The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
75
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structure length |
75
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Chain Sequence |
YQTAPFDSRFPNQNQTRNCWQNYLDFHRCEKAMTAKGGDVSVCEWYRRVYKSLCPISWVSTWDDRRAEGTFPGKI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Redox-coupled crystal structural changes in bovine heart cytochrome c oxidase.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
CYTOCHROME C OXIDASE
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| molecule tags |
Oxidoreductase
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| total genus |
24
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| structure length |
75
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| sequence length |
75
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| chains with identical sequence |
U
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1998-07-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| H | PF02297 | COX6B | Cytochrome oxidase c subunit VIb |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Cytochrome c oxidase, subunit VIb |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2ZXW H; 5IY5 H; 3AG2 H; 3ASO H; 5B1A H; 5B3S H; 2Y69 H; 2DYR H; 3AG1 H; 3WG7 H; 5B1B H; 3ABK H; 1V54 H; 3ASN H; 1OCO H; 1OCR H; 2EIL H; 2EIN H; 3X2Q H; 3ABM H; 2EIJ H; 2OCC H; 2EIK H; 3AG3 H; 3AG4 H; 3ABL H; 1OCC H; 1OCZ H; 2DYS H; 1V55 H; 2EIM H; #chains in the Genus database with same CATH topology 4BBS J; 1V5G A; 5B3S H; 3KE2 A; 5A2Q K; 1XTA A; 4XL9 A; 2O61 A; 3L7W A; 2JUG A; 3TMO A; 1DP7 P; 3WHB A; 1F1Z A; 3OYF A; 5L3C A; 1MH4 A; 5L3D A; 4FE7 A; 3G73 A; 2KLO A; 1W5S A; 2V9V A; 5E1X A; 1TW2 A; 4RMN A; 4C30 A; 3R60 A; 2XAJ A; 5GAG J; 1EJ9 A; 5EEA A; 1FEX A; 1MSE C; 3MAJ A; 2H1K A; 3NAR A; 1X3Z B; 3BTI A; 1RC9 A; 3H0D A; 4M3D A; 1OCZ H; 3PL8 A; 4OMZ A; 4MLO A; 1Y0U A; 1RPW A; 1MJB A; 2RQQ A; 3FM5 A; 5HS9 A; 1JUM A; 4P1W A; 3ROU A; 1Y39 A; 3GTO J; 4WWC A; 4IRI A; 1R5I D; 2KRH A; 3E7L A; 3EQL F; 4XBF A; 4EJU A; 1VQN I; 1XMA A; 1IN7 A; 3S3N A; 2XRN A; 2DDA A; 2MC3 A; 4IQ4 A; 2GIZ A; 3I53 A; 1W5C C; 2KHM A; 3D0S A; 4I02 A; 4G6D A; 4J19 A; 4RB0 A; 3LSP A; 3WU0 A; 5FRN A; 4MTD A; 4Y52 J; 1T33 A; 2DOE A; 2VJJ A; 2VE8 A; 1ZR2 A; 4HQE A; 2DN0 A; 4C3H J; 5TJJ A; 1QA6 A; 3IHU A; 4HSR A; 1WGX A; 1YIT I; 2E1O A; 5J3L A; 1SFE A; 3QYE A; 5JLW A; 1WFX A; 2JA2 A; 3MD2 A; 2K7L A; 3K4J A; 1MZB A; 1WJF A; 4ZYA A; 4OIR F; 4BHC A; 3K1M A; 3FBI B; 3P9C A; 4G9Y A; 4PSW A; 4A5N A; 4GGG A; 2OPT A; 2H1L A; 3OYL A; 4UNO A; 1MJA A; 3OYE A; 4ENK A; 4EJV A; 2JRT A; 1HW1 A; 2VXD A; 4BYY A; 1YI2 I; 2HEO A; 2R0Q C; 3BR0 A; 2K86 A; 5LBQ A; 1S29 A; 1P4A A; 2WB1 N; 2P6S A; 2L2O A; 3HIF A; 1CGP A; 1D3Y A; 2BW3 A; 1UB9 A; 3GTJ J; 3DLA A; 1ZN2 A; 2ZFU A; 1OCT C; 4MNU A; 1QZY A; 4M6X A; 3QU3 A; 4CA0 A; 1ZRC A; 2O5R A; 2V79 A; 3BWG A; 1FOK A; 3S1Q J; 2RKH A; 3SZP A; 3H5A A; 5DD4 A; 5JI6 A; 3RKX A; 5HDN A; 4G7Z F; 4QSH A; 1YE9 A; 1HDD C; 1IV8 A; 2E71 A; 4GYI A; 1Z1D A; 2X6W A; 4XOR A; 5DEQ A; 3TDZ C; 1FTT A; 3JRG A; 2ISZ A; 1D0Z A; 1ZK8 A; 5ILV A; 2DBB A; 2KRF A; 3KP4 A; 3JSO A; 2P5K A; 2PJR B; 2VJ4 A; 3CF5 F; 3Q3S A; 3BCA A; 4LLL A; 2I8D A; 4E7I A; 1D1B A; 1F43 A; 2F48 A; 4HF1 A; 3A1Y A; 2KPM A; 2VBW A; 4RS8 A; 2L5Q A; 3HOY J; 1KQ8 A; 1XGM A; 2KZG A; 5E8G A; 5TRD A; 3F6V A; 2HKX A; 4KT5 C; 3FK6 A; 1Y1W J; 2PI0 A; 1Y0N A; 3FWE A; 5BMZ A; 2MBF A; 1ETO A; 1B9M A; 1U2W A; 5E8I A; 4YII A; 4R79 A; 1KA8 A; 2XKO A; 4CCK A; 3HJE A; 3F8N A; 3K9T A; 5E1Z B; 2XAS A; 3NQO A; 3JRH A; 4H0E A; 4PJJ A; 2ISY A; 2LP0 A; 2L0K A; 5L3F A; 2XGE A; 3BG6 A; 3L2U A; 4P96 A; 1YRN A; 4DYC A; 3PJR A; 3CO7 C; 1UG2 A; 4XLC A; 5DM7 F; 1W0U A; 3EUA A; 3TL4 X; 4PK4 A; 2DPD A; 2VAS A; 1KZH A; 3E6D A; 1ZKG A; 2IPQ X; 3TGN A; 1X3U A; 4YFX F; 4DBR A; 2R7R A; 4BQQ A; 2JMW A; 4LK1 F; 4HV6 A; 1R58 A; 3FM3 A; 3F8B A; 2X9D A; 4P55 A; 1GXQ A; 4BXU A; 4I6Z A; 1X19 A; 3LMM A; 2D45 A; 3ERM A; 1QVT A; 2NOG A; 1PP7 U; 1KYW A; 4UUT A; 3L2V A; 3LFK A; 1W7P A; 4B1R A; 2BY0 A; 3LFU A; 1POG A; 1K6Y A; 2M4G A; 3GVA A; 1A31 A; 3KCC A; 3J80 K; 1DQU A; 1J75 A; 1RR8 C; 1B6A A; 2WAE A; 1T56 A; 2F5F A; 1RIO H; 5CYV A; 4CSW A; 4ZTF A; 2P4W A; 1PP8 F; 1ETX A; 2M0C A; 1U6G A; 2RRE A; 1B1B A; 2QEX I; 5LD2 C; 1ETQ A; 3V42 A; 1B8I B; 2X4H A; 3P7N A; 1UZC A; 2LD5 A; 2H6C A; 2Z1D A; 2XIG A; 3GZ6 A; 2E1M B; 2W25 A; 4MQV A; 2ZME B; 2DYR H; 3GCM A; 1K6O A; 5IP7 J; 2LKX A; 4UUS A; 3CCS I; 1FBQ A; 1LNW A; 2OA4 A; 2EZK A; 3HL2 A; 4BDZ A; 4I01 A; 5JR3 A; 1AHD P; 2UUZ A; 4EMS A; 1ZH5 A; 1FT9 A; 1TT5 B; 3CJR B; 2F5C A; 3AKZ A; 3I54 A; 2VPL A; 2Z5U A; 3KEY A; 2V6C A; 4Q5S F; 5J6X A; 3M1C A; 2DO7 A; 3SJM A; 5E79 C; 2R7O A; 2W4S A; 1U9N A; 4HLX A; 1S72 I; 4XLE A; 2EFN A; 5EF6 A; 2FBH A; 4A3C J; 2ZXJ A; 3C18 A; 2GXA A; 1IF1 A; 3S1N J; 2DFF A; 1EKE A; 3GLX A; 3IC7 A; 4L5I A; 4UUV A; 2DOA A; 4B47 A; 4E6K G; 4EJW A; 1WI9 A; 2VQC A; 4ESB A; 3HUG B; 2B0L A; 5IOZ A; 3CME I; 1MSF C; 5ED4 A; 2ZME A; 4HPQ A; 2B9S A; 4XLF A; 3SZT A; 4DYQ A; 1ONV A; 4UHT A; 5HDK A; 3S2W A; 5K5R A; 1XS9 A; 2TCT A; 3TKY A; 2EZH A; 2ZNY A; 3UR3 C; 5EYR A; 1A5J A; 2TRT A; 1W36 C; 2XF5 A; 4I09 A; 4A3M J; 1B9N A; 5HLG A; 1D1C A; 3WGG A; 4AUX A; 3CCJ I; 1K78 A; 1S8N A; 2ZB9 A; 2FE3 A; 5EZG A; 1JXS A; 3OS1 A; 3W6V A; 4BXF A; 1G3S A; 1S3J A; 3BLY A; 5FLX Z; 2BYV E; 2R7S A; 4ZYD A; 4CHU A; 3IP4 B; 2XSJ C; 3TO7 A; 2UZK A; 2WV1 A; 3MZ8 A; 2XAF A; 2VBY A; 2ESN A; 5IOY A; 3BJA A; 1HW5 A; 1Z77 A; 4ESF A; 1LVA A; 2FBK A; 4I7H A; 5K7F A; 3OYH A; 2X1D A; 3FIS A; 1U5T B; 2LY9 A; 4BDY A; 3E6B A; 3PO3 J; 3FXQ A; 3I3L A; 1LFU P; 3FMR A; 3RPU D; 3A2K A; 3DU5 A; 2EPF A; 4FIS A; 2CQX A; 1B72 B; 2NVQ J; 1SAN A; 4IPA A; 1R49 A; 1P6R A; 4M3G A; 1B4A A; 1KGS A; 2D1H A; 4EJO A; 3A03 A; 3K2Z A; 3K4K A; 4CYC B; 2VOD A; 1BJA A; 5D5U B; 2CFX A; 1RNL A; 5E3M A; 5GP9 A; 2Q0O A; 1E3O C; 4EM2 A; 4CCJ A; 2HS5 A; 1UMQ A; 3CP2 A; 2HNH A; 3LAP A; 2QQB A; 3OS2 A; 2A6T A; 3CD6 I; 3B02 A; 1WQ2 A; 3CUQ B; 3RPQ A; 3QU6 A; 3L1P A; 3A0H C; 2JSP A; 3BR3 A; 1Z67 A; 4L9T A; 5BS6 A; 1ZLJ A; 2LRE A; 2ID6 A; 3F23 A; 5J47 A; 2DMU A; 2OUM A; 2RNG A; 3I4M J; 2BZT A; 2A07 F; 2LYC A; 2X6O A; 2QSG X; 2HU9 A; 3S2H J; 4KIT B; 3PO2 J; 5C4X J; 3GTQ J; 1CF7 A; 4OIP F; 1B72 A; 4HEA 2; 1JKR C; 2BHY A; 1VF9 A; 2ESH A; 2KJB A; 3S3M A; 2AS5 F; 2FXA A; 3Q5F A; 4A3F J; 3HOW J; 2RC4 A; 4RB3 C; 2IA2 A; 2R7X A; 3FIW A; 1OJL A; 3VB2 A; 2E2I J; 3K4B A; 3HKZ A; 3K70 D; 3DTK A; 3K6G A; 3O8H A; 5ERI A; 1JT0 A; 4A3G J; 3WE2 A; 3OYM A; 1ETW A; 2O7O A; 2FNA A; 2RNJ A; 1ZR4 A; 5CVR A; 4BQN A; 3CO6 C; 2VKH A; 1AWC A; 1JGG A; 3CJT B; 2QBY A; 2P5V A; 3ZR8 X; 4A93 J; 3I59 B; 1GV5 A; 2WAF A; 1SD7 A; 4OAZ A; 3OYB A; 3WTS C; 2R5Z B; 4K2E A; 4BAC A; 3BTJ A; 2EBI A; 3R0J A; 3S15 J; 4BJT A; 1EF4 A; 1E0E A; 1UAA A; 3S16 J; 1ETK A; 1XDS A; 5CQE A; 2IT0 A; 2F6C A; 5LGT A; 4ZDO A; 2KT0 A; 4O5V A; 3LA7 A; 2H09 A; 3KX2 A; 4XOP A; 3RDI A; 5AIQ A; 5J8C A; 3GYH X; 3HSE A; 3HRM A; 4UVA A; 1ENH A; 3E6C C; 1J09 A; 1HST A; 3CCE I; 4BEH A; 4AID A; 3B6A A; 3V7S A; 1ZRF A; 3DCF A; 3IKV A; 3DLL F; 1G8X A; 2L7K A; 1PUE E; 5DUI A; 2QZ8 A; 1VQ5 I; 3SYT A; 3FMS A; 5CKT A; 2GOX B; 3HOX J; 1YQA A; 4HST A; 1KQ9 A; 2Q2E A; 4ZC3 A; 1JUP A; 3L09 A; 1AU7 A; 5FJ8 J; 4S05 A; 2R5Z A; 4A12 A; 2IA0 A; 2WY8 Q; 3V8L A; 2QQ9 A; 2LG4 A; 5FKM A; 1VQ9 I; 4FTH A; 3M4O J; 3CCR I; 1QU3 A; 1SMT A; 3TP3 A; 3LST A; 4F7Z A; 4ZYG A; 2R7T A; 3GF2 A; 3CCL I; 3IL2 A; 4HX8 A; 5FLV A; 1HBX G; 2ZCW A; 4ZTJ A; 3DPU A; 3E5Q A; 4OIN F; 1JKQ C; 3LSR A; 1TBX A; 3F3X A; 3BQZ A; 2LRD A; 2PEX A; 1SD6 A; 4IXA A; 3AG2 H; 2GBY A; 2Q8K A; 1T98 A; 1X58 A; 2EWN A; 1H9G A; 2LFB A; 3H1C A; 3K7A J; 3MKW B; 3S17 J; 1RES A; 1X1B A; 2EFW A; 1QQI A; 2Y9Y A; 3VYT B; 4X6A J; 5J8F A; 4BXX J; 1V5E A; 3FZV A; 3LSG A; 1TW3 A; 2IAI A; 3TO9 A; 1YHQ I; 3H36 A; 3DFG A; 1IRF A; 4UV8 A; 1PYV A; 2GAU A; 4KIC A; 1WI3 A; 1Z7U A; 3W2V A; 4V2F A; 5J4V A; 2JTV A; 4RM2 A; 2K27 A; 3IRR A; 5K1Y A; 3S1R J; 2YS9 A; 2VQG A; 5KCM A; 1E3H A; 2CSO A; 2HYG D; 3KYL A; 1I39 A; 4GCV A; 3J81 K; 1E17 A; 3DKY A; 4BH9 A; 1VFC A; 1DUX C; 3EYI A; 3OR1 C; 1U9O A; 2IW5 A; 4BS9 A; 3QRF F; 1BIB A; 2E1N A; 1HF0 A; 3H3U A; 1P9Q C; 4YRV A; 3JCU C; 4OWR B; 3FXR A; 2V26 A; 4J01 A; 4KDP A; 1MMN A; 3LL7 A; 3HXL A; 3VOD A; 1QVU A; 1FMV A; 1TP4 A; 4BHB A; 3V4G A; 3A01 B; 1EH7 A; 2RVC A; 4IHY A; 1XGN A; 5LEK A; 1PJR A; 4NB5 A; 2F2E A; 3CC4 I; 4N4N B; 1Z21 A; 3C7J A; 1XC5 A; 2JQ7 A; 1ZAO A; 5DM6 F; 1EV7 A; 4Z6Y A; 4B09 A; 1FY7 A; 3A0B C; 4BE1 A; 1HKQ A; 2Y69 H; 5H2F C; 2DT7 B; 1YIJ I; 1U8R A; 3RTR A; 5E3L A; 2EH3 A; 4DZP A; 4HYE A; 2VPR A; 5EEG A; 2GIV A; 1EH8 A; 1MBK A; 4U0V A; 2R5Y B; 2L7F P; 2M7A A; 1ZYR F; 3SXY A; 5E18 F; 3SEZ A; 3QWL A; 1SAX A; 2LTP A; 1MGT A; 1WJC A; 2X0L A; 3O3K A; 4FX4 A; 3HOV J; 2FQ4 A; 1J5Y A; 3VWB A; 3V7R A; 3WHC A; 1SFO J; 3ZQC A; 3IH3 A; 2D5V A; 1SFX A; 4A69 C; 2PQ8 A; 4HG2 A; 2HVQ A; 3G6E I; 2IS4 A; 3NRV A; 2YSR A; 5H6R A; 3ZP5 A; 1O3Q A; 3ISP A; 2NXN B; 4DJA A; 1ITY A; 4XKB A; 5M3M J; 4F91 B; 5DS9 A; 3BZK A; 3OIQ A; 2UXX A; 3AL0 B; 5KHD A; 5DYM A; 2IEK A; 2MYS A; 1WH5 A; 2Y0S A; 3OOP A; 1A35 A; 1OFC X; 2KIF A; 2BV6 A; 4IQJ A; 4U0W A; 2L9R A; 1T6S A; 4IVN A; 4XOT A; 4F92 B; 5CLS A; 1TQP A; 1HOM A; 1SVL A; 2P7C B; 1WJE A; 1P7J A; 1MMG A; 3PIP F; 1KYZ A; 3PIO F; 3H5N A; 3CJQ B; 5HNF A; 1XPX A; 4QIW N; 4E7S A; 1FC3 A; 3NAU A; 2FOK A; 2HKO A; 2X48 A; 3FXO A; 5LHG A; 4EEF G; 1G4D A; 3P5J A; 4BE0 A; 1TTY A; 1LQ1 A; 2OBP A; 2DA6 A; 2XAG A; 2OQG A; 4MEX F; 2ZFW A; 4ENM A; 1BR2 A; 3IWF A; 2HQR A; 4HDU A; 1NK2 P; 3QQA A; 1EH6 A; 1P2F A; 3AG1 H; 2XHK A; 9ANT A; 2L4A A; 3U1K A; 1YX5 A; 4HNU A; 3PNT A; 5GTH C; 1FOY A; 3M1E A; 4CDG A; 3HGG A; 1X2M A; 2COM A; 5JVT A; 4BY7 J; 3KIO A; 2ECC A; 3BDD A; 2E1M C; 2E5N A; 5KK1 A; 2FUG 2; 2GM4 A; 2ZME C; 3FXU A; 1BL0 A; 2LSO A; 5FRM A; 1GLN A; 3HTU A; 2NNY A; 2HYF A; 4QWQ A; 4V2G A; 1G3T A; 1GUU A; 3BY6 A; 5M5Y J; 1I27 A; 5LLQ A; 2QKM B; 4ZDP A; 3OY9 A; 2E19 A; 3CC7 I; 4FX0 A; 2STT A; 2K3P A; 4PGH A; 1TNS A; 2XRO A; 3KPH A; 1I50 J; 2MH2 A; 3OYN A; 1X4P A; 2HFH A; 4QPQ A; 1WVR A; 4CO8 A; 2EA2 A; 2AO9 A; 1HKS A; 5M3F J; 1MNE A; 3PNY A; 3OIO A; 2IGO A; 1QZZ A; 3RPU A; 2LVS A; 1LFB A; 2HZD A; 3BPV A; 1BI0 A; 2LF8 A; 4YFN F; 5F6F A; 3OYK A; 2EFQ A; 1CQT A; 1SVM A; 2V9P A; 1Y1V J; 1L3L A; 2K40 A; 1FX7 A; 3BG5 A; 2BGC A; 5AIP A; 4N9H A; 1N25 A; 2XF6 A; 2CUJ A; 2BY3 A; 4MTE A; 3OL3 A; 2BY2 A; 5FLM J; 3KP2 A; 3HRS A; 1BN5 A; 2NS7 A; 2I5U A; 4Y7N J; 2XSD C; 2HDD A; 2WAQ N; 4Q4Z F; 1Z7L A; 2IBD A; 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