZA 3OYMA 1CLQA 4M3UA 3P5JA 4LH4A 3LAMA 3U3GA 4JS5A 1YT3A 4E19A 3PO5A 4RW8A 3O3HA 3OS2A 4F4KA 4CJRA 4I9QA 3VA3A 4CHYA 4FJ7A 4M45A 3DM2A 3E01A 4C8MA 4FLYA 3SPYA 1IG9A 4XIUA 2QKKA 2OPQA 2G8WA 2YKNA 2B5JA 3ZT0A 5DK5A 4OPJA 3CM6A 4FJNA 4CJUA 1G15A 4OLAA 1XC9A 3VQ6A 2P1JA 3P83D 3AA3A 2OPRA 3HT3A 4AHUA 2HNDA 3K57A 1U4BA 2IC3A 1CZ9A 3VQQA 4NCAA 4IG3A 3QEVA 3LAKA 3ZT2A 3TARA 4FJMA 3OVNA 4CJWA 4OKEA 4N56A 4O4GA 4E7JA 4F2SA 4FLZA 5C25A 3HM9A 1KFSA 3BGRA 3TAFA 4DQIA 4CEFA 4DTRA 3AVJA 4IFVA 3HO1A 3OYGA 1KVAA 3DRSA 3SUQA 3AVKA 3TWHA 1N5YA 4FJLA 5D3GA 3KD1E 2OYQA 2KZMA 2DTUA 4I2PA 4KTWA 3V4IA 4M3XA 4EZ9A 2HVIA 3O4QA 2FBXA 3SI6A 4H4MA 1S5JA 3KLGA 1I39A 4QCLA 4Z4FA 4FW2A 4ID5A 4CFCA 3I8DA 4CJ5A 3VQ4A 1N6QA 3RMCA 4DF8A 1TK5A 3NCIA 3ZSYA 1C0UA 4PA1A 3TAQA 3V9SA 4DSKA 3T1AA 4CJ4A 2I5JA 3QEPA 4CERA 2IGIA 1KVCA 4HCBA 4IKFA 3JYTA 1LV5A 4CCHA 1RT2A 2RPIA 1HPZA 3RWUA 4Z4GA 1BI4B 1UWBA 1L3TA 1EETA 2Z1IA 2PY5A 4FK4A 1SV5A 4GMJB 1WAJA 3B6PA 3RRGA 4CE9A 3L2UA 1WSJA 3OYIA 1VRUA 3PY8A 5HRSA 3RMDA 4CJTA 5C42A 4DFKA 1NK4A 4FJHA 2DY4A 1RTIA 4GVMA 4FJGA 3VQ8A 3KK1A 1K6YA 1NJYA 5KI6A 2D0CA 1KSPA 1J9AA 4CF1A 3SUNA 3ZT3A 3IAYA 1S1XA 4CFDA 4KPYA 3AA5X 2G8FA 4Y1DA 1SL0A 4M42A 1HYSA 4KTZA 3TABA 2XO7A 5FRMA 3VQ5A 4CJLA 2QXFA 3L3UA 4CHNA 1KTQA 3P1GA 1BL3A 1EP4A 1B92A 4Z4EA 3KJVA 1JLGA 1RILA 1UOCA 2JLEA 4FJIA 3AO2A 1TAQA 3TAGA 5FDLA 1O1WA 1U45A 1NJWA 2P5OA 3KLHA 5KGWA 3AA4A 1TKTA 4G1QA 3WNHA 4CFBA 3S9HA 1HMVA 4KHQA 3SV3A 4CEDA 2O4IA 3PV8A 2OZSA 2DFFA 4IG0A 1TL3A 4DTMA 4AILC 1NKBA 1HQUA 3TAMA 1QTMA 4OGEA 3D0PA 1QQCA 3DOKA 2FBYA 4FLVA 3LPTA 1SUQA 3WNEA 2KW4A 4DTOA 1BI4A 1JXBA 1RBSA 4C8KA 1RT7A 3AO4A 5HRRA 4CHPA 4I7FA 1R0AA 4KFBA 4CEZA 1ZYQA 4FLTA 5J2MA 2YNGA 1L5UA 3QIPA 2FBTA 3EZ5A 1TK8A 4KHYA 3MXIA 3NF7A 3VQEA 4KRFA 1NK5A 1GOBA 4KV8A 3C94A 3A2FA 4M3RA 4BWMA 4CHQA 5J2QA 1ZBLA 1I3AA 2YHAA 1A5XA 4CJEA 4O0IA 3MAQA 3RR7A 4AHTA 2G8UA 4Z0UA 1JXEA 1NOZA 1KFDA 4ICLA 2Y1IA 4KHNA 4W5OA 3OYKA 4B8AB 2OPSA 1NK7A 1QSSA 1D9FA 3QETA 3K2PA 3O4NA 3V9XA 3O3FA 4N41A 3KKSA 1DTQA 1JLFA 2KFZA 2EHGA 1QSLA 1JLAA 4W5RA 3T19A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WXHA 2HHXA 3B73A 1KC8O 1I3QJ 3ZMTA 2FXUA 4JLHA 2VQEK 4LG3A 3CO7C 1WVRA 4C2UA 5GPAA 1XNQK 4IJAA 2D0AA 1LFPA 1HKBA 5DUIA 3GO5A 3KP5A 3GOIA 2Q3SA 4H0PA 4EP5A 1ETVA 2Y9YA 4GCVA 5B66C 2ZD1A 3E5QA 4RW4A 2RGVA 5HVQC 3SBGA 1RRJA 2ZM6K 1S1TA 3C7JA 1V4TA 3CHWA 5HNFA 4Y7NJ 3TAPA 4M3ZA 2PMHA 5BPMA 4B9NA 2PZSA 1Y6IA 4CHOA 3EYYA 4FM0A 2M3AA 2QENA 2P9IA 5H6QA 4C2MJ 3E66A 4I2OA 2CH0A 1IBMK 1T03A 2O8BA 4IO9F 1F1ZA 1S72I 3RSEA 1MJBA 4DCHA 2XDVA 1LAVA 2BVLA 3U3YA 2KIUA 4Q0BA 3PM1A 3F2KA 3KVGA 3Q0UA 1U48A 3RZOJ 5FD5A 3BPXA 3DKWA 2P9KA 5DV5A 3HOWJ 4UY8I 1R23A 3S1QJ 5HODA 5KQ8A 1JKHA 3GMEA 1OH7A 3K5MA 2A05A 3AVAA 1I5ZA 1D0XA 4Y4RA 4YFNF 1T95A 2VQHA 3U21A 4I98B 1BA5A 1U5TB 3HSCA 1ORKA 2HYJA 3NDKA 3A2KA 3K69A 1OR7C 3AG4H 4AIJA 4H5TA 1SFOJ 3K70D 4CK1A 1QVUA 1B9MA 4AHRA 4ASNA 1E3PA 1WCMJ 1QZYA 4AU7A 5IT9O 3W2WA 1DQUA 2KHOA 1SD6A 4NHJA 4CECA 2L9VA 4KIBA 2GIZA 4OKJA 1QPIA 2QK9A 3LM2A 1TAUA 3I0RA 3K59A 1UELB 1YTYA 1KLNA 4NC7A 1UA0A 4B9UA 4JI3K 1T3VA 1Q8IA 4AVPA 5HOOA 3K4BA 4O5FA 4I6ZA 3SHFA 2VONA 1XPXA 3O1WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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