The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
47
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sequence length |
129
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structure length |
127
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Chain Sequence |
LFDEVVGAFLKGDAGKYQAILSWVEEQGGIQVLLEKLQSGGLGAILSTWLSNQQRNQSVSGEQLESALGTNAVSDLGQKLGVDTSTASSLLAEQLPKIIDALSPQGEVQANNDLLSAGMELLKGKLF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
hypothetical protein S4005
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| publication title |
Structure of YidB protein from Shigella flexneri shows a new fold with homeodomain motif.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Shigella flexneri 2a
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| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| total genus |
47
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| structure length |
127
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| sequence length |
129
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-03-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | YidB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Z67 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1E17 A; 1XGM A; 2GIZ A; 3LSJ A; 4B3A A; 1HCR A; 5FKL A; 2FRH A; 1ZQ3 P; 4HRI A; 2XV4 S; 1HKQ A; 2VKD A; 4XLE A; 1SAN A; 2HQR A; 5E3O A; 1GXQ A; 5DV5 A; 1X3Z B; 5JVG F; 2L7Z A; 1ZLJ A; 2GA2 A; 2OQG A; 1ETQ A; 3ECH A; 3H35 A; 2KPM A; 1NG6 A; 2A68 F; 2R3S A; 2GQQ A; 1WHU A; 3IRQ A; 2M8G X; 2LRD A; 3I58 A; 3FBN B; 4A5M A; 1T98 A; 2PMH A; 3A02 A; 1UST A; 2X6W A; 4XSZ F; 3EYI A; 4F7Z A; 4BE0 A; 3RJP A; 3DCF A; 1PYV A; 3VOE A; 1S5L C; 3QU3 A; 2TCT A; 4E7H A; 2QBY B; 4P9F A; 2IAI A; 3O2P E; 4BY1 J; 1IXC A; 3CUQ C; 2X1D A; 2E1M B; 1S7E A; 2DDA A; 1D5V A; 4B09 A; 5BPI A; 1IC8 A; 1F5T A; 4EM2 A; 1D3Y A; 5K7F A; 4GDF A; 4HF1 A; 2VOP A; 1Z9C A; 3GF2 A; 4RBO A; 2F5C A; 3M8E A; 2ZXW H; 3CMM A; 4F3Q A; 4IOA F; 2FF4 A; 1WGX A; 2XSD C; 1FTT A; 1VQN I; 2HOT A; 4RM3 A; 2H8W A; 1K78 B; 2XC7 A; 1SC7 A; 4IHV A; 2R7U A; 5F08 A; 2BOL A; 3IWZ A; 4B4C A; 4Z2Y A; 3A0B C; 3PSF A; 4RAZ A; 1DPR A; 4U7D A; 1I6X A; 5EDN A; 3TKY A; 5DM6 F; 2R5Z A; 2Y31 A; 1O57 A; 3H92 A; 4A2U A; 4B3X A; 2OCC H; 3A01 B; 4C2U A; 4AUX A; 2EIN H; 1OIS A; 4O3M A; 1HLV A; 1XCB A; 3P9K A; 1YI2 I; 1SFK A; 1H9T A; 1CGP A; 4M3G A; 2Q2E B; 3BQZ A; 1HBX G; 3TW6 A; 4Y33 A; 2CW0 F; 3L9F A; 2H1K A; 3OYI A; 3GYH X; 1HW1 A; 1BJA A; 3DBH B; 5LGT A; 1YIT I; 1XMK A; 1CF7 B; 5FRM A; 3OMY A; 2HDC A; 3OIQ A; 2KIQ A; 3CP2 A; 2DMQ A; 4RGR A; 3SFZ A; 2OCE A; 2F4O B; 1FX7 A; 1ZGA A; 1WSU A; 2GBY A; 1XSX A; 4RDU A; 5JHF A; 2FQ3 A; 2CJJ A; 3RPQ A; 2PMU A; 1OCR H; 3ABU A; 1GDT A; 3ABK H; 1IO2 A; 3FZV A; 2A6T A; 4BHB A; 2ZJR F; 4M72 A; 2X1E A; 2PX9 A; 3F3X A; 3FKI J; 3HG9 A; 3WGH A; 1ERD A; 1A36 A; 4WF2 A; 3ZQG A; 2O9L A; 2QSH X; 3BR1 A; 2ZME A; 4RA2 A; 2BYV E; 4LB5 A; 1GHC A; 2YS9 A; 1EA3 A; 4XM3 A; 5IP6 A; 2W4S A; 1U6G A; 4E4H A; 2WC2 A; 3KLO A; 3HBL A; 3WGI A; 1YO5 C; 1XS9 A; 3CJR B; 1G6N A; 1FP1 D; 2OZU A; 2CW7 A; 2R93 J; 2G0E A; 1R22 A; 4IX7 A; 5ILS A; 1B72 A; 5E1X A; 2NS0 A; 4ESJ A; 1JTX A; 2XVC A; 2YSR A; 4YFK F; 1R1T A; 3E7L A; 2K85 A; 2HZT A; 2RRE A; 5LEK A; 2K40 A; 4BL0 B; 4J19 A; 4Y15 A; 4DQ2 A; 2XF6 A; 4UUT A; 3ROU A; 2CQN A; 2DW4 A; 5TIS C; 2QEX I; 4A12 A; 4RMN A; 3CMA I; 1LFU P; 3OYH A; 1OR7 A; 2RV8 A; 3K70 D; 4CCM A; 2X48 A; 2DA1 A; 1BIA A; 2LF7 A; 2G7U A; 4RLQ A; 2LK2 A; 3MVP A; 3ZQL A; 2EFW A; 3RCO A; 3HRS A; 2HEO A; 4LG0 A; 4LLL A; 5J8F A; 4U0Y A; 5BQT A; 4NC6 A; 3L2R A; 5E17 F; 4E7Z A; 2BVL A; 3ZMT A; 2L9N A; 2EBI A; 3ZP5 A; 2RNG A; 1W7P D; 5J6X A; 3MFK A; 3FX3 A; 2PN6 A; 1ORK A; 1FIA A; 1HOM A; 3CF5 F; 2EIJ H; 4B47 A; 1QO0 D; 1U2W A; 2DA4 A; 1C0W A; 2D2W A; 3ERM A; 4AM3 A; 1EH7 A; 1MND A; 3H3U A; 2CUJ A; 2DFI A; 3AL0 C; 3ZMU A; 3DQV C; 3OYN A; 1OCZ H; 3FWE A; 5K7H A; 1JT0 A; 2V1D A; 4Y4R A; 2JVG A; 2Z33 A; 4ZH4 F; 2J5O A; 2TRT A; 4BQQ A; 4BH9 A; 3LQQ A; 1Y1V J; 4I02 A; 4YII A; 3U1K A; 2CV1 A; 3LA2 A; 5HDK A; 4L5J A; 3FM3 A; 3SEQ A; 2EV5 A; 3OYC A; 3K2A A; 2WV1 A; 3PO3 J; 1X1A A; 1IF1 A; 4IXA A; 3OYG A; 1YRN B; 1SEU A; 2WV0 A; 1OCC H; 4HF2 A; 1U5T A; 1E2X A; 2E71 A; 1R71 A; 1KU9 A; 4HBL A; 1YIO A; 4M3F A; 3RZD J; 1QPM A; 5IT9 Z; 3FHZ A; 2O8X A; 4C3I J; 4ZDP A; 3ZPL A; 2VJJ A; 4L9V A; 2M8E A; 4RGS A; 3JAM K; 1N77 A; 2LLK A; 3BT9 A; 4KJZ A; 1FMW A; 5ILV A; 3K4C A; 3W2A A; 4HOB A; 1GLN A; 3CLQ A; 5IYC J; 1ZLK A; 3F21 A; 2K7L A; 3LNQ A; 2B7E A; 4D7M A; 2XAQ A; 2DQR A; 1BA5 A; 1MBF A; 2DA6 A; 1OMI A; 1ON1 A; 4XMY A; 2R0Q C; 1LFB A; 2PMZ N; 4G8X A; 4A5N A; 1D1C A; 2HNH A; 3DBL B; 1CQT A; 4Y52 J; 4F91 B; 2H6C A; 4ESF A; 1X19 A; 2FSW A; 2L7K A; 5E1Z B; 2KZG A; 2H8R A; 3C3W A; 1TQP A; 1EJ9 A; 2HQA A; 2BXZ A; 3RDI A; 3E5Q A; 1JUP A; 2ESN A; 4MEY F; 1R23 A; 5H6R A; 4IHS A; 1V5E A; 2EZH A; 4XKV A; 3L2W A; 3VYT B; 3BG7 A; 1VTN C; 2M0M A; 1WI3 A; 2P5K A; 4OIP F; 2XF5 A; 3SZP A; 2KKO A; 3BQY A; 2ADU A; 2L01 A; 5JI6 A; 3CCR I; 4II2 A; 1H9G A; 1YG2 A; 4HDV A; 3D5S C; 1OYI A; 2E7X A; 2O03 A; 3M8F A; 1QVT A; 2V79 A; 5BPD A; 3BP8 A; 1WJF A; 4CHU A; 2VKV A; 1IDZ A; 3IH4 A; 4PZJ A; 2DYS H; 4MLO A; 2VQL A; 2JA8 J; 2LF8 A; 5LFA A; 4X6A J; 1S9H A; 3R6S A; 3BR6 A; 1ON2 A; 1MJB A; 2CS3 A; 1A6I A; 1NTC A; 2P4W A; 1G3Y A; 3KEY A; 3ZMS A; 3JSO A; 3FF5 A; 4DNC A; 2XF7 A; 1P4W A; 2R7O A; 3OYE A; 4UVC A; 4IHT A; 1JTY A; 2XDV A; 4G94 A; 2ELJ A; 1WH7 A; 3ML6 A; 3E5U A; 2HKX A; 1TZL A; 3ZN1 A; 3IRR A; 2R7Z J; 2IS1 A; 1SVM A; 3MAJ A; 3AL0 B; 4BUP A; 2L0K A; 3T5X A; 1ZHF A; 1FJL A; 3LMM A; 4LD5 A; 3LAP A; 1X4P A; 2QZ8 A; 2ELK A; 4LFU A; 4ENJ A; 1NK2 P; 1P4X A; 3A01 A; 4M9S A; 4YFN F; 2JRT A; 1RIO H; 3GEZ A; 3CQZ J; 4CXF A; 4EV0 A; 3TO6 A; 3OV8 A; 4IHX A; 5FD5 A; 4CGZ A; 3TP0 A; 1U8B A; 3CCE I; 2MA3 A; 2YX4 A; 3CMY A; 2XGC A; 4FT8 A; 1F1Z A; 1IXS B; 3WU1 B; 2K4J A; 1Z7L A; 3TDZ C; 3Q0V A; 2DFF A; 4BXU A; 5KHD A; 4A3J J; 4EJT A; 2M0C A; 2M7B A; 2EZL A; 4O5V A; 1LDK B; 3IAS 2; 3E6M A; 1KYW A; 1G2H A; 3HGG A; 1VF9 A; 2AXT C; 2DOF A; 2X9D A; 5EJC A; 4YRV A; 1Z67 A; 3WHB A; 1SMY F; 4V2G A; 4M3B A; 4OU0 A; 5IOZ A; 2R92 J; 2EFO A; 2A5W A; 2VT3 A; 4XLN F; 2L7M P; 3C18 A; 4II3 A; 3I3L A; 4UV8 A; 5EEG A; 2L54 A; 1MBK A; 1Z7U A; 5E79 C; 4C3H J; 1F43 A; 1R00 A; 3U2R A; 3CDI A; 1S29 A; 2WB1 N; 4Y17 A; 5HOO A; 4I09 A; 4U7B A; 2DMU A; 5EF6 A; 2JZY A; 2VBX A; 2E7W A; 2E60 A; 3HKZ A; 4NNJ A; 5H2F C; 1W5T A; 4AIJ A; 3H0D A; 5FLM J; 4KMF A; 4A3B J; 3W6K B; 4UUS A; 2LKX A; 2FNP A; 4HNV A; 1IJW C; 2DOA A; 2Y0S N; 5K7Z A; 4A3G J; 3CCL I; 4RB1 A; 5D4S A; 4P96 A; 4O6J A; 2CRG A; 2FA5 A; 1VQ9 I; 5HLT A; 2QKM B; 2XGX A; 4QPQ A; 1IN7 A; 1VZ0 A; 3P9I A; 2E2H J; 4KDP A; 2CFO A; 4HLX A; 3WG7 H; 1G8X A; 2OU2 A; 3S1R J; 5FRN A; 1K79 A; 2QA4 I; 1SD6 A; 2BV6 A; 1K6Y A; 2HU9 A; 1SFX A; 1JHF A; 5KVR A; 2ELH A; 3OR1 C; 1YJN I; 2FML A; 2L5Q A; 3BR3 A; 2RQP A; 1UMQ A; 1RKT A; 1XTA A; 5AIP A; 3HEF A; 4UVB A; 2JPC A; 4ENN A; 2VQC A; 2IGM A; 4OAZ A; 3HTS B; 4ZYD A; 4KN7 X; 3EUH C; 1Z6R A; 3K70 C; 2IGK A; 4XKW A; 3CUQ A; 2DJN A; 3MKZ A; 1PP7 U; 2LH9 A; 2IXS A; 2ZC2 A; 1EF4 A; 3AG2 H; 3F8C A; 3JRH A; 3W6V A; 4KIS A; 4OIN F; 1WH5 A; 3QP5 A; 2M3A A; 3WE2 A; 3DTI A; 1JHH A; 4LK1 F; 1STZ A; 3VSK A; 1KZH A; 1IRF A; 3BCA A; 1V54 H; 2GXG A; 1IRZ A; 3GME A; 1AHD P; 2HFH A; 1O7L A; 2QEN A; 1X3U A; 2K5C A; 4ZZL A; 1D8K A; 3M1E A; 3TDU C; 5IT3 A; 5C3E J; 1MDM B; 2DFH A; 2XB5 A; 3VDX A; 3S15 J; 3G2B A; 2BVM A; 5HS9 A; 2Z2S B; 3DLL F; 2Y2Z A; 1U0J A; 5DCM B; 4UUV A; 3GZN B; 1V5F A; 2OA4 A; 4BEH B; 1H0M A; 2PLY A; 2NVY J; 1YYV A; 1LE8 A; 3HZJ A; 4M73 A; 2EH3 A; 2ID3 A; 3FIW A; 4QWQ A; 3DTE A; 2P7C B; 3BC8 A; 3P9C A; 4A3M J; 2Z16 A; 3MMY B; 2XAJ A; 3DP7 A; 4WX9 A; 3T8R A; 5E3M A; 1I6H J; 2OJE D; 3F8B A; 1TWF J; 5F27 A; 4J01 A; 4LIU A; 1ZAO A; 4EMS A; 4XRS G; 5A2Q K; 1RNL A; 2CV0 A; 4LLG F; 1VQ5 I; 1MMN A; 3F0C A; 2YUS A; 5C4X J; 4Y13 A; 1N75 A; 2CV2 A; 1TT5 B; 2XRL A; 4PGH A; 3CC2 I; 5LHG A; 1N25 A; 1IW7 F; 1K4T A; 3OYA A; 4OIO F; 4BQO A; 1FYL A; 4IRG A; 2WA0 A; 3FMS A; 3JRD A; 3VB2 A; 5LRS A; 2WAE A; 1GVD A; 1T0F A; 1T95 A; 2CW8 A; 2QLZ A; 5JVT A; 3KE2 A; 4L5E A; 2CQK A; 2B63 J; 2VB6 A; 3IAM 2; 3KEQ A; 3H5R A; 2VOD A; 3GTJ J; 1MBJ A; 2CO5 A; 3H36 A; 2DBB A; 5HNF A; 1LUJ B; 1WJD A; 3SZT A; 2LG4 A; 1JUS A; 2Y48 A; 4XLA A; 3QPH A; 5H20 A; 5HLI A; 5LHI A; 4D5F A; 1ULY A; 5CQE A; 3CCM I; 4FHT A; 2G9W A; 4B8X A; 4IL6 C; 3E97 A; 1FNN A; 3I9V 2; 1UHS A; 1XMA A; 1DPU A; 3WTW C; 2GXB A; 1UEL B; 3DFG A; 4CCJ A; 2OC6 A; 1ZRC A; 3HSR A; 3GW2 A; 1U9O A; 2LRE A; 4I98 B; 2CSO A; 3JAM Z; 1Y6I A; 1B6A A; 2LBF A; 4YFX F; 4DZJ A; 2K4B A; 2IPQ X; 4BHP A; 2IRF G; 2JK3 A; 2LTP A; 4MTD A; 4M6X A; 2ZO4 A; 4R1H A; 1RES A; 1J5Y A; 3FK7 A; 1XC5 A; 4A3K J; 3M07 A; 3GTM J; 1SFO J; 4C2M J; 3GTG J; 3QWL A; 1OJL A; 1RET A; 5DD4 A; 3VOD A; 4ENM A; 2W00 A; 2WAQ N; 1POG A; 3GFJ A; 5LHH A; 5J1U A; 2E2I J; 2O0Y A; 2OF7 A; 1VQM I; 3FXO A; 4Y7N J; 1BIB A; 4S0H B; 2WY7 Q; 3JRE A; 1GVJ A; 1Z05 A; 5KCM A; 3CCU I; 3IC7 A; 2B0L A; 3V7S A; 1FBS A; 2ME0 A; 4HV5 A; 1T39 A; 5K5O A; 4BHC A; 1IV6 A; 1FZP B; 2EFQ A; 2VXZ A; 1AKH B; 2VBW A; 2XKP A; 3K1M A; 1MJ9 A; 4EGY A; 2V9P A; 1W7P B; 3T1B A; 2ZJQ F; 2CQ7 A; 2I8D A; 3D1N I; 3PUF A; 1BI2 A; 5F1J A; 1BBY A; 2EJR A; 2W25 A; 3W2V A; 5DEQ A; 3KYL A; 3NRV A; 3E0J B; 3J7Z I; 1JGG A; 1D8J A; 2FEZ A; 2MH9 A; 5GP9 A; 2XIG A; 3F9K A; 4CDG A; 1QVU A; 2NOJ B; 3H3Z A; 1SAU A; 3SHF A; 5M5W J; 1R58 A; 1WI9 A; 3BR5 A; 4L9N A; 1MSF C; 1BI0 A; 2JA2 A; 5GTI C; 4HX7 A; 4EQQ A; 2UZK A; 1QPI A; 1XGN A; 4GRI A; 3HOV J; 2XAU A; 1Y8R B; 3BPX A; 1RRJ A; 1OYY A; 4XR6 A; 2G7H A; 5EEA A; 4FCY A; 2FU4 A; 1WRJ A; 3IKT A; 3HPH A; 2RC4 A; 1D1B A; 2RDP A; 2X6Y A; 4G9Y A; 5D5U B; 1FEX A; 2O61 A; 2P5V A; 2VBZ A; 2R7V A; 3K2Z A; 5GAE J; 4CYC B; 4KT6 A; 1Y8Q B; 4HW0 A; 4KIG A; 2A07 F; 4CCO A; 5GAG J; 2BY2 A; 1XSD A; 2A6H F; 1HXD A; 4UXN A; 3AG4 H; 5F0F A; 2RNJ A; 1S72 I; 3HSE A; 3J81 Z; 3B6A A; 1R5I D; 3ISP A; 3I53 A; 3ZXS A; 2HYF A; 1X2N A; 1FP2 A; 2XKO A; 1DGW Y; 4G6D A; 4XSX F; 3IV5 A; 3BPV A; 2ZBK A; 2OAZ A; 3LSI A; 1X1P A; 2O3F A; 1WJB A; 2XAG A; 1WWX A; 1QQI A; 5FLV A; 3PQJ A; 3AAF A; 4U88 A; 1FSH A; 3SFI A; 4JX4 A; 2W82 A; 3TP3 A; 2R5Y B; 3C7J A; 4RAF A; 3CES A; 5GAH J; 4PSX A; 2A5Y B; 4XID A; 3BJ6 A; 2E1C A; 2EZI A; 2WY8 Q; 2GA1 A; 2JMW A; 1IUY A; 3MQ0 A; 4HX4 A; 2IS2 A; 2JWT A; 2KJB A; 4PFP A; 2L4M A; 2CMP A; 4P5O A; 2V1N A; 5FFX A; 1QU3 A; 1QZE A; 2JJ7 A; 1XGO A; 3TBI A; 3IL2 A; 2IGO A; 1FPQ A; 1IXR C; 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