1K6YA

Crystal structure of a two-domain fragment of hiv-1 integrase
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
210
structure length
192
Chain Sequence
FLDGIDKAQEEHEKYHSNWRAMASDFNLPPVVAKEIVASCDKCQLKCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of a two-domain fragment of HIV-1 integrase: implications for domain organization in the intact protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 65
structure length 192
sequence length 210
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 1k6yA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1k6yA02
3QNOA 3HT3A 4LSNA 3OYDA 3S3MA 2Q3SA 1L3VA 3O3GA 4DG1A 1W9HA 3ISNC 4RW9A 5T7BA 4B9NA 1EX4A 2D0BA 4KPYA 4I2PA 1WJFA 3SZ2A 2FC0A 3TARA 4LSLA 2OYQA 2O4IA 4PY5A 2B6AA 1A5WA 4NYNA 1WSGA 4KRFA 3QEXA 4CF8A 4PA1A 2PYJA 4KTZA 5CYMA 3AA4A 4ICLA 4IFVA 1ZBLA 3HPGA 3C94A 1U04A 4NCGA 3DLHA 3OVNA 3NGYA 3ZT4A 3OS1A 1ASVA 3K5LA 5J2PA 2HVHA 4B8AB 1QSLA 4OKJA 2KQ2A 1LWEA 4O0IA 3G0ZA 3AVHA 1RT1A 3L2RA 4HHTA 3PV8A 3PX6A 3TAPA 1X9MA 1WAFA 3IAYA 1BISA 3OYNA 4FZYA 4FJNA 1S6PA 2X6NA 3MEEA 1DTTA 4CJLA 4OLBA 1TL1A 1RDAA 1VSMA 2KW4A 3AVGA 1QSYA 2EX3A 4Z4FA 3AA5X 3T1AA 4M3XA 1S9EA 4KKOA 2YNIA 3THVA 4FZZA 2BANA 4FLXA 1ITGA 3IRXA 4AHRA 1SL2A 3OYIA 3NH0A 1LWCA 4W5QA 1G15A 4M3TA 1RT5A 1KONA 4E7IA 3VA0A 3V9ZA 3MECA 3CQ8A 1IH7A 4CIEA 1Z26A 1XWLA 4K8XA 4CF0A 4DSIA 1HPZA 3WNHA 3SCXA 1ZBHA 5JS1A 4KHNA 3HSTB 1E0EA 4FJ9A 3NCIA 1FXXA 4CGGA 4DTUA 3K58A 3K59A 3QO9A 4FJIA 2ATQA 3S9HA 1QSSA 4KHSA 1SL1A 1DLOA 1HRHA 5HRNA 5CYQA 1U45A 3FFIA 3B6OA 3DI6A 3LWMA 1B92A 1KVAA 3HXMA 4B08A 3ASMA 3SV3A 3NGIA 1BI4A 3TI0A 1KLNA 3H08A 3IS9A 4ID1A 1Z25A 3VQEA 4B9MA 4CEAA 4B9TA 5HRPA 3LZJA 1GOCA 4BDZA 3ZSZA 1ZBUA 2OPQA 3HVTA 3KK1A 4Z0UA 1EKEA 2VG6A 1EETA 3ZSRA 3K5NA 3MXJA 1U49A 4B3OA 4DSLA 1T05A 4E89A 2EHGA 2OA8A 4B9SA 4NCAA 4KREA 1FK9A 5I42A 1HYVA 1RNHA 1HNVA 4IG0A 4CHPA 3QEVA 3QNNA 3QIPA 3JYTA 1NOYA 4B9LA 1RBRA 4CGHA 4DSJA 2DY4A 1YTAA 4CJFA 1TKDA 3EY1A 2ETJA 2XY8A 2HHSA 3NAEA 4FLZA 1RBSA 1WSHA 4KO0A 2F96A 3ZT3A 3OJUA 2G8VA 3BDPA 2IC3A 3IG1A 2X74A 1ZBIA 4DTSA 4KFBA 4DSKA 1Q8IA 2IAJA 4LH4A 4CJEA 2ITGA 1O1WA 1TK5A 1UWBA 3SPYA 3ZSVA 4QOZB 4CF2A 2QXFA 4TSXA 4CJPA 4CJWA 3AO5A 1JLAA 3NBPA 4JRQA 1J54A 3O3HA 1NK9A 1TV6A 1WJCA 2RF2A 1Q9YA 1MU2A 3MAQA 1JLGA 5HLFA 3AVNA 1C0MA 4CJTA 2PYLA 5D3GA 1S1XA 4ZHRA 2VWKA 4FM0A 3S3OA 4Q0BA 1RCHA 4CIFA 3SQ2A 1ASWA 1JLFA 1QHTA 5C42A 4DS4A 4FJGA 3OYEA 1B9DA 3V9UA 1IG9A 3L3VA 3NF6A 3PUFA 1TL3A 3BGRA 4KB1A 3CG7A 4N76A 3O4NA 2B4JA 4CJVA 3KLFA 1UA0A 4F3QA 2G8KA 3VQ8A 1EXQA 3OYJA 4FCYA 1BL3A 3AVAA 3L2VA 4DLEA 4AH9A 4CHYA 1Y97A 3S3NA 1HYSA 3KLIA 3NH2A 2G8UA 1KSPA 3LAMA 3VQ5A 1J5OA 2RKIA 3MEDA 3TR8A 2YHBA 3C6UA 3V1RA 3VQQA 4FJ5A 1JLBA 3NDKA 3AO1A 1TKZA 1VSHA 3AA2A 3SQ0A 5SZTA 4JRPA 2P5OA 4PQUA 2YHAA 3SV4A 3HK2A 2OPPA 3O3FA 2F8TA 3VQ9A 4RW6A 2XY7A 1VRUA 2OPRA 5CZ2A 4YNQA 5JS2A 1LAWA 4E7LA 4OGEA 2JGUA 4OGCA 3ZSWA 3SUPA 2P51A 2G8WA 3PO5A 1CXUA 1KFDA 3OYCA 3MEGA 4CFBA 3KTQA 4HVJA 3CFPA 4DFMA 2ZE2A 2E4LA 4I9QA 4CEOA 2Y1JA 3ZT0A 4FLUA 4DTXA 4OKKA 1NK0A 1NKBA 4Z4EA 2QKKA 1TAUA 1LW2A 3LAKA 3OYLA 4O0JA 3SNNA 2BDPA 3QIOA 4G1QA 4J2EA 5FROA 3ULDA 1IO2A 3D0PA 1B9FA 4E7KA 1KVCA 1WSEA 4GW6A 3PY8A 4FJMA 4PUOA 4H8KA 4E7HA 1HQEA 3LPTA 4M3WA 2HB5A 3V1QA 4CGJA 3MXIA 1BI4B 4W5TA 1BCMA 4RG8A 3D45A 1RT7A 1S1UA 4HUEA 1R0AA 3L2UA 1NK7A 3OJSA 3TAMA 3RTVA 2AJQA 3P83D 2VG5A 4CEDA 3DLRA 4J2BA 1ZBFA 3AVBA 1K6YA 4CJRA 4FLTA 4DQPA 4KTQA 4CIGA 4DSEA 3LZIA 1C1AA 1D8YA 4CEQA 5HP1A 3DOKA 3NFAA 4KHUA 4CECA 4N5SA 5KTQA 1IKXA 1S1VA 1KFSA 1BCOA 2DFFA 3DRPA 4BWMA 3ZSOA 4F4KA 3EZ5A 1NJYA 2QK9A 4CJ4A 3QEPA 4HCCA 4FYDA 4Z4GA 2P1JA 3V9XA 4KHYA 4ELTA 3K5MA 3HYFA 2Y1IA 4CGFA 4DWIA 4FZXC 3HJFA 1LWFA 4CJSA 1RDDA 2PZSA 2BE2A 3SPZA 4W5OA 3HP9A 4CFCA 4R5PA 2FBXA 2W42A 1J9AA 4CJKA 1NJWA 4IFYA 1HQUA 4CERA 1QE1A 3VQAA 1QS4A 1TKXA 1C0UA 3DLGA 2DFEA 4I2QA 3ZT2A 1BQNA 1C0TA 2FBVA 4CHOA 3UIQA 3VQ4A 4E3SA 5KGWA 1TGOA 4J2DA 4ID5A 4E1NA 1LV5A 1SUQA 2LSNA 3LWLA 1XC9A 1JKHA 4NYFA 1NJZA 4YFUA 4CJUA 3I8DA 1VSJA 4H4MA 4CHZA 5KRTA 3L8BA 1WNSA 3KD1E 3VQPA 4M3UA 4CGIA 4FLYA 2XRIA 1EP4A 1S9GA 4E1MA 3TABA 3RR8A 4FJJA 4CEFA 3OY9A 4FXDA 1NK5A 1RT3A 3OYBA 1BGXT 2KTQA 3AVIA 4CF1A 1GOBA 1X9WA 1WJBA 4CCHA 3M8SA 4LY7A 3HPHA 4OPJA 2Z1IA 3KLEA 3VA3A 3NGZA 3ALYA 1X1PA 1VSIA 3V9SA 1WSFA 1F21A 4CE9A 2D0CA 4BE0A 3K57A 4XIUA 1D5AA 5KRSA 4DU1A 4PWDA 1YVUA 1Q9XA 5I3UA 4HCBA 4CHQA 4UQGA 3AVJA 3LPUA 4C8KA 5FRNA 3AO2A 2XY6A 2FBYA 2XO7A 1BIUA 1HJRA 3PX0A 3DLBA 4M3ZA 3KKSA 3M8PA 4OKEA 4OLAA 4DTOA 1S1WA 3O4QA 4O4GA 4OPKA 4DTJA 3HO1A 3QEIA 2YNHA 3A2FA 1WSIA 5DMRA 2YKNA 3CYMA 5KI6A 1X9SA 2G8HA 3SQ4A 3OYMA 4DQQA 1KLMA 1RDCA 1WJEA 1RTJA 3F9KA 3VQCA 1NJXA 4K8ZA 1HMVA 1XI1A 4IBNA 4DTMA 1SKSA 2HVIA 1A5XA 3OYAA 4DMNA 4CK1A 4DTPA 1NK6A 2KZZA 2OPSA 4WE1A 3RRHA 2IGIA 2A1SA 4I9LA 4KHWA 3TAQA 2GV9A 5J1EA 1JXEA 3JSMA 1ZYQA 4C8OA 3VQDA 2BGGA 3KIOA 2YKMA 4CJ5A 3T19A 2WONA 4DTRA 2YNFA 3I0RA 1D9FA 2VWJA 4E7JA 3K5OA 5C25A 4FJ7A 1UOCA 2KFNA 2HMIA 3DLEA 3OYGA 3EYZA 4DF4A 2HHTA 4AHTA 4FK2A 1U48A 3OYKA 2KZMA 3TWHA 2G8FA 1TVRA 1J53A 2OZMA 4F2SA 1JL1A 2ZD1A 4DLGA 3TAGA 1IKYA 4DU4A 4CJQA 1WSJA 3DYAA 1QTMA 3CM5A 3P1GA 1WJDA 4RW4A 4B8CA 4OVLA 1S5JA 3NHGA 3QEWA 4FVMA 1U47A 1RDBA 3LP1A 4M3RA 1S1TA 3G10A 2HHQA 4AHVA 1FKPA 4IKFA 4CEBA 3SI6A 1RTHA 4CESA 3NF8A 3NE6A 3LALA 2IDOA 4EP5A 1REVA 3T3FA 3VN5A 3KK2A 4CEZA 1NKEA 3OYFA 2P5GA 2QKBA 2HNYA 3LANA 3SYZA 2XHBA 3QERA 4OJRA 4ELVA 3WNFA 4E19A 3QESA 1SKWA 4J2AA 3V1OA 3K2PA 2DFHA 1VSFA 1NKCA 1W0HA 2B5JA 4N41A 4FM1A 1T03A 3LP3A 4DQSA 2WOMA 4KTWA 1CZ9A 2Z1GA 5KGXA 2Z1HA 4DTNA 4E0DA 5C24A 3HM9A 1SV5A 2HHVA 4W5NA 3V4IA 4DQIA 1KCFA 3VQBA 4CF9A 1KVBA 1RILA 4FJ8A 1YTUA 1WJAA 4HUFA 2HHXA 1UAXA 4IG3A 1CXQA 1BIZA 1N5YA 4Y1CA 3AV9A 4O44A 3AO3A 4FJLA 4N47A 4CHNA 3SUNA 1UA1A 2X78A 4DFPA 3LP2A 1TK8A 4FJXA 2G8IA 2HW3A 1HYZA 1VSDA 4CGDA 1I39A 3ZT1A 1QQCA 3ZSYA 1LW0A 3QINA 5SWMA 4DFKA 1VSLA 1U4BA 1N6QA 3NF7A 3HVRA 3TAFA 1L3TA 5J2MA 4CFAA 1MW7A 1XHXA 1NK8A 1RTIA 3U6FA 3QETA 3ITHA 3E01A 1JXBA 2F8SA 2OZSA 4JS5A 1IKVA 1ASUA 1TKTA 3V6DA 1JL2A 1VK0A 4QCLA 4KAZA 3V9WA 2O4GA 1JLEA 4HTUA 2IS3A 1C6VA 3RMBA 4ZTJA 4KB0A 2XY5A 2RPIA 4AHCA 2IOCA 5HBMA 3VQ7A 4AHSA 3L2QA 4FLVA 4RW7A 3AA3A 1I3AA 2KFZA 1RTDA 2HNDA 4MFBA 4F8RA 1S6QA 1DTQA 3CM6A 4CEEA 1KTQA 3RMDA 1WAJA 3PO4A 4C8MA 4ELUA 1L3UA 1VRTA 4Z4CA 5HRSA 1SL0A 3B6PA 3M8RA 3OYHA 5FRMA 3HL8A 4AILC 4JLHA 3RMCA 3DRRA 1RBVA 1KRPA 3AVCA 1JLQA 2NUBA 3L2WA 1BHLA 4CFDA 3CFOA 4KI4A 4M45A 4L8RB 3AO4A 1T8EA 4FW1A 4CJ3A 4W5RA 3WNGA 3PX4A 2FBTA 5DK5A 5E41A 4DU3A 1RT4A 1RT6A 4C8NA 4JS4A 3KKRA 4FJKA 3LP0A 3DM2A 4NCBA 1LAVA 4M3YA 2JLEA 1RT2A 3V81A 3QLHA 3AVFA 4Z4HA 4FK4A 1A5VA 3DMJA 5HROA 2GBZA 3SQ1A 2PY5A 1VSKA 5J2QA 2E6LA 2VG7A 4I7FA 4BDYA 1C1CA 2RN2A 2E6MA 3RMAA 5J2NA 3U3GA 3P5JA 3M8QA 4O55A 4DQRA 3KD5E 3CFRA 3KLHA 4BDPA 1JLCA 3SUOA 1SKRA 4H4OA 1XHZA 2D5RA 4M41A 1CZBA 5CZ1A 3ZCMA 3F73A 4Z4IA 3OS0A 4FW2A 5CY4A 5K14A 3SJJA 3SUQA 3DOLA 3MXMA 1L5UA 4B9VA 2HHWA 1NOZA 3NH1A 1BQMA 1RBUA 2HNZA 2HHUA 2DTUA 4FJHA 2Z1JA 3HP6A 5EU7A 3WNEA 3OS2A 5HRRA 3LDSA 3TAEA 1HNIA 3ZSQA 2A1RA 4B9UA 1LFPA 4CK3A 3L3UA 1RBTA 4O5BA 3DLKA 4RW8A 4DFJA 3KJVA 4N56A 4MQ3A 1VSEA 3AVMA 2YV0X 3AVKA 4KI6A 4FM2A 3VQ6A 2ZQBA 4DF8A 3DRSA 1TK0A 1CLQA 2X6SA 2GUIA 3TANA 4F3TA 3KLGA 4GMJB 4F2RA 4IDKA 1WLJA 4EP4A 3RR7A 3RRGA 3RWUA 4ZTFA 2I5JA 3C95A 2R7YA 4F3OA 3NF9A 1IKWA 4BE2A 4HUGA 1D9DA 1WN7A 1NK4A 4EZ6A 3HPOA 4C8LA 4M42A 1FKOA 5FDLA 3AVLA 4AHUA 2YNGA 3U3YA 4LH5A 4Y1DA 4EZ9A 4LD0A 4FK0A 4KHQA 4CK2A 1L3SA 1C1BA 2D0AA 3C6TA 4BE1A 4DS5A 4KV8A 3ZSXA 1TAQA 4Q5VA 3I0SA 4DSFA 4QAGA 4FLWA 4GVMA 4BWJA 1GOAA 1T7PA 4BACA 3KK3A 1YT3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ULEB 3E66A 3OYDA 1ULYA 4RW9A 5T7BA 1WJFA 3IMXA 4KFCA 4KTZA 2BVLA 3G73A 5CYMA 4ICLA 4BY9C 3K5LA 4LITA 4OKJA 4O0IA 3AVHA 2C6YA 5BRDA 4JKHA 3DU6A 3GWZA 1FP2A 4F55A 1K78A 4DGWB 2JK3A 1RC9A 2R7SA 2VPLA 3OYIA 3QPSA 1RT5A 2Z16A 3I0TA 3FZMA 1B59A 1KU9A 4DJAA 1Y8QB 5JS1A 3CMEN 3AG1H 4CXFA 3CUQA 2L4MA 3LWMA 1IGNA 4B9TA 2B0LA 4ID1A 2FXUA 5HRPA 2R7ZJ 3SAFA 2KPMA 4HQEA 1XUPO 5E18F 1YHQI 3QNNA 3QIPA 1RBRA 3M8JA 1JKOC 2ECCA 2K02A 4KO0A 2XAJA 2RNGA 2VT2A 4FX4A 3I4MJ 2FX0A 5GIOA 3WTUC 4M7YA 3Q0VA 4V2GA 2JWTA 2JPBA 4OIPF 3ZQ7A 2RREA 4DS4A 3THXB 1ZH5A 4WWCA 3ZP5A 2KMUA 4ENNA 4OINF 3K1PA 2FMLA 3ENOA 3ZMDA 4FJ5A 2Z2SB 3VETA 4CCLA 2GZWA 2CUEA 3HOZJ 3TPQA 4OGEA 5C4JJ 2LY1A 3VEZA 2A41A 3CLQA 3BPXA 3SQNA 4XLNF 3W2VA 2QKKA 1LW2A 3QP5A 2BDPA 1X19A 1X3UA 5FROA 5BREA 4IEIA 1T33A 1TTYA 3V1QA 1W1WE 1S1UA 2YJEA 2IVMA 2F2EA 2HPIA 2CO5A 3FXOA 1FZPB 5AZIA 2P9LB 1TBXA 1ETXA 1HW5A 5A2QO 1K79A 1FIPA 4RTFD 4CCJA 3CD6I 4EFHA 2LOOA 4RWTA 4CGFA 2IP2A 6PAXA 2W4SA 4LG3A 3DWLA 1J9AA 4CJKA 2X6XA 5J1YA 4XH5A 2XRLA 4DNCA 1LV5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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