3PUFA

Crystal structure of human rnase h2 complex
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
299
structure length
270
Chain Sequence
MDLSELERDNTGRCRLSSPVPAVCRKEPCVLGVDEAGRGPVLGPMVYAICYCPLPRLADLEALKVADSKTLLESERERLFAKMEDTDFVGWALDVLSPNLISTSMLGRVKYNLNSLSHDTATGLIQYALDQGVNVTQVFVDTVGMPETYQARLQQSFPGIEVTVKAKADALYPVVSAASICAKVARDQAVKKWQFVEKLQTDYGSGYPNDPKTKAWLKEHVEPVFGFPQFVRFSWRTAQTILEKEAEDVIWEDSSHRYFLERGLESATSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title The structural and biochemical characterization of human RNase H2 complex reveals the molecular basis for substrate recognition and Aicardi-Goutieres syndrome defects.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H2 subunit A
total genus 77
structure length 270
sequence length 299
chains with identical sequence D, G, J, M, P
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 3pufA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3pufA01
2DFEA 4RW4A 3OYDA 2HHSA 4I2PA 1TKXA 4UQGA 4KRFA 2FBYA 4IBNA 4KKOA 3U3GA 3KK1A 4CGHA 4E89A 3F73A 1TL3A 3QNNA 1D8YA 1JL1A 4W5TA 4DSJA 3P5JA 3LAMA 1LWFA 4H4MA 1S1VA 4B8CA 5HRNA 4DTOA 3PX4A 4IFYA 1JLCA 3H08A 4O5BA 4CIFA 2BANA 1JKHA 3SQ0A 1J53A 4CEOA 1NOZA 4ZHRA 4DU3A 4CJEA 2PYJA 3AVBA 4CJSA 2PY5A 2VWKA 3K2PA 3B6OA 3AA4A 3MXJA 3MAQA 1QHTA 4E7KA 4OGCA 3SV4A 4PWDA 3DOLA 1DLOA 2BE2A 1HJRA 4O44A 1U48A 2FBVA 1VSJA 4AHRA 3TABA 3ZSZA 1B9DA 1HYSA 1VRUA 5K14A 4N5SA 3LANA 2HNYA 1T8EA 2OPPA 4BDYA 5E41A 4DSLA 4AH9A 3L2UA 4BACA 1KSPA 3P1GA 3QEXA 4N41A 4M3XA 4LY7A 1KTQA 1Q9YA 1JXEA 4Z0UA 1U04A 3IRXA 4Q5VA 4Y1CA 4GMJB 1L3TA 3RWUA 3CQ8A 4AHCA 1T03A 4J2AA 4PA1A 4OJRA 4J2EA 4CGJA 3LWLA 2W42A 2OPSA 2HNZA 3DMJA 4DTJA 3PO5A 3AVMA 1NK8A 4CJUA 4OLAA 4CGFA 1X9SA 1SV5A 4F3TA 1BQNA 3HT3A 3K57A 2FC0A 3OYFA 5HP1A 3AO2A 3DLGA 1RT7A 1HRHA 4R5PA 3ZT1A 3U6FA 2KW4A 3I0RA 5HRPA 3C94A 1S6QA 2FBTA 4I2QA 4TSXA 4DG1A 3QEPA 1NJXA 4RW6A 4FK2A 5HROA 4G1QA 5SZTA 1KFDA 4C8KA 4O4GA 3VQQA 4DSEA 4EZ6A 3V1RA 4FJ7A 4W5RA 2VG5A 4JS5A 4OKKA 2YKMA 5DMRA 3K5LA 1UAXA 2D0CA 4FLUA 5T7BA 4HTUA 3SUPA 4FK4A 4RW9A 2G8IA 5C42A 1WAJA 3G0ZA 1VSDA 4FJXA 5KGXA 1JL2A 1WSEA 3NGIA 1RDBA 3RRGA 2XRIA 1BISA 4FJGA 4FZZA 3HPOA 1RT1A 3FFIA 4FLZA 4B9MA 1ZBUA 4M45A 1ASWA 4BWMA 3HSTB 4CJVA 5J2MA 2X74A 4FLWA 4QCLA 2XHBA 1WSHA 2G8UA 4KV8A 4KO0A 3ZSOA 4F2SA 4M3TA 1L5UA 1CLQA 3OYHA 3SYZA 1NJWA 2B6AA 1NK7A 2GV9A 4KTZA 1SL2A 1YVUA 4CEAA 4CECA 2D0BA 4OKJA 3V1OA 1SUQA 4CGDA 4KTQA 4CIEA 2G8WA 3AO5A 3PX6A 3QINA 4AHUA 3AA3A 1NK9A 4DQQA 4CERA 4CHPA 1TKZA 1HQUA 4KTWA 1BGXT 1RT3A 2YV0X 4FLYA 4FM2A 4EZ9A 1BI4B 3TR8A 1U47A 2IC3A 3SZ2A 2A1SA 3VA3A 3AVLA 2JGUA 4F2RA 3VQ8A 5JS1A 1NK5A 1ZBLA 3KK2A 3KLIA 3G10A 2B4JA 4DTPA 1C1AA 3RMCA 4M3ZA 1S1WA 3VN5A 3SQ4A 1SL0A 3S3NA 4RW8A 3SQ2A 3S3OA 1RDDA 2GBZA 2IAJA 4DSFA 4M42A 1ZBFA 1HYZA 1JLQA 3THVA 3NBPA 1YT3A 1J5OA 4F3OA 4N76A 4CHYA 3WNGA 4CF2A 1VSKA 1TGOA 4FM1A 3S9HA 1HYVA 1VSHA 3D45A 4DMNA 1HNVA 3VQ7A 4DFKA 4DTXA 4DFJA 1D9DA 1A5XA 1BQMA 4W5NA 2A1RA 1U4BA 3TAMA 1NJZA 4OPJA 2HVHA 4DU4A 1O1WA 3NHGA 3UIQA 5HBMA 4DTRA 4Z4EA 3CYMA 3DLEA 3V9SA 4E7IA 3O3FA 2YNGA 4M3WA 4NYNA 3ZCMA 4B9UA 1C1BA 2G8HA 2RKIA 3IG1A 1L3SA 1CZ9A 4CJPA 2YNHA 5CYQA 3SV3A 3DYAA 2HMIA 1LAVA 3EY1A 3NDKA 2G8FA 3KLEA 3KK3A 3RMBA 4B9SA 1BHLA 4IDKA 3QLHA 4I9QA 3EYZA 4NCAA 1VSEA 4HUFA 4Z4IA 1DTTA 2D0AA 3VQ9A 1XHXA 3ZT3A 1BIZA 3CM5A 4DF4A 4FLXA 3TAQA 4FYDA 4I9LA 4NYFA 4B08A 3OS2A 3AVFA 1QSYA 4C8MA 4ID1A 1UA1A 4CFAA 5J1EA 3V6DA 1HQEA 4DS5A 1RTIA 5I42A 1WLJA 4IFVA 4FJ8A 4FJJA 3IS9A 3OY9A 4GW6A 5KTQA 3HXMA 1T05A 1J54A 1HNIA 4PQUA 1R0AA 1W0HA 2ZD1A 1Q8IA 2NUBA 1IKVA 2KTQA 2FBXA 4Q0BA 1G15A 1RTDA 4BWJA 1TV6A 4H8KA 1QS4A 2WONA 2DFFA 4CJQA 2RPIA 4QAGA 1ASUA 5HRSA 3AVHA 5J2PA 3OYAA 1S1UA 1C1CA 3QNOA 1NK0A 1GOCA 5DK5A 1SL1A 4M41A 4CEDA 4KI4A 3KD1E 3OYGA 3TWHA 3AO4A 3HPHA 1TK0A 4WE1A 4KHQA 2OPQA 3HL8A 1MU2A 3DI6A 3C6TA 3NF9A 3L8BA 3SJJA 4O55A 4FZXC 1ZBIA 4KAZA 4LSLA 5C24A 4NCBA 3TARA 3E01A 4NCGA 4RW7A 3V9XA 3DLHA 5J2QA 5KI6A 1Z25A 3NH1A 1TVRA 3O4NA 2XY6A 1KFSA 3SPZA 1WAFA 3QESA 2VG6A 1TK8A 4YFUA 2P1JA 2P51A 3V1QA 3M8PA 2XO7A 1UA0A 1L3UA 1QSSA 1VSLA 3O3HA 1XWLA 4ZTFA 4J2DA 2OPRA 5KRTA 1RBRA 2IS3A 1X9MA 3NE6A 3VQEA 3AVCA 4OKEA 2IOCA 2BGGA 3CFRA 3OYLA 2PYLA 4M3RA 2HHTA 2YKNA 4C8NA 3KLHA 5J2NA 4FW1A 2X78A 1WSFA 4DTSA 2VWJA 3NAEA 3QEWA 2Z1GA 2G8KA 4OPKA 3SUOA 1ZYQA 4CFBA 3HVRA 3PV8A 1KCFA 1XHZA 1EP4A 4BE2A 4K8XA 1LV5A 3AVAA 3VQCA 4AHTA 4IG3A 2YHAA 3T1AA 3KKRA 3VQ6A 3OYMA 2X6SA 2LSNA 3KKSA 4EP5A 1C0UA 4LD0A 5FROA 4E7HA 5CZ1A 2QKKA 3ZT2A 1LWCA 4HCBA 3BGRA 4B9VA 2XY8A 2KZMA 3I8DA 3V4IA 3NCIA 3CG7A 3OVNA 3SQ1A 1ASVA 3SCXA 2RN2A 4BE1A 2O4IA 4KI6A 3T19A 3LP0A 1RT5A 5SWMA 4HVJA 3NH0A 4E19A 1SKSA 4E1NA 5D3GA 3V9ZA 1JLEA 4CF9A 3TAGA 3IAYA 3QERA 1NKBA 4ELTA 4M3YA 1YTUA 1U45A 1FKPA 3OS0A 3EZ5A 3RR7A 1S9EA 1NKCA 3SUNA 3AV9A 3V9WA 3HP9A 1RBUA 3HVTA 1K6YA 3VQ5A 5KGWA 4F8RA 1JXBA 3VQDA 4FM0A 5CYMA 3A2FA 4L8RB 4O0IA 3AVIA 3VQPA 1KVAA 2KQ2A 1RT2A 4DTNA 3ZSXA 3RMDA 3NFAA 3HO1A 4H4OA 4ICLA 3NF8A 5FDLA 3L2WA 1I3AA 1RTHA 2ZQBA 2KFNA 2KZZA 3RTVA 2HHQA 4FCYA 1REVA 1TAQA 2B5JA 4B9LA 3AA5X 3LP2A 1C6VA 3ZSWA 3OYCA 4CJTA 4B9TA 2HVIA 1UWBA 3JSMA 4CK2A 1RTJA 3MEEA 1JLFA 1BCOA 4CK3A 3QEIA 3AO3A 4IG0A 4CJFA 3M8QA 4AHSA 3KLFA 4DQPA 3TANA 4CGGA 3RR8A 1QE1A 3DOKA 3I0SA 2KFZA 2E4LA 3KTQA 3K59A 1NK4A 3DLRA 3TAEA 1RILA 2QXFA 4GVMA 4CIGA 3LALA 3PO4A 3ZSVA 4CJRA 3RRHA 1D9FA 4BDPA 4CHOA 3KLGA 3SI6A 1TK5A 3HPGA 3LZJA 1IG9A 2JLEA 4FZYA 1RDAA 3DM2A 3WNFA 3U3YA 4RG8A 1T7PA 4K8ZA 4MFBA 5FRMA 1I39A 1RBTA 2EX3A 3VQBA 1EKEA 1BCMA 3L2RA 1N5YA 2QK9A 4JLHA 1Z26A 3WNHA 4FVMA 4CJ4A 3K5OA 4W5QA 1VSIA 1TKDA 3LP3A 4CHNA 4DQIA 1VRTA 3L3UA 1WN7A 4DTUA 1CXQA 3QIPA 4KFBA 3LAKA 3VQ4A 3LWMA 3KJVA 3HM9A 3AVJA 4AHVA 3TAFA 3ALYA 1WNSA 4E7LA 2OZMA 4IKFA 1HMVA 3L2QA 1CXUA 1IO2A 4DQSA 3DLBA 2YHBA 4KHWA 3C95A 4MQ3A 3ZSYA 2HHVA 2DY4A 3ZSQA 3MXMA 1LW0A 1FK9A 3OJUA 4FJ5A 4JRPA 4E1MA 3VA0A 3TI0A 2VG7A 1Y97A 4DQRA 2HHUA 3O4QA 4CFCA 4EP4A 1BI4A 4B3OA 1GOAA 3SUQA 3DRRA 3NGYA 3P83D 2YNFA 3V9UA 4FJHA 5HRRA 2RF2A 2OZSA 4CEQA 4N56A 1XC9A 4OLBA 2WOMA 1Q9XA 1ITGA 4CCHA 1ZBHA 4W5OA 2DTUA 4ELVA 3AVNA 4B8AB 4HCCA 2OA8A 1HPZA 3OYNA 3BDPA 4M3UA 2AJQA 3ZT0A 1RCHA 1KVBA 4CHQA 2XY5A 4CF0A 3OYJA 4DS4A 1JLBA 3M8SA 5JS2A 1LAWA 4CEEA 4DTMA 1F21A 4KHUA 1RBVA 1S1TA 2ATQA 1NJYA 4CJ3A 3T3FA 1EETA 4FW2A 2ETJA 4DF8A 2HNDA 3OYBA 4E3SA 4B9NA 4FJLA 4FK0A 4CF8A 4CFDA 5HLFA 3NF6A 4PUOA 3S3MA 2Z1HA 5CY4A 4DFMA 4FJ9A 3SNNA 4JS4A 3K58A 4HUEA 1JLGA 4FLVA 4DU1A 4KB1A 4KREA 1LWEA 4CK1A 4PY5A 2X6NA 4CF1A 2E6MA 2GUIA 4Z4CA 1U49A 1TAUA 2HHWA 1X1PA 1DTQA 4CEFA 2R7YA 2XY7A 4DSKA 1EX4A 1RNHA 1L3VA 4DSIA 3ISNC 4CEBA 3MEGA 1QSLA 4CJWA 3AVGA 3RMAA 1S6PA 4KHNA 4KHSA 2Q3SA 1IKXA 3PUFA 1D5AA 3CFOA 4Y1DA 4FLTA 1NOYA 3HP6A 3ITHA 3L2VA 4KPYA 1LW2A 4E7JA 4CJ5A 4CE9A 3TAPA 3F9KA 5C25A 4LSNA 2Z1IA 2PZSA 1S9GA 4CJKA 1VK0A 4AILC 1NK6A 1KRPA 1XI1A 4ELUA 3CM6A 1CZBA 4HHTA 3ULDA 1WSGA 4CEZA 4C8LA 2QKBA 5CZ2A 5EU7A 3LPUA 3HYFA 4FXDA 3PX0A 2F8SA 1WSIA 4C8OA 1UOCA 4DLEA 4OGEA 1C0TA 2IGIA 3ASMA 1QTMA 4FJIA 1BL3A 1JLAA 1A5WA 3JYTA 1SKRA 3LPTA 4I7FA 3NF7A 4HUGA 4CHZA 4BDZA 1IH7A 2Y1JA 1KLMA 4ZTJA 1RBSA 3B6PA 3CFPA 5FRNA 4LH4A 1RT4A 3SPYA 4Z4FA 3K5NA 4KHYA 3OYIA 2E6LA 3V81A 4BE0A 4DFPA 1A5VA 4CJLA 3AO1A 1IKYA 1EXQA 1FXXA 2F96A 5KRSA 3OS1A 3O3GA 3QIOA 4DWIA 3LP1A 1SKWA 1VSFA 1RDCA 3D0PA 2P5GA 1W9HA 4DLGA 2EHGA 3KIOA 3NGZA 2HW3A 2O4GA 2HHXA 4FJMA 1N6QA 3HK2A 1S5JA 2BDPA 3OJSA 3AA2A 3ZSRA 2F8TA 1S1XA 4O0JA 3DLKA 3MXIA 1FKOA 1B9FA 3QO9A 1X9WA 2D5RA 4QOZB 3VQAA 2G8VA 4YNQA 1VSMA 3MECA 3AVKA 3QETA 2Y1IA 3OYKA 2YNIA 1YTAA 2HB5A 4LH5A 2IDOA 1NKEA 4KB0A 2Z1JA 3ZT4A 5I3UA 3DRSA 1C0MA 1RT6A 1BIUA 4N47A 4Z4HA 1TKTA 2I5JA 3C6UA 3PY8A 2OYQA 3DRPA 4JRQA 4FJNA 1IKWA 4Z4GA 3KD5E 4ID5A 1TL1A 1J9AA 3K5MA 3MEDA 1KLNA 3L3VA 3NH2A 3OYEA 3WNEA 4F4KA 3HJFA 2DFHA 2ITGA 2ZE2A 4XIUA 4OVLA 1QQCA 3LZIA 3QEVA 4CGIA 2P5OA 1WSJA 4E0DA 3LDSA 3M8RA 4CESA 1KVCA 1GOBA 4J2BA 4FJKA 1B92A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RW4A 1LCUA 5HODA 2XC7A 1TQPA 2E5ZA 3H08A 4CIFA 1WRJA 4Y33A 1NOZA 4CJEA 5AQKA 4JI7K 4OGCA 4AYBA 4G6TB 4HX8A 2V6CA 3CTAA 3TABA 3ZSZA 4FWQA 5KVRA 1T8EA 2GZWA 1KSPA 2JZYA 4BRMA 2E5LK 4MEYF 4DTJA 4OLAA 4CJUA 3SMPA 4HOBA 4I09A 4XKCA 5BPLA 1LPQA 3UKRB 3OYFA 1FTTA 1X3ZB 3CJBA 5LJWA 4TSXA 1Z7UA 2VG5A 3H36A 3K5LA 1VSDA 3A02A 1S8NA 1TNSA 4B09A 4BWMA 1BWFO 3ABKH 2E34A 4F2SA 1L5UA 3OYHA 3P9KA 3H0DA 3OIQA 4BRGA 2MLGA 2OZUA 1SUQA 4KTQA 1X19A 1D3YA 1T56A 5JMVA 1TKZA 3RSEA 4KTWA 4FLYA 3LQQA 3RZOJ 1SD7A 3KLIA 3G10A 2IA2A 2A6EF 1S1WA 3SQ4A 4HNVA 3M8JA 2IAJA 3KLNA 1H0MA 4F3OA 3SFIA 1P4AA 3VSLA 4DTXA 1B6AA 2CUFA 2FSWA 2A1RA 3E6BA 4Z4EA 4B9UA 5AZJA 2VCPA 3VENA 3SV3A 3GUDA 2DA5A 1VQPI 2IS6A 1X1AA 4MFDA 3SDGA 2EPFA 4HYEA 2E88A 1KU2A 4A3LJ 4OINF 2M7AA 2P5KA 1J54A 2FOWA 3GL1A 1Z7LA 4Y13A 3M9AA 1G15A 1RTDA 4BWJA 3E9OA 4ETSA 1QS4A 3ZMVA 1GVJA 2PFUA 4M3DA 3HI0A 5L3GA 3PIOF 5KPTA 3TOBA 3S2WA 2VBZA 5J3LA 4FZXC 1B8IA 2E7XA 4NCBA 4UV9A 4BY9C 1EH6A 3O4NA 5DS9A 1QPIA 1T6CA 3FZKA 4YG2F 4X66K 3CCRN 2BZTA 2MFZA 2XF6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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