1I39A

Rnase hii from archaeoglobus fulgidus
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
200
structure length
200
Chain Sequence
MKAGIDEAGKGCVIGPLVVAGVACSDEDRLRKLGVKDSKKLSQGRREELAEEIRKICRTEVLKVSPENLDERMAAKTINEILKECYAEIILRLKPEIAYVDSPDVIPERLSRELEEITGLRVVAEHKADEKYPLVAAASIIAKVEREREIERLKEKFGDFGSGYASDPRTREVLKEWIASGRIPSCVRMRWKTVSNLRQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural biochemistry of a type 2 RNase H: RNA primer recognition and removal during DNA replication.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE HII
molecule tags Hydrolase
source organism Archaeoglobus fulgidus
total genus 70
structure length 200
sequence length 200
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2001-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1i39A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1i39A01
1EX4A 2HHTA 3KK3A 3HP6A 1RT6A 1L3UA 4ELVA 2QK9A 4DS4A 1RBVA 1KFSA 4AHTA 3SCXA 1QSYA 4CF2A 2I5JA 3K57A 1C0TA 1SKSA 1QQCA 1HYVA 4FJ9A 4AHVA 3VQQA 4K8ZA 1NK5A 1XHXA 3QIOA 5CZ1A 5DMRA 1D9DA 1I3AA 3V1RA 1IKVA 1WSGA 4OPKA 4FLWA 4FM1A 5HRNA 5KTQA 1JLFA 4FZYA 1CZ9A 3VA0A 4E7KA 3SJJA 4DWIA 1CLQA 3KLGA 5JS1A 4LD0A 4B9NA 3OS1A 2YHBA 4YNQA 4Z4GA 3SYZA 5HRSA 3AO2A 3JYTA 1RTHA 4DTNA 2B6AA 2DFFA 1O1WA 3HP9A 3MECA 3DOLA 3K2PA 4FJMA 3ZSZA 1X9SA 3M8SA 2D0BA 1BQNA 3NAEA 1F21A 3QINA 3QETA 3LZJA 2IDOA 4JLHA 4DTPA 2OPRA 4ICLA 3D45A 2RN2A 3C6UA 4DU3A 5DK5A 4J2DA 4KTZA 1L3VA 1YT3A 3MXMA 4OJRA 4AHUA 2FBXA 3AVGA 4L8RB 3ISNC 1TKDA 2VWJA 3TARA 3LP1A 1WN7A 3NF6A 1WSHA 4Z0UA 3WNFA 2HNZA 3SQ4A 1EP4A 2HNYA 4G1QA 4Y1DA 4B8CA 3C94A 4E19A 4R5PA 4KPYA 2XY6A 4BWJA 3OVNA 1TVRA 4RW4A 4HCBA 2AJQA 2O4GA 1VSLA 4DFMA 1K6YA 3QESA 4C8OA 3VQ5A 1KRPA 4CGGA 4O0JA 4B8AB 2OA8A 3LWLA 1A5XA 1UA1A 2Z1HA 3DI6A 3AO3A 3M8QA 4DMNA 1RTIA 1NK9A 3P83D 4CJQA 3TR8A 4CIGA 2XO7A 3PY8A 4FJNA 4CEFA 4FZZA 1ZBUA 3AVCA 4DTUA 3NH0A 2OZMA 2HNDA 3QIPA 2HVHA 3PO4A 1S6QA 4CEOA 4DF4A 1WSFA 2YNHA 4DQRA 2FC0A 3VQ8A 2G8UA 5HLFA 1Y97A 3O3GA 1C0MA 3T3FA 3MEGA 1A5VA 4CERA 4KHQA 3LP0A 4FM2A 3CM5A 1SL0A 4AHSA 2A1RA 4CFCA 1U04A 1QE1A 1MU2A 1JLEA 3HPHA 2W42A 2Q3SA 4Q5VA 3AVJA 3SNNA 4I9LA 3DMJA 1LV5A 4N5SA 1RTJA 3KIOA 3S3NA 1DTQA 2IC3A 4LH5A 3IS9A 3MEEA 4NYFA 4RG8A 4CJ3A 2F8TA 3RWUA 4PUOA 5JS2A 4I2PA 1LWEA 3DRPA 2YNIA 4KHYA 4CJLA 4RW6A 1S1TA 3QLHA 4OGCA 4FZXC 4EP4A 2OPPA 4CGFA 4OKKA 4CHYA 2D0CA 4I9QA 4B9LA 1UWBA 3BDPA 2QKBA 2VG7A 4CFDA 1S1WA 3U3GA 4DTOA 4Z4IA 3HO1A 1TGOA 4C8MA 4M3YA 5T7BA 1ZBLA 2G8IA 1IKYA 2BDPA 1RDBA 3AVNA 3LALA 3ZT4A 3OYFA 2IAJA 1KLNA 4F2SA 4ZTFA 4O55A 3LAMA 3EZ5A 4JRQA 4J2AA 1VSKA 2X78A 4CF0A 4CJSA 4CFAA 3QEVA 4DFPA 3SPZA 2KZZA 4N56A 2Y1JA 4OLBA 1RDCA 3LPUA 3DLKA 4H8KA 3WNEA 3TAEA 1VSFA 1T03A 4CGHA 3LDSA 3ZSYA 4HCCA 1TAUA 4NYNA 5I3UA 1N5YA 4F2RA 2FBTA 4O4GA 4I2QA 3B6OA 1TAQA 4O0IA 3LZIA 3TAGA 3THVA 1FK9A 4EZ6A 4KRFA 4CJEA 4F3OA 1VRTA 4FVMA 2Y1IA 2X6NA 1WSJA 3DLEA 4CJRA 4DTJA 1RNHA 3NGIA 4IFYA 1D8YA 3OYGA 1JKHA 3F9KA 1L3SA 1YTUA 1JLGA 1S1VA 3KKRA 2VWKA 1HNIA 3DRSA 4NCBA 3KLFA 1SKWA 1RCHA 1W0HA 3C6TA 4HUEA 4M3UA 3QEPA 4O5BA 2D0AA 2GUIA 3AO1A 3OS2A 3RMCA 1NJZA 3AA2A 1S1XA 3K5NA 2G8WA 2YKMA 4CJVA 3AA5X 1JLQA 2P5OA 2O4IA 4Z4CA 3K59A 3SUPA 4DG1A 3AA4A 1NK6A 4OPJA 3DLHA 5HP1A 4NCAA 1Z25A 3DRRA 2HVIA 3AVBA 3NH1A 3NHGA 1I39A 1TV6A 3VQCA 1BIUA 3IRXA 4CIFA 2DTUA 1JLBA 1QS4A 3HXMA 2XY8A 4IBNA 1JXEA 1TKXA 1UOCA 2R7YA 3TABA 1GOBA 2Z1JA 1LWFA 1QSLA 3RRGA 2X6SA 1RBRA 3CFOA 5HBMA 4Z4FA 1LAWA 2ZD1A 3OYKA 2PYJA 1NOZA 2Z1IA 3CM6A 4IDKA 2F96A 4CHNA 3T19A 4W5QA 3SQ0A 2HHWA 4I7FA 4DFJA 3TI0A 1WAFA 5HRPA 5J2PA 4B9MA 4LSLA 3ZSXA 4KFBA 4LH4A 1SUQA 4N76A 1TL1A 4MFBA 3HVTA 4C8NA 2OPQA 4E1NA 3OYDA 3TWHA 3AVAA 4FJKA 4HVJA 2HHQA 3OYEA 4FJHA 4LY7A 4E3SA 3OYCA 3RMAA 4C8KA 3LANA 4FLYA 2XY5A 1ZYQA 4DQSA 3QNOA 2XHBA 3BGRA 2HHUA 2E6MA 3ZT3A 1S1UA 1HYZA 3CYMA 3MEDA 4KTWA 1U49A 1VSIA 4M3ZA 3V9XA 4DTRA 1DLOA 4E89A 5J2QA 4DQPA 4W5OA 1U48A 3VQ7A 1D5AA 1XHZA 4CJUA 1SL1A 4FLUA 3LP2A 4BE0A 4CEQA 1CXQA 1HJRA 3AO5A 4FK2A 1JLCA 1YVUA 4AHRA 3L8BA 1KTQA 3S9HA 1J54A 3RTVA 4QCLA 2EX3A 4FW1A 1XC9A 1G15A 4DU4A 3KK1A 2YV0X 4OKEA 4FLZA 1U47A 3P5JA 3P1GA 3KK2A 4FCYA 3OYNA 1T7PA 4FJ7A 2JLEA 4JRPA 3SUQA 1NKCA 3PX6A 3HPGA 1BCMA 4CHPA 3V1OA 3TAMA 4FLXA 3VQDA 4CGDA 4OGEA 4CESA 3QNNA 3IAYA 4FW2A 4FJ8A 1RT1A 1RT3A 1NK4A 1HQEA 1VSEA 4IKFA 4K8XA 1YTAA 4KI6A 3V9ZA 5FRMA 4CJWA 3C95A 3K5OA 1KVBA 2DY4A 3NDKA 3G10A 4NCGA 1RT7A 3H08A 2E4LA 4CEEA 4BWMA 1TK0A 3PX4A 4DLEA 4DTMA 1BGXT 3AV9A 1TK8A 4E1MA 1JXBA 3AVIA 4M45A 1ITGA 2Z1GA 4ELTA 2XRIA 1BCOA 4XIUA 4JS5A 3KD5E 1JL1A 1QHTA 4CEDA 2G8FA 3M8RA 4C8LA 4M42A 2IOCA 3U3YA 3QO9A 3WNHA 3OJUA 4FM0A 3ZT1A 3PUFA 1ASUA 1HNVA 3JSMA 3TANA 1RBUA 4KO0A 3HPOA 3QEIA 1IKXA 4CJ4A 1X9MA 3I0RA 1NK7A 2DFEA 2KFZA 3OYHA 5C24A 4N41A 3K5MA 4J2EA 1VSJA 3V1QA 2KFNA 1HMVA 3SUOA 1D9FA 3ASMA 2E6LA 3NGYA 3ZSRA 4CEAA 1U45A 1T05A 1WSIA 3KLIA 4OVLA 3FFIA 4CK2A 2EHGA 3CG7A 4AH9A 4RW7A 4FLTA 3PO5A 4CJTA 4B9SA 4CHQA 1LWCA 3AVMA 1LW0A 2HW3A 4CF9A 3AVFA 4RW8A 3PV8A 3AVLA 5CZ2A 1S9GA 1BIZA 1WSEA 1A5WA 3SQ1A 3G0ZA 2KW4A 3B6PA 3OYLA 1ZBFA 2GV9A 3I0SA 4BE2A 3NBPA 2YKNA 1Q8IA 3HSTB 3RR7A 3ALYA 4CE9A 1FKPA 2YNFA 5FDLA 3SV4A 2YNGA 1GOCA 2HHXA 1C1CA 4FJLA 4B08A 2ETJA 4KREA 2WOMA 1ASVA 3KLEA 1BISA 2PY5A 3VQBA 4KHUA 4MQ3A 5K14A 1BQMA 4PWDA 4M3XA 1J53A 3V6DA 3HM9A 3ITHA 3VA3A 3OYJA 4GMJB 2LSNA 3OYIA 2P51A 1FKOA 3A2FA 5CYQA 3DOKA 3ZSQA 4DSFA 1IG9A 3L3VA 2G8KA 3CFPA 3AA3A 3RR8A 2FBYA 4FJIA 4EP5A 3NFAA 1LAVA 4CEBA 3VQEA 4BE1A 2OZSA 3LWMA 5FRNA 1WLJA 1NJXA 1W9HA 1X1PA 1IKWA 4N47A 3V9UA 1SKRA 3M8PA 1L3TA 3HL8A 2X74A 5SZTA 1C1AA 4FJGA 3V9WA 4DS5A 1KVCA 2ZQBA 3DLGA 4KHNA 4CF8A 5E41A 3ZSVA 2A1SA 1KSPA 1WNSA 1KLMA 4CHZA 4BDYA 3O4NA 4KHWA 1RBSA 2QXFA 2KQ2A 3ZCMA 3HVRA 4KTQA 3NE6A 3DM2A 3O4QA 2D5RA 4KHSA 3VQAA 3TAFA 4M3WA 4FK4A 3I8DA 4IG0A 3SQ2A 4W5NA 4KB1A 1T8EA 2KZMA 4CEZA 3MAQA 3SI6A 1RTDA 2G8VA 1J5OA 1HPZA 1B9DA 4CJ5A 4E7LA 4DSLA 1ZBHA 5SWMA 1ZBIA 4O44A 4HHTA 1HQUA 1VSHA 2XY7A 3SUNA 4ZHRA 3L2WA 4HTUA 3VQPA 1UA0A 1NK0A 3MXJA 2HHVA 4E0DA 1REVA 5I42A 1BHLA 3S3OA 2DFHA 1Z26A 3AO4A 1KVAA 4GW6A 3L2VA 4F3TA 3L2QA 4Y1CA 1TKZA 3OS0A 2IS3A 1RT2A 2RF2A 5CYMA 1TK5A 4KAZA 4CCHA 2OPSA 2ZE2A 3LPTA 4DFKA 4DSIA 3S3MA 2BE2A 3AVHA 5D3GA 2JGUA 4CIEA 3T1AA 4BACA 1N6QA 4CGIA 3OYMA 1QSSA 3UIQA 1HRHA 4KB0A 4EZ9A 1LW2A 1NJWA 4E7IA 2QKKA 1S6PA 1Q9XA 2HB5A 2ITGA 2P1JA 3CFRA 1BI4B 1VRUA 4RW9A 3O3HA 2RKIA 4PQUA 1KCFA 1BI4A 5C25A 4LSNA 4FJJA 4GVMA 1HYSA 4YFUA 4CK1A 5KGWA 2IGIA 3VN5A 4DLGA 5C42A 1NJYA 4B9UA 4TSXA 3K58A 3WNGA 4E7HA 4QOZB 4FJ5A 2VG5A 5KI6A 5KRTA 3QEWA 1IO2A 4B9VA 2WONA 4M41A 4CJFA 3QEXA 3V9SA 4IFVA 3RMBA 1Q9YA 3ZSWA 1RBTA 3U6FA 1NOYA 3K5LA 3HK2A 3EYZA 2OYQA 4QAGA 1B92A 3RRHA 1J9AA 1VSDA 5HRRA 1RT5A 4M3RA 4FXDA 1CXUA 3NF8A 1ASWA 3NF7A 4FK0A 4OKJA 4JS4A 2F8SA 1S5JA 1WAJA 1EETA 2YHAA 3HJFA 3ULDA 4CECA 3D0PA 4J2BA 3OJSA 4CGJA 1JL2A 3ZT2A 4Z4HA 4UQGA 4FLVA 1UAXA 1R0AA 2KTQA 4ID1A 4DSJA 3L2RA 1L5UA 4W5TA 4DF8A 4M3TA 4HUGA 3NF9A 1XWLA 4H4MA 4CJPA 3V4IA 1NKBA 2P5GA 5EU7A 1SV5A 4DQQA 3NH2A 4OLAA 1JLAA 4KI4A 3V81A 3TAPA 1VK0A 3RMDA 1C1BA 2VG6A 5HROA 3KJVA 3KD1E 1B9FA 3ZT0A 4CF1A 4CFBA 4AHCA 5KRSA 4ZTJA 4IG3A 2GBZA 4CJKA 1EXQA 1KFDA 4CK3A 5KGXA 4W5RA 3DLBA 3DLRA 4F8RA 4AILC 1U4BA 5CY4A 3HT3A 4BDZA 3EY1A 4Q0BA 4DSEA 1SL2A 1GOAA 4DQIA 1EKEA 1DTTA 3KTQA 4PY5A 3L3UA 4CHOA 1NKEA 2NUBA 1X9WA 3KLHA 4ELUA 1TKTA 2RPIA 3HYFA 3NGZA 3O3FA 5J2MA 5FROA 3QERA 4FYDA 4ID5A 3F73A 4B9TA 4KKOA 2PZSA 1XI1A 3SPYA 4KV8A 3LP3A 3PX0A 3ZSOA 3VQ9A 1NK8A 1RILA 4PA1A 4B3OA 3SV3A 3AVKA 3OYAA 3E01A 1VSMA 3CQ8A 3VQ6A 3LAKA 3VQ4A 2BGGA 3L2UA 1BL3A 1C0UA 3OY9A 1CZBA 1C6VA 1S9EA 1RDDA 4FJXA 4Z4EA 4DTSA 3TAQA 4BDPA 2ATQA 3DYAA 2PYLA 3NCIA 5J2NA 1TL3A 2HHSA 3SZ2A 1IH7A 1RT4A 4F4KA 1FXXA 1QTMA 3IG1A 4WE1A 1RDAA 3KKSA 2FBVA 4DU1A 4DTXA 2B5JA 2BANA 2B4JA 4E7JA 3MXIA 2G8HA 5J1EA 2HMIA 4DSKA 3OYBA 4HUFA 4H4OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1R4MB 3KK3A 2BY0A 2PEXA 2I5JA 4FJ9A 1MNMC 4KMUX 1QZYA 1DU0A 2ITMA 4BR2A 2Q0UA 4K41A 3CCQI 3TU5A 1BDGA 2KL4A 3KLGA 5BREA 3BQZA 1QHGA 1A04A 2A6EF 4ZYDA 3WU2C 1OVQA 4B4CA 5LLQA 5AQQA 4OINF 3W3CA 2CG4A 1L3VA 1BUPA 2K4JA 3ZCOA 1EP4A 4G1QA 2LG4A 2XY6A 1WFXA 2HYJA 2X1CA 4C8OA 5DCMB 4CGGA 3ZMSA 4M7YA 3QPHA 2ME6A 4X0GA 1MBHA 3GWZA 3PO4A 4DF4A 1YW7A 1EQYA 4CERA 1QA6A 3LP0A 5CR4A 3EKUA 1X1AA 3JW4A 3WXLA 4AU7A 5FPEA 3WU0A 3EUHA 1RTJA 3SDGA 3IS9A 1WJEA 2H1LA 2F48A 3DRPA 3MKYB 3QBWA 5I9EB 2E36A 3A01A 1TBXA 1FP1D 2Y9YA 3PSIA 5AZJB 3E1YA 1TL8A 3L4IA 2IP2A 4N56A 3G1LA 3E3VA 3TAEA 5ILSA 5BN8A 2K9MA 4O8UA 4B1RA 4HX8A 3SAGA 2COMA 3OIQA 4BJ5C 2DQLA 2HZTA 1VQ7I 2MFZA 3VEYA 1WSJA 5FLXK 3ZMVA 5EG0A 1X9JA 4DOZA 1O13A 5KCMA 2DA7A 5HVQC 3T1BA 1LCUA 2X1DA 3FX3A 5DD4A 5F1RA 1TKXA 3TABA 4CHNA 2ZJ2A 2XAQA 4KFCA 1B4AA 1ZG5A 1TUYA 4IRIA 2K4BA 5D4SA 2OPQA 4E1NA 2CUZA 1N25A 4LFCK 5LJVA 3CCMI 3O3KA 1R58A 3BG7A 2VOPA 4YEJA 4W5OA 4I6MA 4MLEA 2DU9A 3CUQC 1TQMA 1KTQA 4K0KK 3DU6A 4DU4A 2YV0X 1T7PA 1NKCA 1BCMA 3JRIA 2P9LB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4Q0B A;  4DSE A;  1SL2 A;  1GOA A;  4DQI A;  1EKE A;  1DTT A;  3KTQ A;  4PY5 A;  3L3U A;  4CHO A;  1NKE A;  2NUB A;  1X9W A;  3KLH A;  4ELU A;  1TKT A;  2RPI A;  3HYF A;  3NGZ A;  3O3F A;  5J2M A;  5FRO A;  3QER A;  4FYD A;  4ID5 A;  3F73 A;  4B9T A;  4KKO A;  2PZS A;  1XI1 A;  3SPY A;  4KV8 A;  3LP3 A;  3PX0 A;  3ZSO A;  3VQ9 A;  1NK8 A;  1RIL A;  4PA1 A;  4B3O A;  3SV3 A;  3AVK A;  3OYA A;  3E01 A;  1VSM A;  3CQ8 A;  3VQ6 A;  3LAK A;  3VQ4 A;  2BGG A;  3L2U A;  1BL3 A;  1C0U A;  3OY9 A;  1CZB A;  1C6V A;  1S9E A;  1RDD A;  4FJX A;  4Z4E A;  4DTS A;  3TAQ A;  4BDP A;  2ATQ A;  3DYA A;  2PYL A;  3NCI A;  5J2N A;  1TL3 A;  2HHS A;  3SZ2 A;  1IH7 A;  1RT4 A;  4F4K A;  1FXX A;  1QTM A;  3IG1 A;  4WE1 A;  1RDA A;  3KKS A;  2FBV A;  4DU1 A;  4DTX A;  2B5J A;  2BAN A;  2B4J A;  4E7J A;  3MXI A;  2G8H A;  5J1E A;  2HMI A;  4DSK A;  3OYB A;  4HUF A;  4H4O A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1R4M B;  3KK3 A;  2BY0 A;  2PEX A;  2I5J A;  4FJ9 A;  1MNM C;  4KMU X;  1QZY A;  1DU0 A;  2ITM A;  4BR2 A;  2Q0U A;  4K41 A;  3CCQ I;  3TU5 A;  1BDG A;  2KL4 A;  3KLG A;  5BRE A;  3BQZ A;  1QHG A;  1A04 A;  2A6E F;  4ZYD A;  3WU2 C;  1OVQ A;  4B4C A;  5LLQ A;  5AQQ A;  4OIN F;  3W3C A;  2CG4 A;  1L3V A;  1BUP A;  2K4J A;  3ZCO A;  1EP4 A;  4G1Q A;  2LG4 A;  2XY6 A;  1WFX A;  2HYJ A;  2X1C A;  4C8O A;  5DCM B;  4CGG A;  3ZMS A;  4M7Y A;  3QPH A;  2ME6 A;  4X0G A;  1MBH A;  3GWZ A;  3PO4 A;  4DF4 A;  1YW7 A;  1EQY A;  4CER A;  1QA6 A;  3LP0 A;  5CR4 A;  3EKU A;  1X1A A;  3JW4 A;  3WXL A;  4AU7 A;  5FPE A;  3WU0 A;  3EUH A;  1RTJ A;  3SDG A;  3IS9 A;  1WJE A;  2H1L A;  2F48 A;  3DRP A;  3MKY B;  3QBW A;  5I9E B;  2E36 A;  3A01 A;  1TBX A;  1FP1 D;  2Y9Y A;  3PSI A;  5AZJ B;  3E1Y A;  1TL8 A;  3L4I A;  2IP2 A;  4N56 A;  3G1L A;  3E3V A;  3TAE A;  5ILS A;  5BN8 A;  2K9M A;  4O8U A;  4B1R A;  4HX8 A;  3SAG A;  2COM A;  3OIQ A;  4BJ5 C;  2DQL A;  2HZT A;  1VQ7 I;  2MFZ A;  3VEY A;  1WSJ A;  5FLX K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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