The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
77
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structure length |
77
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Chain Sequence |
SNAIRSIWENNGFGLMSSKTMTDFDYWISDFEKIGASQKEAEQLIVKAIEIAIDANARNYNYINAILKDWEQRGFKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
1.5 A crystal structure of a DnaD domain protein from Enterococcus Faecalis
rcsb |
| molecule keywords |
DnaD domain protein
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| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Enterococcus faecalis
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| total genus |
27
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| structure length |
77
|
| sequence length |
77
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-08-25 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | DnaD domain-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2I5U A; 2ZC2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4BXF A; 2ZFU A; 1VI0 A; 2MG4 A; 3FZV A; 3OIO A; 4EJO A; 3LAP A; 3Q0W A; 2QZ8 A; 1P6R A; 5EZH A; 3OYN A; 2CW0 F; 4M72 A; 1U8R A; 3N4M A; 2HZT A; 1T39 A; 3B02 A; 2X0L A; 3VSL A; 2DOD A; 4MTE A; 4BAC A; 2P6T A; 5CLS A; 4Y13 A; 1JGG A; 1STZ A; 3L09 A; 3CCQ I; 2L7M P; 2X6X A; 5LLQ A; 5K5Q A; 2ME0 A; 1KYZ A; 2DT7 B; 1BW6 A; 1YW8 A; 1A5J A; 3DEE A; 4HQM A; 1CQT A; 3MZ8 A; 2EV0 A; 2JA6 J; 3DPU A; 4EJT A; 3A01 A; 1LQ1 A; 1QGP A; 4AIH A; 1Y0N A; 3C2G A; 3CCY A; 3ML6 A; 3ULQ B; 2ZME B; 3CTA A; 1FOX A; 2VOD A; 3RPQ A; 3LQQ A; 1IG7 A; 4ZDP A; 1Y1V J; 1YOV B; 2ETH A; 5F64 A; 3H0D A; 1IRG A; 2CV0 A; 4A2U A; 1B1B A; 4IHW A; 4FAS D; 5HDG A; 1SVM A; 1V5F A; 2K02 A; 2OZ6 A; 5J3L A; 2VBW A; 4C2T A; 1JJ6 C; 2PMZ N; 3HRU A; 5JHF A; 2M8G X; 5TJJ A; 2QWW A; 1P2F A; 1FOY A; 5F08 A; 1BM9 A; 2HYG D; 9ANT A; 1BA5 A; 1LB2 A; 2ECB A; 1GT0 C; 4LGW A; 1RZ4 A; 3HUG A; 3BJ6 A; 3S3N A; 1YG2 A; 4XID A; 4II3 A; 2JA8 J; 3WGG A; 2JVH A; 3C1D A; 3BG3 A; 2W85 A; 4J19 A; 1QU3 A; 1E3P A; 4FHT A; 2KMU A; 4ZC3 A; 1IJW C; 4ABZ A; 2M8E A; 3KEY A; 1I1G A; 2GAU A; 3HSR A; 2O8X A; 4HBL A; 4I0B A; 1B6A A; 2KRH A; 4EGY A; 3LFU A; 4I01 A; 4F93 B; 5GTH C; 1TWC J; 2X85 A; 5IP9 J; 1MBK A; 2M34 A; 3UKG A; 3ABK H; 2XF6 A; 4BGD A; 2GBY A; 2XVC A; 5ICE A; 2A68 F; 3K4L A; 5FLX Z; 2EFP A; 1W7P A; 5FKL A; 1KQ8 A; 1HKT A; 1IGN A; 4HYE A; 4PSX A; 2LY9 A; 1FTZ A; 4B44 A; 1T0F C; 5LRR A; 4WXD A; 3HDD A; 1PUE E; 3H0G J; 3M7G A; 4JYK A; 1WWX A; 4MIM A; 1ZGJ A; 3H5N A; 2NYX A; 3HRT A; 5BPI A; 1RIO H; 3KYL A; 1JUS A; 1MMA A; 4HOB A; 2VBY A; 1NK3 P; 4LMY A; 2KRC A; 3K10 A; 4XKW A; 5BS6 A; 1X1D A; 1W0U A; 4EM1 A; 4GYI A; 4CH7 A; 4CCN A; 2PG4 A; 3BG5 A; 4JX5 A; 3A01 B; 1QPI A; 4BHB A; 3J81 K; 2JPC A; 5CPR B; 4IHS A; 3PO3 J; 3RPU A; 2VN2 A; 1KU2 A; 2CUE A; 2ME6 A; 1LDD A; 2HDW A; 3BT9 A; 4XLN F; 5J1Y A; 1BI1 A; 2FMY A; 1WJC A; 2GA2 A; 4C9Y A; 1YW9 A; 2IA0 A; 3DKX A; 5LHI A; 4YFN F; 2XSJ C; 3BDD A; 3DBH B; 3MKL A; 3E6B A; 1ZG3 A; 4GXO A; 3T1B A; 1ZRD A; 1KYW A; 2IS2 A; 1K6Y A; 2J5P A; 3E6C C; 3HUG B; 5B3S H; 2DDB A; 4U0W A; 3J7Y J; 2LK2 A; 4HX7 A; 3OYF A; 1MDM A; 1IUY A; 1REP C; 2PEX A; 4B47 A; 2A07 F; 5DTD A; 1R7J A; 1X3U A; 3VSK A; 3DTE A; 1D1B A; 4FX4 A; 4BDZ A; 2FF4 A; 2BXZ A; 1XGN A; 2EZL A; 3GF2 A; 4FQG A; 2AXT C; 3S3M A; 4IHT A; 2L9S A; 5F04 A; 2K7L A; 1IN4 A; 1VQ5 I; 2P5V A; 4G9Y A; 2ZXI A; 4MLO A; 4E4H A; 3GWZ A; 3BP8 A; 1W7P B; 1J59 A; 3OS1 A; 3AL0 B; 4MNU A; 2HXO A; 3H5A A; 2K9L A; 3RKX A; 4NBQ A; 2X6Y A; 3WHC A; 4MTD A; 1I6H J; 3PQK A; 2I8D A; 1UFM A; 4XQF A; 3TP3 A; 3N97 A; 5HDK A; 4XON A; 2QQ8 A; 4ZZL A; 1RUN A; 3CDI A; 2CFX A; 1QVU A; 5B5E C; 1UMQ A; 4YEJ A; 2NRA C; 2FQ4 A; 3S2D J; 2YUS A; 4PCQ A; 2GXA A; 3FK6 A; 2OU2 A; 2DJN A; 2ESN A; 2ZJ2 A; 1P7I A; 3O2P E; 4KIS A; 1FPQ A; 4C3J J; 2DMP A; 2XF5 A; 2WV0 A; 4FTH A; 5E8G A; 3QOP A; 3L2U A; 3M8F A; 1TNS A; 3FXJ A; 4BUP A; 1CF7 A; 2CYY A; 4HV6 A; 5GPC A; 1XGO A; 1WVR A; 4A3J J; 4ON0 A; 5F1J A; 1LFP A; 3S8P A; 4L5J A; 1J5Y A; 1U78 A; 2WAQ N; 4JX6 A; 5FO5 A; 5HLH A; 2HYJ A; 4KIG A; 2XSD C; 1IRZ A; 3I71 A; 5E3M A; 4QIW N; 3KZI C; 3ZR8 X; 3CUQ C; 4ENJ A; 3A0B C; 3BLY A; 2MW8 A; 3J7A Y; 2LNB A; 2HOA A; 2PJP A; 2UXX A; 3BTC A; 2G9W A; 1D8J A; 3IH3 A; 1KU7 A; 2UZK A; 1TLH B; 2R7D A; 2CMP A; 2EB7 A; 2V1X A; 4A12 A; 2E7W A; 5CVV A; 2A6T A; 2JMW A; 2Z2S B; 1LEB A; 2DI3 A; 3OYM A; 1Y6I A; 3SJM A; 3MEX A; 3VYR B; 3K70 C; 2HOS A; 3KP4 A; 2NS0 A; 2XF7 A; 4PK4 A; 1R5G A; 4CGZ A; 5LBQ A; 1LVA A; 2E1C A; 1Q1V A; 2YSR A; 3OOP A; 2CH0 A; 4B3X A; 2D45 A; 4BU2 A; 3G4S I; 2QA4 I; 4XN0 A; 1IDZ A; 4NHJ A; 4D7M A; 2DK5 A; 4N4O B; 1K61 A; 3FKJ A; 2ZCW A; 3FM5 A; 5HS9 A; 4UVC A; 2L01 A; 1I1S A; 3WTS C; 3SZP A; 2GZW A; 4M9Z A; 2YR2 A; 2FUG 2; 3E7L A; 2ELH A; 2ZC2 A; 5EF6 A; 5HVQ C; 2HVR A; 2JTV A; 1SFU A; 1X3Z B; 2LVS A; 1FEX A; 2LDU A; 3MKZ A; 3JRE A; 2JT1 A; 2IS1 A; 1OIS A; 1XMX A; 2WBM A; 1PJR A; 2VJ4 A; 3ERM A; 2RDP A; 4XOT A; 2RKH A; 2RRE A; 2XKP A; 1HW1 A; 1OYI A; 2L02 A; 1QZZ A; 3BG9 A; 4KUM A; 3MWM A; 2NVY J; 3QYF A; 1HDP A; 3CCM I; 3M8J A; 3FIS A; 1W36 C; 4OAZ A; 2YPR A; 4I99 C; 3CJQ B; 3PO2 J; 2BVL A; 2KIU A; 3FXL A; 3ABU A; 2AQF A; 2YS9 A; 1X3W B; 3GO5 A; 1SMY F; 5ILU A; 4BKX A; 1KQ9 A; 1UST A; 3QPH A; 1MNE A; 2M45 A; 3JRA A; 3DBR B; 2LRD A; 3R0J A; 4RLF A; 1ITY A; 1ZGA A; 2DDA A; 2KIS A; 2ELJ A; 3OYE A; 1D1A A; 3QAH A; 1R36 A; 3K4N A; 1JKR C; 1I50 J; 4QLC U; 2VQC A; 1MH4 A; 1FMV A; 4IVN A; 3ZMZ A; 2IVM A; 2XRN A; 4A3E J; 1X2M A; 2XUB A; 3OYJ A; 3IWZ A; 1FTT A; 4HAM A; 1O3Q A; 2DT5 A; 1JHF A; 4IF4 A; 5E1Z B; 2V6E A; 3KEO A; 4HW0 A; 1Z6R A; 4EMS A; 1NTC A; 1QQI A; 1LJ9 A; 3JSO A; 4BE1 A; 4XLA A; 3ZMS A; 2GA1 A; 3LSJ A; 3K6G A; 4QTR A; 2R5Y A; 4KN4 X; 3ECH A; 2BZT A; 4CO8 A; 2EH3 A; 5LD2 C; 3RJP A; 3RTR A; 4XLP F; 3FKI J; 4IHV A; 4G8X A; 4HF1 A; 4HG2 A; 4OIO F; 2EFN A; 3HL2 A; 3TED A; 1TW3 A; 2F5E A; 4HEA 2; 4C2M J; 2L7Z A; 2K40 A; 3M1C A; 4XSZ F; 2F2E A; 1UCR A; 2CQK A; 4ZZD A; 4XRM A; 4B1R A; 4BE0 A; 4AID A; 2VPL A; 1O3T A; 2VJJ A; 2TRT A; 4CCM A; 1G59 A; 2VJI A; 2K27 A; 3I59 A; 3LSK A; 2ZB9 A; 1MD0 A; 2BOL A; 1G3S A; 1XSD A; 3VEP A; 5E79 C; 1E17 A; 1OCP A; 4EM2 A; 1WJA A; 4UUT A; 2FQ3 A; 2CQ7 A; 3DTI A; 2MD5 A; 2M0C A; 3LWF A; 5ILV A; 3D0S A; 5C4J J; 2IXS A; 4ZYH A; 4AYB A; 2VBZ A; 3E6D A; 1U3E M; 2DBB A; 5M3F J; 1OLT A; 3R0A A; 1EJ9 A; 2VUM J; 3CLO A; 4V2G A; 3GTK J; 2HQR A; 2OCC H; 2R7W A; 4A93 J; 2VT3 A; 3M9A A; 2WY8 Q; 3LSG A; 5HS8 A; 5IT9 Z; 2RQP A; 3R6S A; 4CCL A; 3NRV A; 4L9N A; 4Q48 A; 5DUK A; 3OSG A; 2FOK A; 2ID6 A; 4KMF A; 2W4S A; 5HOD A; 3WG7 H; 2E2H J; 5L3C A; 3GFI A; 4RAY A; 4PJN A; 1VQ7 I; 2KP6 A; 4GYG A; 4BXU A; 1MJA A; 1QNT A; 3F8N A; 1HKQ A; 1QHG A; 2M4G A; 3I54 A; 3LST A; 4U87 A; 1YYV A; 3LQR A; 3SDB A; 2OBP A; 1Y0U A; 2XGX A; 2O0Y A; 2A61 A; 2XKO A; 2JA2 A; 3K1N A; 4ZYE A; 4PFO A; 1I39 A; 3SHF A; 5JHU A; 3CO7 C; 3NEU A; 1MW7 A; 1IN7 A; 4FX0 A; 2V9K A; 2VQG A; 3JW4 A; 4KIB A; 4A3M J; 3FBI B; 1B8I A; 2NVT J; 2GXB A; 2VIX A; 5IP7 J; 2R7F A; 4ESB A; 3IRQ A; 3S32 A; 3BJO A; 3C2H A; 4GGG A; 1R5I D; 1MBE A; 4KA4 A; 2KT0 A; 2R7R A; 5CVU A; 2EFO A; 2XAJ A; 3HPG A; 3T0Y A; 3TW7 A; 3BOQ A; 3ZQC A; 2L3D A; 5DYM A; 2DA6 A; 1A36 A; 3DKW A; 1GXQ A; 1TQP A; 2CUZ A; 4HDU A; 4M71 A; 4P1W A; 3EYI A; 1E0E A; 2CFO A; 4RBO A; 3WTV C; 1XDS A; 5HLT A; 2OV7 A; 1UAA A; 3RKY A; 2L7K A; 1LE8 A; 2KIM A; 2XRO A; 3M07 A; 1WJD A; 2W1O A; 3ZMD A; 1USS A; 3LA2 A; 1ZR4 A; 3GZN B; 2KLO A; 4HLX A; 4KIF A; 5JR3 A; 3OS0 A; 4PZJ A; 3ZXS A; 2HEO A; 2WA0 A; 2ZXH A; 1BOA A; 1VQM I; 3TKY A; 3CZ6 A; 2WC2 A; 3LL7 A; 3BR2 A; 5E1W A; 4Q47 A; 1D0Y A; 4JP0 A; 4XN3 A; 3KLN A; 1XDU A; 2STW A; 1O3R A; 3S14 J; 1AU7 A; 1WJ5 A; 1WI3 A; 1QZY A; 5EEG A; 4BBR J; 1OCT C; 2QSH X; 4BYY A; 3I4N J; 4XK4 A; 4UVA A; 5FFZ A; 2DYS H; 3U2R A; 2X9D A; 3KZZ A; 4XNF A; 2DMU A; 1I3A A; 1W5T A; 4AU7 A; 2HTJ A; 3NAU A; 3AG1 H; 1OCC H; 4IZZ A; 1KA8 A; 1N75 A; 3FMQ A; 3ISP A; 4FE7 A; 1VF9 A; 1F4K A; 5GAD J; 2GIZ A; 2W84 A; 5LHG A; 4ZJZ A; 1TW2 A; 2F4M B; 2OZU A; 3OYL A; 5FD6 A; 2O7O A; 3LSP A; 1XPX A; 3FDY A; 3DBL B; 3P9K A; 2HQN A; 4O6J A; 2W00 A; 5KVR A; 3ZGK A; 3RSN A; 4KT6 A; 2BY3 A; 3U1D A; 1E2X A; 1GHC A; 3S1N J; 3HG9 A; 3R4K A; 4QPO A; 4BNC A; 2QVO A; 3MN2 A; 1ETX A; 2DTR A; 2VAS A; 1B9N A; 1B8I B; 3HGY A; 4BXX J; 1I27 A; 2UXN A; 5D8L B; 1OQY A; 4P96 A; 4OIP F; 3HOU J; 1MBF A; 1J2X A; 2FOW A; 4YFX F; 4H0E A; 2VOO A; 1JTX A; 1MZB A; 3PFY A; 1W7P D; 3JAM K; 4RM3 A; 4GDF A; 1D5V A; 2NS8 A; 3GXO A; 3FBN B; 1QA6 A; 4LB5 A; 3GEZ A; 4A0X A; 2ZSI B; 3MZH A; 1RKT A; 2RQQ A; 1G2H A; 1OPC A; 2VKV A; 4ZDL A; 2BXY A; 1ULY A; 2Y0S A; 1FIP A; 3VYS B; 2JUG A; 4FET A; 3LSI A; 1A04 A; 1QBJ A; 2BHZ A; 1VFC A; 2L9V A; 5DM7 F; 2UWM A; 3ZQI A; 4Y7N J; 4CXF A; 3AFH A; 3GVA A; 2H8W A; 4QWQ A; 3DQV C; 5LFA A; 1ZRE A; 3GTP J; 4MFE A; 3EUK L; 5FKK A; 3OL4 A; 4U0Y A; 3BTI A; 3MQ0 A; 3J7Z I; 1S72 I; 4I7H A; 3HRM A; 1IZ1 A; 2IA2 A; 4L5E A; 4KJZ A; 5ERI A; 5L3F A; 2ECC A; 3RPU D; 2AHQ A; 3KPH A; 4UXN A; 2GXG A; 1SVO A; 2XIG A; 4LOC A; 3Q9S A; 1H88 C; 2PQ8 A; 1IXS B; 1J0R A; 3IWF A; 2V7F A; 3DV8 A; 3MAJ A; 4ESF A; 2DA5 A; 2O03 A; 4Y33 A; 3BZ6 A; 5L3D A; 1K4T A; 1C0W A; 3LA7 A; 3QQA A; 4B8X A; 5B1A H; 3CCJ I; 5AIQ A; 1PYV A; 2ESH A; 2HI3 A; 3CES A; 5C3E J; 1J9I A; 2FRH A; 3IKV A; 1APL C; 2UV1 A; 1BBY A; 5FGM A; 2PMU A; 3CJN A; 5FFX A; 5H20 A; 4I02 A; 3GW2 A; 2UUZ A; 1ZRC A; 1VQO I; 2EWN A; 4RM2 A; 3RZD J; 3AG3 H; 2CV1 A; 1F36 A; 3CDL A; 5HNF A; 3KET A; 3CC7 I; 2QLZ A; 4E7Z A; 3HOX J; 1Z3Y A; 1FP2 A; 1TQI A; 2VC1 A; 4AYB N; 1BR2 A; 3CME I; 3QYE A; 4WXH A; 1BIB A; 3KP3 A; 3S17 J; 4ENM A; 1XN7 A; 2XAU A; 2MAB A; 1RPW A; 3EDP A; 4IRI A; 1FSH A; 1OYW A; 3BWG A; 3BR5 A; 3L9F A; 5CVR A; 1W4M A; 3BG7 A; 3DU5 A; 1ETO A; 1SFK A; 2QQA A; 3FF5 A; 4UUS B; 1XB4 A; 3ZN0 A; 2DA4 A; 4E7J A; 1Z7U A; 1X4O A; 1D0Z A; 1WJF A; 3HOS A; 1GXP A; 2CWE A; 4W1U A; 3DPT A; 1F43 A; 4BQO A; 5D6E A; 3L7W A; 2VKH A; 3HOV J; 2CSO A; 2HGC A; 1PP7 U; 1XGM A; 1IAW A; 2VQH A; 5J47 A; 3U21 A; 4U7D A; 2MGQ A; 4L9T A; 2QUF A; 2R7S A; 4X6A J; 1BW5 A; 4OMZ A; 1RI7 A; 5B66 C; 2X51 A; 4F91 B; 2AQE A; 4UB6 C; 2C6Y A; 1R49 A; 3JTG A; 5E8I A; 4RA2 A; 5BPD A; 3S15 J; 2Q8K A; 4YG2 F; 3JCU C; 4GCV A; 1EH6 A; 4RS8 A; 2KFD A; 3DLA A; 3DF8 A; 4N9I A; 3KEQ A; 2L9N A; 3K4K A; 1PDN C; 4OOI A; 1XS9 A; 1YQA A; 4F92 B; 2EA4 A; 2M87 A; 3L2C A; 2MA3 A; 1S29 A; 5DD4 A; 4JK1 X; 1R4M B; 3I9V 2; 3H36 A; 2LF7 A; 4TV7 A; 4AIJ A; 2XB5 A; 4RMN A; 2VQL A; 1K79 A; 2LD5 A; 4OIR F; 4F3Q A; 2OUM A; 2Q0O A; 3RCO A; 2HKX A; 2MYS A; 2VE8 A; 2MH2 A; 4IJA A; 4L5I A; 3W2V A; 2RN7 A; 3KIO A; 2D5V A; 3PQJ A; 4RAG A; 4DQ2 A; 1R5H A; 4LG3 A; 1Y1W J; 2E1M B; 4EGZ A; 1DGW Y; 1D5Y A; 1DPU A; 3MKW B; 1A35 A; 4KDP A; 5DCM A; 3BCA A; 1R58 A; 4N4N B; 4NNJ A; 1ZLK A; 1R1V A; 3TMO A; 3J80 Z; 2JRM A; 2XGD A; 4A3G J; 2DOA A; 2A6H F; 4UUV A; 1S8N A; 4BDY A; 1RR7 A; 3DU6 A; 2WTE A; 2FU4 A; 3OR2 C; 1TT5 B; 3I4P A; 4OAY A; 1HLV A; 3KFW X; 2D1V A; 2W24 A; 2BYV E; 1HW5 A; 2E71 A; 2PI0 A; 2VKD A; 2MC3 A; 5CQE A; 2K3F A; 4M9S A; 3SZT A; 4BAY A; 2CS3 A; 1VZ0 A; 2HNH A; 2KJC A; 4G6Q A; 3U9G A; 3AG2 H; 5KAI C; 1YTY A; 2LLK A; 3HOZ J; 3C18 A; 3RDI A; 1F9N A; 3WE2 A; 5EJC A; 2QKL B; 2E1N A; 2WY7 Q; 2MSY A; 2QCO A; 1J75 A; 3DLL F; 3PFI A; 3HTS B; 4P9U A; 3KYD B; 2OCE A; 3P9I A; 4BY1 J; 3H3Z A; 2LBF B; 2HVQ A; 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