The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
87
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sequence length |
438
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structure length |
438
|
Chain Sequence |
IFATNRDQESSGFAWWAGNARLINLSGKLLGAHVAHAGLIVFWAGAMTLFELAHFIPEKPMYEQGLILIPHIATLGWGVGPGGEVVDTFPFFVVGVVHLISSAVLGFGGVYHAIRGPETLEEYSSFFGYDWKDKNKMTTILGFHLIVLGIGALLLVAKAMFFGGLYDTWAPGGGDVRVITNPTLDPRVIFGYLLKSPFGGEGWIVSVNNLEDVVGGHIWIGLICIAGGIWHILTTPFGWARRAFIWSGEAYLSYSLGALSMMGFIATCFVWFNNTVYPSEFYGPTGPEASQAQAMTFLIRDQKLGANVGSAQGPTGLGKYLMRSPTGEIIFGGETMRFWDFRGPWLEPLRGPNGLDLNKIKNDIQPWQERRAAEYMTHAPLGSLNSVGGVATEINSVNFVSPRSWLATSHFVLAFFFLVGHLWHAGRARAAAAGFEKG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of Cyanobacterial Photosystem II at 3.2 A Resolution: A Closer Look at the Mn- Cluster
rcsb |
| molecule keywords |
PHOTOSYSTEM Q(B) PROTEIN 1
|
| molecule tags |
Photosynthesis
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| total genus |
87
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| structure length |
438
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| sequence length |
438
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| chains with identical sequence |
I
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-08-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| C | PF00421 | PSII | Photosystem II protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | photosystem ii from thermosynechococcus elongatus |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4UB8 C; 5H2F C; 4UB6 C; 2AXT C; 5B66 C; 5B5E C; 3JCU C; 3WU2 C; 5GTI C; 5KAI C; 3A0B C; 1S5L C; 4PJ0 C; 4IL6 C; 3A0H C; 5TIS C; 5GTH C; 3KZI C; 1W5C C; 5E79 C; 5KAF C; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SC7 A; 2M9H A; 5FLX K; 5F08 A; 2W84 A; 5DCM B; 3PJR A; 3FXR A; 4HNU A; 5M3M J; 2K5C A; 1MBJ A; 1T38 A; 2IPQ X; 3QP5 A; 2JSP A; 2AHQ A; 2XGC A; 1T2K A; 2CFX A; 4ON0 A; 5CJ9 A; 3RYR A; 1U9O A; 2X6X A; 3EET A; 2R7Q A; 1V5F A; 5J3L A; 4F52 A; 5E3N A; 4RB2 C; 4LOC A; 4DQ2 A; 4L0Z B; 1JTX A; 2VIX A; 5BPI A; 3VFZ A; 4IHW A; 4NB5 A; 3BG9 A; 4CCN A; 1Y8R B; 5K5R A; 2XKP A; 2JQ7 A; 2XRN A; 2CV0 A; 2IS1 A; 5F0C A; 2CW0 F; 3WTX C; 4G6D A; 2Q8K A; 1ON1 A; 5FLM J; 3FHN A; 2E7W A; 2NVT J; 3BOQ A; 3E5U A; 1YOV B; 1CGP A; 1TWA J; 4BE1 A; 5FGM A; 3DTE A; 3KEQ A; 4DZP A; 2RQP A; 5LHI A; 3JAM K; 3W6J B; 2COB A; 3ZMZ A; 3CCU I; 3CES A; 2DT7 B; 3ZR8 X; 5C4J J; 2B7E A; 3R0A A; 1D1B A; 1Y6I A; 1BIB A; 3HC7 A; 5EZH A; 4IRH A; 2ZJR F; 1JT6 A; 2LY2 A; 3TO9 A; 3KLN A; 3RSN A; 3EYI A; 2V7F A; 5ICG A; 2CQX A; 1DP7 P; 5DS9 A; 3FZV A; 4X6A J; 3TOB A; 2XB5 A; 1ULY A; 2H1L A; 3FWE A; 3SZP A; 2QUF A; 2ICW G; 1XCV A; 5BQT A; 2A6E F; 1Z1D A; 4XRS G; 4CCM A; 1R1U A; 4DGW B; 1H9G A; 3CMA I; 1Z91 A; 4G94 A; 2GWR A; 3MFK A; 4QLC U; 1HA8 A; 2PMZ A; 4F92 B; 3GLX A; 1I39 A; 3DKX A; 2YR2 A; 2VB6 A; 1T6S A; 3LOC A; 2K40 A; 1UJ8 A; 2VT3 A; 4RGR A; 2OJE D; 1N77 A; 1HCR A; 3E1S A; 3RQI A; 4ZZD A; 5EEG A; 4KNY A; 6PAX A; 2Q2E A; 4A5M A; 1FYL A; 2Z99 A; 4B3A A; 1C0W A; 4O3M A; 1YIJ I; 1AA7 A; 3HGY A; 2F4M B; 3BR1 A; 4RMN A; 2L4A A; 3PO3 J; 5DD4 A; 2QEX I; 4CHU A; 1HXD A; 5D5U B; 2HTS A; 1Z0X A; 5HNF A; 1JE8 A; 5C4X J; 2QWW A; 2E36 A; 4XOR A; 3I4P A; 3NWS A; 3I54 A; 2W1O A; 3UNG C; 1J0R A; 2QKL B; 1W0U A; 3OOU A; 1S9H A; 2EFW A; 3NRV A; 2QGU A; 4M3F A; 4OMZ A; 2XPW A; 2H94 A; 1EF4 A; 1IUF A; 2NOJ B; 2XAF A; 1XMK A; 1VQ8 I; 2LD5 A; 2JUG A; 4KFC A; 3RKX A; 3AG4 H; 1K4T A; 4E4H A; 1F5T A; 5JHU A; 4A3E J; 1UZC A; 3RJP A; 2WAF A; 2LOO A; 2L01 A; 3T5X A; 2E1O A; 2H8W A; 3T8R A; 2GOM A; 3S2H J; 3LSG A; 1ETO A; 3A02 A; 3WTS C; 2DA2 A; 1Z3Y A; 2HXO A; 1D8J A; 1FSE A; 4EMS A; 3PUB A; 3R4K A; 5JFR A; 3PNY A; 1OYY A; 4B3X A; 2LR8 A; 2JPB A; 4QTR A; 4DJA A; 1X2M A; 1JKO C; 2YU9 J; 4KMF A; 3DP7 A; 1S7A A; 2L4M A; 3LAP A; 3E5Q A; 1FZP B; 2ZXJ A; 3H5R A; 1UHS A; 3AG3 H; 4U88 A; 4NBQ A; 4JX4 A; 3VYR B; 3FXU A; 3OIP A; 2WAE A; 3DKW A; 1VQ7 I; 5TGT A; 3CJN A; 1YS6 A; 1IV6 A; 5FD5 A; 1FY7 A; 1JUM A; 2ZJP F; 1XPX A; 1UHW A; 3AKZ A; 2R92 J; 4FX0 A; 2K9L A; 2RGV A; 2FQ3 A; 3M4O J; 2HOE A; 4P96 A; 3I71 A; 2EV6 A; 4UB6 C; 2CG4 A; 1HKQ A; 3W3C A; 5L3F A; 1IXC A; 1RET A; 2F6C A; 2FQ4 A; 3RPU A; 2X0L A; 3L00 A; 2R7W A; 2M4K A; 3GF2 A; 4M71 A; 2XDV A; 3PFI A; 3KP6 A; 4O6J A; 1D0X A; 2DA3 A; 1U8R A; 3BPV A; 3R61 A; 3S16 J; 3S1N J; 1YIO A; 1IG7 A; 3AFH A; 2DOD A; 1QPM A; 3IV5 A; 3DBR B; 5KNL A; 2EFQ A; 3V7R A; 2VE9 A; 1F4K A; 4HF1 A; 3A4C A; 1UHM A; 3MD2 A; 5HLG A; 2R7O A; 1K7A A; 3CDL A; 4BS9 A; 4B1R A; 1V5E A; 4RM3 A; 4XK4 A; 2Q2E B; 3K69 A; 2GLO A; 3BY6 A; 2OCC H; 2VPL A; 4EJT A; 4CUG A; 1IF1 A; 3BG6 A; 1IUY A; 1RRJ A; 3WE3 A; 4BE2 A; 2XAS A; 3GFI A; 4D0P A; 4A3B J; 1XTA A; 3EUH A; 2V6C A; 3VYT B; 2MA3 A; 3QWL A; 3A0H C; 1PUE E; 2HGC A; 2BHZ A; 1SD6 A; 2K27 A; 2LBF A; 3AG1 H; 3MN2 A; 4GRI A; 3H9G A; 2K85 A; 2Y48 A; 1VQ5 I; 3C2H A; 1R00 A; 1P92 A; 4OWR B; 3H1C A; 4IHY A; 1XCB A; 4H4K C; 1MMD A; 1V3F A; 3WTV C; 2MSY A; 3BTI A; 2UXN A; 4LLG F; 1RIO H; 3TL4 X; 2L7Z A; 1UB9 A; 4XNF A; 2ME6 A; 2IA0 A; 1EH8 A; 2HPI A; 1SVO A; 3DU6 A; 3P9C A; 4EGY A; 1O57 A; 1RR7 A; 2DAO A; 5HS8 A; 2K7L A; 3JTH A; 4FT8 A; 1YJW I; 4BH9 A; 5E18 F; 2P4W A; 1QZY A; 2EV0 A; 1RKW A; 2AS5 F; 4IHT A; 4G7Z F; 2IGK A; 4WF2 A; 3CME I; 1YI2 I; 2GXG A; 1ZH5 A; 3DBL B; 9ANT A; 4S0H B; 2G9W A; 1LEA A; 2IA2 A; 1QHG A; 4IX7 A; 4IRI A; 2DN0 A; 1WJB A; 4Z2Y A; 3OYD A; 2KIU A; 2WV1 A; 4WCG A; 3MZY A; 1WFX A; 3IL2 A; 4GFB A; 3TED A; 1XGO A; 2HI3 A; 3GUD A; 4Q48 A; 2YX4 A; 4RGX A; 3LST A; 1K83 J; 2FJ1 A; 2P6S A; 4XN0 A; 3ZQC A; 1F1Z A; 3F23 A; 1YRN A; 1USS A; 2PQ8 A; 2LYC A; 5EG0 A; 1JXS A; 2XF5 A; 2K9M A; 5J47 A; 4MFD A; 1H89 C; 4IPA A; 4CYC A; 1O3S A; 4YG2 F; 2OV7 A; 4J19 A; 4A0Z A; 5H2F C; 2DDB A; 3LFK A; 2VBY A; 3C3W A; 2HDW A; 2YPR A; 4A6E A; 1ZAO A; 4LB6 B; 2QEN A; 1W5S A; 1FT9 A; 1JTY A; 1U5T A; 3GCM A; 3K4B A; 4EM2 A; 5EGO A; 2HEO A; 3OYN A; 1GDT A; 4J01 A; 2CRG A; 2DA4 A; 5GAH J; 2XC7 A; 2HNH A; 2JWT A; 2DPU A; 2Z1D A; 4QPO A; 2F5C A; 4BY1 J; 4BYY A; 4HZF A; 4NNJ A; 2CV1 A; 2ZXW H; 1IZ1 A; 3BG3 A; 2GM4 A; 3QU3 A; 3BTL A; 1NK2 P; 2LSO A; 4Y52 J; 2CMP A; 1OQY A; 2QCO A; 4XQF A; 2EWN A; 3GBG A; 3HIF A; 2EFN A; 2BHY A; 4HQM A; 2UUZ A; 4PGH A; 4F3Q A; 3IKT A; 2CJJ A; 2E60 A; 2LTP A; 4OIN F; 3HOX J; 5HOD A; 3PQK A; 4M6X A; 2VC1 A; 4RAY A; 3H3V K; 4OMY A; 2M7B A; 1XB4 A; 2COM A; 2DI3 A; 2WB1 A; 1FOK A; 2VBX A; 1TW2 A; 2CQN A; 3WGH A; 3IRR A; 2VKD A; 1XSV A; 4GXO A; 1U3E M; 2LKS A; 2K02 A; 2QQ9 A; 2VBW A; 3DV8 A; 3D0S A; 4E6K G; 2DTZ A; 2EPF A; 3ZMD A; 2K3P A; 2LBF B; 3LSK A; 3HRT A; 1WHU A; 3HTS B; 3OR2 C; 3CQZ J; 1OCP A; 2P5L C; 3CMY A; 2HS5 A; 2XAG A; 4FHT A; 1ONV A; 2KIF A; 2BGC A; 3CLO A; 4UUT A; 2GBY A; 2J5P A; 2ELJ A; 4V2G A; 4A69 C; 4WXC A; 5E79 C; 3JRI A; 2Z33 A; 4C2U A; 4RM2 A; 3GZN B; 4HRI A; 2JA5 J; 1B9M A; 4BDZ A; 1WJC A; 3W2W A; 4BUP A; 4M74 A; 2BVL A; 2IGN A; 2DQR A; 2ZJQ F; 4A3C J; 3KP7 A; 1ZGJ A; 3OYK A; 2GAU A; 4A0X A; 5LGU A; 4PJJ A; 2HU9 A; 4AWX B; 4DZJ A; 2IRF G; 4NQW A; 4Q47 A; 3L2R A; 4LFU A; 1PJR A; 2VUM J; 1HSJ A; 1LFB A; 2CUE A; 4P9F A; 2PMZ N; 1S7E A; 2XV4 S; 1X1P A; 1TBX A; 1K6O A; 1YRN B; 3E7L A; 3O3K A; 3QYB A; 1ITY A; 5EG0 B; 5D5V B; 2CQ7 A; 3GTQ J; 1ETX A; 4PJN A; 4AD9 A; 1E2X A; 1MBK A; 1P4X A; 3VYS B; 2R7U A; 2LMD A; 1JKP C; 1FEX A; 3CCV I; 2V79 A; 4R1H A; 3LSP A; 2ZCW A; 3B6A A; 1S7O A; 2CQQ A; 2F2E A; 2VAS A; 4MNU A; 2CUF A; 3MKL A; 5K7F A; 5EGO B; 4U0Y A; 4NDL A; 3H5A A; 5BMZ A; 1SFE A; 3HPH A; 2ID6 A; 2GQQ A; 5IYB J; 3G1O A; 3JSO A; 4L9T A; 3VEP A; 3SEQ A; 2NYX A; 3F6V A; 5IT9 K; 1XMX A; 2MC3 A; 4JX5 A; 3KX2 A; 2Z2S B; 2G7H A; 3J80 K; 1BOA A; 5DUK A; 3U9G A; 3TP0 A; 5DYM A; 2BXY A; 1VND A; 3WU2 C; 2QYO A; 5FKK A; 4DBR A; 2EZH A; 3KEY A; 2PLY A; 3DEW A; 4LK1 F; 2L7F P; 1X58 A; 4EJO A; 3FXJ A; 2DCE A; 1FC3 A; 1I1G A; 3A03 A; 4G12 A; 3OOP A; 3OMY A; 4OU0 A; 2M3A A; 4EGZ A; 2X85 A; 3V42 A; 4P55 A; 4WXH A; 4M6V A; 2PEX A; 2EJR A; 2QVO A; 2L9N A; 5IP6 A; 3HOS A; 2Z9O A; 2JVH A; 2JN6 A; 4TV7 A; 5FD6 A; 1MMG A; 3I4N J; 4MGR A; 2BEO A; 4CH7 A; 2KZG A; 4JP0 A; 2EIJ H; 2E2H J; 4ENN A; 3U1D A; 3LSM A; 1U9N A; 2FU4 A; 1JUS A; 1S5L C; 3LWF A; 3U1K A; 1B6A A; 1A35 A; 1UG2 A; 2K9Q A; 3MWM A; 3V8J A; 2UZK A; 2QSG X; 2I5U A; 4D9J A; 2RNG A; 3OYL A; 4XL9 A; 3FM3 A; 3OS1 A; 2CQK A; 3WG9 A; 1LDD A; 1KU9 A; 2Z5U A; 4XLF A; 4HDV A; 3H9J A; 1PP7 U; 1OMI A; 3LSJ A; 4KN7 X; 4XKV A; 3ZQI A; 1BIA A; 1MKM A; 1J2X A; 5D8L B; 5GAE J; 4HNT A; 1WKM A; 1LKX A; 1YX5 A; 4IOA F; 4QPQ A; 4A3I J; 3K70 D; 2MBF A; 5J8C A; 2DOF A; 3RPU D; 4EJU A; 5LHG A; 2DW4 A; 3T8T A; 1ZRD A; 3S14 J; 2VKH A; 4ZYG A; 1O7L A; 3RKQ A; 3CUO A; 1Z77 A; 3BJ6 A; 2K4J A; 2HFH A; 1LDJ A; 2ZKZ A; 5FO5 A; 2R7Z J; 2BBY A; 2F5V A; 1TWH J; 2VON A; 3I59 A; 1RES A; 2QSF X; 3NAU A; 3S32 A; 3JW4 A; 3C1D A; 2NVY J; 4N9H A; 3GTJ J; 1XD7 A; 4RLF A; 3TW6 A; 1BW5 A; 1P4W A; 2FUG 2; 3RYP A; 4A3F J; 4HG2 A; 4CZC A; 3VYU B; 1RPW A; 4XLA A; 3L7W A; 2WY7 Q; 2DMN A; 1BC7 C; 5ERI A; 2ADU A; 2V9P A; 3GO5 A; 3FBI B; 3I3L A; 4BAC A; 4F7Z A; 5E3O A; 5DUI A; 2V26 A; 1K61 A; 4I2O A; 5DM6 F; 1WPK A; 4XRF A; 1ZKG A; 3WHB A; 1X3U A; 2KL4 A; 4KDP A; 2OZU A; 4YRV A; 3V7C A; 3W2V A; 2EV5 A; 2HVQ A; 3VSK A; 1T0F C; 1R58 A; 1P2F A; 2ZBK A; 3GZ5 A; 3L2C A; 1HDD C; 4ETS A; 2YUS A; 1SFU A; 2ZNZ A; 1K6Y A; 2JZY A; 5AON A; 1BM9 A; 3CJR B; 3ABK H; 4BQA A; 5B1A H; 2E1M B; 3HB9 A; 2HVS A; 1I3Q J; 2P81 A; 5EDN A; 2DJN A; 4D7M A; 4RAF A; 3WU1 B; 5D5X B; 4HF2 A; 2HDC A; 1T8I A; 3H5N A; 1SFO J; 1PP8 F; 5H6Q A; 5ICF A; 3BQZ A; 2K86 A; 4U7B A; 2G0E A; 3M3Y J; 1MIJ A; 3CZ6 A; 5A2Q Z; 4BQN A; 3BLY A; 4RGS A; 1J09 A; 3IUO A; 4IXA A; 3KPH A; 4C3I J; 3IHU A; 3ONQ A; 3K4N A; 1L0O C; 5KCM A; 1UMQ A; 1X1D A; 3WTU C; 1ZGA A; 3CC7 I; 3W2A A; 4IRG A; 3HOT A; 2OTJ I; 5EEH A; 3RZO J; 2I8D A; 3DEE A; 1RNL A; 4BQQ A; 4HV5 A; 4Y7N J; 2ZB9 A; 3UKG A; 4BQO A; 2W85 A; 1IN8 A; 2JK3 A; 4UB8 C; 4Y4R A; 3FK7 A; 5FKO A; 1X2N A; 1EJ9 A; 3P5J A; 1TNT A; 4NUB A; 3K4J A; 2BY2 A; 3ZGK A; 3F8N A; 2Z3Y A; 4KT5 C; 3CJT B; 1I6X A; 2O9L A; 3TGN A; 5FFX A; 5JLX A; 4R8H A; 3BZK A; 1NTC A; 4HQE A; 3P9I A; 3LFU A; 2IGM A; 4ESF A; 5LRS A; 4HX8 A; 1VTN C; 1DGW Y; 2P5V A; 3VPR A; 1MMN A; 2MW8 A; 2NVU B; 4HX4 A; 2HOT A; 4HPQ A; 1V5G A; 1BOB A; 3I53 A; 1ZK8 A; 3CCE I; 4Y17 A; 3BTJ A; 3BCA A; 3RCO A; 4WWC A; 3V4G A; 3K4C A; 2G7U A; 4XBF A; 3Q5F A; 1YTY A; 2H8R A; 2BZT A; 2DOA A; 2VN2 A; 4ZYH A; 3S93 A; 1MBE A; 3DLL F; 3I59 B; 4ZDL A; 3FF5 A; 1T33 A; 1LPQ A; 2E35 A; 1JT0 A; 5DM7 F; 2WTE A; 3JR9 A; 3ZN1 A; 1IXS B; 3OV8 A; 1V54 H; 2W00 A; 1TQI A; 3HSE A; 3PO2 J; 1B72 A; 4LG3 A; 3CUQ A; 1STZ A; 3G3Z A; 5FRN A; 2PMH A; 4LLN A; 4A0Y A; 2VQL A; 3TQN A; 3BG7 A; 4F91 B; 3G6E I; 2FF4 A; 2Y30 A; 4XON A; 2V1X A; 5F0H A; 2HKX A; 1GVJ A; 1WRJ A; 3MCZ A; 1MNM C; 3ZQ7 A; 1A36 A; 2AXL A; 2E5N A; 5KVR A; 1W1W E; 1BR1 A; 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