The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
20
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sequence length |
65
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structure length |
65
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Chain Sequence |
NERRILEQKKHYFWLLLQRTYTKTGKPKPSTWDLASKELGESLEYKALGDEDNIRRQIFEDFKPE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the fourth FF domain of yeast Prp40 splicing factor.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Nuclear protein
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| molecule keywords |
Pre-mRNA-processing protein PRP40
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| total genus |
20
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| structure length |
65
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| sequence length |
65
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-02-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01846 | FF | FF domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | FF domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JUC A; 2L9V A; 2LKS A; 2DOF A; 2CQN A; 4FQG A; 2DOD A; 2K85 A; 2DOE A; 2KIQ A; 2B7E A; 1UZC A; 2KIS A; 2KFD A; 2E71 A; 2KZG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2BE5 F; 5FLV A; 3H9J A; 1GT0 C; 2FOK A; 4U0W A; 5JLX A; 3BQY A; 3HGG A; 3BCB A; 3MFK A; 4G9Y A; 4KT6 A; 3PO2 J; 4WXD A; 3LSR A; 4KJZ A; 3CCQ I; 1IAW A; 2CQN A; 2Q0O A; 3BZK A; 3CUQ A; 4M3G A; 2CV2 A; 3RJP A; 3ZQC A; 2KIS A; 2VJJ A; 1BJZ A; 4RB0 A; 2JN6 A; 3CJR B; 4ZDL A; 2LR8 A; 4ZYE A; 5CJ9 A; 5HNH A; 1FWZ A; 2D2W A; 1R6R A; 1X1B A; 4S04 A; 4RAZ A; 1W36 D; 2KKO A; 2ZXW H; 3SZG A; 2EJR A; 2HZT A; 1FOX A; 1W5C C; 1QZE A; 1OKR A; 4AC0 A; 1B72 B; 3GW2 A; 3KYD B; 2IRF G; 1BC7 C; 5TJJ A; 4E7H A; 3ECO A; 4M74 A; 2AHQ A; 2K27 A; 4OOI A; 1HA8 A; 5M5Y J; 4N0B A; 1BBY A; 4OIQ F; 4IHX A; 3I4M J; 3BG9 A; 1DP7 P; 1WFX A; 1ZGJ A; 3WE3 A; 1JE8 A; 1H88 C; 1P4X A; 3QYF A; 2HVS A; 4JBA A; 4E6K G; 3DCF A; 4IVN A; 3V42 A; 4HX7 A; 5ERI A; 4ENK A; 1Z21 A; 4OMZ A; 2GOX B; 1BOA A; 1D0Z A; 1JUP A; 1LVA A; 3HC7 A; 3M8F A; 1U5T B; 1BC8 C; 5FKK A; 2CUZ A; 3DPU A; 3GTQ J; 3S16 J; 1JUS A; 4UB8 C; 3CC4 I; 4MO7 A; 2A61 A; 3FM5 A; 4HNV A; 3JRH A; 2FEZ A; 2JQ7 A; 1IN4 A; 3GTG J; 2K4J A; 3LL7 A; 3ZMD A; 3ZMS A; 1UST A; 2A5W A; 2HEO A; 1HST A; 1F9N A; 2MA3 A; 4I7H A; 3HHG A; 2JZY A; 3I56 I; 3B6A A; 5IP6 A; 2W48 A; 1REP C; 1JI8 A; 3TQN A; 1MBF A; 1U3E M; 4UV9 A; 1ZR4 A; 3I9V 2; 2HR3 A; 1Y1V J; 1KYW A; 4A3M J; 5J3L A; 2GIV A; 1XMK A; 4EJW A; 2EZL A; 1ZTR A; 3DFG A; 2C6Y A; 1ZN2 A; 3LSI A; 4E7K A; 2GAU A; 3MN2 A; 4KYW A; 5FO5 A; 1R5G A; 4IL6 C; 3PO3 J; 4ZJZ A; 1ULY A; 2M30 A; 4XR6 A; 3G2B A; 4UB6 C; 5D5V B; 2D1H A; 2QSF X; 4E70 A; 3Q5F A; 3CDI A; 1OYY A; 4YEJ A; 4DIQ A; 3L2Q A; 1HW1 A; 2VQG A; 2ECC A; 4KDP A; 5LFA A; 3K1N A; 2H8W A; 4MIM A; 3ZQH A; 3K0L A; 2JA8 J; 2ID6 A; 2FML A; 2XDV A; 2PI0 A; 4CXF A; 5TIS C; 4G7Z F; 1QU3 A; 1FPQ A; 1HXD A; 3V8K A; 1XMA A; 5EEH A; 1LUJ B; 1HW5 A; 1KU9 A; 3I59 B; 2MBF A; 3L1P A; 3J80 K; 2X1C A; 5K5Q A; 2R92 J; 4N9I A; 2K5C A; 5E17 F; 3UR3 C; 4EEF G; 4C2T A; 2DA3 A; 4BBR J; 4PGH A; 2DOA A; 2L9R A; 4Y3O A; 3K4C A; 3TO9 A; 1TQM A; 2EFO A; 4GYI A; 3WU0 A; 3AAF A; 4JP0 A; 2LFB A; 4CCN A; 2PMU A; 2VIX A; 1SFE A; 2CJJ A; 3F22 A; 5F64 A; 2CSO A; 1R71 A; 1J0R A; 2X48 A; 3BDD A; 5JHF A; 3GTJ J; 2FNP A; 5EG0 B; 2ESN A; 3C18 A; 1V55 H; 3ELK A; 2M34 A; 2HZD A; 5D4S A; 1ZLK A; 4CYC B; 1N77 A; 1R00 A; 4B43 A; 2G7U A; 2FF4 A; 2X9D A; 2R0Q C; 3WU2 C; 2M0C A; 3TO6 A; 4ZYD A; 3RI4 A; 3OV8 A; 1MH3 A; 1WI3 A; 3V8L A; 1P7I A; 1Z9C A; 4OAY A; 5EGO B; 5IT9 Z; 3PUB A; 2QWW A; 2BVL A; 4HZF A; 1SVL A; 2CQX A; 5LBQ A; 2TRT A; 1VQ9 I; 2A5Y B; 2FOW A; 4BEH A; 2HYF A; 3N97 A; 1OCO H; 1IDZ A; 2A68 F; 1B1B A; 5EJC A; 3BG3 A; 2IBD A; 3BT9 A; 4XLC A; 1XD7 A; 3OR2 C; 3GME A; 1W36 C; 1LJ9 A; 4XOP A; 2R4G A; 3JAM K; 4ZYG A; 1UG2 A; 1U9O A; 2W85 A; 3NEU A; 3LSK A; 2ZME A; 3R60 A; 3T1B A; 5EDN A; 2WA0 A; 4JX6 A; 2OCC H; 1YIJ I; 3OYD A; 5K5R A; 1QBJ A; 1XMX A; 1KA8 A; 3JRG A; 3H3U A; 5AIP A; 2FE3 A; 1KU7 A; 3VFZ A; 3HJE A; 1LB2 A; 3BR0 A; 1IXC A; 1WPK A; 4PJJ A; 4ZZL A; 1QQI A; 3G1O A; 3AL0 B; 2KRF A; 2DJN A; 5DM7 F; 5E1W A; 2NNN A; 3HB9 A; 1P92 A; 4S05 A; 1EV7 A; 1VZ0 A; 1FX7 A; 2H6B A; 4YG2 F; 3ZQI A; 5GAG J; 2DT6 A; 2ZJQ F; 5IOZ A; 3U2R A; 4RBO A; 4FX4 A; 4A69 C; 4B3A A; 3BY6 A; 3QU6 A; 2XGC A; 5DYM A; 4Z2Y A; 3J81 Z; 4Y15 A; 3J7A O; 3FXM A; 1VTN C; 1MMD A; 2VKH A; 3K4M A; 1JUM A; 2Z9O A; 3PSI A; 2KHM A; 4RB2 C; 1P4W A; 1V54 H; 1RNL A; 4Y13 A; 2H1L A; 4KNY A; 4YFN F; 3G3Z A; 4S0H B; 3Q9V A; 1XCB A; 2BHY A; 2LOO A; 3VOE A; 1NK2 P; 1TWC J; 2VN2 A; 4HLY A; 1VQ8 I; 3K4B A; 4BE2 A; 1IDY A; 3O8H A; 2DTZ A; 2VPR A; 1R5H A; 1Z1D A; 2X1D A; 2ZXI A; 4JX5 A; 4NC8 A; 3R0J A; 3C3W A; 3I4P A; 1UHM A; 1EA3 A; 3RKW A; 3QPH A; 3A0B C; 5ICF A; 1OFC X; 2E5Z A; 4G6Q A; 4GDF A; 1H9G A; 1BI1 A; 4E7L A; 2EPF A; 4FT8 A; 3IWF A; 2GA2 A; 3WGI A; 5K7F A; 2MGQ A; 1XSX A; 2IGO A; 3MZ8 A; 1I3A A; 5EF6 A; 2LBF A; 1GLN A; 2ZKZ A; 2OUM A; 3F8C A; 1KQ0 A; 4GGG A; 1FOY A; 4DYR A; 1QVT A; 3ABM H; 5GAE J; 1Z77 A; 2TCT A; 3GFL A; 3IV5 A; 3BTL A; 3DPT A; 3ZP5 A; 1ZAO A; 2QF7 A; 1FBQ A; 4XLE A; 2EQR A; 2W1O A; 3LWF A; 3K2A A; 2VBW A; 4NBQ A; 3OS0 A; 3BLY A; 2KLO A; 2QGU A; 4IRI A; 2LY1 A; 4BY7 J; 3S2H J; 2TDX A; 3ZGK A; 2OJE D; 5IYB J; 4U7D A; 3C2G A; 2HOS A; 3CDL A; 2KT0 A; 1B9M A; 1DU0 A; 1U78 A; 1GVJ A; 3ISP A; 4PZJ A; 1S3J A; 3BR6 A; 4BHC A; 1J75 A; 2HQN A; 1HOM A; 3ERM A; 1PUF A; 1I1S A; 3L9F A; 2R7S A; 1KU3 A; 2QYO A; 3J7A Y; 3W3C A; 1ETY A; 2M4K A; 3S1N J; 1HLV A; 2RDP A; 1H9T A; 1TWA J; 3BQZ A; 1MND A; 1FP1 D; 3CF2 A; 1S7E A; 4AVP A; 3K2Z A; 1EH8 A; 2D1V A; 2EFW A; 2HDC A; 2IT0 A; 1MJA A; 2I8D A; 1X58 A; 3TL4 X; 4EAT A; 1JTX A; 1UJ8 A; 2XGD A; 5GAD J; 4L9J A; 4MEY F; 3NRV A; 3ESW B; 1W4M A; 4IPA A; 2XPU A; 4FIS A; 4M9Z A; 1B6A A; 1UB9 A; 1YOV B; 2JSC A; 1X4P A; 3TED A; 4PFO A; 3OSF A; 1O57 A; 2CH0 A; 4B09 A; 1MMN A; 2HS5 A; 3M1E A; 3TW6 A; 3HTS B; 1J9I A; 1VQN I; 2FQ4 A; 2ZCW A; 1SAX A; 2FBI A; 1MIJ A; 3KZZ A; 2V1D A; 4CZZ A; 2Z2S B; 5HDG A; 1FYM A; 4A3D J; 2V7F A; 1YFH A; 1T56 A; 2WY7 Q; 5CVR A; 2DOF A; 5M5X J; 1VQO I; 3OYK A; 3MKY B; 1T6S A; 3P7N A; 3QPS A; 1Z05 A; 1TT5 B; 2XSJ C; 3SDG A; 4EM2 A; 3KYL A; 4LG0 A; 3RPU A; 1M1E B; 4TV7 A; 1RC9 A; 4UUS B; 3S3M A; 2DFH A; 1D1C A; 2CS3 A; 3OYC A; 1CF7 A; 4CH7 A; 2ICW G; 5B1B H; 3FM3 A; 4IOC F; 3EPZ A; 4V19 K; 2E2J J; 1S8N A; 1W5S A; 1DPR A; 1K7A A; 2XAH A; 2HOT A; 4OWR B; 5CVI A; 2Q8K A; 2ZSH B; 5DUI A; 3S3O A; 2R7F A; 1TTY A; 2HDW A; 1BR4 A; 5F27 A; 2QM3 A; 2Y2Z A; 3M8E A; 4PCQ A; 1ZG5 A; 2Z33 A; 2UV1 A; 2O7O A; 2CU7 A; 1X3U A; 2OCE A; 4MQV A; 4LMY A; 2DTR A; 2DT7 B; 4BJ5 C; 1TNS A; 4KIB A; 5CLS A; 4U7B A; 2V9P A; 4OIP F; 1FY7 A; 4ZZD A; 3DEE A; 1B9N A; 2UXN A; 1ODD A; 3PNV A; 1BN5 A; 3WGH A; 1N78 A; 2YX7 A; 2DFF A; 2PLY A; 1V5F A; 3KP2 A; 4L9N A; 5ILU A; 2J5P A; 2Y9Y A; 3OYM A; 4M3B A; 2WTE A; 1TP4 A; 2VB6 A; 1MBK A; 3DP7 A; 4E7J A; 3MEX A; 3LFU A; 1WJA A; 1WJ5 A; 4FE4 A; 3CCV I; 4CCM A; 3CD6 I; 3HSE A; 2V4J C; 4FAS D; 3G73 A; 1FC3 A; 3E6B A; 2ID3 A; 2HTJ A; 1VQK I; 2IEK A; 1MSE C; 2K9M A; 1Y56 A; 2GLO A; 1IRG A; 4PJN A; 1Z0X A; 4HNU A; 1OYW A; 2EBI A; 4HYE A; 4IRG A; 2QKL B; 4BXU A; 4OIO F; 4UHT A; 3OYL A; 4Y33 A; 4BH9 A; 4FET A; 3QWL A; 1RUN A; 1HSJ A; 3VSK A; 2CW0 F; 4F91 B; 3Q0U A; 2OBP A; 4D9J A; 2BV6 A; 1BA5 A; 1Y6I A; 1JXS A; 4A12 A; 1FMV A; 4CZC A; 1H0M A; 2VBX A; 5B66 C; 5DEQ A; 3F6V A; 3IAM 2; 5K7Z A; 4I6Z A; 4GRI A; 1B4A A; 2ZNZ A; 4B1R A; 4WWC A; 2R7V A; 5HOD A; 4BE0 A; 2LYC A; 2WAQ N; 4C3H J; 2Y9Z A; 4G8X A; 2WWY A; 1K78 A; 3TOB A; 2E2H J; 4CYD A; 1TQI A; 5KHD A; 2JPC A; 3AFH A; 2Z3Y A; 2LY9 A; 1G8X A; 2NAZ A; 2XUB A; 2V9V A; 3CLQ A; 1S6L A; 3IRR A; 4YIF A; 5HLI A; 1D0Y A; 2DDA A; 4RMN A; 4OIR F; 3HOX J; 3A01 B; 1Q1H A; 4IJA A; 2MW8 A; 2IA2 A; 1S9H A; 5K1Y A; 2AQF A; 2HOE A; 3FDY A; 2PQ8 A; 3KE2 A; 1SD5 A; 4BS9 A; 2B0L A; 3K4N A; 3KYC B; 2L9V A; 1FYL A; 1IUF A; 1MMG A; 2RNG A; 2VKE A; 2NYX A; 2XPV A; 3PFY A; 3IP4 B; 1WKM A; 1SC7 A; 1XS9 A; 4IF4 A; 2IGM A; 1WJE A; 3LA3 A; 3HKZ N; 3LSP A; 2AS5 F; 2QQ9 A; 2WBM A; 3OYJ A; 4B44 A; 1IW7 F; 2LH9 A; 3TW7 A; 3E0J B; 2RQQ A; 5E8G A; 3DWL E; 3OL4 A; 3BJA A; 2FBH A; 5JVT A; 5GP9 A; 2HOA A; 1S7A A; 2LC2 A; 1LE8 B; 2EA4 A; 2H6C A; 2ZME C; 1XDS A; 1IC8 A; 5E3L A; 3PJR A; 4L0Y B; 2CV1 A; 1J09 A; 2DA2 A; 1V3F A; 4ESF A; 4E7Z A; 3HOV J; 2LKX A; 2EIK H; 4PK4 A; 3TO7 A; 3LQR A; 1OR7 C; 2K40 A; 4I76 A; 2WAE A; 4HF1 A; 3S14 J; 1ACI A; 2XIG A; 1A5J A; 1U9N A; 1O7F A; 2V26 A; 2CW7 A; 3VYR B; 3ZMU A; 1K6O A; 1ITY A; 4CHU A; 4XOR A; 2DOE A; 4BL0 B; 3RPU D; 3ZMT A; 3GBG A; 4A0Y A; 4C3J J; 3GTM J; 2JSP A; 4PJ0 C; 5ICG A; 4NQW A; 1XC5 A; 2XAF A; 2O03 A; 3R4K A; 2ZJR F; 2NVX J; 5J4V A; 3OIP A; 2M9H A; 3K69 A; 3HG9 A; 3SZP A; 1ZKG A; 3U9G A; 4IO9 F; 4BNC A; 1EH7 A; 2EV6 A; 3JRD A; 1FOK A; 3R0A A; 5B5E C; 1X19 A; 2CRG A; 3CUQ B; 1G59 A; 3WTU C; 3ZCO A; 3H35 A; 2O0Y A; 4HLX A; 1T0F C; 3LFK A; 4B8X A; 3G4S I; 2OAZ A; 2NVU B; 1KON A; 4V2F A; 1UFM A; 3JRC A; 1ZQ3 P; 4DBQ A; 1MJB A; 3FK7 A; 5LHH A; 3PFI A; 1LDJ A; 4L5J A; 3OYN A; 1T98 A; 5FLX K; 1BIB A; 2F5F A; 3FZV A; 1JKQ C; 3GZ5 A; 3MKZ A; 4BXX J; 2EZI A; 1ETQ A; 4A3J J; 1ETW A; 3OYF A; 1WJC A; 1XG1 A; 2VE8 A; 1UHS A; 3KP5 A; 4KIF A; 1ZRC A; 3BG5 A; 2I10 A; 2VOD A; 3DQV C; 1ZRD A; 2VOP A; 3M1C A; 3RYR A; 3AG2 H; 2KMU A; 3ERE D; 3HOW J; 4XL9 A; 4YII A; 5DCM A; 1R5I D; 1Z3Y A; 2VAS A; 1U6G A; 1MSF C; 3OIO A; 3BP8 A; 1B8I A; 4WCG A; 3WTW C; 1RI7 A; 2VPL A; 2RNJ A; 3QP6 A; 2LRE A; 4BDZ A; 2L02 A; 5JFR A; 1BW5 A; 2DLL A; 1WGX A; 1E2X A; 2P8T A; 5E3O A; 4YFK F; 4MGR A; 5E1X A; 3PIP F; 2W24 A; 4CCO A; 1H89 C; 1XGO A; 1IXS B; 1X1D A; 4BGD A; 1OCC H; 5LD2 C; 4PDK A; 1NHA A; 1U8B A; 4M6V A; 3ONQ A; 1BM9 A; 2DMP A; 3HPH A; 2GZW A; 3A0H C; 2E1M C; 4A0X A; 1T08 B; 2E1N A; 3E5Q A; 3HRT A; 3K10 A; 3N05 A; 2A6H F; 3X2Q H; 2MFZ A; 5LGN A; 3OYB A; 4HF0 A; 1UG0 A; 3H92 A; 3E6C C; 3RZO J; 1YJN I; 4A5M A; 3HOS A; 4HV6 A; 4XKV A; 3S1R J; 3BOQ A; 1SFK A; 3QP5 A; 5C3E J; 1C0W A; 3RQI A; 2DOD A; 3EUK L; 4ZH4 F; 5J1U A; 1XPX A; 1QZY A; 2IP2 A; 4PSW A; 4M71 A; 3FBI B; 4AID A; 3AG3 H; 3BPV A; 4A93 J; 1IRX A; 1WQ2 A; 2XB0 X; 5TGT A; 3LAP A; 2ZFW A; 2UXX A; 4J01 A; 3ZMZ A; 4ESB A; 5CVJ A; 1XB4 A; 1YE9 A; 2P4W A; 2WAD A; 4P9F A; 5M3F J; 2EV0 A; 3PQK A; 2IGN A; 3BZ6 A; 1FJL A; 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