3HPHA

Closed tetramer of visna virus integrase (residues 1-219) in complex with ledgf ibd
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
210
structure length
194
Chain Sequence
NIPLAEEEHNKWHQDAVSLHLEFGIPRTAAEDIVQQCDVCIDHWQVDYTHYEDKIILVWVETNSGLIYAERVKGETGQEFRVQTMKWYAMFAPKSLQSDNGPAFVAESTQLLMKYLGIEHTTGIPWNPQSQALVERTHQTLKNTLEKLIPMFNAFESALAGTLITLNIKRKGGLGTSPMDIFIFNKEQQRIQQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Maedi visna virus
publication title Structural basis for functional tetramerization of lentiviral integrase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 64
structure length 194
sequence length 210
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3hphA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hphA02
1VSDA 1BHLA 1RDDA 1VSKA 4FJKA 2VG5A 3LPTA 1J53A 4AHTA 2GV9A 3NDKA 1I39A 4CE9A 1UA0A 3NF9A 2X78A 3NFAA 1FKPA 1ZBLA 3DLHA 4G1QA 1LWEA 4JLHA 1KRPA 4Z4IA 1WJBA 5CZ1A 4LSNA 5FRNA 1HMVA 1Q8IA 4FJ7A 1D9FA 2OPRA 1B9FA 1A5XA 4CEAA 2G8WA 1IKWA 2KZMA 5SWMA 3VQDA 4FK0A 5SZTA 1IH7A 2OPSA 4FJ8A 2WONA 4KHUA 3PO5A 1QS4A 4O44A 4GVMA 5CZ2A 1SUQA 4FLYA 1X9WA 2B4JA 3VQPA 3NAEA 4DTSA 3CQ8A 4KREA 4FM0A 4DQQA 1XI1A 3NH2A 4M41A 1S1XA 1U49A 1BCMA 3KD5E 5DK5A 3VQ5A 2IS3A 3HO1A 4AHCA 4FLUA 3IRXA 3OYDA 4CGHA 3LZJA 4E0DA 4FW1A 3TI0A 3WNFA 2P5OA 3V9XA 1WJFA 2LSNA 1IO2A 4JS5A 1JLGA 4FCYA 4CHYA 1LW2A 5I42A 4EZ6A 3L3UA 4E7LA 1VRTA 4CEDA 4QCLA 1C1AA 2OYQA 3AA4A 2KTQA 1DLOA 3CM5A 5CYQA 3IG1A 3LZIA 4CGDA 2HHXA 3C6TA 4DQSA 1SL0A 2D0CA 3HT3A 4CF1A 3L2QA 3KK3A 4PA1A 2AJQA 3SV4A 1KTQA 4OGEA 3TAPA 4J2BA 4XIUA 2KFZA 1YTUA 5C24A 1SKWA 1I3AA 2G8UA 1BISA 4B9VA 1U47A 4B3OA 3VQQA 4M45A 2VG6A 4DSEA 1ITGA 4KV8A 3OYHA 2HNDA 3VQAA 4BDYA 2OZSA 2FBYA 1WNSA 3NE6A 1QSLA 1VSEA 4CF8A 4CEOA 1NKBA 1GOBA 1LWFA 4O4GA 3HSTB 1BL3A 3HK2A 3K58A 4FJGA 4TSXA 1RT6A 4KAZA 5FROA 3TARA 2ZQBA 4R5PA 4CFAA 1ASWA 3NCIA 1VK0A 3V6DA 3M8SA 1C1CA 3SZ2A 5E41A 4HCCA 3QEWA 4OPKA 4Y1CA 2Z1GA 4FJ9A 1EP4A 4N47A 3S3OA 3KJVA 3MAQA 5DMRA 5FRMA 3DLEA 3LAKA 2Z1HA 3VQ4A 3ZSZA 2YHAA 1T03A 1HNVA 1W9HA 3TABA 3SPYA 4CHQA 3G0ZA 2G8HA 3PX0A 4NCBA 1D9DA 4RG8A 2HHUA 4F2RA 4IKFA 1S5JA 3H08A 4I7FA 1BIZA 3OY9A 3TANA 4O5BA 1YVUA 1SKSA 4CGJA 2XY6A 1TAQA 1RBSA 2D0AA 4MFBA 2XY7A 3MEGA 3OYAA 3OYFA 4ELVA 3AA3A 3O4NA 1NK7A 4DTNA 1JLBA 2RKIA 3PO4A 4RW8A 2HHQA 3C95A 4DF4A 1TAUA 2I5JA 2IOCA 3AVIA 3DMJA 1NK0A 3NBPA 3HPOA 2XY5A 5J2QA 1NOYA 4KTZA 3KLEA 4CJ5A 4DF8A 4DFMA 3HJFA 3AV9A 4CK1A 3BDPA 4IBNA 3K5LA 2P5GA 4CJFA 4FM2A 3IAYA 4KHSA 3U6FA 4CFBA 4OPJA 1C0UA 3K5NA 1JXBA 1VSLA 2YNFA 5KRSA 2PYLA 3HVTA 3I0RA 1TKXA 1ZBIA 4B8AB 4ELTA 3SUNA 4DTPA 1S1VA 4Z4HA 4DQPA 5JS2A 2PYJA 3KTQA 1KVBA 2A1SA 2O4GA 3DOLA 5HRRA 4OKEA 1U45A 1U48A 1RT2A 4O0JA 3VQ6A 4E89A 3LWMA 3P5JA 4CF9A 2HHVA 4W5NA 2IDOA 1SL1A 3ZCMA 3PX4A 3SUPA 1LAWA 3OJSA 4BE2A 1BCOA 4LH5A 3ZSQA 3ZSVA 1C0TA 1L3TA 4LY7A 3V9UA 3QIOA 3LPUA 2EHGA 2GBZA 4IG0A 1QSYA 1NK5A 2DTUA 3SQ4A 4KB0A 4CFDA 3OYIA 3AO5A 4DSLA 4HUFA 4CGIA 1LV5A 4DSIA 4KFBA 1X1PA 3NH0A 3OVNA 3LANA 1X9SA 2XHBA 4HVJA 4EP5A 2NUBA 1L3SA 3M8PA 3T3FA 5KGXA 3EY1A 3OYMA 2RPIA 3JYTA 3EZ5A 3ZSWA 2JGUA 4AHVA 4DTJA 4DQRA 3RMBA 3MXMA 1TK0A 1NJZA 1F21A 1RBVA 1Y97A 1KFSA 3TAEA 3S9HA 3AO4A 1WSEA 4E7JA 3S3MA 5JS1A 3U3GA 2FBTA 2XY8A 4CEQA 3NH1A 3B6OA 3SJJA 3V4IA 1WAFA 4CIFA 5J1EA 4JRPA 3ULDA 3SI6A 4J2DA 4EZ9A 3OYKA 1T05A 3TR8A 1XC9A 4M42A 2X74A 1HNIA 3AO1A 4JRQA 4NYNA 1VSJA 1JL2A 1O1WA 1R0AA 1RBUA 1FK9A 1S9GA 2XRIA 3OS1A 5KRTA 3VQBA 4IFVA 4YFUA 3OYGA 4WE1A 3RRGA 1WSIA 4Z4EA 5HBMA 3QNOA 1RBTA 3AVAA 1JLFA 2YV0X 4Z0UA 3JSMA 1BGXT 2VWKA 3KK2A 4Z4CA 4DFPA 1JLEA 4LD0A 5CYMA 1HQUA 1RILA 2G8VA 2HW3A 3QINA 1QHTA 4DSJA 4QOZB 2KZZA 3ITHA 3BGRA 1JXEA 3VQ7A 4JS4A 4OLBA 4N5SA 3VN5A 3SNNA 4DLGA 3LP2A 1VSFA 4CHPA 3DRRA 3KKSA 4I9QA 2FBVA 4IFYA 4DFJA 4CERA 3O3HA 4BWMA 4CIGA 2HNYA 1NJXA 4CJVA 3AVKA 1LFPA 4DS5A 3AVJA 4BACA 3V9WA 1W0HA 1A5WA 4E3SA 4KB1A 4FZZA 2O4IA 3C94A 2YHBA 4W5TA 1NJYA 4H4OA 1D5AA 4FZXC 4FJNA 2WOMA 4Z4FA 1UWBA 4CJ4A 4CF0A 4RW4A 4E19A 4PWDA 3O4QA 4FLWA 1VSIA 4MQ3A 1DTQA 4PY5A 2EX3A 1ZBFA 3AVGA 4ZHRA 3QERA 1RNHA 3RWUA 3NHGA 1N5YA 2F8TA 3ZT3A 2ZD1A 3OYEA 4FZYA 4PUOA 3I0SA 3PUFA 5KI6A 3L2RA 1J54A 2BDPA 1BQMA 2HMIA 4HCBA 4EP4A 3MEDA 4KHNA 4KHQA 4KKOA 1ASUA 1TV6A 3KD1E 4DS4A 5KGWA 3PV8A 4DTOA 2FBXA 3ZT4A 3EYZA 4B9TA 4FM1A 4B9UA 2FC0A 1EETA 4OKJA 3K5MA 1NK6A 4ZTFA 1RTHA 3SQ0A 1NKCA 4FK4A 1RT7A 3AA2A 1C0MA 4E7IA 4AHSA 4CJUA 4DTRA 3OYJA 4KRFA 3KLIA 3RMDA 4CFCA 3LALA 1CZ9A 3AVFA 3PX6A 3ZSRA 2IAJA 1WSGA 4N56A 3TAGA 3OS2A 2G8KA 5T7BA 3RMCA 4NCGA 4KI6A 1B92A 1WJCA 1HQEA 4ELUA 1QQCA 3M8RA 3LDSA 1BI4B 1RTIA 1WSFA 3M8QA 2G8IA 4CECA 4N76A 1XWLA 4DSFA 1MW7A 4W5RA 2VWJA 4BE0A 4RW6A 4CJKA 1C6VA 4CEBA 3KLHA 1KONA 4DU3A 4B9NA 4M3YA 3O3FA 1VRUA 4AH9A 2QKBA 3RR7A 1B9DA 4FXDA 3OYCA 4H8KA 1E0EA 5HRPA 2DFHA 1JLCA 2Z1IA 3P83D 3TAFA 4KHWA 2KW4A 3K59A 4B9SA 1HPZA 3CG7A 3RMAA 4ZTJA 4CJWA 3V81A 1TKDA 4B9LA 4GW6A 1YT3A 1REVA 3RTVA 4IG3A 2KFNA 3ZT2A 1LAVA 2Q3SA 1BI4A 3O3GA 4DU4A 2F8SA 4OKKA 1CZBA 2YKMA 1TK8A 3WNGA 3V1OA 4KPYA 3VA0A 3DRPA 3AO2A 3QETA 2A1RA 3VQ8A 3NGIA 4F8RA 4CJSA 5D3GA 4FVMA 3AO3A 4CEFA 3QESA 4BDZA 4I2PA 3DLGA 4OGCA 3OYNA 3QNNA 4DTMA 4DU1A 1S6PA 4DQIA 1HYSA 2B5JA 3HVRA 1JLAA 3AVBA 3KLFA 3HM9A 5J2MA 1QSSA 1S1TA 2BANA 3L2UA 3ZT0A 4C8LA 3QIPA 4LSLA 2DFEA 3DI6A 1L3VA 2HVHA 4F3QA 3F9KA 3DYAA 1HJRA 1ZBHA 1U04A 4CHZA 3MEEA 5KTQA 4OVLA 3THVA 1RT5A 3SPZA 1S9EA 4RW7A 4QAGA 4Y1DA 5C25A 2BE2A 4FLXA 4I9LA 4HTUA 4Q0BA 3V9SA 3DLBA 2X6NA 4Z4GA 3ZSOA 1KLNA 1HYZA 2R7YA 3T1AA 4DWIA 1RCHA 4IDKA 4CHNA 1IKXA 3QEVA 1VSHA 4Q5VA 1LW0A 1SKRA 3UIQA 2D5RA 2HB5A 4DTUA 1UA1A 3CM6A 4CIEA 1Z25A 2OZMA 4DG1A 4J2EA 1BQNA 1YTAA 2RF2A 3KKRA 1FXXA 3ZSXA 4FLZA 4DMNA 3AVNA 1GOCA 1NOZA 1QE1A 3QO9A 4C8MA 3KLGA 4I2QA 1WLJA 3DLKA 3AVMA 3T19A 1U4BA 1D8YA 3SV3A 3S3NA 1TL1A 2IC3A 4ID5A 1WJEA 1KSPA 2IGIA 1ZBUA 3L2WA 4FJHA 4W5QA 2W42A 3MXIA 1N6QA 3TWHA 2RN2A 4FJXA 4M3TA 4M3UA 4B9MA 4UQGA 4ID1A 3KK1A 1ZYQA 3TAMA 4PQUA 2E6MA 1JL1A 4M3RA 1L3UA 1WSJA 2YNGA 1K6YA 4CHOA 4KI4A 1RTJA 1Q9YA 2YNIA 1NK9A 1HYVA 3AVLA 1XHXA 3HPGA 4C8NA 4F3OA 1JKHA 1WN7A 1Z26A 5I3UA 3RRHA 3NGYA 2D0BA 2ZE2A 4F3TA 4AHRA 4F4KA 4CJRA 4H4MA 2E6LA 3C6UA 1RT4A 2Y1IA 3LWLA 1G15A 2GUIA 3DLRA 4CGGA 3HL8A 3SUQA 1VSMA 4CEEA 3OS0A 4CESA 3PY8A 2F96A 3ASMA 1KFDA 1RBRA 4DFKA 2DY4A 1Q9XA 1TKZA 1BIUA 2X6SA 4LH4A 4E1MA 3DM2A 3L8BA 2Y1JA 1JLQA 3V1QA 5EU7A 4FJLA 4CJ3A 3LP0A 1CXUA 3L2VA 3QEXA 4OLAA 3K2PA 5CY4A 4FK2A 3QLHA 3MXJA 1WSHA 1IKYA 4DTXA 1XHZA 1EX4A 4CCHA 3ZT1A 1KCFA 4CEZA 4AHUA 1RTDA 3HPHA 4FLVA 2HHSA 3MECA 5HRNA 4BDPA 3QEIA 3OYLA 3CYMA 2ITGA 3AVHA 1S6QA 2PZSA 1TVRA 1RT1A 2HHTA 1KVCA 4HUGA 4CJQA 2G8FA 4B8CA 1EKEA 3K5OA 1HRHA 4FJJA 3KIOA 3SQ2A 3G10A 3U3YA 4K8ZA 3F73A 5C42A 3B6PA 5HROA 4FW2A 1A5VA 4K8XA 3NGZA 3QEPA 4N41A 2DFFA 4KTWA 2PY5A 3P1GA 1DTTA 4M3ZA 2VG7A 3ZSYA 1RT3A 4YNQA 4O0IA 3ISNC 3K57A 3VA3A 2XO7A 4KTQA 3DOKA 1S1UA 4W5OA 2QKKA 1MU2A 1X9MA 1TL3A 3NF7A 3LP1A 3SCXA 3E01A 4CK3A 2YNHA 2KQ2A 4ICLA 3HP6A 3OJUA 3CFPA 4FJMA 2QK9A 2BGGA 1RDBA 1RDAA 4OJRA 1J5OA 1IG9A 1IKVA 2ATQA 4FJIA 4AILC 3SYZA 2ETJA 3HYFA 4B08A 3AVCA 1FKOA 4CJPA 2OPPA 4DLEA 1QTMA 4C8OA 1TK5A 3SUOA 4O55A 1L5UA 4L8RB 3CFRA 1UOCA 1KVAA 2OPQA 5HLFA 3VQCA 4KHYA 3WNEA 4F2SA 3A2FA 4M3XA 4NCAA 3L3VA 2Z1JA 2HVIA 5J2PA 4GMJB 1EXQA 4FJ5A 3VQ9A 4BE1A 1TKTA 3HXMA 3TAQA 3ALYA 4CF2A 1RDCA 2P1JA 1WAJA 2HNZA 5K14A 1GOAA 3OYBA 1S1WA 2JLEA 2E4LA 1ASVA 1T7PA 1UAXA 1SL2A 1WJAA 1WJDA 4J2AA 4CJLA 2QXFA 2YKNA 2HHWA 3WNHA 1C1BA 4E1NA 3CFOA 4E7HA 5J2NA 4KO0A 4NYFA 4CGFA 4HHTA 1J9AA 4FLTA 3AA5X 2B6AA 5FDLA 3HP9A 1NK8A 4CJEA 1NKEA 1TGOA 3I8DA 3V1RA 3DRSA 1CXQA 1CLQA 3VQEA 4CK2A 2OA8A 4M3WA 3LP3A 4BWJA 5HRSA 5HP1A 4FYDA 4CJTA 1NJWA 1T8EA 3IS9A 3FFIA 3D0PA 4HUEA 4E7KA 3NF6A 2P51A 3V9ZA 3RR8A 1SV5A 4RW9A 3NF8A 3SQ1A 4C8KA 3D45A 1KLMA 3LAMA 4DSKA 1LWCA 1NK4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BC5A 2VG5A 2ID3A 2LRDA 2DU9A 1WJBA 1DGKN 2Q2RA 5AQIA 5BRFA 4B43A 4F92B 1W1WE 2E88A 4FLYA 4DQQA 3ID8A 4B44A 1OJLA 5C4JJ 4QPQA 4BRIA 3I53A 2LSNA 4HBLA 4FCYA 4CHYA 3L3UA 4D7NA 5J47A 1DLOA 4YOWA 3BR1A 1SL0A 2R7SA 3F6VA 2XGEA 3DXJF 3PSFA 3CPWM 4BXUA 1BR4A 2FBYA 3K9JA 4ZH4F 1HKQA 5EYRA 5FROA 5BN9A 2XB5A 4C2UA 1TBXA 4OPKA 4QWQA 3PX0A 4B3SK 2W6LA 2PN6A 2R0QC 1S5JA 3H08A 4E7ZA 1YVUA 1VQON 1U5TA 1OLTA 1ZK8A 3JREA 5E3LA 3C95A 5C4XJ 3KZIC 3KLEA 2OCCH 4CK1A 1MJ9A 5JHUA 1QQOA 4BU2A 1TKXA 2LREA 5E17F 3QBWA 2PAVA 5DCMB 3PO2J 4HWIA 5K7FA 3P5JA 3COAC 1SL1A 4BRDA 1IF1A 4FPAA 2M34A 4CGIA 5JLXA 2Z5UA 4HVJA 4JK7A 3E9PA 2FSNA 3JCUC 1ONVA 3EZ5A 1U3EM 2GQQA 3U3GA 3HOXJ 3JTHA 3OL4A 3O1WA 4YIFA 3AO1A 2I10A 1TQMA 1RBUA 3ZQGA 1YHQI 5KRTA 4IFVA 5AQYA 4Z4CA 2KP6A 3CCYA 2GXBA 1JXEA 2FXUA 3QB0A 5JLFA 3VSLA 2HSTA 5GTHC 3VB2A 4M7YA 4HDVA 5GADJ 2VOPA 4FZZA 1W0HA 3E5QA 1FP1D 2X1DA 4H5WA 4XR6A 1XUPO 3LSGA 1ZBFA 5BPLA 1VF9A 4XH1A 3HYIA 3OBWA 5KAFC 1YITI 4I99C 3RQIA 5EEGA 3GBGA 1YJWN 4AHSA 1TWAJ 1DT9A 4CZKA 2DT6A 3THWB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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