The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
20
|
sequence length |
65
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structure length |
65
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Chain Sequence |
NERRILEQKKHYFWLLLQRTYTKTGKPKPSTWDLASKELGESLEYKALGDEDNIRRQIFEDFKPE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the fourth FF domain of yeast Prp40 splicing factor.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Pre-mRNA-processing protein PRP40
|
| molecule tags |
Nuclear protein
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| total genus |
20
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| structure length |
65
|
| sequence length |
65
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-02-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01846 | FF | FF domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | FF domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2B7E A; 2DOE A; 2E71 A; 2LKS A; 2JUC A; 1UZC A; 2KZG A; 2K85 A; 4FQG A; 2KIS A; 2DOF A; 2DOD A; 2KFD A; 2CQN A; 2KIQ A; 2L9V A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2FSW A; 2KT0 A; 4BU2 A; 3ABL H; 3JRI A; 1X1D A; 2JVG A; 2K02 A; 2QA4 I; 4C2M J; 4V2F A; 4CCK A; 1X4O A; 2Y31 A; 3EET A; 1LFP A; 5DD8 A; 3OL4 A; 4ZTF A; 1ZR2 A; 1G3S A; 5E8G A; 1MGT A; 1X19 A; 4HQE A; 2M9H A; 3BDD A; 4A2U A; 5FGM A; 2ZC2 A; 5K1Y A; 4EVI A; 1POG A; 4YFX F; 5FKL A; 2JUC A; 2XAS A; 3LA3 A; 3MQ0 A; 2K85 A; 3ZMV A; 1P4W A; 3K4M A; 3K9T A; 1O57 A; 5LGN A; 2L7Z A; 2K40 A; 3UNG C; 2R7W A; 2K3F A; 4NUB A; 4BS9 A; 2EFQ A; 2EV6 A; 3BZC A; 1GVD A; 2FML A; 2IW5 A; 4M3G A; 1WKM A; 2OBP A; 5DS9 A; 1XC5 A; 2A07 F; 5EZG A; 3CTA A; 3KIO A; 3SZP A; 2E1O A; 4E7K A; 1Z6R A; 2CUE A; 4D7N A; 2LKX A; 1U78 A; 5J1U A; 1V4R A; 1E0E A; 1YFH A; 5C44 J; 2DU9 A; 2XAG A; 3S1N J; 1U9N A; 2FU4 A; 3HSF A; 3ABK H; 3JRC A; 1UG0 A; 5DUK A; 1Y0N A; 4ITV A; 3OS2 A; 3EDP A; 5IYC J; 4C2T A; 1LEA A; 2GM4 A; 2OZU A; 3ECH A; 3IWF A; 1DGW Y; 3OS0 A; 2VJI A; 1LE8 B; 3CUQ A; 4FTH A; 2WAE A; 1WJC A; 5HS9 A; 3K1M A; 1YRN B; 1SD7 A; 1R49 A; 4NQW B; 5B1A H; 5DM7 F; 2ELK A; 4B4C A; 3BQY A; 3CCV I; 2AS5 F; 4AVP A; 2Y0M A; 5L3E A; 2TDX A; 2COM A; 3JTG A; 1T0F C; 2KLO A; 5LRS A; 1YJW I; 4G6T B; 4OAY A; 1I50 J; 2PMH A; 3CZ6 A; 4RB3 C; 2QSH X; 4A3B J; 3ZRG A; 3LFK A; 4LK1 F; 3QRF F; 4CYC B; 4AM3 A; 1O3S A; 2G7U A; 1F43 A; 2R7X A; 3GZ5 A; 3WTX C; 3WTS C; 5EEA A; 1YS7 A; 2ID6 A; 3B6A A; 4PFO A; 3Q9V A; 3I9V 2; 1VQN I; 2Z5U A; 3Q3S A; 3ZN0 A; 2EPF A; 3HHH A; 5FB2 A; 4F91 B; 5M5W J; 1VQ8 I; 1ULY A; 2LH9 A; 3OYF A; 2DK5 A; 5KNL A; 2V1D A; 3F8M A; 2DYS H; 2LNB A; 2IBD A; 2M4K A; 2WAQ A; 3GZN B; 9ANT A; 4FHT A; 1FIA A; 4A6E A; 1UZC A; 3J80 K; 1D5Y A; 1W0T A; 4M3E A; 3E6B A; 4G7H F; 3RYR A; 3T0Y A; 2P5V A; 3TED A; 2HVS A; 3IKV A; 4XON A; 2XB0 X; 4L9T A; 5ICF A; 3PQK A; 3BTJ A; 4II3 A; 3A0B C; 3TQN A; 1WQ2 A; 5EGO A; 2DQL A; 1MW7 A; 1QBJ A; 4KNY A; 3HSE A; 1ZGJ A; 1PJR A; 3JSP A; 4CCM A; 1GXP A; 1A36 A; 3ULQ B; 4A3K J; 5KAF C; 2X9D A; 4G7O F; 1SEU A; 2CS3 A; 2MAB A; 3J7Y J; 2O9L A; 1QPI A; 3F3X A; 3BR6 A; 1RKW A; 2XPU A; 3DV8 A; 2XGE A; 1IN8 A; 3CCJ I; 2VC1 A; 1W5S A; 2HKX A; 2OAZ A; 1KZH A; 2HQA A; 3WTU C; 2Z1D A; 2HZT A; 3HOT A; 2CMP A; 2M4G A; 3FF5 A; 4PK4 A; 2X48 A; 2OV7 A; 3S3N A; 5D4S A; 5J8C A; 3F8F A; 4ZZL A; 2E2I J; 4BAY A; 3GWZ A; 2GXG A; 1OQY A; 2KDZ A; 5IYD J; 3KP5 A; 2P0W A; 3DEE A; 3GTJ J; 1MNM C; 2XVC A; 3FDY A; 3BWG A; 3WHC A; 3K6G A; 3MZY A; 1KU9 A; 3OWT A; 3K4C A; 2PJR A; 3S8P A; 3FMS A; 2LF8 A; 1LFB A; 2Y0S N; 4UV8 A; 2EA4 A; 2X51 A; 4M3D A; 4BY7 J; 1ZG5 A; 2HPI A; 5CQE A; 1IN4 A; 3VSK A; 3WG9 A; 4WK8 F; 4XNF A; 3GZ6 A; 4IVN A; 1S9H A; 1FYK A; 2V4J C; 4N0B A; 1Q1H A; 1TT5 B; 2H94 A; 3QPH A; 4BJT A; 1QRY A; 3DKY A; 2DJI A; 1WSU A; 2ZME A; 4D1Q A; 3A4C A; 1BI0 A; 3I4P A; 3KYD B; 3KYC B; 4M3F A; 1DP3 A; 3PSF A; 4HST A; 4HYE A; 4DYR A; 1XMX A; 2L4M A; 2VJ4 A; 1LEB A; 2F4O B; 1R1V A; 2XAQ A; 2GQQ A; 3ZMD A; 4DYQ A; 3KP3 A; 2F48 A; 4RGS A; 4PJN A; 1H89 C; 4S05 A; 3HJE A; 2C6Y A; 4HZF A; 4EGY A; 3VFZ A; 3WE2 A; 3SJM A; 2W25 A; 3CC7 I; 5GAH J; 4MQ9 F; 1ACI A; 4MIM A; 2MGQ A; 1FBU A; 2L02 A; 2XGD A; 3Q9S A; 3IV5 A; 1LVA A; 3HHG A; 2F5V A; 1YS6 A; 3GLL A; 3V4G A; 3WOD F; 5IPA A; 3OYJ A; 3UKG A; 2BW3 B; 1TWG J; 2E35 A; 1Y8Q B; 1IN5 A; 1YE9 A; 5EEH A; 2MH2 A; 1MMS A; 2CQK A; 5J1R A; 2IA0 A; 3HTU A; 3U21 A; 2GLO A; 4MTD A; 4L5I A; 1H9G A; 2I5U A; 3FIS A; 1N78 A; 1XGM A; 3DU6 A; 3A0H C; 5FJ8 J; 1FTZ A; 4PSW A; 4U0Y A; 3CLQ A; 3LQQ A; 1SFU A; 4Y3O A; 1P6R A; 4CGZ A; 2DTR A; 4BYY A; 3HOV J; 4XOR A; 4B48 A; 4QIW N; 3K70 C; 2IS6 A; 1JE8 A; 1U9O A; 1WI3 A; 2HDD A; 3HOY J; 3OYL A; 1SVL A; 4G8X A; 5KCM A; 3I55 I; 2TCT A; 4CXF A; 5D6E A; 2DA7 A; 4P9U A; 3C2H A; 1WZ2 A; 5ILU A; 4HQM A; 3RQ4 A; 4KYW A; 3GME A; 3WU2 C; 3U1D A; 3DCF A; 1A5J A; 1MH4 A; 2CYY A; 5D5V B; 2VOO A; 1TBX A; 1S7A A; 4GDF A; 3FMR A; 5K5R A; 1VQ5 I; 2DQR A; 1E3H A; 3LSR A; 3H9G A; 3TW7 A; 2MYS A; 3DPU A; 2HKO A; 2UV1 A; 1QHH D; 1BW6 A; 3QU6 A; 3DTI A; 1BBY A; 3HKZ A; 3I59 B; 2R7T A; 4FCY A; 1TL8 A; 1O3T A; 3MN2 A; 3WU1 B; 3GTO J; 3MAJ A; 1I6H J; 1MMN A; 4NB5 A; 2H6C A; 1AWC A; 1BC7 C; 2WV1 A; 2VQH A; 1P4X A; 2VL8 A; 1CGP A; 2OTJ I; 1BC8 C; 1DUX C; 1XPX A; 4BXF A; 2PQ8 A; 2EZI A; 3PIO F; 3GEZ A; 4LJZ F; 1YIT I; 3BT9 A; 4HDV A; 2VPL A; 2CQQ A; 3GTL J; 4HAM A; 2R5Y A; 3W2A A; 3W6J B; 4XSZ F; 5DCM B; 2ZJQ F; 3HXL A; 1B8I A; 2J5O A; 1S7O A; 2HOT A; 3AL0 B; 3VB2 A; 3GF2 A; 1F9N A; 2H8R A; 1KYW A; 3KET A; 2ME0 A; 4XKC A; 2VBY A; 2FNP A; 4FT8 A; 5B5E C; 2KQR A; 4CZC A; 4J19 A; 1JJ8 C; 1BJA A; 3NAU A; 3QP6 A; 1XCB A; 2A68 F; 4JX5 A; 2FBI A; 3OL3 A; 2K7L A; 2K4J A; 3S1R J; 1MJB A; 2UXX A; 3D5R C; 1FNN A; 4BAC A; 3ZQG A; 3JRB A; 1K78 B; 4RB0 A; 2OQR A; 4YG2 F; 1BR4 A; 3HPH A; 3RZD J; 3TO7 A; 4E7J A; 2E2H J; 1JTX A; 1MJ9 A; 3BR1 A; 3OMY A; 4L0Z B; 3OIP A; 2P6S A; 4M71 A; 2V26 A; 4LMY A; 5LRR A; 3GFL A; 1UB9 A; 4KIS A; 2A6T A; 4RAG A; 1OR7 C; 5HDG A; 2N8G A; 1XSD A; 1JKQ C; 4L9N A; 1TQM A; 2HU9 A; 3L09 A; 4IF4 A; 1EF4 A; 2X6Y A; 3EUK L; 2O5R A; 2VQL A; 3FKJ A; 4BHB A; 1DU6 A; 2Z9O A; 3IH4 A; 4WXD A; 3V8J A; 4HX7 A; 2CW7 A; 3ZQH A; 1JUM A; 2CGP A; 5F0H A; 3ZMS A; 4C2U A; 4BE1 A; 5J40 A; 4PDK A; 2VOP A; 4DZJ A; 4RBO A; 2JA6 J; 4Y13 A; 1ETO A; 1W7P A; 3CJN A; 4FET A; 3E97 A; 4UVA A; 4DBR A; 4Y52 J; 1I27 A; 4UNO A; 4YIF A; 3KP4 A; 4AC0 A; 4A69 C; 5J47 A; 3PO3 J; 2LFB A; 2XHK A; 1Y0U A; 1VI0 A; 2GXB A; 5K7Z A; 3OYM A; 1J09 A; 1J2X A; 2DMP A; 4XK4 A; 2EZH A; 2V79 A; 4KUM A; 1QNT A; 5GP9 A; 4F93 B; 5CVJ A; 4I7H A; 1ZAO A; 4WCG A; 4LIV A; 3L9F A; 5KHD A; 1ZGW A; 1FSH A; 1DPR A; 1TTY A; 3LSG A; 2R7R A; 1FYM A; 4A3G J; 1R22 A; 2ISY A; 2JWT A; 1I6X A; 1BIA A; 2BY3 A; 1UG2 A; 3IHU A; 1OCR H; 5IOY A; 1Z3X A; 5JFR A; 3L2R A; 3WTW C; 3OYG A; 2QSG X; 2E1M B; 4HBL A; 5C4X J; 2BGC A; 2DMN A; 4NBQ A; 4BBR J; 3TOB A; 4GCV A; 3WGI A; 5TIS C; 3VPR A; 4MEY F; 1OCP A; 3O2P E; 2IS1 A; 1HKQ A; 1ITY A; 3ZQC A; 2IGM A; 1RET A; 5A2Q K; 2QQ9 A; 1YOV B; 3S3M A; 3BR0 A; 3CF5 F; 4IRI A; 5TRD A; 1Z3Y A; 5F08 A; 3EYY A; 4XLE A; 3V8K A; 4XKV A; 1EH7 A; 1TNT A; 1QHG A; 2PEX A; 2E7X A; 2FOK A; 3K70 D; 4HV6 A; 4KN4 X; 1BI1 A; 5CJ9 A; 2ESH A; 4D5F A; 3HC7 A; 4U87 A; 2XPV A; 3MKW B; 1OFC X; 5HVQ C; 2HXI A; 2ZB9 A; 2HI3 A; 3H3Z A; 4Y15 A; 1FWZ A; 2DN0 A; 3N05 A; 5F1J A; 1FYL A; 3BTI A; 3K0L A; 4E7Z A; 1Y1W J; 3ZPL A; 2KDO A; 1IZ1 A; 1BI3 A; 1I3Q J; 2E1C A; 1KA8 A; 1X1B A; 4KIG A; 2PG4 A; 3RKQ A; 2AXT C; 1X1A A; 4HX8 A; 4OWR B; 3BRO A; 4RAF A; 4CCJ A; 3SYT A; 2FMY A; 2IXS A; 4X6A J; 1LVK A; 5HLH A; 2DDB A; 3K4K A; 4HX4 A; 2PI0 A; 4OMY A; 3KZI C; 1ZKG A; 1SC7 A; 2Q0O A; 4CCL A; 4XQF A; 1YX5 A; 4D7M A; 5E8I A; 2XF5 A; 2DFH A; 5JVT A; 2YS9 A; 2O8X A; 4UY8 I; 3T1B A; 1LQ1 A; 1OYI A; 4ASN A; 4QSH A; 3COA C; 2L4A A; 4L5E A; 4IEJ A; 4LGW A; 4H4K C; 4U7B A; 1A04 A; 2BYV E; 5D6F A; 2IS4 A; 3CUQ C; 3GTK J; 2F4I A; 4M3B A; 4QPQ A; 1H0M A; 2YR2 A; 2L54 A; 5J8F A; 4GYG A; 1UCR A; 2K86 A; 3T8T A; 4BDY A; 1KQ9 A; 2BEO A; 2XC7 A; 4FX4 A; 4BEH B; 3DLL F; 5GAE J; 2BXY A; 4ZYD A; 3CC4 I; 3S1M J; 1A6I A; 2XRL A; 5CVV A; 4Q48 A; 1ZK8 A; 1IUY A; 2F2E A; 3MEX A; 3N4M A; 2KRF A; 4HV5 A; 2W48 A; 4GO1 A; 2VAS A; 2MLG A; 3G3Z A; 2BY1 A; 4B3X A; 3BR3 A; 4JQF A; 4RA2 A; 1CF7 A; 4IHW A; 3CO7 C; 2OUM A; 1HF0 A; 2J5P A; 3QP5 A; 1BN5 A; 2O3F A; 3ERE D; 3EUH A; 3I4M J; 4QWQ A; 2JMW A; 2PJR B; 3IH2 A; 5IT9 K; 2ZXJ A; 1X1P A; 2V1N A; 3K4J A; 4EGZ A; 4ENK A; 3HRT A; 2XF6 A; 2VBZ A; 4M6X A; 2X1E A; 3HBL A; 1W5C C; 4A0X A; 5IP7 J; 3E3V A; 2LBF A; 2VC0 A; 2RKH A; 1ONV A; 4B3A A; 4XRS A; 5HLI A; 2Y69 H; 5LLQ A; 3Q0U A; 3GFJ A; 1ORK A; 2W7N A; 2LR8 A; 2B0L A; 3FXU A; 3C7J A; 3REO A; 1Z91 A; 1HBX G; 3JAM K; 3PSI A; 2K9M A; 3GYH X; 4LFU A; 3RCO A; 5E3N A; 2VN2 A; 2HQN A; 1PP7 U; 2W57 A; 4CYD A; 4PSX A; 2OZ6 A; 1FBS A; 2M30 A; 4ZYH A; 2MC3 A; 5C3E J; 3J7Z I; 2L0K A; 2RV8 A; 2DT5 A; 4FE7 A; 4ZTJ A; 4EM0 B; 2JTV A; 3SDG A; 1TNS A; 1BI2 A; 1UHM A; 3H92 A; 1BOA A; 4S04 A; 2MSY A; 3DWL E; 4CZZ A; 5F04 A; 2Q8K A; 4PJM A; 1MDM A; 4NC7 A; 5IP6 A; 5DUI A; 2M3A A; 1UHW A; 2VXD A; 4LK0 F; 3BCA A; 5D5W B; 1XG1 A; 1SFO J; 1ZRE A; 2ZJR F; 5B3S H; 4ZJZ A; 4PGG A; 3SFI A; 1M1E B; 2OJE D; 3DFG A; 5E3M A; 4LLL A; 1TW2 A; 2DXI A; 3H1C A; 1TLH B; 5ICE A; 1IN6 A; 1OCC H; 2FNA A; 5FKM A; 2BY2 A; 3ZCO A; 4MEX F; 3JRD A; 2CUZ A; 4EMS A; 2UZK A; 4I0A A; 4BBS J; 2AHQ A; 3WG7 H; 4B09 A; 5C4J J; 4LG3 A; 3RSN A; 1XGO A; 3LWF A; 3A1Y A; 4QTR A; 3JRF A; 1T2K A; 2DK8 A; 2FJ1 A; 3LST A; 4DOZ A; 4IPA A; 2JRT A; 5IY5 H; 1MZB A; 2EQR A; 3BZ6 A; 2HDW A; 1P2F A; 1N25 A; 5HOD A; 1QA6 A; 1FMV A; 4LG0 A; 3ZMZ A; 4BQQ A; 2DA3 A; 5IP9 J; 3QPL A; 3C18 A; 2ZME C; 1D1C A; 1SD6 A; 1G3Y A; 3J81 Z; 1KU3 A; 2HYF A; 2B7E A; 3OYC A; 5M3M J; 1X3U A; 2OF7 A; 4WWC A; 1IUF A; 2LOO A; 3G4S I; 3BJO A; 4IZZ A; 1PUF A; 4XKW A; 3ASO H; 2CQN A; 3NQO A; 2M5W A; 1VQO I; 5HDN A; 1K4S A; 2MLK A; 4RDU A; 1QQI A; 4ENJ A; 4UUS B; 2BZT A; 2KHM A; 4UUT A; 4A6D A; 3L2Q A; 1SAX A; 1BOB A; 4P96 A; 3V8L A; 4M9X A; 3GFM A; 4OOI A; 4AVZ A; 2XGC A; 5IT9 Z; 4P5O A; 3CDL A; 1FX7 A; 4RGX A; 1OCT C; 2VT2 A; 3HDD A; 5KK1 A; 4A3J J; 1ZR4 A; 2NS0 A; 2X4H A; 5HLT A; 3B02 A; 2HQ5 A; 3I58 A; 3RDI A; 2DOD A; 4L9J A; 1J59 A; 3FXL A; 3FXM A; 3DF8 A; 1YQA A; 4I02 A; 2ELJ A; 2EIL H; 4XM3 A; 3JAM Z; 1GT0 C; 4WXH A; 2R93 J; 1MBE A; 1YLF A; 2R5Y B; 4XSX F; 2FQ3 A; 4II2 A; 2F5E A; 4EJW A; 3LOC A; 4U7D A; 1B8I B; 5ED4 A; 2I10 A; 3ECO A; 3HOU J; 3OS1 A; 3MMY B; 4KT5 C; 4JX4 A; 4XKB A; 1WRJ A; 5HNF A; 4HLY A; 1LFU P; 4CCN A; 3CCQ I; 4UVB A; 4P55 A; 1JT0 A; 1SMY F; 1ZHF A; 3BZK A; 3KP2 A; 2WY7 Q; 3LA7 A; 2FUG 2; 1MD0 A; 2LVS A; 2ME6 A; 1T08 B; 5J4Y A; 3ZQL A; 3C3W A; 1HCR A; 4LLN A; 1G3W A; 2OU2 A; 3PNY A; 2K9L A; 5F64 A; 3OY9 A; 3W2V A; 4X0G A; 4RGU A; 1ON2 A; 5KVR A; 5L3G A; 3GFI A; 2ZSI B; 1Z9C A; 2CRG A; 3D0S A; 5LHI A; 1U5T A; 3LQR A; 4V19 K; 3NEU A; 3ERM A; 2WAD A; 5FKK A; 4C3I J; 5DYM A; 1E3P A; 3GTG J; 3NWT A; 1MBF A; 1TQI A; 4ZYE A; 2JZY A; 4Z6Y A; 4A93 J; 3CCR I; 3WE3 A; 3ABT A; 2GXA A; 2BVM A; 4BY1 J; 2CU7 A; 5EZH A; 4BL0 B; 2V6E A; 2VKV A; 2QF7 A; 3CQZ J; 1SAU A; 1ZN2 A; 1P7J A; 2M7B A; 3HZJ A; 1T39 A; 3H0D A; 2DOF A; 3TW6 A; 2HYJ A; 4B47 A; 1K6O A; 1JUP A; 1TWC J; 2GA1 A; 5F1R A; 3CJR B; 2W00 A; 4IHY A; 1G3T A; 3JCU C; 4NNJ A; 1IN7 A; 1U3E M; 3ESW B; 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