The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
57
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structure length |
57
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Chain Sequence |
GSIGLTVEDLLSLRQVVSGNPEALAPLLENISARYPQLREHIMANPEVFVSMLLEAV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| publication title |
Structure of a peptide:N-glycanase-Rad23 complex: insight into the deglycosylation for denatured glycoproteins.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
peptide:N-glycanase
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| total genus |
15
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| structure length |
57
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| sequence length |
57
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF09280 | XPC-binding | XPC-binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | XPC-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3ESW B; 2QSH X; 2F4O B; 2QSF X; 1PVE A; 2F4M B; 1TP4 A; 1X3Z B; 4YIR X; 1X3W B; 2QSG X; 1OQY A; 1QZE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2P6T A; 5FB2 A; 3W6J B; 1R00 A; 3OYB A; 3Q9V A; 4E7Z A; 2R7S A; 3CUQ B; 3E6M A; 2V26 A; 1X2N A; 4S04 A; 3E5Q A; 4CUG A; 2OQG A; 4C2M J; 1R5G A; 2EWN A; 3G71 I; 3K1N A; 1Z67 A; 3KLN A; 2B9S A; 1TL8 A; 1IGN A; 1Z7U A; 2DMT A; 2JK3 A; 1E3O C; 1N25 A; 1XMK A; 2ZFU A; 5CPR B; 3FMR A; 2MA3 A; 2QM3 A; 3QOE A; 1ETW A; 3JRA A; 3J7Z I; 3C2G A; 5FGM A; 3FIW A; 3H36 A; 4S0H B; 1GXP A; 2CQX A; 5EJC A; 4B09 A; 3H35 A; 3RQI A; 1TBX A; 3KP3 A; 4IHV A; 1LB2 A; 4IHS A; 5LGT A; 5FLX K; 3F8F A; 4MQ9 F; 3GFL A; 2BE5 F; 1BI3 A; 3C2B A; 3KP7 A; 4R79 A; 1FBS A; 1FJL A; 1G2H A; 4KIS A; 2M0M A; 2XKO A; 3ECH A; 2L9V A; 5B1A H; 1FX7 A; 3BR5 A; 4KMF A; 4CIC A; 3P9K A; 2XSJ C; 4BNC A; 4RGR A; 2ZXJ A; 1R71 A; 3C7J A; 1ZAR A; 3SDG A; 4BDY A; 3CUQ C; 5D5X B; 3E5X A; 4DYC A; 1V4R A; 1F36 A; 3K0L A; 2W85 A; 1IN4 A; 4GXO A; 1XSD A; 3QQA A; 3N05 A; 2GAU A; 2I8D A; 5EG0 B; 3RKY A; 4CYD A; 2RAE A; 1G3Y A; 1XSV A; 3E6B A; 4B44 A; 5FD6 A; 1MDM B; 3S3O A; 1D1B A; 3AKZ A; 4A0X A; 5D8L B; 1CF7 B; 1WZ2 A; 4DNC A; 2FRH A; 4FE7 A; 4BXF A; 1HKQ A; 1H9G A; 1JTY A; 1KU2 A; 1K4T A; 3M4O J; 2OU2 A; 3DLA A; 1VQL I; 5CYV A; 2K85 A; 2JA6 J; 4EQQ A; 3ZPL A; 1JUM A; 4ENN A; 1IG7 A; 4EJT A; 3TO6 A; 1U5T B; 3ZMZ A; 1R5H A; 2QKL B; 1USS A; 4G9Y A; 2E34 A; 2KJC A; 4UUT A; 3WOD F; 4DBR A; 1ULY A; 1V5F A; 2DQL A; 4L5I A; 1JT0 A; 4O6J A; 4MTD A; 1Z3Y A; 4KN4 X; 4D7M A; 1IZ1 A; 2ESN A; 2GWR A; 2WC2 A; 3T8R A; 5L3E A; 2IAI A; 2MYS A; 1YIO A; 4A3F J; 2R5Y A; 3WE3 A; 1FMV A; 2Y30 A; 1FZP B; 3ECO A; 2R7W A; 1X58 A; 4F52 A; 5KVR A; 1R1T A; 1L3L A; 1SVM A; 2XV4 S; 2CUF A; 3DKY A; 1QPM A; 2IPQ X; 2VIX A; 5DUK A; 2VC1 A; 5DUI A; 1IUY A; 5GP9 A; 5FD5 A; 2CUE A; 1IV6 A; 1TQI A; 2FXA A; 4A3C J; 2RRE A; 3FK6 A; 3ZCO A; 2CQ7 A; 4W97 A; 3PUF A; 3ZR8 X; 2AHQ A; 4AYB N; 3CC4 I; 3HSR A; 1WJF A; 4RGX A; 3GTK J; 2W25 A; 2ESH A; 2FU4 A; 3PQJ A; 2BY0 A; 1WFX A; 3BR6 A; 4WCG A; 3PNY A; 3CDH A; 1MKM A; 5LHH A; 1EF4 A; 1P7J A; 3HSF A; 1U5T C; 2W57 A; 2GA2 A; 5GAD J; 2BY3 A; 4PGH A; 3NWS A; 5L3G A; 5GPC A; 2HQR A; 1DQU A; 1MMN A; 2KIU A; 5L3D A; 2Y9Z A; 5B66 C; 2V1X A; 2YX7 A; 2F4I A; 3A02 A; 3L2U A; 2LSO A; 3WGG A; 2AXT C; 3JRG A; 3PFY A; 1WRJ A; 4UVB A; 3QPH A; 1O3Q A; 2ZO4 A; 2HTJ A; 1SFO J; 3S1N J; 4E7S A; 3ZQI A; 4U0Y A; 4JX4 A; 2IA1 A; 4ABZ A; 4G8X A; 2PJR B; 2OD5 A; 1MBF A; 2A68 F; 3ZRG A; 3QP6 A; 4RMN A; 2F5F A; 4P9U A; 4WX9 A; 4E7K A; 1HBX G; 1B72 B; 4L18 B; 1DP7 P; 5E3L A; 5LEK A; 2CW8 A; 2CS3 A; 5BPD A; 3DKX A; 4LGW A; 4D5C A; 3VYS B; 4M3F A; 3SEQ A; 3DU6 A; 3HUG A; 4ENJ A; 4NQW B; 1QBJ A; 2OTJ I; 5IY5 H; 2KMU A; 4LJZ F; 5HOD A; 3FMS A; 5E3O A; 1U8B A; 1A35 A; 3IRR A; 1ZRE A; 3HTS B; 4JBA A; 5HLI A; 5H6Q A; 4I09 A; 4B48 A; 2VC0 A; 1OCT C; 3B6C A; 3WGH A; 3FXK A; 3ZQF A; 3CF2 A; 1G3S A; 2NVY J; 5AIP A; 3G1M A; 3G2B A; 2LF8 A; 4XKW A; 1B8I A; 3RJP A; 1NG7 A; 2WA0 A; 5DV5 A; 2QBY B; 4L0Y B; 2YU3 A; 3FXJ A; 1KQ8 A; 3GWZ A; 3FK7 A; 4D5F A; 2M34 A; 4G6T B; 2LVS A; 3W2W A; 1HQC A; 2QVO A; 3KFW X; 1TTY A; 2HS5 A; 1T39 A; 4XLC A; 3KYC B; 4NB5 A; 1R22 A; 3FXL A; 4CXF A; 3OYJ A; 3O2P E; 1WJ5 A; 4CCO A; 1FLI A; 4MFE A; 3H5A A; 4XR6 A; 1WI9 A; 3RYR A; 2XGC A; 3HOS A; 3AG3 H; 3EQL F; 3VFZ A; 4XLN F; 3OYA A; 3S1R J; 2AS5 F; 2FBI A; 2VBW A; 4XM3 A; 1QHG A; 3S2H J; 1MIJ A; 3LOC A; 4I01 A; 4HEA 2; 1W5C C; 2COB A; 2H1K A; 1HKT A; 1QZE A; 1NH3 A; 2C6Y A; 4CZZ A; 5FFX A; 2WAQ A; 4WWC A; 4EVI A; 2Q0O A; 4ZYD A; 3CCE I; 2HXO A; 2HPM A; 4AM3 A; 4A3M J; 4PFP A; 4AD9 A; 3JRB A; 3DEU A; 3I71 A; 4YIR X; 1NK2 P; 1OCR H; 1B1B A; 4G6D A; 2LOO A; 2PX9 A; 2DLL A; 1X3Z B; 2OCC H; 2R5Z B; 2MSY A; 4V2G A; 4HF1 A; 2XPU A; 2ME0 A; 2F4M B; 4X1E A; 4ZC3 A; 1FOY A; 2V9V A; 3TL4 X; 1PUF A; 1FIA A; 3FZV A; 2KIM A; 1T98 A; 4IQJ A; 2MW8 A; 4PJM A; 4GFB A; 1ZRD A; 4LK0 F; 2HTS A; 4UV9 A; 3F22 A; 3S17 J; 2DJN A; 2XAU A; 1X1B A; 2E1M B; 3SZP A; 1BIB A; 2XGE A; 4IRG A; 4QSH A; 4LD5 A; 4IQ4 A; 1GUU A; 3ZMT A; 1MMD A; 1NK3 P; 4RAF A; 3LAP A; 4XOT A; 3L2V A; 2X6O A; 5JHF A; 1W7P A; 4B8X A; 3CMY A; 1FSE A; 1IXR C; 2MC3 A; 2R7X A; 2G0E A; 2XGD A; 3OL4 A; 1N75 A; 2HR3 A; 2M4G A; 4GRI A; 1Y1V J; 4BEH A; 5CVJ A; 4ZTJ A; 2GOM A; 1SD4 A; 1HOM A; 4XOP A; 5DD4 A; 3WTY C; 1MJ9 A; 4OAZ A; 1TQM A; 3ZOB A; 1SD5 A; 1RR7 A; 1QO0 D; 4WF2 A; 1YHQ I; 1WVR A; 2GXA A; 3G73 A; 2HDC A; 5IT9 K; 2DA5 A; 4ZYE A; 1R49 A; 3J80 Z; 1POG A; 4OMZ A; 4L9J A; 2HQ5 A; 4PK4 A; 2ZJQ F; 3UR3 C; 2IEK A; 4BE1 A; 1YQA A; 1ZG5 A; 1LPQ A; 1I1S A; 1NG6 A; 1T56 A; 3SEZ A; 2Y9Y A; 2EZK A; 3GTL J; 5DM7 F; 2GIZ A; 4BY1 J; 2CJJ A; 3G3Z A; 1BL0 A; 3IAM 2; 4KFC A; 3BG5 A; 1FNN A; 1UB9 A; 1V5E A; 1SAU A; 2E1M C; 4PSW A; 1T0F A; 5DTD A; 4CCM A; 1XCB A; 5DM6 F; 2EFN A; 4PFO A; 2D1V A; 5JI6 A; 2VXZ A; 2F6C A; 3K7A J; 2Q2E B; 2YR2 A; 5FKM A; 3Q0W A; 3FHN A; 3JR9 A; 3H3V K; 2ACJ A; 2V1D A; 2WAE A; 2HGC A; 5BOX A; 4PJ0 C; 3U9G A; 4PJN A; 3GTM J; 4EM2 A; 2FOK A; 2L7F P; 4NC7 A; 4KIB A; 4UVA A; 2QUF A; 2RC4 A; 3BG7 A; 5KNL A; 1WKM A; 3I4N J; 3IH3 A; 1PP8 F; 1DP3 A; 4LLG F; 3HOZ J; 3NAR A; 2BY1 A; 3HGY A; 1B9M A; 2DA3 A; 3OIP A; 2XAH A; 1AA7 A; 2X4H A; 3QOD A; 3F21 A; 1OPC A; 2X1E A; 2WB1 A; 2NAZ A; 3P5J A; 4CH7 A; 2FQ3 A; 2KKO A; 2EH3 A; 2OJE D; 5EF6 A; 1O57 A; 4DZJ A; 1YFH A; 2CQN A; 4DBQ A; 3OOU A; 4I0B A; 3QPS A; 2QQ8 A; 3GBG A; 1EA3 A; 4KIC A; 2DK8 A; 4CCK A; 5C3E J; 5EGO A; 2UV1 A; 3QAH A; 2KZG A; 1W36 C; 4S05 A; 3JCU C; 3WHB A; 4RB3 C; 3F3X A; 1TWG J; 2L9S A; 2BGC A; 3ISP A; 2K9N A; 3K4L A; 3Q3S A; 2O8X A; 3PUB A; 2X6W A; 2RNJ A; 1BI2 A; 2HKO A; 3BCB A; 5H20 A; 4CO8 A; 2XSD C; 4YEL A; 4A3G J; 2JZY A; 4M9Z A; 1QZZ A; 4X6A J; 2IS1 A; 2A5W A; 1I5Z A; 1UST A; 3ABK H; 2IS6 A; 3OR2 C; 1LFB A; 3KP5 A; 4Q4Z F; 3RI4 A; 3BY6 A; 4QIW N; 1U6G A; 5TRD A; 5LFA A; 1ON1 A; 1LKX A; 2DTR A; 3CF5 F; 4LIU A; 1K6O A; 3CO7 C; 4Z2Y A; 1BC8 C; 1AU7 A; 1MJB A; 1MZB A; 2K5C A; 2VL8 A; 2HOS A; 2DFI A; 4Y13 A; 3MKY B; 4M3E A; 5KK1 A; 4BJ5 C; 1KYW A; 1O4X A; 2QEN A; 4EAT A; 2WBM A; 1F4K A; 3E7L A; 3HOV J; 2ZSI B; 2GA1 A; 5JVG F; 2Y48 A; 5K1Y A; 4ZZD A; 1IF1 A; 5F0C A; 1BC7 C; 4EJO A; 3A1Y A; 2BEO A; 1IDY A; 3ASO H; 2M3A A; 4V2F A; 4XN0 A; 3ZQH A; 4BKX A; 2OQR A; 2E1C A; 2NRA C; 5E1W A; 4D0P A; 4CYC B; 1PVE A; 5KAF C; 2QGU A; 3LST A; 3WTT C; 3HRT A; 2HXI A; 3OV8 A; 3IAS 2; 4BJT A; 1W5T A; 2EBI A; 4MFD A; 4YEJ A; 3LA2 A; 3H1C A; 1P4X A; 3R4K A; 4BHC A; 3VB2 A; 2CU7 A; 1WI3 A; 4HDU A; 1MNE A; 4M6X A; 1JKR C; 2CO5 A; 3N97 A; 3F8M A; 4UXN A; 2XAJ A; 3CCJ I; 1S72 I; 2OZU A; 3LQR A; 3R0J A; 3KET A; 2XB0 X; 1U0J A; 4L5J A; 1HST A; 2JWT A; 3PNV A; 1I50 J; 1ZGW A; 2PLY A; 4AVZ A; 4OAY A; 5D4R A; 1I3A A; 3EUH C; 3V7R A; 3JAM K; 3JSO A; 4BXX J; 2I10 A; 2L3D A; 1B9N A; 2JTV A; 4KIT B; 1GV2 A; 3ASN H; 3M8F A; 5DEQ A; 2FOW A; 1TW3 A; 4JX5 A; 5LD2 C; 4MIM A; 1JE8 A; 4XRS G; 3ZXS A; 2I5U A; 4HG2 A; 4UB6 C; 3PO3 J; 3KZI C; 4U88 A; 4RBO A; 2D45 A; 1JXS A; 4UHT A; 1FY7 A; 4RAG A; 1GV5 A; 4CCJ A; 1QQI A; 2QA4 I; 4XIC A; 3J7Y J; 1V3F A; 5FLM J; 2L01 A; 1OR7 C; 2V9P A; 4CGZ A; 4FT8 A; 5ED4 A; 4XRS A; 4KN7 X; 4CSW A; 2XF6 A; 1EKE A; 2GXB A; 3AG4 H; 2LY1 A; 2Y0S N; 3M7G A; 3CC2 I; 3M1C A; 3UNG C; 4GYI A; 3W2V A; 3WU2 C; 5HDK A; 2KIQ A; 2Y0M A; 2B7E A; 2G7U A; 3BJA A; 1VQM I; 1OCP A; 3BOQ A; 4I2O A; 3QOP A; 1LE8 A; 4PSX A; 4OIP F; 1ETQ A; 3HYI A; 5CQE A; 4OIO F; 4U87 A; 3A01 A; 4L9V A; 3OYI A; 3ERE D; 3N4M A; 1VQ6 I; 2R7Q A; 4IOC F; 2L54 A; 2P6S A; 2GIV A; 3FX3 A; 3GUD A; 2VKH A; 4NNJ A; 1BR1 A; 4XLA A; 4IKF A; 3RKX A; 2V1U A; 4IHW A; 3GTQ J; 2RVC A; 1FP1 D; 3MAJ A; 2WAD A; 5JR3 A; 5M5X J; 3DU5 A; 1RUN A; 3DBR B; 4IX7 A; 4FTH A; 2DT6 A; 3PIP F; 1ONV A; 1K78 B; 3W6V A; 1TWF J; 2LLK A; 4EGY A; 2GQQ A; 2TDX A; 3GW2 A; 3KYL A; 1P2F A; 2CH0 A; 5E8G A; 3PL8 A; 5BMZ A; 2FNA A; 2BHZ A; 4L0Z B; 2VPL A; 5GAH J; 2UZK A; 3CO6 C; 5D6E A; 2V6E A; 2K3P A; 2R0Q C; 1T95 A; 3BTC A; 1AKH B; 4L9T A; 4UUS A; 4RAY A; 1YIT I; 2TCT A; 4EGZ A; 1UG0 A; 5FKN A; 3E3V A; 3H0D A; 1X3W B; 3SXY A; 5LEJ A; 3I4M J; 2JPC A; 2K9S A; 1OCC H; 1ODD A; 4EMS A; 3TW6 A; 1W36 D; 1HF0 A; 5FRN A; 3LA3 A; 4IEJ A; 1WGX A; 2CG4 A; 2EFP A; 1QZY A; 4IJA A; 5LGN A; 3S1Q J; 4N4O B; 3VYR B; 5HOO A; 4BXU A; 3I64 A; 3GF2 A; 5AIQ A; 3GO5 A; 5E79 C; 3ROU A; 4PGG A; 3VDX A; 4MQV A; 2FBH A; 1R58 A; 4L5E A; 1F1Z A; 1MBJ A; 3AAF A; 2A61 A; 3OSG A; 3GZ6 A; 4A5N A; 2DPU A; 1MH3 A; 3CMM A; 3GFJ A; 4BQO A; 2FQ4 A; 5HLH A; 1Z6T A; 3KEO A; 1RET A; 2GOX B; 3LQQ A; 2BW3 A; 2HVS A; 2FEZ A; 2JA7 J; 4BHP A; 2CUZ A; 2JUG A; 4V19 K; 2COM A; 1GLN A; 2LBF A; 4A0Z A; 1LDJ A; 3ZQG A; 4G94 A; 2X1D A; 2K40 A; 5K7Z A; 1R36 A; 4C2U A; 1JTX A; 3GLL A; 4XN3 A; 1BR2 A; 2VBY A; 3DEW A; 2NVT J; 1YLF A; 3SDB A; 1IJW C; 5HNF A; 1U78 A; 2DOA A; 2DO7 A; 3FBI B; 1BIA A; 3JTG A; 2O6G E; 4Y7N J; 1MBK A; 1ZEL A; 1T8I A; 4BQQ A; 5KHD A; 1YG2 A; 2QSG X; 3BG3 A; 2MLG A; 2DJI A; 1X4P A; 2DFF A; 2EV6 A; 1ORK A; 3ABL H; 3T1B A; 4DJA A; 4LLL A; 3OS1 A; 4P55 A; 4UB8 C; 1M1E B; 3IWF A; 4PJL A; 3R6S A; 2D5V A; 2VQG A; 1FBU A; 4KT5 C; 5IT9 Z; 2HYG D; 1JHF A; 1IAW A; 4B3A A; 2Y31 A; 3F0C A; 5IP6 A; 3CCL I; 2HKX A; 2JVG A; 3KP6 A; 3FXU A; 2M4K A; 2F5C A; 3B6A A; 5F64 A; 2Z9O A; 1FOW A; 3HXL A; 4ZYG A; 4PJJ A; 1KU9 A; 4F7Z A; 3IH2 A; 3U1D A; 1HW5 A; 3K70 C; 1RC9 A; 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