3P5JA

The structure of the human rnase h2 complex defines key interaction interfaces relevant to enzyme function and human disease
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
292
structure length
262
Chain Sequence
NTGRCRLSSPVPAVCLKEPCVLGVDEAGRGPVLGPMVYAICYCPLSRLADLEALKVATLTENERERLFAKMEEDGDFVGWALDVLSPNLISTSMLGRVKYNLNSLSHDTAAGLIQYALDQNVNVTQVFVDTVGMPETYQARLQQHFPGIEVTVKAKADSLFPVVSAASIFAKVARDKAVKNWQFVENLQDLDSDYGSGYPNDPKTKAWLRKHVDPVFGFPQFVRFSWSTAQAILEKEAEDVIWEDSPHRYFQERGLEAASSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/replication
molecule keywords Ribonuclease H2 subunit A
publication title The Structure of the Human RNase H2 Complex Defines Key Interaction Interfaces Relevant to Enzyme Function and Human Disease.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 79
structure length 262
sequence length 292
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 3p5jA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3p5jA01
1J54A 4FW2A 3OYMA 3KLEA 2G8FA 2Z1IA 3AA5X 3IRXA 3VQCA 3PV8A 4M3UA 1S6PA 4F2RA 4M3TA 1VSFA 2BGGA 3VQ5A 4KB0A 1IKVA 1VSJA 3DLHA 3RR7A 1SV5A 5J2PA 3HPOA 4C8LA 3S3NA 2QK9A 3SQ0A 1RDDA 2VG7A 4J2EA 4LSNA 4NYFA 4M3RA 4B8CA 3SZ2A 3KLIA 1FK9A 4CESA 1Q9XA 5CYMA 4BE1A 3RR8A 4HUGA 3OYCA 4LD0A 2XY8A 3VQEA 3O4NA 4AHTA 4M45A 3RMDA 1VSEA 4AILC 4FK4A 4IBNA 4DTXA 1XWLA 1JL1A 1RBRA 1RBVA 3TAFA 4DSLA 4O0IA 4E0DA 5C24A 1RNHA 3LALA 1UA0A 3E01A 2DFEA 1KCFA 5CZ1A 4XIUA 4ICLA 4Z4CA 2F8TA 3O4QA 4DTJA 1RILA 3AVFA 5HRRA 3NFAA 3AVIA 2DY4A 2OPSA 1K6YA 4CIFA 3T1AA 4CGFA 3M8RA 1CXUA 1CZ9A 3L2RA 1U45A 3VN5A 3KLFA 3BGRA 2FBXA 1EETA 4KRFA 2ZQBA 4GW6A 4PA1A 1TKTA 2BDPA 2ITGA 2O4IA 2IAJA 1KVAA 3I0SA 1B9DA 3OS1A 3QNOA 3F73A 2OZMA 1JXEA 4DSEA 4CIEA 2YNFA 4HUEA 2KZMA 3KIOA 3QINA 3ZSXA 1YT3A 1VRTA 1ZYQA 3OYHA 4CJEA 1NKCA 3QEXA 3HT3A 1LAVA 5J1EA 4UQGA 4BDZA 4I7FA 3QIPA 4DTRA 1JLFA 1HYVA 4KHYA 3VA0A 4KTWA 1C6VA 3V9XA 3DLRA 3S9HA 4KTQA 3DLBA 2KFZA 1XHZA 4W5NA 3K5OA 3EZ5A 4ZTJA 1JLGA 2QXFA 4KHWA 3OYAA 5FDLA 4OPJA 4R5PA 1FKPA 3VQAA 1NK4A 2HHSA 3HP9A 4FJLA 3K57A 2XY7A 1NK6A 3D0PA 1SKRA 2E6MA 1SL0A 4KI6A 2GUIA 3DYAA 4H4OA 5HROA 3O3FA 4KKOA 5HP1A 3ZT4A 4CJPA 5J2NA 4DQQA 4DQPA 1F21A 4HCBA 4KREA 4DTMA 3SUPA 3A2FA 4E7KA 3MXJA 4NYNA 2D0BA 3FFIA 4CHOA 1JLAA 4FJMA 3KK1A 4CK3A 1BIUA 1O1WA 4CERA 3CFRA 1LW0A 3KK2A 4DTPA 3ASMA 5KGWA 4DSJA 1JLEA 5HRNA 5CY4A 3QNNA 4CFAA 3MEDA 4Z4HA 3NF8A 4E1MA 1HYZA 3NCIA 4EP4A 4DTNA 4KB1A 3OJSA 5D3GA 1S1TA 1FKOA 1Q9YA 3LWMA 2Z1GA 1VSLA 5I3UA 1S1UA 2B4JA 3KKSA 4I9LA 4BE2A 4J2DA 3AO1A 4NCAA 1TK5A 1TKZA 3ITHA 2IOCA 1G15A 2VWKA 2G8HA 4NCGA 1KVBA 2XRIA 2YV0X 3V1RA 1KSPA 3NBPA 4CGJA 1L3SA 2YKNA 3SJJA 3VQPA 1QSSA 2IGIA 4EP5A 4FJGA 4HHTA 3G10A 1D8YA 3NHGA 1HMVA 1ZBFA 2FBYA 3AVLA 2HNDA 1LWCA 3JSMA 3LP2A 4DF4A 1NK8A 4CHZA 1ZBUA 4EZ6A 1W9HA 3ZT3A 4YFUA 4KFBA 3WNFA 4FYDA 3DRPA 3KD1E 1S1XA 1C0UA 4DFMA 1WAJA 3IS9A 2Y1IA 1YTAA 2G8VA 1TV6A 3C6UA 4IG3A 4OGEA 3ZSVA 2KW4A 3EY1A 4KI4A 2HHTA 3AVCA 3THVA 1S6QA 2E6LA 3QIOA 4FM2A 1VSIA 4OKJA 4DF8A 3EYZA 1L5UA 5I42A 3DOLA 4JRPA 4FLVA 3KD5E 3K2PA 2IDOA 4W5OA 3O3HA 1N5YA 4OPKA 4TSXA 2D5RA 4FLUA 4F8RA 1C1BA 4C8MA 4FJ7A 4DQSA 2GBZA 4E1NA 1QSLA 3ZT0A 4CEBA 1BCOA 4Z4GA 4FK2A 1X9MA 1X9SA 3AO2A 4M41A 1KFDA 4FLZA 4DSKA 1DTTA 1KLMA 4CEAA 3HXMA 4CK1A 5HRPA 3QEPA 4GMJB 4CGDA 4CE9A 2F8SA 4KO0A 2D0CA 3LPUA 4CJTA 4OLBA 1IO2A 3HK2A 3LZIA 4B9TA 4AHUA 3C94A 1T8EA 1J9AA 1L3TA 4K8ZA 2OPQA 2P51A 3KLGA 4BDPA 4DU4A 3V9WA 2A1SA 1GOBA 4DSFA 4Y1CA 2P1JA 5FRNA 3VQ6A 5C25A 4AHSA 4CGIA 4OVLA 4CEFA 2B5JA 3CM6A 3QETA 4JS5A 3TR8A 1DTQA 2BANA 3DLEA 3NGIA 4DTUA 1HRHA 2YHAA 3P83D 4DFJA 3SPZA 2YNIA 4CJ3A 3UIQA 3M8QA 1IKXA 4W5RA 2YNGA 4CJSA 1BISA 3HJFA 1Q8IA 2B6AA 4N76A 2KTQA 3HL8A 4E7HA 2OPPA 4DTSA 4PY5A 1HQEA 1A5VA 4FJKA 1WLJA 2A1RA 3WNHA 3AVHA 2HMIA 2X6NA 2VWJA 2ZE2A 3DM2A 4DFPA 4FVMA 4M42A 1HPZA 1KVCA 1RT4A 4CFBA 4RW7A 1LWFA 4GVMA 3PO4A 1CXQA 1JLCA 1BCMA 4C8KA 4CEQA 5CZ2A 1JKHA 3H08A 5J2QA 3IG1A 4IFVA 5T7BA 4KHSA 4KAZA 2ATQA 1DLOA 1HNIA 1GOAA 4J2BA 1RT6A 1RDCA 5E41A 4ID1A 4CHYA 2G8KA 2G8UA 3SCXA 4FJJA 4LSLA 3HSTB 4BE0A 2PY5A 1X1PA 1WSGA 2QKKA 2D0AA 3RRGA 4OKKA 3SUNA 4C8OA 4I2QA 3L2VA 4PUOA 4ZTFA 3KLHA 2P5GA 3K59A 3V81A 1VK0A 3QEIA 3O3GA 4CJ5A 1NJYA 2QKBA 5FROA 1MU2A 1D9DA 3DOKA 3LAMA 4DWIA 1S9GA 2YKMA 1YVUA 2HHQA 2WONA 2HVHA 4JRQA 3VA3A 3TAQA 3AVAA 4E7JA 3TAPA 3C6TA 5HBMA 3S3OA 4KHUA 2HB5A 3KK3A 3ZSYA 2PZSA 1RDAA 3NF7A 3L2QA 1JLQA 3AO3A 3MEEA 1TVRA 4QOZB 3SNNA 4FLWA 3SUOA 3ZSOA 3BDPA 4AH9A 4LY7A 4DTOA 1U49A 3RWUA 1X9WA 4CEDA 4Q5VA 3VQQA 5K14A 4FK0A 1U48A 1CLQA 4BWMA 4DLEA 2DFFA 4CFDA 2XHBA 1BGXT 1LAWA 4I9QA 4ZHRA 3M8PA 1J53A 3K58A 3RMCA 4PWDA 3AVMA 3I8DA 4RG8A 3SPYA 1QQCA 3DMJA 5JS2A 4FLXA 4Z0UA 1C0MA 4FZXC 4E7IA 3QESA 1VRUA 3IAYA 4DQIA 2BE2A 1JLBA 1WSJA 3VQ9A 5KGXA 4FLYA 3NE6A 1U4BA 1U47A 1SKSA 2HNZA 4Z4FA 3DLGA 4IFYA 1JXBA 4KTZA 3NDKA 1ITGA 3OYKA 1KLNA 1TKXA 3LANA 2ETJA 1S1WA 1RCHA 1SL2A 2P5OA 3OYIA 2KQ2A 4FJHA 1N6QA 1RT5A 3OYJA 3QEVA 5HLFA 1HNVA 3OYDA 4K8XA 1WNSA 4HCCA 1ASWA 4CJVA 3I0RA 3V9ZA 1RT3A 2HNYA 4CJQA 4DMNA 1FXXA 3ZSZA 4B9NA 1RT7A 5JS1A 4BWJA 1RBSA 4CF1A 4FJNA 3MECA 3LP0A 3AO5A 1BI4A 4PQUA 1W0HA 3TARA 4O5BA 3G0ZA 4CJUA 1L3VA 3HM9A 2Z1HA 3RTVA 4CHPA 2VG5A 2KZZA 1SL1A 4FM1A 5KTQA 4CEZA 4CJKA 4CHNA 1I39A 3MAQA 4J2AA 3V9SA 1RT1A 3TI0A 4CJLA 5FRMA 3AA3A 2WOMA 3M8SA 4M3WA 1Y97A 3VQ4A 2OZSA 4FLTA 4OJRA 1NK9A 4BACA 4KPYA 3AVKA 4CF9A 4FJXA 2HVIA 2Z1JA 3ZSRA 2JLEA 3HPGA 3OJUA 1NJWA 4FJIA 1TL1A 3V1OA 2PYLA 4LH4A 1RDBA 1ZBHA 3OS0A 3RRHA 1RBUA 4FJ8A 3OYFA 2HHXA 1LV5A 3B6PA 4CHQA 5CYQA 2DFHA 1ZBIA 1IH7A 2HHVA 2GV9A 3CG7A 3PX0A 1KFSA 2FC0A 1RTIA 4RW8A 5KI6A 4RW6A 1RT2A 3AVGA 2O4GA 2W42A 1BI4B 4HVJA 1NKBA 1C1CA 1B9FA 3OYEA 1WSHA 3NGZA 4ID5A 3U3GA 3V6DA 3OVNA 4HUFA 2IS3A 1CZBA 4FJ5A 1BQMA 3D45A 1REVA 4KV8A 4CJ4A 1I3AA 1A5XA 3SQ1A 1NJXA 1VSDA 2G8WA 3MEGA 1BIZA 5EU7A 4W5TA 3AVJA 1EX4A 4Z4IA 5SZTA 4CF8A 3CQ8A 1SKWA 3VQBA 1C0TA 3ALYA 1UA1A 4FZYA 1NK7A 3OYGA 4HTUA 4CIGA 1ASUA 4BDYA 4FM0A 2XY6A 4DS4A 2KFNA 2ZD1A 5HRSA 1ZBLA 4Z4EA 4CGGA 3LP3A 1EXQA 2DTUA 4CF0A 4F4KA 1TAQA 2IC3A 2OPRA 1QHTA 1HJRA 2RKIA 3CYMA 3DRSA 3T19A 1TK8A 3AA2A 1HYSA 3PX6A 4LH5A 3B6OA 3DI6A 4G1QA 4EZ9A 4FXDA 5DK5A 4DFKA 3V9UA 3S3MA 1NOYA 2LSNA 3NH2A 1S1VA 3TAMA 3QLHA 3ZT2A 4JLHA 2OYQA 1GOCA 4DS5A 3PX4A 3QERA 1LWEA 3ISNC 4QCLA 3NH1A 4IG0A 4F2SA 1UWBA 3L2WA 4CF2A 4O44A 3K5MA 5KRTA 3KKRA 2OA8A 2HHWA 1S5JA 4ELUA 1B92A 2EHGA 4O4GA 4O55A 1QTMA 3LWLA 4OGCA 4FW1A 1IKYA 1D9FA 4MFBA 1Z26A 2YNHA 4CJWA 3HPHA 4YNQA 1IG9A 4M3YA 3PUFA 5C42A 3TANA 1NKEA 1QS4A 2X78A 3JYTA 2I5JA 2AJQA 2X6SA 1U04A 4CGHA 4N56A 1T05A 1NJZA 3HO1A 1WSFA 4M3XA 3SYZA 3F9KA 3AVNA 3DRRA 3L3UA 4E89A 1BQNA 4E19A 3L8BA 4KHNA 1UOCA 2Q3SA 4N47A 3LPTA 4ELTA 3QO9A 3NF9A 3WNEA 3KTQA 4B8AB 2RF2A 4B9VA 3NAEA 2G8IA 3SUQA 4RW9A 3TWHA 5J2MA 4B9UA 1R0AA 2Y1JA 4CK2A 3V4IA 3CFOA 1J5OA 4N41A 3HVRA 3TABA 4H4MA 4AHRA 3SI6A 1RTDA 1WSEA 2HHUA 1RBTA 4Q0BA 1D5AA 5DMRA 3ZSQA 2NUBA 3PO5A 1HQUA 4DU3A 3AO4A 1UAXA 2JGUA 1T7PA 1QSYA 3SV4A 2FBTA 2RPIA 1SUQA 1WSIA 2F96A 4DG1A 5KRSA 4DLGA 1XI1A 1VSHA 2RN2A 4H8KA 1WAFA 4B9LA 1TGOA 4AHVA 4DU1A 4IDKA 1YTUA 4FZZA 4B3OA 1S9EA 3ZSWA 3LZJA 3L3VA 1T03A 4B08A 1ASVA 4N5SA 4E7LA 4RW4A 3WNGA 3ZCMA 1L3UA 3K5NA 3QEWA 3U3YA 2E4LA 3VQ7A 3OYNA 3KJVA 1NOZA 1Z25A 1VSKA 4Y1DA 4F3OA 4F3TA 3U6FA 2X74A 1JL2A 3P1GA 1XC9A 3NF6A 3OYLA 4I2PA 3RMBA 3ZT1A 2HW3A 3LDSA 3TAEA 2XY5A 4MQ3A 2VG6A 3C95A 4CJRA 1NK0A 3DLKA 4DSIA 1A5WA 1TAUA 4JS4A 3VQ8A 3PY8A 3SQ4A 3OY9A 1IKWA 1RTHA 1QE1A 4AHCA 3L2UA 4ELVA 1EKEA 3AVBA 4QAGA 3VQDA 4W5QA 3SQ2A 2PYJA 3MXIA 1C1AA 2EX3A 1NK5A 4CECA 3CM5A 4C8NA 1TKDA 4OKEA 3T3FA 1TL3A 3HP6A 4CJFA 3TAGA 4CEEA 1RTJA 1TK0A 3MXMA 3AV9A 3HYFA 2YHBA 4L8RB 1WN7A 4M3ZA 4WE1A 3ULDA 1VSMA 3V1QA 2FBVA 4B9MA 4CEOA 1BHLA 3OYBA 4E3SA 3HVTA 3K5LA 4FCYA 3P5JA 4DQRA 2R7YA 3NGYA 4O0JA 4KHQA 2XO7A 3RMAA 3OS2A 3NH0A 3AA4A 3CFPA 4CCHA 3LAKA 4OLAA 1EP4A 4B9SA 1BL3A 1XHXA 1LW2A 4CFCA 3LP1A 3SV3A 5SWMA 1KRPA 4FJ9A 1KTQA 4IKFA 4NCBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OYMA 3VQCA 5JVGF 4G8XA 4CYCA 2P5LC 1HBXG 3R6MA 2H6CA 5J2PA 3SQ0A 1VQKN 2DK5A 1SFOJ 4YOYA 4BE1A 2XROA 3SAFA 4RLFA 4M74A 5B5EC 3FBIB 4AILC 4WX9A 1JL1A 4DB3A 1RKTA 1GV5A 2I8DA 3VEWA 3DU6A 4ICLA 2QZ8A 4KHPK 3NFAA 1ESVA 3CJ7A 1KGSA 4GRIA 4OIQF 3CCQN 3JRAA 5AQHA 1NGBA 5C2FA 5FPEA 4X0GA 4CZHA 3PFYA 1D0ZA 4KTWA 1VQKI 4XRSG 4IF4A 1DUXC 2QXFA 5FDLA 2X0LA 3MKLA 4F9OA 3M9AA 1MH4A 2QM1A 3HOWJ 2GUIA 5JI6A 5D5UB 4NLBA 2LMDA 3BG9A 3RVCA 3ASNH 4M6XA 3CF5L 3MZ8A 4HSRA 4G12A 1JKRC 3CFRA 4DTPA 1BR4A 4GCVA 2V6EA 4E1MA 4OOIA 1S1TA 3CCQI 4LGWA 2VT3A 1J2XA 4NCGA 5CKTA 2XIGA 3QPSA 4JKEA 3WNFA 4H0PA 4DFMA 1C0UA 4OGEA 3EY1A 3AVCA 1J9IA 1X4OA 5DV5A 2KHOA 2FNAA 2ZFUA 4DQSA 4E1NA 4FJ7A 4MEYF 4QWQA 2QWPA 4GMJB 2FXAA 2D0CA 3HK2A 1MMNA 1XX5A 1VQ9N 5D6EA 4PHTX 3HUGA 4IPAA 3RTRA 5E1ZB 3CCEN 3MCPA 2CW7A 2E20A 4JV5K 4W5RA 5LGNA 1Y8QB 2VBWA 1BA5A 1A5VA 4DYQA 1Q7YO 3SFZA 3WGGA 1N8RO 3BG3A 1M90O 3MX5A 5DYMA 1JKHA 4E7SA 2VKDA 1MBHA 4CHYA 4YDUC 2ZJQF 2PY5A 2EBIA 4G7ZF 1SS6A 3PNYA 4HQEA 1XPXA 2KDZA 1VQ9I 3ZQQA 1S9GA 3CF2A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3LDS A;  3TAE A;  2XY5 A;  4MQ3 A;  2VG6 A;  3C95 A;  4CJR A;  1NK0 A;  3DLK A;  4DSI A;  1A5W A;  1TAU A;  4JS4 A;  3VQ8 A;  3PY8 A;  3SQ4 A;  3OY9 A;  1IKW A;  1RTH A;  1QE1 A;  4AHC A;  3L2U A;  4ELV A;  1EKE A;  3AVB A;  4QAG A;  3VQD A;  4W5Q A;  3SQ2 A;  2PYJ A;  3MXI A;  1C1A A;  2EX3 A;  1NK5 A;  4CEC A;  3CM5 A;  4C8N A;  1TKD A;  4OKE A;  3T3F A;  1TL3 A;  3HP6 A;  4CJF A;  3TAG A;  4CEE A;  1RTJ A;  1TK0 A;  3MXM A;  3AV9 A;  3HYF A;  2YHB A;  4L8R B;  1WN7 A;  4M3Z A;  4WE1 A;  3ULD A;  1VSM A;  3V1Q A;  2FBV A;  4B9M A;  4CEO A;  1BHL A;  3OYB A;  4E3S A;  3HVT A;  3K5L A;  4FCY A;  3P5J A;  4DQR A;  2R7Y A;  3NGY A;  4O0J A;  4KHQ A;  2XO7 A;  3RMA A;  3OS2 A;  3NH0 A;  3AA4 A;  3CFP A;  4CCH A;  3LAK A;  4OLA A;  1EP4 A;  4B9S A;  1BL3 A;  1XHX A;  1LW2 A;  4CFC A;  3LP1 A;  3SV3 A;  5SWM A;  1KRP A;  4FJ9 A;  1KTQ A;  4IKF A;  4NCB A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3OYM A;  3VQC A;  5JVG F;  4G8X A;  4CYC A;  2P5L C;  1HBX G;  3R6M A;  2H6C A;  5J2P A;  3SQ0 A;  1VQK N;  2DK5 A;  1SFO J;  4YOY A;  4BE1 A;  2XRO A;  3SAF A;  4RLF A;  4M74 A;  5B5E C;  3FBI B;  4AIL C;  4WX9 A;  1JL1 A;  4DB3 A;  1RKT A;  1GV5 A;  2I8D A;  3VEW A;  3DU6 A;  4ICL A;  2QZ8 A;  4KHP K;  3NFA A;  1ESV A;  3CJ7 A;  1KGS A;  4GRI A;  4OIQ F;  3CCQ N;  3JRA A;  5AQH A;  1NGB A;  5C2F A;  5FPE A;  4X0G A;  4CZH A;  3PFY A;  1D0Z A;  4KTW A;  1VQK I;  4XRS G;  4IF4 A;  1DUX C;  2QXF A;  5FDL A;  2X0L A;  3MKL A;  4F9O A;  3M9A A;  1MH4 A;  2QM1 A;  3HOW J;  2GUI A;  5JI6 A;  5D5U B;  4NLB A;  2LMD A;  3BG9 A;  3RVC A;  3ASN H;  4M6X A;  3CF5 L;  3MZ8 A;  4HSR A;  4G12 A;  1JKR C;  3CFR A;  4DTP A;  1BR4 A;  4GCV A;  2V6E A;  4E1M A;  4OOI A;  1S1T A;  3CCQ I;  4LGW A;  2VT3 A;  1J2X A;  4NCG A;  5CKT A;  2XIG A;  3QPS A;  4JKE A;  3WNF A;  4H0P A;  4DFM A;  1C0U A;  4OGE A;  3EY1 A;  3AVC A;  1J9I A;  1X4O A;  5DV5 A;  2KHO A;  2FNA A;  2ZFU A;  4DQS A;  4E1N A;  4FJ7 A;  4MEY F; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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