4R79A

Mos1 transposase paired-end complex with left transposon end
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
341
structure length
336
Chain Sequence
VPNKEQTRTVLIFCFHLKKTAAESHRMLVEAFGEQVPTVKTCERWFQRFKSGDFDVDDKEHGKPPKRYEDAELQALLDEDDAQTQKQLAEQLEVSQQAVSNRLREMGKIQKVGRWVPHELNERQMERRKNTCEILLSRYKRKSFLHRIVTGDEKWIFFVNPKRKKSYVDPGQPATSTARPNRFGKKTMLCVWWDQSGVIYYELLKPGETVNAARYQQQLINLNRALQRKRPEYRVIFLHDNAPSHTARAVRDTLETLNWEVLPHAAYSPDLAPSDYHLFASMGHALAEQRFDSYESVKKWLDEWFAAKDDEFYWRGIHKLPERWEKCVASDGKYFE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for the Inverted Repeat Preferences of mariner Transposases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords left Inverted repeat NTS
molecule tags Recombination/dna
source organism Drosophila mauritiana
total genus 97
structure length 336
sequence length 341
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2014-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01359 Transposase_1 Transposase (partial DDE domain)
A PF17906 HTH_48 HTH domain in Mos1 transposase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 4r79A02
1.10.10.1450 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 4r79A01
3.30.420.470 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4r79A03
2F5EA 4RB2C 5CLSA 5E8GA 1T2KA 3KEQA 4DNCA 3I54A 4OOIA 1BN5A 4U7DA 4A12A 4K2EA 2LDUA 4MEYF 1B6AA 2EFQA 3ISPA 3GUDA 1AWCA 3ULQB 2RGVA 3MWMA 2P7VB 1WWXA 2RDPA 3LQRA 1R58A 3QP6A 5E1ZB 2JTVA 4MEXF 2DO7A 1FYMA 1G4DA 3CTAA 3HIFA 4LK1F 2XAGA 1MJ9A 5DCFA 2YU3A 1P4WA 1EH6A 2IA0A 3SZTA 1FC3A 4HDVA 1FPQA 4JK1X 2MC3A 2A07F 1GXQA 1ZLJA 3FMRA 1IW7F 4G8XA 2O61A 2VC1A 1GVJA 1YS7A 3L09A 1KYZA 1OKRA 4ZYGA 2WTEA 3QPHA 3TOBA 4LFUA 3GW2A 1XSVA 4BH9A 1J59A 1ZG1A 2BYVE 1OR7A 1W7PB 2GA2A 1TW3A 4I01A 5FGMA 2TDXA 3BJAA 4L18B 2V6CA 5DD8A 4IVNA 2HGCA 2LF8A 5BPDA 2JPBA 4CZZA 3H3ZA 3GO5A 1ODDA 2YSRA 1KA8A 4F7ZA 4BXUA 2OZ6A 1U5TB 1ZAOA 5JI6A 3HRTA 3T0YA 2ISYA 4ENKA 3R0AA 2F7TA 2VBYA 3HUGA 2ESHA 4WXCA 1D5VA 1J5YA 4UV8A 2Y0MA 3LAPA 1OYYA 1O3TA 1XCVA 1P4AA 2PQ8A 2H6BA 3BPXA 1SD7A 3LA7A 3RPQA 3WGIA 1LB2A 1FYKA 1BI1A 4L9TA 3ZMVA 5HDNA 2BGCA 3BROA 4LGWA 2NAZA 2LSOA 5JR3A 2D1VA 2VT2A 2W25A 3F8BA 2P7CB 4R8HA 1FSHA 2FOKA 3WTXC 2AS5F 4OMYA 2DK8A 1DDNA 1LVAA 2QM3A 4RGSA 2PEXA 1S3JA 5KK1A 4RGXA 2KIFA 2VN2A 1A04A 1BI2A 3WTUC 1SD4A 4PCQA 4OIRF 5CJ9A 3U2RA 1U6GA 2F5DA 1LQ1A 1W5TA 5AIQA 4ENJA 4EJWA 4G7HF 1R1VA 2PJPA 2Z9OA 3E6CC 1TQPA 2IVMA 1G3TA 5H20A 1FWZA 3GFLA 3LFKA 4JBAA 4ASNA 1XB4A 4RS8A 3JSPA 4GO1A 4EM2A 3DV8A 5H6QA 3KEOA 5CVJA 3E5QA 1R1TA 2Z99A 4LK0F 4G7OF 1KU3A 4A6DA 2IW5A 3ROUA 4AIHA 3K69A 3QU6A 2Q8KA 1E17A 2Y48A 5ILSA 3ERED 3TGNA 5D5VB 3N4MA 3F8CA 2CW0F 1HSTA 4LLNA 4O5VA 3F8FA 4M6XA 3KETA 2W85A 3WTWC 5HS8A 1I1SA 1G6NA 2KIUA 1H0MA 3CUQC 3I5UA 4YIIA 3FXQA 3T8TA 1P92A 4GYIA 1G3YA 3RYRA 2O3FA 4KYWA 3GZ6A 1SFXA 2HDCA 1BJAA 4UV9A 3VODA 5D8LB 2D45A 4EMSA 4IHSA 1Q1HA 3V8JA 2JPCA 4EQQA 1YYVA 3QAHA 2WWYA 1EH7A 5LGTA 3EETA 4LJZF 1IXSB 3HRSA 4PZJA 4N9IA 2RC4A 2ZCWA 4FX4A 2BE5F 2DTRA 5FD5A 1UFMA 2JRTA 2K27A 3E5XA 4PGGA 2A6EF 4Q4ZF 1K79A 4I02A 3DFGA 1ONVA 2MH9A 5A2QK 4UHTA 4XBFA 1XDSA 1LDJA 3HHHA 1YQAA 1KU9A 2Y75A 4O6JA 3MZHA 4P5OA 3HSFA 3KZYA 3R6SA 2NNYA 5A2QZ 2VBZA 4RGUA 1O3QA 1TNTA 2O6GE 4UNOA 3ECHA 3RKYA 4A0XA 3DKWA 2DQLA 4XLNF 3SXYA 2AXLA 4KMFA 4HAMA 2UZKA 3BP8A 2HR3A 2OAZA 4GYGA 1R23A 3F23A 3E6MA 1QGPA 1B1BA 1OPCA 4WCGA 3BDDA 5L3DA 4G6DA 2D1HA 2ESNA 2RN7A 4D0PA 2F5FA 2GAUA 3V7RA 3GFMA 2HFHA 1B9MA 2HTSA 4UUVA 2FBHA 1MGTA 3E5UA 1FBUA 1E2XA 1YO5C 4M6YA 1EV7A 2EFOA 5JFRA 3RKXA 3WODF 3V7CA 5F1RA 2IT0A 4RGRA 4I2OA 2G9WA 2DFIA 4OIPF 3C3WA 1ON1A 1W4MA 2P4WA 4WXHA 5E17F 1O3RA 2QQBA 3TOAA 4CICA 1XGSA 4RAZA 2NS0A 1HKQA 1EH8A 2L02A 3TDUC 3IHUA 4U88A 4A2UA 1UHWA 3T1BA 2PG4A 3BOQA 2EV0A 3IRRA 1FNNA 3MEXA 2DLLA 3HSRA 2Q0OA 5DDGA 4DQ2A 2CFXA 4P9FA 3ZMTA 1IAWA 1GXPA 1R36A 2KJBA 2DI3A 3FM5A 1TTYA 2KIMA 2VOOA 3LSTA 5LHIA 3J7AO 3IL2A 2LF7A 1GHCA 4IRHA 1X3UA 1F4KA 3H3UA 1BIBA 2R7DA 4Z2YA 1PDNC 1FT9A 4N9HA 3FHZA 4RB1A 3L00A 3DXJF 4MDBA 2PLYA 3C18A 1S29A 4L5IA 3C1DA 2H27A 1J2XA 4MHGA 3RIRA 1FX7A 3HRUA 2XAJA 4QWQA 4A0YA 2PN6A 1XDUA 3B73A 3BPVA 4L9VA 1TBXA 4Q47A 1T0FA 4NHJA 2P6SA 3V4GA 3COAC 1OYIA 4JQFA 1LDKB 3I58A 1U78A 4ZYDA 2COMA 3ZP5A 5LHHA 4P96A 4KT5C 2E1NA 2OD5A 1K7AA 1O7FA 4CO8A 4Q48A 2IPQX 3KE2A 4HQMA 2XASA 5D5UB 1JHFA 4EM1A 4L5JA 1G3WA 3FM3A 3Q5FA 1Z9CA 3SQNA 5FFZA 5BPIA 3BWGA 4BHCA 4S05A 4HLYA 5BQTA 5LLQA 4IHTA 1HKTA 2EK5A 3QPTA 5E1WA 1QZZA 2HWVA 2K02A 2L3DA 3WGHA 4IXAA 5CVVA 1J9IA 1G3SA 1HQCA 3VOEA 1FLIA 3R4KA 4HV5A 3WE2A 2OU2A 2M30A 4ZZDA 4CHUA 1K78A 5L3EA 4LLGF 4EM0B 5LEKA 3WU1B 4MQ9F 4EVIA 3WTYC 2MH2A 3U1DA 5D4SA 1K6OA 1TQMA 3QP5A 3V8KA 2G7HA 1KU7A 1IZ1A 2GZWA 2VBWA 4KUMA 1LEAA 2PMHA 1I27A 2PBIA 4MTEA 1L0OC 3K9KA 2ADUA 5CVIA 3FZVA 2BV6A 2XV4S 3WTSC 3DPTA 3PQJA 2IJLA 3P9KA 1SD6A 5HS9A 2VODA 4O3MA 3IC7A 4UXNA 5FLXK 2CO5A 5K5OA 1VTNC 2OQRA 1BI3A 1Z05A 1F9NA 2MA3A 3HTSB 3I4PA 5FLXZ 3JTGA 2X0LA 1YW8A 2EV5A 3ZPLA 1KU2A 2C6YA 2A6HF 3M8EA 4B8XA 1BOAA 3KP2A 2XIGA 1IRGA 5CVRA 3DQVC 5IT9K 3J81K 3KLOA 1WQ2A 1L3LA 3RDIA 2QQ9A 1IUYA 4ESJA 5IT9Z 1HSJA 3J81Z 2FSWA 1ZLKA 4HF0A 3CUOA 1IXRC 2XKPA 5E18F 2P6TA 3K0LA 1K78B 2YPRA 3I71A 3EYYA 3ZQ7A 1U3EM 3QOPA 2CG4A 4IJAA 5LGNA 3RYPA 1DPRA 1LNWA 4G9YA 1B9NA 3M9AA 2V1XA 4EJTA 1HW1A 2LNBA 1O7LA 3SHFA 4EGZA 5LRRA 1Z6RA 1B4AA 3O6BB 3ELKA 3M8FA 3HYIA 4KFCA 1LDDA 1SMTA 4KIBA 5E20A 3IKTA 3H92A 5DD4A 1HW5A 1IN7A 2P8TA 2OA4A 2DU9A 1IN5A 3KP5A 2FA5A 1D8KA 3T8RA 4M72A 1S7OA 3PQKA 5TRDA 3DF8A 3IWZA 5HOOA 5FO5A 3HHGA 2HZTA 2VC0A 1BC8C 4XRFA 1T38A 5D5XB 3U9GA 5HS7A 3P9CA 4ETSA 2DPDA 2IA2A 5DCMB 5BMZA 4XSXF 3J80K 5LRSA 1YS6A 4MNUA 4ON0A 5ICFA 5AIPA 1O57A 5F6FA 2J5OA 2RKHA 2RNJA 3KP4A 2GA1A 4Y17A 2MLGA 3F72A 4YG2F 5JHUA 2HEOA 1YW9A 3CUQA 3HTUA 3J80Z 3CDHA 2L01A 2STTA 3GXOA 3LQQA 2H6CA 4XSZF 4EJUA 1ZHFA 2UWMA 2EA4A 3ZN0A 5DV5A 4ZYEA 3D5LA 4UVBA 4IRGA 1PP8F 1I6XA 1XMKA 3L7WA 2GXGA 1KQ0A 1ZRDA 1PUEE 1ZG3A 1RUNA 2HKOA 2EFPA 3D0SA 2FNPA 3GFJA 1BI0A 2O03A 3FXUA 2K7LA 1BBYA 4UVCA 3F6VA 4WK8F 4ESFA 2K4BA 2R3SA 4LB6B 2FXAA 2Z33A 2HYFA 4YFXF 3LWFA 1OYWA 1ZRCA 1ZGAA 2A61A 3WTZA 3TQNA 4U0YA 2XHKA 4OIOF 1BIAA 2EV6A 1V3FA 5ICEA 2FE3A 3DEUA 1RI7A 4MQVA 1JGSA 1FBSA 2ZKZA 1TLHB 2EJRA 1SFUA 4KDPA 3FMSA 2MBFA 4G94A 2PFBA 2YR2A 2O0YA 1ULYA 4RB0A 4FX0A 2XAQA 3T5XA 4HLXA 3E97A 4A5MA 3CUQB 1YLFA 1ZN2A 2HYGD 4MGRA 1DPUA 4IPAA 4EV0A 1R1UA 2VBXA 1IN4A 3ABTA 3W6JB 3OV8A 5ED4A 1QBJA 1IRFA 2VE9A 1XGOA 4LMYA 4PGHA 5J8CA 1BC7C 1DP7P 2W24A 3I64A 4A5NA 1QPMA 2CSOA 4M71A 4LG0A 5HVQC 1ON2A 2FMLA 4YFKF 3JTHA 4YFNF 1V4RA 4L9JA 3MZYA 2NRAC 4PDKA 2VONA 1ZARA 5EEGA 1S8NA 3MAJA 4ENMA 2DT5A 4U0VA 3RPUA 3ZN1A 1ZH5A 2UXNA 5CVUA 3GFIA 4KICA 2VT3A 1D3YA 2CYYA 1FBQA 2FBIA 3W6KB 1WKMA 1IN8A 4RB3C 3G3ZA 3OOPA 1JE8A 3I59A 2YX7A 2G7UA 1FZPB 4XLPF 1RIOH 4IRIA 5DUIA 1JXSA 3G73A 3HRMA 5JVTA 2M87A 3TO7A 1SFEA 2IP2A 5FD6A 3NQOA 4NQWA 3LA3A 1RNLA 4L9NA 2CWEA 5TJJA 3K2ZA 5BOXA 2HQNA 2BEOA 4ZYHA 3WU0A 3WTTC 2DPUA 1U5TC 4HX4A 1ZGJA 5HLGA 5LHGA 4WWCA 3E6BA 3NEUA 2ELHA 6PAXA 2EFNA 2H09A 4G7ZF 5LEJA 3Q9VA 3RTRA 1CF7B 2V9VA 3KP3A 1S6LA 3HOSA 2P5VA 1R7JA 1XD7A 3R60A 3GYHX 4YIFA 4LB5A 2Q2EA 1ZYRF 1P2FA 5L3CA 1PP7U 4KIFA 2CGPA 3QU3A 2JZYA 3F21A 5ICCA 3K1NA 4KMUX 3GX4X 3WTVC 3EUHA 2HOEA 1FOKA 3KLNA 5KVRA 2ZNYA 2XAHA 4EJOA 1YW7A 2L54A 4Y13A 4R1HA 2FEZA 3GEZA 5LBQA 4B09A 4LG0B 3WG9A 5HLIA 2VE8A 2QQAA 1TNSA 1BM9A 3RKWA 1SAXA 3RJPA 1UHMA 3CO6C 5AONA 3JAMK 2QZ8A 3M7GA 2RV8A 4KA4A 1D8JA 1HBXG 1H9GA 4HW0A 1USSA 3FMQA 5DEQA 3JAMZ 2A3SA 3CJNA 2QBYB 2EA2A 4EJVA 1F1ZA 3I59B 3SFZA 1FY7A 2QENA 2XKOA 1QZYA 2QVOA 4WF2A 4M9XA 1KQ9A 5FFXA 4AVPA 5J6XA 1Z7UA 3ABUA 4OINF 4BYYA 1USTA 3BJ6A 4KNYA 1UCRA 1MJBA 5DUKA 1T39A 1O3SA 3ML6A 1QNTA 2RQPA 5D4RA 1KGSA 3MFKA 2FQ3A 3LAJA 1C0WA 2A69F 2P5LC 1AOYA 2ISZA 1W7PD 5D6FA 1XMAA 4U7BA 3Q9SA 4AIKA 3FX3A 2DK5A 4Y15A 2M1BA 3EQLF 2RVCA 2Z5UA 4I0BA 1R5GA 1FP2A 1MDMA 1YFHA 2PMUA 5CYVA 3KCCA 3TO6A 1B59A 2FF4A 5DCMA 4EGYA 3TDZC 2DW4A 2GQQA 2OQGA 2IA1A 2V79A 2J5PA 2W84A 2M8EA 2K86A 3GWZA 2XGXA 1WI9A 1KQ8A 5CR4A 5BS6A 5L3GA 2PI0A 3F8MA 5ERIA 3DP7A 1HKSA 1KYWA 2L4AA 1XGNA 2EFWA 2JSCA 4CYDA 1ZRFA 1TQIA 2KKOA 4BHPA 5DYMA 4BHBA 1SD5A 1XSXA 1J75A 3F6OA 2JT1A 2H94A 4HX8A 2HS5A 4H0EA 3R61A 1JHHA 5F64A 4LLLA 4ESBA 5L3FA 5D5WB 3GLXA 2V1DA 3ZMZA 4AWXB 3I0TA 1YTYA 3VB2A 3ZMSA 2Z3YA 4BNCA 4CDGA 1UB9A 3MCZA 5LGUA 2X4HA 5J8FA 3SZPA 4WXDA 4OIQF 4S04A 1MZBA 5HDGA 4BQAA 3N97A 3TO9A 3JSOA 1I1GA 3IWFA 1RZ4A 1MDMB 1STZA 4A6EA 3V8LA 1MKMA 4KIGA 3K9TA 4MDAA 3F22A 3GF2A 2VXZA 1P6RA 5ICGA 4G6QA 2GWRA 2ZXJA 2D2WA 5K5RA 2OZUA 3F3XA 1Z91A 3FWEA 2FMYA 4HYEA 1I5ZA 3GVAA 2VOPA 3HSEA 2LKPA 4GCVA 1HW2A 1F5TA 3F8NA 2DAOA 2ACJA 1J0RA 1Z1DA 3DPLC 4MTDA 3CO7C 2XAFA 2NNNA 5EEHA 3TKYA 1WSUA 2ZBKA 2ZMEA 1FP1D 4U0WA 1S7AA 3R0JA 1W5SA 1U8RA 4I98B 3KP6A 3GZ5A 2HTJA 4KN7X 1RUOA 4HQEA 5H6RA 2E7WA 3EDPA 2DBBA 4I0AA 2HQRA 3L2CA 5ILVA 1NHAA 1QQIA 3ZMDA 1Y0UA 2UXXA 1LEBA 5K5QA 2XROA 1ZREA 3QRFF 4HX7A 4OU0A 1YG2A 3O2PE 4ENNA 1SMYF 3JW4A 3FF5A 5D6EA 3AAFA 2IRFG 4M9SA 4E70A 2R7FA 4GXOA 4ZH4F 1R22A 3HOTA 2XUBA 1OMIA 4QLCU 4WX9A 3C7JA 1ZG5A 4I09A 2M5WA 2ZO4A 1XGMA 4IF4A 5ILUA 4L0YB 4AD9A 1HXDA 4A0ZA 4HZFA 2KJCA 2EWNA 3PFIA 2E1CA 4M74A 1CF7A 2QLZA 3BY6A 2A68F 4P55A 4LD5A 2QWWA 3IKVA 1J7KA 1T98A 2E7XA 3EYIA 1IF1A 1QO0D 4BAYA 3FXRA 1FYLA 4HV6A 2GXBA 1CGPA 4AIJA 3VFZA 2ZJ2A 2K4JA 3K9JA 4M73A 4HDUA 5E1XA 4HBLA 2WC2A 1WRJA 2L4MA 5E8IA 3S2WA 3I53A 3F2KA 1R00A 5HDKA 4OMZA 2F2EA 2XRNA 3K1MA 4HF1A 2ZMEB 3P7NA 2EB7A 1P4XA 4RAYA 1IXCA 2B0LA 1Z6TA 3KFWX 4L0ZB 1R5HA 3VEPA 4HF2A 1FSEA 3RI4A 3CLOA 1TW2A 4UVAA 3ZMUA 3L9FA 3KP7A 3O3KA 2XVCA 3NRVA 4NB5A 5HLHA 2QBYA 1U2WA 1MD0A 1XN7A 3BZ6A 1MJAA 2DQRA 2ZNZA 2MD5A 4TV7A 2STWA 3B02A 1H9TA 4FHTA 3ECOA 4I7HA 4KN4X 2ETHA 3BJOA 3MQ0A 2FRHA 1DUXC 2QUFA 2BBYA 3E3VA 3K1PA 5D8KB 2O8XA 1IN6A 2CQKA 3REOA 2ZFWA 4P9UA 3KZZA 1W7PA 1XSDA 1YIOA 2M45A 2FBKA 3E6DA 4HA8A 2NYXA 5K1YA 4CGZA 4HOBA 2OBPA 3P9IA 2GIVA 2FU4A 2P5KA 2WV0A 4GGGA 4M9ZA 1T6SA 1XCBA 4R79A 1LJ9A 5FB2A 1U5TA 2V1UA 2MLKA 2A5YB 2F5CA 3V7SA 3WGGA 2HKXA 4FT8A 2FNAA 5L3BA 5IT3A 3WE3A 1REPC 4Q5SF 2QYOA 4N0BA 3IRQA 3LA2A 3M1EA 2YX4A 4ZZLA 2KRFA 2W57A 4CXFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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