2DFFA

Crystal structure of tk-rnase hii(1-204)-c
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
210
structure length
210
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGWKTLKKITQDMIN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Conformational contagion in a protein: Structural properties of a chameleon sequence
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
total genus 59
structure length 210
sequence length 210
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 2dffA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2dffA01
1U4BA 1RTJA 3A2FA 4ID5A 1U45A 3V9ZA 1T7PA 3MEGA 4Z4IA 1VK0A 3VQCA 1BIUA 3DLEA 1KFDA 4EP4A 4O0IA 3IRXA 1X9MA 1BQMA 3ZT0A 2GUIA 1RT6A 3LAMA 1NK8A 3IG1A 3HVRA 2YHAA 3EYZA 1KVAA 1TK0A 3H08A 4F2RA 5D3GA 1JLQA 1TAQA 4E3SA 1C1CA 4J2EA 4PQUA 3LWLA 3TAFA 4M3WA 3HT3A 3ZSXA 4B3OA 3WNGA 4CERA 1REVA 3ZSWA 5E41A 3SYZA 3AO5A 3AO4A 1XC9A 2IS3A 4E0DA 3NH2A 2X74A 3TR8A 1IO2A 1JKHA 2YKNA 2IDOA 5C24A 4HHTA 3HK2A 4CFDA 1HQEA 3C6TA 4AHVA 4FM1A 4J2AA 4KPYA 2G8IA 3DLRA 3HPGA 3NGIA 1S6PA 4PY5A 5HLFA 3PY8A 4B9TA 2G8FA 3M8PA 4AHCA 3V1QA 4WE1A 4CFCA 2BE2A 1RILA 2YKMA 3ZCMA 3EZ5A 1U49A 3RRHA 1Q9YA 1B9DA 4RW9A 1HPZA 3OYLA 3RWUA 1LW2A 3DOKA 3LANA 3VQ7A 3HYFA 4DTPA 1CZBA 3KK3A 4W5RA 3CFRA 5CZ1A 3SCXA 4QOZB 3O3HA 3QIPA 1UA1A 3AVHA 3HVTA 2E6MA 2Q3SA 4O0JA 1IKXA 2HHQA 1DTTA 1QSYA 1BI4A 3AO1A 3KLEA 3QLHA 3AVMA 5JS1A 3NHGA 4LH4A 4FLTA 4DQSA 4M3RA 2NUBA 4CJPA 4KHYA 4Q5VA 5I42A 4CE9A 4MQ3A 1RBSA 4DG1A 1S1UA 4H4MA 2GV9A 4DSFA 3K58A 1UAXA 3V1OA 1KLMA 4KB0A 3TI0A 4IKFA 1HYSA 2VWKA 4AHTA 2DFFA 4FJJA 5I3UA 4OKJA 4IBNA 3NE6A 4CIGA 4B9SA 1EKEA 3MEEA 4BE0A 1WSEA 4NCGA 1FXXA 2QKBA 4DSLA 2KTQA 1VRUA 1RDDA 5KGXA 3CYMA 3SUOA 3HPOA 4DU4A 4CEEA 3DLGA 2KW4A 4CK3A 3MXIA 4KHUA 3K59A 3QEIA 4OLBA 4KI4A 4CF2A 1S9EA 1QHTA 1TL1A 4HTUA 4NYNA 1SUQA 4E7HA 2YNHA 2FBXA 1KVBA 3DM2A 3AVKA 4CJUA 2PYLA 3CM5A 4M42A 4E7JA 1RCHA 5HBMA 3HJFA 5FROA 1C6VA 3OYNA 3OYIA 2Y1JA 1VRTA 1JXEA 3NF6A 1J5OA 1NJWA 4KB1A 3OYKA 1XHXA 2R7YA 4FJ9A 4DLGA 1IKWA 4CF1A 4FZYA 4PWDA 3OYCA 5HRPA 3QNOA 3ZSVA 4B9NA 1ZYQA 3TARA 1GOBA 4ELUA 3OY9A 2HHXA 2PY5A 3O3FA 3F9KA 3RMAA 4DFPA 1IG9A 4JRQA 1J54A 3LP3A 3V4IA 4ZTJA 4CCHA 3ZT2A 4DFMA 1U47A 4KTWA 3L2UA 3HXMA 4C8OA 2X78A 1S5JA 4Y1CA 3QESA 1FK9A 2HHWA 1ZBUA 3NCIA 4ICLA 4ZTFA 3LALA 3CQ8A 1TKTA 2ETJA 2VG5A 4CHYA 1NOZA 4HUFA 4FJMA 4BDYA 3OJUA 2YNGA 4CFAA 2HHUA 1BL3A 3BGRA 3LPTA 1NK4A 1BCOA 3AA5X 1ITGA 3JYTA 4BDZA 4BWJA 4FM0A 1J53A 3AV9A 5EU7A 1BHLA 2OA8A 1FKOA 1S1WA 1A5WA 3ZT1A 4TSXA 5KRSA 3PV8A 3OYMA 4FLVA 5KGWA 1SL1A 4FZXC 1RNHA 4KTQA 1ZBLA 4M3YA 4KO0A 4CJKA 3V9XA 3TAEA 1TKDA 1RBUA 4KFBA 4CJ3A 1HNIA 4BACA 2Y1IA 2GBZA 1LWEA 1RT3A 4GMJB 4FZZA 4RW4A 1VSDA 3SPYA 2IC3A 2JLEA 5T7BA 5J2NA 1D8YA 3ASMA 4CESA 3OYBA 3HP9A 4R5PA 1WLJA 4B9UA 3AA4A 2QXFA 1KRPA 2P51A 3QINA 3V9WA 4FJXA 3VQQA 2HHTA 4W5TA 4Z4GA 4FLZA 4CGIA 1MU2A 1BQNA 4OPJA 3TANA 2HVHA 3LP0A 4DF4A 2P5GA 3TWHA 4FW2A 4AH9A 1JL2A 1VSIA 1RTIA 2D0BA 2Z1GA 3WNEA 3LZIA 4FM2A 2XY7A 3S9HA 1U48A 1QSLA 2QKKA 1YTUA 3RR7A 5J2MA 2F8SA 5C42A 1SKWA 2YV0X 2I5JA 1HYZA 1S1VA 4Z4CA 3NAEA 3BDPA 2KFZA 1TK8A 4CJRA 4C8KA 4N5SA 1UOCA 1D5AA 2RKIA 5K14A 5HROA 4EZ6A 3QIOA 4LH5A 4M3UA 2ZQBA 2D0CA 1NKCA 4IG3A 1DLOA 3DOLA 2DFEA 1QE1A 2IAJA 1RTDA 4DU3A 4E7IA 3AVIA 4RW7A 2ZE2A 3F73A 4DQQA 1TL3A 4IDKA 1HJRA 4C8MA 3TAGA 2OPQA 1L3TA 2G8VA 4CGGA 4B9MA 3T1AA 4CFBA 3ITHA 4CEQA 2Z1IA 4FK0A 2JGUA 3VQ9A 3P5JA 3VQPA 1ASWA 4C8NA 1WN7A 1S6QA 4YNQA 3I0RA 4DLEA 3S3NA 3SUNA 2P1JA 1L3SA 2OZSA 1RBRA 3SQ4A 3OYJA 4B8AB 4CJEA 1CXUA 3NGYA 2XY8A 1BGXT 1EETA 3QO9A 4CJWA 4CK2A 3V81A 1SKSA 2RN2A 2FC0A 4Z0UA 3L2VA 2YHBA 1ZBFA 3NBPA 1EXQA 3VQAA 1R0AA 3LP1A 2BANA 4LSLA 4CEAA 3DMJA 4CGHA 4UQGA 4DTNA 3TAPA 1S9GA 4CJ4A 1NJXA 1EX4A 2XO7A 4DMNA 2OPSA 3RR8A 4N76A 3M8QA 5FDLA 4AHUA 2PZSA 1JLEA 4DWIA 1TKZA 5CYQA 3ZSOA 3VN5A 3EY1A 4CEZA 3G0ZA 3JSMA 4FJIA 4OVLA 1JLBA 3I8DA 3OYGA 4CGJA 3LPUA 1C0UA 3V6DA 3MECA 2G8UA 5CYMA 4DTXA 1LV5A 3RMDA 2WOMA 3KKSA 1WSHA 4DFKA 3QERA 1CZ9A 4DTSA 2O4IA 4DS5A 3SJJA 1G15A 1RTHA 4KTZA 2XY5A 2HNYA 4I7FA 4DU1A 4JS4A 4DSJA 3SZ2A 4FJKA 3FFIA 3DYAA 4JLHA 3PO4A 1Z25A 2D0AA 3OS0A 1X9SA 4CJSA 2B5JA 2FBYA 2OPRA 3I0SA 4MFBA 1KCFA 4O55A 4B8CA 4PUOA 1RDAA 3HP6A 1NOYA 1NK6A 3VQ8A 4DTMA 1JLFA 1W9HA 1F21A 1K6YA 3ISNC 3C6UA 3ALYA 4BE2A 4OKKA 2Z1HA 3K5MA 2EHGA 3RTVA 3QEPA 1C1AA 5J1EA 1X9WA 3HO1A 1QS4A 4FXDA 4I9QA 3KJVA 3QETA 1RDCA 3OS2A 1D9FA 4F4KA 4N41A 2OPPA 2BDPA 4DQPA 1SL2A 1HYVA 1S1TA 1RBTA 1TGOA 1JLCA 4CJVA 4FLXA 3PUFA 3AVLA 3AVBA 4PA1A 3U3YA 3E01A 4HCCA 4B9VA 4FJLA 3AVFA 4NYFA 4E1MA 4J2DA 4F8RA 1T03A 3NFAA 1VSFA 2XRIA 2QK9A 1L3UA 1BISA 3VQBA 1RT2A 2EX3A 1WSIA 4KV8A 2A1SA 3LDSA 2B4JA 4M41A 4FLUA 3P1GA 4CHPA 4DSEA 2XY6A 2BGGA 3S3OA 4CGDA 3QEXA 3DLKA 5KI6A 5C25A 1D9DA 4FJ7A 3K5NA 4KHQA 1BCMA 4YFUA 2VWJA 2A1RA 4Z4FA 1FKPA 4DFJA 3CG7A 1QTMA 4KHNA 4CF8A 4CGFA 1JL1A 4BE1A 1KFSA 5KTQA 1Q8IA 3ULDA 3O4QA 4FLWA 4E89A 4FYDA 4K8ZA 3HM9A 2HNZA 3WNFA 4O5BA 1NJYA 2DY4A 1TVRA 3ZT4A 5J2PA 4GW6A 3O4NA 3V1RA 3NH1A 4HUGA 2YNFA 4CJTA 1NK5A 1QSSA 3PX4A 3M8SA 4W5NA 4ELVA 1CXQA 1WNSA 2F96A 4AHRA 4FW1A 4DS4A 3PX0A 1NKBA 4KHWA 3L2QA 2W42A 4NCAA 4QAGA 3KLIA 3KK2A 3OVNA 4KAZA 1I3AA 3D0PA 4OJRA 4CJLA 4E19A 3PX6A 1NJZA 2OYQA 1LAVA 2KFNA 2ATQA 3KD5E 3OS1A 4K8XA 4LD0A 4CEBA 1NKEA 4J2BA 1Q9XA 5DK5A 1YT3A 3NDKA 1L5UA 1NK7A 1XWLA 3CM6A 4CHOA 4EZ9A 2B6AA 3TAQA 5FRNA 1LWCA 4B08A 3THVA 4F3OA 1S1XA 3AA3A 1RT7A 1VSMA 3KK1A 4DTJA 4EP5A 4I2PA 3HL8A 4H4OA 2OZMA 4FJ5A 3G10A 1O1WA 1KLNA 4L8RB 2HVIA 4N56A 3HPHA 4CF0A 1KTQA 2FBVA 4CEDA 4E7KA 2X6NA 3DLBA 2RF2A 1IKVA 3AVNA 1WSJA 4Y1DA 3V9SA 2G8HA 1HQUA 3DRSA 1HNVA 1W0HA 3SUPA 1TK5A 4ELTA 1GOCA 1C0TA 3VQDA 4KRFA 4Q0BA 3ZSYA 5SZTA 1XHZA 2DFHA 4JRPA 3VQEA 3MEDA 4CF9A 4DSKA 2ZD1A 2RPIA 3OJSA 2D5RA 3CFOA 4LSNA 3MAQA 4HUEA 3SQ1A 1LWFA 1VSLA 3AVJA 1WAJA 3ZSZA 3PO5A 3KLFA 5HRNA 1EP4A 2O4GA 3UIQA 2KZMA 3OYAA 1LAWA 5CZ2A 4CHZA 4HVJA 1Z26A 2HB5A 3V9UA 4AILC 3TABA 3LWMA 4DTOA 3L3UA 4FK2A 3K5OA 1VSKA 2VG7A 3U6FA 1N6QA 3IAYA 4OLAA 3AO3A 1VSHA 4CJQA 3SUQA 3L2WA 2G8KA 4CK1A 3KD1E 1ZBHA 3LZJA 4CEFA 4CECA 2HW3A 3VA3A 1SL0A 4GVMA 1NK0A 1WAFA 3K57A 1RT5A 3ZSRA 4LY7A 1XI1A 3SI6A 4F3TA 1T8EA 3SQ2A 4HCBA 3KLHA 4FJ8A 3DI6A 4CJ5A 2E6LA 1ASVA 3SV4A 4F2SA 4KREA 4E7LA 1NK9A 2IOCA 2IGIA 4H8KA 5JS2A 4BWMA 1U04A 2VG6A 4ZHRA 4BDPA 3IS9A 4E1NA 2AJQA 3KKRA 3T3FA 2HNDA 4CHQA 3DRPA 4I2QA 1ZBIA 1QQCA 4C8LA 4ID1A 1I39A 1SV5A 1UWBA 3K2PA 3C95A 3AVAA 3AVCA 4W5OA 1UA0A 3U3GA 3D45A 2YNIA 3AA2A 3NF7A 3OYHA 3MXJA 5CY4A 3VA0A 2LSNA 3LAKA 3M8RA 2HHSA 1TAUA 4CJFA 3QNNA 1VSEA 4B9LA 3L8BA 2KZZA 3TAMA 1C0MA 3B6PA 3SPZA 4FJNA 1KVCA 3T19A 4M3ZA 1JXBA 2XHBA 1N5YA 3CFPA 3RRGA 4O4GA 1TV6A 3HSTB 4FJGA 3B6OA 1HMVA 2HMIA 4FCYA 1SKRA 5DMRA 5HRRA 3KTQA 4DSIA 1DTQA 1A5VA 1X1PA 1BI4B 1J9AA 4RW6A 1KSPA 4NCBA 1T05A 3OYDA 1RT4A 4FK4A 4FJHA 3VQ4A 3AO2A 3KLGA 4IFYA 3KIOA 2P5OA 4M3XA 1RBVA 1C1BA 3P83D 1HRHA 1IH7A 4M3TA 4JS5A 1L3VA 4Z4HA 1ASUA 5SWMA 3O3GA 3QEVA 1A5XA 4CEOA 1JLGA 1YTAA 2WONA 3LP2A 4OKEA 4OPKA 4DTUA 4RG8A 4DTRA 1TKXA 5J2QA 3L2RA 3WNHA 4CIFA 4CIEA 3VQ6A 2DTUA 2PYJA 4I9LA 4KHSA 1Y97A 4CHNA 5HP1A 2G8WA 3OYFA 3RMBA 2HHVA 3NGZA 2KQ2A 3RMCA 3MXMA 3DRRA 1VSJA 3L3VA 3DLHA 2X6SA 4OGCA 5KRTA 1WSGA 4FVMA 4OGEA 3ZT3A 4DQIA 1RT1A 4QCLA 3AVGA 4DQRA 1LW0A 4RW8A 3ZSQA 5FRMA 3NF9A 4KI6A 4AHSA 4W5QA 3OYEA 3K5LA 4IFVA 3NF8A 4DF8A 4O44A 4XIUA 3SQ0A 1IKYA 2FBTA 1YVUA 2F8TA 2Z1JA 4KKOA 1GOAA 3NH0A 4IG0A 5HRSA 4N47A 1CLQA 1JLAA 2E4LA 1BIZA 4M45A 1B9FA 1WSFA 1B92A 4Z4EA 4FLYA 3SV3A 3SNNA 3C94A 3S3MA 3QEWA 3VQ5A 2ITGA 4G1QA 1RDBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MZ8A 4UB6C 1YF5L 1IGNA 1A6IA 3UKUB 4MO4A 1BQMA 3BJOA 4BROA 4OO1J 4PQUA 4ASNA 3WNGA 3K4CA 4AHVA 5M1OA 3L1PA 3MD2A 2WA0A 3EZ5A 1U49A 4DV0K 3HRSA 2DFIA 2MG4A 1P92A 1VQKN 3O3HA 2D4WA 3LSPA 2DU9A 4F93B 3MCZA 5JS1A 4BH9A 1MZBA 3FMRA 1VQ9N 2GTDA 3K10A 3V1OA 3MVPA 3ENBA 3NE6A 1FBSA 5L3GA 2ELJA 2VC0A 2O8FB 2P6TA 3K59A 4KI4A 1S9EA 2IRFG 3KP6A 3HDDA 1R4MB 2R7FA 3AVKA 1MMNA 3ZMUA 4LIUA 4KB1A 4M6VA 3OYKA 2R7YA 5KNLA 4CF1A 1N75A 3OYCA 4BC3A 2EH3A 1FW6A 2PY5A 3CDLA 4JRQA 1X3MA 4Y1CA 2W82A 3K4NA 3D2FA 4ENKA 3DTKA 2VT2A 2ASPA 4CHYA 1HKCA 4ZDOA 4BGBA 5LGTA 2BE5F 3WTVC 4KT6A 3SMSA 3ZYYX 4TSXA 2LREA 1T08B 3A5OC 2OQRA 3I64A 1QZ5A 2QWNA 1J0RA 2Z1DA 3RVCA 2GBZA 5F1JA 5EJCA 1YXQA 3BR5A 2QQ9A 1BJAA 5J2NA 2KT0A 4R5PA 1I6XA 1Y1WJ 1BQNA 4FW2A 1VSIA 3TKYA 3WXKA 5CHIA 1HW5A 3ZQ7A 1GLJO 2F8SA 3HHHA 2AQFA 5BR9A 1LNWA 1KQSM 4N9HA 4BQOA 2HKXA 4GYGA 4DYQA 4G7ZF 5AQXA 3DOLA 2IAJA 1MNEA 4DQQA 2XROA 2O6GE 1HJRA 2G8VA 4KMFA 4IRGA 4LF7K 3HBLA 4OMZA 2KRHA 3P9KA 4TV7A 5L3BA 3CCJN 1MH3A 3HTVA 2A07F 3NBPA 1ZTRA 3LSJA 2M8EA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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