1I3AA

Rnase hii from archaeoglobus fulgidus with cobalt hexammine chloride
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
200
structure length
200
Chain Sequence
MKAGIDEAGKGCVIGPLVVAGVACSDEDRLRKLGVKDSKKLSQGRREELAEEIRKICRTEVLKVSPENLDERMAAKTINEILKECYAEIILRLKPEIAYVDSPDVIPERLSRELEEITGLRVVAEHKADEKYPLVAAASIIAKVEREREIERLKEKFGDFGSGYASDPRTREVLKEWIASGRIPSCVRMRWKTVSNLRQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Archaeoglobus fulgidus
publication title Structural biochemistry of a type 2 RNase H: RNA primer recognition and removal during DNA replication.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE HII
total genus 70
structure length 200
sequence length 200
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2001-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1i3aA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1i3aA01
4GMJB 3HO1A 2JLEA 4DSLA 4E1NA 5JS2A 3P83D 1VSHA 2I5JA 2KFNA 1TKXA 3VQ8A 4JS5A 4CEZA 5J2QA 3M8QA 1X9SA 1LW0A 1LAVA 1C0MA 3TAMA 2PYLA 1VSMA 1ZBUA 3V9UA 3MXIA 1Y97A 2PYJA 1HYVA 3DI6A 2X6NA 1LWEA 3VQ9A 4LSLA 1U04A 2E4LA 5KRSA 2FBTA 1JL1A 1RT3A 3A2FA 2B6AA 3KK3A 4KI6A 3HXMA 1XWLA 4OLAA 4E7LA 3LZIA 3O3HA 4DSEA 1LV5A 3NGIA 3CG7A 3DMJA 1SKSA 3HP6A 4Y1CA 1W9HA 4C8NA 4DSIA 3O4QA 4CEDA 3SNNA 2YNIA 2KZMA 3S9HA 1X9WA 2YHAA 4N56A 4CK1A 4DS4A 5CY4A 4DTNA 1T05A 2HNYA 4TSXA 4KREA 1K6YA 3MXJA 4IG3A 4CERA 3AVGA 1ITGA 4E7JA 4B9NA 1CLQA 5HP1A 2OYQA 4CFAA 1TAUA 4DG1A 3O4NA 4DFJA 4KHYA 2RN2A 3AVLA 5FDLA 2D0BA 4CGJA 4FJ7A 5J1EA 3TANA 3ZSRA 1D8YA 4Z4EA 4AH9A 4B9SA 1F21A 1RDCA 5J2MA 3PX4A 1NK9A 2P5GA 4FZYA 3M8PA 4DTRA 4M41A 2OPRA 1RTIA 1ASVA 4FK0A 5KRTA 1FK9A 4LH4A 4DQRA 3S3NA 1JLCA 3KK2A 2A1RA 3OYLA 1S9GA 2GV9A 3NF6A 3QINA 4CJPA 4KRFA 3UIQA 2XY8A 1HJRA 4KHSA 3S3OA 1SKRA 3DM2A 1WSJA 4DTXA 1IKVA 2PY5A 3MECA 3NBPA 1NK8A 4C8LA 2NUBA 2IS3A 4ID1A 3MAQA 4OGCA 3OYBA 1KSPA 1VSDA 1TAQA 1B9FA 3AO2A 2VWJA 4B9MA 4CESA 1BQMA 4FZZA 3VQ5A 4CEFA 4KTZA 1XHXA 3NAEA 2HHSA 3BGRA 5C25A 1RTJA 1CZ9A 4LD0A 4Q5VA 3OYGA 1HRHA 4GW6A 3L2WA 3V9SA 4CJ3A 4IFVA 4DWIA 4AHRA 1C0UA 3AVCA 4NCGA 4ELUA 1YVUA 4CJRA 3QESA 1B9DA 3VQBA 4N76A 4FLXA 4E89A 4DS5A 3RTVA 3SV4A 1U49A 4C8KA 1HNVA 1EP4A 2YKNA 4FM2A 2GBZA 3E01A 2F8TA 4I9QA 4IDKA 3VQDA 4CFCA 1QSSA 4B9LA 2HHQA 3U6FA 1S1TA 4CK2A 3KLFA 4FLZA 3IAYA 4Z4FA 2DY4A 3EZ5A 3SQ1A 4EZ6A 2DFHA 1DTQA 3HPHA 5C24A 1J54A 3B6OA 3OJUA 4FJXA 4FJLA 3LP0A 3KKSA 3O3FA 3DYAA 4B8CA 4AILC 3RMBA 3V9WA 1XI1A 5HLFA 3ZSQA 3DRPA 1KRPA 4J2BA 3AVJA 4PUOA 4OVLA 3ZSZA 4E19A 4O0JA 1EETA 3ZSYA 5JS1A 3KD1E 3AV9A 4CFBA 4CFDA 4YNQA 2ETJA 4CHPA 3OY9A 1BGXT 1T7PA 2OZSA 2YHBA 3AO3A 4C8MA 1T8EA 2FBYA 3CFRA 3SI6A 1L3VA 2FC0A 1TGOA 3L2UA 5KGWA 3HVRA 3WNGA 2EX3A 2IGIA 2ZE2A 4NCBA 4H4OA 1BCOA 3HT3A 3CYMA 3V9ZA 3VQPA 4FLYA 4O44A 2Z1HA 4LY7A 1UWBA 5CZ2A 3VA0A 1JXBA 4KAZA 1VSEA 4CEQA 4EP4A 4FLTA 4CHZA 5CZ1A 4M3WA 1Z25A 3KLGA 4DTJA 4F3OA 1JKHA 4M3RA 2XY5A 4AHUA 1KFSA 1ZBIA 2OPPA 4FLUA 1CXQA 3QIPA 3AVNA 4O5BA 4CHNA 4BE1A 1SV5A 4FK4A 1C0TA 3FFIA 3D45A 3PO4A 5D3GA 4F2RA 1JLEA 1O1WA 3KJVA 4L8RB 4HTUA 3SQ4A 1RT2A 2YNGA 2IC3A 3QIOA 4RW6A 2P5OA 4FK2A 1VSKA 4QAGA 3VQAA 1RBVA 3DLBA 3PY8A 4KB0A 3NE6A 2E6LA 2A1SA 1NJZA 2X78A 3PX6A 2ITGA 3PO5A 4RW9A 4KHNA 3AVKA 4B3OA 4BDYA 4J2EA 1BCMA 4E7KA 4N41A 1RT4A 1TKZA 4EZ9A 4WE1A 5DK5A 3TR8A 4CF2A 3LANA 4HCBA 4BE2A 4HCCA 1C6VA 4OGEA 5I42A 4CJLA 4M3UA 2KTQA 4JS4A 2FBXA 3SUPA 2WONA 3C6TA 1L3UA 1TL1A 1FKOA 4N5SA 1RILA 1BHLA 4CJKA 1NKCA 3V1OA 3LP3A 2BDPA 3RRGA 3SPYA 3OYEA 3AVFA 3AA4A 1RT6A 1QE1A 1C1CA 3I0SA 3QO9A 5HRNA 4DLEA 4DU1A 3RRHA 3QNNA 4FJJA 3M8RA 1S1XA 3OS1A 3KLIA 4CGFA 1TL3A 3KLHA 4FJHA 5FROA 4DMNA 5HRPA 4NYNA 2KZZA 3O3GA 4CJSA 3OYDA 3MEGA 4Y1DA 3LP1A 4FJKA 1RT7A 3LP2A 5DMRA 2F96A 3SYZA 2PZSA 5SWMA 3NH0A 3HSTB 3RMCA 1J5OA 4AHVA 3DLRA 4AHSA 4LH5A 3HM9A 3KIOA 1LW2A 3HL8A 4I7FA 4M3ZA 3PUFA 2HVHA 4KKOA 2VG6A 3AVMA 3C95A 4PQUA 3L2RA 4OKEA 4KTQA 4M3XA 4O55A 1L5UA 4FJIA 4N47A 4HUFA 4G1QA 2P51A 1FKPA 3V1RA 3NDKA 2X74A 4CGGA 2R7YA 4BE0A 2G8IA 1RDBA 4K8XA 3CM5A 1I39A 1BI4A 1DLOA 2YNFA 1UA1A 5T7BA 1IH7A 1CZBA 2YNHA 2YKMA 2AJQA 1ASWA 4CF8A 4OPKA 1G15A 3QETA 3PV8A 2HHXA 4RW4A 3OS2A 3IRXA 2O4IA 1IKYA 1QSLA 2Q3SA 3TWHA 3VQQA 1U45A 4KB1A 2GUIA 3KD5E 4IKFA 1NK6A 4HVJA 4FM1A 1HQUA 4FZXC 1J53A 1IKWA 4BACA 2D0AA 3SJJA 1ZBHA 2OPSA 4M3TA 4AHTA 3DLEA 2RKIA 3HPOA 3K5OA 4CEEA 4W5OA 4F3TA 3ZSVA 3WNHA 1YTUA 1UOCA 4GVMA 3AO1A 5KI6A 4FLWA 2BGGA 3P1GA 4CCHA 3SUQA 2IDOA 1HYZA 1ZYQA 4RG8A 3G10A 4CJ5A 3DOKA 3RR8A 1UAXA 2B4JA 3P5JA 1S1UA 3LAMA 2RF2A 1L3TA 1WAFA 2KW4A 3T3FA 2KQ2A 1SL2A 4CJFA 3HYFA 3KLEA 3TAPA 2G8FA 1NK4A 4CJEA 1RTHA 4EP5A 1A5VA 3IS9A 3AVIA 4DF4A 3VQ7A 3L8BA 4DFKA 2OZMA 4DU4A 4M45A 3OVNA 2QKKA 5FRNA 3VA3A 4QOZB 1TK8A 1RT5A 3CM6A 3VQ6A 4KFBA 1WSGA 5HROA 3S3MA 3ZT2A 1S5JA 4B08A 2VG5A 3LZJA 2D0CA 4YFUA 3V9XA 4DFMA 1TK0A 2BE2A 4FYDA 4CGIA 4CHQA 1SKWA 1IG9A 4PWDA 4PA1A 3B6PA 4CE9A 1NOYA 5J2NA 2DFEA 1KLNA 3AO5A 2HW3A 1D9FA 4NCAA 3NGYA 4CK3A 4DFPA 1A5XA 3K2PA 3CFPA 4Z4GA 4CEBA 4KPYA 5CYMA 4CHOA 3HK2A 4RW7A 4ELVA 4BDZA 3OYMA 2HHUA 3ZSWA 3OYJA 2HHVA 4RW8A 2XY6A 4IBNA 2G8UA 1GOBA 3RMDA 4OKJA 3HP9A 1WN7A 3TARA 1N5YA 1D5AA 1N6QA 4B9VA 4Z4CA 3HJFA 4DTPA 2IAJA 4DLGA 2Z1GA 3T1AA 1VK0A 3SQ0A 1HMVA 1TV6A 3ZCMA 2HVIA 4I9LA 1WAJA 1JL2A 4FJNA 4O0IA 3WNFA 3ITHA 1BIZA 4NYFA 5I3UA 4IG0A 1JLGA 4E3SA 3VQ4A 2HHWA 3TAFA 1QTMA 1TKTA 4MQ3A 2ATQA 3U3GA 3V1QA 1EKEA 4DTOA 2Y1IA 1Q9XA 1CXUA 4KI4A 3DLHA 1BL3A 4JRPA 1KCFA 2XO7A 2DFFA 2XRIA 3DRRA 1HQEA 4CJVA 1WLJA 1LWCA 2IOCA 3ZT3A 3EYZA 4F4KA 2QK9A 4F2SA 3L2QA 4MFBA 1WSFA 4ZHRA 2FBVA 2Z1IA 4H8KA 3C6UA 4AHCA 4H4MA 5K14A 3HPGA 4PY5A 3U3YA 2DTUA 1GOCA 3QNOA 4DU3A 1ZBLA 4KHWA 1JLFA 4CJWA 3NCIA 3TI0A 4KO0A 2QXFA 1Q9YA 3H08A 4R5PA 1IO2A 3VQEA 3L3VA 1NJWA 4E1MA 2Z1JA 1EXQA 1RDDA 3OYIA 3RMAA 1C1BA 4CF1A 1B92A 3CQ8A 1U4BA 1U48A 3F9KA 5HBMA 1BISA 3AA3A 3QERA 3K57A 2XY7A 3SUOA 3K5MA 3D0PA 4ZTFA 1XC9A 1S6PA 3OYHA 1KLMA 4M42A 1SL0A 4J2AA 3LPTA 4FCYA 5CYQA 4ICLA 1KVBA 4BWJA 1RNHA 1RT1A 1VSLA 5C42A 1NK5A 4BDPA 3DRSA 1QHTA 4M3YA 3AA2A 2OA8A 4W5RA 1YTAA 2JGUA 4ID5A 1S1WA 1JXEA 4JRQA 2WOMA 1BIUA 1RBSA 3M8SA 3I8DA 3AVHA 1BI4B 4CJ4A 4HUEA 1REVA 4CF9A 1T03A 1LWFA 1ASUA 3ULDA 3ZT1A 4CHYA 3KK1A 3ZT4A 1QSYA 5FRMA 1Z26A 3NH1A 3LDSA 3ASMA 4OKKA 2HMIA 3OYFA 1NJXA 2G8HA 4F8RA 1RBRA 1WSEA 3K59A 1R0AA 4DSJA 1HPZA 4DQIA 1VRUA 4DQPA 3RWUA 4OLBA 1RDAA 2W42A 4CJUA 4CIGA 4DTUA 4CJTA 3LWMA 4HUGA 1X1PA 3G0ZA 1L3SA 3DLKA 4DQSA 1VRTA 4DTSA 3VN5A 3IG1A 5EU7A 1KFDA 4DF8A 4FXDA 3WNEA 3I0RA 4XIUA 1ZBFA 3HVTA 1KVCA 3K5LA 1NJYA 4FJ9A 2HHTA 4DSFA 3ISNC 4E0DA 1VSJA 4LSNA 1YT3A 3ZSXA 5E41A 3NHGA 3BDPA 2OPQA 3SZ2A 4K8ZA 4CIFA 1A5WA 1Q8IA 3SPZA 1S9EA 2X6SA 2E6MA 3DOLA 3SV3A 3QEVA 1UA0A 4C8OA 4DQQA 4ZTJA 3LPUA 1VSIA 3K5NA 1FXXA 5J2PA 1LAWA 3NH2A 3ZT0A 4B8AB 1WSHA 2P1JA 3AA5X 4FM0A 4DTMA 4E7IA 4O4GA 1I3AA 4BWMA 1NK0A 1W0HA 1MU2A 1TK5A 4FJGA 3THVA 4JLHA 4IFYA 4FVMA 4CIEA 2HB5A 4FLVA 4KHQA 2RPIA 2Y1JA 1C1AA 4E7HA 3QEIA 3ZSOA 3OYAA 1KTQA 1WSIA 3QEWA 3QEXA 2YV0X 1HNIA 2VWKA 4HHTA 4CEOA 2KFZA 4FW1A 1BQNA 4W5TA 4OPJA 3JSMA 3V4IA 2D5RA 3NF7A 2G8VA 4Q0BA 1TVRA 4ELTA 2ZQBA 3DLGA 4CECA 3QEPA 3L2VA 3AVBA 4KHUA 1JLQA 1RBTA 3TAQA 3RR7A 3JYTA 1X9MA 3TAEA 5HRSA 3AVAA 2EHGA 3NF8A 1KVAA 4J2DA 3NGZA 3KTQA 2XHBA 2B5JA 3LALA 4Z4IA 2O4GA 2HNZA 3SQ2A 1RBUA 2HNDA 1TKDA 2VG7A 1SUQA 1SL1A 3KKRA 1U47A 1DTTA 4I2PA 3OYCA 4FJ5A 3CFOA 4I2QA 2ZD1A 2QKBA 3OYKA 1QS4A 4CJQA 4Z4HA 3OS0A 1J9AA 1HYSA 1NOZA 3LWLA 4KTWA 3K58A 2G8KA 3V6DA 3MEDA 1NKBA 4FW2A 4CF0A 3AO4A 1GOAA 4KV8A 4UQGA 4OJRA 3MXMA 3PX0A 2G8WA 3OJSA 3QLHA 1JLAA 3OYNA 4CEAA 3T19A 5KGXA 3V81A 3F73A 1XHZA 1JLBA 3TAGA 3NF9A 1RTDA 4QCLA 3VQCA 3SUNA 1S6QA 1RCHA 1S1VA 4CGDA 3C94A 4DSKA 3TABA 5KTQA 4W5NA 1EX4A 1QQCA 2LSNA 3ALYA 4W5QA 1NK7A 1IKXA 3MEEA 4FJ8A 2F8SA 4B9UA 4B9TA 1WNSA 5SZTA 1VSFA 3NFAA 3SCXA 4CGHA 4FJMA 1NKEA 5HRRA 3LAKA 3EY1A 2BANA 4Z0UA 1D9DA 3L3UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1G3TA 2V52B 5I9EB 2RVCA 4BQQA 2EV6A 1U04A 5GPAA 5H1SQ 2ZFWA 2XGEA 2JRMA 3F2KA 3DAWA 2XB5A 3CDHA 1SKSA 3CCLI 3AVGA 3QPLA 2OYQA 3CQYA 2F4VK 3G2BA 5JLXA 4CZJA 4PJMA 4XRFA 2ASPA 3KK2A 4H0PA 1FOYA 3S1QJ 3MECA 2O61A 1H9GA 3AO2A 5BOXA 4KTZA 4LF8K 3O1WA 4XLPF 2OV7A 3L2WA 2K9QA 1R7JA 4OU0A 1B9DA 3VQBA 2R7ZJ 2W25A 4XONA 4RCHA 4IEIA 5JI6A 1R36A 3LP0A 1TL8A 1K8KB 3LFKA 2L7FP 4BJ5C 2H27A 2ETJA 2OZSA 4C8MA 1O7FA 5AQTA 5E1WA 4LFBK 3HGYA 1Y56A 2ZE2A 3CCRI 1VZ0A 3VA0A 3BG5A 2ZJPL 1Z25A 3K2ZA 4NXNK 5D3GA 4F2RA 4YELA 1SFKA 3PQJA 1JJ8C 3CESA 3PX6A 2GOMA 1YFHA 5DK5A 1OKJA 4BE2A 4HCCA 1PUEE 3C18A 4IEEA 1L3UA 5F2RA 3BROA 2FF4A 4CJKA 5L3EA 1QE1A 5GIOA 1KD1O 2BY0A 3LP1A 3SYZA 2ELKA 2OAZA 4KN4X 4H4KC 4N4OB 1RDWX 1FMWA 5HOOA 2MD0A 1HNXK 4O3MA 1KXPA 1LQ1A 3PV8A 4RW4A 5GAGJ 3TWHA 3VEWA 3GOIA 4PFPA 1B59A 3QBXA 1YITI 3H92A 4AYBN 5BPNA 1VQPN 3ZMVA 4JI7K 3Q7CA 3KLEA 5CVRA 3WTXC 3EPZA 2M9HA 3OVNA 2NRTA 5HDKA 1FYKA 3S3MA 4F55A 3LZJA 1YJNN 3WGHA 1MKMA 1U8BA 1NMDA 4P9FA 4PA1A 3J80Z 3ZX3A 3SLCA 4BG8A 4BQLA 1NGGA 3CD6N 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2HNZ A;  3SQ2 A;  1RBU A;  2HND A;  1TKD A;  2VG7 A;  1SUQ A;  1SL1 A;  3KKR A;  1U47 A;  1DTT A;  4I2P A;  3OYC A;  4FJ5 A;  3CFO A;  4I2Q A;  2ZD1 A;  2QKB A;  3OYK A;  1QS4 A;  4CJQ A;  4Z4H A;  3OS0 A;  1J9A A;  1HYS A;  1NOZ A;  3LWL A;  4KTW A;  3K58 A;  2G8K A;  3V6D A;  3MED A;  1NKB A;  4FW2 A;  4CF0 A;  3AO4 A;  1GOA A;  4KV8 A;  4UQG A;  4OJR A;  3MXM A;  3PX0 A;  2G8W A;  3OJS A;  3QLH A;  1JLA A;  3OYN A;  4CEA A;  3T19 A;  5KGX A;  3V81 A;  3F73 A;  1XHZ A;  1JLB A;  3TAG A;  3NF9 A;  1RTD A;  4QCL A;  3VQC A;  3SUN A;  1S6Q A;  1RCH A;  1S1V A;  4CGD A;  3C94 A;  4DSK A;  3TAB A;  5KTQ A;  4W5N A;  1EX4 A;  1QQC A;  2LSN A;  3ALY A;  4W5Q A;  1NK7 A;  1IKX A;  3MEE A;  4FJ8 A;  2F8S A;  4B9U A;  4B9T A;  1WNS A;  5SZT A;  1VSF A;  3NFA A;  3SCX A;  4CGH A;  4FJM A;  1NKE A;  5HRR A;  3LAK A;  3EY1 A;  2BAN A;  4Z0U A;  1D9D A;  3L3U A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1G3T A;  2V52 B;  5I9E B;  2RVC A;  4BQQ A;  2EV6 A;  1U04 A;  5GPA A;  5H1S Q;  2ZFW A;  2XGE A;  2JRM A;  3F2K A;  3DAW A;  2XB5 A;  3CDH A;  1SKS A;  3CCL I;  3AVG A;  3QPL A;  2OYQ A;  3CQY A;  2F4V K;  3G2B A;  5JLX A;  4CZJ A;  4PJM A;  4XRF A;  2ASP A;  3KK2 A;  4H0P A;  1FOY A;  3S1Q J;  3MEC A;  2O61 A;  1H9G A;  3AO2 A;  5BOX A;  4KTZ A;  4LF8 K;  3O1W A;  4XLP F;  2OV7 A;  3L2W A;  2K9Q A;  1R7J A;  4OU0 A;  1B9D A;  3VQB A;  2R7Z J;  2W25 A;  4XON A;  4RCH A;  4IEI A;  5JI6 A;  1R36 A;  3LP0 A;  1TL8 A;  1K8K B;  3LFK A;  2L7F P;  4BJ5 C;  2H27 A;  2ETJ A;  2OZS A;  4C8M A;  1O7F A;  5AQT A;  5E1W A;  4LFB K;  3HGY A;  1Y56 A;  2ZE2 A;  3CCR I;  1VZ0 A;  3VA0 A;  3BG5 A;  2ZJP L;  1Z25 A;  3K2Z A;  4NXN K;  5D3G A;  4F2R A;  4YEL A;  1SFK A;  3PQJ A;  1JJ8 C;  3CES A;  3PX6 A;  2GOM A;  1YFH A;  5DK5 A;  1OKJ A;  4BE2 A;  4HCC A;  1PUE E;  3C18 A;  4IEE A;  1L3U A;  5F2R A;  3BRO A;  2FF4 A;  4CJK A;  5L3E A;  1QE1 A;  5GIO A;  1KD1 O;  2BY0 A;  3LP1 A;  3SYZ A;  2ELK A;  2OAZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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