2DFFA

Crystal structure of tk-rnase hii(1-204)-c
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
210
structure length
210
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGWKTLKKITQDMIN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Conformational contagion in a protein: Structural properties of a chameleon sequence
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
total genus 59
structure length 210
sequence length 210
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 2dffA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2dffA01
2I5JA 4B9VA 4PUOA 3DLGA 4H8KA 4FVMA 3F73A 5I3UA 2IDOA 3L3UA 4FLTA 4DLGA 4E1NA 4CIEA 3AA4A 3HL8A 1X1PA 1LAVA 3B6PA 4KTZA 4HTUA 5EU7A 4E7JA 4BWMA 5I42A 4FYDA 5HBMA 4DU3A 3HO1A 1J9AA 3OYLA 1LW2A 4FZZA 2BGGA 3AVNA 3PO4A 1KCFA 4DMNA 4RW8A 4Z4GA 1QS4A 2F8TA 1EX4A 3ZSXA 4AILC 4JRQA 2B6AA 1RT1A 2HNZA 3C6UA 4IDKA 1RCHA 2IGIA 3MXMA 4G1QA 5FDLA 5FROA 4CEAA 3SI6A 4LH4A 1X9SA 2R7YA 3IS9A 3CFRA 3QNNA 3L8BA 3QEPA 1TK0A 4AHSA 2B4JA 1QTMA 3V1OA 2P5OA 3V6DA 1CZBA 2A1RA 1QSYA 3AA2A 2JGUA 4Y1DA 1SKWA 4LSLA 4DSKA 4DQSA 1U47A 3U3YA 2HHXA 1RILA 1XHXA 1BCMA 3HXMA 3AO5A 4O4GA 4CJUA 2G8UA 1L3VA 3KD5E 1UOCA 1S1XA 4FW1A 5E41A 1J53A 4AHRA 3OS2A 3TANA 2Z1IA 1NJZA 4FJIA 4CEBA 3LWMA 1RT4A 3KIOA 3AA5X 5HRPA 3EY1A 1XHZA 2E6MA 3LANA 3KD1E 4J2AA 3VQ6A 4B9TA 4CFCA 3QLHA 4CJPA 1S5JA 3TR8A 1CZ9A 1RT3A 3QNOA 3NF6A 3L3VA 3OYGA 1I3AA 3IRXA 1W0HA 1TKZA 4MFBA 4OKKA 4CERA 4CJSA 1L3TA 4CHYA 4FLUA 4OLBA 1T05A 4IFYA 1VSLA 4M45A 1Q8IA 1I39A 3MEGA 1TV6A 2EX3A 1B92A 1YTAA 1J54A 3LPUA 4DS4A 1ASUA 1FK9A 2HHTA 3RMCA 4CJ4A 3RMBA 2P5GA 3VQCA 4HUFA 3LAMA 1HYZA 3PO5A 5T7BA 1RDDA 3ZSQA 3TAPA 1D9DA 4NCBA 4IBNA 3OY9A 1NJWA 3ZT3A 3SQ1A 2KFZA 1RTDA 1IH7A 1BQMA 3HJFA 4FJ7A 4Q0BA 3ZSRA 3HSTB 3HM9A 4OLAA 1VK0A 1U45A 3K5LA 2YV0X 3WNFA 5KTQA 4FJXA 3OYFA 1HYVA 3CG7A 3L2WA 4GW6A 1A5WA 5SWMA 4JS5A 3DOKA 4FLZA 3SUPA 3SQ0A 4FJNA 1RTHA 4FXDA 2G8WA 4DSFA 4NYFA 4FZYA 2RN2A 3OYMA 4FJ9A 4O55A 4DU4A 4QAGA 1W9HA 3MEDA 3SQ4A 2Z1JA 4B8AB 2HHUA 4KAZA 2VG6A 2Q3SA 4O44A 4C8OA 3L2VA 1VSDA 4Z4HA 5J2PA 4N5SA 3PX4A 3IAYA 3LDSA 4F3OA 3ALYA 1KFSA 4AHVA 1RBSA 1L3SA 1XI1A 2OZMA 3T3FA 2Y1IA 2HVIA 3RRHA 3TAGA 1NK7A 2YNIA 3OYDA 1JL1A 1C0MA 3V81A 3NF7A 1JLAA 3OYCA 4KB1A 2EHGA 1UAXA 3AVJA 3ZSZA 2OPSA 4DTSA 1N6QA 4NYNA 3HVTA 3O3FA 4CHQA 2OYQA 4BE0A 3SQ2A 2OPQA 4CEQA 5HLFA 4KHYA 2YNFA 4FK4A 3VA3A 4CHNA 1SV5A 3NE6A 4PQUA 3V9SA 4E3SA 2GUIA 2D0CA 3PV8A 2GBZA 4JS4A 4FJHA 4B3OA 3SV4A 3CM6A 1CXQA 4ELTA 2IOCA 3AVKA 3HP6A 4CGDA 1IKYA 2G8FA 1VSMA 4HCBA 4I2PA 1KTQA 2YKNA 3P1GA 2IC3A 2DFFA 4UQGA 2OPRA 3HPOA 3AVIA 3AVHA 3K58A 4BDYA 4ICLA 1T8EA 3QO9A 1JLFA 3QIPA 4KKOA 1S9EA 4CFAA 3DRRA 5HRSA 1SL0A 4HCCA 3RMAA 1ASWA 4FM2A 3C94A 3QETA 1CXUA 4ID1A 4E19A 4BDPA 3DRPA 4RW9A 3WNGA 3NGZA 2IS3A 3SUOA 4F8RA 3PY8A 4FK0A 3U6FA 4JLHA 4BWJA 1TKXA 3AVGA 3D45A 3P83D 1FXXA 4KTWA 3LWLA 1IO2A 4EZ6A 2LSNA 3OS1A 4RW4A 3OYBA 4N76A 1BIUA 3LP2A 2BE2A 2A1SA 4GMJB 3ZSOA 3OYAA 1S1VA 1FKPA 2OA8A 1ZBFA 3TAMA 3KKRA 3NF8A 3VQ8A 3PX6A 4KI6A 2O4GA 2FBYA 5HP1A 3IG1A 3AVMA 3HPGA 1WNSA 3MECA 3O3HA 5KGWA 2HNYA 4CHOA 2OPPA 1YVUA 2KZMA 3VQAA 4W5RA 4FJJA 1KLMA 4BACA 3OYIA 1WLJA 1HQEA 4CCHA 1KVBA 1N5YA 1F21A 2QXFA 1Z26A 1LWCA 3I8DA 5J2NA 3RRGA 1TAUA 4CEFA 3AA3A 3SYZA 2RKIA 3AVCA 1JLEA 3RMDA 1QQCA 4CJTA 4FCYA 3LP1A 5DMRA 3HYFA 1L5UA 4HUEA 4CJEA 1SL1A 1A5VA 1TK8A 3TAEA 4J2DA 3NH0A 2QK9A 4CK3A 1D8YA 3HK2A 4OPKA 1NK9A 3M8RA 4QCLA 1IKWA 1JLBA 4FJKA 2YNGA 1Q9XA 4M3XA 4AHUA 1RDBA 4DTJA 4B9NA 1HMVA 4CFBA 4DTPA 2BDPA 1NK8A 4FJ8A 1WAJA 1BGXT 2YNHA 3NF9A 3NH1A 4TSXA 3NDKA 1JKHA 1T03A 3DI6A 1RDCA 1VSHA 4CGFA 4KHSA 1C6VA 3TARA 1LWFA 3M8QA 3LAKA 4CJWA 1YT3A 4JRPA 3T19A 4DTOA 1NJXA 4KREA 4CJLA 4B9UA 2X78A 2YHBA 3K5MA 4DWIA 4HUGA 2B5JA 3H08A 4BDZA 1VSIA 4F3TA 3VQ4A 1IKVA 3AV9A 3DM2A 3VQPA 1DLOA 5J2MA 4Z0UA 1JXEA 2D0BA 1DTTA 1S6QA 4Z4IA 1Z25A 4I7FA 4DS5A 1RBVA 1RT5A 1VSFA 3MXJA 4O5BA 1IKXA 4B08A 4CF0A 4CJVA 3LPTA 3AO2A 4CEDA 3CM5A 4E7LA 1JLCA 3AVBA 4KV8A 1RDAA 3NAEA 2G8VA 3AO4A 1C1BA 3VQ9A 3VN5A 3K57A 1Q9YA 4IFVA 2Z1GA 4LD0A 3V1RA 1RBTA 4W5TA 4DU1A 1XC9A 2FBXA 4O0IA 1SKSA 4NCGA 4CGHA 4KRFA 2DFHA 1HRHA 2HVHA 2E6LA 3SPYA 3V9ZA 3KTQA 2X6SA 1NOYA 4CJ5A 1S1WA 3NH2A 4J2BA 3VQBA 5KGXA 2X74A 1ZBHA 3L2RA 1SUQA 3DLRA 3ZSVA 4LSNA 3KKSA 3OYHA 3A2FA 3S9HA 1K6YA 4FM0A 3SPZA 4I2QA 4CIGA 3PX0A 3SUQA 3HVRA 2F8SA 4EP4A 1NK4A 1O1WA 4KTQA 4FLWA 3NFAA 3RR7A 3M8PA 2YKMA 1BI4A 3C95A 4BE2A 4C8LA 1DTQA 4DQRA 5CZ1A 3ULDA 1BIZA 3OYKA 3BDPA 2HHVA 2XY7A 2AJQA 3TAQA 4KB0A 3OJSA 2ETJA 3QINA 2PYLA 1YTUA 4CHPA 3LZIA 1U48A 4CECA 2XRIA 1JL2A 1R0AA 4I9LA 3NBPA 3AVLA 3VQ5A 4DG1A 1WSFA 1TAQA 3DYAA 4DTUA 1ITGA 1VSJA 2P1JA 3I0RA 3S3MA 1LWEA 1RT6A 1NK5A 2ZE2A 4H4MA 1U4BA 4CF9A 1RNHA 1EXQA 1NKBA 5DK5A 4M3RA 5KRSA 4ZHRA 1S6PA 3SJJA 1JLQA 3JSMA 2W42A 4KHQA 3V4IA 1A5XA 4CJFA 1B9FA 5C24A 1KVAA 4DSEA 1C1CA 2KZZA 2WONA 3KK2A 3VQQA 1TGOA 3M8SA 5HRRA 2D0AA 1ASVA 2E4LA 5CY4A 1HPZA 2HB5A 3HT3A 1S9GA 2QKKA 4OGCA 4B8CA 4E0DA 5J2QA 1GOCA 4CIFA 1TKTA 3U3GA 4C8KA 1SL2A 1J5OA 2DFEA 4CK2A 3SCXA 1NKEA 4M3WA 2VG5A 3T1AA 1BHLA 3QESA 4LY7A 4W5QA 4F2RA 4DFMA 3KK1A 4PA1A 4DFJA 3S3OA 3DLHA 4W5OA 4CJRA 1BCOA 5HROA 3RR8A 1X9WA 1XWLA 3DMJA 5CYMA 2IAJA 2PYJA 4FLXA 1IG9A 1D9FA 4FJLA 1BI4B 3FFIA 2HW3A 1RT2A 2YHAA 4AHCA 3QEIA 1CLQA 1Y97A 4WE1A 3K2PA 1X9MA 2PZSA 1VSEA 2KQ2A 3DLBA 4CGIA 2ZD1A 5JS2A 4CGJA 5C25A 1LV5A 4PWDA 1WSEA 1UA0A 3L2QA 4YNQA 4FK2A 3V1QA 4CK1A 3V9UA 3WNEA 4E7HA 1TVRA 2RF2A 3CFPA 1LW0A 3VA0A 4KHNA 3JYTA 4Z4EA 2O4IA 4F2SA 4IKFA 1ZBIA 4FJGA 4DFKA 5KRTA 3TABA 2WOMA 2HNDA 3I0SA 2OZSA 4C8NA 3AO1A 1WSJA 4E7IA 3QEWA 1WSHA 4I9QA 3E01A 4CGGA 1KLNA 1NOZA 2KFNA 3HPHA 3ZT4A 1HYSA 1ZBLA 3K5NA 4M3YA 4DTRA 4O0JA 4EP5A 3NGYA 2RPIA 3TAFA 4DTMA 3VQDA 2FBTA 1KRPA 2G8KA 5CZ2A 1B9DA 3KLGA 1QE1A 1NJYA 3C6TA 3S3NA 3BGRA 3TI0A 1RT7A 4ELUA 3O4QA 3ITHA 3HP9A 3OYNA 4CEEA 2NUBA 2Z1HA 1C0TA 4GVMA 3VQ7A 5HRNA 1HNIA 4ZTJA 4H4OA 4DTXA 1KVCA 1VRUA 4RG8A 1MU2A 2XY5A 3NHGA 3QIOA 1WAFA 3LZJA 4KO0A 3SNNA 4M3ZA 1HNVA 3SUNA 3G0ZA 4CFDA 1C0UA 5CYQA 3O3GA 4J2EA 4HHTA 4MQ3A 3UIQA 4KHUA 5D3GA 4OKJA 3MEEA 3EYZA 1TL3A 4ELVA 1GOAA 3OS0A 4N47A 4CE9A 4M3TA 1U04A 4Q5VA 2HHSA 4DF8A 1HJRA 1L3UA 1BISA 3ZSWA 2X6NA 4KPYA 2VG7A 3PUFA 3L2UA 3F9KA 3TWHA 1SKRA 1RTJA 4RW6A 4YFUA 3QEXA 4CEZA 4N56A 3ZT2A 1S1UA 4QOZB 2F96A 4CJQA 4N41A 3ZSYA 4LH5A 1JXBA 1GOBA 1UWBA 3CYMA 4Y1CA 1ZYQA 3KJVA 3V9WA 2HMIA 1QSLA 3LP0A 2VWJA 1RBUA 1FKOA 3DLEA 3DLKA 4ID5A 4OPJA 1NK0A 4M42A 4AH9A 1RBRA 1EP4A 1WN7A 4DFPA 4NCAA 3CFOA 4AHTA 2G8HA 4KFBA 2HHQA 3KLIA 2DY4A 3O4NA 3KLFA 3DRSA 1WSIA 4FM1A 2HHWA 1C1AA 4CESA 3OYEA 2XY6A 4EZ9A 2ATQA 2QKBA 4DTNA 2BANA 3MXIA 3DOLA 2JLEA 4CJ3A 4CEOA 2XHBA 5K14A 3QERA 1ZBUA 3NCIA 4K8ZA 3OJUA 3RWUA 4B9SA 1REVA 3KK3A 3THVA 5FRMA 3MAQA 4Z4CA 4CJKA 4DQIA 5JS1A 2KTQA 4BE1A 1QHTA 5J1EA 2P51A 4OJRA 4XIUA 3RTVA 4DSLA 1WSGA 2ITGA 1JLGA 4FZXC 4ZTFA 3K5OA 4DLEA 3P5JA 1NK6A 1EETA 5SZTA 1EKEA 1TL1A 4CF8A 1T7PA 5FRNA 2GV9A 3ZT1A 1VRTA 4IG3A 1BQNA 4CHZA 1TK5A 1UA1A 3ZCMA 4DQPA 4M3UA 4OKEA 3VQEA 4R5PA 4E89A 2KW4A 5KI6A 2VWKA 1QSSA 2DTUA 5C42A 1TKDA 4KI4A 3G10A 2G8IA 4F4KA 4PY5A 4FW2A 4CF2A 4DSIA 1VSKA 3AVFA 3AO3A 4CF1A 1LAWA 1HQUA 4FJ5A 1KFDA 2XY8A 4M41A 3WNHA 2FC0A 3EZ5A 1BL3A 4OVLA 3LP3A 4KHWA 4W5NA 3KLHA 2PY5A 3ASMA 3QEVA 2D5RA 1S1TA 4DF4A 3D0PA 2FBVA 3OVNA 3CQ8A 3SV3A 1D5AA 3SZ2A 3AVAA 3NGIA 4FLVA 4DQQA 3LALA 3ISNC 4B9MA 3V9XA 2XO7A 2Y1JA 4HVJA 4C8MA 3KLEA 1U49A 4B9LA 1G15A 4E7KA 4Z4FA 4DSJA 2ZQBA 4OGEA 4FJMA 3K59A 4RW7A 3OYJA 3ZT0A 4K8XA 1NKCA 4L8RB 1RTIA 4IG0A 4FLYA 1KSPA 4E1MA 3B6OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1REPC 5I3UA 4CIEA 4LFAK 1LAVA 1ZRDA 4BWMA 2HDDA 3HOWJ 3OYLA 4FZZA 3C2BA 1D5YA 4AILC 1G3SA 3PFYA 1MBGA 2LY9A 1X3WB 2PG4A 4I01A 1T33A 2ASPA 3K9KA 4JK7A 1OCTC 3JRAA 2B4JA 5A2QZ 4X6AJ 5BN9A 4II2A 1T56A 5D8LB 3PM1A 4FW1A 2ESHA 3K4NA 3LWMA 1USSA 3DJCA 2O8FB 3RKQA 3LANA 4QS7A 4JD2A 2CGJA 1TNTA 4FPBA 4BC4A 3RVCA 1N33K 3Q9VA 4AUXA 1U6ZA 2JPBA 3A5MC 3TOAA 3L2WA 3V7RA 3S15J 4H4KC 5DD4A 2M0CA 4RB1A 1QQOA 2V6EA 3T3FA 3TTDA 1MSEC 2M87A 1RNLA 1BOBA 1NJIO 3J81Z 1ULYA 5JR3A 2OTJN 1W1WE 2OPQA 1BWFO 4FX0A 1WH7A 2GUIA 4FJHA 5C2FA 3CM6A 1CXQA 2CMPA 2NS0A 2HZTA 4DKWA 1HXDA 3WGIA 5J4VA 3KYLA 3PNYA 1RESA 2DYSH 4H0OA 3DRPA 2PBIA 5KPZA 5TJJA 3OS1A 3CCEN 3CCLN 4B1VA 5DCFA 2QBYA 3IG1A 2A5YB 3THXB 3E1YA 5KGWA 2W57A 3ZMTA 3A02A 3WTSC 3BDDA 4IEEA 2GA2A 5LEKA 1PP8F 2RN7A 2CJJA 3SK3A 4DTJA 2VKVA 3M7GA 2ZGZA 1BGXT 4F3QA 2CW0F 2LD5A 1T39A 3VQ4A 3DM2A 1VQ4N 4D5CA 5L3GA 4CJVA 4D5FA 3NAEA 2QQ8A 3IDHA 3I56N 1C1BA 4B3AA 5C15A 2KPMA 1WJFA 3A5NC 1VQOI 5KGXA 2XV4S 3DXKB 4U0WA 2IPQX 4FLWA 5K5OA 5GAEP 1V5EA 2YKMA 2IVOA 1LFBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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