3HPHA

Closed tetramer of visna virus integrase (residues 1-219) in complex with ledgf ibd
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
210
structure length
194
Chain Sequence
NIPLAEEEHNKWHQDAVSLHLEFGIPRTAAEDIVQQCDVCIDHWQVDYTHYEDKIILVWVETNSGLIYAERVKGETGQEFRVQTMKWYAMFAPKSLQSDNGPAFVAESTQLLMKYLGIEHTTGIPWNPQSQALVERTHQTLKNTLEKLIPMFNAFESALAGTLITLNIKRKGGLGTSPMDIFIFNKEQQRIQQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords Integrase
publication title Structural basis for functional tetramerization of lentiviral integrase
pubmed doi rcsb
source organism Maedi visna virus
total genus 64
structure length 194
sequence length 210
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3hphA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hphA02
4OVLA 4CGIA 4CIEA 3L3VA 1WJEA 3D45A 5CZ2A 3SUQA 2QXFA 3MEEA 4BE2A 4AILC 4CFAA 4N5SA 3PO4A 4DSKA 3DMJA 3V1OA 1WJBA 3VQ6A 4N47A 3VQ7A 2VWJA 1D5AA 3IS9A 3KK3A 4H8KA 3O3HA 1RBSA 1KFDA 4GW6A 4O5BA 4DS4A 1XWLA 2ATQA 3SUNA 3TARA 1XC9A 4OJRA 3PX0A 4QAGA 2E6LA 3QIOA 4CHNA 4C8NA 4HTUA 4KAZA 3O3GA 2YNIA 3OYIA 4KREA 1HYVA 1NOZA 4FLZA 2VG5A 4J2AA 1JLAA 2I5JA 2YV0X 1HMVA 4RW4A 4AHRA 3QIPA 1C0UA 4E7JA 1K6YA 5HRPA 3NGZA 3OYEA 1U4BA 1T8EA 3QNNA 4PQUA 2G8UA 1ZBUA 3QEVA 3SPYA 1NJZA 3I0SA 1NK0A 3OYBA 1RNHA 2OPQA 3KK1A 1REVA 5J2QA 3C6UA 2OZMA 3L2WA 3AVIA 1LV5A 4BDPA 1QE1A 3P5JA 5FRMA 4HHTA 1S1WA 5FROA 3K5LA 1BCMA 4B8AB 5HROA 3VA3A 1T7PA 2ITGA 3AVLA 4KTWA 4ICLA 4FJMA 3TAQA 1SL2A 1WJAA 4CJEA 5HLFA 1BL3A 1N5YA 4PUOA 3OYKA 3ZSRA 4CECA 1JLBA 1EXQA 3AA5X 1IO2A 3S3OA 2D0BA 1RDCA 1J53A 2X6NA 3BGRA 4LY7A 4RW8A 3C6TA 4DMNA 1XHZA 2O4IA 4LH5A 4JS5A 1FK9A 2OA8A 3ZT2A 4DTPA 3OYDA 1DTQA 4DTNA 4B9NA 4ZTFA 1TK8A 5T7BA 5HBMA 4FJJA 3KKRA 1D8YA 2W42A 1QQCA 3WNHA 2IDOA 3M8RA 4DSFA 2OPSA 4XIUA 3E01A 3SQ0A 1KLNA 4B9SA 4CCHA 2IGIA 1IKXA 3OJSA 2YNHA 4WE1A 4C8LA 3NGIA 1IG9A 4M3TA 1HRHA 2F8TA 4B8CA 3M8SA 4CJKA 1BHLA 4F3QA 4DFPA 4QOZB 4H4OA 4LH4A 4CIGA 4DLGA 1NJYA 3AVHA 3AVAA 4KHQA 1JLQA 4CF2A 2HW3A 3CFPA 4CJLA 3V9SA 3SV4A 4CJSA 3LZJA 1HJRA 4CJRA 1RDBA 1WJFA 2GBZA 2FBYA 3HL8A 4I7FA 5KTQA 4CEQA 4RW9A 3D0PA 1HQUA 4W5QA 3VA0A 2Y1IA 4E1NA 3TAEA 1DLOA 1TL1A 3SUOA 2G8IA 1IKVA 5DMRA 1E0EA 3VQAA 3RR8A 2B6AA 3U6FA 1U49A 2OZSA 2HHWA 1U47A 1QSLA 2PYLA 4B9VA 3AVCA 4CJUA 1TGOA 3SNNA 3OYJA 4QCLA 4FXDA 3OJUA 3SZ2A 3B6OA 4MQ3A 4Q5VA 1A5XA 4MFBA 3KIOA 3ZSVA 4O0IA 3T3FA 3ZSYA 4ID5A 4NCAA 1RDAA 1IKWA 3DLBA 1VSHA 1BGXT 3AA4A 4EP4A 3F73A 3U3YA 2A1SA 2WONA 4KO0A 2OYQA 4F2RA 4KFBA 4FJ8A 1W9HA 4FM0A 3VQ5A 2Z1GA 3B6PA 1KCFA 3LAMA 3LPTA 1U48A 3G10A 4F2SA 4Y1CA 4FJHA 4KHSA 1RILA 2BE2A 4I2PA 4E7HA 4DFMA 1U45A 3NF6A 4DFJA 3SUPA 4C8OA 4KHNA 1UWBA 2HNZA 1L3SA 3TAFA 4CEDA 1RBVA 2DFFA 1BIZA 1WSIA 2B5JA 4FVMA 4GVMA 5J1EA 4HUEA 3VN5A 2RN2A 4CJ4A 3RMDA 4CJ5A 2F8SA 2G8VA 4L8RB 3LWMA 1SUQA 3DLEA 4O55A 4KKOA 4BWMA 3ZSZA 2G8FA 4CJVA 3KD1E 4CJPA 4KHWA 3HVTA 2Y1JA 1ZBHA 2P5GA 3K5MA 3TABA 4DQSA 4DFKA 2OPRA 1YT3A 1TL3A 4F4KA 2HHVA 3RMCA 3BDPA 2GV9A 1J9AA 1X1PA 4FZXC 2XY7A 2JLEA 1BI4B 4PA1A 3DI6A 3IRXA 4CF8A 1WSEA 3P1GA 4CEBA 1QS4A 3JSMA 4EP5A 4DF4A 3V81A 1TAUA 1LFPA 2DFEA 3LP3A 3EZ5A 4DWIA 1TKTA 1EETA 1TKZA 4Y1DA 4ELUA 4FYDA 1S1TA 1NJXA 5C25A 4B08A 4O4GA 3T19A 5SZTA 4FLWA 4KTQA 1XI1A 4DSLA 1BIUA 3KLGA 3SQ2A 1J54A 3KKSA 3VQPA 4BACA 1VSDA 2YKMA 1L3TA 3KJVA 4DTMA 4F8RA 3UIQA 4NYFA 3OY9A 3HPHA 1LW2A 1YVUA 3WNGA 3QINA 4OGCA 4E0DA 1F21A 3TI0A 2PYJA 3SPZA 1C0MA 2P5OA 1I39A 4CF1A 3DRRA 1NKCA 2XY8A 3PUFA 3QNOA 1VSLA 5HRNA 3S9HA 3NAEA 3K58A 4NYNA 2XY5A 4DU4A 1KVCA 3TR8A 1SV5A 1NK8A 1HNIA 1VSMA 2ZQBA 1Z25A 4OLBA 4CHPA 1VSEA 1EP4A 4IFYA 3KLFA 1SKRA 3MAQA 4OKJA 3ZSWA 3MECA 3SYZA 1T03A 1VRTA 4GMJB 5CYMA 3L2UA 3QEPA 1J5OA 1S5JA 1BI4A 3QLHA 1JKHA 1NK9A 1RBUA 4E7KA 1UA0A 3AVFA 1ASUA 3PO5A 1CXQA 4CEAA 4KTZA 1UOCA 1C1AA 2R7YA 4ID1A 3NF9A 4FM2A 3ULDA 1VSIA 4BE0A 5CYQA 3TAPA 1LW0A 2FC0A 5KGXA 2WOMA 3V4IA 3V1QA 3OYMA 3A2FA 4DSJA 4FJ5A 2HVHA 3LPUA 1NK4A 4CFBA 1HQEA 5FDLA 1VSFA 2KQ2A 1Y97A 3HSTB 3HJFA 3SCXA 3ZT4A 4E19A 1RT6A 4DG1A 3IG1A 2X6SA 3KK2A 1GOAA 3QEIA 3TAMA 3V9ZA 1WSGA 1RTDA 1TVRA 1Z26A 5K14A 1TK5A 4FJIA 3ZSOA 4Z4EA 1C1BA 2RKIA 4FCYA 1JLGA 4KHUA 3AVGA 1WLJA 2XY6A 2IC3A 2Z1JA 2VG6A 1ZBIA 3V6DA 3K57A 5CZ1A 1B9FA 4HUFA 1LAWA 3AO3A 1YTAA 1NKBA 4KB1A 4PWDA 1LWCA 2D0CA 1BQMA 4CHZA 4OGEA 4E7IA 3CFOA 4DTOA 3PV8A 4ZTJA 3RWUA 2QKBA 4CHQA 4H4MA 5EU7A 5J2NA 4DQRA 5J2MA 3AO2A 4N76A 4FJKA 1KRPA 2B4JA 2O4GA 4K8ZA 3NGYA 3K5NA 1FKPA 2BDPA 3HO1A 4FK0A 5FRNA 3DOLA 3NF8A 3LALA 3VQEA 4JS4A 4M3YA 3OYNA 4B9UA 1S1XA 3KLIA 3NCIA 2A1RA 1TKXA 3RTVA 3V9UA 3RRHA 3OS2A 3WNFA 1WJCA 4DTJA 3LANA 3ZT0A 2YHAA 1RT3A 5CY4A 4CEEA 1KVBA 4YNQA 3HPOA 4FZYA 2X74A 1D9FA 4NCBA 3MEDA 3CQ8A 4FJLA 4BE1A 3HM9A 5C42A 4AH9A 4FLVA 1RDDA 4W5NA 3IAYA 1NJWA 2HNYA 4Z4FA 1JLFA 4DTRA 3DLKA 4FK4A 3CFRA 1QTMA 2G8WA 2IOCA 1KFSA 3ZSQA 4JRQA 1ASVA 1CZ9A 3M8QA 4CJFA 1L5UA 3ZCMA 1RT4A 2RF2A 3PX4A 4M3XA 2KFZA 4E1MA 4CGGA 3DYAA 3EYZA 4IKFA 4DTUA 4CK3A 3NH0A 1RTHA 2YKNA 4B9TA 3QEWA 4CIFA 1O1WA 4W5RA 3CM5A 3O4NA 4CFCA 3ALYA 3OS1A 4FJXA 3NH2A 3DRSA 1KVAA 1QSYA 4FJ7A 4FLTA 1X9SA 1WAFA 4KRFA 4IFVA 1DTTA 1G15A 4FLYA 4RW6A 1NK5A 3FFIA 2P1JA 3K59A 5I3UA 3SV3A 2D0AA 1HYSA 1N6QA 1T05A 1WSFA 1WAJA 3ASMA 1YTUA 4OPKA 5HRSA 1GOBA 4FJGA 4KI6A 3VQDA 2PZSA 1JXEA 4M45A 4YFUA 3HP6A 5JS2A 4CF0A 3THVA 1NKEA 2HHSA 1SL1A 4Z4GA 3OYCA 3AVKA 1JL2A 1SKWA 5HP1A 4CFDA 4CERA 3TAGA 3AVBA 3SI6A 1B9DA 4C8KA 2P51A 4KI4A 3RR7A 1JLCA 3NF7A 3S3NA 1X9MA 3KTQA 1WSJA 2KFNA 1FXXA 1R0AA 1I3AA 1NK7A 2KZMA 4G1QA 3G0ZA 1JL1A 4FW2A 1BCOA 4Z4IA 3AO1A 1C6VA 3QO9A 1KLMA 1NK6A 4DQIA 5KGWA 4CGJA 3PX6A 3LP0A 3LZIA 2XRIA 3VQ9A 3CG7A 1RT5A 3V1RA 3O4QA 4CGHA 4N41A 3OVNA 1UAXA 3HXMA 3RMBA 4JLHA 1RT7A 4CK2A 4CEZA 3AA2A 4AHCA 1RTJA 4ZHRA 3LDSA 1CLQA 2ZD1A 3DLHA 1GOCA 3H08A 4CK1A 4DSIA 4HCCA 1WJDA 4E89A 4DTSA 1S9GA 3T1AA 3ZT1A 4C8MA 3NDKA 4IG0A 4CHYA 3CYMA 4OKEA 1Q9XA 1ZBLA 4OLAA 3OYGA 3KD5E 1IH7A 2XO7A 2DTUA 4I9LA 2HMIA 1ASWA 4CJ3A 5KI6A 4HUGA 2HHXA 2HHUA 2GUIA 2OPPA 2FBXA 1FKOA 5D3GA 2VWKA 4Q0BA 1W0HA 5KRSA 3VQQA 4M42A 1IKYA 4M41A 3KLEA 4EZ9A 4KB0A 2AJQA 4IDKA 1VRUA 4E7LA 5C24A 1B92A 1UA1A 2FBVA 4DS5A 1CZBA 4O0JA 3P83D 5I42A 2HB5A 3LAKA 4BWJA 3RMAA 4PY5A 2ETJA 1RT2A 2FBTA 3AV9A 2IAJA 2Q3SA 3MEGA 1ITGA 3DLGA 3QEXA 4J2DA 3AA3A 1L3UA 4KV8A 2HVIA 5DK5A 3NH1A 1A5VA 1RBTA 1TV6A 3QESA 4I9QA 4KHYA 4FW1A 3EY1A 4M3UA 4EZ6A 1LWEA 4RG8A 1ZBFA 3MXMA 1CXUA 1S1VA 3LWLA 1MW7A 1C0TA 2YNFA 1JLEA 3L8BA 5J2PA 3OS0A 4DQQA 4K8XA 3OYFA 4CF9A 5HRRA 3NBPA 4LD0A 3L2RA 1WNSA 2HHTA 4BDZA 4IBNA 3K2PA 4IG3A 3C94A 2F96A 3VQCA 2QKKA 2ZE2A 4M3WA 4M3RA 3AVNA 4LSNA 5SWMA 3SQ1A 3F9KA 4CE9A 3TANA 1VSJA 2YHBA 4AHUA 2XHBA 4F3OA 1RBRA 2QK9A 4LSLA 3NE6A 1TKDA 3SJJA 1KSPA 2PY5A 4HCBA 5E41A 4NCGA 4OPJA 3OYAA 4ELTA 4Z0UA 2BANA 2RPIA 1VSKA 3LP1A 3VQ4A 3RRGA 4CESA 1BISA 1S6QA 3L3UA 4OKKA 4JRPA 2IS3A 3JYTA 3L2VA 4CEOA 4FZZA 2DY4A 4W5TA 4FM1A 2Z1IA 4HVJA 3S3MA 3DLRA 3I8DA 3NFAA 1QSSA 1JXBA 2BGGA 3HPGA 2YNGA 2EHGA 3ZT3A 1S9EA 2JGUA 2VG7A 1RT1A 4CHOA 3HVRA 2G8HA 3O3FA 4BDYA 4DF8A 1HYZA 4UQGA 4B9MA 3MXIA 4DQPA 4RW7A 2DFHA 2HHQA 4CGFA 1SKSA 4CJTA 3OYHA 4J2EA 4KPYA 1LAVA 3AVJA 3I0RA 2X78A 1BQNA 2D5RA 3K5OA 5JS1A 2Z1HA 3DM2A 4M3ZA 2LSNA 4CGDA 2KTQA 4N56A 3DRPA 3C95A 1D9DA 4DU1A 3NHGA 4DU3A 3AVMA 3HP9A 4Z4HA 4FJ9A 3ZSXA 1KTQA 1HPZA 2KW4A 4FJNA 4B3OA 3ISNC 1ZYQA 3KLHA 4DSEA 4CEFA 4I2QA 4FLUA 1NOYA 4DTXA 3AO5A 4FK2A 4FLXA 2E6MA 1LWFA 1VK0A 3TWHA 3M8PA 4Z4CA 1KONA 1EX4A 1Q8IA 3MXJA 4CJWA 1S6PA 5KRTA 4W5OA 4TSXA 3QETA 1XHXA 4AHSA 1TAQA 4AHVA 3OYLA 3U3GA 2NUBA 3PY8A 1Q9YA 3DOKA 1RTIA 1X9WA 4F3TA 3SQ4A 3HK2A 2E4LA 3AO4A 1U04A 3ITHA 1TK0A 3L2QA 4ELVA 3CM6A 2KZZA 3HYFA 4E3SA 1WSHA 1A5WA 3WNEA 2EX3A 4R5PA 1MU2A 4J2BA 3V9WA 3VQ8A 4DLEA 4O44A 3V9XA 3QERA 1WN7A 1SL0A 3VQBA 3HT3A 4CJQA 4AHTA 2HNDA 4B9LA 1QHTA 1L3VA 1RCHA 1EKEA 1C1CA 2G8KA 3LP2A 1HNVA 1S1UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DA3A 4CIEA 1MD0A 4Y4RA 1EJ9A 4L9JA 4CFAA 2BXZA 3GVAA 5BPNA 3IS9A 3E6MA 4H8KA 4C1NI 2EIJH 1ODDA 3PX0A 4DV0K 2H6BA 2TRTA 4CHNA 4QTRA 2NZTA 1R00A 1SAZA 5F27A 1OH5A 3RKYA 2ZJPF 3BY5A 3OBWA 1RFQA 2K9LA 1BA5A 3CCUI 1N78A 5AQXA 5HROA 1BCMA 4JI3K 1WKMA 3AA5X 1H88C 4BRHA 5FLXK 1XHZA 2QSHX 4B1XB 4I01A 1I27A 1SD4A 3OYDA 4B9VA 3CMEI 3GZ6A 4C8LA 4ANJA 3I4PA 3O9TA 2AXLA 1NJYA 2E2OA 3SV4A 2EFOA 3RI4A 3SUOA 4RBOA 2OZSA 3ASOH 5FKNA 2DYRH 3BTCA 3C3WA 4UUSA 4MFBA 5CQEA 1U2VB 3OOUA 3ROUA 4WFAL 3V7SA 3LPTA 1RILA 4LD5A 1U3EM 1UWBA 4BREA 5EX5A 4CICA 2RKHA 3RZDJ 3PLAA 4NNJA 2H09A 4HF2A 5AQZA 2OPRA 2HS5A 2M45A 1S9HA 3JR9A 2LR8A 4DF4A 3KPHA 5FLXZ 2DFEA 3EZWA 4K0KK 1S1TA 5SZTA 4XEIA 1KC8O 1S8NA 4DJAA 2JA7J 4CA0A 2XY8A 3K0LA 3LSPA 1TLHB 3I58A 2NS8A 3ML6A 1VRTA 2VOPA 4FTHA 3H6EA 2UUAK 4IHSA 3BTIA 5FPEA 1DGKN 3LDOA 1TC3C 4CH7A 2O8CB 4B44A 1Y97A 3UKGA 4Z4EA 2DTRA 1JLGA 2UXXA 5KAFC 2E5NA 4IHYA 3LOCA 2CJJA 4BXUA 3W3DA 2XY6A 4HUFA 3TTDA 4XLNF 1QO0D 4DQRA 2LYCA 1RUOA 4Y17A 2M0MA 1FKPA 3HO1A 4WFBL 3QDKA 2QA4I 2W41A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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