The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
113
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sequence length |
421
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structure length |
421
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Chain Sequence |
WAGNARLINLSGKLLGAHVAHAGLIVFWAGAMTLFELAHFIPEKPMYEQGLILIPHIATLGWGVGPGGEVVDTFPFFVVGVVHLISSAVLGFGGVYHAIRGPETLEEYSSFFGYDWKDKNKMTTILGFHLIVLGIGALLLVAKAMFFGGLYDTWAPGGGDVRVITNPTLDPRVIFGYLLKSPFGGEGWIVSVNNLEDVVGGHIWIGLICIAGGIWHILTTPFGWARRAFIWSGEAYLSYSLGALSMMGFIATCFVWFNNTVYPSEFYGPTGPEASQAQAMTFLIRDQKLGANVGSAQGPTGLGKYLMRSPTGEIIFGGETMRFWDFRGPWLEPLRGPNGLDLNKIKNDIQPWQERRAAEYMTHAPLGSLNSVGGVATEINSVNFVSPRSWLATSHFVLAFFFLVGHLWHAGRARAAAAGFE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Architecture of the Photosynthetic Oxygen-Evolving Center
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Photosystem Q(B) protein
|
| molecule tags |
Photosynthesis
|
| total genus |
113
|
| structure length |
421
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| sequence length |
421
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| chains with identical sequence |
c
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-01-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| C | PF00421 | PSII | Photosystem II protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | photosystem ii from thermosynechococcus elongatus |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3A0B C; 4IL6 C; 3KZI C; 5KAI C; 5B66 C; 2AXT C; 5GTH C; 3JCU C; 5H2F C; 4UB6 C; 5B5E C; 1S5L C; 4UB8 C; 5TIS C; 3WU2 C; 4PJ0 C; 5GTI C; 3A0H C; 5E79 C; 1W5C C; 5KAF C; #chains in the Genus database with same CATH topology 3QOD A; 3CCJ I; 4E70 A; 3HM5 A; 4DGW B; 5K5Q A; 3N4M A; 2ID6 A; 3KP3 A; 1B59 A; 3HOZ J; 1QHG A; 1G4D A; 2F4M B; 5LGT A; 4F92 B; 4EQQ A; 2WAE A; 1HDD C; 4OMZ A; 4LGW A; 2R5Z B; 2W7N A; 3JW4 A; 4Q47 A; 9ANT A; 3K1M A; 2HVR A; 4XOT A; 2VT2 A; 4LG0 A; 1S72 I; 1PUF B; 4U87 A; 3U1K A; 4D9J A; 2V79 A; 5H6R A; 2LC2 A; 2YR2 A; 3RSN A; 4IHV A; 3P9K A; 3M8F A; 2KLO A; 4AD9 A; 1RR7 A; 2XB0 X; 2F5E A; 1X3U A; 4RA2 A; 2XKO A; 4MO7 A; 2QQ9 A; 1GV5 A; 4CUG A; 4KIS A; 1LDK B; 2VQH A; 1I1G A; 4BE1 A; 3H9J A; 3SXY A; 2ME0 A; 1Z3Y A; 1WPK A; 5FKM A; 3K2Z A; 5ILV A; 2EH3 A; 1SFK A; 1ZRF A; 4YIF A; 4I0B A; 5HNF A; 2IS4 A; 1VQ6 I; 3DXJ F; 1XDS A; 4RLF A; 5KVR A; 3WTS C; 3JRH A; 3B73 A; 2D45 A; 2XF5 A; 1UHS A; 3RJP A; 3HHG A; 2DK8 A; 1Y56 A; 1W5S A; 2A68 F; 1BI3 A; 2OU2 A; 4LFU A; 1STZ A; 3FXU A; 3CCU I; 3TBI A; 4ZJZ A; 2IS1 A; 1MKM A; 2HQA A; 3RYR A; 1WHU A; 2ECB A; 3GVA A; 1H8A C; 4CHU A; 2VAS A; 3GLL A; 4RB0 A; 4M71 A; 1X4O A; 2QA4 I; 1QZY A; 4EM2 A; 2B63 J; 2VLA A; 4AYB A; 3E6B A; 4E7L A; 4A12 A; 4M3F A; 4FT8 A; 4U0W A; 3WGI A; 1P4W A; 1XCB A; 5A2Q K; 1X3Z B; 1G3T A; 3NEU A; 3NWT A; 3TMO A; 1QPI A; 1IF1 A; 2VB6 A; 3W2A A; 2M5W A; 2EIM H; 3SFZ A; 3HKZ N; 2BE5 F; 4ABZ A; 4QIW N; 3K69 A; 1YW8 A; 1JHF A; 3FBN B; 1B1B A; 3F8C A; 3OYA A; 1IRX A; 2VUM J; 2BVL A; 4HG2 A; 1T56 A; 1RC9 A; 3X2Q H; 2A5W A; 1LNW A; 2RV8 A; 3M8J A; 2GZW A; 5CYV A; 1CF7 B; 3GFI A; 2MLG A; 2O8X A; 3F0C A; 1PYV A; 1YQA A; 2DMQ A; 5CPR B; 5B1B H; 5AIP A; 2K02 A; 3ONQ A; 2GOX B; 3FM3 A; 1P7I A; 3HRM A; 2P6T A; 1EH8 A; 2K9N A; 5GTI C; 1G3S A; 1PDN C; 1Z7L A; 4KT5 C; 1LKX A; 2Q2E A; 5E18 F; 2HXI A; 2KQR A; 3I55 I; 1DP7 P; 2EIK H; 4CYD A; 5IPA A; 5M3F J; 3KE2 A; 1JUP A; 2MD5 A; 1O3S A; 2LMD A; 2JMW A; 5LRR A; 4OOI A; 4EM0 B; 2Q0O A; 3RYP A; 3KZZ A; 2K9S A; 2EV0 A; 1HKS A; 1LEB A; 4DJA A; 1S9H A; 2ZME A; 3S93 A; 4UUS B; 3N97 A; 1YIJ I; 1J0R A; 1MH4 A; 2V4J C; 2NRA C; 2CQK A; 1TW2 A; 1W36 C; 3L7W A; 3JSO A; 1BW6 A; 1BJA A; 2DQL A; 2DI3 A; 5CLS A; 3WU0 A; 1VZ0 A; 1O7F A; 2DMU A; 1KYW A; 3WTZ A; 3DP7 A; 5F0F A; 1YS6 A; 2EZK A; 2B9S A; 2L7F P; 1BC8 C; 5AON A; 3G4S I; 4Q4Z F; 3LWF A; 2LF8 A; 1VTN C; 3ELK A; 5LHI A; 2R7R A; 3G2B A; 2CG4 A; 3V4G A; 2KIS A; 2JA5 J; 5J1R A; 4WXC A; 3AAF A; 2YU9 J; 3BTL A; 4ENJ A; 1E3H A; 2E5N A; 1V5E A; 1RUO A; 1J7K A; 3VDX A; 2EA2 A; 1ZR4 A; 1VQL I; 4D5C A; 1LPQ A; 4J19 A; 2GAU A; 2RVC A; 2LY2 A; 1I27 A; 4XLP F; 3C18 A; 3NRV A; 3OYB A; 2LBF A; 3CO7 C; 5E3L A; 1DDN A; 1F43 A; 2W1O A; 3DFG A; 2DU9 A; 1GXP A; 1K78 B; 3HPG A; 3S1Q J; 2DT5 A; 3H36 A; 4XOR A; 4BUP A; 4BYY A; 4A3E J; 4C2U A; 2LK2 A; 3GEZ A; 3IWZ A; 2X51 A; 3PL8 A; 4OMY A; 1POG A; 3S8P A; 3MCZ A; 3D1N I; 3J7A Y; 3HOV J; 2JPC A; 1J75 A; 2OC6 A; 4P55 A; 5HLI A; 3M07 A; 2L9R A; 2VBZ A; 1RRJ A; 4ZYE A; 5JVT A; 1E0E A; 3GW2 A; 1XGM A; 1VQ4 I; 3WGH A; 1IZ1 A; 2ACJ A; 1WJ5 A; 2IGK A; 3ZQC A; 4ZTJ A; 5CQE A; 4BNC A; 2NYX A; 3C2H A; 4N0B A; 3I9V 2; 2Y9Y A; 5BS6 A; 3WTX C; 2MH9 A; 2XGX A; 4XID A; 3MKY B; 3KEO A; 2CUF A; 2L7Z A; 4YEL A; 3COA C; 1EJ9 A; 2K9M A; 2HQR A; 1T2K A; 3BPV A; 1AA7 A; 1U8B A; 1WFX A; 2HVQ A; 4Q5S F; 2W82 A; 4P96 A; 5FRN A; 3EUA A; 2CFO A; 3E97 A; 2FUG 2; 2H09 A; 2OCC H; 4Q48 A; 2L9N A; 3PIP F; 1Z21 A; 2XRO A; 4UVB A; 2PX9 A; 3T8R A; 1MJB A; 3BPX A; 5J6X A; 2K9Q A; 2E34 A; 5KK1 A; 2FD5 A; 2E2J J; 2FEZ A; 2M4G A; 2MFZ A; 3LSP A; 4H4K C; 1P9Q C; 1PP7 U; 4HLY A; 5JLW A; 4E7K A; 2EBI A; 3BG9 A; 3CDH A; 2M0M A; 4M3G A; 1EA3 A; 1HW2 A; 2FQ3 A; 5DCF A; 3EUK L; 3E5X A; 1JGG A; 3ULQ B; 4CH7 A; 5JVG F; 3CC2 I; 2FE3 A; 4LIU A; 4BHB A; 1EKE A; 1GV2 A; 1N25 A; 3FX3 A; 3FZV A; 4PFP A; 5ERI A; 4KIT B; 1ODD A; 4L9N A; 3L2V A; 4KIG A; 4B3A A; 2D1H A; 3S2W A; 3HHH A; 1DP3 A; 1OCO H; 3GCM A; 3A01 B; 2K5C A; 5D6F A; 2X6X A; 2IGN A; 5FGM A; 2XF6 A; 2HQN A; 2A6E F; 1Z7U A; 2FRH A; 2KT0 A; 5F04 A; 2JA7 J; 3CP8 A; 5BPI A; 2ZXH A; 3BCA A; 2K3P A; 1LJ9 A; 1YTY A; 1L0O C; 2NVQ J; 4Y13 A; 2E1C A; 5DM6 F; 1YO5 C; 3QP6 A; 5C4X J; 4MGR A; 3Q3S A; 2E19 A; 1YX3 A; 1UHW A; 3ASN H; 4ON0 A; 2LKX A; 4ZYH A; 2EV5 A; 4L0Z B; 4IRH A; 4XLF A; 1TWH J; 4BQN A; 4M3B A; 5L3C A; 4G8X A; 1U5T A; 5JR3 A; 2RKH A; 1MMS A; 5EG0 A; 4LB5 A; 5EGO A; 3TW7 A; 2H8R A; 1B9N A; 1OMI A; 4FHT A; 1TL8 A; 4DYC A; 3P5J A; 1T98 A; 1USS A; 2X1E A; 1A5J A; 1DPR A; 3FMR A; 1GHC A; 2M30 A; 3TQN A; 2E1O A; 4JP0 A; 3WHC A; 2H6B A; 3FXJ A; 4BGD A; 3KP4 A; 1LDD A; 2BEO A; 1OLT A; 1PJR A; 3GF2 A; 1K6O A; 4F55 A; 1MBF A; 3EDP A; 3E5Q A; 5L3D A; 2NNN A; 2AO9 A; 4ETS A; 2LF7 A; 4UNO A; 2BXY A; 4XQF A; 3CJT B; 4A0Y A; 3H3V K; 4RAY A; 1Z91 A; 3A0H C; 4CXF A; 4RB2 C; 4AU7 A; 4IO9 F; 1J9I A; 2X6Y A; 2HVS A; 1Q1V A; 3EQL F; 4G7H F; 1VQ5 I; 3BOQ A; 1Y1V J; 2Z9O A; 3JTH A; 4KN4 X; 5EYR A; 3OYC A; 1FMW A; 3L2C A; 2M4K A; 5LEJ A; 2JUC A; 3TO9 A; 1JJ8 C; 2W48 A; 1I39 A; 2DFF A; 4RAZ A; 1X1C A; 2QSH X; 1XTA A; 3WTW C; 3F22 A; 2KDO A; 2H1K A; 4A3C J; 1SAU A; 3E6C C; 2KHM A; 4HV6 A; 1H0M A; 2FQ4 A; 2VJJ A; 1PUF A; 4WXH A; 2XF7 A; 3HOX J; 2Z3Y A; 4PUS A; 3PQK A; 2O3F A; 1Z0X A; 5K7Z A; 3FMS A; 5D5U B; 3K1P A; 2D2W A; 3HRT A; 1GUU A; 1ZGA A; 5J3L A; 4NNJ A; 5DCM A; 3DEW A; 3H92 A; 2PEX A; 2VI6 A; 1IAW A; 2JTV A; 4BH9 A; 1OR7 C; 2LG4 A; 2A6H F; 5DV5 A; 4A0Z A; 2M1B A; 3G1M A; 4IPA A; 4QWQ A; 1AU7 A; 1KQ8 A; 1Q1H A; 4L9V A; 4XIC A; 3EYY A; 2CU7 A; 1MIJ A; 1RPW A; 2LRD A; 3RPU D; 2QEN A; 1WI3 A; 4EVI A; 1ETW A; 3A2K A; 1A04 A; 2ELK A; 3K6G A; 4RDU A; 1ERD A; 2J5O A; 1TWF J; 2BY3 A; 2JWT A; 2FU4 A; 2ZO4 A; 5CVV A; 2MLK A; 4BXF A; 4MLO A; 1FYK A; 5L3B A; 1Z77 A; 3MMY B; 2M7A A; 2EFW A; 2KIM A; 3TL4 X; 4M73 A; 1TWA J; 4XBF A; 2G7U A; 2QQ8 A; 4OIR F; 2KZG A; 4FQG A; 2ZFU A; 4CCM A; 3BTI A; 2HS5 A; 2M0C A; 1F1Z A; 4I09 A; 2M9H A; 2Z2S B; 3CCS I; 2QKM B; 1FIP A; 2LP0 A; 3K70 C; 1V55 H; 3I4M J; 2QWW A; 3IH4 A; 2FJ1 A; 2RQP A; 3KIO A; 1JTX A; 4ZYD A; 2WAQ A; 3IAS 2; 2IXS A; 2P6S A; 1R1V A; 4B47 A; 1SFX A; 5F0H A; 5ILU A; 1U78 A; 5HDG A; 2KP6 A; 2X9D A; 3KLO A; 2A05 A; 2HU9 A; 1JT0 A; 2O6G E; 1TBX A; 1IUY A; 4PJJ A; 4AYB N; 4CDG A; 1CF7 A; 4XKV A; 2JN6 A; 3WTT C; 2HQ5 A; 3AL0 B; 3OIP A; 5TRD A; 5EEA A; 5BPD A; 2KJB A; 2OF7 A; 2ISY A; 1MBJ A; 3JTG A; 3K4J A; 3GTP J; 3MN2 A; 3LQQ A; 5GAE J; 2P5V A; 4A3B J; 2TRT A; 2KL4 A; 3H3U A; 1S3J A; 2Z33 A; 4S04 A; 2E36 A; 4EV0 A; 3VSL A; 1O3Q A; 2KFD A; 2O0Y A; 3TW6 A; 3IH2 A; 2VOO A; 1ETK A; 3DKY A; 2WY8 Q; 3M9A A; 1YIT I; 2DA2 A; 3CP2 A; 4NUB A; 2CQN A; 5FO5 A; 4I01 A; 2JJ7 A; 3R61 A; 1ITY A; 2YPR A; 1OCC H; 5F1R A; 4UXN A; 2MYS A; 1SD5 A; 1W7P B; 2ZJP F; 5CKT A; 2EFN A; 2FA5 A; 4LLG F; 4J01 A; 1XS9 A; 2UZK A; 2CUE A; 4HLX A; 2H8W A; 2V9V A; 1RNL A; 1ZTR A; 1HXD A; 3FXM A; 1DQU A; 4BBR J; 1IGN A; 4LLN A; 3DLL F; 2GIZ A; 3BY6 A; 4GGG A; 4A3K J; 3BQY A; 3H1C A; 3PSI A; 3FMQ A; 3RTR A; 5F1J A; 1S5L C; 2L9V A; 3IKV A; 3BG6 A; 1EV7 A; 5BNG A; 1T38 A; 3OYK A; 2DN0 A; 3ZMU A; 3GTG J; 2DYS H; 1MMD A; 2DDA A; 1MBH A; 2HXO A; 1LEA A; 2HYJ A; 2A5Y B; 2IJL A; 2XAU A; 3PM1 A; 2BYV E; 1J2X A; 1R7J A; 2JPB A; 5E1Z B; 3ZQ7 A; 2VN2 A; 3S14 J; 5DD4 A; 2HKX A; 1ETO A; 3EYI A; 1KA8 A; 1BL0 A; 4D0P A; 3QQA A; 3WHB A; 3WOD F; 2OUM A; 2FNP A; 3ROU A; 2DJN A; 2XSJ C; 4A6D A; 2X6O A; 1VFC A; 1D8J A; 5ED4 A; 1BI1 A; 3H5N A; 4JK1 X; 1RIO H; 3EUH C; 2VC0 A; 4E7J A; 2MBF A; 5H20 A; 4AM3 A; 2VL8 A; 2JZY A; 2V1N A; 4C2M J; 4FTH A; 3I4P A; 1JKQ C; 4JBA A; 4I2O A; 1Z3X A; 3DBR B; 3HUG A; 4Z2Y A; 1ZG5 A; 5FRM A; 1ZAO A; 3KP6 A; 2OJE D; 5LLQ A; 1Z6T A; 1BOB A; 1LVK A; 2MAB A; 3CDI A; 5IYC J; 1YJ9 I; 4HST A; 1ZQ3 P; 2QQB A; 3CLQ A; 1BOA A; 3ERM A; 1X58 A; 1HCR A; 4A69 C; 5J4Y A; 2ZXJ A; 2M8G X; 1FMV A; 2DMP A; 2XV4 S; 3LSG A; 4DBR A; 1VQ9 I; 3IL2 A; 1X1B A; 1XSV A; 3IKT A; 3O2P E; 3ZMD A; 4EGZ A; 2R3S A; 4AVP A; 1MMN A; 1IN8 A; 2N8G A; 4E7H A; 4IHX A; 5DEQ A; 3ZMZ A; 1YRN B; 1T08 B; 4BEH B; 1UEL B; 1VF9 A; 3ZCO A; 1C0W A; 1MH3 A; 1LB2 A; 3OYD A; 1IC8 A; 3S16 J; 1BJZ A; 1O7L A; 2M87 A; 1REP C; 5AIQ A; 1UJ8 A; 1EH6 A; 1LE8 B; 4LK0 F; 5C44 J; 1YX5 A; 2PFB A; 4HF1 A; 2X85 A; 1VQM I; 2ZB9 A; 3KX2 A; 1TNS A; 2ICW G; 1ZH5 A; 3ZQL A; 1FBU A; 1MW7 A; 5DYM A; 2QQA A; 2X6W A; 3QPS A; 3FKI J; 3TP3 A; 1Z1D A; 4NBQ A; 4W1U A; 4HSR A; 2WB1 A; 4CA0 A; 2R7T A; 4BDY A; 5HLG A; 2EIN H; 2VXZ A; 2NNY A; 1WSU A; 3F21 A; 2JA8 J; 3KZI C; 4BAC A; 1G3W A; 3BR6 A; 1IN4 A; 1T6S A; 4E7Z A; 1DUX C; 3P7N A; 4NQW B; 4L5J A; 4E7I A; 1IRG A; 5GP9 A; 4EAT A; 1ZYR F; 5HS9 A; 1NH3 A; 1ZRE A; 2V6E A; 1XB4 A; 2XIG A; 3OL4 A; 3FHZ A; 3HTS B; 4GYG A; 3PIO F; 5J4V A; 3V7S A; 4KMF A; 3BLY A; 3RCO A; 4CCO A; 1YYV A; 3OS1 A; 2K7L A; 2W24 A; 4N4O B; 4CZC A; 5ICG A; 4BE2 A; 2D5V A; 2XAH A; 3F8B A; 2QBY A; 4GO1 A; 2XGD A; 1BIB A; 1JUS A; 4ZC3 A; 5JFR A; 1DGR M; 3E6D A; 3GTO J; 3FWE A; 4RGX A; 2DO7 A; 2HWV A; 5IOZ A; 2VE8 A; 3A0B C; 2BGC A; 2H27 A; 2DQR A; 4M74 A; 5LD2 C; 2ZXI A; 4M3D A; 4XRS G; 5F0C A; 3ZN0 A; 2BOL A; 1FC3 A; 3DU5 A; 4BY7 J; 3ABM H; 1KU3 A; 2IAI A; 1CGP A; 4MQ9 F; 2V9P A; 1V5F A; 3OWT A; 1NK2 P; 3OL3 A; 2BXZ A; 3U2R A; 4CCL A; 3H9Q A; 4HQE A; 3JRG A; 2DA7 A; 1H9G A; 1UFM A; 1JJ6 C; 2R7Q A; 4A6E A; 1SFU A; 2K4B A; 1LFU P; 1TZL A; 2YUS A; 4RM3 A; 3VOE A; 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