The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
176
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sequence length |
530
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structure length |
527
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Chain Sequence |
SSPAAWNKEDFPWSGKVKDILQNVFKLEKFRPLQLETINVTMAGKEVFLVMPTGGGKSLCYQLPALCSDGFTLVICPLISLMEDQLMVLKQLGISATMLNASSSKEHVKWVHAEMVNKNSELKLIYVTPEKIAKSKMFMSRLEKAYEARRFTRIAVDEVHCCSQWGHDFRPDYKALGILKRQFPNASLIGLTATATNHVLTDAQKILCIEKCFTFTASFNRPNLYYEVRQKPSNTEDFIEDIVKLINGRYKGQSGIIYCFSQKDSEQVTVSLQNLGIHAGAYHANLEPEDKTTVHRKWSANEIQVVVATVAFGMGIDKPDVRFVIHHSMSKSMENYYQESGRAGRDDMKADCILYYGFGDIFRISSMVVMENVGQQKLYEMVSYCQNISKCRRVLMAQHFDEVWACNKMCDNCCKDSAFERKNITEYCRDLIKILKQAEELNEKLTPLKLIDSWMGKGAAKLRVAGVVAPTLPREDLEKIIAHFLIQQYLKEDYSFTAYATISYLKIGPKANLLNNEAHAITMQVTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
molecule tags |
Hydrolase/dna
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source organism |
Homo sapiens
|
publication title |
Human RECQ1 helicase-driven DNA unwinding, annealing, and branch migration: Insights from DNA complex structures.
pubmed doi rcsb |
molecule keywords |
ATP-dependent DNA helicase Q1
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total genus |
176
|
structure length |
527
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sequence length |
530
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chains with identical sequence |
B, C, D
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ec nomenclature |
ec
3.6.4.12: DNA helicase. |
pdb deposition date | 2014-07-30 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00270 | DEAD | DEAD/DEAH box helicase |
A | PF00271 | Helicase_C | Helicase conserved C-terminal domain |
A | PF16124 | RecQ_Zn_bind | RecQ zinc-binding |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain | ||
Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Rossmann fold | P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases | ||
Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Rossmann fold | P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3COA C; 5DE3 A; 5AJX A; 2FNA A; 2KRF A; 1G3Q A; 1VIY A; 2VBW A; 4OMZ A; 5BYJ A; 2G7U A; 4LLG F; 5CK5 A; 2C5L A; 1IXZ A; 3TO9 A; 4URX R; 1RRF A; 4JQF A; 1ZRE A; 1HKS A; 3VTK A; 1XN7 A; 5K1Y A; 5KVR A; 2A5D A; 1ONV A; 3KEQ A; 4QWQ A; 1HA3 A; 1PUJ A; 3QBT A; 4M53 A; 2UKD A; 5EXP A; 5BYK A; 1IW7 F; 2IXE A; 3A1V A; 1KO4 A; 2PX3 A; 3EYY A; 4IJA A; 2GES A; 2MSC B; 3FMP B; 3K9G A; 5EE5 B; 3SZR A; 3CNN A; 3TUZ C; 3CPH A; 5LDD C; 4Q1A A; 5F98 A; 2WAY A; 3CIO A; 3I72 A; 3OZX A; 1G1M A; 3PUZ A; 1XXH E; 1T91 A; 2ZSF A; 1T39 A; 3C5C A; 3FHT A; 4RS8 A; 3RHF A; 3GLX A; 3K9T A; 5DUI A; 1LV7 A; 2GTP A; 3EC1 A; 4ZDW A; 2FEO A; 4NL4 H; 4BAS A; 3GZ6 A; 4R98 A; 1KK1 A; 1KQ8 A; 1II9 A; 5KOY A; 4LK1 F; 2QTV B; 3KJG A; 4W7S A; 3W6O A; 2EFW A; 4MRS A; 3PEU A; 4OIQ F; 4Z8Y A; 2PLR A; 2VHJ A; 3CH4 B; 3OIY A; 4Q1F A; 3T34 A; 2ODE A; 3RYP A; 3QEN A; 1ZLK A; 1DOA A; 5J4L A; 3QKS A; 3K70 D; 4JLJ A; 4PSK A; 4TN1 A; 1P2T A; 1ZMX A; 2QTF A; 4MH0 R; 1XB4 A; 2PCJ A; 4D82 A; 1Q20 A; 4QXA A; 3FXR A; 2IEY A; 2VOO A; 2PT7 A; 1E0J A; 4KCG A; 4EJS A; 2KI5 A; 2BWJ A; 5FBL B; 3OAA A; 4XTR A; 4KFC A; 4S04 A; 1GHC A; 2UZI R; 2VBC A; 4JVN A; 1WBD A; 3Q9V A; 3D7M A; 1Z63 A; 2QAG A; 3NEU A; 1YQA A; 1KU7 A; 3GJX C; 2GAA A; 4RAZ A; 1LS6 A; 5LBQ A; 1M1Y E; 3S1A A; 4DDW A; 5BW8 A; 2FX3 A; 4GOK A; 5EP3 A; 1JR3 E; 2CLD X; 4O2L A; 1NF3 A; 2ZI5 A; 4ENN A; 1QHG A; 3D0S A; 4A6P A; 4GOJ A; 3SFV A; 2MA3 A; 2XB2 A; 4KMU X; 1JI0 A; 3KZ1 E; 2GIV A; 2RHD A; 3SJB A; 2Z4S A; 5JEC A; 4P4S A; 2FPK A; 1XCP A; 4YLG A; 4BHP A; 3EQL F; 2NO1 A; 3FHC B; 1J0R A; 5B2Z A; 1MOZ A; 2O3F A; 4TMX A; 4RZ3 A; 3IHU A; 2LDU A; 4D0L B; 4PC6 A; 4WCG A; 1YR8 A; 3QKR B; 1BO6 A; 4DVG A; 1UEJ A; 2IWH A; 1CRQ A; 1OFU X; 1BIA A; 3AKY A; 3IKV A; 3J81 Z; 1SHZ A; 3VR1 A; 1WB9 A; 2P65 A; 3CBQ A; 1TF2 A; 4ZDK A; 3RAP R; 2DPX A; 5LGN A; 1ZD9 A; 1O57 A; 4GMX A; 4RB2 C; 1SKQ A; 5GJW C; 4A4D A; 2VBZ A; 5C2J B; 2ZM5 A; 2EQB A; 4UQO A; 2OM2 A; 3M1I A; 5FR1 A; 2I1Q A; 1W0J D; 4YIF A; 4LJ4 A; 2R62 A; 4ZPX A; 4NZY A; 1TBX A; 5E18 F; 4KIB A; 1PDN C; 2M5W A; 2J41 A; 4P9F A; 2J7P A; 3MCZ A; 2YVU A; 3DPL C; 3HR8 A; 5J40 A; 3SN6 A; 1DG3 A; 1E0S A; 1SXJ C; 1NG9 A; 2ZRC A; 2WIC A; 2ZRB A; 3ASZ A; 2R6D A; 1AK2 A; 1KY2 A; 1Z6A A; 3T5D A; 1I2M A; 1AQY A; 1EX6 A; 1L7V C; 2QU8 A; 2GCO B; 4UXN A; 4Q4Z F; 2P5L C; 3KKP A; 3E6D A; 1KI9 A; 2NGR A; 5FOS A; 1J7K A; 3CX6 A; 3C41 J; 3NWJ A; 2FSH A; 1GM5 A; 1S9H A; 2G9N A; 2JIZ D; 1KMH B; 1U94 A; 3TOA A; 1XMS A; 3CX8 A; 3FDI A; 1ZCB A; 4L5B A; 3ROU A; 1JGS A; 4OHX A; 2O8F B; 1NST A; 1T2K A; 4QLC U; 3HRM A; 4BFU A; 1COW A; 3VOD A; 2OCY C; 4A0Y A; 3A4L A; 2A6H F; 5UKD A; 1D5C A; 1UDW A; 2XAJ A; 4FMB B; 1I4T D; 4PSA A; 1GWN A; 5HCI A; 2KIM A; 1ZCA A; 3DZD A; 3IHW A; 4JLB A; 5LB4 A; 5D6F A; 1Q12 A; 2CQK A; 2GBL C; 2GK7 A; 4NON A; 5GVR A; 3REG A; 4BRU A; 4B71 A; 4Q9I A; 4UVB A; 1SAX A; 3C7K A; 4E07 A; 3SQW A; 3PQC A; 4XLN F; 1XD2 B; 1O87 A; 1M2O B; 4M73 A; 1R5G A; 3NVA A; 1A5T A; 5IK2 D; 2X4H A; 5JED A; 3A1W A; 3SQN A; 3V7C A; 3WGH A; 1BH2 A; 2RGX A; 3KJE A; 2YSR A; 1XD9 A; 3T1V A; 3F5F A; 3QKU A; 4YMV A; 3O6B B; 1DAF A; 2WWI A; 2V7Q D; 2IUS A; 3V7S A; 1YVD A; 4HW0 A; 3WU0 A; 5HKK D; 1OXX K; 1OH5 A; 2D1H A; 4EQ6 A; 1Z0D A; 5J8C A; 3NHB A; 3VMF A; 3AVU A; 2NMV A; 4WXC A; 4AIK A; 3HYI A; 1F3O A; 4Y0A A; 1IHU A; 2Q3F A; 3B5J A; 1FX7 A; 2IYY A; 3RAB A; 3NKV A; 3U44 A; 4RD4 A; 3J80 Z; 4AC9 A; 5AJV B; 4F91 B; 3SEA A; 1R5B A; 2W6J A; 4C0Q C; 3H3Z A; 2QRO A; 2BBT A; 1OSN A; 4CGZ A; 3ZMV A; 2O52 A; 4QFM A; 4M8N E; 3VNU A; 4HF2 A; 2DHR A; 3EAQ A; 1UHM A; 2ZI3 A; 2LWI A; 3HJN A; 4C0B A; 1XEF A; 5KSZ A; 1R10 A; 4LK2 A; 2Y8E A; 2RGE A; 4B76 A; 1SMT A; 3ICE A; 1A7J A; 2FJU A; 3WHK A; 3SC3 A; 2WVJ A; 1C0W A; 1QHS A; 1U2W A; 5DYM A; 2YIN C; 2W24 A; 3RSL A; 3QSY A; 1HYQ A; 3GPL A; 4PSV A; 4TMW A; 2P6T A; 2CMK A; 1XD7 A; 4L0Z B; 1AM4 D; 2XTN A; 4A8J B; 1H0M A; 4F93 B; 1U6G A; 2BKU A; 1T8T A; 4OQN A; 5HDN A; 1UEI A; 4TSF A; 2L02 A; 4HAM A; 1G5P A; 3VHX A; 2PLY A; 5SZK B; 4BLQ A; 3ECC A; 1B0U A; 2COM A; 5BS6 A; 4LCB A; 4LUC A; 221P A; 1KI1 A; 3FWE A; 1NRJ B; 3LX8 A; 2ZR7 A; 2H92 A; 5LGU A; 2NO6 A; 1TUE A; 3E5Q A; 1F60 A; 3CR8 A; 1F48 A; 3LY5 A; 1KHT A; 3GLG A; 3V8K A; 2AFI E; 2PEZ A; 4WA7 A; 4BLS A; 3A4M A; 3TVD A; 1I5Z A; 4PAM A; 2FZ4 A; 3EAS A; 4K46 A; 2PJR A; 2OXR A; 4M6X A; 4R79 A; 3WTX C; 1AQU A; 4JT4 A; 1FP1 D; 3T1Q A; 3SNH A; 3DFG A; 4IXA A; 2Y48 A; 1R7J A; 1SXJ B; 3H3U A; 5BPI A; 2XTM A; 2YWE A; 4QHS A; 5JHH B; 3K70 C; 5DYG A; 1FOK A; 4FW9 A; 4KN7 X; 4GNK A; 2DWQ A; 2G77 B; 4YXW A; 5HS9 A; 2ZEJ A; 3ZIA D; 3V7R A; 4KI0 A; 4O5V A; 1WBB A; 5FGM A; 2VQS A; 4EM1 A; 1ZD1 A; 4F7Z A; 4IW3 B; 1AGR A; 2O8C B; 2R6F A; 2C9C A; 4Q4H B; 1A2B A; 1BI3 A; 2VHU A; 1TNT A; 5AUQ A; 2DCU A; 2ZJA A; 5B30 A; 3GXO A; 4HV5 A; 5CYP A; 4A0F A; 3MLE A; 4NCJ A; 1F1Z A; 1KYW A; 2UWM A; 1II8 A; 1T38 A; 3X2S A; 1REP C; 2JAQ A; 2VP9 A; 4QGG A; 3RWM B; 1OYI A; 1MDM A; 3RSO A; 2ZS8 A; 1J59 A; 3I71 A; 3CRM A; 3FHO A; 5K8L A; 2KJC A; 1GZS A; 2J0V A; 3PG5 A; 2STT A; 5KDO A; 1JR6 A; 4WXR A; 2GEV A; 2VF8 A; 4M1M A; 3N4M A; 4MQV A; 1E9E A; 1HH4 A; 4DWJ A; 2J0Q A; 4UXI A; 3WXM A; 4RFV A; 3OE7 A; 4I81 A; 3MMP A; 3EAR A; 2X19 A; 3WHL A; 1TU4 A; 3BS4 A; 5FTK A; 1I6X A; 4QRH A; 3VX4 A; 5JEE A; 3JSO A; 4Q5S F; 2NYX A; 3FMS A; 1ZM7 A; 3LLM A; 3FWY A; 1W48 A; 4WVF A; 5DYI A; 5FBQ B; 4QJ4 A; 1XEW Y; 2QPO A; 2KJQ A; 1MGT A; 1FUK A; 3SOP A; 1SVL A; 4KU4 A; 2H18 A; 4Z54 A; 4Q18 A; 3CUQ A; 1S7O A; 1G64 A; 1E9S A; 2FN4 A; 1ZU5 A; 2WJI A; 3AAF A; 1E2L A; 2VH5 R; 2ZRN A; 2D4H A; 3AF3 A; 5CJ9 A; 1A2K C; 3I8S A; 1W7P D; 1CIP A; 4KVA A; 3P4X A; 4N0E A; 2HQR A; 5J5C A; 2AD5 A; 4BHB A; 2LNB A; 4W5J A; 3R60 A; 2ISZ A; 1G7C A; 2V1D A; 1DPF A; 4UNS A; 1V43 A; 1HEI A; 1S3S A; 3DEF A; 4LHY A; 4M1T A; 4PCQ A; 4LJZ F; 4AG6 A; 3LA7 A; 4URU R; 3U7G A; 1PP7 U; 3P20 A; 2IC5 A; 4MNU A; 2ZFW A; 2QMU A; 1H8H D; 2R6A A; 4NKR A; 5EP1 A; 3RKX A; 2VOD A; 2PFB A; 2QQE A; 2J5P A; 3ZVM A; 3THX A; 3P9K A; 1GTV A; 3VHL B; 3KB2 A; 3I5X A; 5CYO A; 5DN6 D; 1W2G A; 4IHT A; 1KK3 A; 2OIL A; 1FSH A; 3DKP A; 4BWY A; 4YMT A; 4I2O A; 2ZSB A; 4M74 A; 1N5L A; 1T5I A; 2QME A; 3T06 B; 5E20 A; 1EFT A; 4OL0 A; 5KSY A; 3R9W A; 2EFD B; 3SHW A; 2IYW A; 2Z83 A; 1OYY A; 3KZY A; 3JAM K; 5IF9 A; 4BFV A; 3HYT A; 3KUD A; 1FWZ A; 3F72 A; 3CRV A; 2IYS A; 5E95 A; 2C9Y A; 1ZRD A; 4JVL A; 2VBX A; 1FUU A; 3CB4 A; 4MKG A; 3FE2 A; 3X1Y A; 1RRG A; 1G3S A; 1P9R A; 1CJT C; 1TPZ A; 1GNP A; 2CVH A; 2GWH A; 2X2F A; 3FMO B; 3K0A A; 4URZ R; 3VNV A; 5KUT A; 3B1V A; 3KP5 A; 2QE7 A; 1XMJ A; 4NDZ A; 3ZS9 A; 3EPH A; 1G7T A; 1N6P A; 2WSS D; 2Q9B A; 1QG2 A; 4MYT A; 1JBK A; 5FL7 D; 1CJU C; 2C03 A; 5HPY B; 2VP6 A; 1Q1H A; 3V8J A; 1OXT A; 2RVC A; 1QDE A; 4P55 A; 2CL0 X; 5DCM A; 1Q1Q A; 4PZZ A; 3K70 B; 1QZY A; 4M9S A; 3C4J A; 3LO5 A; 4L9W A; 5FOV A; 1ZG1 A; 2YV5 A; 3I58 A; 1KSJ A; 4B2L A; 2IBM A; 3AVY A; 4L9T A; 2V1U A; 4U88 A; 1T3H A; 3GJ7 A; 2BMJ A; 3HSR A; 1RKB A; 5DD8 A; 1NVV R; 2A7Q A; 2B8W A; 2GVZ C; 4M1S A; 3MWK A; 4HEJ A; 2FF4 A; 4ZZD A; 1GKY A; 3P9I A; 4W5W A; 3KET A; 4FMC B; 2ZJY A; 3LX5 A; 1ZNX A; 2F43 B; 3C18 A; 1Z06 A; 1GL9 B; 2ERX A; 3BB3 A; 3TE6 A; 1ZYR F; 3I64 A; 3AGP A; 3IPY A; 4OHW A; 1W4B A; 2WAX A; 5SZJ A; 2HQN A; 1CGP A; 1CJV C; 4ACA A; 1XMI A; 4C9B A; 2JCS A; 4LK0 F; 4DUG D; 3GO5 A; 1Z7U A; 2GIL A; 4G3X A; 1Y0U A; 4NH0 A; 4YDH B; 1R36 A; 1UAD A; 3RS0 A; 4AKI A; 2B7B A; 5LHI A; 1FLI A; 2OCP A; 3R9I A; 1JJ7 A; 2IA5 A; 1YJ5 A; 5D8K B; 2J0U B; 3KCC A; 3X1D A; 4AI6 A; 3SU8 A; 1U5T C; 3ECO A; 1FZQ A; 1IBR A; 2W58 A; 2XXA A; 1JQL B; 2HKX A; 2WKQ A; 3IIL A; 3K0E A; 2NQ2 C; 3UPU A; 1G17 A; 4GT1 A; 1VPL A; 2CLC X; 3AUY A; 3TKL A; 4AKG A; 1PVO A; 2WV0 A; 2ZRK A; 1BMF D; 2WTE A; 3I0T A; 2IHB A; 4TZ0 A; 4H9G A; 3E5U A; 3LV8 A; 2LF8 A; 4A6E A; 3HYR A; 2DWO A; 3DV8 A; 3CON A; 4NPH A; 4HLQ B; 1IRG A; 3SJC A; 4IOL A; 1ZNY A; 2PZE A; 4LYA A; 4EFN A; 3CPJ B; 2JLV A; 2DFI A; 3FMQ A; 4PGG A; 4Q21 A; 1UDX A; 1SMY F; 4BUJ A; 4I1V A; 2JLU A; 4QGA A; 1P6X A; 5IRC D; 2NAZ A; 3GW2 A; 1G3U A; 1P4X A; 5KDD A; 3QPT A; 3FKS D; 3ABT A; 2RN7 A; 1KYI A; 1Z6X A; 3E6B A; 1JR3 D; 2GJK A; 2JSC A; 2IS1 A; 2EB7 A; 2G0T A; 2TMK A; 1GKU B; 4FWI B; 1IAQ A; 4AYT A; 1SVM A; 3CZP A; 2R9V A; 1TQP A; 2FMY A; 1O3Q A; 3KXI A; 3MAA C; 4HB4 A; 4PPG A; 5A5G A; 5KSO A; 1S6L A; 5FPY A; 5CK4 A; 1P2F A; 4OMY A; 1I1G A; 4U7B A; 3LA6 A; 5A4J A; 5C1B A; 5FTL A; 5JCZ A; 3KQN A; 1GUA A; 3NXS A; 1T5L A; 3N5C A; 3OFN A; 3TUI C; 1LF5 A; 1FYL A; 2PT5 A; 5DIS B; 4JYB A; 4O2R A; 1R4A A; 2MSE B; 4CF7 A; 2A5F A; 2PN6 A; 4IVN A; 1PLJ A; 1E2D A; 2MMC A; 2FEZ A; 2EFH B; 2QG6 A; 3QF4 A; 2AK2 A; 4OQL A; 3TVT A; 2O0Y A; 1GFI A; 2HJV A; 2P3S A; 5KPD A; 3LXX A; 1CF7 B; 2SHK A; 2YOF A; 3BBP A; 4A2W A; 1UKY A; 4ARZ A; 1J8Y F; 1CKE A; 4L16 A; 4UKD A; 2QSY A; 4YMU A; 4XVU A; 5K8I A; 3W3Z B; 2KBE A; 2JAT A; 4QNM A; 5CIT A; 2ZI6 A; 4JKY A; 1BI1 A; 2V6J A; 4B48 A; 4L15 A; 2UXX A; 1BIF A; 1NVW Q; 2Z6V A; 5JSZ A; 4D25 A; 2VC0 A; 3Q7Q A; 4AIH A; 2J59 A; 3U61 B; 4UHT A; 1OXV A; 2BM0 A; 1NBM E; 1KNX A; 2O0K A; 3IDQ A; 4IXN A; 4KSB A; 4RCY A; 2F1J A; 4R9U C; 1G21 E; 3V4F A; 3PIR A; 3TH5 A; 5ILS A; 1V4R A; 2GZD A; 4G6D A; 3BRW D; 4M1O A; 4Q00 A; 2J7K A; 4BLT A; 2ZYT X; 4NB5 A; 5JFR A; 2QWW A; 2NRA C; 4IDP A; 4KBF A; 5BN3 A; 3K0L A; 4HX7 A; 2QBY A; 1IXR C; 3WTV C; 2WJY A; 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