The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
87
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sequence length |
438
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structure length |
438
|
Chain Sequence |
IFATNRDQESSGFAWWAGNARLINLSGKLLGAHVAHAGLIVFWAGAMTLFELAHFIPEKPMYEQGLILIPHIATLGWGVGPGGEVVDTFPFFVVGVVHLISSAVLGFGGVYHAIRGPETLEEYSSFFGYDWKDKNKMTTILGFHLIVLGIGALLLVAKAMFFGGLYDTWAPGGGDVRVITNPTLDPRVIFGYLLKSPFGGEGWIVSVNNLEDVVGGHIWIGLICIAGGIWHILTTPFGWARRAFIWSGEAYLSYSLGALSMMGFIATCFVWFNNTVYPSEFYGPTGPEASQAQAMTFLIRDQKLGANVGSAQGPTGLGKYLMRSPTGEIIFGGETMRFWDFRGPWLEPLRGPNGLDLNKIKNDIQPWQERRAAEYMTHAPLGSLNSVGGVATEINSVNFVSPRSWLATSHFVLAFFFLVGHLWHAGRARAAAAGFEKG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of Cyanobacterial Photosystem II at 3.2 A Resolution: A Closer Look at the Mn- Cluster
rcsb |
| molecule tags |
Photosynthesis
|
| molecule keywords |
PHOTOSYSTEM Q(B) PROTEIN 1
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| total genus |
87
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| structure length |
438
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| sequence length |
438
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| chains with identical sequence |
I
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-08-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| C | PF00421 | PSII | Photosystem II protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | photosystem ii from thermosynechococcus elongatus |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4IL6 C; 2AXT C; 1S5L C; 4UB6 C; 5GTI C; 4UB8 C; 1W5C C; 5B5E C; 5E79 C; 3WU2 C; 5H2F C; 5KAI C; 4PJ0 C; 3A0H C; 5GTH C; 3JCU C; 5B66 C; 5KAF C; 5TIS C; 3KZI C; 3A0B C; #chains in the Genus database with same CATH topology 2E36 A; 4PGH A; 4YEL A; 2ACJ A; 3CO6 C; 3UR3 C; 3RKQ A; 3H0D A; 1FYL A; 3JAM Z; 3QOD A; 1QRY A; 2Y2Z A; 4M9Z A; 4F92 B; 2Z3Y A; 3MQ0 A; 2HDW A; 4I99 C; 4HLY A; 4FX4 A; 3L1P A; 2YU9 J; 4CCM A; 2VQG A; 2BY3 A; 4XRS A; 4DGW B; 1B9N A; 1WVR A; 3JSP A; 2DW4 A; 1R4N B; 3CME I; 1G8X A; 2BW3 B; 2MYS A; 5LRR A; 1W0U A; 3H3V K; 2FOK A; 2EK5 A; 4CCO A; 4AM3 A; 2EFN A; 4KT6 A; 2CFX A; 4HG2 A; 3FXL A; 3DKX A; 1ODD A; 1OMI A; 1S72 I; 3CMM A; 2COM A; 4FE7 A; 2PMU A; 3KP5 A; 1PVE A; 1D8K A; 1VTN C; 1OLT A; 5B1B H; 4OIN F; 5CLS A; 2R7X A; 1FWZ A; 3DU5 A; 4DIQ A; 4I09 A; 4R1H A; 1IN8 A; 3P9C A; 2XRL A; 3LFU A; 9ANT A; 2HQR A; 3CCM I; 1YJN I; 2LFB A; 3HC7 A; 3L00 A; 2A68 F; 3DFG A; 1KU7 A; 4MNU A; 4ZYG A; 1UJ8 A; 2DBB A; 4OMY A; 4RAZ A; 3DPL C; 3V8L A; 1U3E M; 3LSM A; 1EKE A; 2M8G X; 5EZH A; 4C9Y A; 3TQN A; 2ZSI B; 4Y7N J; 3OL4 A; 3IH2 A; 2XF6 A; 1DU0 A; 2CW0 F; 3DKY A; 1S5L C; 4HYE A; 3CC7 I; 5K7Z A; 1L0O C; 4OMZ A; 1W1W E; 2UXX A; 2IGN A; 4Y33 A; 1NK3 P; 2E34 A; 1ERD A; 2VKE A; 3VYS B; 1R5I D; 3K2Z A; 2HZD A; 4RB1 A; 5J1Y A; 1IZ1 A; 5FKM A; 1U8R A; 3I4N J; 1I5Z A; 1Z91 A; 2FU4 A; 2X0L A; 3L2V A; 2GIZ A; 1I3Q J; 5ICF A; 2V6C A; 1GV5 A; 2EPF A; 4FIS A; 4RBO A; 2LRE A; 5J3L A; 1ZYR F; 4JX6 A; 4PSX A; 2K27 A; 2LBF B; 5FJ8 J; 1XTA A; 2XVC A; 3OYD A; 2BHZ A; 3HXL A; 5L3F A; 1RI7 A; 2QWW A; 4DQ2 A; 1Q1H A; 3K4N A; 4A0X A; 1W36 D; 4NC8 A; 2ZNY A; 5CVV A; 3S2W A; 1WJA A; 3ZMS A; 1PP8 F; 4A93 J; 2XKP A; 3TKY A; 3WGI A; 4UNO A; 2E2J J; 2JUG A; 4XKB A; 2PJR B; 3WTZ A; 1B4A A; 1JGG A; 3HTU A; 3WE2 A; 2R0Q C; 4CXF A; 2WAD A; 3L2U A; 1FIA A; 1FTT A; 1LPQ A; 4NC7 A; 2GIV A; 2M5W A; 1K7A A; 4A6D A; 3LQQ A; 2EA2 A; 2VB6 A; 4XIC A; 5J4V A; 2NNN A; 3HM5 A; 2JA8 J; 5ERI A; 1EJ9 A; 2E60 A; 5HS7 A; 3EYI A; 3I58 A; 1HW1 A; 2NS7 A; 4PJJ A; 1VQ8 I; 2FRH A; 2I5U A; 1MJA A; 3AFH A; 3PFY A; 4KN7 X; 1BI2 A; 4DYR A; 2HQA A; 1WJC A; 4S05 A; 4IHX A; 5HLI A; 2NVX J; 1N78 A; 4J01 A; 5KAF C; 1DU6 A; 4YIR X; 4Y15 A; 4IKF A; 4I0A A; 2V6E A; 2K3P A; 3K7A J; 3NRV A; 3K4J A; 1ZAR A; 2DA2 A; 3S2D J; 2W25 A; 2FJ1 A; 5HLG A; 1USS A; 1S3J A; 3M8J A; 1NTC A; 1MW7 A; 4LIU A; 5D8K B; 5E3N A; 1MGT A; 1YLF A; 3L7W A; 2GM4 A; 4AVP A; 1UHW A; 1W36 C; 5EF6 A; 2IS6 A; 1O3T A; 1TC3 C; 5J40 A; 2XHK A; 2ELH A; 4E6K G; 2FNA A; 2O8K A; 4KYW A; 4RM2 A; 2P0W A; 1OCR H; 3ROU A; 1T95 A; 1XG1 A; 1HST A; 1XC5 A; 5AIQ A; 2Q0O A; 1SFE A; 1JTY A; 2GXB A; 2HZT A; 1YJ9 I; 1V5G A; 1GXP A; 1HW5 A; 2PBI A; 1HQC A; 3KEQ A; 4U88 A; 4RGU A; 2IT0 A; 5EGO B; 1SVL A; 3CF2 A; 2L01 A; 2F4M B; 1S6L A; 4B4C A; 2QEX I; 4IHT A; 3WTW C; 1F43 A; 5JLW A; 4DJA A; 4UXN A; 2FUG 2; 4Y17 A; 3JCU C; 5C44 J; 2MFZ A; 4M3E A; 1F4K A; 3S16 J; 2ADU A; 4NUB A; 4GDF A; 3QP6 A; 3GFM A; 4BY7 J; 5LRS A; 2EFQ A; 3W6V A; 4UUS A; 5F1J A; 2O03 A; 2WWY A; 2LP0 A; 2RDP A; 2ZC2 A; 1IN4 A; 2MLG A; 5CVR A; 2M34 A; 4N4O B; 4A3K J; 2OQR A; 2DA4 A; 2QQA A; 3DWL E; 4O6J A; 3BR5 A; 5HLT A; 1MMN A; 2G9W A; 2VXZ A; 3O8H A; 2YX7 A; 2NVU B; 3A01 B; 3ZMV A; 5IYD J; 1K78 B; 2KPM A; 2OA4 A; 4BXU A; 4EQQ A; 1IXR C; 1A5J A; 1SD5 A; 1YI2 I; 2CYY A; 4EGZ A; 1YOV B; 4ENM A; 4E7L A; 3LSK A; 4WCG A; 2R4G A; 3GCM A; 4NDL A; 5CJ9 A; 2VE9 A; 3CD6 I; 2LH9 A; 1WH5 A; 2WAF A; 3A03 A; 5E3L A; 3C2H A; 1J2X A; 3JW4 A; 1YE9 A; 1OPC A; 1JKQ C; 2R7O A; 5M5W J; 2O6G E; 5IOZ A; 4Z2Y A; 3E6C C; 3PL8 A; 4JX5 A; 1D0Z A; 2K9M A; 3SYT A; 3UNG C; 1J59 A; 3WTV C; 2L54 A; 2MW8 A; 1LDJ A; 4A0Z A; 3FF5 A; 2R7Q A; 1T6S A; 3H9G A; 3Q9V A; 3SEZ A; 4BDZ A; 2DQR A; 1JUP A; 4BL0 B; 2OZU A; 3BCA A; 4KDP A; 5LGT A; 4PK4 A; 2OJE D; 4KFC A; 4EV0 A; 3LST A; 3KZI C; 1O3R A; 2ID3 A; 2LNB A; 2DPU A; 4BQA A; 3BLY A; 1IRZ A; 3MKZ A; 4AIJ A; 3LQR A; 3BJ6 A; 2XB5 A; 2X6X A; 2JA6 J; 3E0J B; 1ZR4 A; 1DP7 P; 4AD9 A; 2H6C A; 4M9S A; 2HOT A; 2MD5 A; 2LTP A; 4CZZ A; 3CZ6 A; 2R7S A; 2Q2E A; 2Y48 A; 3TDZ C; 2HR3 A; 2F5D A; 1R71 A; 2EFW A; 5D4R A; 1AKH B; 1YS7 A; 2HGC A; 4HST A; 1REP C; 1HDP A; 2OPT A; 4CUG A; 1WH7 A; 5D5U B; 2YR2 A; 4XRS G; 1BM9 A; 4UHT A; 3I59 A; 3ML6 A; 4G7H F; 2VPR A; 3FZV A; 3H5A A; 2HYG D; 1A35 A; 1IRX A; 3BPV A; 1R58 A; 2Y0S A; 4IRG A; 2UZK A; 4M71 A; 3REO A; 5EG0 B; 3DTI A; 3EDP A; 4GYI A; 2DU9 A; 2CFO A; 2KZG A; 3OSG A; 1XMX A; 1RRJ A; 1EH7 A; 1H88 C; 4BQO A; 2HEO A; 1XD7 A; 4RMN A; 3QOP A; 1ETQ A; 3U9G A; 4XBF A; 4QSH A; 4QIW N; 2Y75 A; 3FM5 A; 1SAU A; 2YS9 A; 1MMS A; 1WFX A; 4YII A; 3AKZ A; 1MDM A; 4RAY A; 2KIM A; 2VPL A; 4MTE A; 5J6X A; 4XID A; 1CGP A; 3F0C A; 4P1W A; 4KIC A; 2UWM A; 1DQU A; 2Z5U A; 1RKW A; 4FCY A; 3TL4 X; 2F5E A; 3ZMD A; 3DEE A; 5H20 A; 4HEA 2; 4XR6 A; 1RUO A; 4WF2 A; 2B63 J; 1JTX A; 3RJP A; 3SZP A; 4FTH A; 4BQQ A; 1MMA A; 3TW6 A; 2MC3 A; 4LG0 A; 1MSF C; 1TQM A; 2O3F A; 1RUN A; 4HF0 A; 1IV8 A; 1BL0 A; 4ENJ A; 2F4O B; 1O3Q A; 2KIQ A; 3KZY A; 4E7K A; 3B73 A; 1X2N A; 2P5V A; 2DMP A; 3LA2 A; 2LRD A; 3ZP5 A; 4BXX J; 4YFX F; 1DDN A; 3J81 K; 2CQK A; 3E1S A; 5HDK A; 2G7H A; 1SAX A; 4BNC A; 2PQ8 A; 4FAS D; 1OKR A; 3MWM A; 4IPA A; 5L3B A; 2OCE A; 1VQ6 I; 2COB A; 3TO7 A; 1V55 H; 2H8R A; 4Q5S F; 1BW6 A; 2VJJ A; 3S2H J; 3KYL A; 1TW3 A; 2R7U A; 3T5X A; 5JVT A; 2O9L A; 2WY8 Q; 4WWC A; 2BW3 A; 3K2A A; 3OS1 A; 1B72 B; 2P81 A; 3HHG A; 2BVL A; 4R8H A; 4JK1 X; 2Z2S B; 2ZCW A; 2LSO A; 4F3Q A; 2EV0 A; 1ULY A; 5F6F A; 4I6Z A; 1QVU A; 1P7J A; 3CP8 A; 2GAU A; 3GVA A; 4EEF G; 5L3E A; 4BBS J; 3LSJ A; 1WGX A; 5DS9 A; 4BHP A; 3GEZ A; 2P4W A; 3W3C A; 1FNN A; 3GTK J; 2HNH A; 4LK0 F; 2CS3 A; 5IYB J; 1IO2 A; 4BKX A; 1QA6 A; 1JKR C; 1IDY A; 3E6D A; 2EWN A; 2G7U A; 1LE8 A; 3A4C A; 2D1H A; 1QHH D; 1UEL B; 2JN6 A; 4BEH A; 4M3B A; 1IXC A; 5BMZ A; 2KHM A; 2WA0 A; 2O61 A; 2VBZ A; 3A2K A; 2O5R A; 4EVI A; 2KJC A; 5FLX K; 2OTL I; 2L3D A; 2ECC A; 4P9F A; 1RET A; 5F64 A; 2V4J C; 3SDB A; 3CDL A; 3LSI A; 3OR1 C; 1ETW A; 3K1N A; 1JE8 A; 3BDD A; 5IP6 A; 1QQI A; 3PM1 A; 1JJ8 C; 2B9S A; 3EQL F; 1MSE C; 3BZK A; 1P92 A; 1T38 A; 1X3U A; 2GA2 A; 3RTR A; 3A0H C; 1IN7 A; 3RCO A; 1QO0 D; 4Y52 J; 3F21 A; 2F2E A; 4CA0 A; 5E3M A; 4IO9 F; 4G7O F; 1Y1V J; 2HOE A; 2CW8 A; 3A02 A; 3PNV A; 3V7C A; 3GLX A; 2LY2 A; 3GTO J; 2A6H F; 1QZZ A; 1RZ4 A; 3FK6 A; 2ZJQ F; 1U5T A; 4MFD A; 3OYI A; 1HBX G; 5CPR B; 2V9K A; 3ZXS A; 3OYE A; 4H4K C; 1ITY A; 1UG2 A; 3K0L A; 2IPQ X; 3RDI A; 4U0Y A; 4XRM A; 2XC7 A; 3EET A; 3FXM A; 4U0W A; 2H1L A; 5EZG A; 4CCK A; 5IT3 A; 4ITV A; 3B6C A; 5IP7 J; 2PJR A; 3M1E A; 3HTS B; 2JSP A; 2W84 A; 3U21 A; 2X51 A; 4M3F A; 5JFR A; 5FO5 A; 1YW9 A; 3G1O A; 5LBQ A; 5DCF A; 3OV8 A; 5IYC J; 2DTZ A; 4I7H A; 5AIP A; 1O7F A; 2P6S A; 5D5X B; 4XQF A; 3K70 D; 2XDV A; 4A3I J; 1V5F A; 3HOY J; 2DFE A; 1KU2 A; 2ZFU A; 5J8C A; 5LHG A; 2KIU A; 2EIJ H; 1VQL I; 2ESN A; 2YPR A; 1IGN A; 2R93 J; 2R7W A; 3ZQQ A; 2M45 A; 2WAQ A; 4EAT A; 1MBF A; 3GZN B; 2VOD A; 3VWB A; 2M3A A; 1XPX A; 4A3G J; 4RLQ A; 2HWV A; 2FBI A; 3O6B B; 2CGP A; 3OYJ A; 3ZQI A; 2RRE A; 2JVH A; 2KLO A; 4NQW A; 3MKL A; 4A2U A; 3H1C A; 3LNQ A; 3KP3 A; 5D6E A; 1O4X A; 3BCB A; 3JR9 A; 4X0G A; 1T2K A; 1NG6 A; 5DUI A; 4HLX A; 3AG2 H; 3IAS 2; 3TDU C; 3BWG A; 3MZY A; 3N4M A; 3K10 A; 3K4K A; 3P9I A; 3SQN A; 1MBJ A; 1IN6 A; 1QGP A; 2W85 A; 1YS6 A; 4IOA F; 2GQQ A; 1RES A; 3CCQ I; 2H6B A; 2K7L A; 2VIX A; 3WGG A; 1MMD A; 2L5Q A; 4BAY A; 3KEO A; 4XSZ F; 2KP6 A; 4CCN A; 5EEH A; 3ISP A; 1BI3 A; 1ZTR A; 2X48 A; 1X58 A; 2CJJ A; 3W2W A; 4K2E A; 3H3Z A; 4LOC A; 4WXH A; 1FIP A; 2E35 A; 1VND A; 3HSR A; 4OAY A; 2V79 A; 2DA3 A; 3NAR A; 1B59 A; 2YSR A; 3JTH A; 3BG6 A; 1KZH A; 2XPW A; 3BP8 A; 1X1A A; 2GZW A; 4FX0 A; 5KCM A; 5C4J J; 1FZP B; 1R7J A; 1CQT A; 1ETY A; 5J1R A; 3OOU A; 2ZJP F; 2DPD A; 2DA6 A; 3PUB A; 5B3S H; 4NNJ A; 3CLQ A; 3U1D A; 2PFB A; 1LNW A; 2DMT A; 3VDX A; 2CWE A; 3IH3 A; 4YG2 F; 1XCV A; 2JK3 A; 4GYG A; 1X2M A; 2ZXI A; 1U0J A; 5IOY A; 5DM6 F; 3FXR A; 1J75 A; 2CO5 A; 1Z7U A; 3I9V 2; 1K4S A; 2Y0S N; 5H2F C; 1IRG A; 3HSF A; 3HRM A; 2BY0 A; 2XV4 S; 1WJB A; 1Z05 A; 3S3O A; 1AU7 A; 1B1B A; 2X6W A; 5D5W B; 1MBG A; 2RVC A; 3LAJ A; 1Z21 A; 3BR6 A; 4QWQ A; 2V1X A; 1K78 A; 2LKP A; 3I53 A; 1BJA A; 2CV1 A; 2VQL A; 1YW7 A; 2O0Y A; 4RGX A; 3N05 A; 2E2I J; 1PJR A; 4HQM A; 4U87 A; 4Q48 A; 2IBD A; 3WU0 A; 2DOA A; 4RB3 C; 2FBH A; 3IRQ A; 2K9S A; 1RKT A; 2XAQ A; 1ZH5 A; 2V7F A; 2F5F A; 4KIS A; 1BR4 A; 4A12 A; 1QPI A; 4ZDL A; 4BYY A; 1G3W A; 1AA7 A; 2WAE A; 3S1R J; 3NQO A; 2DI3 A; 3OYH A; 3CCV I; 4W97 A; 2KRC A; 5ICG A; 1FPQ A; 2A6T A; 5KK1 A; 3NEU A; 1XMK A; 3EUK L; 2OC6 A; 4V2F A; 4HV6 A; 2FX0 A; 1LFB A; 4X1E A; 4LG3 A; 1SVM A; 5E18 F; 1I39 A; 2AHQ A; 3J80 K; 1KU9 A; 2Z16 A; 2V26 A; 3RPU A; 1X1D A; 4PZJ A; 4L5J A; 4WXD A; 4CYC A; 3RZD J; 4XLP F; 3DP7 A; 1T8I A; 4PDK A; 2EFP A; 4PJ0 C; 1TWC J; 1P9Q C; 2N8G A; 1OCO H; 3C7J A; 4P9U A; 1AKH A; 1K79 A; 3IH4 A; 1ZG1 A; 3IAM 2; 3OYN A; 1UFM A; 1V54 H; 2DCE A; 2DQL A; 3TP0 A; 1ZR2 A; 1RR7 A; 5E17 F; 1ZKG A; 3MN2 A; 2IS4 A; 3MVP A; 3ABU A; 4B3A A; 3ECH A; 3CC4 I; 3C18 A; 2E1M C; 5FKL A; 3ERE D; 5HS8 A; 1IUF A; 3OOP A; 2P8T A; 4P96 A; 2K02 A; 3K4L A; 2L0K A; 2R7Z J; 3CJT B; 5EG0 A; 1N75 A; 3FXJ A; 4YEJ A; 2B0L A; 3OMY A; 3PO3 J; 5ED4 A; 5CVJ A; 2DFF A; 3KYC B; 3MAJ A; 5CYV A; 3IKT A; 1KON A; 3BTI A; 2R5Z B; 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