1EV7 | Genus

Total Genus 67

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	67
sequence length	302
structure length	295
Chain Sequence	EPDDDLERVRATLYSLDPDGDRTAGVLRDTLDQLYDGQRTGRWNFDQLHKTEKTHMGTLVEINLHREFQFGDGFETDYEIAGVQVDCKFSMSQGAWMLPPESIGHICLVIWASDQQCAWTAGLVKVIPQFLGTANRDLKRRLTPEGRAQVVKLWPDHGKLQENLLLHIPGDVRDQIFSAKSQHGQARVNELFRRVHGRLIGRAVIATVAQQDDFMKRVRGSGGARSILRPEGIIILGHQDKVANDLGLPVPRKGQVVAARVVPADEGDQRQTAEIQGRRWAVAVPGDPIVEAPVV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__483564593695626__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__483564593695626__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1EV7/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__483564593695626__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"483564593695626","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1EV7/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__483564593695626__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb1630eadac7b76fe960e6/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb1630eadac7b76fe960e6/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Lechevalieria aerocolonigenes
publication title	Crystal structure of NaeI-an evolutionary bridge between DNA endonuclease and topoisomerase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TYPE IIE RESTRICTION ENDONUCLEASE NAEI
total genus	67
structure length	295
sequence length	302
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.1.21.4: Type II site-specific deoxyribonuclease.
pdb deposition date	2000-04-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF09126	NaeI	Restriction endonuclease NaeI

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.10.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain	1ev7A02
3.40.600.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	ECO RV Endonuclease; Chain A	DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II	1ev7A01

1YW7A 4XLPF 2H6BA 2E1NA 3HHHA 3CDHA 2CO5A 1RZ4A 4BH9A 4IVNA 4EJUA 1R00A 2OAZA 3ABUA 4ZYGA 5L3GA 3I64A 1DPRA 1CGPA 4WWCA 1TQPA 4CDGA 2J5PA 4RGUA 1ZG3A 2O8XA 2VBZA 3FXQA 4N9HA 2FBHA 2D45A 5A2QZ 4GGGA 1WQ2A 5F64A 5HLIA 3I4PA 2L4MA 3V8JA 2R3SA 3BROA 2M45A 1MJAA 5L3EA 2Y48A 4LB6B 3MCZA 1R1TA 5DYMA 5DV5A 3U2RA 2OQGA 1LEBA 4R79A 2VE8A 4PCQA 1MJ9A 2A68F 1IN8A 4M6YA 4WCGA 4LG0A 1J2XA 3BPXA 3DQVC 5E20A 3WE2A 5E8GA 3QP6A 1O7LA 2RQPA 4A6EA 3ZMUA 4M9SA 4MQVA 1BC8C 5HS9A 5A2QK 4M9XA 3T8TA 3QPTA 1HW1A 4A6DA 1HQCA 4HF0A 2DFIA 5FGMA 4JQFA 3LAPA 3G73A 1O57A 1LDJA 1LJ9A 4WK8F 1SX5A 2EA2A 5L3FA 4BQAA 3L00A 3GFIA 1F5TA 1R1UA 1P4XA 4XSXF 2DQLA 5LHIA 1EV7A 2WC2A 3ZQ7A 1FP1D 2X4HA 3M8EA 2VOOA 4UV9A 3V7RA 1BC7C 3HRMA 1YIOA 4M9ZA 5CJ9A 1T38A 4XBFA 3FHZA 1D3YA 2JSCA 2VN2A 1IW7F 3ISPA 3V8LA 3E6DA 3GO5A 1FZPB 2W84A 1RVCA 1TX3A 4IHTA 2KJBA 3BY6A 3IKVA 2RNJA 4KN7X 2W85A 4NHJA 1B1BA 1SD4A 5ICEA 2QWWA 3BJ6A 1SMYF 2RKHA 5E1ZB 1MZBA 5IT9Z 4L0YB 5ICCA 2V1XA 4IJAA 3BDDA 5K5RA 5D6EA 2W25A 4A0ZA 2B0DA 1S7OA 1IF1A 2FU4A 2KRFA 1SD6A 4IRIA 1U8RA 3E6BA 1S29A 4HF2A 4P9FA 1F4KA 3IRRA 1YW9A 2A61A 1FC3A 3T5XA 1YQAA 1BIAA 4M71A 5IT9K 3KE2A 2EB7A 4UHTA 2K4BA 5D4SA 3ZP5A 5F8AA 1PDNC 3E3YA 1XGNA 5J8FA 4U0WA 3I53A 1ZARA 1O3TA 3GVAA 3M9AA 2ZNYA 1H9GA 4OU0A 4CYDA 2PJPA 2CSOA 1SD5A 3KP3A 1O3QA 2M5WA 3C7JA 2M8EA 3CUOA 3F8CA 4Z2YA 1C0WA 3ML6A 1PP7U 1IRFA 1YW8A 1U2WA 4BNCA 2D2WA 3RIRA 2UZKA 3M1EA 5AIQA 1ON1A 5FD6A 3QP5A 1IN6A 2AZOA 2P5KA 2ADUA 3VEPA 3GWZA 2XROA 5K5QA 4KIBA 1RVBA 3L09A 2FMYA 4P96A 2MBFA 5DD8A 3RYRA 1XD7A 2HWVA 4EVIA 1FOKA 1BIBA 2ZMEB 2M87A 5KK1A 3HRSA 1RI7A 4YG2F 1SX8A 4ENNA 4HBLA 2ZMEA 1MJBA 1D5VA 1SFUA 3TDZC 3DXJF 2A6EF 1K6OA 4OMYA 4I0AA 2GXGA 1I1GA 3DF8A 5TRDA 3R60A 1J59A 2DK5A 4GCVA 1SMTA 3F8BA 3I59B 2DQRA 5ILVA 4GXOA 3R0JA 4RB2C 3TOAA 2HFHA 2FNPA 3M8FA 3GLXA 3ZMSA 2K4JA 1KQ0A 1BOAA 4KT5C 2VONA 4G8XA 4M6XA 1VTNC 3EETA 1HSTA 1BN5A 5CVUA 2H6CA 3EDPA 1QNTA 1I1SA 1WI9A 3GEZA 3AAFA 2UXXA 1REPC 2VODA 4MHGA 3PFIA 2M1BA 3K1NA 1KC6A 2YX4A 1EO4A 2NS0A 2FNAA 5HS7A 1IRGA 2LF8A 3ZN1A 3FM5A 1BI0A 5D5UB 2YSRA 3HTUA 4WF2A 3EQLF 2FMLA 1IN7A 4U7DA 3E5QA 2AORA 2KIMA 3E97A 4HLYA 4HQMA 2DPDA 3F21A 4ON0A 1U5TB 4ZZLA 3K2ZA 4KUMA 4HQEA 1TW3A 4N9IA 3IRQA 1RV5A 5HS8A 1XCVA 1U5TA 2PLYA 4P55A 3IL2A 2D1VA 1IXCA 2GIJA 1V4RA 4IHSA 1USSA 1UB9A 5FO5A 1W4MA 2HYFA 2PMUA 3KZZA 1R23A 3NQOA 3V7SA 2K27A 1G4DA 1T0FA 2W24A 3DPLC 3MQ0A 2YU3A 3J81K 2RVEA 4NQWA 1FNNA 5JVTA 4ENKA 3MEXA 1T39A 1Z05A 2DI3A 2MA3A 3ECOA 4OMZA 1QZYA 3F22A 1U6GA 1G6NA 1Y0UA 4L18B 2VBXA 1UFMA 2B0EA 5LRRA 2X0LA 1WSUA 2EWNA 3R0AA 3ZMTA 1IN5A 1OYYA 5CLSA 2EK5A 2V1DA 1U5TC 1JHHA 1A04A 1WKMA 3KCCA 3BJAA 2JT1A 2STTA 1P4WA 2P7CB 3E40A 2GQQA 3R4KA 5ERIA 2ISZA 2P6SA 2XHKA 3KP2A 3TGNA 4EGYA 5F1RA 1BBYA 5LGTA 3TO7A 1KQ8A 4OIPF 2VT2A 3E42A 4ESJA 4M72A 1ZHFA 4EM0B 3I5UA 3K9TA 4OOIA 3OV8A 4KYWA 1E2XA 5FB2A 3W6KB 3CO7C 3KEQA 2CG4A 1U3EM 1FT9A 1P4AA 2DLLA 3LQRA 4HOBA 1ODDA 1XGMA 3CLOA 4O6JA 4BYYA 4HLXA 2AS5F 2B0LA 3MWMA 2V79A 2GXBA 2F5FA 3WG9A 1XN7A 3KP6A 1TNTA 5FFXA 3R6SA 3ELKA 4U7BA 2G9WA 3HUGA 2COMA 4KA4A 1BJAA 1OKRA 3RYPA 1G3TA 4B09A 4DNCA 2H09A 1OYWA 1FBSA 2BE5F 4JK1X 4L5IA 5AIPA 2XASA 4LK1F 3ECHA 2CWEA 3LA2A 2QM3A 5CVIA 3GUDA 2HGCA 4EM1A 1RVEA 1BSSA 3CTAA 1HBXG 2IVMA 3KLOA 5CYVA 2Q0OA 3SZPA 3HOTA 2JPCA 3KP7A 5BS6A 3C3WA 4CICA 1TTYA 5D5VB 3WE3A 1TQMA 2YX7A 5FD5A 2EFNA 4G9YA 3FF5A 4M74A 2KIFA 3IHUA 1LEAA 2QLZA 1IZ1A 3GF2A 2DK8A 2XUBA 3FMSA 2HR3A 2P5VA 1ZLJA 5H20A 1EOPA 4EM2A 1ZAOA 3RPUA 4KIGA 3LSTA 4WXCA 2OQRA 1W7PD 2VBWA 3KZYA 4CGZA 3E43A 4WXDA 4UXNA 2OZUA 2OD5A 1XSVA 3E5UA 1R5GA 4L0ZB 2YR2A 4UNOA 1QZZA 3K1MA 1S6LA 3I71A 5JR3A 3W6JB 5HDGA 4S05A 2DT5A 4OIRF 4P5OA 4HV6A 2ZNZA 1STZA 5DUKA 2GAUA 2Y0MA 5ILSA 1R58A 4PGGA 4CXFA 4AD9A 1QBJA 1O7FA 2FQ3A 1B9MA 2D1HA 5D5WB 5ILUA 1LNWA 2P5LC 3N97A 2GA2A 2XAGA 2XKOA 4Y15A 2CGPA 2M30A 1LVAA 3RDIA 2HYGD 2V1UA 4YFKF 1CF7B 5AONA 3WTTC 3EUHA 3QRFF 5IT3A 1EH8A 5HOOA 3JTHA 1CF7A 4D0PA 4HX8A 3P9KA 3DP7A 3GXOA 4AIJA 2IRFG 2EV6A 1YYVA 1AOYA 3WTSC 3F8NA 2FOKA 3RPQA 1PUEE 1Z6RA 3C18A 3ZMVA 1Z6TA 2H94A 5K1YA 2RDPA 2IA2A 3MZHA 2JPBA 3RKYA 4EV0A 3P9CA 1XHUA 2ETHA 2HEOA 1FBUA 4N0BA 2O6GE 4TV7A 2OZ6A 3B02A 2ACJA 4AIKA 5CVJA 1I27A 2Z99A 4NB5A 4A2UA 1SUZA 5ICGA 2CFXA 3U1DA 2GIHA 1YLFA 1ZRCA 3WTXC 5LHHA 1F1ZA 4A12A 2HDCA 1IUYA 3BPVA 3WTUC 2GZWA 3JAMZ 3F23A 4O3MA 1KU9A 3PQJA 3RKWA 2ZJ2A 1KYWA 4QWQA 2QENA 2E7WA 3VODA 1ZRFA 1J7KA 2HKXA 3O6BB 4G7OF 3J7AO 1OPCA 4HX7A 3JSPA 5D8KB 3RI4A 3HYIA 2CQKA 2JTVA 1IAWA 4HDVA 3LQQA 4LK0F 2F2EA 2ZXJA 3G3ZA 1HKTA 1RUOA 1UCRA 1S7AA 2L02A 3Q9VA 2EFPA 5LEKA 1V3FA 2MLGA 2FXAA 3F8FA 3WTZA 3ULQB 1ULYA 1I5ZA 1K7AA 1WWXA 2E7XA 3JAMK 1P2FA 5CVRA 2DU9A 1H0MA 3OOPA 4KMFA 4LLLA 3JTGA 1AZ3A 1DUXC 2YPRA 2QUFA 5BPIA 5LGUA 2Z3YA 1YS7A 1LB2A 3VOEA 3DFGA 3HTSB 3RKXA 2R7FA 1JXSA 4UVAA 2HQNA 4LFUA 1HSJA 2DBBA 1ONVA 4QLCU 2QBYB 3I54A 3I59A 4RVEA 5D6FA 3S2WA 1KQ9A 4RB0A 2QBYA 1HKSA 3GFMA 1MGTA 3EYIA 4KMUX 4Q47A 4KIFA 2V6CA 4YFNF 2GWRA 1BGBA 1D8KA 4B8XA 2FBIA 3DV8A 2AOQA 3FXRA 2VXZA 5E18F 1MKMA 4XRFA 1Q1HA 4XLNF 1ZN2A 1KU2A 3I58A 2GIVA 3IKTA 5DUIA 3GZ6A 2O0YA 1QQIA 1LDKB 1D8JA 4ZH4F 1YS6A 3JSOA 2LNBA 2ZCWA 3KP4A 5HLHA 5TJJA 3KLNA 3MFKA 1O3RA 2ELHA 2LSOA 3HSRA 3NRVA 1OYIA 1QO0D 4IF4A 2O61A 2XVCA 4LLNA 3O2PE 2NAZA 3K1PA 4OIOF 4A5MA 3P7NA 2DAOA 2XGXA 3L2CA 3KEOA 2HTJA 4EGZA 2DTRA 2QQBA 5H6RA 3M7GA 2VC1A 1XGSA 4HAMA 4U0VA 1R36A 3ZMDA 2RVCA 4EJVA 5L3DA 1HW2A 4HDUA 3BWGA 5HDNA 4EQQA 1XDSA 4HA8A 5BPDA 2DO7A 3CUQB 4Y13A 3HHGA 1WRJA 1XCBA 3TKYA 3MZYA 4RGXA 2Q2EA 3E5XA 3WGIA 1ZH5A 3GZ5A 3CUQA 1F9NA 2LF7A 2ESHA 4G94A 1FY7A 5D4RA 1PP8F 3WODF 1H9TA 2XV4S 4A0YA 1DPUA 1W7PB 4I09A 1E17A 3F6VA 4FX0A 3QU6A 2FEZA 3ABTA 3DEUA 3ROUA 1X3UA 3RTRA 2WTEA 4ENJA 1W7PA 5JI6A 3E44A 2DPUA 2F5EA 4S04A 1B6AA 5DEQA 2NNNA 1U78A 1J5YA 4H0EA 1SAXA 5DDGA 4I2OA 4L9VA 5FFZA 4RAZA 1B96A 4GYIA 1ZRDA 2FE3A 2IP2A 2V9VA 3GFJA 4RS8A 4CHUA 1ZYRF 4RB3C 1KGSA 2A07F 2PG4A 4IPAA 3CUQC 1XDUA 3TO9A 2RN7A 1B94A 1FSEA 1MDMB 3FMQA 1IN4A 3I0TA 4HW0A 4G6QA 2BEOA 5KVRA 1ZG5A 3ZN0A 1FYKA 1KYZA 1MDMA 5LHGA 1XMKA 1FYLA 3WTVC 2EV5A 2MLKA 2ZO4A 2QZ8A 2ESNA 5JFRA 3FX3A 4IRGA 3GX4X 1GVJA 4AWXB 4RGRA 2A5YB 1GHCA 4HZFA 4UVBA 3F3XA 3F6OA 2W57A 3BOQA 4I7HA 4ENMA 2TDXA 2J5OA 4KICA 3V7CA 5L3BA 1KU3A 1ZGJA 1O3SA 2A69F 4DQ2A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1EV7A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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