The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
75
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structure length |
75
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Chain Sequence |
YQTAPFDSRFPNQNQTRNCWQNYLDFHRCEKAMTAKGGDVSVCEWYRRVYKSLCPISWVSTWDDRRAEGTFPGKI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Redox-coupled crystal structural changes in bovine heart cytochrome c oxidase.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| molecule keywords |
CYTOCHROME C OXIDASE
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| total genus |
25
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| structure length |
75
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| sequence length |
75
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| chains with identical sequence |
U
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1998-07-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| H | PF02297 | COX6B | Cytochrome oxidase c subunit VIb |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Cytochrome c oxidase, subunit VIb |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DYS H; 3ASN H; 5B3S H; 2EIK H; 3X2Q H; 1V55 H; 3ABL H; 2EIL H; 3ASO H; 2EIM H; 2EIJ H; 2DYR H; 2ZXW H; 2EIN H; 1OCC H; 3ABM H; 5B1A H; 3AG2 H; 1V54 H; 1OCR H; 1OCZ H; 2OCC H; 3AG1 H; 2Y69 H; 3AG4 H; 5B1B H; 1OCO H; 5IY5 H; 3WG7 H; 3ABK H; 3AG3 H; #chains in the Genus database with same CATH topology 2LFB A; 2RNG A; 3Q0U A; 4ZDP A; 2VJJ A; 2FUG 2; 3OYN A; 2JA8 J; 3BZ6 A; 3OS1 A; 1YI2 I; 4XRF A; 2HTS A; 3E0J B; 1P4A A; 4IHV A; 5IT9 K; 3HKZ A; 2EIJ H; 2FU4 A; 1HOM A; 5F08 A; 5FKK A; 5EGO A; 4ITV A; 4GO1 A; 1ZN2 A; 2LF8 A; 4MEY F; 2V26 A; 4A3G J; 4WK8 F; 3ZQC A; 4ZZD A; 2F5D A; 1X2N A; 3ERM A; 3W6J B; 4A3J J; 1UMQ A; 3E5U A; 2XV4 S; 3GCM A; 4L9V A; 2MW8 A; 5J47 A; 1A31 A; 3BQZ A; 5C44 J; 3CC4 I; 2K4B A; 2VC0 A; 5IYD J; 4IOC F; 4WXC A; 3QRF F; 1EH8 A; 3HHH A; 3LSG A; 3ZGK A; 2VPL A; 3QWL A; 4U7D A; 4DQ2 A; 4UVA A; 5BPD A; 1DP7 P; 1O3T A; 5JHU A; 4X6A J; 2MSY A; 1BR2 A; 4AYB N; 3BR3 A; 3ZCO A; 3OS2 A; 1VQ8 I; 2DT7 B; 1JUS A; 2W84 A; 1LPQ A; 1HCR A; 3KLN A; 2L2O A; 3KFW X; 2M3A A; 4HEA 2; 4MQV A; 5DCM B; 1Y1V J; 4RAZ A; 4NHJ A; 1N78 A; 3I3L A; 3VDX A; 2KRF A; 2EV6 A; 1VQ7 I; 1FP1 D; 1P4X A; 2YUS A; 3O6B B; 3KEO A; 4JYK A; 4BQO A; 5J1Y A; 4GYI A; 5JR3 A; 3ZMS A; 4C2U A; 3CTA A; 1FEX A; 1JI8 A; 4Y33 A; 5KHD A; 5IYC J; 4YEL A; 4D9J A; 3ONQ A; 3J81 K; 1MW7 A; 3EYI A; 3V8L A; 4M3F A; 4CA0 A; 4HDV A; 4BE2 A; 4BBR J; 3FDY A; 2VBZ A; 2R7S A; 2NOJ B; 4AIJ A; 2E1C A; 2XC7 A; 3J7Y J; 2FJ1 A; 3KCC A; 3W3C A; 2GLO A; 4A6E A; 5H6R A; 3UKG A; 4CUG A; 1KGS A; 4D0P A; 2D5V A; 2QSH X; 1R5I D; 2CUZ A; 3K9T A; 1OCO H; 5DTD A; 3S1R J; 2IEK A; 2VJ4 A; 4M6Y A; 3SFI A; 4OOI A; 1IUF A; 1KZH A; 3RI4 A; 1B9N A; 4LLL A; 3WTT C; 4E4H A; 1YHQ I; 1XGO A; 3NAR A; 2V79 A; 4BU2 A; 5HS9 A; 1GUU A; 1U78 A; 1MMN A; 2LKP A; 4XKB A; 3K70 C; 5M3F J; 4J00 A; 4BNC A; 2NVT J; 2QEN A; 4DYQ A; 2V9V A; 3GFL A; 3JRE A; 4PDK A; 1BW5 A; 3ZMD A; 1DPR A; 2EB7 A; 2EV0 A; 2K9M A; 3VYU B; 2ZKZ A; 2FNP A; 3T5X A; 5GTI C; 4A3K J; 3REO A; 5K5O A; 5TIS C; 3HPH A; 2Q2E B; 2W1O A; 4BE1 A; 5E1Z B; 4XON A; 1HQC A; 2K7L A; 3TP3 A; 1MNM C; 4A3F J; 3PNV A; 5E1X A; 2JRT A; 1KU3 A; 1MDM A; 1FTT A; 2DN0 A; 1ULY A; 2H09 A; 1XSV A; 5E8I A; 2HOT A; 2XDV A; 4G94 A; 5CVI A; 2DO7 A; 2X48 A; 1OCR H; 2KPM A; 2MA3 A; 3MEX A; 4KN4 X; 1WI3 A; 3T8T A; 2WV0 A; 2QCO A; 4IHY A; 3LA2 A; 3IC7 A; 1ZAR A; 4D7N A; 2ISY A; 1HSJ A; 1B8I A; 3PIP F; 2XVC A; 4M3E A; 3DEU A; 2FMY A; 2PG4 A; 3RSN A; 1R49 A; 4ZC3 A; 2L7F P; 1VQ5 I; 2IPQ X; 4EJO A; 2DI3 A; 2EIM H; 4D5C A; 2IS2 A; 5ED4 A; 1IF1 A; 2BY0 A; 4BQQ A; 3KIO A; 1YX3 A; 2V6E A; 2O61 A; 3K0L A; 2LY2 A; 2CYY A; 2DMU A; 4PSX A; 3QQA A; 4M3G A; 4DYR A; 3S16 J; 2OD5 A; 1FPQ A; 3OYL A; 4G7O F; 1SC7 A; 3GTK J; 1B6A A; 2CQX A; 1AHD P; 1TQP A; 3QPL A; 2MG4 A; 2DU9 A; 1ORK A; 3NQO A; 2OZU A; 3E5Q A; 3MQ0 A; 5B66 C; 2DA4 A; 1HBX G; 2CQK A; 3IH2 A; 3BPX A; 3E97 A; 2DT6 A; 1A6I A; 2W7N A; 3VFZ A; 4Y13 A; 4AWX B; 4E7K A; 3RJP A; 3L2U A; 2DPD A; 3JRA A; 3P7N A; 3A2K A; 3WTU C; 2W4S A; 2E7X A; 1MMS A; 2LSO A; 4IEJ A; 1T56 A; 2JSC A; 3GTG J; 3CMY A; 2B63 J; 3M3Y J; 4M6X A; 3RKY A; 3C1D A; 5F0C A; 4M72 A; 5GAG J; 3OYH A; 5AIQ A; 1W5S A; 4GDF A; 3V7C A; 1O3R A; 3TOB A; 4GYG A; 2EA2 A; 4A0Y A; 5HLH A; 3SDB A; 5M5W J; 3FWE A; 3WOD F; 4XBF A; 1UAA A; 1ETK A; 1ODD A; 2R7W A; 1SFO J; 1MBJ A; 2OCC H; 4Y3O A; 2WA0 A; 3ZMT A; 5HOD A; 2N8G A; 3VOE A; 2O5R A; 2JPB A; 3MZH A; 1NG6 A; 2ZFU A; 4I99 C; 2R7U A; 5CKT A; 2ZXJ A; 1TQI A; 1DGR M; 2FF4 A; 4KIS A; 2RQP A; 4D7M A; 1AOY A; 1R22 A; 1FMV A; 1P92 A; 2KFD A; 2JUC A; 2IA2 A; 4L18 B; 2FXA A; 1R1V A; 1J0R A; 5J1R A; 1F5T A; 3H36 A; 1V3F A; 1T98 A; 5D5V B; 1S7O A; 3F6V A; 1QZZ A; 2CMP A; 1VFC A; 4UNO A; 1TWA J; 3K4B A; 3ZMV A; 5HDN A; 3R61 A; 1W7P B; 3EUA A; 2M2E A; 1VQO I; 3LSI A; 3CCQ I; 2R0Q C; 1NG7 A; 1IN7 A; 1TLH B; 2P7V B; 2B0L A; 2DQR A; 1B72 B; 1FOW A; 4CXF A; 2LBF A; 1I1G A; 2Y48 A; 3QOE A; 3CES A; 3IWZ A; 4EAT A; 1VZ0 A; 4HV5 A; 3Q5F A; 1ZGW A; 4CYC B; 4L9T A; 1SVO A; 2XSJ C; 3W2W A; 3GYH X; 1ZG3 A; 1D0Y A; 1W36 D; 1EH6 A; 2KDZ A; 1YW8 A; 4ENM A; 2X4H A; 1ZRD A; 5L3D A; 5BNG A; 3HOZ J; 4YII A; 1UHS A; 2D1V A; 2W48 A; 5L3E A; 4QIW N; 2J5O A; 1FMW A; 1R5H A; 4AIK A; 4HLX A; 3K10 A; 3JRB A; 4BXF A; 4E7S A; 1ZR2 A; 1SMY F; 3B73 A; 3FXQ A; 5CJ9 A; 5BPI A; 2VJ5 A; 3HOS A; 4ESB A; 3HGY A; 1P6R A; 1MH3 A; 1FSH A; 2V1D A; 3HRM A; 3D1N I; 2MYS A; 3F9K A; 4UUS A; 3IH4 A; 4A2U A; 2LG4 A; 5BQT A; 3HGG A; 2L9S A; 3SEZ A; 1N77 A; 3HYI A; 1T33 A; 2JN6 A; 3L2V A; 4U0Y A; 1R1T A; 1ZR4 A; 2M1B A; 3MZY A; 1FJL A; 2XAU A; 2VOO A; 3DEE A; 3F3X A; 1Z1D A; 2FQ3 A; 5FKM A; 3PQK A; 1PJR A; 2E34 A; 2IGM A; 1P2F A; 2GIZ A; 5H6Q A; 1ZRC A; 2YPR A; 3A4C A; 2Y9Z A; 2E7W A; 3IRR A; 4IXA A; 4JX4 A; 3MKY B; 2VC1 A; 2DOE A; 2QF7 A; 2LR8 A; 1Z0X A; 3EPZ A; 4CYD A; 5EEH A; 3MAJ A; 1BR1 A; 5HLI A; 3O3K A; 1WFX A; 4MO7 A; 3KEQ A; 1FWZ A; 3MWM A; 3Q9S A; 4HZF A; 1J5Y A; 2Z9O A; 3GTO J; 3A0H C; 4QWQ A; 1IJW C; 1LFB A; 4KMF A; 2XKO A; 4BGD A; 4DIQ A; 3W6V A; 1FYM A; 4PGG A; 1I50 J; 2PMZ A; 1T8I A; 1BC8 C; 2XRN A; 2P5L C; 4LK1 F; 1SAU A; 2CV0 A; 3OIQ A; 3E6C C; 2K02 A; 2FE3 A; 5LHG A; 3GZ6 A; 4AVP A; 4LD5 A; 2WV1 A; 3OMY A; 3E6B A; 2CG4 A; 2XUB A; 1B59 A; 4M6V A; 1J09 A; 1OKR A; 3PUF A; 4XIC A; 5KK1 A; 3H5R A; 3L1P A; 2MH9 A; 4LB6 B; 1JHF A; 3NEU A; 3JAM K; 4Y7N J; 3M8F A; 2HQR A; 5J1U A; 1XSX A; 2IGN A; 4L5E A; 2JQ7 A; 2E2J J; 1KYW A; 3Q9V A; 3HPG A; 4PJM A; 4AU7 A; 2NS7 A; 3FKJ A; 3OYI A; 1JJ8 C; 2CUJ A; 2GZW A; 1RC9 A; 4J01 A; 1YQA A; 3HOU J; 4HNV A; 1GVJ A; 1NK3 P; 4Y4R A; 1IRZ A; 2XGD A; 3AG1 H; 1QGP A; 2UZK A; 2GQQ A; 4S05 A; 3G4S I; 1QZY A; 2D2W A; 1ACI A; 1ZRE A; 1R6R A; 1AA7 A; 4CH7 A; 4A6D A; 2ID6 A; 2K3P A; 2EK5 A; 4G9Y A; 1SFK A; 2KZG A; 2VE8 A; 3BRO A; 3IL2 A; 3RZO J; 4KMU X; 2XGE A; 1STZ A; 1LUJ B; 4KA4 A; 1OIS A; 2YX4 A; 2VKH A; 1ZAO A; 3GO5 A; 3G6E I; 1FNN A; 3FBI B; 1WZ2 A; 2L02 A; 2L9N A; 3DFG A; 1JT0 A; 4PJN A; 1XCB A; 4KDP A; 2Q2E A; 1BR4 A; 5CVU A; 4RGS A; 5F0F A; 3FXR A; 2GXA A; 2ZNZ A; 4J19 A; 2GM4 A; 2HKO A; 2WAQ N; 1WJA A; 1XB4 A; 4A0Z A; 2IT0 A; 4A3D J; 2FML A; 1K4T A; 4A69 C; 4OAY A; 2DOA A; 3Q3S A; 2UWM A; 3CUQ A; 3G71 I; 2FRH A; 3H9J A; 4M9Z A; 4MHG A; 2H6C A; 3CCR I; 1MZB A; 3F8F A; 2LLK A; 3QPS A; 2XPU A; 1SAN A; 1FSE A; 3OYB A; 3BPV A; 1VQP I; 1BA5 A; 2QBY B; 1FBU A; 2BVM A; 2FD5 A; 1RUN A; 4MNU A; 4B4C A; 4M73 A; 1GLN A; 3JSO A; 1ON2 A; 2F6C A; 4KIG A; 3I0T A; 4RMN A; 2JVH A; 2UXN A; 3G3Z A; 2BV6 A; 4FE4 A; 2BXZ A; 1FC3 A; 1RET A; 4HX7 A; 4UB6 C; 5B3S H; 4OIP F; 3S2D J; 1BM9 A; 2L9R A; 5TGT A; 2ESN A; 4BL0 B; 1FY7 A; 2TRT A; 1D5Y A; 2QVO A; 3KZI C; 5E3L A; 2YSR A; 4BUP A; 3ZQ7 A; 1FBQ A; 3DTE A; 3DTI A; 1QHG A; 1RKW A; 1RRJ A; 2XAJ A; 3HOT A; 3TL4 X; 3TKY A; 4DOZ A; 2M0M A; 4FQG A; 2EH3 A; 2V1X A; 4BY7 J; 5GAE J; 1G6N A; 2BW3 B; 3F23 A; 2DTZ A; 2CUE A; 4EM2 A; 2IXS A; 2X6O A; 4KT6 A; 2DA3 A; 1TWH J; 3BP8 A; 4O5V A; 2R7Z J; 2P6S A; 3QP6 A; 3OYK A; 1MND A; 2NNN A; 2CGP A; 3VYT B; 2STW A; 4DBR A; 2IS1 A; 4FTH A; 1TC3 C; 4MFD A; 1YFH A; 2CJJ A; 5LGT A; 3PSF A; 3OYD A; 1E3O C; 3COA C; 5C3E J; 4RAY A; 5LRS A; 2ZJP F; 3HOW J; 5ICC A; 2X85 A; 1Z05 A; 5KNL A; 2OF7 A; 4HX8 A; 2XPW A; 4ENK A; 3S14 J; 1KU9 A; 1N25 A; 5GPA A; 2NRA C; 1TBX A; 4UVB A; 1S7E A; 1HW1 A; 4KIB A; 2R5Y B; 3EUK L; 3KP3 A; 2R7F A; 3MFK A; 4P9F A; 1S72 I; 2H94 A; 1U3E M; 4N9H A; 2X51 A; 1W5T A; 3C7J A; 2VPR A; 4LIU A; 1RI7 A; 2OU2 A; 3I55 I; 5FFX A; 3HUG B; 4G8X A; 2RQQ A; 4MIM A; 3JTH A; 2NVU B; 5JVT A; 2HEO A; 5M5Y J; 3AAF A; 3GBG A; 1CQT A; 3GFI A; 3QYB A; 1I27 A; 1U6G A; 4ZDL A; 2CFO A; 2FOW A; 2LD5 A; 3LSP A; 1AWC A; 3A02 A; 1LDD A; 1R23 A; 2P6T A; 2HVS A; 3DKW A; 1HC8 A; 2W24 A; 4YG2 F; 4BY1 J; 2XAQ A; 4EEF G; 3M1E A; 2XRL A; 2OC6 A; 4HQE A; 1T95 A; 2QBY A; 2O9L A; 1Y8R B; 1JT6 A; 2ZXI A; 3F8C A; 1UG2 A; 3PO2 J; 1ONV A; 5E79 C; 1T2K A; 2E2I J; 1B72 A; 2KP6 A; 1N75 A; 5C4X J; 2JT1 A; 3K7A J; 4C9Y A; 2LBF B; 3MN2 A; 3CCL I; 5J4Y A; 5LLQ A; 5FLV A; 3I56 I; 2WB1 A; 3CJQ B; 5FLX Z; 3P5J A; 3EYY A; 2VKE A; 4WXH A; 1Y39 A; 2PJR A; 1YTY A; 2XIG A; 4MGR A; 1GDT A; 3U1D A; 1A5J A; 1QQI A; 3WTW C; 1XTA A; 1IXS B; 4P55 A; 4IHX A; 3IAS 2; 4BDZ A; 3IRQ A; 4QTR A; 1Z7L A; 2E2H J; 1FBS A; 2VJI A; 3ELK A; 2CU7 A; 1YJW I; 1KU7 A; 3WTV C; 2Y2Z A; 3DBH B; 5FJ8 J; 4XMY A; 2A05 A; 2L0K A; 3IP4 B; 4FAS D; 1X2M A; 1YIO A; 3K1P A; 3RPQ A; 3H1C A; 1IUY A; 2ZME B; 4E7I A; 4JBA A; 3WE2 A; 2HGC A; 3VSL A; 1U9O A; 4IQ4 A; 1KU2 A; 2HS5 A; 5FFZ A; 4PJJ A; 3ZQF A; 3CQZ J; 3FXK A; 3K4N A; 5FKL A; 1IC8 A; 3JSP A; 2LH9 A; 2KIU A; 3CDH A; 2F5F A; 2PMZ N; 3HRS A; 4XLF A; 5DV5 A; 5EZH A; 3CJN A; 3UR3 C; 2R7R A; 3I58 A; 3J7A O; 2A6E F; 3J7A Y; 1WCM J; 4RA2 A; 1W4M A; 3FHN A; 3ECH A; 2ETH A; 3WTZ A; 1UCR A; 4E7L A; 4MFE A; 3R60 A; 3KPH A; 3SZG A; 3PL8 A; 3LSJ A; 4E7H A; 3BG6 A; 4AC0 A; 1R58 A; 3P9K A; 1K83 J; 4LK0 F; 4OWR B; 2X1E A; 3LFU A; 1KQ0 A; 1IN8 A; 4G7Z F; 4DGW B; 1HDP A; 3HUG A; 1G3Y A; 3S17 J; 2A6T A; 2TDX A; 5J3L A; 4AVZ A; 5DM7 F; 4RS8 A; 3HSR A; 2QSF X; 5EYR A; 3FHZ A; 3E1S A; 1DUX C; 4AM3 A; 2DA7 A; 1MMG A; 4M74 A; 2L3D A; 3EDP A; 3A1Y A; 3RTR A; 4LG0 B; 3FIW A; 3I53 A; 3WHC A; 1IW7 F; 2ZBK A; 1PDN C; 3DF8 A; 2EZK A; 3ZR8 X; 2CFX A; 1MSE C; 2YS9 A; 4RB1 A; 3FXJ A; 3PIO F; 1OLT A; 3S93 A; 3OR1 C; 3ROU A; 4PJL A; 1D1C A; 4F3Q A; 1XS9 A; 4A3C J; 1R36 A; 4GRI A; 3FXL A; 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