The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
55
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structure length |
55
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Chain Sequence |
DIDERNIFFELFDRYKLDKFSTWSLQSKKIENDPDFYKIRDDTVRESLFEEWCGE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the yeast URN1 splicing factor FF domain: Comparative analysis of charge distributions in FF domain structures-FFs and SURPs, two domains with a similar fold.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| molecule tags |
Unknown function
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| molecule keywords |
Pre-mRNA-splicing factor URN1
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| total genus |
10
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| structure length |
55
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| sequence length |
55
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-08-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01846 | FF | FF domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | FF domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1UZC A; 2K85 A; 2DOD A; 2CQN A; 2DOF A; 2LKS A; 4FQG A; 2E71 A; 2KFD A; 2KIQ A; 2KIS A; 2L9V A; 2DOE A; 2KZG A; 2B7E A; 2JUC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3MZ8 A; 2K86 A; 4UVB A; 1P7J A; 3C2G A; 2O8X A; 4AIH A; 1B8I B; 3HUG B; 3BP8 A; 5FJ8 J; 3CCM I; 4G7H F; 1WI3 A; 2ZCW A; 2ZME B; 3BG7 A; 3L7W A; 4M3D A; 5K7H A; 1YW7 A; 3GTJ J; 3TO6 A; 2BGC A; 4XLN F; 4J19 A; 2HGC A; 4RDU A; 4A3K J; 3DFG A; 3FMR A; 3QU6 A; 2FOW A; 2CQQ A; 4RGU A; 3S2W A; 2F5F A; 4N4O B; 3P9I A; 5FKO A; 3H9J A; 2CUF A; 1O3Q A; 3S15 J; 5F0C A; 4IKF A; 3DBL B; 4CCL A; 2X85 A; 1IV8 A; 3DEU A; 2R7W A; 2RNJ A; 2HR3 A; 4O5V A; 3GXO A; 4BE1 A; 2F6C A; 2XDV A; 3KEQ A; 2KQR A; 2VJJ A; 2P8T A; 3NQO A; 2PJR B; 3GYH X; 2HFH A; 2F5V A; 2HDC A; 2IRF G; 4H4K C; 2F5E A; 3CJR B; 5DTD A; 1DGR M; 3DTE A; 1JKO C; 4I99 C; 5EDN A; 3NAU A; 4L5J A; 2RNG A; 2XSJ C; 4IX7 A; 2DOF A; 3QOE A; 5J4V A; 3QQA A; 2BW3 B; 2EB7 A; 3J80 Z; 4NQW A; 2HOS A; 1IUF A; 2KDZ A; 4HEA 2; 3OL4 A; 4ENK A; 2Y0M A; 4CH7 A; 2PMZ N; 1MBH A; 2AQE A; 3FF5 A; 5CVJ A; 3F0C A; 2VXZ A; 2AHQ A; 1VQ4 I; 3IRQ A; 1W36 D; 3WU1 B; 3EDP A; 2WV0 A; 3ZMT A; 2BBY A; 3DBR B; 5H6R A; 3B73 A; 2JN6 A; 4CO8 A; 3SDG A; 5M5X J; 1IN6 A; 4DJA A; 5BOX A; 2DOD A; 3TP3 A; 4IQJ A; 3KP5 A; 3RKY A; 3MKW B; 3OYE A; 2P6S A; 3ML6 A; 4HDV A; 1W5S A; 1UMQ A; 3AG2 H; 2LF8 A; 1LFU P; 5E17 F; 3Q3S A; 2M34 A; 5B1A H; 2ACJ A; 3WTZ A; 5CVI A; 2HQN A; 3IH4 A; 1QO0 D; 1TZL A; 3LSI A; 2XPV A; 2K3P A; 3JRH A; 2DCE A; 3H5A A; 4BEH B; 2OTJ I; 2H1K A; 4EJU A; 1FMV A; 2LNB A; 3K69 A; 2MC3 A; 1FTT A; 3ECO A; 1GXQ A; 3U9G A; 3QYE A; 4K2E A; 1KU7 A; 1WCM J; 2N8G A; 2G0E A; 2E71 A; 4RB2 C; 3FXQ A; 4P1W A; 5E8G A; 2NVQ J; 2XPW A; 3JRD A; 5FO5 A; 3OSG A; 2BZT A; 2LY1 A; 5K5R A; 3LQR A; 1DP7 P; 3GTM J; 1SD5 A; 2IA1 A; 3C7J A; 3H9G A; 3S3O A; 2EA2 A; 1IAW A; 2DJN A; 5CLS A; 1W5T A; 3FHZ A; 1H9G A; 4XKW A; 3C3W A; 4BJ6 C; 4DIQ A; 1A6I A; 4UVC A; 2E2H J; 2E1N A; 3S1R J; 1LEB A; 2R5Y A; 4QLC U; 3OV8 A; 1H88 C; 1QVU A; 2CFO A; 1YIJ I; 3LSJ A; 4PJM A; 1JKR C; 5FKM A; 1APL C; 3K6G A; 3R61 A; 3LSM A; 3CJQ B; 1E0E A; 2X48 A; 5GTI C; 2CG4 A; 2VBY A; 1BOA A; 2XAQ A; 2IJL A; 2QA4 I; 2LVS A; 4B43 A; 2LY9 A; 3SJM A; 2HYJ A; 2ZNY A; 1DDN A; 1TWH J; 4M9Z A; 2W25 A; 1OIS A; 3IUO A; 2WAE A; 5EEA A; 1MSE C; 1HA8 A; 1Z7U A; 5J1R A; 4HAM A; 1IG7 A; 5DM6 F; 1D0Z A; 3BR2 A; 3K2A A; 2QKL B; 3J7A Y; 1HKQ A; 4RGS A; 1FY7 A; 3BTL A; 4P9F A; 1BW6 A; 4KIF A; 4BQA A; 1N78 A; 2A69 F; 1MDM B; 1T95 A; 5IYB J; 4PJ0 C; 5C44 J; 2DOA A; 4XBF A; 3E7L A; 1I5Z A; 1DU6 A; 3FK6 A; 4C9Y A; 2L7F P; 3L2Q A; 3QP5 A; 1WH7 A; 4BU2 A; 1ETO A; 2DA7 A; 4XRS G; 3CES A; 4KIC A; 3RKW A; 3GX4 X; 4ZDO A; 1HW5 A; 3RKQ A; 1I50 J; 2DQL A; 2RDP A; 1SAU A; 1JE8 A; 2LP0 A; 2WTE A; 4U87 A; 5E3O A; 4Y4R A; 2DA5 A; 2CQ7 A; 3ABM H; 5E3N A; 1SFU A; 2WY7 Q; 3CMY A; 1HKS A; 4E7K A; 1IZ1 A; 4CXF A; 4UNO A; 1J59 A; 1T0F C; 5A2Q Z; 2VLA A; 4CCM A; 3S3M A; 2STW A; 4A3C J; 3L2C A; 1R5H A; 1K78 A; 3ZQI A; 3WGG A; 3HDD A; 4PJL A; 3EYY A; 2L4A A; 2CMP A; 3V4G A; 3OYL A; 1OCZ H; 2KRH A; 2HKX A; 3OYA A; 1XGO A; 2NVY J; 2P81 A; 3G3Z A; 2ZJQ F; 3OYH A; 4PZJ A; 1IJW C; 2RQQ A; 2IGO A; 4LOC A; 4BE0 A; 4F7Z A; 5IOY A; 4CYC B; 4PUS A; 3Q5F A; 4ZTF A; 2XB0 X; 2AXL A; 2BY2 A; 1LE8 A; 3HRM A; 3LNQ A; 2CQK A; 3G1O A; 3LSG A; 3FMQ A; 2HXO A; 2HPI A; 3UR3 C; 1T38 A; 1U8B A; 4CSW A; 2LRD A; 4PFP A; 3FKJ A; 2XPU A; 1IC8 A; 2LTP A; 3GTG J; 3B6A A; 5LRS A; 1MGT A; 1FC3 A; 1N77 A; 2L5Q A; 3NWS A; 4B48 A; 2DYS H; 2PFB A; 3PNY A; 3QWL A; 2ZB9 A; 2R7O A; 4N9I A; 2R5Z B; 1CGP A; 3A01 B; 3BDD A; 5BMZ A; 5L3D A; 3JRB A; 3F21 A; 2XAS A; 2OA4 A; 2IW5 A; 1BI0 A; 2VPR A; 4HBL A; 5LD2 C; 4HQE A; 3GTO J; 1LJ9 A; 2HOE A; 5FRO A; 2HEO A; 4V2F A; 4XR6 A; 1K7A A; 4R79 A; 2DFE A; 4MGR A; 4O6J A; 3SFZ A; 4CZZ A; 2FJ1 A; 4P9U A; 4V2G A; 2COB A; 2CJJ A; 4AVP A; 4M9X A; 3GEZ A; 3KYC B; 1SEU A; 2Q2E B; 2KL4 A; 2VBW A; 4UUS A; 4JX6 A; 2DO7 A; 3FXO A; 1I27 A; 1UCR A; 3KYL A; 2QCO A; 2ID6 A; 5JLX A; 1YIO A; 3TO9 A; 3OS0 A; 1R6R A; 1A04 A; 2LSO A; 3OIP A; 3BZK A; 4II2 A; 1W4M A; 1X3Z B; 3D5L A; 2LKP A; 1R00 A; 1G3W A; 1ZGA A; 5HDG A; 1IGN A; 2JT1 A; 1BI3 A; 4G6Q A; 4B3X A; 1FX7 A; 3O2P E; 1ZAR A; 2CH0 A; 2W85 A; 3FXJ A; 1EF4 A; 3L2U A; 1P2F A; 2M5W A; 4M72 A; 5FKK A; 3M1C A; 3L9F A; 3M8F A; 3CME I; 2J5O A; 5FGM A; 2PEX A; 4M3B A; 2LMD A; 3ERM A; 2O7O A; 4M3G A; 3U1K A; 2OCE A; 4I02 A; 3IKT A; 4L5E A; 4ZYD A; 2RQP A; 3W2W A; 4E7L A; 1Z67 A; 3CO7 C; 4ESJ A; 1T8I A; 3FBN B; 4HSR A; 2LR8 A; 5F1R A; 2JA8 J; 1R1U A; 3TGN A; 3OMY A; 4DBR A; 4JX4 A; 3OS2 A; 1SFE A; 4KT5 C; 5LEJ A; 4HV5 A; 1R23 A; 5FD5 A; 2ICW G; 3GF2 A; 4FX0 A; 2L7M P; 5F0H A; 4M3E A; 2W48 A; 2CYY A; 3ZPL A; 1MND A; 4U0W A; 1X2N A; 1U78 A; 4JYK A; 1DP3 A; 1J7K A; 4UUV A; 1FZP B; 2M3A A; 2XIG A; 4DOZ A; 3ZMZ A; 2Z9O A; 3DU6 A; 1YFH A; 4CDG A; 5M3F J; 1X4P A; 1I1G A; 1QHG A; 3S2D J; 1D5V A; 3JRE A; 1X1B A; 1DUX C; 2O3F A; 1ZHF A; 4C2T A; 3GZ5 A; 1XGN A; 4AU7 A; 3HTU A; 2JVG A; 3K4N A; 3KEO A; 1JKQ C; 2JK3 A; 2PBI A; 2RN7 A; 2W00 A; 4EGY A; 4ESF A; 2JPC A; 2RRE A; 5HOO A; 1XMX A; 2MLK A; 1ZH5 A; 1Z0X A; 1FWZ A; 1TNT A; 5J1Y A; 2XF5 A; 3I55 I; 3RZO J; 3PM1 A; 3BR3 A; 4IZZ A; 1G3S A; 1K6Y A; 3M07 A; 3GZ6 A; 4FET A; 2VON A; 1REP C; 1AOY A; 3HSR A; 3DPL C; 3K1P A; 1WHU A; 4BDZ A; 2DK8 A; 4NB5 A; 1K4T A; 3AG3 H; 5EEG A; 1TW2 A; 5DDG A; 3O3K A; 1FIA A; 3BY6 A; 1O3T A; 2JWT A; 1O3R A; 4HF2 A; 4G6T B; 3OS1 A; 3S1N J; 3OYN A; 3KLO A; 2QEX I; 3I58 A; 4IL6 C; 4B1R A; 3N05 A; 4KDP A; 1S9H A; 2VIX A; 1B4A A; 2LLK A; 3MZY A; 3V8K A; 4ZYH A; 3BCB A; 3H0G J; 2ESN A; 1F1Z A; 1KA8 A; 2IS1 A; 1JT6 A; 4KYW A; 4H0E A; 4B09 A; 2FOK A; 2A6E F; 4KJZ A; 2IPQ X; 3OYI A; 4EMS A; 1YQA A; 1ODD A; 1FBS A; 4XOR A; 3RZD J; 1LEA A; 2VUM J; 3QAH A; 5L3E A; 1GVJ A; 3I4M J; 3F8M A; 5ICE A; 2DW4 A; 1ZGW A; 5E1W A; 2X51 A; 4AID A; 2CS3 A; 2JUC A; 2PLY A; 2D2W A; 5FLX Z; 2R7V A; 2RAE A; 1U8R A; 2LY2 A; 1FTZ A; 3Q0U A; 3RPQ A; 5AON A; 3WTT C; 1ZGJ A; 1WGX A; 3W6V A; 1WVR A; 2UZK A; 5KCM A; 1K4S A; 5E3L A; 2IGM A; 4ESB A; 2DU9 A; 4ASN A; 3K7A J; 2VL8 A; 4EGZ A; 1UJ8 A; 2R7R A; 2VT2 A; 4LK1 F; 4RAY A; 2LF7 A; 2DTZ A; 4LLL A; 4L0Z B; 4LMY A; 2VT3 A; 1A6Q A; 1LE8 B; 3RI4 A; 2JA2 A; 2KKO A; 3D5R C; 2VBX A; 3R0A A; 4KA4 A; 1T39 A; 4U0V A; 2YS9 A; 4WWC A; 3ZQQ A; 1VQ7 I; 1OCC H; 4DQ2 A; 1HDP A; 2RV8 A; 3I9V 2; 4II3 A; 4CIC A; 1VQK I; 1RUN A; 1UZC A; 2M45 A; 1TQM A; 1S29 A; 1O7L A; 3SYT A; 1BC8 C; 4LFU A; 3F72 A; 2FRH A; 1R5G A; 4MEY F; 4PSX A; 1EH7 A; 2K40 A; 3DPT A; 1S8N A; 2K7L A; 2DLL A; 3S32 A; 2X1E A; 1S72 I; 3DKX A; 4DZJ A; 5EGO B; 4BBS J; 2EIM H; 4KIB A; 5CVU A; 2E2I J; 3T0Y A; 1Y0U A; 1IDZ A; 3KZI C; 4Q5S F; 1P7I A; 3CF5 F; 1RIO H; 1TNS A; 3H5R A; 3ZMD A; 2E1M B; 4ITV A; 2X6Y A; 1WZ2 A; 2K9S A; 2ID3 A; 2UXX A; 1EH6 A; 4L9T A; 3LMM A; 5LGN A; 4IHS A; 1WJB A; 3TDZ C; 2A5W A; 1ZG3 A; 2Y69 H; 2M4K A; 3AL0 B; 4HX4 A; 5LHG A; 2OAZ A; 4QWQ A; 3GTQ J; 4XLC A; 4ETS A; 4NDL A; 4NC8 A; 1GXP A; 4HV6 A; 4QIW N; 1RR7 A; 1IRF A; 1FBU A; 2FU4 A; 5BPI A; 1XSX A; 1TQP A; 3FHN A; 3I53 A; 3IC7 A; 1Y1W J; 1AWC A; 1U9O A; 3GFM A; 1TQI A; 2VKD A; 3IV5 A; 5IT3 A; 4LLN A; 1R58 A; 2YPR A; 2IXS A; 1K6O A; 1X4O A; 4A0Y A; 1G2H A; 3V7S A; 2L9N A; 3FK7 A; 4BE2 A; 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5LRR A; 3SZT A; 3S93 A; 3RJP A; 3I4N J; 5JVT A; 4EQQ A; 2WB1 A; 1IXS B; 2WY8 Q; 1UFM A; 3VSK A; 2R7S A; 1GV2 A; 3TQN A; 4BAY A; 4MIM A; 3CMM A; 2P7V B; 2GQQ A; 3BC8 A; 3DPU A; 4AUX A; 4HDU A; 1ZG1 A; 2HTS A; 4OMY A; 1Y1V J; 4BHC A; 3M4O J; 1S7O A; 1HXD A; 2OZU A; 1D8J A; 5F6F A; 4LB6 B; 2HYF A; 3HOZ J; 2HS5 A; 1GT0 C; 2D5V A; 1JJ8 C; 1IRZ A; 2IBD A; 3GTP J; 1PP7 U; 1H89 C; 5EG0 A; 3F8B A; 1V5F A; 2VBZ A; 2Y2Z A; 2WB1 N; 1O57 A; 1YE9 A; 2CUZ A; 4YII A; 3K9T A; 4A3D J; 3HKZ A; 4ZH4 F; 5B5E C; 2YU9 J; 3OR1 C; 4NUB A; 1HF0 A; 4J00 A; 1LQ1 A; 2ZME C; 2R7Z J; 2QSF X; 4WCG A; 2R5Z A; 1D5Y A; 3OYJ A; 3E1S A; 1Y39 A; 3HSF A; 5GTH C; 5IYD J; 1OPC A; 2V1U A; 3REO A; 5FFZ A; 3FXR A; 4BDY A; 1YTY A; 2RC4 A; 2VC0 A; 1SVO A; 4PGH A; 4BGD A; 3CCL I; 4C2U A; 2PMU A; 1FOX A; 3FXK A; 4D0P A; 1KU9 A; 1LFP A; 1QVT A; 4KT6 A; 1BI2 A; 1R22 A; 3GO5 A; 3RKX A; 4D9J A; 4YFK F; 4S04 A; 3CCJ I; 2HI3 A; 4UVA A; 1I6X A; 3DTI A; 3CUQ C; 5IT9 K; 3PL8 A; 1IUY A; 3MN2 A; 4YIR X; 2OQR A; 1HOM A; 4ANJ A; 5HLH A; 2RKH A; 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