The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
75
|
structure length |
75
|
Chain Sequence |
YQTAPFDSRFPNQNQTRNCWQNYLDFHRCEKAMTAKGGDVSVCEWYRRVYKSLCPISWVSTWDDRRAEGTFPGKI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Redox-coupled crystal structural changes in bovine heart cytochrome c oxidase.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
CYTOCHROME C OXIDASE
|
| molecule tags |
Oxidoreductase
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| total genus |
24
|
| structure length |
75
|
| sequence length |
75
|
| chains with identical sequence |
U
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1998-07-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| H | PF02297 | COX6B | Cytochrome oxidase c subunit VIb |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Cytochrome c oxidase, subunit VIb |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3ABL H; 2EIK H; 1OCZ H; 5B3S H; 2DYS H; 3AG3 H; 3AG2 H; 2DYR H; 3AG4 H; 2EIM H; 1OCO H; 1V55 H; 5B1A H; 3ABM H; 5IY5 H; 1OCR H; 3AG1 H; 2ZXW H; 3ABK H; 2Y69 H; 2EIJ H; 5B1B H; 3ASO H; 3X2Q H; 2EIN H; 1OCC H; 1V54 H; 3WG7 H; 2OCC H; 2EIL H; 3ASN H; #chains in the Genus database with same CATH topology 4ZDL A; 2FU4 A; 1KU9 A; 3WTZ A; 2WB1 A; 1LE8 B; 1V5E A; 3D5S C; 4G6T B; 2L9V A; 5EYR A; 4J19 A; 5HDN A; 1WZ2 A; 4BQO A; 3TED A; 4PDK A; 4I09 A; 4G7H F; 1BW6 A; 3G6E I; 2ME6 A; 2VKE A; 4ESB A; 1TP4 A; 3DWL E; 2EJR A; 2P6T A; 1ETW A; 2VQH A; 2ISY A; 1HSJ A; 2VC1 A; 2GA2 A; 4EV0 A; 5LGT A; 4LOC A; 3RKQ A; 3W6K B; 3DCF A; 4E7I A; 2E5Z A; 2IS1 A; 2VI6 A; 3FIS A; 2OD5 A; 1LDJ A; 4MTD A; 1ULY A; 1XDS A; 1XN7 A; 3BP8 A; 4A3K J; 4C3I J; 5HLT A; 1A35 A; 4L9T A; 2CSO A; 1MSE C; 1R1V A; 2CH0 A; 2E1N A; 5GP9 A; 1GV5 A; 2WAE A; 2HQN A; 3K1N A; 4Q4Z F; 3IC7 A; 4E7J A; 2OTJ I; 1QPM A; 3JTG A; 3PQJ A; 1ORK A; 4KN4 X; 4XKC A; 4OIQ F; 3AFH A; 2WWY A; 1Y1V J; 4YFX F; 2COM A; 4N4O B; 5D6E A; 4MNU A; 1XPX A; 1WSU A; 3TBI A; 2DDA A; 1MNM C; 2L2O A; 1SFE A; 2EB7 A; 3J80 K; 2AQE A; 2QCO A; 3CMY A; 1Z21 A; 2HOS A; 2K3P A; 4YEJ A; 3MKZ A; 5IPA A; 3S1R J; 2TRT A; 2KIQ A; 5LHI A; 1Z6T A; 1WHU A; 3WE2 A; 3CCV I; 1L3L A; 3LNQ A; 4XLC A; 1G3Y A; 3WU2 C; 4AIH A; 4U88 A; 4G6D A; 2KIF A; 1MMD A; 3JRA A; 2R7X A; 3K1M A; 1OMI A; 2NAZ A; 1AWC A; 5DD8 A; 3CJR B; 3IAS 2; 4A2U A; 3T8T A; 5DM6 F; 5K5R A; 2L02 A; 5ILV A; 2BOL A; 4Z2Y A; 4OAY A; 2GIZ A; 1UB9 A; 2KIU A; 1XTA A; 3G1L A; 1CQT A; 3DU6 A; 2PFB A; 4ZYG A; 1JHF A; 2E2I J; 3J7Y J; 3L2V A; 1SVM A; 1T8I A; 1R5H A; 4LIV A; 2XB5 A; 4ZZL A; 2B7E A; 4EJU A; 2X6W A; 1E0E A; 1YRN A; 1RKT A; 5FFX A; 3N05 A; 3OSF A; 3Q9V A; 1J59 A; 1ZR2 A; 3GME A; 3F6V A; 3TP3 A; 3LSM A; 3MZY A; 1D8K A; 3K10 A; 4A3F J; 1BC7 C; 2W85 A; 2NVQ J; 3SJM A; 2DA4 A; 4EM0 B; 1J0R A; 3FBI B; 3S32 A; 4EQQ A; 2FX0 A; 4PFO A; 4BBS J; 1JKR C; 2IBD A; 5CYV A; 2VKD A; 3RYR A; 1XD7 A; 1ERD A; 3NEU A; 5A2Q Z; 3GUD A; 1D1C A; 3OL3 A; 4UUV A; 2QVO A; 3KP2 A; 4FE4 A; 4UB6 C; 4GRI A; 4B4C A; 2LF8 A; 3V7R A; 4UV8 A; 1UHW A; 2EK5 A; 3IL2 A; 3WTS C; 5F64 A; 4A5N A; 1LE8 A; 1HST A; 2QLZ A; 3H3U A; 3HIF A; 2OAZ A; 2L7M P; 5LRR A; 1AU7 A; 3J81 K; 1KQ0 A; 1MKM A; 3JRD A; 1G2H A; 2ZXI A; 4RBO A; 1IC8 A; 4PSW A; 2DMP A; 4YIR X; 2DA7 A; 2RRE A; 3FXM A; 3OV8 A; 1MBH A; 1MND A; 3TGN A; 3BWG A; 2PMZ A; 1RR7 A; 2D2W A; 1TTY A; 2HTS A; 2ZBK A; 2A5W A; 3CJQ B; 3BZK A; 2CW8 A; 2MBF A; 4MFE A; 1TQI A; 2DQL A; 2E36 A; 2KQR A; 3OYF A; 3MQ0 A; 2CRG A; 4M3E A; 3VSK A; 5M5Y J; 1EA3 A; 2ZME C; 2V1D A; 1O3T A; 3ZMZ A; 3GFI A; 4ANJ A; 4DYC A; 2VN2 A; 2QGU A; 3DQV C; 3Q3S A; 1J2X A; 2DOF A; 1I39 A; 2LF7 A; 1V54 H; 1ZEL A; 2Z33 A; 1RUO A; 3SZT A; 5ICC A; 4DGW B; 3LSR A; 2CUJ A; 3LST A; 1IUY A; 1TZL A; 2L7F P; 3F8F A; 3R61 A; 4RS8 A; 1LVK A; 3CCL I; 2H6C A; 2LBF B; 2Z1D A; 3QPH A; 3CCE I; 2JRT A; 1WJF A; 2Z9O A; 4UXN A; 2EIM H; 1OCO H; 2FMY A; 5J4V A; 4RGR A; 4RAF A; 3R0A A; 2PX9 A; 2R0Q C; 3CC2 I; 2Y69 H; 2EIJ H; 3IV5 A; 5H2F C; 4NC6 A; 4PJN A; 4HF2 A; 4F91 B; 1J75 A; 3E5X A; 4Q47 A; 1Z3X A; 5H6R A; 5GPC A; 1YLF A; 2LRD A; 4AC0 A; 4HOB A; 2W48 A; 2DOE A; 3B02 A; 5CLS A; 1TL8 A; 2W7N A; 4B44 A; 1I3Q J; 1B9N A; 1RPW A; 4FHT A; 1J5Y A; 2R7Q A; 1YW7 A; 3K4C A; 4JBA A; 5CJ9 A; 3BG5 A; 2XF7 A; 1R00 A; 1FOK A; 2UWM A; 2R92 J; 2IA2 A; 4ZZD A; 1JE8 A; 4L0Y B; 2K9Q A; 3BTC A; 2FF4 A; 3SZP A; 3F6O A; 3RDI A; 4EMS A; 3JRI A; 3ERE D; 4UUS B; 1A04 A; 3H36 A; 5D5V B; 3GX4 X; 3ZMU A; 2XAG A; 3ERM A; 3KFW X; 2R5Z B; 1ITY A; 1H88 C; 4G12 A; 1ZGA A; 2VT3 A; 1LUJ B; 2JQ7 A; 2P7C B; 1MJB A; 3FMS A; 5HLG A; 5FKM A; 3V4G A; 3KLN A; 2JRM A; 3WTT C; 2KT0 A; 4ZDO A; 1Z3Y A; 2BV6 A; 2K4B A; 1V5G A; 4PCQ A; 2L7Z A; 3FXO A; 1QBJ A; 1UG2 A; 5FO5 A; 1GVD A; 5FKK A; 3ECO A; 3QYB A; 1S7O A; 5IOZ A; 1R36 A; 5J40 A; 3PM1 A; 3CO7 C; 1NK3 P; 3CC4 I; 2LD5 A; 2BHZ A; 2DJI A; 1OCZ H; 1QZE A; 1WGX A; 1IAW A; 2F48 A; 3S17 J; 1MJ9 A; 3I55 I; 3BRO A; 2D1V A; 3C18 A; 1DPU A; 4I99 C; 3BG7 A; 2OUM A; 1MJA A; 4OIO F; 3BDD A; 1HDP A; 1R5G A; 3KZY A; 2BHY A; 5JLX A; 3TO9 A; 1E3H A; 5K5O A; 4CCK A; 4MIM A; 4HPQ A; 4K2E A; 1N75 A; 4BEH B; 2LR8 A; 1K78 B; 3RKX A; 3K70 D; 1PUE E; 2LY1 A; 1VQ5 I; 3FK7 A; 4M3B A; 4CIC A; 3E7L A; 2MSY A; 1OQY A; 2EFN A; 4A6D A; 1FSH A; 2IXS A; 1WFX A; 1ZLJ A; 3KP4 A; 2WAF A; 5BNG A; 1AA7 A; 4RAZ A; 1WJD A; 4O6J A; 1CF7 B; 1HA8 A; 2ZXH A; 4CA0 A; 4Z6Y A; 3HB9 A; 2VPL A; 5C3E J; 2LBF A; 3LL7 A; 3OYD A; 2JA2 A; 3LAP A; 3DPT A; 3PFY A; 2O61 A; 2QEN A; 3DF8 A; 1K7A A; 4R8H A; 1MMA A; 5KHD A; 1VFC A; 1TQP A; 3T1B A; 1LEA A; 2CQX A; 5JVG F; 4FAS D; 5HS7 A; 4ENJ A; 4HEA 2; 2Y9Z A; 2L54 A; 5IP9 J; 4IL6 C; 5C4J J; 3KZI C; 3PIO F; 3W2V A; 2BBY A; 4IZZ A; 1T98 A; 2CGP A; 2Z99 A; 1ON2 A; 2OZU A; 2BY1 A; 3M07 A; 1FOX A; 1DGR M; 4CH7 A; 4XIC A; 1ZRE A; 4QIW N; 2AHQ A; 3HTS B; 3FHN A; 2HDC A; 2GLO A; 1MIJ A; 1JTX A; 4EVI A; 6PAX A; 1GVJ A; 4M3G A; 2WBM A; 3RPU A; 4UVB A; 1NK2 P; 3PO3 J; 3VSL A; 1K4T A; 1UCR A; 1ZAO A; 1Z7U A; 4EM2 A; 3JRH A; 5DM7 F; 4LIT A; 2VB6 A; 1B1B A; 1F43 A; 4KN7 X; 1P4X A; 1VQ4 I; 4L5J A; 4UUS A; 3OYM A; 4E7H A; 1TW3 A; 4ZJZ A; 5EEG A; 2NS8 A; 4E7S A; 1E17 A; 2R5Z A; 2PJP A; 1IV6 A; 3LMM A; 3RQI A; 4C2T A; 4E70 A; 1TNS A; 1X58 A; 5F27 A; 1HQC A; 5EG0 B; 1FYM A; 4WF2 A; 2CUF A; 2KDO A; 3JRF A; 2KFD A; 2M9H A; 2CG4 A; 1WWX A; 3CTA A; 3WTX C; 4HQE A; 2RDP A; 3S3O A; 2R7O A; 2H6B A; 1HW1 A; 4UUT A; 2DN0 A; 2DA3 A; 4DIQ A; 2OQR A; 4IRG A; 3GEZ A; 3TMO A; 4IHT A; 4NUB A; 5FLX K; 4OAZ A; 1JKQ C; 3ELK A; 2KIS A; 3GVA A; 3HSF A; 4LK0 F; 4YEL A; 5F1R A; 5LRS A; 2NS7 A; 3QYF A; 5D8L B; 1PP8 F; 2GIV A; 5C44 J; 2JA7 J; 3D5R C; 5ERI A; 4IHS A; 1X19 A; 1QPI A; 3EUH C; 3HUG B; 2D1H A; 4XLE A; 1F1Z A; 3FK6 A; 4M6Y A; 1H9G A; 3ONQ A; 1BOB A; 4EAT A; 1H0M A; 1OCT C; 2V6E A; 4I2O A; 5EEA A; 4ZTF A; 2ZNY A; 3PSF A; 2BZT A; 2CFX A; 2QKM B; 4ON0 A; 1QHG A; 4BEH A; 2FBI A; 5JR3 A; 1K78 A; 3U9G A; 4NBQ A; 4EM1 A; 5J1Y A; 1OYY A; 4C30 A; 2KL4 A; 2BY0 A; 1BA5 A; 2O03 A; 2PJR B; 1ZG3 A; 1LDD A; 1P6R A; 5GAG J; 4MEX F; 1W0T A; 4IKF A; 1VQ8 I; 4XSZ F; 1X1C A; 3OOP A; 3A03 A; 2FML A; 3ABM H; 2E7X A; 3BOQ A; 3BR1 A; 1CF7 A; 3CDH A; 1R58 A; 1I50 J; 2LY9 A; 2M45 A; 4FIS A; 2RN7 A; 1KQ9 A; 3K2A A; 3OYJ A; 4IX7 A; 4OMZ A; 1FTZ A; 4QPO A; 1XC5 A; 1JUM A; 1ETO A; 2BXY A; 2BVL A; 4A5M A; 2MD0 A; 1IGN A; 2KPM A; 2ETH A; 4J00 A; 2V1X A; 2JK3 A; 1X3U A; 3PL8 A; 3U1D A; 1PP7 U; 1BIA A; 2W84 A; 5DS9 A; 2DYS H; 2VPR A; 2Y9Y A; 2CS3 A; 3AAF A; 2WAD A; 1FBU A; 1MBE A; 1IRX A; 2EQR A; 2LKP A; 3VB2 A; 5B1A H; 1OKR A; 1IN7 A; 2EFO A; 2RV8 A; 1T0F C; 3AG1 H; 3S14 J; 5GAD J; 4OWR B; 4PJM A; 1BN5 A; 2P4W A; 2RQQ A; 2R7D A; 5DTD A; 4HLX A; 2P0W A; 3WTY C; 3L2R A; 2L0K A; 1ZG5 A; 1HC8 A; 4YRV A; 2F4M B; 2R7F A; 2L5Q A; 4GXO A; 4CO8 A; 4IHW A; 2J5O A; 3IHU A; 4RDU A; 1XDU A; 3MZH A; 2KJB A; 1IJW C; 2F2E A; 3DU5 A; 1XGN A; 2EFP A; 5JHU A; 4IVN A; 4BQN A; 1CGP A; 1SMT A; 4EJO A; 2XUB A; 1Z7L A; 3WTW C; 2VBZ A; 1J09 A; 4PSX A; 1J9I A; 3EET A; 4ABZ A; 2DFH A; 2BYV E; 4PGG A; 3TDU C; 5L3B A; 2H09 A; 1KU7 A; 1KGS A; 1Z67 A; 2LLK A; 1YG2 A; 1Z1D A; 1YW8 A; 1T08 B; 5EG0 A; 2HDD A; 1KZH A; 1D5V A; 4CYD A; 3TDZ C; 2D5V A; 1RUN A; 5IT9 K; 1ZTR A; 2VBW A; 1SD6 A; 5E3O A; 3FMQ A; 1XCV A; 2L9N A; 4HST A; 2Z2S B; 3P9C A; 1RZ4 A; 1D1A A; 1WI3 A; 3CP8 A; 3S2H J; 3TO7 A; 4WK8 F; 4U0V A; 5ICG A; 2CYY A; 4PUS A; 4BL0 B; 4M73 A; 3OY9 A; 5H20 A; 3HUG A; 3ASO H; 4R1H A; 1Z91 A; 3HRT A; 4XM3 A; 4HX4 A; 3ISP A; 2YPR A; 2V1U A; 2OF7 A; 1T0F A; 4LLL A; 2E1M C; 3F22 A; 5BOX A; 3A02 A; 3CLQ A; 3W2A A; 1YS7 A; 4FCY A; 4I01 A; 4RB0 A; 2QSH X; 1IZ1 A; 4QSH A; 3OS0 A; 2Y75 A; 4XMY A; 1TWC J; 4CHU A; 3F8N A; 5ILS A; 2K9S A; 4IO9 F; 2O0Y A; 4GYG A; 5IY5 H; 1P7I A; 3HGG A; 5E3L A; 2W24 A; 4FT8 A; 1AHD P; 2KZV A; 1QHH D; 5B1B H; 3WTV C; 3DKX A; 2MFZ A; 1DU0 A; 3H35 A; 4IRI A; 2IRF G; 3WG7 H; 2MG4 A; 5AON A; 2VJJ A; 3GFJ A; 2HVQ A; 3C2H A; 2OZ6 A; 4DZP A; 4A3L J; 1O3Q A; 1VQN I; 3N97 A; 5LD2 C; 3RCO A; 3H9G A; 2XGE A; 2XPU A; 1BI2 A; 2QSG X; 1H9T A; 1LEB A; 2HGC A; 3SFI A; 4IQ4 A; 3MFK A; 2DMT A; 2JPB A; 2R7R A; 3EDP A; 3DV8 A; 1YFH A; 3PFI A; 2QYO A; 3JAM Z; 2WY7 Q; 4Y13 A; 3M4O J; 4XRS G; 4AVZ A; 4MGR A; 3WG9 A; 2AXL A; 3E6D A; 3OR2 C; 3M1C A; 5IYC J; 1SFU A; 3F8B A; 5GAH J; 5DDG A; 2XGD A; 4CCJ A; 3NAR A; 1VQ7 I; 2MAB A; 4XR6 A; 3IWZ A; 5BQT A; 3I56 I; 3HTU A; 2PI0 A; 4GCV A; 1LNW A; 2XRN A; 1IXR C; 2DA5 A; 4QPQ A; 1USS A; 2K86 A; 4IJA A; 1LB2 A; 1BL0 A; 3QOD A; 3ABT A; 1MMS A; 2E34 A; 3HKZ N; 2UXX A; 4UHT A; 2F6C A; 3H92 A; 1REP C; 3SZG A; 4LG3 A; 2VQG A; 4BJ6 C; 5F08 A; 2VL8 A; 1MNE A; 3HDD A; 2R7U A; 4B43 A; 3H9J A; 1BC8 C; 4WX9 A; 3GFL A; 1UJ8 A; 1BM9 A; 1U5T B; 1SD4 A; 1QRY A; 3H0G J; 5K7F A; 3BT9 A; 5B3S H; 1R23 A; 3DFG A; 4M72 A; 2ZCW A; 3KYL A; 1MDM B; 2HFH A; 2CO5 A; 2RGV A; 1ETY A; 5FRN A; 2ZSI B; 3HKZ A; 2Z5U A; 1FP1 D; 2P5K A; 4A93 J; 1K4S A; 5L3D A; 3N4M A; 2VLA A; 3UKG A; 2IT0 A; 3JTH A; 2YX7 A; 5J47 A; 2H27 A; 1MBK A; 4MLO A; 5J1R A; 2JT1 A; 4UB8 C; 2O5R A; 4DNC A; 4GGG A; 2LP0 A; 3MCZ A; 3QAH A; 1T2K A; 2A5Y B; 5E3M A; 4ESJ A; 2YU9 J; 4AUX A; 4XOP A; 2XAU A; 1YX5 A; 3TOB A; 4XON A; 2Y31 A; 4ZYA A; 1G59 A; 3PNT A; 5E1W A; 2NOJ B; 3U1K A; 5LFA A; 2P6S A; 3ML6 A; 1YQA A; 3K0L A; 3V42 A; 3EPZ A; 2ZJP F; 3QOP A; 2DCE A; 4L9N A; 2DK8 A; 1KON A; 4DW6 A; 4U7D A; 1DGW Y; 1XSD A; 2X6X A; 2DT7 B; 2ZFW A; 2XRL A; 3SHF A; 4RAY A; 4HW0 A; 4KIT B; 3PQK A; 1VQP I; 4D9J A; 2JTV A; 3A0H C; 3BLY A; 1T39 A; 3T8R A; 4AYB N; 3F0C A; 2OC6 A; 1YYV A; 3MWM A; 2MD5 A; 1JKO C; 4A3C J; 4D0P A; 3CCQ I; 3FXQ A; 2M87 A; 2F4I A; 4KT6 A; 3JRB A; 1NG7 A; 2IVM A; 1MMN A; 4XRS A; 3ZR8 X; 3DTI A; 2DOA A; 3BQY A; 1UFM A; 2IS4 A; 2L4A A; 2QQ8 A; 1FNN A; 1GUU A; 2WV0 A; 4C3H J; 2O9L A; 1FTT A; 4BQQ A; 2A6T A; 2J5P A; 1YIJ I; 1S72 I; 3I4M J; 4Y4R A; 3MKY B; 4M74 A; 1Z0X A; 3KEQ A; 4XLF A; 4FTH A; 5CPR B; 3K4N A; 3KE2 A; 2K9L A; 3GLX A; 3JCU C; 4S04 A; 2HQ5 A; 3BG3 A; 4KMU X; 4D1Q A; 4B3X A; 4EJT A; 4KIB A; 1ETK A; 3GO5 A; 4M9S A; 4KMF A; 2LFB A; 5CKT A; 2HVS A; 3GTG J; 2X0L A; 4HV5 A; 4KJZ A; 3WGG A; 2H8W A; 1I6X A; 2VJI A; 3VYS B; 2DFE A; 2F5V A; 2DI3 A; 1XB4 A; 4FX0 A; 5FGM A; 5L3C A; 1WQ2 A; 3KP7 A; 2LKX A; 1MZB A; 3M8F A; 3VDX A; 3CJN A; 5BS6 A; 2CU7 A; 2XIG A; 1KA8 A; 4U0W A; 2FBH A; 1PJR A; 4DZJ A; 3IRR A; 1U5T A; 4GO1 A; 1HF0 A; 2B9S A; 4AU7 A; 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