3HPHA

Closed tetramer of visna virus integrase (residues 1-219) in complex with ledgf ibd
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
210
structure length
194
Chain Sequence
NIPLAEEEHNKWHQDAVSLHLEFGIPRTAAEDIVQQCDVCIDHWQVDYTHYEDKIILVWVETNSGLIYAERVKGETGQEFRVQTMKWYAMFAPKSLQSDNGPAFVAESTQLLMKYLGIEHTTGIPWNPQSQALVERTHQTLKNTLEKLIPMFNAFESALAGTLITLNIKRKGGLGTSPMDIFIFNKEQQRIQQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for functional tetramerization of lentiviral integrase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase
source organism Maedi visna virus
total genus 64
structure length 194
sequence length 210
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3hphA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hphA02
2FBVA 3CM5A 4ELTA 1EKEA 3NAEA 3F73A 2AJQA 4I2QA 1SKWA 4H8KA 4N47A 3V9XA 1WJEA 2YKNA 3WNGA 3SUPA 1WSFA 4B8AB 1U48A 2OA8A 4NCAA 5JS2A 3OYDA 4R5PA 2QK9A 1IG9A 2VWKA 2IGIA 3P1GA 3U3GA 1WSIA 5C25A 3C95A 3NGIA 4DU3A 4FZYA 4CGFA 2KTQA 4HTUA 2HVHA 3QEPA 1EETA 3QNOA 5KGXA 3K2PA 3WNFA 3DOKA 4DTXA 2OPQA 3DI6A 4F3QA 4UQGA 3ZT3A 4E1NA 1NK8A 4DSEA 4N56A 3FFIA 4CFDA 3RTVA 4DS4A 2G8IA 1JL2A 2DY4A 4FJGA 4FJLA 1TGOA 2WONA 5SWMA 4M41A 1VSJA 1BGXT 3CG7A 2B5JA 3C6UA 3V6DA 2HHWA 3V1QA 1FXXA 1QSYA 4KFBA 3VQ6A 3ZT4A 1RT3A 3EYZA 4CK3A 3VQDA 2HNYA 1JLEA 2OYQA 3B6PA 3PO5A 3KLHA 1WSJA 3VN5A 1DTQA 1HNIA 3OJSA 4DSJA 2PYJA 4IG3A 4K8XA 1U04A 4N41A 3HL8A 5D3GA 3A2FA 4E19A 4GVMA 3VQQA 5HP1A 2IC3A 2QXFA 4PY5A 1RCHA 1U4BA 1FKPA 3K57A 2HVIA 2KQ2A 4EZ9A 3DLGA 4OGEA 3AVCA 4KB1A 1HYVA 2Z1HA 3L8BA 1RILA 3K5OA 4DLGA 3AVJA 1IKVA 3NH0A 2HMIA 1WJCA 4FZXC 2XY6A 3RRGA 1EP4A 4F8RA 4CJQA 4CIEA 1D9FA 1SL2A 4M3XA 3PUFA 4O44A 5C24A 4EZ6A 4C8MA 1VSHA 4CF1A 3TARA 5T7BA 4RW7A 3KK3A 2X78A 3NH1A 3QETA 2A1RA 1D9DA 4KRFA 4E7JA 1S1XA 3VQAA 4DTSA 4M3TA 1WAJA 1IKXA 2YNHA 2X74A 3K59A 2EHGA 4C8NA 4YFUA 4M3RA 1NK7A 4CIFA 3ZSQA 4FK0A 4CJ3A 1HYSA 1G15A 3AVGA 4IFYA 3TAPA 3KKSA 3PX4A 3HJFA 2YHBA 5CYMA 1NKEA 3M8RA 3ZT1A 1XI1A 3I0RA 2IOCA 3CM6A 2W42A 4PWDA 2HHTA 1UA1A 1BCMA 3MECA 4FJ8A 4HCCA 3LAMA 3LP3A 4AILC 1IO2A 4QAGA 3DOLA 3SQ4A 5I42A 2G8KA 3P5JA 3SV4A 1UA0A 1RDAA 3TAGA 1JLGA 3E01A 1LFPA 4IG0A 1Q9XA 4KHWA 4IDKA 4B8CA 5KRSA 3EY1A 1NJYA 3NF7A 5KRTA 3M8PA 4CEFA 1CZBA 1X1PA 4OKKA 3SUQA 3S9HA 2HHXA 1RTJA 3HYFA 2FBYA 3DLEA 1JKHA 3ZSYA 3VQCA 4FLYA 4DTMA 4FZZA 4KTWA 1VK0A 2IDOA 1LWFA 3KLIA 4CEEA 3MAQA 4Y1DA 4KHNA 4E7LA 1XHZA 2GUIA 4FJ9A 3NGZA 1J54A 3SCXA 4N5SA 1VSKA 3HT3A 3AA4A 4FJHA 2Q3SA 5DK5A 3P83D 3S3MA 4FYDA 2RKIA 5FDLA 3HVRA 3L2VA 5CZ2A 2WOMA 1ZYQA 4CF9A 3LAKA 4BE1A 3V1OA 4I9LA 2QKKA 4CHZA 3DM2A 3D0PA 1Z25A 3AO2A 3QINA 3RMAA 2P5OA 2OPSA 3L3UA 4B9MA 3IAYA 2O4GA 3IS9A 3PO4A 5FROA 2Z1IA 4NYFA 4AHTA 2VG5A 4BE2A 2G8FA 2BGGA 2OZSA 4YNQA 2FBTA 3OYIA 1HNVA 3QIPA 4I7FA 4DS5A 1JLCA 3QIOA 2F8TA 3VQ8A 2XO7A 1LWEA 5JS1A 1BISA 1S6PA 2IAJA 1KFDA 4NCGA 3ZSVA 4O55A 3AVBA 3QO9A 3HPOA 1TKDA 4KV8A 4CJRA 1WNSA 4GW6A 2GV9A 1QTMA 4CFCA 5C42A 4M3ZA 2DFFA 1TKTA 3DMJA 2R7YA 1NKBA 1C0UA 4CERA 1TL1A 1BL3A 4DTPA 2RPIA 3CFPA 4DTJA 1K6YA 3LPUA 3VQ9A 4EP4A 5HRNA 3OS2A 3SNNA 1WJFA 2LSNA 3L2UA 1YVUA 3NBPA 3OYAA 3RMBA 2I5JA 3OS0A 1KRPA 4OJRA 2NUBA 4CF8A 4KI4A 1HPZA 2KZMA 3AVKA 1QS4A 1I39A 1QHTA 2VG6A 1WSGA 4LH5A 4B9NA 5J2NA 4DTNA 2VG7A 3NFAA 4RW8A 2G8WA 4QOZB 3I8DA 4HUGA 3KTQA 2BDPA 3IRXA 1WSEA 4DSLA 4GMJB 5FRNA 4CJEA 1RBRA 3ISNC 4O4GA 3O3HA 1JXEA 3ALYA 3NF8A 4OKEA 1DTTA 3SI6A 4F2RA 1HRHA 4KHYA 3O4QA 3TAFA 3HP6A 4BACA 3T1AA 3OYKA 4FLUA 4DFJA 1NK9A 1HMVA 1SKSA 1I3AA 1RT1A 2EX3A 4CEQA 3LZIA 1Q8IA 3MXMA 1JXBA 4AHSA 4EP5A 1D5AA 2Z1GA 4AHCA 4CEOA 5E41A 3SQ1A 4KHSA 3VA3A 3C6TA 1BHLA 3S3NA 1S1UA 3SUOA 3ZT2A 4LSLA 4IKFA 3LALA 4B9SA 1F21A 3JYTA 4FJNA 1TAUA 2BE2A 4FK2A 4CESA 3L3VA 2YNFA 3KKRA 1HYZA 4CK1A 3THVA 4DF8A 3IG1A 4CFAA 1D8YA 1VRUA 3VQBA 3TANA 5KTQA 4KAZA 2D0BA 1GOBA 2FBXA 2HB5A 3ZCMA 1R0AA 3VQ7A 4DSFA 3OY9A 2P51A 3VQPA 2P1JA 1Y97A 4H4MA 1RT6A 4ELUA 4B9UA 2KFNA 1KFSA 4CEAA 1QSLA 4RW9A 3V9WA 3RMCA 1TK0A 2QKBA 1RDDA 2Y1JA 4DWIA 3RR7A 2ZQBA 3AVIA 4J2BA 3LWLA 1CZ9A 1SV5A 4CJSA 1C0MA 3M8QA 4CJ4A 3AV9A 5DMRA 3L2WA 4HHTA 2Y1IA 4JLHA 1RTHA 4J2DA 1T8EA 1JLAA 4CJKA 3RRHA 4ZTJA 3MEGA 4RW4A 4CK2A 4KKOA 3OYNA 3KD1E 4O0IA 1ASVA 5HROA 3I0SA 2RN2A 1W0HA 2HNZA 4CIGA 3V9UA 4E7IA 4CJFA 4CEDA 3RR8A 1U45A 1KTQA 4DTOA 1C0TA 3DLRA 4DFKA 3LWMA 1CXQA 4JS5A 4MFBA 3OYCA 1TVRA 1TK5A 4Z4IA 2X6SA 2ZE2A 1WJDA 4CJLA 2HNDA 1NJXA 4FK4A 3KLEA 4Z4FA 4CJPA 3QEWA 3C94A 3QERA 3AVAA 1BI4B 3KK2A 1SL0A 3CYMA 4DQRA 1NK4A 3PY8A 2F96A 4B9LA 5J2QA 5EU7A 3K5NA 4B9VA 4DMNA 3MEDA 4CE9A 1GOAA 4E1MA 3OYEA 3NHGA 4CJWA 4E89A 1L3UA 1SKRA 2DFEA 3SUNA 3KD5E 4DSKA 4J2EA 4L8RB 1RBVA 4LY7A 1BI4A 3EZ5A 4I9QA 1LW0A 1YTAA 4BWJA 1NKCA 3T19A 3TABA 4CJ5A 1IKYA 1XWLA 3LANA 2DFHA 4E7KA 4I2PA 4CF0A 3HPHA 4CGDA 2KZZA 4CJTA 5J1EA 1J5OA 4C8LA 3G10A 4E7HA 4DU4A 1BQNA 4CECA 1N6QA 1BCOA 1KVBA 4W5TA 3RWUA 2JLEA 1UWBA 2YV0X 3ZSZA 4AHVA 3RMDA 3BDPA 4JRPA 3F9KA 4FW1A 3DLBA 4ID1A 1S9GA 4AH9A 4CCHA 4KREA 4WE1A 1TAQA 2G8VA 1QQCA 1VRTA 2FC0A 2Z1JA 1RBSA 1WSHA 3OYHA 5FRMA 3LP1A 1EXQA 3OYJA 4JS4A 4FXDA 1X9MA 4CHOA 1S1TA 1UOCA 4M42A 3SJJA 3OYMA 2GBZA 4ZHRA 4DQPA 4N76A 1NOYA 1EX4A 1NK5A 1JLFA 3AVLA 1VSDA 4OLBA 4O5BA 3VQ4A 4CHNA 3UIQA 1L3VA 2YNIA 1LAWA 1MW7A 1SUQA 2YKMA 4OGCA 3ZSWA 3K58A 1VSLA 3H08A 1J53A 4OVLA 3D45A 5J2MA 4QCLA 4KB0A 3ZT0A 3NH2A 4Q0BA 4BE0A 2YHAA 3BGRA 4OPKA 1WJAA 3QESA 2HW3A 3HSTB 1ASUA 4HUEA 4CEZA 2KFZA 1JL1A 1RBTA 1TKZA 1Z26A 3O3GA 1C1BA 3TAQA 4DF4A 1XC9A 1RTDA 3HO1A 2JGUA 4FW2A 3TAEA 4FLWA 1QE1A 1Q9YA 4CGJA 1HQEA 4CGGA 1ZBUA 4B9TA 2BANA 3QEIA 3DYAA 4Z4CA 1VSIA 3AVHA 3OVNA 4RG8A 2O4IA 2VWJA 4LD0A 3AVNA 3TWHA 3V9SA 3V9ZA 3MEEA 5CZ1A 1VSMA 1W9HA 1HQUA 4F3TA 2HHVA 2A1SA 2G8UA 3AO3A 3PV8A 4KTZA 4H4OA 4J2AA 3KJVA 1NOZA 3HP9A 1C1CA 3QEXA 4Q5VA 4W5OA 4OLAA 1WLJA 1ITGA 1RTIA 4RW6A 5CYQA 3L2RA 4F2SA 5KGWA 4DTRA 1B9FA 4B08A 1DLOA 5HLFA 1B9DA 4CEBA 4DFPA 4E0DA 4KHUA 3S3OA 4FLXA 3TAMA 1LAVA 3L2QA 3HK2A 1YT3A 1CLQA 3K5MA 1B92A 2XY5A 3AO4A 1T05A 1RDCA 5HBMA 4CHQA 4CJUA 1MU2A 1TKXA 5HRRA 5K14A 3KLGA 1T7PA 4K8ZA 1BIUA 2D5RA 1TV6A 2OPPA 2RF2A 3V4IA 1S5JA 2XRIA 1KVAA 2PYLA 3U6FA 4FM2A 4ELVA 4HVJA 3DRPA 4W5QA 4CHYA 4XIUA 3WNHA 3AA3A 1NJZA 1X9WA 4FJKA 1TL3A 4CJVA 3AVMA 1GOCA 1TK8A 4HCBA 1KSPA 4OKJA 3LDSA 4AHRA 4M3UA 3V1RA 5I3UA 4LSNA 3NDKA 4Y1CA 4FJJA 1KCFA 3G0ZA 3O4NA 1IH7A 4AHUA 3NCIA 1L3TA 4OPJA 3PX6A 4FJXA 1JLQA 1E0EA 2ATQA 3TR8A 4FCYA 3ZSRA 1RT5A 4FJIA 1ZBIA 1X9SA 1C1AA 3NF9A 3AA2A 3ZSOA 1ZBFA 4C8OA 1QSSA 4BDZA 1WAFA 4FJ5A 1A5XA 5J2PA 4DFMA 2XHBA 3SPYA 1ASWA 1KONA 4IBNA 3HXMA 4ID5A 4F3OA 3OYBA 2OPRA 3O3FA 4LH4A 1WN7A 3NE6A 4NCBA 4M3WA 1KVCA 1REVA 4FVMA 2E4LA 5HRSA 3AA5X 3PX0A 1L5UA 3OYLA 2G8HA 1NJWA 4CF2A 4CHPA 3SPZA 4JRQA 4KI6A 4DQSA 4CGIA 4W5RA 1S1WA 2F8SA 3KIOA 3TI0A 4W5NA 4BWMA 2ZD1A 1C6VA 1CXUA 2XY7A 2OZMA 1IKWA 1WJBA 4PQUA 3SYZA 1J9AA 2PZSA 2P5GA 5SZTA 4KO0A 4FLZA 4DTUA 2ETJA 1FK9A 1RT2A 5CY4A 4M45A 3M8SA 3HM9A 3QEVA 1KLNA 4DSIA 5HRPA 3KLFA 4ZTFA 3NGYA 3OJUA 3OS1A 4C8KA 1LWCA 1A5WA 4F4KA 3KK1A 3VQ5A 1KLMA 3JSMA 3DRRA 2HHSA 1N5YA 3U3YA 4FJ7A 4Z0UA 2B4JA 4DLEA 4Z4HA 4B3OA 1S1VA 2DTUA 3DLHA 3HPGA 2XY8A 3CFOA 1RT7A 3QLHA 4Z4EA 4BDPA 2B6AA 2E6LA 4IFVA 2IS3A 1HJRA 2YNGA 3AO5A 3LPTA 3LP0A 1U47A 2HHUA 1U49A 1NK0A 1JLBA 3AVFA 2D0CA 4ICLA 1L3SA 4O0JA 3QNNA 2HHQA 1RBUA 4M3YA 4HUFA 3CFRA 1BIZA 3SV3A 3VA0A 4KHQA 1RDBA 4E3SA 3MXIA 1ZBLA 1UAXA 4PA1A 4FM0A 4KTQA 3T3FA 3MXJA 3LZJA 1O1WA 4FM1A 1RT4A 3SZ2A 1S6QA 4DG1A 1VSFA 4DQQA 4G1QA 1NK6A 1VSEA 3NF6A 3ZSXA 3LP2A 4CGHA 1RNHA 4FLTA 1LV5A 5KI6A 4CFBA 2X6NA 3WNEA 4FLVA 1SL1A 4Z4GA 3OYGA 1XHXA 1A5VA 2E6MA 3ULDA 3SQ0A 4BDYA 4FJMA 3DLKA 3V81A 1BQMA 3VQEA 1FKOA 2ITGA 3SQ2A 1ZBHA 3CQ8A 1YTUA 2PY5A 2KW4A 2D0AA 3OYFA 4TSXA 1LW2A 4NYNA 1T03A 3K5LA 4DQIA 4DU1A 1S9EA 3AO1A 3DRSA 3ASMA 4MQ3A 4KPYA 3ITHA 4PUOA 3HVTA 3B6OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3D2FA 4AVZA 4GV6A 4NCAA 3O3KA 2ID6A 1ERDA 1R1UA 2UYTA 3U3GA 2EV0A 2ZJRF 4CVNE 4HTUA 4DTXA 3G6EI 4FJGA 2QBYA 3VESA 1VSJA 3C6UA 1VQ4N 3H9QA 3TTDA 4E7ZA 2BXZA 4EGYA 1ILYA 2FSNA 1X1BA 3VQQA 1FKPA 2L7FP 1ZG1A 3C7NA 5DYMA 2HDWA 2XY6A 4E1JA 3CLQA 3RQ4A 4FX4A 2KP6A 3CQXA 4I6ZA 2A1RA 3QETA 1VQPN 2ZFUA 1SMYF 2ZSIB 3I8BA 5AQGA 3M8RA 3WODF 1JKRC 2V7ZA 5IYBJ 2E34A 2HHTA 4BGBA 3SEQA 4A2UA 4KN4X 3OR1C 4MO7A 5EGOA 3KX2A 3F8CA 4IEEA 2QQAA 5HS8A 1TL8A 4IDKA 4B8CA 3M8PA 2R3SA 3SUQA 3CDLA 2XGCA 3DLEA 5L3GA 1BU6O 1A35A 3K0LA 2YU3A 3J7AP 3L2VA 2Q0RA 5AQMA 3SZGA 4NNJA 2P5OA 2O4GA 5FROA 1WOQA 2IPQX 1R23A 2NNYA 4CJRA 3ZQFA 4RLQA 4WCEL 3E3VA 2GM4A 3Q7BA 2I5JA 1FC3A 2FBIA 4P9FA 2ZNZA 3IUOA 4H5TA 1PUEE 1WSEA 4LG0B 2W6KA 4PSWA 4B3MK 1RBRA 5DD4A 3TAFA 1TLHB 1I3AA 4CEQA 3PSFA 5CVVA 2RQPA 1K8KB 1D1AA 2O03A 2VJ4A 1WH5A 3LALA 3U4LA 1X58A 1P4AA 1R22A 2ITMA 5FKOA 1N77A 5L3DA 1ITYA 5K7FA 2QKBA 1CZ9A 2VBZA 4IRGA 3P9IA 4RW4A 4DV7K 4KKOA 2VQFK 2E1OA 1BR1A 3ZETB 2CFXA 3CCSN 3I0SA 3ZQQA 2QXLA 3HTSB 2VCPA 3R0JA 1IXCA 4BXXJ 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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