The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
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sequence length |
75
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structure length |
75
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Chain Sequence |
YQTAPFDSRFPNQNQTRNCWQNYLDFHRCEKAMTAKGGDVSVCEWYRRVYKSLCPISWVSTWDDRRAEGTFPGKI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
CYTOCHROME C OXIDASE
|
| publication title |
The whole structure of the 13-subunit oxidized cytochrome c oxidase at 2.8 A.
pubmed rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase (cytochrome(c)-oxygen)
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| total genus |
22
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| structure length |
75
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| sequence length |
75
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| chains with identical sequence |
U
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1996-04-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| H | PF02297 | COX6B | Cytochrome oxidase c subunit VIb |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Cytochrome c oxidase, subunit VIb |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3AG3 H; 3ASN H; 2Y69 H; 3ASO H; 1OCZ H; 2DYS H; 5B1B H; 2ZXW H; 1OCR H; 1V54 H; 2EIJ H; 2EIK H; 3ABK H; 3AG1 H; 1OCC H; 5B1A H; 3AG4 H; 2EIM H; 3ABL H; 2DYR H; 2EIN H; 1OCO H; 3WG7 H; 2EIL H; 1V55 H; 3X2Q H; 5B3S H; 3AG2 H; 3ABM H; 5IY5 H; 2OCC H; #chains in the Genus database with same CATH topology 4IQ4 A; 1V5G A; 1E17 A; 2YUS A; 2DA3 A; 3FX3 A; 1MSE C; 1YX3 A; 1LDJ A; 4M6Y A; 5ILS A; 1NG6 A; 1FPQ A; 2XRL A; 3HHH A; 4B48 A; 4I99 C; 2UUZ A; 2E71 A; 2KLO A; 5TIS C; 3C7J A; 2HYG D; 4YFN F; 1GV5 A; 4RGS A; 2DO7 A; 2P6S A; 3DTK A; 3I4M J; 3REO A; 1MH3 A; 2B7E A; 3GW2 A; 3HL2 A; 3FMQ A; 2L7M P; 3MAJ A; 4LIV A; 4HSR A; 2XAF A; 3A02 A; 2Y0S A; 3U1K A; 4M71 A; 5J1Y A; 2EZH A; 3BJO A; 1W1W E; 3ZMD A; 1WCM J; 5FLX Z; 3IP4 B; 2NRA C; 4O3M A; 2ADU A; 2W4S A; 2GQQ A; 3HUG A; 3FWE A; 2QQA A; 5JLX A; 3HKZ N; 1PP8 F; 2P8T A; 3WTY C; 3HOX J; 4II2 A; 4ZYE A; 1FOW A; 3EET A; 4F92 B; 4UVC A; 4AIH A; 5FLM J; 2EWN A; 1I6X A; 3WTW C; 1B9N A; 2OCE A; 3KP3 A; 2K02 A; 1LQ1 A; 1WFX A; 3K1N A; 3ZOB A; 3M8E A; 3I59 A; 4B44 A; 3QAH A; 3A0B C; 1BC8 C; 3RYR A; 3SDB A; 3ASN H; 3B6A A; 2VL8 A; 1BW6 A; 2VPR A; 3KYC B; 2JA6 J; 4EAT A; 2XAS A; 3FXO A; 4I7H A; 2ZXW H; 2X1D A; 5GPC A; 4LG0 B; 1OCR H; 4AIK A; 3W3C A; 1RIO H; 3AG1 H; 5IT9 Z; 1BA5 A; 2CS3 A; 2FJ1 A; 3U1D A; 1LEB A; 3C2G A; 3H9Q A; 1SC7 A; 4WXC A; 4BS9 A; 2K4J A; 2EIL H; 3JR9 A; 3HIF A; 4XMY A; 4PJL A; 1YTY A; 1K61 A; 4IHW A; 2VBW A; 5F6F A; 2FXA A; 2VKD A; 4IRH A; 4L9V A; 4HNT A; 5J1U A; 3EYI A; 2QQ9 A; 3IRQ A; 1SAU A; 5L3E A; 4HQE A; 4HST A; 1X3U A; 3J7Z I; 4I0B A; 2VIX A; 5B66 C; 1XTA A; 2ETH A; 3MWM A; 1HXD A; 1ZG5 A; 1WZ2 A; 1XGN A; 3ECH A; 2WTE A; 4UXN A; 1K4T A; 1B1B A; 2IPQ X; 3IHU A; 2H94 A; 3TDZ C; 1GT0 C; 1H9T A; 3HDD A; 2OQR A; 3SZP A; 1OPC A; 3JRC A; 2HU9 A; 3VYU B; 5DTD A; 5HOD A; 1MGT A; 1VQM I; 4AM3 A; 2AXL A; 4LLL A; 4C2M J; 1ZAR A; 3ZRG A; 3HPG A; 4JP0 A; 1MBF A; 4MQ9 F; 1H8A C; 4ZC3 A; 2Y69 H; 1TL8 A; 1XSD A; 3CD6 I; 5B1B H; 2V9P A; 3HUG B; 3T1B A; 2R7Z J; 1X19 A; 4HOB A; 1TP4 A; 1R9T J; 1LJ9 A; 5F64 A; 5H20 A; 4EJO A; 3HSE A; 4E7L A; 2ID6 A; 3CP8 A; 4ZTF A; 3KX2 A; 2KL4 A; 2MYS A; 3T0Y A; 2ZSI B; 3WE2 A; 3K69 A; 4XRS G; 5J3L A; 1Z0X A; 3I3L A; 1H0M A; 2L02 A; 2KIU A; 2E35 A; 3G3Z A; 4DOZ A; 1LKX A; 2FRH A; 2MLG A; 2H6C A; 4PJM A; 2R92 J; 3I59 B; 3HRM A; 2BW3 A; 5F0C A; 5IOZ A; 1AA7 A; 2WAF A; 2WAE A; 5DUI A; 2LY9 A; 3F6O A; 3K4K A; 2QCO A; 2CG4 A; 4KN4 X; 4AID A; 3QP6 A; 1R5H A; 1FYL A; 1X1D A; 3JRH A; 4CYC A; 3GX4 X; 4I98 B; 1BN5 A; 3MFK A; 2FBH A; 3H0G J; 3OYM A; 4HDU A; 4CCO A; 3J7A Y; 4E7S A; 3CO6 C; 3J80 Z; 1I3Q J; 2XAG A; 1Z6R A; 4IF4 A; 3SEZ A; 4ESB A; 1X3W B; 2PMU A; 2XDV A; 1K6O A; 3GTO J; 3QPT A; 3R0J A; 1D1C A; 1XCB A; 1YFH A; 3ZPL A; 4BDY A; 2VQL A; 3DEU A; 2L4M A; 4ZZD A; 5L3G A; 2EIK H; 4IKF A; 2Y75 A; 2H6B A; 3BTJ A; 2BY0 A; 1JTX A; 1IV6 A; 2IS1 A; 3KEO A; 2A5W A; 4G94 A; 4J19 A; 1SFU A; 1X1C A; 3E6B A; 3OYF A; 1ZRD A; 2KJC A; 3FMS A; 2M3A A; 3H9J A; 4D1Q A; 2M0M A; 4P1W A; 1DDN A; 1MSF C; 2DTZ A; 1MDM A; 2GM4 A; 5EF6 A; 1OQY A; 3J81 Z; 4W1U A; 3G4S I; 4MGR A; 3OYK A; 2HXO A; 2E36 A; 3BC8 A; 1YW7 A; 4ZDL A; 3DCF A; 3TOA A; 1R4N B; 4B3A A; 4BEH A; 5GAD J; 1VQ8 I; 4I01 A; 4GYI A; 9ANT A; 1V5F A; 1ZLJ A; 2D1V A; 3P7N A; 1HF0 A; 3M8J A; 2QSF X; 3RCO A; 2X51 A; 3G1M A; 3OYN A; 2Y0S N; 4HF1 A; 2DLL A; 2HYJ A; 4C2U A; 4HX4 A; 4KT6 A; 5FFX A; 5LGN A; 4OIP F; 4B09 A; 1QQI A; 3RQI A; 3U9G A; 4C3I J; 4YFX F; 4B1R A; 2A5Y B; 1ZRC A; 4ZYA A; 3JAM K; 2BW3 B; 3S32 A; 3I9V 2; 4DNC A; 2HDD A; 2JN6 A; 3K1P A; 2OZ6 A; 2JT1 A; 3QPS A; 4EMS A; 2H1K A; 3GTJ J; 1Z67 A; 4PDK A; 4JX6 A; 5GAE J; 4S05 A; 5BMZ A; 2DOD A; 1FIA A; 1SFK A; 4XM3 A; 3WHB A; 4CYC B; 4XON A; 3AG4 H; 2VT2 A; 3HBL A; 4OWR B; 2HPI A; 3TGN A; 3S93 A; 2HOA A; 2XGX A; 3PUF A; 4GDF A; 2M0C A; 2JZY A; 2K85 A; 4YG2 F; 2PI0 A; 2LNB A; 3GF2 A; 2Z99 A; 2ZME A; 4ETS A; 1D8K A; 4UUS A; 1WKM A; 2JUC A; 3PO3 J; 3KE2 A; 4XSZ F; 4DGW B; 1V3F A; 2Y31 A; 3OR1 C; 1RC9 A; 4RB2 C; 2ZJR F; 2DAO A; 3GFJ A; 2VT3 A; 1ZEL A; 3BZC A; 5FKO A; 5ILU A; 2CQX A; 1N75 A; 4AYB N; 4HA8 A; 1O57 A; 2HGC A; 3Q5F A; 2JA7 J; 4C9Y A; 3P9C A; 5M5Y J; 4G7Z F; 4L5I A; 4RLQ A; 1N78 A; 3GVA A; 4Z2Y A; 1ZKG A; 1RKW A; 1QPM A; 3DF8 A; 1HDP A; 5DCF A; 2HOE A; 3CDI A; 2RKH A; 4EJW A; 2DJI A; 1KGS A; 3OIP A; 2JA5 J; 2STT A; 1VF9 A; 2LKP A; 5LRR A; 5D6E A; 4QLC U; 4OAZ A; 1MMA A; 2O8K A; 1O7F A; 3HTS B; 2HVS A; 2KIQ A; 3MZ8 A; 1UHS A; 1W7P A; 1BOA A; 3H3Z A; 1IW7 F; 1I1S A; 5F1J A; 2KDO A; 5C4J J; 6PAX A; 2ECC A; 2ZCW A; 3LMM A; 2ZBK A; 1WSU A; 3FM3 A; 2TDX A; 4BEH B; 3HC7 A; 2JPC A; 2V79 A; 3OYL A; 2O5R A; 4A3E J; 1P4A A; 1P9Q C; 1N25 A; 5BQT A; 4QWQ A; 3JTG A; 1ZRE A; 2ZME C; 3G1L A; 4RAG A; 2A61 A; 4LIU A; 1D0X A; 3ZQG A; 1J09 A; 2ELJ A; 1W7P D; 3RTR A; 2CWE A; 2XGC A; 4M3B A; 5DM7 F; 4HRI A; 1QO0 D; 4Y4R A; 5FRO A; 1XPX A; 3S2H J; 2L9R A; 1ZTR A; 3GXO A; 4YIR X; 5J8C A; 2EFN A; 3OS1 A; 2L7Z A; 4FIS A; 2QM3 A; 2MH2 A; 3ABU A; 2RQP A; 4RM3 A; 4BAY A; 4CXF A; 3HOS A; 4XLF A; 2FNA A; 1SD6 A; 3FXM A; 4LMY A; 2XAQ A; 3ZGK A; 1S3J A; 2BV6 A; 2AO9 A; 4OMY A; 2KZV A; 4XLH A; 1NG7 A; 1BR2 A; 4CZC A; 1VQP I; 3GEZ A; 1BBY A; 2O61 A; 2ZXJ A; 4BXU A; 2ZME B; 4UUS B; 2QA4 I; 2H8W A; 3BCA A; 2GIZ A; 3WTV C; 2V6C A; 5DYM A; 4BQA A; 2W1O A; 1HW1 A; 4M3G A; 4DIQ A; 4JOM A; 1XMA A; 2L4A A; 3IWF A; 1BOB A; 1S7E A; 1OCP A; 4RAF A; 4Q47 A; 2FBI A; 2FA5 A; 3I4P A; 2Z9O A; 2DFE A; 1XN7 A; 1QZY A; 2YX4 A; 4NB5 A; 1Y0N A; 2F5D A; 3DKW A; 3WGH A; 3V7R A; 4KMF A; 1HC8 A; 3S16 J; 4NDL A; 1TNT A; 3PL8 A; 2VPL A; 5D5W B; 5CQG A; 1A6I A; 4NUB A; 2OBP A; 1G3W A; 2KQR A; 1MBH A; 2P6T A; 1Y1V J; 1YW9 A; 2WA0 A; 3P9I A; 4XNF A; 5CVV A; 3OYB A; 3RKY A; 5J47 A; 4N0B A; 2WV1 A; 1Z6T A; 3VWB A; 3K70 C; 4RM2 A; 1D5V A; 2M8E A; 1JUM A; 3CLQ A; 3O8G A; 3CZ6 A; 2QVO A; 2HOS A; 3LOC A; 4UNO A; 3FDY A; 4KJZ A; 2MC4 A; 4M3D A; 5D8L B; 2E1M C; 2IEK A; 3KP4 A; 1QBJ A; 3QU3 A; 2PJR A; 2K9Q A; 3ZXS A; 4A3F J; 4FE4 A; 2TRT A; 5A2Q K; 4MHG A; 3S3O A; 1FTZ A; 5FLX K; 2HYF A; 1JJ8 C; 2WV0 A; 2EZI A; 3SXY A; 1IN4 A; 4NC7 A; 2RDP A; 1Y39 A; 3K4C A; 3KP2 A; 3AAF A; 1R1T A; 1G4D A; 3MKY B; 1YLF A; 4AUX A; 2F5C A; 2JA2 A; 3SJM A; 2KZG A; 4D9J A; 4EGY A; 3EUH A; 2R4G A; 5CVI A; 1WH7 A; 2EBI A; 3R0A A; 3CJN A; 1E3H A; 4EV0 A; 4CA0 A; 3MZH A; 2E1M B; 1FYK A; 1J2X A; 2XGE A; 3KZZ A; 1HKQ A; 4M3E A; 2L54 A; 3HM5 A; 4V2F A; 5BPI A; 2MG4 A; 2JMW A; 4R8H A; 2BOL A; 1IC8 A; 1KYZ A; 2ZXI A; 5EEA A; 3DP7 A; 1P92 A; 1HW2 A; 3L2C A; 1GHC A; 2NNY A; 2HKO A; 2ZB9 A; 1X58 A; 4LK0 F; 2DTR A; 1EF4 A; 2STW A; 4ZTJ A; 3CC7 I; 3JAM Z; 2N8G A; 4ENN A; 3H35 A; 1U0J A; 2H1L A; 3LQQ A; 4MTD A; 4HX8 A; 5FJ8 J; 1F43 A; 4IO9 F; 1U8B A; 1S5L C; 3FBI B; 2W48 A; 3IKV A; 4M72 A; 4PZJ A; 5ICE A; 2R7R A; 4HV5 A; 1GVJ A; 2OQG A; 1MMS A; 2HZD A; 2CFX A; 1U78 A; 2FUG 2; 3BY6 A; 4F55 A; 1BJA A; 4CUG A; 2V1U A; 2DT7 B; 2KDZ A; 3BR5 A; 5J4Y A; 3I55 I; 1IN7 A; 2MA3 A; 3ABL H; 3KEY A; 1IZ1 A; 3EUH C; 2A6H F; 5E1X A; 2X85 A; 3O3K A; 2HTJ A; 3TBI A; 3HRT A; 1JHH A; 2DMQ A; 3WTT C; 1E2X A; 1JE8 A; 2PJR B; 1JT6 A; 2FF4 A; 1B59 A; 1J0R A; 5GP9 A; 3TED A; 3PO2 J; 4KDP A; 3MKW B; 1PP7 U; 1TWH J; 2EJR A; 4QPO A; 4D5F A; 2O8X A; 1VQK I; 4XLP F; 1YS7 A; 3DPU A; 1V54 H; 3I64 A; 1OCC H; 4LG3 A; 5CPR B; 1XX5 A; 2P7V B; 1H89 C; 4A12 A; 3KEQ A; 4HNU A; 3ZR8 X; 3HGG A; 3G71 I; 3FMR A; 4HAM A; 3RZD J; 2EK5 A; 1RI7 A; 3GBG A; 2IRF G; 3GCM A; 1K83 J; 2M30 A; 2PBI A; 2HFH A; 1VZ0 A; 2R7V A; 5CKT A; 3H5A A; 4S0H B; 3HOY J; 2PQ8 A; 1E0E A; 1YE9 A; 5FO5 A; 2PMZ N; 3K10 A; 1RRJ A; 3OY9 A; 3S17 J; 1IRX A; 1TQI A; 4HW0 A; 2OPT A; 1MIJ A; 3EPZ A; 3KIO A; 1KZH A; 1D0Z A; 3L7W A; 1FZP B; 4XOT A; 4M9X A; 4NQW A; 4M6V A; 4PSX A; 5FKM A; 2X4H A; 3GWZ A; 3LAP A; 1YOV B; 5BS6 A; 4U0Y A; 1Y6I A; 4AVP A; 2FBK A; 4Y52 J; 1RUO A; 2P5L C; 5C44 J; 3OIO A; 3B6C A; 3HZJ A; 1N77 A; 1WVR A; 3TO7 A; 3FKI J; 3TO9 A; 5M3F J; 1A5J A; 4WWC A; 3WU0 A; 3TDU C; 2JJ7 A; 2L9V A; 1IXR C; 2Z5U A; 5GAH J; 5M5X J; 3NAU A; 3PNV A; 3F8M A; 2K3F A; 1MH4 A; 2R7O A; 5EG0 A; 4Y3O A; 5HS8 A; 1FC3 A; 2IP2 A; 4N9I A; 3OSG A; 3MMY B; 3IH3 A; 2IBD A; 3KZY A; 4AWX B; 4BKX A; 1HSJ A; 3BG5 A; 1IO2 A; 2FQ3 A; 2XAU A; 2DFF A; 5LHG A; 3OV8 A; 1JGG A; 4XBF A; 3J81 K; 1TQP A; 1WJE A; 2TCT A; 3VEP A; 2HVR A; 3HPH A; 2LF8 A; 4CYD A; 1T6S A; 1FBS A; 4P9U A; 4UB8 C; 4XLE A; 5E3M A; 2H8R A; 2ZNZ A; 4FT8 A; 2GLO A; 2QGU A; 5GTH C; 2EIN H; 4A3M J; 3BR3 A; 4KIC A; 2F4O B; 1BL0 A; 3QOD A; 1YIT I; 5AIQ A; 1XGS A; 1HDD C; 4C30 A; 5DM6 F; 1EJ9 A; 1AOY A; 1J9I A; 3ERM A; 2CU7 A; 3CDH A; 3MKL A; 4A2U A; 4BE1 A; 1LB2 A; 1F9N A; 3K4L A; 4ASN A; 1XCV A; 3A0H C; 2GOM A; 2CQK A; 4JX4 A; 2YS9 A; 1BI0 A; 1R5I D; 2F48 A; 4JBA A; 5C3E J; 1YRN A; 1ETX A; 4TV7 A; 4Z6Y A; 2RC4 A; 4E7I A; 4C2T A; 1KYW A; 3EUA A; 2E1O A; 1Z7L A; 3HEF A; 4NQW B; 4Q4Z F; 3MCZ A; 2DOE A; 4ENK A; 4EM0 B; 1DGW Y; 2IXS A; 2OCC H; 3MKZ A; 2EQR A; 1W0U A; 4BHP A; 1VI0 A; 4WX9 A; 5EZG A; 2FNP A; 5ICG A; 5KVR A; 1Z21 A; 2EPF A; 5A2Q Z; 1ITY A; 5JLW A; 3J7Y J; 5ED4 A; 1TQM A; 4N4O B; 1MBJ A; 4H4K C; 1GLN A; 2QEX I; 2LKS A; 3CF5 F; 2VKE A; 5DUK A; 1YQA A; 1JI8 A; 1IUF A; 4B8X A; 2BXY A; 3C2B A; 2DT6 A; 2P4W A; 2QF7 A; 4HX7 A; 3FBN B; 3V7C A; 1VQL I; 2L9S A; 4F52 A; 1V55 H; 3DLA A; 3HG9 A; 5EG0 B; 4M73 A; 3B02 A; 5J40 A; 2M7B A; 1X1B A; 1F5T A; 3WE3 A; 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