1Z05A

Crystal structure of the rok family transcriptional regulator, homolog of e.coli mlc protein.
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
396
structure length
396
Chain Sequence
DHIKQINAGRVYKLIDQKGPISRIDLSKESELAPASITKITRELIDAHLIHETTVQEAISRGRPAVGLQTNNLGWQFLSMRLGRGYLTIALHELGGEVLIDTKIDIHEIDQDDVLARLLFEIEEFFQTYAAQLDRVTSIAITLPGLVNSEQGIVLQMPHYNVKNLALGPEIYKATGLPVFVANDTRAWALAEKLFGHSQDVDNSVLISIHHGLGAGIVLDGRVLQGRHGNIGELGHIQIDPQGKRCHCGNYGCLETVASSQAIRDQVTARIQAGEPSCLATVEEISIEDICAAAADGDPLAVDVIQQLGRYLGAAIAIVINLFNPEKILIGGVINQAKSILYPSIEQCIREQSLPVYHQDLKLVESRFYKQATMPGAALIKQALYDGLLLMKVVEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transcription
source organism Vibrio cholerae o1 biovar eltor
publication title Crystal structure of the ROK family transcriptional regulator, homolog of E.coli MLC protein.
rcsb
molecule keywords transcriptional regulator, ROK family
total genus 137
structure length 396
sequence length 396
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 1z05A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1z05A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1z05A03
3EKSA 2ZXJA 3LM2A 1IG8A 3V4GA 1WKMA 1IRGA 2RQPA 1P2FA 3F8MA 3GW2A 2HS5A 4O3MA 2Q2RA 1B1BA 5JICA 4IPAA 1JHFA 3DEUA 4E1JA 2CSOA 1J5YA 5L3BA 1ATNA 3E5XA 2W41A 2PQ8A 3F8FA 1XMAA 3GO5A 5AONA 3WTVC 3MDQA 4BG8A 3SK3A 3MCPA 3NQOA 2EB7A 3RTRA 4BRIA 3E6DA 3CJ7A 3WTZA 1CGPA 2MLGA 1Q18A 1CZAN 1P4AA 5JI6A 1YG2A 3ROUA 2QWRA 5ICCA 1IRFA 3UB5A 1QZ6A 1QPMA 5LEKA 2ZKZA 4CZGA 5ADXA 4IXAA 3WE2A 5D4SA 2MA3A 4NHJA 3IKTA 1K78A 1NM1A 5DUKA 2EA4A 3H45C 4I98B 2KRFA 3MK6A 2HGCA 2CGKA 4G6DA 4FPBA 2P7VB 1P8ZA 1LEAA 4CICA 1OMIA 4XH1A 2ELHA 5HS8A 2OZUA 2DO7A 3T8RA 4L0ZB 5AQIA 1HBXG 3BOQA 1HW1A 2H27A 3GBTA 2COMA 4QWQA 4FWMA 4A5NA 1HKTA 1QZ5A 3P4IA 4JQFA 4BHBA 1BI0A 1USSA 2QQ9A 2XUBA 4P9FA 4IVNA 1BUPA 2HMPA 3V8JA 3WXKA 2NYXA 4FX4A 2WV0A 3D2EA 5JVTA 2VC0A 2V51B 1Z9CA 1JXSA 2VC1A 2DT5A 3F8BA 5LEJA 1VTNC 3FX3A 1TUYA 3FWEA 2LF8A 4XLNF 4O8KA 5LJWA 3BF1A 2VT2A 4LJZF 1JCFA 3U8XA 4AM7A 5AQQA 2E20A 3EYIA 4AWXB 3IDHA 4FSVA 2GA1A 3VEZA 4MTEA 5AQZA 2HWVA 4BNCA 2NS0A 2LKPA 5CVVA 1KAYA 2XAFA 2XRNA 1RUNA 4M6XA 4G7OF 3Q5FA 3DXMB 3FGUA 2R3SA 3QFUA 4JD2B 4H03B 1U6GA 2Y48A 2OAZA 2PEXA 2FF4A 4IRHA 4L9JA 4PKIA 3CDHA 2AP1A 5AZJA 3W6KB 1JGSA 4YIFA 2O03A 4JAXA 4H5NA 1YTYA 3JSOA 3LA2A 2PAVA 3VGKA 4EJWA 4WK8F 1WRJA 3DJCA 1W4MA 4MNUA 3ULQB 1C0WA 3WU1B 3U9DA 2Z3YA 4IJAA 3U9ZA 4K25A 3FXRA 3U2RA 1QZYA 3VF6A 3EL2A 1D8KA 3O6BB 5DD4A 3KEOA 3ISPA 3ABTA 1MDMA 2DK5A 2QVOA 4U0VA 2O6GE 3F22A 2F5EA 2XROA 4EMSA 3IFRA 4PL8A 1JCGA 5FPMA 4EIAA 1NWKA 2XHKA 2NZTA 1X3UA 3ZMDA 2G7UA 2ZMEB 2D0OA 3H1VX 3WXJA 4LFUA 3RJPA 2FXUA 2WUSA 1IXRC 4A2BA 2V9VA 1F9NA 1FNNA 2VCPA 4GCVA 1P6RA 2F2EA 3CUOA 2Q0RA 4BC4A 1MA9B 2L4AA 1XCBA 4B1XB 4YFKF 3JS6A 3I58A 3PFIA 4UVAA 1NGAA 2QQAA 3WTYC 4L9NA 3ID8A 5BPIA 2ASMA 1D3YA 1HSTA 1OKRA 4G7ZF 4UV9A 4O6JA 5HOOA 1PP7U 3LDPA 3GFLA 1XB4A 3E6MA 2CFXA 2GWKA 5AIQA 1YYVA 3B73A 1S3XA 3G73A 2A68F 2QWWA 2W57A 3JSPA 3DKWA 4OMZA 4KMFA 1YIOA 1KXPA 3QB0A 2E2OA 4BR5A 2X0LA 1KQ9A 3PQJA 2TDXA 4CO8A 3H3OB 3TDUC 3FMQA 4EJOA 2BE5F 3F8CA 2KIMA 1IXSB 1ZREA 2XAGA 4YDUC 5F64A 5AQHA 5CLSA 3LA7A 3QDKA 3SMSA 1YS6A 3JAMZ 3LQQA 2P9KB 5LJVA 4CI6A 2JPBA 4LGWA 5AIPA 5H20A 3VEPA 1STZA 1FP2A 2XGXA 1R5GA 3M6GA 3WXLA 3R6MA 1BN5A 3TOAA 3HOTA 2V6CA 1SFUA 3A5OC 5BPLA 2LNBA 4IWVA 4H0TB 4KN7X 3SXYA 2P9UB 2E88A 4MQ9F 2ZJ2A 2FNPA 3I8BA 3UKRB 3RYRA 4RTFD 1O7LA 1FYMA 4B1VA 4ZZLA 2HKOA 5ICEA 2Z33A 4AVPA 4KIBA 4CXFA 2P9NB 3FE1A 1ZYRF 4ZYGA 3FM5A 5CVUA 3TDZC 1R22A 1MWKA 3QICA 3CJ1A 4HX4A 4LK0F 3FXQA 1NBWA 4H5WA 1GLCG 1O57A 1ATRA 1EH6A 1ZLJA 4M74A 3LDQA 4ASNA 1IJJA 4IXCA 3J80Z 1U5TB 4BRCA 2ISYA 4OOIA 1MWMA 1U3EM 1JHHA 3RDIA 2PLYA 1D5VA 3L4IA 2A61A 5D6FA 2A69F 2HZTA 2Z5UA 4EQQA 4HLXA 3GZ5A 5E20A 1UHMA 4A61A 4CJ7A 3V8KA 3OV8A 2STTA 1YAGA 4JD2A 4M63C 1G3TA 1KA8A 3I59A 1MJBA 2HYFA 1MD0A 2ACJA 1P4XA 1D4XA 3R9PA 2OZ6A 4XSXF 3KP2A 3ZEUA 5JLFA 1HKSA 4Y15A 3GL1A 3K69A 1BA1A 4R79A 5D6EA 5AQKA 1NGHA 1XN7A 2C6YA 5EVZA 1YVNA 4WXCA 3SZTA 4CDGA 5BR9A 2EV0A 3C0BA 2ZWHA 1Y0UA 2YU3A 2XAQA 1MKMA 4LLLA 2DBBA 2MD5A 3MZHA 4KUMA 4Q5SF 3CLOA 2JTVA 4JN4A 5A2QZ 3GYHX 3ULEA 1XSVA 3MEXA 2YJEA 3F72A 1R1UA 5ELZA 3O1BA 4BG9A 5CVJA 1Z6RA 2BUPA 3VGLA 1R36A 5AQRA 4UVCA 4XH4A 1YW9A 2GWRA 2FQ3A 3CQXA 3DP7A 2P9SB 1MJAA 3LA3A 4CZEA 3LQRA 3REOA 1BIAA 3LDLA 5E84A 1TW3A 4LG0B 5CYVA 3JAMK 1G3SA 4JHDA 5DUIA 2QWLA 4EM0B 5HLGA 2XVCA 2UXNA 1TTYA 1QGPA 3IC7A 4JBAA 3FR0A 4BC5A 5KK1A 2LDUA 1IN7A 1U78A 5L3DA 1ON2A 3CI5A 1YS7A 2M5WA 4PGGA 2VBXA 5TRDA 3KFWX 4FPAA 3JW4A 1RI7A 4OMYA 5KQDA 4B09A 5D5UB 3I54A 3A8YA 4IO8A 3BJAA 4HOBA 3HIFA 5BPNA 1R1TA 3TO7A 5LBQA 1ZLKA 1PUEE 1X3NA 2WC2A 1NGIA 3QFPA 3BDDA 4HW0A 1P4WA 3O08A 4FWLA 1LJ9A 1LOTB 4LLGF 2D1VA 1W5SA 2ISZA 4EJVA 4DB3A 1D8JA 1TQPA 1BC8C 2HKXA 3SJHA 3VF2A 3EDPA 3J80K 3O5BA 3WUHA 1BM9A 3GDQA 5DV5A 1SFEA 2FRHA 3NRVA 4BYYA 4B1WB 3D7EO 4OIOF 3ZMSA 2NLXA 1QZZA 5LHGA 2ETHA 4I0AA 2JPCA 2FLOA 4HDUA 4IRIA 2FOKA 2R7FA 3H46O 3HRMA 4ESFA 2P6TA 2P9UA 1HXDA 3QPHA 2BGCA 4XEIA 5LHHA 5ADXH 1K8KB 2IA1A 4UVBA 3N4MA 5L3GA 1HW2A 2UYTA 2ASPA 4KICA 1XGNA 2Q0OA 2XKPA 3VODA 2CG4A 3MFKA 3RKYA 3CUQB 3CJCA 5BRHA 1W5TA 2OANA 2W24A 4IZ9A 1RZ4A 3SQNA 5A2QK 2DLLA 1YO5C 3GE1A 4RB2C 1U2VA 2FMLA 3TO9A 1I1GA 2FNAA 3WQUA 4RB1A 4S05A 3SHFA 1NMDA 3IRRA 1LCUA 3KE2A 3MN6A 2R7DA 2ITMA 2G7HA 3VOEA 4ISFA 2H3GX 1GHCA 4EGYA 2RVCA 3EETA 3C1DA 4BR0A 4AIJA 1IF1A 3VB2A 2E1ZA 5IT9Z 3U4LA 2NRHA 4LK1F 4ZZDA 4BRFA 3CJBA 4CHUA 1IW7F 5EOYA 4R8HA 2A6EF 3HHHA 3A5NC 1FY7A 3LDOA 2EJRA 5DYMA 4AD9A 1C0GA 5FPEA 3VETA 3A5MC 1KU3A 2A6HF 1BBYA 3K9TA 4ENKA 1LB2A 4M71A 5AQOA 4I01A 4G7HF 3F23A 2PFBA 3R61A 2L54A 4BREA 3DXKA 3C3WA 1KU9A 2KHOA 1SD4A 2A40A 1R7JA 2P5LC 3G25A 3ENOA 4BRPA 3H92A 3GLXA 4A0YA 2DI3A 5E8GA 5BQTA 1XC3A 3ECOA 4BH9A 1NGJA 4PGHA 3HSCA 5CVIA 2VODA 1KU2A 1IAWA 3TO6A 3LM9A 5AQYA 3WT0A 1S8NA 4BXUA 3ELKA 2IA0A 3NEUA 1AWCA 3HTSB 4M7YA 1TNSA 1LDDA 3KVGA 3OOPA 4A0ZA 4IJNA 5AQFA 3C7NA 2Y0MA 4GXOA 4LG0A 3LL3A 4A2UA 2LF7A 3A0IX 3KP4A 1FX7A 4HF1A 3ENHA 5HLHA 3T1BA 4FWPA 1ESVA 1TQIA 2PN6A 3B8AX 3FZHA 3TOBA 2EWSA 3ZMUA 1W7PA 3KZZA 2JZYA 1LQ1A 4RB3C 2YX7A 2PG4A 2V1XA 5K5OA 2GXGA 2QWMA 5B8HA 3KLNA 2QENA 3HZ6A 2P6SA 2L3DA 5DCFA 1LDJA 4L5JA 1LEBA 2KJCA 2AXLA 3KP7A 1XDSA 2HYGD 2D0PA 4F7ZA 2P9LB 2E1CA 5ILVA 1TYQA 3V7RA 2K27A 3EN9A 2CGPA 3EZWA 1JCEA 1J6ZA 1XUPO 4I6MB 4GY2B 2QQBA 4A0XA 3L09A 1GLFO 3WTUC 1NLVA 1G4DA 2BBYA 3DPLC 1BWFO 4DQ8A 4RGSA 4ZYHA 1DKGD 1V4TA 3QP6A 4CBUA 4KBOA 3RI4A 5BREA 5LRRA 4BR2A 4I2OA 4P96A 2UZKA 4EFHA 3ZETA 3EKUA 4BVPA 1GLDG 1F5TA 5D8LB 3ZPLA 3BZ6A 1GLAG 4CBXA 4KN4X 3MZYA 4L9VA 2HF3A 2V7YA 3O4WA 5IT9K 5J8CA 1ONVA 3MAJA 3U1DA 5EX5A 4U7BA 5AZIB 3I64A 5KPRA 1DGKN 2VT3A 2PMHA 3IMXA 2GXBA 1HUXA 3P9CA 2Q8KA 3V7CA 1H9GA 1E2XA 3LDNA 4YDUA 2XAHA 5HVQC 1TNTA 5AQPA 5ED4A 3FHZA 4BRDA 4H5TA 3WTWC 3UE5A 4BGAA 2IA2A 4UV8A 3UKUB 1UFMA 4A62A 4L9TA 4LD5A 1NGDA 3DV8A 1LNWA 1J7KA 5L3FA 2HTJA 4O5VA 3VEVA 3AAFA 3QOPA 3AY9A 3BJ6A 2STWA 3E6CC 3N97A 4NQWA 1KGSA 2DQRA 2CQKA 4BR4A 4HZFA 1XSDA 4G9YA 5F1XA 5BN9A 1XGSA 4AIHA 2MC3A 3KLOA 4P9UA 4EHTA 1DPUA 4EVIA 3RKXA 4B1ZA 3E5UA 4HF0A 4DCHA 4BAYA 2P9IB 4KIGA 4RAYA 1BI3A 1XDUA 2DPDA 1W7PD 3QP5A 5FLXZ 3MN5A 1R58A 1U8RA 3GZ6A 3IL2A 3WG9A 2GWJA 1HW5A 5D4RA 2MH9A 1BOAA 4EM1A 2DTRA 3IWZA 1T2KA 1XGOA 5HLIA 4CZLA 2M1BA 3J7AO 4GYIA 4M72A 2OQRA 5AFUA 3QU6A 4BVOA 2K7LA 4Y17A 1UCRA 2I7NA 4P5OA 3IRQA 1ZG5A 4FO0A 1P92A 1NGEA 1SQKA 3KHYA 1FOKA 1QHAA 3AAPA 4FOEA 1OYWA 5JFRA 5J6XA 3GXOA 4J8FA 3KEQA 3HYIA 2A42A 2EV6A 5I9EB 1IZ1A 5ICGA 2O61A 1T6DA 2CW0F 2EV5A 3KP5A 2L02A 4QS8A 1OR7A 4HA8A 2CH6A 2OU2A 3F8NA 3CUQC 1T38A 4CD1A 2QBYB 4WXHA 2YR2A 3RYPA 4IHTA 4I7HA 2Q1NA 2DPNA 2FSJA 2NRAC 2DU9A 1AOYA 2XKOA 4NB4A 1T44A 4WQ5A 1BI2A 3RSEB 1GLEG 1TLHB 3HSRA 4FWQA 1O3QA 3DPTA 1LVAA 1WSUA 2QWPA 2D1KA 4U7DA 2HQRA 1Z7UA 5D5VB 1SAXA 2MH2A 1BI1A 3LFKA 3DXJF 4Y0WA 2YCHA 4JNEA 5AQVA 4U0YA 2MBFA 4HQEA 3DF8A 2RGVA 4TV7A 5L3CA 4EJTA 1V4SA 2YHWA 3GF2A 5E26A 2A07F 2J5OA 4YFXF 2W25A 2YHYA 1SMTA 2RN7A 3QU3A 2VOOA 2XAJA 2XV4S 1RFQA 1FZPB 4BRKA 3QAHA 3L0QA 3RIRA 1G6NA 3DXMA 2F9WA 3LSTA 4WYBA 3FXUA 5J8FA 4MTDA 2K86A 2L4MA 1EQYA 2NNYA 3H1QA 2GEMA 4CYDA 5FO5A 4HTLA 3CJAA 4KFCA 3ZMZA 2FXAA 5TJJA 3HI0A 3F9MA 2EFQA 3OHRA 2YSRA 3L7WA 4OIQF 2EA2A 5AQWA 1L3LA 2YPRA 5FLXK 2QW9A 3RPQA 4E70A 3K0LA 4ON0A 4H5VA 2E2NA 3ZX2A 2P5VA 4GYGA 4Y13A 2BTFA 1RNLA 4C23A 2OBPA 1FWZA 2GELA 1ZN2A 2BYVE 5AQMA 2H09A 3VEYA 1OPCA 4AM6A 1T39A 4AIKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EKS A;  2ZXJ A;  3LM2 A;  1IG8 A;  3V4G A;  1WKM A;  1IRG A;  2RQP A;  1P2F A;  3F8M A;  3GW2 A;  2HS5 A;  4O3M A;  2Q2R A;  1B1B A;  5JIC A;  4IPA A;  1JHF A;  3DEU A;  4E1J A;  2CSO A;  1J5Y A;  5L3B A;  1ATN A;  3E5X A;  2W41 A;  2PQ8 A;  3F8F A;  1XMA A;  3GO5 A;  5AON A;  3WTV C;  3MDQ A;  4BG8 A;  3SK3 A;  3MCP A;  3NQO A;  2EB7 A;  3RTR A;  4BRI A;  3E6D A;  3CJ7 A;  3WTZ A;  1CGP A;  2MLG A;  1Q18 A;  1CZA N;  1P4A A;  5JI6 A;  1YG2 A;  3ROU A;  2QWR A;  5ICC A;  1IRF A;  3UB5 A;  1QZ6 A;  1QPM A;  5LEK A;  2ZKZ A;  4CZG A;  5ADX A;  4IXA A;  3WE2 A;  5D4S A;  2MA3 A;  4NHJ A;  3IKT A;  1K78 A;  1NM1 A;  5DUK A;  2EA4 A;  3H45 C;  4I98 B;  2KRF A;  3MK6 A;  2HGC A;  2CGK A;  4G6D A;  4FPB A;  2P7V B;  1P8Z A;  1LEA A;  4CIC A;  1OMI A;  4XH1 A;  2ELH A;  5HS8 A;  2OZU A;  2DO7 A;  3T8R A;  4L0Z B;  5AQI A;  1HBX G;  3BOQ A;  1HW1 A;  2H27 A;  3GBT A;  2COM A;  4QWQ A;  4FWM A;  4A5N A;  1HKT A;  1QZ5 A;  3P4I A;  4JQF A;  4BHB A;  1BI0 A;  1USS A;  2QQ9 A;  2XUB A;  4P9F A;  4IVN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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