3P5JA

The structure of the human rnase h2 complex defines key interaction interfaces relevant to enzyme function and human disease
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
292
structure length
262
Chain Sequence
NTGRCRLSSPVPAVCLKEPCVLGVDEAGRGPVLGPMVYAICYCPLSRLADLEALKVATLTENERERLFAKMEEDGDFVGWALDVLSPNLISTSMLGRVKYNLNSLSHDTAAGLIQYALDQNVNVTQVFVDTVGMPETYQARLQQHFPGIEVTVKAKADSLFPVVSAASIFAKVARDKAVKNWQFVENLQDLDSDYGSGYPNDPKTKAWLRKHVDPVFGFPQFVRFSWSTAQAILEKEAEDVIWEDSPHRYFQERGLEAASSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The Structure of the Human RNase H2 Complex Defines Key Interaction Interfaces Relevant to Enzyme Function and Human Disease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H2 subunit A
molecule tags Hydrolase/replication
source organism Mus musculus
total genus 79
structure length 262
sequence length 292
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 3p5jA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3p5jA01
3KLEA 1BISA 2AJQA 3NCIA 5CZ2A 4KPYA 1LWFA 3NDKA 3VQDA 4BE0A 1S6QA 3V9ZA 1IKXA 1S9GA 3PV8A 4Z4IA 1BIUA 4H8KA 1SUQA 3VQ4A 4CJ4A 3K5LA 5HRRA 1X9MA 1NOZA 3O3HA 4KTWA 4FYDA 3V1QA 4CGGA 3DRSA 3MECA 1S9EA 4NYFA 1L3SA 4JRPA 4FJLA 1C6VA 3ITHA 1B9DA 1GOBA 3P1GA 1BGXT 4QCLA 3HP9A 4E7IA 2BE2A 4IBNA 4DSEA 4FK2A 2OA8A 3KJVA 3SQ0A 2BDPA 4FJ7A 3ZT0A 3OYAA 1X9WA 4Q0BA 3HK2A 4FVMA 3PY8A 2OZMA 4CGDA 3TAFA 1JL2A 4F2RA 4FJGA 2XY8A 4EZ6A 4I2QA 3AVGA 3VQPA 3JSMA 3H08A 4KKOA 4M3WA 2QK9A 3KLFA 2O4GA 3WNHA 3O3FA 4C8NA 1HNIA 4FLXA 3QNNA 4CJLA 1UA0A 2X6NA 3AVNA 3QIPA 3ZSXA 1SL1A 1BI4B 1WSIA 3HXMA 4FJ5A 3MXJA 5T7BA 1NKEA 2PYLA 3RR7A 4J2AA 1U04A 3RR8A 4FJKA 3KK1A 4W5TA 4K8ZA 2G8IA 4B3OA 1RT2A 2IOCA 3DI6A 3HSTB 3ZT1A 4CJVA 1NJYA 4FK4A 1KVCA 4FLUA 4DTPA 4DLEA 2G8HA 1U45A 4AHCA 2KZMA 2Z1HA 4IFVA 4Z4FA 1RBRA 3OYMA 3S3NA 3VQAA 3S9HA 3T1AA 3QEWA 4FXDA 4CEEA 1YT3A 1NK6A 2G8FA 1WSFA 2P1JA 4CJUA 1X1PA 5K14A 3MXMA 1VSIA 3HVTA 4CJEA 1JLCA 3KK3A 1FKOA 4O0JA 4EP4A 4DF8A 1WNSA 3VQ9A 3L2QA 3AVIA 1UWBA 4IFYA 1DTTA 2HHUA 1JLFA 1HMVA 4PWDA 3NH1A 1U47A 4DTSA 3NF9A 4IKFA 3AO4A 1KFDA 4OKKA 4KB1A 3OYIA 1LWCA 3RTVA 1RT6A 2KTQA 2Q3SA 1KFSA 1X9SA 4CF0A 1NJWA 4CIFA 4CEOA 4F3TA 1ASWA 3L2VA 4CCHA 3CFPA 1T03A 4EP5A 4W5NA 4KHWA 5CZ1A 4OVLA 4KAZA 1UAXA 3C6TA 3TAQA 1TKTA 2HVHA 3QIOA 3TAEA 3LWMA 4CEBA 1ZBLA 4HCCA 3DYAA 3C94A 3DLRA 3AO3A 5KRTA 3PX4A 4W5RA 4ID1A 4B9TA 4FLZA 4I7FA 1BIZA 4HUGA 1RDCA 1SKWA 2OPRA 3CYMA 4DFMA 3VQEA 3SV3A 4DS4A 1FKPA 1YVUA 3ZSYA 1WSGA 3OVNA 4DU1A 1XC9A 3K5NA 4YNQA 4N56A 3V6DA 3LPUA 1EX4A 2JGUA 4CE9A 3SI6A 4CGHA 4F2SA 4B9LA 3HPGA 4CEAA 4CHYA 5HLFA 1NK4A 4DQIA 1RBUA 1C0MA 5C24A 4RW8A 1JLGA 3IRXA 3V1OA 1XI1A 2HHWA 1RBVA 4KHNA 1ASUA 3F73A 4AHSA 3CFOA 1Z26A 2XHBA 2HHXA 1IO2A 4Z4GA 1FXXA 3I0RA 4CFAA 3L8BA 3LANA 1WLJA 3ASMA 3OYGA 4LH4A 3S3OA 3OY9A 5J2NA 4OLBA 1S1VA 1RT3A 1RT4A 5EU7A 2YNHA 3KKSA 2HHVA 3HPHA 4DQSA 5HP1A 4MFBA 3VQ7A 2D0AA 1RTJA 4CFDA 4DSLA 3TAMA 2FBVA 4IG0A 3DMJA 2YKMA 1KCFA 3M8SA 3CM6A 2Y1JA 3KTQA 3HVRA 1ZBIA 2GUIA 4NCAA 4W5QA 3TI0A 4E1MA 4CJKA 3RMAA 1VSJA 1Y97A 4EZ9A 3UIQA 3HYFA 5J2PA 4O4GA 4FLTA 1VSHA 3FFIA 2KQ2A 1RNHA 4CF1A 2YV0X 3ZT2A 1BCOA 4FLVA 1NJZA 1RTIA 1VSLA 3OYLA 1ZYQA 2EHGA 1TK5A 1L5UA 2KFNA 4JS4A 1VSKA 2Z1IA 4AHVA 1T7PA 2VG6A 1LAVA 1LW2A 1BQMA 3NH0A 3HT3A 3KD5E 4DSIA 3QEPA 2QKBA 1Z25A 3SPZA 5KTQA 4DTXA 2X78A 4DQRA 4FW1A 3SUPA 4BWJA 3SJJA 2PZSA 3OYJA 1D8YA 4DS5A 1LWEA 1W9HA 3HM9A 2IC3A 2KFZA 3VA3A 4FK0A 3VA0A 3OJUA 3D0PA 2OPSA 1C1BA 1JXBA 1EKEA 1J54A 3AO5A 3BGRA 4OKEA 4B8AB 3SNNA 3QO9A 4FZZA 3LAKA 2E6MA 2HHSA 5KGXA 2IDOA 3SCXA 3NGYA 4PY5A 4CFBA 3ZSVA 2XO7A 3E01A 3QLHA 2Z1JA 4ZTFA 4NCBA 1L3UA 1TAUA 4DTOA 3AVHA 1WN7A 1DTQA 1TVRA 1XWLA 4E1NA 2XY6A 3TABA 5FRMA 3G10A 4CJTA 2F96A 2E6LA 4ICLA 3V1RA 3ULDA 3VQQA 3SQ1A 1HJRA 4C8OA 1D5AA 3WNFA 1KLNA 2YKNA 3LP3A 4TSXA 2DFHA 1REVA 4CEZA 1U48A 3AVLA 1RDAA 3KD1E 3NF8A 1BQNA 1J53A 4Z4HA 3LWLA 1N6QA 4DWIA 3G0ZA 3A2FA 1NK0A 3WNEA 1ZBHA 3VQ5A 1UA1A 5FRNA 4OGEA 4Y1CA 4KO0A 2BGGA 3DOKA 5J2QA 1SL0A 1NKBA 4FCYA 1NK5A 4M3XA 3PUFA 5KI6A 4I9QA 3HJFA 4CJFA 4DSFA 2HHQA 4E3SA 1MU2A 4DTUA 4B08A 1LAWA 4LH5A 3K58A 5DK5A 3NGIA 3OYBA 3K59A 2I5JA 2VG5A 3NBPA 3P83D 3RMCA 2R7YA 3OYDA 5DMRA 4KHYA 2D0CA 4NYNA 3WNGA 4DMNA 1U49A 3T3FA 4FJ9A 3HO1A 1G15A 3S3MA 1RCHA 4CF9A 3NGZA 4L8RB 5E41A 2HVIA 1J9AA 2KW4A 1Q9YA 3HP6A 1EETA 3OYNA 3OYEA 1I39A 4O44A 3ZCMA 1ZBFA 3CM5A 3LP2A 4FJIA 3U3GA 4KRFA 1QE1A 2IAJA 1S5JA 3L3VA 4DQQA 3RMDA 4BWMA 4N47A 1TV6A 3O4NA 3SQ4A 1O1WA 4DTJA 1RDDA 4CJQA 3NFAA 3F9KA 3RWUA 2OYQA 3QINA 3VQ8A 4F8RA 1SKRA 2B5JA 2HNDA 3PO4A 3DLKA 3K57A 4FZXC 2A1SA 4GMJB 1QTMA 4BDPA 4FLWA 1CXUA 4G1QA 3AV9A 4H4OA 2QKKA 3SYZA 3QEVA 2DY4A 4DF4A 4Q5VA 4FJJA 2EX3A 2LSNA 4I9LA 3CFRA 3TANA 4E7JA 1ITGA 3RRHA 3MEEA 3KLGA 4JRQA 1LW0A 1KSPA 4CHOA 3AVFA 3RMBA 1IH7A 4CJ3A 2OPPA 1QSSA 4AHRA 4DFJA 1JLBA 3VQCA 4JS5A 2YNIA 3I8DA 1ASVA 3B6PA 4CJRA 1RBSA 1S1WA 4DG1A 4CIEA 1YTUA 1QS4A 2JLEA 4ELUA 4FJHA 4KHQA 4CHNA 2D5RA 3CG7A 1IKYA 3U6FA 1W0HA 2GV9A 3THVA 1KLMA 3QNOA 4CJSA 4DFPA 4BACA 2B6AA 1L3TA 1Q9XA 4LY7A 2HNZA 2ETJA 5J2MA 3QETA 5I3UA 3V9SA 1NOYA 1HNVA 2ATQA 1VSFA 5CYMA 3DM2A 4PUOA 4C8LA 4BE2A 3TAPA 2VWJA 2YHAA 3AVMA 2RKIA 3LAMA 4HVJA 3ISNC 1D9FA 4HUEA 2P51A 3SV4A 1C0TA 2Z1GA 4ID5A 4Z4EA 4MQ3A 2G8KA 1VRUA 4M41A 1VSMA 1NKCA 4IG3A 4KI4A 5D3GA 4FM0A 1IG9A 1J5OA 3EY1A 4CHPA 4FLYA 4PQUA 3MEGA 4DTNA 1WAJA 1L3VA 4QAGA 4DLGA 2Y1IA 1WSEA 1HYSA 1GOAA 2RPIA 3VQ6A 3CQ8A 1RTDA 3EYZA 3AVKA 4O55A 4KV8A 1XHZA 1BI4A 1T05A 3BDPA 4B9UA 2D0BA 4M3UA 1KTQA 1JLAA 3MXIA 3AVBA 1TKZA 3DLBA 2PYJA 1C0UA 4ELTA 1DLOA 2YNFA 1R0AA 3NF7A 3KK2A 3NF6A 3MEDA 3PO5A 3OS1A 3L2WA 2P5OA 1JLQA 1B9FA 1QHTA 2X6SA 4HHTA 4KI6A 3TWHA 3NE6A 3HPOA 1JLEA 1JL1A 3V9WA 1QSYA 5C42A 3ZT4A 3LP1A 2YHBA 5HBMA 3M8PA 4HUFA 4N76A 3OS0A 2FBYA 3NH2A 3OJSA 5JS1A 4I2PA 4OPKA 3NAEA 1S1UA 2YNGA 4HCBA 2X74A 3DLEA 4FM2A 3T19A 3QEIA 3L3UA 1ZBUA 3SPYA 1NK7A 2BANA 4J2BA 4LSLA 5J1EA 3U3YA 4IDKA 4UQGA 4M3RA 2GBZA 1QSLA 3M8RA 5SZTA 4OPJA 4RW7A 4CF8A 1S1TA 3ZSRA 4M45A 4KREA 4KTQA 3RRGA 3QESA 2IS3A 3JYTA 4QOZB 2O4IA 2ZQBA 4N41A 5JS2A 2E4LA 1C1CA 4PA1A 2HNYA 4LD0A 5KRSA 4N5SA 3SUNA 4BDYA 4CESA 1U4BA 3EZ5A 3OYCA 1LV5A 2IGIA 1KVAA 2OPQA 2RN2A 3V4IA 3K5OA 1TKDA 3TARA 4CECA 2G8UA 3DRRA 3ZSOA 2RF2A 4CERA 1UOCA 3ALYA 4DTRA 4Z4CA 4E19A 4J2EA 4C8MA 1HYZA 2A1RA 1IKVA 3C6UA 3LALA 4FJ8A 3TAGA 1A5VA 2HB5A 4Y1DA 4CEQA 1VK0A 1EP4A 4CGFA 4ZTJA 4OKJA 5CYQA 1TKXA 2F8SA 3HL8A 3LZJA 3IG1A 1CLQA 4KB0A 2DFEA 1VSEA 2VWKA 3IAYA 5HRPA 1RILA 4Z0UA 5HRSA 3SUQA 3L2UA 4LSNA 1WAFA 4H4MA 1BL3A 4GW6A 3MAQA 3M8QA 1TAQA 1GOCA 1WSJA 3LDSA 4B9MA 3LPTA 3ZSWA 1D9DA 4RW6A 4FM1A 4DSKA 4ELVA 3IS9A 5CY4A 4HTUA 2PY5A 3SUOA 1SV5A 3TR8A 4KFBA 3SZ2A 1B92A 4JLHA 4CFCA 4CJPA 4O5BA 4KHSA 4O0IA 4R5PA 3OYFA 1TGOA 3PX0A 2DTUA 3AA3A 4GVMA 3OYKA 1HRHA 1TK0A 1TL3A 2FBXA 3DLGA 1RT5A 1CZBA 1RDBA 3ZSQA 1IKWA 4CIGA 2OZSA 3AO1A 5FROA 1QQCA 2WOMA 4BE1A 1VSDA 1RT7A 1YTAA 2ITGA 4B9SA 4M42A 4CEFA 2F8TA 1A5XA 1F21A 4CJWA 4RW9A 4B8CA 1A5WA 4FJMA 4FJNA 3KLHA 3QEXA 3ZT3A 3O3GA 2HMIA 4RW4A 1VRTA 1WSHA 4CGJA 4FJXA 1KVBA 4NCGA 2XY7A 4ZHRA 1JXEA 2HHTA 3AA5X 4M3TA 4WE1A 3KLIA 1HQUA 1HPZA 2NUBA 5FDLA 3V9UA 1SKSA 1SL2A 1I3AA 1N5YA 1C1AA 4CHZA 3PX6A 3AA4A 3DRPA 3LP0A 4E89A 4E7LA 1KRPA 4B9NA 1BCMA 4AILC 4CK1A 4DQPA 4K8XA 4YFUA 4M3YA 3SQ2A 3AO2A 1T8EA 4DFKA 4CGIA 2FC0A 4F3OA 4FZYA 2FBTA 4AHTA 4DTMA 3DLHA 4J2DA 5HROA 5I42A 2G8WA 3VQBA 4E7HA 1CZ9A 1XHXA 4OLAA 1EXQA 1HQEA 2QXFA 4XIUA 3D45A 3KKRA 1NJXA 2G8VA 4E0DA 4M3ZA 3P5JA 2DFFA 4KHUA 3I0SA 1NK8A 2W42A 3LZIA 4FW2A 3QERA 4W5OA 1Q8IA 4AH9A 1CXQA 1JKHA 1RBTA 3K5MA 4DU3A 4OJRA 3AVCA 3B6OA 3VN5A 1TL1A 1RT1A 4F4KA 3AVJA 4AHUA 2HW3A 5KGWA 3V9XA 3C95A 4E7KA 2XRIA 2B4JA 1S6PA 3OYHA 4CK2A 3ZSZA 1TK8A 2XY5A 3L2RA 3KIOA 1K6YA 2WONA 4KTZA 5HRNA 4CK3A 2VG7A 4CJ5A 5SWMA 3DOLA 4CHQA 1NK9A 3K2PA 2ZD1A 4CF2A 1BHLA 1S1XA 3O4QA 4BDZA 4B9VA 2ZE2A 1RTHA 4C8KA 2KZZA 3NHGA 4DSJA 2P5GA 4OGCA 4DU4A 3V81A 5C25A 4RG8A 1HYVA 3OS2A 3AA2A 1FK9A 3AVAA 4CEDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O9RA 3HKZN 5CZ2A 2GEMA 2OTLI 1TW2A 5JR3A 4H8KA 1E3PA 1NOZA 4DV3K 5ERIA 4DSEA 4LB6B 3PY8A 4F2RA 1P4AA 1N25A 3ERMA 3Q5FA 2E1ZA 5TKWA 3JREA 1FBQA 5HS9A 2CW0F 3JRIA 3EKUA 1R4MB 3S2HJ 3MN9A 3TTDA 1U04A 1LEAA 2RN7A 3DBHB 3HSTB 3LQQA 1HPMA 2KQRA 1RBRA 5BREA 4KT5C 4FXDA 1T38A 3CI5A 4CJUA 2IGMA 4O6JA 1K4SA 3T5XA 1IN6A 3COAC 1TWFJ 4OKKA 2O7OA 4WFBL 4IO9L 1RT6A 3K9KA 3CJBA 3HKZA 4CCHA 3K4LA 1U5TA 3CF2A 1UAXA 1Z67A 1OCCH 4A6DA 3G71I 2DCEA 5LRRA 3MMVA 4FLZA 2CMPA 3SJHA 3THWA 2ID3A 3F8FA 4IHXA 4XR6A 2JGUA 3FDYA 4CGHA 4F2SA 2E7XA 4AUXA 1YIOA 2PJRA 4JI7K 5HLFA 3VERA 2QWLA 2NRRA 4A3BJ 3IRXA 1PJRA 3CC4I 2HQ5A 1MBHA 4A3CJ 1JJ2M 2KIMA 1SMTA 3TSUA 1RT3A 4PFPA 5EVZA 1S8NA 4FWNA 5FLXZ 2LTPA 4JKEA 1X58A 4DJAA 1B9MA 3M8SA 2GA1A 2P9SA 4W5QA 4NCAA 1FBUA 2HQNA 3EO3A 2R7SA 1TLHB 4HLYA 4UUSA 1ZYQA 1L5UA 2Z1IA 4XICA 1QQOA 3CUQC 1WB9A 1WVRA 2IC3A 4JN4A 3D0PA 4WQ4C 3BY5A 1TT5B 2IDOA 3GE1A 3FKJA 1ON1A 3CMYA 2VQCA 2DFHA 2M7BA 1EH7A 1RDAA 3NF8A 1BQNA 1J53A 4DWIA 1LUJB 3BZKA 2BH1A 1MJAA 2L7FP 4B3RK 4BR2A 1NMDA 5AQJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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