The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
87
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sequence length |
438
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structure length |
438
|
Chain Sequence |
IFATNRDQESSGFAWWAGNARLINLSGKLLGAHVAHAGLIVFWAGAMTLFELAHFIPEKPMYEQGLILIPHIATLGWGVGPGGEVVDTFPFFVVGVVHLISSAVLGFGGVYHAIRGPETLEEYSSFFGYDWKDKNKMTTILGFHLIVLGIGALLLVAKAMFFGGLYDTWAPGGGDVRVITNPTLDPRVIFGYLLKSPFGGEGWIVSVNNLEDVVGGHIWIGLICIAGGIWHILTTPFGWARRAFIWSGEAYLSYSLGALSMMGFIATCFVWFNNTVYPSEFYGPTGPEASQAQAMTFLIRDQKLGANVGSAQGPTGLGKYLMRSPTGEIIFGGETMRFWDFRGPWLEPLRGPNGLDLNKIKNDIQPWQERRAAEYMTHAPLGSLNSVGGVATEINSVNFVSPRSWLATSHFVLAFFFLVGHLWHAGRARAAAAGFEKG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of Cyanobacterial Photosystem II at 3.2 A Resolution: A Closer Look at the Mn- Cluster
rcsb |
| molecule keywords |
PHOTOSYSTEM Q(B) PROTEIN 1
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| molecule tags |
Photosynthesis
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| total genus |
87
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| structure length |
438
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| sequence length |
438
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| chains with identical sequence |
I
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-08-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| C | PF00421 | PSII | Photosystem II protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | photosystem ii from thermosynechococcus elongatus |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2AXT C; 5B5E C; 5KAI C; 4IL6 C; 3JCU C; 4UB6 C; 5E79 C; 1W5C C; 3WU2 C; 5H2F C; 3KZI C; 3A0B C; 5GTI C; 5TIS C; 5B66 C; 4UB8 C; 1S5L C; 5KAF C; 3A0H C; 4PJ0 C; 5GTH C; #chains in the Genus database with same CATH topology 3S3N A; 1LDD A; 4PJL A; 2ZBK A; 4BUP A; 3KP5 A; 1X2N A; 4RMN A; 4ZYA A; 4AD9 A; 1MNM C; 2DAO A; 2DFE A; 1QO0 D; 2M7B A; 3H9J A; 4IRG A; 2YPR A; 5IP9 J; 4S05 A; 4LLG F; 2L9R A; 2B7E A; 4AC0 A; 3CCJ I; 1KQ8 A; 2IRF G; 4BJ6 C; 4BXX J; 2DT6 A; 2B9S A; 4MEX F; 2VON A; 1TNT A; 2J5O A; 1DGR M; 3R61 A; 5AIP A; 4P96 A; 2QKM B; 3CUQ A; 1XPX A; 2YR2 A; 3RQI A; 2ZO4 A; 2M7A A; 4P55 A; 1WHU A; 3QPS A; 1E3H A; 3RYR A; 4F7Z A; 1VQO I; 2DN0 A; 2LLK A; 1ZGA A; 4FE7 A; 1HLV A; 4A3L J; 3F3X A; 3U21 A; 3BCA A; 1NK3 P; 3DKX A; 4ITV A; 2G0E A; 1QA6 A; 3WTW C; 1WVR A; 1IF1 A; 2X4H A; 3HXL A; 3WOD F; 2LK2 A; 4NNJ A; 3WGI A; 2VBX A; 3PM1 A; 5LGU A; 3JRE A; 3VOE A; 3RKX A; 4IKF A; 2ZJP F; 5E8I A; 5CLS A; 4WX9 A; 3N4M A; 1WH5 A; 3PIO F; 5K5R A; 1D0Y A; 5KAF C; 3FM5 A; 3HGG A; 5BOX A; 3J80 K; 2P4W A; 2LR8 A; 4XRS G; 1YW9 A; 2HKX A; 1AHD P; 3K4L A; 3ABL H; 2FMY A; 5LEJ A; 2O5R A; 4ENK A; 3TP0 A; 3K2A A; 1AA7 A; 2NNN A; 2M4G A; 1D0X A; 4RLF A; 1ZKG A; 4RGR A; 3ASN H; 3TKY A; 1B8I A; 3ZMS A; 5M3F J; 1S7E A; 2H8R A; 1UHW A; 3ZQ7 A; 3C2G A; 2YSR A; 4RGX A; 4N4O B; 1T33 A; 1D3Y A; 3CME I; 1D1A A; 2VL8 A; 4FX0 A; 4XSX F; 1XCB A; 4B3X A; 3HL2 A; 2R92 J; 3GW2 A; 3KZZ A; 4HPQ A; 2DA3 A; 1OQY A; 2AQE A; 5FKN A; 2DXI A; 1S8N A; 4LG3 A; 3GME A; 4M74 A; 5JVT A; 5ILV A; 4EJO A; 2VQH A; 4M3E A; 2CYY A; 2XPW A; 2ZXI A; 1I6H J; 2VJ5 A; 1D5Y A; 4XLE A; 4HF0 A; 1W5C C; 2HDW A; 1I27 A; 1J5Y A; 1VQ8 I; 2K3F A; 3ULQ B; 2LOO A; 1BI0 A; 2F5V A; 4A3J J; 1EA3 A; 2E35 A; 4MHG A; 3D5S C; 2QSF X; 5L3G A; 2PFB A; 3WTX C; 1OCO H; 2XAJ A; 3ZXS A; 2CV0 A; 1TWH J; 2O6G E; 2FEZ A; 1SFE A; 3A4C A; 2Q8K A; 5L3D A; 4NB5 A; 2DQL A; 2K40 A; 2E7W A; 2Z33 A; 3I0T A; 4XLH A; 4LG0 B; 3O6B B; 4AIJ A; 4RB0 A; 3KP2 A; 1I39 A; 4XN3 A; 3WU2 C; 2VOO A; 1Z91 A; 1F1Z A; 3L2U A; 5FLV A; 4AYB A; 2R7X A; 1DU6 A; 1FX7 A; 3WGH A; 3H1C A; 2L7Z A; 2Y75 A; 2JQ7 A; 3V42 A; 4X0G A; 1ONV A; 3MZH A; 3ZRG A; 1VQP I; 3V7C A; 5D6E A; 3RKY A; 4IOA F; 5J8C A; 2Q0O A; 5DV5 A; 2VE9 A; 2HOE A; 3BTL A; 2V9K A; 4IX7 A; 3LWF A; 1SFO J; 1MD0 A; 3ZN0 A; 3JRF A; 2HXO A; 3UR3 C; 4DOZ A; 4LLN A; 2R7Z J; 1P4W A; 3SEQ A; 1PP7 U; 4KIC A; 2O9L A; 3MN2 A; 3RI4 A; 4U0W A; 4M3F A; 1QBJ A; 2F4I A; 3JTH A; 2JPB A; 4BY7 J; 4OOI A; 2ME0 A; 5LRR A; 3JSP A; 3HHH A; 3W6V A; 3HUG B; 2P7C B; 2EIM H; 3J7A O; 1C0W A; 2VKV A; 4RA2 A; 3CC2 I; 3FBN B; 4HYE A; 2EIL H; 3OSF A; 5FLX K; 2QLZ A; 4KUM A; 2J5P A; 3ZQL A; 1T95 A; 2IGM A; 5EYR A; 3H35 A; 3K0L A; 1ZH5 A; 2FUG 2; 2LBF A; 5KK1 A; 2KMU A; 5HNF A; 4FE4 A; 1ZN2 A; 4PSX A; 1X3W B; 2NYX A; 2QQB A; 4AID A; 3L2R A; 3BR1 A; 3RKQ A; 2W1O A; 2WB1 A; 3MD2 A; 1UG2 A; 1B72 B; 3ZQH A; 4L9T A; 3DPU A; 2RNG A; 4ZH4 F; 1UAA A; 4AVZ A; 3HOU J; 3CCR I; 3LSH A; 2WV1 A; 1JXS A; 1IUF A; 2L5Q A; 3F6V A; 3JR9 A; 4NBQ A; 4XR6 A; 1FTZ A; 3IH4 A; 2M3A A; 3A1Y A; 3C2B A; 3RDI A; 2XF6 A; 5EGO B; 2R93 J; 3K4K A; 2LY9 A; 2EK5 A; 5DD8 A; 1ITY A; 4E70 A; 5EZG A; 5J1Y A; 1MJ9 A; 2D2W A; 2OTJ I; 4IHY A; 3WTU C; 3ZR8 X; 2RNJ A; 4V19 K; 1XMK A; 3G1M A; 2RKH A; 3AKZ A; 3JRH A; 1IZ1 A; 3KP3 A; 3DWL E; 5C44 J; 2XB5 A; 2Y0M A; 3L2C A; 1OR7 C; 2XAU A; 3M1E A; 3TW7 A; 2Y48 A; 2HDD A; 4TV7 A; 2P81 A; 3I55 I; 1ENH A; 4UV9 A; 5CVV A; 2KRC A; 2W48 A; 3K7A J; 5DD4 A; 2M9H A; 1OIS A; 3G1O A; 4A6D A; 5JFR A; 2R5Y A; 1U5T B; 1HBX G; 2JUC A; 3RZD J; 2R7S A; 3LSP A; 1B59 A; 3CP8 A; 1X1D A; 4E6K G; 4PUS A; 3MKZ A; 1LVK A; 2XRL A; 4AM3 A; 1V4R A; 2HVQ A; 5E79 C; 4FTH A; 2OU2 A; 3R0A A; 4IEJ A; 4WXD A; 4KJZ A; 2Y30 A; 1T08 B; 1UG0 A; 2GWR A; 5D6F A; 2WAQ A; 3CCM I; 2ZSH B; 1FZP B; 4EAT A; 2FNP A; 1B9N A; 2TRT A; 3DBH B; 4FIS A; 2L02 A; 2LRE A; 2A05 A; 1KGS A; 3H3V K; 1VTN C; 1YIT I; 2LG4 A; 3SQN A; 3TP3 A; 5DCM B; 3OYK A; 1QU3 A; 4IXA A; 4OIO F; 1MMD A; 3JRB A; 3G1L A; 2HQR A; 3REO A; 2FJ1 A; 3GTQ J; 1YOV B; 3MWM A; 1Z3Y A; 3PIP F; 4UY8 I; 1DGW Y; 1GV5 A; 3F23 A; 2C6Y A; 1TWA J; 3BJ6 A; 2LY1 A; 2R5Z B; 3BR3 A; 5EEH A; 1XTA A; 1ULY A; 2CU7 A; 2BGC A; 2MG4 A; 3ZMT A; 1GLN A; 5JHU A; 1JKP C; 5K1Y A; 1ZTR A; 2UUZ A; 1MBK A; 2LH9 A; 1WSU A; 4Y52 J; 2FXA A; 2H09 A; 2WB1 N; 4XK4 A; 3QYF A; 4EV0 A; 5K5O A; 3WU1 B; 1W36 D; 1QZE A; 3ZN1 A; 4ZC3 A; 3HPG A; 5LGT A; 1OR7 A; 5JHF A; 3DLL F; 2E1N A; 4AIK A; 3I4N J; 2WC2 A; 4A3G J; 2AS5 F; 3O8G A; 2X6O A; 1V5G A; 2OQR A; 5GAH J; 4ZDO A; 4MTE A; 3OYL A; 3GZ5 A; 4Y3O A; 3LSG A; 3M7G A; 5F0C A; 3OY9 A; 4RM3 A; 1HW1 A; 3IUO A; 2VQC A; 1I5Z A; 3QP5 A; 2STT A; 3LSJ A; 1H88 C; 2Z2S B; 2IA1 A; 2HOA A; 2O0Y A; 3BJA A; 3PSF A; 3VYR B; 1G3Y A; 3GFJ A; 3BG3 A; 4U7D A; 2VXZ A; 4I6Z A; 4LGW A; 5ICC A; 4D0P A; 2MYS A; 4L9N A; 1MMS A; 1Z77 A; 2L7M P; 4L0Z B; 1MMA A; 2ISZ A; 4ZYH A; 2M34 A; 1Y39 A; 5FRM A; 1MMN A; 2D1H A; 2MAB A; 3AG4 H; 4PDK A; 1IXC A; 1KYW A; 4HNV A; 4BAC A; 1OLT A; 1XGM A; 4R8H A; 1S3J A; 2ICW G; 4PFO A; 3RKW A; 1VQ7 I; 2DPD A; 1MIJ A; 1OKR A; 4EGZ A; 2ZNZ A; 1R5G A; 2KT0 A; 5LBQ A; 3C3W A; 3OOP A; 4CCM A; 1GVD A; 2DMP A; 1NHA A; 4AU7 A; 2BXY A; 2V4J C; 1GXP A; 3RPQ A; 1W7P B; 1TWG J; 2FSW A; 3A0B C; 4BJT A; 3AAF A; 4FHT A; 5JVG F; 4BE2 A; 4KIS A; 3E5U A; 1RPW A; 5HLI A; 5M3M J; 4HA8 A; 3CMY A; 3LQR A; 1T6S A; 1MND A; 1ZYR F; 3BJO A; 4I7H A; 3VOD A; 5J47 A; 1X3U A; 2XGD A; 3I53 A; 3FKJ A; 1ZR2 A; 3CF2 A; 2ME6 A; 1HC8 A; 1SEU A; 2GIV A; 1H9T A; 1W36 C; 4ETS A; 1JT6 A; 3FXM A; 3OYJ A; 2GM4 A; 3FXU A; 2EQR A; 2LKX A; 2VPL A; 3I59 A; 4A69 C; 1RIO H; 5J1R A; 4ZZL A; 1Z05 A; 1MBH A; 2CQQ A; 2DT5 A; 2ECC A; 5LLQ A; 3E6C C; 2BY2 A; 3VYT B; 6PAX A; 2HOS A; 4P5O A; 1QZZ A; 1XDU A; 2DT7 B; 5GTI C; 4P9F A; 4RB1 A; 3WU0 A; 4I0A A; 3CCU I; 5KVR A; 4MFE A; 3LSM A; 4CA0 A; 1YW7 A; 1FSE A; 1NH3 A; 2DA7 A; 3I58 A; 5HOO A; 3HDD A; 3FK6 A; 2PMZ N; 2JZY A; 4BXF A; 2QEX I; 5EEA A; 4NC8 A; 2HOT A; 4HW0 A; 2XUB A; 4G12 A; 3QPL A; 3N97 A; 3K69 A; 3V8L A; 3SXY A; 2EFW A; 1X19 A; 2LFB A; 5TGT A; 3JRI A; 1MDM B; 1TNS A; 3CJN A; 2K86 A; 1K83 J; 3FXQ A; 2RGV A; 1FJL A; 3Q5F A; 5M5W J; 1HXD A; 4X6A J; 1OCR H; 4ZDL A; 5GPC A; 3P5J A; 1UCR A; 3A03 A; 5IP7 J; 4FET A; 1BW6 A; 2PJR B; 3WE3 A; 1ETY A; 4EEF G; 1R23 A; 3BZ6 A; 4F92 B; 1WKM A; 4J00 A; 4GO1 A; 2L0K A; 2ELJ A; 1OFC X; 3GZN B; 5AIQ A; 4XLA A; 2EPF A; 5FFZ A; 3F9K A; 2VKH A; 3GF2 A; 5E3O A; 4ESJ A; 2BW3 B; 4BKX A; 2CV2 A; 3F8B A; 3HOZ J; 4M6X A; 5IP6 A; 5BPI A; 4OMY A; 4BBS J; 2LNB A; 2ZXW H; 1LB2 A; 1S6L A; 3MCZ A; 1Y1V J; 2DA6 A; 2XGC A; 1BJZ A; 2I5U A; 3S2D J; 1BN5 A; 1FYK A; 5E1Z B; 1GUU A; 3S32 A; 4WK8 F; 1FSH A; 1J75 A; 3COA C; 3VWB A; 1X3Z B; 1Z67 A; 2OPT A; 5E3M A; 4HBL A; 5JI6 A; 1BOB A; 4A6E A; 3B02 A; 2CFX A; 4MFD A; 1LNW A; 1O3Q A; 4HSR A; 4RBO A; 1SFU A; 3C1D A; 2UXX A; 3VSK A; 3TO7 A; 4CZZ A; 2JUG A; 3E97 A; 3ERE D; 4I98 B; 1YE9 A; 2KFD A; 5J8F A; 1S5L C; 2V9P A; 1IRF A; 2DA2 A; 2VJ4 A; 5DUK A; 4XOR A; 1P4A A; 2RQQ A; 3RCO A; 5ED4 A; 4A3M J; 1EJ9 A; 4RAY A; 1VQ5 I; 1XD7 A; 1S7A A; 5EDN A; 1JUM A; 3I4M J; 3ZCO A; 2HPM A; 4K2E A; 4H0E A; 4XBF A; 2IBD A; 1ZAR A; 1Y0U A; 3HSF A; 1LDK B; 3WE2 A; 2G7H A; 2XAS A; 1QHH D; 3MKY B; 4E7L A; 2W24 A; 4RAZ A; 4ZYD A; 4KA4 A; 4CYC B; 3E5Q A; 4D5F A; 2COB A; 4Q47 A; 4O5V A; 3NAU A; 3C2H A; 2A5Y B; 3FMS A; 4LLL A; 2QSH X; 2FQ3 A; 1GVJ A; 3EPZ A; 5M5X J; 2IGK A; 5HS9 A; 3MKL A; 2E1O A; 3JSO A; 1WJA A; 5E3L A; 4C3H J; 4GRI A; 5F27 A; 1MSE C; 4Q5S F; 1U78 A; 4PJN A; 1H8A C; 5C4X J; 4XRM A; 4Y13 A; 3J7Z I; 3HEF A; 1ZLK A; 5KHD A; 1QHG A; 4ESB A; 5HLH A; 2M8E A; 2KIF A; 4F52 A; 5JR3 A; 4BH9 A; 3B6C A; 2P0W A; 2BVL A; 4A0X A; 2IA0 A; 2K9N A; 1RNL A; 3VB2 A; 2VE8 A; 2W7N A; 4G7O F; 2MLK A; 2W00 A; 1ZRC A; 1FOY A; 5AON A; 2KIM A; 2VC1 A; 5FKO A; 1WWX A; 3VDX A; 5DM7 F; 4IVN A; 2KIS A; 3CJT B; 1IAW A; 4N9H A; 1PUF B; 2KZG A; 2ESH A; 4G6D A; 1OCZ H; 4B8X A; 2P5L C; 1YRN B; 3ZQG A; 2PBI A; 2LTP A; 3L9F A; 5IYB J; 1R9T J; 3GLX A; 2HYF A; 3W2W A; 3W6K B; 4A3C J; 3DKY A; 2O8X A; 4KT5 C; 3M07 A; 2G7U A; 4HNU A; 3GTG J; 3CUQ C; 1MBF A; 4HX4 A; 1EH8 A; 5L3C A; 4YIR X; 5J4V A; 1T0F C; 2NVU B; 2KP6 A; 5DS9 A; 4XKB A; 2VT3 A; 1ZGJ A; 3IRQ A; 1IN8 A; 5LHI A; 1IRX A; 1B4A A; 2ID3 A; 2JPC A; 4XNF A; 3OYC A; 4M6V A; 2OTL I; 1GXQ A; 1YQA A; 3BR2 A; 3CP2 A; 1OYY A; 1SAX A; 3H3Z A; 3OIQ A; 5DDG A; 3DP7 A; 4YFK F; 4MLO A; 1IC8 A; 2QKL B; 4BDY A; 1J2X A; 3EUH A; 2MC3 A; 3HSE A; 1FMW A; 2GA2 A; 2NVY J; 3G71 I; 2LYC A; 4YII A; 4R79 A; 2X6X A; 4H4K C; 3KYL A; 1NK2 P; 2D5V A; 3BY6 A; 1RET A; 1EH6 A; 2PMH A; 1W0U A; 1T98 A; 2ZB9 A; 2YU9 J; 1ZQ3 P; 2DLL A; 2O03 A; 2M30 A; 2ZME B; 3IKV A; 3I71 A; 1HSJ A; 4BQN A; 3AL0 C; 2E19 A; 1Y8Q B; 3B73 A; 3Q0U A; 1BR2 A; 2OF7 A; 2COM A; 1A35 A; 4E7J A; 2WBM A; 1A36 A; 2YUS A; 3KEQ A; 4B43 A; 3W3C A; 1QVU A; 2KLO A; 4UXN A; 3BR0 A; 3FX3 A; 2H1K A; 2GBY A; 4JK1 X; 5M5Y J; 2F5D A; 4WXH A; 2DFH A; 2NVX J; 3KFW X; 2K02 A; 2P6S A; 5JLX A; 4LFU A; 2MA3 A; 4EVI A; 1WI3 A; 4PJM A; 2IEK A; 1T0F A; 1OMI A; 2E34 A; 4XMY A; 3SZP A; 2XSD C; 1O3S A; 3I64 A; 4HV5 A; 2F5C A; 4V2G A; 3K2Z A; 2UV1 A; 3BTJ A; 4QLC U; 2DK8 A; 5K7Z A; 3G4S I; 4KT6 A; 1KU7 A; 1SAN A; 2MC4 A; 3MEX A; 1RI7 A; 3DCF A; 4M72 A; 2R7R A; 3DU6 A; 3FBI B; 2CQK A; 1MJB A; 4CIC A; 2Q2E A; 4IHT A; 2R0Q C; 3BDD A; 3DPL C; 1YTY A; 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