The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
47
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sequence length |
129
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structure length |
127
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Chain Sequence |
LFDEVVGAFLKGDAGKYQAILSWVEEQGGIQVLLEKLQSGGLGAILSTWLSNQQRNQSVSGEQLESALGTNAVSDLGQKLGVDTSTASSLLAEQLPKIIDALSPQGEVQANNDLLSAGMELLKGKLF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| source organism |
Shigella flexneri 2a
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| publication title |
Structure of YidB protein from Shigella flexneri shows a new fold with homeodomain motif.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
hypothetical protein S4005
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| total genus |
47
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| structure length |
127
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| sequence length |
129
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-03-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | YidB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Z67 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1FZP B; 4ANJ A; 3M4O J; 1MBF A; 2DQL A; 2ZFU A; 1QRY A; 2DFI A; 3IP4 B; 4RS8 A; 3LL7 A; 1HA8 A; 4TV7 A; 1J0R A; 1U5T C; 1Y39 A; 2QSH X; 5F08 A; 2PBI A; 3K4L A; 4JK1 X; 4LIT A; 3KP3 A; 2I5U A; 1NG7 A; 1TT5 B; 2M30 A; 1HCR A; 1MW7 A; 4EJW A; 3E97 A; 1JUP A; 2V9P A; 3A03 A; 3IC7 A; 1EF4 A; 3HTU A; 3ZQH A; 5EJC A; 3AFH A; 4PDK A; 4UV8 A; 1ZLJ A; 4HF1 A; 1QBJ A; 4CSW A; 3ONQ A; 2M4K A; 2FBH A; 4ZDP A; 1YRN B; 4M3E A; 1SFE A; 3NRV A; 4XKW A; 2JVG A; 1JJ6 C; 1UST A; 3JCU C; 3IWF A; 3P5J A; 3EYI A; 1SD5 A; 2YX7 A; 1X1B A; 4LMY A; 1LJ9 A; 1IAW A; 2OA4 A; 4KA4 A; 2DW4 A; 4MNU A; 3NAU A; 1VQ5 I; 3QYB A; 2MFZ A; 3HKZ N; 3L00 A; 3BG3 A; 5IT3 A; 5FLM J; 1KYW A; 1RI7 A; 2P7C B; 4OMY A; 2XPU A; 1TW3 A; 2DTR A; 2WB1 A; 2L9V A; 3ZCO A; 1MH3 A; 1OLT A; 4QLC U; 1QQI A; 1A6Q A; 1FSH A; 5CKT A; 4KT6 A; 1VQ9 I; 3H1C A; 4HDU A; 2MC4 A; 1BJZ A; 2DMT A; 3JRH A; 1ZG1 A; 2HYF A; 1X2N A; 1W7P A; 1BR2 A; 1R6R A; 4YFN F; 2Z1D A; 5E3L A; 2NAZ A; 1NK3 P; 1GVJ A; 1SD6 A; 2F48 A; 5FD5 A; 1V4R A; 2Z16 A; 3OYG A; 2L7M P; 3CMY A; 1WJE A; 2L7Z A; 2WY7 Q; 4YFX F; 4ESF A; 3OV8 A; 2VT3 A; 2KLO A; 4QPQ A; 4CCO A; 3LSP A; 2IJL A; 1M1E B; 1SC7 A; 2L4A A; 3LA7 A; 3OS2 A; 4BNC A; 1TQP A; 2ZJR F; 4A3G J; 2COB A; 4LK1 F; 1EH7 A; 2R7F A; 1ZN2 A; 1ETV A; 1STZ A; 2Q1Z B; 2RNG A; 2I8D A; 1PDN C; 2YU3 A; 3FXO A; 4G9Y A; 2HNH A; 4A5M A; 2ISY A; 3HOV J; 5FB2 A; 1VQL I; 3RSN A; 2Y69 H; 1RET A; 4Z2Y A; 4OIN F; 2DA7 A; 3BT9 A; 3B6A A; 4GYG A; 2VIX A; 2F4M B; 2RNJ A; 1R1V A; 2Z5U A; 3FM3 A; 2K40 A; 1W36 D; 2FU4 A; 3ZQI A; 5B66 C; 4CUG A; 1YI2 I; 1D0X A; 1RIO H; 2ECB A; 2PFB A; 1WHU A; 4KNY A; 5TGT A; 3BTC A; 2QLZ A; 3ZMS A; 3QRF F; 1TW2 A; 1VFC A; 3IKV A; 4BBR J; 4ZZL A; 5F0C A; 2CFO A; 5B3S H; 2QVO A; 4AM3 A; 4KUM A; 3MD2 A; 2EZH A; 1S8N A; 4IQJ A; 2WV1 A; 4F3Q A; 3JAM K; 3JAM Z; 4KYW A; 4O5V A; 3NWS A; 1LDK B; 4K2E A; 4WXC A; 4JX4 A; 2JPB A; 2VQL A; 4HV6 A; 2ELH A; 2AS5 F; 3S1M J; 3CC2 I; 2ZC2 A; 3ERM A; 1GXP A; 4Y33 A; 2HDD A; 2BW3 B; 2PG4 A; 3RKY A; 1ITY A; 4L18 B; 5LHG A; 4C2M J; 2ZJ2 A; 2X1D A; 1HDD C; 1VI0 A; 1D5Y A; 1S3J A; 2CQK A; 4A3L J; 3LNQ A; 4HLY A; 1E3O C; 1X1D A; 2GAU A; 4FHT A; 5L3F A; 4WK8 F; 5E1Z B; 1TP4 A; 3VSK A; 3OIO A; 3LA3 A; 4RB3 C; 1U2W A; 3EET A; 5K1Y A; 1NTC A; 3K6G A; 3HOY J; 3KLO A; 1IW7 F; 1KU9 A; 2BY1 A; 1Z91 A; 3MKY B; 4JBA A; 1FIA A; 1OKR A; 1FPQ A; 5LLQ A; 1JKR C; 2OD5 A; 2H6C A; 3CJQ B; 4Q4Z F; 2R7V A; 2WB1 N; 3FX3 A; 1YJW I; 2M45 A; 3C1D A; 2AQE A; 1I3A A; 1YE9 A; 1IUF A; 2C6Y A; 1FOW A; 1KQ0 A; 3PSF A; 1RRJ A; 1TWG J; 1Z3Y A; 5K7Z A; 4MEX F; 1HOM A; 1OCC H; 1O7L A; 1V54 H; 4AID A; 2HQR A; 1IJW C; 3SHF A; 5KK1 A; 3QPL A; 3N4M A; 3RPU D; 2PJR B; 4R1H A; 2BXZ A; 4LG0 B; 2VC1 A; 4IL6 C; 1CF7 B; 4DYR A; 3HOS A; 3U9G A; 3G73 A; 2VJJ A; 1CQT A; 2V79 A; 4IHW A; 2B7E A; 2IBD A; 2AHQ A; 5F0H A; 5ED4 A; 4XRS A; 1LB2 A; 1T8I A; 4WXD A; 2DK5 A; 5LFA A; 3SZP A; 2EZK A; 3G1O A; 2V7F A; 1QZE A; 5KAF C; 3CJN A; 3AAF A; 2MBF A; 1ACI A; 2DPD A; 3IWZ A; 5K5R A; 4KDP A; 1U0J A; 3FBI B; 4PZJ A; 4LLG F; 3BPV A; 1Y6I A; 1R4M B; 3HRT A; 4S0H B; 3N97 A; 4CHU A; 3FDY A; 2E35 A; 4LK0 F; 2STW A; 1BI1 A; 3JRB A; 3WOD F; 2GZW A; 2MGQ A; 3CJT B; 3HHH A; 1MNE A; 4FET A; 4OIR F; 3VOD A; 1J09 A; 2AXL A; 3QPT A; 3GEZ A; 2MG4 A; 1O7F A; 2P6S A; 1TZL A; 1B8I B; 1BIA A; 4X1E A; 2W1O A; 3J81 K; 1KQ9 A; 2A69 F; 1EKE A; 1WJC A; 4OWR B; 4A3D J; 3EUA A; 3OMY A; 5FKO A; 4EJU A; 1FBQ A; 5IPA A; 4EJV A; 2L7F P; 2ID3 A; 2H1L A; 3SDB A; 1GT0 C; 2EV6 A; 2NXN B; 3ASN H; 1FJL A; 1CGP A; 2VBW A; 3RKQ A; 3TGN A; 2K4J A; 1P2F A; 1OQY A; 4ESB A; 4NDL A; 1LUJ B; 1WSU A; 4AYB A; 3TBI A; 4C2U A; 1WZ2 A; 3RI4 A; 4HNV A; 1WGX A; 1TT0 A; 4E6K G; 3EDP A; 3LSG A; 2LKP A; 3HZJ A; 1MDM B; 2A5W A; 3KEY A; 1B72 A; 1F36 A; 2PI0 A; 1RUN A; 1KA8 A; 5IP6 A; 4XID A; 3VOE A; 2EFN A; 1TWC J; 2FML A; 2IPQ X; 2F5D A; 4DW6 A; 4HX7 A; 4WX9 A; 5IOY A; 2W00 A; 4BH9 A; 1N78 A; 1JUM A; 3WTW C; 4FAS D; 2CG4 A; 3H9J A; 4L0Y B; 2EA2 A; 4L5J A; 4M9Z A; 4LLN A; 5D6E A; 5D8L B; 3L2W A; 2QQ8 A; 5HS9 A; 1Y0U A; 1KYZ A; 3HSF A; 5FJ8 J; 1R5H A; 2KRH A; 2XHK A; 1REP C; 3CUO A; 2XPW A; 4BQN A; 2DA6 A; 4RAY A; 3PNV A; 1R22 A; 3BPX A; 1U9N A; 3E3V A; 4PFO A; 4AC0 A; 2LH9 A; 3FK7 A; 1K79 A; 1WH7 A; 4W97 A; 2STT A; 2OBP A; 4P96 A; 2DJN A; 2XGX A; 4I09 A; 2YU9 J; 3K0L A; 1XMA A; 2DCE A; 1MBE A; 2TRT A; 2K3F A; 1B4A A; 5CPR B; 3HEF A; 2V26 A; 3IRQ A; 2F4O B; 3J7Y J; 3L2Q A; 2HR3 A; 5M5W J; 4IHX A; 5D5U B; 3FKJ A; 4KIT B; 4X6A J; 1ZG5 A; 1ODD A; 4M6V A; 2DA2 A; 4GYI A; 3D5R C; 2DYR H; 4M9X A; 4HRI A; 1A31 A; 1X4P A; 3KX2 A; 3F3X A; 2PMU A; 4HSR A; 2Q2E A; 1YG2 A; 3DFG A; 3IAS 2; 2QSG X; 1WJF A; 5GP9 A; 2Y9Z A; 2HOE A; 4MQV A; 5K7F A; 2EH3 A; 2EV0 A; 2D5V A; 2W7N A; 3JRD A; 2EA4 A; 4PJJ A; 1YW8 A; 3KEO A; 4HNU A; 2QGU A; 3HIF A; 4CYD A; 4CZC A; 3H0D A; 1JGS A; 2B0L A; 2KIU A; 1Z7U A; 4XMY A; 4ZYH A; 2E1M C; 2HXI A; 2FD5 A; 2K27 A; 3MKL A; 4A12 A; 2IGM A; 1FOK A; 3OYM A; 4ENM A; 2JA5 J; 3MCZ A; 4XIC A; 4MHG A; 2KRF A; 3LAP A; 1AU7 A; 1WJA A; 2HWV A; 3EUK L; 3BZK A; 4M9S A; 3ZMU A; 4Z6Y A; 6PAX A; 5CVR A; 1DP3 A; 4AYB N; 5KCM A; 3WGI A; 1H89 C; 3ZR8 X; 3I3L A; 1QPM A; 1UB9 A; 3LSK A; 2D1H A; 2M9H A; 3PM1 A; 1RR7 A; 1I1G A; 3FXR A; 2XUB A; 3ZMD A; 3L9F A; 2ADU A; 3OR2 C; 2NS0 A; 1ONV A; 2XAU A; 3S2W A; 2XF6 A; 5FRN A; 4C3H J; 2O8K A; 1I3Q J; 3VFZ A; 2HQA A; 3WG7 H; 2JSC A; 1OYI A; 4U87 A; 1SAU A; 4RGU A; 1O3Q A; 5D5V B; 5EF6 A; 1XGO A; 3CCV I; 5JHU A; 1S9H A; 1ZG3 A; 2VBX A; 5FKM A; 1YRN A; 3I53 A; 3GLX A; 4G94 A; 2BVL A; 2X4H A; 3HSE A; 2R7X A; 3QPS A; 3MZ8 A; 2A5Y B; 1RPW A; 3ABM H; 3CCS I; 3CTA A; 1FBU A; 2CW0 F; 1DQU A; 2WAD A; 2ICW G; 3K2Z A; 2UV1 A; 3TP0 A; 4AIH A; 2OZU A; 2LBF B; 3DKX A; 3DU5 A; 3LQQ A; 2W48 A; 4IEJ A; 3L2U A; 2KDZ A; 3IKT A; 3AG3 H; 3V4G A; 3GFL A; 3L09 A; 5E1X A; 3LAJ A; 1T33 A; 3CLQ A; 3F8N A; 2DTZ A; 3K4K A; 2DJI A; 5HVQ C; 1Y56 A; 5EYR A; 2QKL B; 5ILS A; 5GAD J; 1XDS A; 1UCR A; 2BY2 A; 2MA3 A; 4S05 A; 2HOT A; 1Y8Q B; 3IH2 A; 1ETW A; 4G7O F; 4BY7 J; 4A3C J; 2YPR A; 3UKG A; 5AON A; 2MH9 A; 2EIJ H; 3ZQG A; 2XVC A; 3R6S A; 3B6C A; 2W24 A; 4BXU A; 1U5T A; 2H27 A; 5JI6 A; 3GXO A; 3R61 A; 4XLA A; 3BQZ A; 3G4S I; 3CUQ B; 3ZP5 A; 2NVQ J; 2XDV A; 2A6T A; 4DZJ A; 3M3Y J; 4I7H A; 1JT6 A; 2CUF A; 2IS4 A; 3BR2 A; 1R4N B; 2DT6 A; 4OMZ A; 5TRD A; 1DU6 A; 2WC2 A; 1FIP A; 4KJZ A; 1POG A; 3MKZ A; 2P81 A; 3F8M A; 4E4H A; 2V1U A; 2BE5 F; 1YS6 A; 4OIO F; 2V4J C; 4XKV A; 3PL8 A; 4HBL A; 4A69 C; 2VQH A; 1GVD A; 1YX5 A; 2QF7 A; 3W6J B; 3LSI A; 4XLC A; 4AU7 A; 1W5C C; 2CV1 A; 3OYK A; 4MFD A; 4M6X A; 4BJ5 C; 1T98 A; 4AIK A; 1KZH A; 1V5E A; 3M7G A; 1YJ9 I; 2YSR A; 1HKS A; 3Q0U A; 1ZAR A; 5HLH A; 2DDB A; 3KE2 A; 3WTX C; 2EV5 A; 2OV7 A; 3ELK A; 3BOQ A; 3S2H J; 5DCF A; 4KT5 C; 4QTR A; 1R9T J; 4L9J A; 1SMT A; 3LWF A; 3F6V A; 3A02 A; 4CIC A; 4E7H A; 3AG4 H; 4U0W A; 1VF9 A; 1J75 A; 1XS9 A; 3KP4 A; 3JRI A; 4D0P A; 3E6M A; 2O5R A; 3DBL B; 4B1R A; 2DOF A; 3BC8 A; 2NRA C; 4FX0 A; 1QPI A; 2FJ1 A; 3RCO A; 4ZYA A; 2CWE A; 3H3U A; 2E36 A; 4PJM A; 2M2E A; 1LDJ A; 5ICC A; 2PJP A; 3DBH B; 1B72 B; 2CUJ A; 5LGU A; 3HOX J; 5EGO A; 1F1Z A; 3DLL F; 2VLA A; 3I64 A; 2VN2 A; 1D1B A; 1XSX A; 1K61 A; 2EFQ A; 4ON0 A; 2RGV A; 4NQW B; 2JK3 A; 1DGR M; 1ON2 A; 1D1A A; 1X4O A; 1MH4 A; 2DDA A; 4RDU A; 3JRE A; 4E7J A; 3KP6 A; 2JUG A; 1NH3 A; 1X1C A; 2IAI A; 4CYC A; 4A0Y A; 1IRX A; 1BC7 C; 4GXO A; 3ZQF A; 3H35 A; 3RPU A; 3E6C C; 5C4J J; 2CV0 A; 2DOD A; 2M8E A; 5HDG A; 4OIQ F; 1TC3 C; 5E1W A; 3PJR A; 1WI3 A; 1QZZ A; 2ZXH A; 4RM2 A; 4PJ0 C; 5DV5 A; 2ZME C; 4JX6 A; 4A6D A; 3CCU I; 1D5V A; 2JVH A; 1IXR C; 1EH6 A; 1HW2 A; 2CUZ A; 3BRO A; 3M8E A; 2JRM A; 2RDP A; 4HZF A; 3JTG A; 4WCG A; 2VON A; 3PIP F; 2K85 A; 5HLG A; 4GFB A; 1R36 A; 3B73 A; 2JA8 J; 2PJR A; 2V9V A; 4EM0 B; 2FNP A; 2Z3Y A; 3DEU A; 3VB2 A; 1CF7 A; 1FY7 A; 1IN5 A; 1I39 A; 1OFC X; 5KVR A; 1H88 C; 3OY9 A; 1BOB A; 1JUS A; 2BYV E; 1JI8 A; 2OQR A; 1UMQ A; 3FXL A; 1T0F A; 3W2V A; 2CW7 A; 4AVP A; 4IXA A; 3ASO H; 4BEH B; 2Q2E B; 4KMF A; 1I50 J; 3QYF A; 3JTH A; 1TTY A; 1R00 A; 1HDP A; 1T95 A; 1G8X A; 2E1N A; 3A01 B; 1LE8 A; 2EIM H; 2ZO4 A; 2F4I A; 1U8B A; 2X51 A; 5CYV A; 3HBL A; 3FIS A; 3T1B A; 4DGW B; 1O3S A; 3E5U A; 2TCT A; 3H5N A; 4UB8 C; 4IOA F; 2V1X A; 4BXX J; 4MTD A; 4J19 A; 4ZDO A; 3R4K A; 1WWX A; 3BZ6 A; 2D45 A; 3WHB A; 4KIG A; 4LFU A; 5FGM A; 3MEX A; 3M07 A; 1ZR2 A; 3WU0 A; 3DLA A; 1X1P A; 1B8I A; 1U9O A; 2JA2 A; 3FBN B; 2IGN A; 2LF8 A; 2Z99 A; 5AIP A; 1U6G A; 3DTI A; 1KU2 A; 1Z05 A; 4OAY A; 1R23 A; 3IV5 A; 3CC7 I; 2E2J J; 2CSO A; 3JW4 A; 2ZBK A; 4KMU X; 1VQO I; 3HOZ J; 3BY6 A; 4UV9 A; 2I10 A; 2E19 A; 1R49 A; 1SFK A; 2QQ9 A; 1MMD A; 2X9D A; 1Z3X A; 2E5Z A; 4GDF A; 4Q5S F; 5IYB J; 2CU7 A; 5F04 A; 2DMP A; 3FXK A; 1VQM I; 5IP9 J; 4PJN A; 3K70 C; 4O3M A; 1APL C; 5EZH A; 1XN7 A; 2XGD A; 1EA3 A; 2HQN A; 4ZTF A; 3BG5 A; 3O6B B; 1FYK A; 2IRF G; 1TWA J; 2DXI A; 3BG7 A; 3RIR A; 1MDM A; 2G9W A; 2GIZ A; 2BBY A; 3S93 A; 5K7H A; 3HSR A; 2QWW A; 3LFK A; 4BYY A; 1JHH A; 2Y0S A; 3DV8 A; 3FZV A; 1ETX A; 4RBO A; 2X48 A; 1K78 B; 1BM9 A; 3PFI A; 3FMQ A; 4GGG A; 5C3E J; 3W2W A; 4LB6 B; 1J59 A; 3SFI A; 4IX7 A; 3CLO A; 3WE3 A; 2A6E F; 4F7Z A; 4G6Q A; 3IH3 A; 3IAM 2; 2CUE A; 4MO7 A; 5BS6 A; 2XSD C; 3BQY A; 1VQN I; 4IPA A; 4YEL A; 4M6Y A; 4I76 A; 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