The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
87
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sequence length |
438
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structure length |
438
|
Chain Sequence |
IFATNRDQESSGFAWWAGNARLINLSGKLLGAHVAHAGLIVFWAGAMTLFELAHFIPEKPMYEQGLILIPHIATLGWGVGPGGEVVDTFPFFVVGVVHLISSAVLGFGGVYHAIRGPETLEEYSSFFGYDWKDKNKMTTILGFHLIVLGIGALLLVAKAMFFGGLYDTWAPGGGDVRVITNPTLDPRVIFGYLLKSPFGGEGWIVSVNNLEDVVGGHIWIGLICIAGGIWHILTTPFGWARRAFIWSGEAYLSYSLGALSMMGFIATCFVWFNNTVYPSEFYGPTGPEASQAQAMTFLIRDQKLGANVGSAQGPTGLGKYLMRSPTGEIIFGGETMRFWDFRGPWLEPLRGPNGLDLNKIKNDIQPWQERRAAEYMTHAPLGSLNSVGGVATEINSVNFVSPRSWLATSHFVLAFFFLVGHLWHAGRARAAAAGFEKG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of Cyanobacterial Photosystem II at 3.2 A Resolution: A Closer Look at the Mn- Cluster
rcsb |
| molecule tags |
Photosynthesis
|
| molecule keywords |
PHOTOSYSTEM Q(B) PROTEIN 1
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| total genus |
87
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| structure length |
438
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| sequence length |
438
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| chains with identical sequence |
I
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-08-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| C | PF00421 | PSII | Photosystem II protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | photosystem ii from thermosynechococcus elongatus |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5B66 C; 3A0H C; 5E79 C; 5B5E C; 5GTI C; 4PJ0 C; 3JCU C; 4UB6 C; 5H2F C; 3KZI C; 5TIS C; 2AXT C; 4IL6 C; 4UB8 C; 5KAF C; 1W5C C; 3A0B C; 3WU2 C; 1S5L C; 5GTH C; 5KAI C; #chains in the Genus database with same CATH topology 5KK1 A; 1YRN B; 1YIO A; 2UZK A; 4AID A; 2FX0 A; 2CFO A; 3G1L A; 5LHI A; 5C44 J; 1ZK8 A; 3TKY A; 4CZZ A; 5HNF A; 1MMN A; 3I9V 2; 2VUM J; 3S3O A; 2R7Z J; 5JVT A; 1H0M A; 1UG0 A; 1WKM A; 2W82 A; 2YX7 A; 3ZPL A; 4IHX A; 5H6R A; 1VQP I; 1QZY A; 1BN5 A; 1R1U A; 3OYM A; 2DA1 A; 2EB7 A; 4OU0 A; 5CJ9 A; 2G0E A; 1HXD A; 4HQM A; 3LNQ A; 4KN4 X; 3ZXS A; 2LRE A; 2KFD A; 1ZEL A; 2XPV A; 3ZQQ A; 2WAE A; 2W84 A; 2P8T A; 2A6T A; 2DOD A; 3GO5 A; 1B1B A; 4RGX A; 4FQG A; 4A3E J; 4M3B A; 3WE2 A; 4KIT B; 4XRM A; 3TO9 A; 2A69 F; 4PFP A; 4XM3 A; 3CZ6 A; 2Y9Y A; 2K3F A; 5CVV A; 2XDV A; 2DMQ A; 3PQK A; 1SC7 A; 2AXL A; 4L9J A; 3SEZ A; 1P2F A; 5J1R A; 4E6K G; 2P6S A; 5EYR A; 2L0K A; 1XGO A; 3HM5 A; 4OIQ F; 4CYC B; 1QVT A; 1AKH A; 3OR1 C; 2OD5 A; 1G2H A; 1S72 I; 2VAS A; 1I5Z A; 1B4A A; 2KLO A; 4XKB A; 3FXM A; 4D5C A; 3CP8 A; 2DQL A; 2KKO A; 3PJR A; 1TBX A; 2R7W A; 2GWR A; 1CF7 A; 5KHD A; 3EET A; 1TT5 B; 3V42 A; 3GTP J; 1MJB A; 2CYY A; 3PNT A; 3OV8 A; 3L2C A; 2QSH X; 2JA8 J; 4DJA A; 4JK1 X; 5E3N A; 2R93 J; 2B0L A; 3S1Q J; 2JMW A; 3F72 A; 2R5Z B; 1BR4 A; 4RM2 A; 2CUZ A; 1IJW C; 3LSG A; 4ESB A; 4EJT A; 1L0O C; 2ELK A; 2D45 A; 4HYE A; 3PNY A; 4LFU A; 1TC3 C; 4AVP A; 4BQO A; 4I99 C; 4IQ4 A; 2BVM A; 4RMN A; 1TWA J; 4BBS J; 3M8J A; 3R61 A; 3MD2 A; 2R7V A; 5FLX Z; 3KIO A; 3VDX A; 3LSR A; 2EFN A; 5FO5 A; 5LRR A; 5BOX A; 3TGN A; 4A0Z A; 2XSD C; 3WTS C; 3SZG A; 1G59 A; 3GZ5 A; 4Y13 A; 1I27 A; 4BU2 A; 1XS9 A; 1MGT A; 2X48 A; 2KZG A; 3ABU A; 3WE3 A; 4LJZ F; 3QOP A; 4CCK A; 4D9J A; 3H5N A; 2FOK A; 1AOY A; 2NOJ B; 1YIJ I; 2BYV E; 4CA0 A; 5EF6 A; 3BG5 A; 1D1A A; 2Y69 H; 3QU6 A; 2JZY A; 3WGI A; 3MCZ A; 4XRS A; 3UNG C; 3ZOB A; 4A12 A; 1YJN I; 3S15 J; 2FNA A; 3P5J A; 3VOE A; 1I50 J; 2VIX A; 3R6S A; 2JQ7 A; 3NWT A; 2JT1 A; 3DKX A; 2ADU A; 1T33 A; 4ZYA A; 4D5F A; 5IP6 A; 5H2F C; 1Y39 A; 3PUF A; 3BZ6 A; 4P5O A; 1UB9 A; 4M9X A; 1W7P B; 2ZO4 A; 3L7W A; 1RNL A; 2F5C A; 2WV1 A; 4G6Q A; 4L9N A; 1W4M A; 3BJA A; 3M07 A; 1Y8R B; 2QF7 A; 3A02 A; 1O3S A; 2E7X A; 1OR7 A; 2PN6 A; 3O3K A; 5J4V A; 1N77 A; 3CDL A; 3BCA A; 3F8M A; 1ETO A; 4DOZ A; 2QEX I; 3KEY A; 4Z2Y A; 1OCR H; 5J4Y A; 1ZQ3 P; 2IS6 A; 2ELJ A; 5BPD A; 4HG2 A; 4PFO A; 1GUU A; 3G71 I; 1Z0X A; 4X6A J; 1R58 A; 1NH3 A; 3CCR I; 3ASN H; 2EZK A; 3K4C A; 2W1O A; 5JHF A; 4LLL A; 4FCY A; 2O8K A; 1ETK A; 2D1V A; 3S1N J; 1IN7 A; 2V1U A; 4AVZ A; 4U7B A; 5HOO A; 2QBY B; 2JA6 J; 5DEQ A; 3KP7 A; 3CDI A; 2W25 A; 1FZP B; 2XIG A; 3KP2 A; 2OTJ I; 2HXO A; 2YU3 A; 3ZR8 X; 5ILV A; 2BHZ A; 3RIR A; 1T0F A; 2E5Z A; 1JHF A; 1OYW A; 4R1H A; 2KIF A; 2X1D A; 4XON A; 1TTY A; 1J0R A; 5J8F A; 4I76 A; 1LNW A; 3HJE A; 4M3D A; 1IO2 A; 2DFI A; 2GIZ A; 4LD5 A; 1QZZ A; 1K83 J; 1K4T A; 4E7K A; 5FLV A; 2OA4 A; 1DDN A; 1NTC A; 1K79 A; 3GFL A; 1SD6 A; 4S0H B; 2PEX A; 3IH2 A; 2JA2 A; 2R7O A; 3I64 A; 5F0H A; 1C0W A; 5M3F J; 3OWT A; 5ICG A; 1B72 A; 1B8I A; 1QGP A; 5K7H A; 5D5W B; 2NVY J; 2DCE A; 2Y2Z A; 3QQA A; 1X4P A; 2IGM A; 1Y1V J; 3ELK A; 5DTD A; 1IXS B; 5BPI A; 1T95 A; 1WGX A; 5JHU A; 1IDZ A; 2EV5 A; 1I1S A; 1XMX A; 4A3L J; 2EQR A; 4EV0 A; 2BGC A; 4RLF A; 3FHZ A; 1MJ9 A; 3FXJ A; 4LLG F; 3JRA A; 3J81 K; 2M3A A; 1EA3 A; 2J5P A; 1HQC A; 4M6X A; 4A3D J; 3OOU A; 2VON A; 3OIQ A; 2MAB A; 4RA2 A; 2UWM A; 4RB3 C; 1ZAR A; 1VND A; 1K78 B; 1LKX A; 3H9Q A; 3I55 I; 4I7H A; 2IAI A; 1SAX A; 3KYD B; 4CCN A; 4HX7 A; 4Y3O A; 3QU3 A; 1YO5 C; 3CF2 A; 3HPH A; 4G7O F; 1CQT A; 1JTY A; 2VBX A; 4M73 A; 1USS A; 4ZYD A; 2I8D A; 2Z9O A; 1FPQ A; 2FEZ A; 2LR8 A; 4I09 A; 3KEQ A; 2F4M B; 1W7P D; 3GTO J; 5F1R A; 2YR2 A; 3AG1 H; 3RI4 A; 1BA5 A; 1OKR A; 2E36 A; 3OOP A; 1I6H J; 1IN8 A; 2O5R A; 3NEU A; 1TWG J; 2ISY A; 3BJ6 A; 4P9U A; 5LHG A; 1JUS A; 3H1C A; 3I59 A; 5L3D A; 3HOU J; 4IXA A; 3MQ0 A; 3MZ8 A; 3K7A J; 2QZ8 A; 2HEO A; 2XUB A; 3GF2 A; 2KJC A; 4X0G A; 4FTH A; 3CMA I; 3BG9 A; 3FXQ A; 3LWF A; 3OIP A; 3I4P A; 1QVU A; 1V5F A; 3R0J A; 4XID A; 1LDK B; 3GUD A; 4KJZ A; 1WI9 A; 3K2Z A; 3MKL A; 2EV0 A; 1V4R A; 1FTT A; 1XTA A; 3CC7 I; 1P4A A; 2QKM B; 1IDY A; 4XL9 A; 1MNM C; 2QQ9 A; 1XSX A; 4AIK A; 4ZYG A; 2OQR A; 4K2E A; 5FKK A; 4CCM A; 1OQY A; 1ZRF A; 3SDG A; 2LP0 A; 4A3B J; 1D0X A; 2R5Y A; 3H9G A; 4EM2 A; 3IWZ A; 3ABM H; 1LEA A; 3MMY B; 5ILS A; 3JSO A; 2FU4 A; 5C4X J; 2JPB A; 5GAG J; 3A4C A; 3I53 A; 1BI3 A; 2GOX B; 4CCJ A; 3TO6 A; 2FA5 A; 3TOB A; 1RRJ A; 3OYB A; 4W1U A; 2K5C A; 4WK8 F; 3BY6 A; 1H9T A; 4LLN A; 5B1A H; 4BXU A; 2AS5 F; 2HQA A; 5C4J J; 3MEX A; 4D7M A; 3ZMT A; 1XGS A; 3GFJ A; 3NQO A; 2IS4 A; 2VLA A; 1HA8 A; 2PJR B; 4EGY A; 1OCZ H; 1LFP A; 1NG6 A; 4QPQ A; 1G6N A; 3WTZ A; 3S2W A; 2OQG A; 2EZL A; 2VBW A; 3GZN B; 2DFH A; 5BNG A; 2E1O A; 1FYL A; 4CHU A; 2DA3 A; 2X1C A; 3HC7 A; 2L5Q A; 3DEU A; 1D1C A; 1I1G A; 3DEE A; 4BJT A; 3MN2 A; 4PCQ A; 2WWY A; 2VQL A; 3L2Q A; 3FXU A; 3BRO A; 2WAQ A; 3DKY A; 3HOT A; 3O2P E; 3I54 A; 3EQL F; 3CF5 F; 4I98 B; 2H94 A; 2VOD A; 1UJ8 A; 1WFX A; 4N4N B; 2ID6 A; 5GPC A; 2MLK A; 4A5M A; 1JI8 A; 1OR7 C; 2PX9 A; 2BY1 A; 3IH3 A; 3P9I A; 3QYE A; 2V1X A; 5BS6 A; 4RGU A; 1GVD A; 4LB5 A; 2W48 A; 4G6T B; 5LBQ A; 2P4W A; 1SEU A; 3S32 A; 4RB2 C; 2JVH A; 3CCQ I; 3LA7 A; 4UUS A; 1T56 A; 2DFF A; 5LGT A; 3E97 A; 2UUZ A; 3FHN A; 3GLX A; 3IAS 2; 3KP6 A; 3QPT A; 3S14 J; 3RSN A; 3CD6 I; 2CQQ A; 3E5U A; 5M5W J; 3D0S A; 1NHA A; 1YFH A; 3G4S I; 4HW0 A; 2CUE A; 1MD0 A; 2YSR A; 5IY5 H; 3OS1 A; 2DYR H; 5DV5 A; 2X0L A; 2CV0 A; 2EH3 A; 3IRQ A; 1ZRE A; 2VKE A; 3OYK A; 4QWQ A; 3CCL I; 1SFX A; 1T0F C; 1EH7 A; 3HXL A; 3B73 A; 1TL8 A; 2CQ7 A; 3ECO A; 3CUQ B; 3J80 K; 3PO2 J; 4A3G J; 3FWE A; 3NAU A; 1IV8 A; 4R8H A; 5GAH J; 3AG2 H; 3WTV C; 1MBJ A; 1ZKG A; 2IW5 A; 3ML6 A; 3WG9 A; 2MLG A; 4JBA A; 3I71 A; 5GPA A; 4LIT A; 1A6I A; 5HLG A; 3OYE A; 1FWZ A; 2DA6 A; 4E4H A; 2LKP A; 1Y56 A; 1U78 A; 3FXL A; 5F64 A; 2V26 A; 3K69 A; 4AUX A; 5L3C A; 1PVE A; 1DGW Y; 4MFE A; 4ESF A; 3K70 C; 2HZD A; 4D7N A; 3J7A O; 3GYH X; 2QQA A; 1J59 A; 1ZLJ A; 3S1M J; 4BEH A; 5HDG A; 3LSM A; 2FF4 A; 5E8G A; 4YEJ A; 1TWH J; 1WVR A; 2EZH A; 1DU0 A; 2JJ7 A; 2K3P A; 3OS2 A; 3DPL C; 4L9V A; 1YJW I; 2X6X A; 2Z1D A; 3BDD A; 3LST A; 4BXX J; 1E2X A; 3CLO A; 1SAN A; 4ZYE A; 2KDZ A; 4L0Z B; 4XLA A; 3LQQ A; 2CV2 A; 2EA2 A; 4AWX B; 5ICF A; 3LAP A; 5D5X B; 3KE2 A; 3HIF A; 1XCB A; 3P9C A; 2FSW A; 5IT3 A; 1KON A; 2LKX A; 3FKI J; 1X2M A; 4N4O B; 4XSZ F; 3VFZ A; 2E60 A; 1JKR C; 4AIJ A; 1XMK A; 1FSE A; 5FGM A; 3BPX A; 2AXT C; 5TIS C; 2MBF A; 3F23 A; 1RIO H; 4JOM A; 1RI7 A; 1SFK A; 2ACJ A; 3OYG A; 1UHS A; 3I3L A; 1U2W A; 3GBG A; 4A0X A; 2XF5 A; 2DTZ A; 2J5O A; 2O0Y A; 3F6V A; 4KT5 C; 1Y1W J; 4U0Y A; 2BY0 A; 1M1E B; 3OYN A; 2HKO A; 4PJM A; 2CW7 A; 3WU1 B; 3OL3 A; 1W0T A; 3F6O A; 3WGH A; 1ORK A; 3I5U A; 4MHG A; 4LMY A; 1A36 A; 4HNU A; 3RTR A; 4GGG A; 2NNY A; 2GBY A; 4XK4 A; 2O9L A; 2M2E A; 3H5R A; 4LK1 F; 2VKV A; 5GAD J; 1X19 A; 2XGC A; 4RGS A; 2W57 A; 1HLV A; 5DCM B; 3ULQ B; 2ECC A; 4HAM A; 1QBJ A; 1ZRC A; 3W2V A; 1O7L A; 2M1B A; 1FX7 A; 1V55 H; 5HLT A; 4CSW A; 2VL8 A; 1JE8 A; 3A03 A; 3TO7 A; 2NVU B; 4R79 A; 3DCF A; 3FIW A; 4E7Z A; 4L5J A; 4V2G A; 4FE4 A; 5FFX A; 1I3Q J; 3R60 A; 4UVA A; 3D5L A; 1MH3 A; 1X3W B; 3CJR B; 4IL6 C; 1K7A A; 1S8N A; 1AA7 A; 2F2E A; 4KIS A; 2HXI A; 2X85 A; 2ZNY A; 3C7J A; 3Q0W A; 3OMY A; 3WU0 A; 4F91 B; 1XMA A; 3CJN A; 4DW6 A; 2FBH A; 3F3X A; 3TP3 A; 2JRM A; 2L4A A; 4M6Y A; 3H3V K; 1OPC A; 3FIS A; 2Y0S A; 2DXI A; 3HOZ J; 1GV2 A; 2GXG A; 2BZT A; 2XC7 A; 1W36 D; 2TCT A; 2KRF A; 3HRS A; 1FOK A; 2BY3 A; 2LC2 A; 2JSP A; 1ZR2 A; 3HEF A; 3ZQC A; 5EDN A; 3BQZ A; 4HLY A; 1KZH A; 4QIW N; 3OIO A; 3FXO A; 3A0B C; 4ANJ A; 2CW0 F; 3KLN A; 2KMU A; 2OPT A; 5GTH C; 1XPX A; 2O3F A; 1QHH D; 2L9S A; 2XGE A; 3SZP A; 1R4N B; 5HDK A; 4CGZ A; 2NOG A; 1D3Y A; 1YYV A; 2P5L C; 2RNG A; 2ZJP F; 3M8E A; 2NXN B; 3J80 Z; 2K9M A; 2CO5 A; 4C2T A; 1D8K A; 1U6G A; 2NS7 A; 3CJQ B; 1P4W A; 1MMA A; 4AYB A; 3LA2 A; 3T1B A; 4L0Y B; 2UXX A; 3DU6 A; 1VQN I; 3AL0 C; 3VWB A; 1LFU P; 2WV0 A; 1XDS A; 4J00 A; 3ERM A; 2HDW A; 4MEY F; 1UZC A; 4A5N A; 3TP0 A; 1QRY A; 4L5I A; 3VSK A; 2CWE A; 3WHB A; 3HOX J; 2HQ5 A; 2FUG 2; 5IYB J; 2R7Q A; 4BQA A; 3SJM A; 4JQF A; 1ZRD A; 2VOO A; 2ZFU A; 3QPL A; 2QWW A; 3PL8 A; 3E0J B; 2BW3 A; 1V5E A; 3LSH A; 1QZE A; 2KDO A; 1YW7 A; 3S3M A; 3CUO A; 3H0G J; 3G2B A; 3K4M A; 1LJ9 A; 4HDV A; 4DNC A; 2QCO A; 1JT0 A; 3HG9 A; 4NQW A; 3JRB A; 1YS7 A; 5A2Q K; 3PNV A; 2ZXI A; 1TQM A; 1Q1H A; 5KAI C; 1NG7 A; 2FNP A; 3S1R J; 4M3G A; 2DOA A; 4MTD A; 1IV6 A; 2GZW A; 4KIF A; 4TV7 A; 1VQ7 I; 5HS8 A; 2Z99 A; 2LMD A; 4BHB A; 1LB2 A; 2R0Q C; 3GTL J; 2A5W A; 3BPV A; 3JAM K; 1FBU A; 1JKO C; 1A31 A; 3X2Q H; 1GDT A; 4BHC A; 2E1N A; 1LPQ A; 2VC1 A; 3MZH A; 2Q0O A; 4XLN F; 2JA7 J; 4G6D A; 2XAQ A; 2EFO A; 1BJZ A; 2ZJR F; 1KU7 A; 4G7H F; 2CG4 A; 2ZFW A; 1MDM A; 1SVM A; 4B4C A; 3HHG A; 2HVS A; 2DA2 A; 5IPA A; 2KIU A; 2LSO A; 3E6C C; 3VYR B; 4C9Y A; 2P7V B; 3WOD F; 2R3S A; 1LQ1 A; 1SFE A; 2VI6 A; 1ZGW A; 2IT0 A; 4ZJZ A; 1ZG1 A; 3V8J A; 4Q48 A; 3SXY A; 2L4M A; 2W24 A; 4YIR X; 4G7Z F; 4MQ9 F; 4RBO A; 1IRX A; 4C3H J; 1BIB A; 5F6F A; 4O6J A; 1OIS A; 1WJB A; 1KA8 A; 3PIO F; 2B9S A; 2CFX A; 2VBY A; 2IA0 A; 1AKH B; 5D4R A; 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