The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
|
sequence length |
67
|
structure length |
67
|
Chain Sequence |
KTPPAAVLLKKAAGIESGSGEPNRNKVATIKRDKVREIAELKMPDLNAASIEAAMRMIEGTARSMGI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a conserved ribosomal protein-RNA complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
58 NUCLEOTIDE RIBOSOMAL RNA DOMAIN
|
| molecule tags |
Ribosome
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| source organism |
Geobacillus stearothermophilus
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| total genus |
16
|
| structure length |
67
|
| sequence length |
67
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1999-04-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Ribosomal protein L11, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5DM6 F; 1VQP I; 1VQM I; 1VQK I; 1VQN I; 3I55 I; 3DLL F; 1QA6 A; 3J7Y J; 4V19 K; 4IOA F; 3CCL I; 3CF5 F; 4UY8 I; 2ZJQ F; 2E36 A; 1YJW I; 1VQO I; 2OTJ I; 2QEX I; 3J7Z I; 2FOW A; 3G4S I; 5GAH J; 1YIJ I; 4IO9 F; 5DM7 F; 1HC8 A; 3CME I; 2QA4 I; 2OTL I; 1ACI A; 1VQL I; 3CCU I; 3CCQ I; 1FOX A; 2K3F A; 3CC7 I; 3G71 I; 1VQ9 I; 1VQ6 I; 5GAE J; 3CCS I; 3G6E I; 5GAG J; 3CC2 I; 1YIT I; 1FOY A; 1FOW A; 3PIO F; 3I56 I; 1YI2 I; 3CD6 I; 2H8W A; 2E35 A; 1MMS A; 3PIP F; 3CJT B; 1VQ7 I; 2JQ7 A; 3CCJ I; 1YJ9 I; 1YJN I; 3CMA I; 2NXN B; 5JVG F; 1S72 I; 2ZJP F; 1Y39 A; 4IOC F; 1YHQ I; 2ZJR F; 3CC4 I; 3CCM I; 5GAD J; 3CCV I; 1VQ4 I; 1VQ5 I; 1VQ8 I; 2E34 A; 3CCR I; 3CCE I; #chains in the Genus database with same CATH topology 3K4K A; 4PGH A; 2W48 A; 2ICW G; 2HOS A; 3K9T A; 2A6H F; 3ZQQ A; 2DA4 A; 3FX3 A; 4LJZ F; 5H6R A; 4DYC A; 3CES A; 1SVO A; 2XGD A; 2Q2E A; 2FQ4 A; 2JT1 A; 4BL0 B; 2JA8 J; 1YQA A; 1JTY A; 1A35 A; 3COA C; 1TWA J; 4HG2 A; 3F6V A; 2BW3 A; 5TJJ A; 3WGG A; 4U88 A; 4IRI A; 1SC7 A; 1WJA A; 1O3S A; 1YW7 A; 3RYR A; 4NUB A; 2C6Y A; 1T33 A; 3HDD A; 3KYD B; 3EET A; 3CZ6 A; 4L5J A; 5GAH J; 2KFD A; 1RI7 A; 1MJ9 A; 2EWN A; 4Q5S F; 1LKX A; 3KEO A; 2EV0 A; 3NAR A; 3I4M J; 2ISZ A; 1OCT C; 5ILU A; 1YG2 A; 1Y8R B; 3BCA A; 1FYK A; 1H89 C; 3HPH A; 2YU9 J; 5K7Z A; 3P9I A; 4KA4 A; 2HQN A; 5CQG A; 5GAE J; 4KIB A; 1CGP A; 1Y8Q B; 2XRO A; 3W2A A; 2ZFU A; 4UUV A; 2NYX A; 4WK8 F; 2EFN A; 4EJW A; 1IN6 A; 3LSP A; 1OCR H; 4KN7 X; 4FAS D; 3AL0 C; 5D6E A; 3G3Z A; 3EUH C; 4S04 A; 5IT9 Z; 1ERD A; 3QOE A; 4QPQ A; 4IZZ A; 2A6T A; 3BG9 A; 2IS6 A; 4I2O A; 2R7D A; 5IP6 A; 5E8G A; 3CD6 I; 3F21 A; 1Z0X A; 3FHZ A; 2VKH A; 3CDH A; 2VJ4 A; 2LKX A; 4EJT A; 2E35 A; 2HKO A; 2R0Q C; 2DAO A; 3HTU A; 2V9P A; 3F23 A; 4M3B A; 1U8B A; 2X51 A; 3SDG A; 1R6R A; 4EM0 B; 4J19 A; 2YUS A; 3DFG A; 4NHJ A; 4BAY A; 2HVQ A; 4ON0 A; 3A02 A; 1K4T A; 3CLQ A; 1APL C; 2R5Z A; 2EIK H; 3H0G J; 3MKW B; 4G12 A; 5FJ8 J; 1XSD A; 1STZ A; 1DQU A; 1SFO J; 4HOB A; 2DA1 A; 3H1C A; 3HIF A; 3E3V A; 4JK1 X; 4D5F A; 3S1M J; 2IVM A; 1X3W B; 3BQY A; 2V1X A; 5LGT A; 2DFH A; 2Y0M A; 5GAD J; 2FX0 A; 2VXZ A; 1Q1V A; 1W5T A; 1VND A; 4B8X A; 3HRU A; 4R8H A; 3T8R A; 2LRD A; 3VDX A; 5ILS A; 1KA8 A; 1T39 A; 1UZC A; 1Z91 A; 2KKO A; 3FXQ A; 4WXC A; 4EM2 A; 3C2B A; 4N4O B; 1TBX A; 2B9S A; 4M72 A; 3FM5 A; 2P5L C; 3ZQH A; 4IOA F; 4KIF A; 4AYB N; 1G8X A; 1TNS A; 4MQ9 F; 5L3E A; 1NH3 A; 1K6O A; 1SVL A; 2CUZ A; 4E4H A; 5IP7 J; 2QSG X; 2M7B A; 3B6A A; 2BY0 A; 2M4G A; 2QKL B; 2H94 A; 4MLO A; 2IGN A; 1SAU A; 3B6C A; 1VQO I; 4G7Z F; 2ACJ A; 5F08 A; 4BU2 A; 2KRH A; 1S6L A; 2VLA A; 3CO6 C; 1BBY A; 4HDU A; 3G2B A; 5B1B H; 2R5Z B; 1LPQ A; 3PJR A; 3BTI A; 2NS0 A; 4B09 A; 1XGM A; 1QVT A; 1Z21 A; 3BG6 A; 3HRT A; 3LSG A; 3MAJ A; 2M2E A; 3HSR A; 5EZG A; 1O3Q A; 4XN3 A; 4CYC A; 4A3C J; 5L3G A; 1P4X A; 1LB2 A; 1J2X A; 6PAX A; 1QPM A; 1RR7 A; 2UUZ A; 5DDG A; 1ONV A; 2BZT A; 1YW8 A; 2OAZ A; 4A3E J; 4GYI A; 2O61 A; 1CF7 A; 3RJP A; 1ON2 A; 3ABK H; 1R1T A; 3NQO A; 4OIP F; 1IDY A; 4AIK A; 3HOT A; 2K9S A; 2XPW A; 2OU2 A; 2JUG A; 4Y7N J; 2R7R A; 2P4W A; 5EF6 A; 1D8J A; 2CWE A; 3WG7 H; 3DEW A; 1X3U A; 4W1U A; 5K5O A; 1I6H J; 3UNG C; 4A0Y A; 3GW2 A; 2DA6 A; 2CW8 A; 4U0W A; 2Y9Y A; 3K69 A; 3HOZ J; 1OCO H; 1ODD A; 1S5L C; 2FSW A; 2W25 A; 1MBG A; 4NNJ A; 5B1A H; 1HKS A; 3I54 A; 3VYS B; 1TWF J; 2NAZ A; 1K78 A; 1WH7 A; 3CJT B; 4B1R A; 4UVB A; 4LMY A; 1L0O C; 1SFX A; 1FBQ A; 2DYR H; 3JRH A; 3GYH X; 3C18 A; 3R60 A; 2JQ7 A; 4BE1 A; 3TO6 A; 4YIR X; 1P2F A; 3KET A; 3IV5 A; 5BPD A; 5FLX K; 1TP4 A; 2DOA A; 2QKM B; 1XB4 A; 4AWX B; 3DTI A; 2HVS A; 1JGS A; 5F0H A; 5IT3 A; 3DPT A; 5F04 A; 3V4G A; 4A3G J; 3KLO A; 4OIQ F; 5ICF A; 1EH7 A; 1OYY A; 3H9Q A; 1N75 A; 3HOW J; 4QTR A; 2VKV A; 5HDG A; 1ZH5 A; 2DMN A; 1X1B A; 1TC3 C; 5JLX A; 5DM6 F; 1LEB A; 2A69 F; 3TP0 A; 1VQN I; 3G1M A; 5LGU A; 4UB8 C; 4DQ2 A; 1QA6 A; 2VOO A; 1W5S A; 3W2V A; 2KPM A; 5FKN A; 4YFN F; 4HDV A; 2R7S A; 1T56 A; 2ZSH B; 5FB2 A; 1Y1V J; 3IH3 A; 3PUB A; 2M8G X; 2WV0 A; 4XKV A; 2OCE A; 2F4O B; 4BS9 A; 3DBL B; 2M9H A; 1K78 B; 3PL8 A; 2YPR A; 1R58 A; 5CVR A; 1TWC J; 2VL8 A; 4OAZ A; 2AHQ A; 3TW6 A; 1NG7 A; 1ZRE A; 3LFU A; 4IHV A; 2VQH A; 2M5W A; 4KIT B; 1GV5 A; 4BXF A; 1YIJ I; 1G3T A; 3CF2 A; 3CDL A; 4MIM A; 2VOD A; 1P7J A; 4FE4 A; 5DM7 F; 4M73 A; 2XGE A; 3LST A; 1E3O C; 1MZB A; 3VPR A; 2MSY A; 2QUF A; 3WE3 A; 5FLX Z; 2GZW A; 2KIU A; 5GPA A; 2NOJ B; 3FK7 A; 1UEL B; 3L2Q A; 3Q0U A; 1HDD C; 3ABU A; 5EEG A; 2XAJ A; 2L5Q A; 2NNY A; 1REP C; 2WY7 Q; 4Y13 A; 2O8K A; 3VEP A; 5L3C A; 3VB2 A; 3ASO H; 1G3Y A; 2H1L A; 3ZMV A; 5C44 J; 4HQE A; 2VXD A; 3BTJ A; 3LA2 A; 1LVA A; 2CQQ A; 3JW4 A; 2XDV A; 2A5Y B; 1MGT A; 3CCY A; 5L3D A; 1IN7 A; 2JSC A; 1S7E A; 3IKT A; 1D1B A; 2E7W A; 2IP2 A; 3H92 A; 3S17 J; 3QWL A; 3MKY B; 3V7S A; 2UZK A; 1KYW A; 1F43 A; 3MD2 A; 3L2U A; 1GV2 A; 2HOA A; 2DK8 A; 3K70 D; 5LLQ A; 2HTJ A; 1DPU A; 3OYB A; 1F36 A; 2M45 A; 1FEX A; 1TQI A; 3SFI A; 1FPQ A; 2XRL A; 5D5W B; 1X1C A; 1MIJ A; 2CJJ A; 4A69 C; 1HKQ A; 4PDK A; 3EYI A; 4XLA A; 5KAF C; 1FZP B; 3QP6 A; 1DUX C; 4P1W A; 1Y39 A; 2E1O A; 1ZGJ A; 2GQQ A; 4RAG A; 4HAM A; 3ZXS A; 3ZMS A; 1YFH A; 2X6O A; 3T8T A; 3ML6 A; 5JHU A; 2GM4 A; 4FIS A; 3TO7 A; 1IZ1 A; 4II2 A; 1MDM B; 2Q1Z B; 2W85 A; 2PBI A; 5D8K B; 1VQM I; 1ETQ A; 1BC7 C; 4A93 J; 2F2E A; 1R1U A; 2R7Z J; 2RV8 A; 1KGS A; 1H8A C; 2M4K A; 4OIR F; 2ELK A; 4IF4 A; 2EIM H; 1U9O A; 2X0L A; 2XV4 S; 4ZDP A; 3OYJ A; 1QVU A; 4ZDL A; 5HNF A; 4E7I A; 3WU2 C; 4ENJ A; 2EFO A; 1IO2 A; 2JRM A; 2WA0 A; 3K1P A; 2DOE A; 2GIZ A; 1BIB A; 3PNV A; 1TLH B; 1YJW I; 4E70 A; 2YU3 A; 1I3A A; 4YG2 F; 2IT0 A; 4LIV A; 1FLI A; 5FRN A; 3U1K A; 1I39 A; 1LEA A; 2BYV E; 2YS9 A; 3H5A A; 4S0H B; 2STW A; 2L9N A; 4D5C A; 3IWF A; 4IO9 F; 3QPS A; 3GTL J; 4QPO A; 4UUT A; 2MFZ A; 1FBS A; 1N25 A; 2DYS H; 1FC3 A; 3VWB A; 3H3Z A; 1WQ2 A; 4KIS A; 4G6D A; 2ME6 A; 2MG4 A; 1V5G A; 1R71 A; 3FKI J; 4X0G A; 1IJW C; 4PFO A; 1X1D A; 5FRO A; 4BAC A; 5DCM A; 5DV5 A; 4ZYE A; 4ZZL A; 3FMQ A; 2HFH A; 4KJZ A; 3DEU A; 2HQR A; 1XSX A; 2JPB A; 2OA4 A; 4NQW A; 2RNJ A; 3TL4 X; 1P4W A; 1TTY A; 4W97 A; 4CCO A; 1A36 A; 4ZYG A; 4XOT A; 2GXB A; 4KYW A; 2MLK A; 3QP5 A; 4M3D A; 1OYW A; 1EJ9 A; 4CA0 A; 1YS6 A; 3WTT C; 3W6K B; 3O6B B; 1OYI A; 1MH4 A; 3TW7 A; 3GLL A; 1KU2 A; 1ORK A; 3CQZ J; 3CLO A; 1JUS A; 1TQP A; 1DP3 A; 1JUM A; 2FEZ A; 2XIG A; 3RIR A; 3ROU A; 2V1N A; 5E18 F; 3VFZ A; 4U0Y A; 4RAY A; 4FHT A; 3PQJ A; 5HS8 A; 5E8I A; 2FU4 A; 1KZH A; 3VOD A; 4F7Z A; 2LD5 A; 4F91 B; 4RA2 A; 4XN0 A; 3H0D A; 2KRF A; 2JK3 A; 2DA7 A; 4RB3 C; 1NG6 A; 1P6R A; 4Q4Z F; 2JA6 J; 2DO7 A; 3ERM A; 4YIF A; 1F1Z A; 4QIW N; 3BPX A; 4RB1 A; 3TED A; 3MVP A; 2EIJ H; 3ECH A; 4KIC A; 3GTM J; 4Z6Y A; 4WF2 A; 5DCM B; 2LBF B; 2PI0 A; 4B4C A; 3CCV I; 4I09 A; 5LBQ A; 2Q0O A; 5FKM A; 2XAQ A; 4D9J A; 5KHD A; 1SEU A; 2EZH A; 2OC6 A; 1X58 A; 4NQW B; 4DW6 A; 1H9G A; 1IUF A; 2OD5 A; 4OU0 A; 3U21 A; 3KEQ A; 4WCG A; 1T8I A; 1G2H A; 2RN7 A; 3E6C C; 2XAG A; 4LK1 F; 3OYA A; 3IWZ A; 1B72 A; 2ZCW A; 3J7A O; 3A1Y A; 3BCB A; 4OMZ A; 2EIL H; 2X1E A; 1JJ8 C; 3BZ6 A; 1WHU A; 5F6F A; 1O3T A; 4A12 A; 1Y1W J; 3HKZ A; 4UUS A; 1E17 A; 1K83 J; 4LB5 A; 1WJF A; 1DPR A; 4N0B A; 1XS9 A; 2RRE A; 4MFD A; 3VSL A; 2DFE A; 2ESN A; 3LL7 A; 4CHU A; 3S1Q J; 1IG7 A; 3FKJ A; 3HBL A; 2D5V A; 5D4S A; 5D5X B; 2IS1 A; 5EZH A; 2Q8K A; 2HYG D; 1LQ1 A; 4RDU A; 1G3W A; 2F4M B; 2W82 A; 4OMY A; 2HWV A; 5CVJ A; 1LFB A; 4Y17 A; 2BXY A; 2DK5 A; 3RZD J; 4E7Z A; 2K9N A; 3FIW A; 2MD5 A; 5F64 A; 5LHI A; 3QOP A; 3QPH A; 4C3J J; 1ON1 A; 1FTT A; 4CH7 A; 4RGX A; 3RTR A; 1IW7 F; 2XGX A; 3RKW A; 3R6S A; 3IC7 A; 1QBJ A; 1YX3 A; 1FOX A; 4IHY A; 1SFU A; 3KYC B; 1IXR C; 3BG3 A; 4HF2 A; 2A6E F; 3K1M A; 3V7R A; 4AU7 A; 4PGG A; 2FA5 A; 4KMF A; 3TBI A; 3S3M A; 4E7L A; 1B72 B; 3GME A; 2K02 A; 1EA3 A; 1ZHF A; 1FOW A; 3WTU C; 1VFC A; 2LOO A; 2XF6 A; 5BNG A; 3M07 A; 3PNT A; 1MBE A; 4ITV A; 5B3S H; 2JVH A; 3HOS A; 1PDN C; 1OIS A; 1W7P B; 4HQM A; 4RB2 C; 4UUS B; 1RET A; 2NVY J; 2X6W A; 3MCZ A; 2HZT A; 2ZME A; 4IX7 A; 3TKY A; 2W84 A; 1MMS A; 4JBA A; 1TW2 A; 3PIP F; 3BG7 A; 3CUQ A; 5H6Q A; 2DJN A; 3DWL E; 3IRQ A; 1QNT A; 3C7J A; 4K2E A; 4BJ6 C; 3ZN1 A; 1EH6 A; 2VJJ A; 4ANJ A; 4XOR A; 4M6Y A; 2FQ3 A; 3FHN A; 3PQK A; 4XLN F; 3R61 A; 3Q0V A; 3ZMU A; 3HGY A; 2IGO A; 4BDZ A; 4A0X A; 4DOZ A; 2K85 A; 1ZG3 A; 3GVA A; 1QO0 D; 2FNA A; 4XQF A; 4I0B A; 2VPL A; 4E7K A; 4B43 A; 2WY8 Q; 2I8D A; 3A2K A; 1HDP A; 2JJ7 A; 1KU3 A; 2V4J C; 3DCF A; 1T6S A; 4XRF A; 1JXS A; 1OPC A; 1A6Q A; 3AG3 H; 3CO7 C; 1VQ8 I; 2QWW A; 5EEH A; 3CCE I; 3SYT A; 4YEL A; 2ADU A; 5CVI A; 3PFI A; 1GVD A; 3VYT B; 3HOX J; 4G7H F; 1EH8 A; 1MKM A; 4IHT A; 2GXG A; 5HLI A; 4CUG A; 3PO2 J; 2FXA A; 1X19 A; 3I55 I; 3FWE A; 1O7L A; 1P92 A; 4KFC A; 2MD0 A; 4BH9 A; 2PMU A; 3I64 A; 4JQF A; 1RR8 C; 3F8F A; 5LRR A; 5JR3 A; 1BI0 A; 2WTE A; 2ZME B; 3NEU A; 4YEJ A; 2B7E A; 4BHB A; 2ID6 A; 1ZLK A; 3E97 A; 4EVI A; 1UHM A; 4M6X A; 3CUQ B; 5M5X J; 2R7V A; 3M1E A; 1K61 A; 3RPU D; 2L9R A; 1SD5 A; 1ULY A; 5DEQ A; 3ZQL A; 4L0Z B; 3LSK A; 4F92 B; 5HNH A; 2QBY A; 4Q48 A; 1RIO H; 2ZO4 A; 2QA4 I; 2CH0 A; 2Y75 A; 4G94 A; 3OR1 C; 5HLG A; 3CCU I; 4I02 A; 3JSP A; 3F8M A; 3REO A; 3TOB A; 1T98 A; 4ZYD A; 5H2F C; 2RDP A; 4XLC A; 2CQN A; 1BJA A; 3BR1 A; 3FK6 A; 3BT9 A; 3W6J B; 2OCC H; 1BI3 A; 1YE9 A; 3R0J A; 4N4N B; 1YIO A; 2O5R A; 4H4K C; 4OOI A; 3G6E I; 1WI3 A; 1Y0U A; 4RBO A; 2R7U A; 1WH5 A; 5GAG J; 3CC2 I; 1KQ0 A; 1WKM A; 4PZJ A; 1QZY A; 2P6T A; 4PJL A; 3RSN A; 1B6A A; 2HXO A; 3L2R A; 2EFW A; 1RPW A; 5BPI A; 3DU6 A; 1YOV B; 1BL0 A; 1USS A; 1J7K A; 1BR2 A; 1FIA A; 4DNC A; 3M8J A; 2LYC A; 1SMT A; 2XGC A; 3GFJ A; 1XPX A; 4ESF A; 1S29 A; 3BLY A; 3BR3 A; 5KAI C; 2VBW A; 4PCQ A; 4CO8 A; 3E6D A; 2HOE A; 2KJB A; 2EZK A; 5LHG A; 4IHX A; 3ELK A; 2FBI A; 5IY5 H; 3BWG A; 4ZTJ A; 4V2F A; 2K40 A; 3HSF A; 4FE7 A; 2M0C A; 4P55 A; 1U2W A; 3GFI A; 2F5C A; 3FBI B; 5IYC J; 2O0Y A; 4U7B A; 1U0J A; 5BQT A; 4KDP A; 3FXK A; 3T1B A; 1YJN I; 2QBY B; 4II3 A; 5J1R A; 4L9N A; 5IOY A; 5F0F A; 3K4L A; 2Q2E B; 4IKF A; 1B59 A; 4PK4 A; 1V5F A; 2VBZ A; 5FLM J; 2GLO A; 1XGS A; 4MTE A; 2E5Z A; 3H9J A; 1MMN A; 2BW3 B; 5M5Y J; 1HXD A; 2KIQ A; 1VQ4 I; 3KCC A; 5D5V B; 3RZO J; 2Y69 H; 3QOD A; 2R7W A; 2H8R A; 4CCK A; 1RUO A; 2R5Y A; 1Y6I A; 4MQV A; 3K6G A; 4E7J A; 3QRF F; 4Y3O A; 4JX5 A; 3J80 K; 3OYF A; 3HB9 A; 1FT9 A; 1HW1 A; 2DN0 A; 3BDD A; 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