2DFEA

Crystal structure of tk-rnase hii(1-200)-c
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
209
structure length
209
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGWKTTQDMINKST
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Conformational contagion in a protein: Structural properties of a chameleon sequence
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
molecule tags Hydrolase
source organism Thermococcus kodakarensis
total genus 69
structure length 209
sequence length 209
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 2dfeA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2dfeA01
4DTNA 1VSKA 3V1RA 3RMAA 4CJQA 3VQBA 4KHQA 4OKJA 4E1NA 4DLEA 4DFKA 1QQCA 4CFAA 3HPOA 3ZSWA 3V9SA 1SUQA 1WN7A 4O44A 3LP1A 3LWMA 3K57A 1QE1A 4DS4A 1WSHA 2ZD1A 1HYZA 3A2FA 1VRTA 1BQMA 1NKEA 1RT4A 2LSNA 3TAQA 4DG1A 4CFDA 1Q8IA 1UAXA 2FBVA 3L3UA 1NK5A 4KRFA 2DFFA 3LZIA 4FJXA 4F3TA 4W5RA 2Z1JA 3JYTA 3SV3A 1TL3A 3U6FA 3KLHA 3NFAA 3V81A 2HVIA 4CJSA 1NOYA 4CIFA 2HHVA 3NCIA 3TAMA 4KAZA 4ID1A 1B9DA 2NUBA 1VSMA 3DOLA 1JLAA 4Y1CA 3ZSQA 3ZT0A 2PYJA 3CFOA 2VG6A 4I7FA 4CJTA 4B08A 3TABA 4LH5A 1XI1A 4FJKA 5FRMA 3CM6A 2X6NA 1LAVA 2YNGA 2KW4A 3OY9A 2KTQA 4W5OA 1HYVA 4DWIA 2KFZA 1NK9A 2G8KA 3OYDA 2KFNA 1KCFA 2GBZA 3OYEA 3QINA 3V1QA 1YT3A 4N56A 4F2SA 3AO5A 2R7YA 4I2PA 4CF0A 2VWJA 4F4KA 5EU7A 3TAPA 3I0RA 3HP9A 1A5XA 3VQCA 3PX4A 2VG5A 4GMJB 4B3OA 4QOZB 1J54A 4HUGA 3LALA 4FLZA 3QEXA 1RT7A 3MEGA 2E4LA 1BCOA 5HRNA 4ELTA 1VSJA 4ICLA 4IKFA 4B9TA 4FJGA 3RR8A 1FK9A 3V4IA 3AA5X 4CK1A 3EY1A 2P5OA 4PUOA 3MXMA 4E0DA 3DRSA 1S6QA 3LAKA 3SJJA 2PYLA 4BDPA 2G8WA 3OYBA 3HXMA 4NYFA 4CFBA 4K8ZA 4Z4EA 1LV5A 3L2WA 1D9FA 3HT3A 4CEOA 1KFSA 3ZT2A 4PWDA 2YNIA 4ZHRA 2RF2A 1GOBA 1RBUA 3DLEA 1ZBFA 3IG1A 1FKPA 2IAJA 4FJ7A 1WSEA 3O3FA 3PV8A 1VSEA 4NYNA 1N6QA 4J2EA 3E01A 4O0IA 3KK1A 3K5OA 5HP1A 1BGXT 3CG7A 4NCAA 1RT6A 5JS2A 3AVIA 1VK0A 4CHZA 3SCXA 3TARA 2IC3A 3BGRA 1GOCA 2KZZA 4OGEA 4DSKA 2XO7A 5CY4A 1RDDA 4OGCA 4FLXA 3M8SA 4FJNA 3VQDA 3K5MA 1VSIA 2DTUA 2YHBA 1RDCA 1U4BA 4G1QA 4IFYA 4UQGA 1TK5A 3RMDA 3VN5A 1S6PA 3S9HA 4FXDA 3AA4A 3AVNA 3U3GA 3AVAA 5DK5A 3KLFA 4B9NA 5E41A 1TV6A 3VA0A 3PX0A 3DLBA 4FZYA 1BIUA 3WNHA 4LH4A 1W9HA 1VSDA 3G10A 4DSEA 1NK6A 2F8TA 2RKIA 3SUNA 1T7PA 4DTXA 3VQ6A 3QERA 1ASWA 3DRPA 4M41A 4DTOA 4CGJA 3B6OA 3TWHA 3T19A 3L8BA 4HUFA 3AVKA 1LWFA 1WLJA 4DQSA 4B8CA 4M3YA 1K6YA 3NHGA 2G8HA 1S5JA 2OPRA 2Q3SA 4J2DA 2ITGA 1KFDA 4RW4A 4KPYA 3CYMA 2FBTA 3OYHA 3MXIA 3ZT1A 3ASMA 4CEBA 1I39A 3OS1A 3SUOA 4FJLA 3RMCA 4I9QA 2X74A 4FJMA 3HSTB 3SZ2A 3TR8A 5J2PA 1TKZA 3THVA 4AHVA 1J53A 3OJSA 2W42A 4FM2A 1C1CA 2XHBA 3RWUA 2HVHA 4KI6A 4KHYA 4EP5A 4CHYA 3NH0A 4Y1DA 3IRXA 4BACA 3OS2A 4CEQA 1CXUA 3OYJA 4DTRA 4C8LA 3CM5A 4J2BA 3IS9A 4CFCA 2XY6A 1X9SA 1X1PA 1B92A 3L3VA 4MQ3A 1O1WA 1DTQA 4C8MA 1RTDA 1S9GA 3PY8A 5KGXA 5J2NA 1U45A 5HLFA 4F2RA 1IO2A 4JRQA 2DFEA 2GV9A 2B5JA 1NK7A 3LP3A 1Z25A 3AVGA 3QLHA 1JLCA 3P83D 3NGIA 4FCYA 4B9UA 1RTIA 2EHGA 3I0SA 1JLFA 3RR7A 4KFBA 4F8RA 2XY8A 3AO3A 4Z4CA 4BE1A 3QO9A 2Y1JA 1JXEA 3CFRA 1UA1A 4M3UA 3SPZA 3HP6A 1F21A 3P1GA 5DMRA 1CXQA 5SWMA 2X6SA 4JS4A 3C94A 4I9LA 3QESA 4KO0A 1X9MA 1NKBA 2ZQBA 4B9MA 1RT1A 4AILC 4CJFA 3V9ZA 1Q9XA 2BGGA 2OYQA 4EZ6A 3AVMA 3BDPA 2F8SA 1WNSA 3M8PA 1JKHA 1XHZA 3SV4A 1TGOA 1IKVA 2G8IA 5I42A 2D0BA 2YNHA 1C0TA 2D0AA 4W5NA 1X9WA 1DTTA 3DLGA 3DOKA 3SPYA 4FVMA 3FFIA 4CGIA 1HPZA 4DLGA 3NAEA 4HHTA 3V9WA 3U3YA 4C8NA 1G15A 2ATQA 3AVBA 5CZ2A 3ZT3A 1CZ9A 1RILA 1TK0A 1L5UA 3SNNA 1EX4A 3D0PA 4ELVA 4BWMA 2YV0X 3ZCMA 2WONA 5C25A 3SQ4A 4ZTFA 1R0AA 3G0ZA 1YVUA 4H8KA 4KKOA 4CJWA 4DU4A 2Y1IA 2G8VA 4H4OA 3KLEA 3RRGA 4O0JA 1RT5A 4Z4HA 1T03A 1IKXA 2YKMA 4FK2A 1EP4A 4HCBA 4AHSA 3RTVA 3AVLA 4DTJA 3SUPA 3SI6A 1ZBHA 2HNYA 1XWLA 1C6VA 3DI6A 3QIOA 2DY4A 4LD0A 3OYFA 3SUQA 1QSLA 3KTQA 2IDOA 4FLUA 4J2AA 4CJ4A 4Z4FA 2OZSA 4BDYA 4PA1A 5FROA 3VA3A 4B8AB 3IAYA 2G8FA 1JXBA 4ELUA 4LSNA 4CJUA 3HJFA 4DTUA 1LAWA 4JLHA 4BE0A 3K5NA 4LSLA 4ID5A 3OYCA 1TKTA 3V9XA 1XC9A 3NF8A 3VQ8A 3KD5E 4DQIA 4FLWA 1T05A 3OYMA 1HNVA 1IH7A 2YNFA 1S1XA 2DFHA 3ALYA 3F73A 3V9UA 4FW1A 4E7JA 2BDPA 1KVCA 2OA8A 2PZSA 1RTJA 3DYAA 3ZSVA 3NF7A 3AVHA 3KKSA 1RT2A 4CJPA 3DLRA 1JLQA 4CECA 2I5JA 2ZE2A 4DQPA 2XY7A 3ZSZA 1ZYQA 1QSYA 3KLGA 1LWEA 3NF9A 4TSXA 1BIZA 1KLMA 2WOMA 5HRPA 1SL1A 5FDLA 4CK3A 4M3ZA 2HHSA 3AO1A 3ZT4A 5KRSA 4FLYA 2OPQA 4H4MA 3VQ7A 2HNZA 2D0CA 1L3UA 5JS1A 2EX3A 3D45A 4FK0A 1HYSA 4E7KA 5J2QA 1TL1A 1KRPA 2IS3A 2QKKA 1VRUA 3LPUA 4IFVA 4CK2A 4BWJA 2RN2A 4CHOA 4KV8A 3LPTA 1NK0A 4EZ9A 4CGDA 4KHSA 4Q0BA 4KTWA 1I3AA 3MEDA 3L2VA 3S3NA 4M3RA 5I3UA 4FK4A 2QKBA 3I8DA 3ZSXA 1ZBIA 1HJRA 4KREA 1WAJA 4WE1A 4M3TA 4E7IA 4CJLA 4FLVA 1RCHA 4YFUA 2VWKA 4FZZA 1RBSA 3M8QA 4M3WA 3O4QA 4AHUA 3OYNA 1UWBA 4BE2A 3DM2A 3EYZA 1NJZA 2QXFA 4C8OA 1TAQA 1J5OA 3PX6A 3MAQA 1BI4B 3HO1A 3QEWA 5HROA 3DLHA 1ITGA 1RBVA 1LWCA 4OKKA 1Y97A 4CF1A 1SL2A 2OZMA 2A1SA 3VQAA 4Z4IA 4M3XA 1UA0A 1GOAA 3ZSYA 3PO5A 3L2UA 4CJEA 3HL8A 2FC0A 1WSGA 4GVMA 4CEFA 2F96A 4CJ3A 3KK3A 3SQ2A 1BISA 4XIUA 5D3GA 4DTMA 4CEEA 1T8EA 3K2PA 3OS0A 4DSLA 4O55A 4DU1A 3VQ4A 2O4IA 1Z26A 1WSIA 5HRRA 2GUIA 3KLIA 3K59A 3L2QA 3P5JA 4FLTA 2HW3A 4HVJA 3QEPA 1HQUA 3S3OA 2D5RA 1C1AA 1SV5A 4IBNA 4IG0A 3LP0A 4Q5VA 1U47A 5KGWA 1QHTA 4E89A 4LY7A 4C8KA 1S1WA 3OJUA 3ISNC 3TANA 1VSLA 4OLAA 3HYFA 4DFJA 3ITHA 4DSFA 1BL3A 3HVTA 4DFPA 1SKRA 1RT3A 3AVJA 3ZSOA 1RDAA 3PO4A 1RNHA 3NH1A 1NK4A 3UIQA 3LZJA 4CE9A 4E7LA 4CIEA 1REVA 1C0UA 1U04A 4KTZA 4QAGA 4CIGA 3DRRA 2JLEA 3AO4A 3LDSA 1SKWA 4NCBA 1WSFA 3C6UA 3H08A 4N5SA 2E6MA 4GW6A 5K14A 4OLBA 4AHRA 4N76A 5CYQA 4HUEA 1ASVA 3AVFA 3TAEA 3HPGA 1HRHA 3QEVA 3NH2A 2OPPA 3L2RA 3JSMA 1QSSA 3O4NA 2P51A 4CJ5A 4FM1A 1B9FA 4CEAA 1RTHA 1NOZA 2IOCA 1RDBA 1TAUA 1ASUA 2B6AA 4E7HA 1RBTA 1S1VA 1C0MA 2VG7A 4M45A 4JS5A 4B9SA 1NKCA 1BCMA 1S1UA 3VQQA 4CF9A 4OPKA 4W5TA 4N41A 4OPJA 3NE6A 3B6PA 4FJ5A 4RG8A 4KB1A 1D5AA 4CGGA 3AV9A 4CF8A 3NDKA 1WSJA 4FJ9A 2HMIA 4CHPA 5CZ1A 1U48A 2P1JA 3HPHA 2G8UA 3TAFA 3M8RA 1SL0A 4AHTA 1QS4A 3O3HA 3K5LA 4KTQA 3AA2A 4CESA 2O4GA 1VSFA 3OYLA 1SKSA 4O4GA 1IKYA 1A5VA 4YNQA 3EZ5A 4ZTJA 1D8YA 1JLEA 1IKWA 1JL1A 3C6TA 3NGYA 2BE2A 1BHLA 3ZSRA 4B9LA 4K8XA 4HTUA 4RW7A 4AHCA 4RW8A 3WNGA 4KI4A 2BANA 4CJVA 1IG9A 3VQ9A 1C1BA 1TVRA 3V6DA 1JLGA 3F9KA 1FXXA 3KD1E 4EP4A 3QNNA 1KTQA 4CGFA 3LANA 4Z0UA 2HHTA 3HK2A 4FJJA 5KI6A 2YHAA 2KQ2A 3O3GA 4I2QA 3DMJA 3RRHA 2Z1HA 2HNDA 4B9VA 2E6LA 3MEEA 1VSHA 1Q9YA 4CF2A 1N5YA 1D9DA 4CEZA 1EETA 3S3MA 1BQNA 5J2MA 4FJHA 5HBMA 3CFPA 4DQQA 1L3SA 2HHQA 1DLOA 1FKOA 3VQPA 4FJ8A 1JL2A 3NGZA 1TK8A 1KSPA 4DTSA 2AJQA 3SQ0A 4IG3A 3VQEA 1S9EA 3AO2A 1HQEA 4CHQA 4CHNA 4AH9A 4CJKA 4R5PA 2XY5A 2PY5A 2HHXA 3KIOA 1NJWA 4FW2A 1ZBUA 3QETA 1J9AA 3CQ8A 1XHXA 4O5BA 3K58A 3V1OA 4M42A 1EXQA 1A5WA 1UOCA 3HVRA 4DF4A 5T7BA 2A1RA 3MECA 5C24A 5KRTA 1YTUA 4KB0A 3QIPA 1KVBA 5J1EA 3KK2A 3NBPA 3MXJA 4E1MA 4FM0A 4BDZA 2HHUA 1L3VA 1KVAA 4MFBA 4FZXC 3OYGA 4KHUA 3C95A 4CCHA 2B4JA 1MU2A 2RPIA 4CJRA 4FYDA 1WAFA 4N47A 1NK8A 4W5QA 1ZBLA 4L8RB 1CLQA 3TAGA 2FBYA 1JLBA 2YKNA 2HB5A 5C42A 4DS5A 3PUFA 2FBXA 4DU3A 4RW6A 3RMBA 3HM9A 3AVCA 3T1AA 3WNFA 4DSIA 5SZTA 1LW0A 2OPSA 4CERA 4DF8A 5CYMA 1YTAA 2XRIA 4OKEA 1U49A 3OYKA 4FJIA 1LW2A 1CZBA 1QTMA 5HRSA 3KKRA 3SQ1A 3SYZA 4F3OA 2HHWA 4RW9A 2Z1GA 4PQUA 3T3FA 3VQ5A 3DLKA 4NCGA 3WNEA 4E19A 2P5GA 1W0HA 3QEIA 4OJRA 5KTQA 4DSJA 1HNIA 4KHNA 2ETJA 1RBRA 3LAMA 4CGHA 4DQRA 1TKDA 3QNOA 4HCCA 5FRNA 2KZMA 2Z1IA 2X78A 4E3SA 3TI0A 4JRPA 4Z4GA 3NF6A 1EKEA 3OVNA 3OYIA 4PY5A 3LP2A 1TKXA 4DFMA 1KLNA 3LWLA 1HMVA 1NJXA 3KJVA 4OVLA 4DTPA 1NJYA 2JGUA 3ULDA 3AA3A 4DMNA 3OYAA 1BI4A 1L3TA 4CEDA 4KHWA 4IDKA 4QCLA 2QK9A 2IGIA 1S1TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OCEA 5K7ZA 3HYIA 1KAXA 1WI9A 1JCFA 2K85A 1HYZA 3A2FA 5GP9A 5D6EA 1Q8IA 4WQ4A 3P7NA 4FJXA 4S05A 3R60A 1TL3A 4DR5K 2DPUA 2NUBA 3HSCA 5KNLA 3FBNB 4PJNA 3OYDA 1W0TA 3RSEA 4GMJB 5E20A 5D6FA 1BCOA 4B9TA 3C6HA 4PUOA 2D0PA 3DRSA 4A69C 3CCRN 3FXMA 4XRSG 3J7AP 1HXDA 1JHFA 4A2UA 1UFMA 2X1CA 2FNPA 3CCYA 1P92A 1XD7A 4J2EA 5LFAA 4MO5A 4YIFA 5KAIC 2EFPA 4IOAL 3K4NA 5HODA 5A2QK 1HF0A 2EA2A 1JJ6C 3EKSA 3J7AO 4DSEA 4BGDA 2FE3A 1U9NA 3B6OA 3EEQA 2M5WA 2MH2A 4FWOA 2BW3B 3MXIA 3A0HC 2P9UA 3MZ8A 4HX8A 3W6VA 5C2FA 4CHYA 4PL7A 2M2EA 1R6RA 3OYJA 1IXSB 1X9SA 1WJBA 1B92A 4MLEA 1U45A 1Z25A 1NGDA 4B9UA 3HI0A 3ABUA 1YAGA 3VF4A 3K2AA 2K9SA 2VE9A 4CZGA 3OWTA 2XGXA 1FOKA 1IG8A 5C4XJ 3VYSB 1YUWA 4AVZA 2R7SA 5IWAK 1HKSA 3V9WA 4QPQA 1WBDA 3SDGA 1X3UA 3NEUA 1VQ4I 3CUOA 3GF2A 5CVJA 1YVUA 4XLNF 4DU4A 2HF4A 2XGDA 2ZGYA 2A6EF 1T03A 1F43A 3J81K 1VQ7N 3QIOA 2LK2A 2D45A 3IAYA 1FY7A 3D2FB 1R5HA 4XRSA 1KD1O 1S1XA 2PZSA 3O9TA 2ZE2A 3ZN1A 2Y0SN 4GV3A 2HNZA 5M3FJ 4CGDA 3CCVN 5J40A 2RNGA 4LK0F 4YFUA 2K9LA 4BRLA 4M3WA 2F5FA 2KRCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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