The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
57
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structure length |
57
|
Chain Sequence |
IMQAKEDFKKMMEEAKFNPRATFSEFAAKHAKDSRFKAIEKMKDREALFNEFVAAAR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
High-resolution protein structure determination starting with a global fold calculated from exact solutions to the RDC equations.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Transcription elongation regulator 1
|
| molecule tags |
Transcription regulator
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
12
|
| structure length |
57
|
| sequence length |
57
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-05-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01846 | FF | FF domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | FF domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2LKS A; 1UZC A; 2JUC A; 2L9V A; 2KIS A; 2E71 A; 2DOE A; 2KFD A; 2K85 A; 2DOF A; 2KZG A; 4FQG A; 2DOD A; 2CQN A; 2KIQ A; 2B7E A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4EGY A; 3VEP A; 3K1P A; 3KET A; 3FHN A; 1TP4 A; 3V8J A; 2UUZ A; 2X9D A; 1ETX A; 2EPF A; 1JTX A; 1XSV A; 3SHF A; 1D5V A; 5JLW A; 3M3Y J; 1J9I A; 4OMZ A; 2M30 A; 3SFZ A; 3ABK H; 2BYV E; 3PNV A; 3TOB A; 4CDG A; 5FLV A; 3M1C A; 1B9N A; 4CZC A; 1T0F A; 4XOR A; 2ZSI B; 2ISZ A; 2A5Y B; 3GTL J; 2VB6 A; 2I10 A; 1H88 C; 4MQV A; 1QVT A; 1MND A; 3HHH A; 3I64 A; 3HB9 A; 2PMZ N; 3SXY A; 4PK4 A; 4XIC A; 2XB0 X; 4EJO A; 3SEQ A; 4XRM A; 2QEN A; 5CKT A; 1IXR C; 4HQE A; 3Q5F A; 1RR7 A; 3KP5 A; 2X48 A; 3LSJ A; 1HBX G; 2GQQ A; 2Y0M A; 2A6T A; 5DCF A; 1OR7 C; 5L3G A; 3CMY A; 2PN6 A; 2AQE A; 3J81 Z; 3FMS A; 4JQF A; 4BJ5 C; 4ASN A; 3I9V 2; 1G2H A; 3LA3 A; 5FKK A; 4UXN A; 5M5Y J; 3DF8 A; 2QWW A; 2M9H A; 2DO7 A; 2P81 A; 2MAB A; 1XGM A; 2KMU A; 2VQH A; 2JMW A; 2A6H F; 1IDZ A; 5BQT A; 1WJC A; 4ZDP A; 1GVD A; 5FJ8 J; 3LSG A; 2RQP A; 3K69 A; 1GVJ A; 1KU2 A; 2EFP A; 3DWL E; 5A2Q K; 4A3I J; 3F72 A; 1OCO H; 4AC0 A; 3OYF A; 4GDF A; 4XKV A; 2LKX A; 2HZD A; 2O03 A; 1ZG1 A; 4AM3 A; 4GRI A; 2EIJ H; 5BPD A; 3BTJ A; 3CUO A; 1FBU A; 3CLQ A; 5GAD J; 4ENJ A; 3GFI A; 1SAN A; 2Y30 A; 3NWS A; 1P7I A; 4MFE A; 3REO A; 2OBP A; 1KA8 A; 2NRA C; 3JSO A; 2HYF A; 4RAZ A; 4XKW A; 2J5O A; 2CMP A; 4KT6 A; 3J80 K; 4ZYD A; 3MD2 A; 2QKL B; 1QPM A; 3DLL F; 4D9J A; 2VKD A; 2RN7 A; 4Z6Y A; 5B5E C; 3E6C C; 4XLA A; 1EJ9 A; 1O3R A; 3ZMT A; 4A3E J; 3HRM A; 4NDL A; 2DA6 A; 2V9P A; 3RKW A; 2CV1 A; 1RUN A; 3KYL A; 3I4N J; 1JI8 A; 3HSF A; 1R49 A; 3HGY A; 1X3W B; 3ZQI A; 1YS7 A; 3HL2 A; 2HXO A; 1YRN A; 2X6W A; 5KNL A; 2V1N A; 2XUB A; 1B1B A; 3ABU A; 1F9N A; 1KQ9 A; 1VF9 A; 2BW3 A; 3HM5 A; 2XPU A; 2VJJ A; 4UV9 A; 2W25 A; 3QYF A; 2ZJ2 A; 2JA7 J; 3NAU A; 4UY8 I; 3ZP5 A; 2E60 A; 2L2O A; 1K6Y A; 2ZB9 A; 2YX4 A; 1PP8 F; 2Z5U A; 1UST A; 1JKO C; 4AIH A; 3RYR A; 2JK3 A; 5H6R A; 3V42 A; 1IRX A; 2Z16 A; 4FX4 A; 2R7T A; 3DEW A; 1JHF A; 2ZNZ A; 3DFG A; 1HDD C; 3K2Z A; 4BJT A; 3BG7 A; 3S1Q J; 3CUQ A; 1QGP A; 3KZY A; 5D5V B; 4IRI A; 4ESF A; 3LA7 A; 2M8E A; 4RGX A; 5IYC J; 5E3N A; 3A2K A; 1IN6 A; 5K5R A; 1APL C; 1HCR A; 4RLF A; 2WBM A; 3SDB A; 2R7X A; 1Z3Y A; 2HQR A; 2CWE A; 4CA0 A; 1OCP A; 3MQ0 A; 3O3K A; 2K86 A; 3OMY A; 3OYL A; 1DPR A; 5IT3 A; 3S3N A; 2HVR A; 2P4W A; 3K1N A; 1MJB A; 3H3U A; 2DOF A; 4OOI A; 3CZ6 A; 4HLY A; 3VPR A; 3QPH A; 4RB0 A; 2EK5 A; 3L2Q A; 2LP0 A; 4IO9 F; 4NHJ A; 1XGN A; 3HRU A; 3U2R A; 1X2M A; 5ICC A; 3HOZ J; 1HC8 A; 1YIJ I; 4A93 J; 4PJJ A; 1U0J A; 2XGC A; 3BPV A; 4RLQ A; 2HFH A; 5TRD A; 2Y31 A; 4FHT A; 1IW7 F; 1R4N B; 1EH8 A; 4EJW A; 1Y8R B; 2KJC A; 2MD0 A; 5TGT A; 2ZJR F; 4M9Z A; 1WWX A; 3OSF A; 2K40 A; 2XAU A; 3F8M A; 4GCV A; 2Y2Z A; 3S2W A; 2ZFW A; 5GAG J; 1YFH A; 3LFK A; 4X6A J; 3JRD A; 2QKM B; 1XD7 A; 3GBG A; 2K3F A; 2Q0O A; 1Y0N A; 4RS8 A; 4G6D A; 2FD5 A; 4B8X A; 4ZYG A; 1XN7 A; 2EB7 A; 4CCL A; 1RI7 A; 4FIS A; 5E18 F; 1BR4 A; 1B72 B; 2L01 A; 5DDG A; 4LJZ F; 3FKI J; 1P6R A; 1YS6 A; 1S7E A; 4BU2 A; 3IH4 A; 1Q1H A; 1WJ5 A; 4AUX A; 2VJ4 A; 2YU3 A; 4I0A A; 1OCT C; 4BHC A; 2E5Z A; 3IKT A; 3WG9 A; 3W3C A; 3H36 A; 4OIP F; 2P6S A; 4EAT A; 3WTV C; 3HPG A; 2W57 A; 3KFW X; 4I7H A; 4JP0 A; 4E6K G; 1O3S A; 3LSP A; 2VT3 A; 4L9V A; 1X1D A; 4DNC A; 2PX9 A; 4HBL A; 3GVA A; 1FOY A; 2XAQ A; 1VQ9 I; 1IXS B; 2ZFU A; 5C3E J; 1Y56 A; 2CW0 F; 1K83 J; 1W1W E; 2JPC A; 3DLA A; 4HDU A; 2M7A A; 2O3F A; 1V3F A; 5L3D A; 4BL0 B; 2R92 J; 4C3J J; 4DGW B; 1P7J A; 2LVS A; 1HKT A; 1ETW A; 2MBF A; 4PDK A; 1G8X A; 2A3S A; 3ASO H; 1FBQ A; 3OWT A; 1Z67 A; 3TP0 A; 1IUY A; 1F5T A; 2K9L A; 2XF7 A; 4A5M A; 1JUS A; 2HZT A; 2LBF B; 2OCE A; 4B1R A; 1WJA A; 2YX7 A; 5M5W J; 2PFB A; 4KIG A; 3E3V A; 1SD6 A; 3P9K A; 4AYB A; 5M5X J; 2NVX J; 1V4R A; 2MLK A; 1TNT A; 3K4C A; 1YHQ I; 4YFN F; 2XKP A; 5HNH A; 5F6F A; 3ZQF A; 5LLQ A; 2EA2 A; 3RZO J; 5GPA A; 3L2W A; 5DTD A; 4PFO A; 2JN6 A; 2COB A; 2KZG A; 1TZL A; 1W0T A; 4UB6 C; 4IQ4 A; 2FML A; 4FET A; 4RMN A; 3PUB A; 2F5C A; 3F9K A; 3VSK A; 2AQF A; 3WTX C; 5ED4 A; 2DA1 A; 2NVQ J; 2UXX A; 3H3V K; 3QP6 A; 2L7F P; 4KNY A; 3OYI A; 1S3J A; 2G9W A; 3OYK A; 3HTS B; 1ZG3 A; 4QWQ A; 5JHF A; 3S2H J; 5AIP A; 1MMA A; 2CG4 A; 3EUH C; 4Y7N J; 3SYT A; 5HOO A; 1MKM A; 2XB5 A; 4BQN A; 3WTW C; 2H1K A; 2VL8 A; 3PNT A; 2QEX I; 1ZKG A; 3L9F A; 1REP C; 4K2E A; 1X2N A; 1AU7 A; 2WAF A; 3W6K B; 1I1S A; 3GXO A; 2VPR A; 4JX5 A; 4CHU A; 2MGQ A; 3GW2 A; 2ELJ A; 4RAY A; 3Q9S A; 1O7F A; 1TT5 B; 2WAD A; 4RGS A; 1DU0 A; 2JA5 J; 3ABL H; 3CLO A; 2DQL A; 1FIP A; 3QP5 A; 5HS9 A; 3BJ6 A; 2O9L A; 5LHI A; 1SD7 A; 2L3D A; 5BPI A; 2I5U A; 4S05 A; 3M1E A; 2AS5 F; 5IT9 K; 3I71 A; 3LQR A; 3MKY B; 2R93 J; 4HX4 A; 4A3B J; 4NC7 A; 4DBR A; 5IP7 J; 2L9N A; 3C2B A; 2W48 A; 5J40 A; 3A0H C; 2RRE A; 2KIQ A; 1X1P A; 3H92 A; 1R6R A; 4B3X A; 5HDK A; 1B72 A; 2CV0 A; 3VB2 A; 3K10 A; 3K4K A; 1I6H J; 2UZK A; 4BBS J; 2VOD A; 3K0L A; 4QLC U; 4F55 A; 2IJL A; 3K1M A; 2Q2E B; 1SFE A; 2EIK H; 2X6X A; 4D5C A; 4ENM A; 2OZU A; 2EIL H; 2GOX B; 3KP3 A; 4JX4 A; 2HKX A; 4YEJ A; 5LHG A; 2BXY A; 1W7P D; 3T8R A; 1L0O C; 1MBG A; 2GM4 A; 3IV5 A; 3M8E A; 2KRC A; 3Q0V A; 4G6T B; 4KDP A; 3JTH A; 6PAX A; 3I0T A; 2RAE A; 4HX8 A; 1S7A A; 5E1X A; 4IHT A; 2W00 A; 2KJB A; 2UWM A; 1FOK A; 3KZZ A; 2CUE A; 3AG1 H; 3I55 I; 2V6C A; 1R9T J; 1E17 A; 5HVQ C; 3GX4 X; 4M3F A; 2Z33 A; 2WAQ A; 1A6I A; 2K27 A; 4FQG A; 3K4N A; 4F52 A; 4L0Z B; 2WTE A; 4AID A; 1DDN A; 5HS7 A; 2K4B A; 1NK2 P; 2Y75 A; 2DPU A; 5LFA A; 2FE3 A; 2OJE D; 1ZGW A; 1LVA A; 3JRH A; 1IGN A; 1FTT A; 2XPW A; 2LBF A; 3H9Q A; 3KEQ A; 3C2G A; 1MD0 A; 3OIQ A; 4PUS A; 3U21 A; 3B02 A; 2M87 A; 5ILV A; 5EG0 B; 1Z0X A; 4N4O B; 4Z2Y A; 2IS1 A; 4U0W A; 1IN4 A; 3UNG C; 4A0X A; 1TQI A; 4HNV A; 1QVU A; 3V7S A; 2JRM A; 3VSL A; 2VKH A; 4WCG A; 4MIM A; 2P7V B; 5A2Q Z; 2HDW A; 2LY9 A; 1MBF A; 3GTQ J; 1WI3 A; 4FAS D; 4CYC B; 4XSX F; 2HTJ A; 3KLO A; 2VPL A; 1BL0 A; 1GV2 A; 1FC3 A; 4IHY A; 2EQR A; 4XR6 A; 3FBN B; 3EET A; 1YTY A; 3LSR A; 3S14 J; 1MMS A; 2VBY A; 3ZQ7 A; 2X1D A; 4A0Z A; 4DYQ A; 4F7Z A; 3CDL A; 4ZH4 F; 2CQN A; 3LST A; 2XSD C; 4XNF A; 1MBK A; 4LMY A; 1G3T A; 1PUF B; 2CU7 A; 2PEX A; 4CGZ A; 4XKC A; 1JKP C; 1WH5 A; 4GYG A; 5F08 A; 3IHU A; 4EEF G; 3CJQ B; 3J80 Z; 4XLP F; 1Y0U A; 1TL8 A; 4I02 A; 1YJN I; 1S8N A; 3DQV C; 3RCO A; 4WK8 F; 4O5V A; 2TRT A; 5FRO A; 3JRE A; 2R7S A; 5JVG F; 4YG2 F; 4KN4 X; 2HYG D; 2H94 A; 2EFN A; 3KEY A; 3BDD A; 3Q0U A; 4IRG A; 1ZLJ A; 4M9S A; 2DA4 A; 1WGX A; 4XKB A; 4QPO A; 3LFU A; 2CQK A; 2PJR B; 1DGR M; 4HW0 A; 3I56 I; 5LBQ A; 4OWR B; 1N77 A; 5GAE J; 3PM1 A; 5D8L B; 4CYD A; 4H0E A; 2E2H J; 3ZMV A; 3K9T A; 1B8I B; 2MLG A; 3FKJ A; 1U2W A; 4ZZD A; 3QAH A; 1ULY A; 4V2G A; 3QQA A; 1RC9 A; 3HXL A; 5EYR A; 1FEX A; 1IUF A; 1Y6I A; 3GZ5 A; 5JHU A; 5DYM A; 4A3J J; 4Y33 A; 3SDG A; 1BI3 A; 3MKL A; 1ZEL A; 2JRT A; 3F6O A; 4A12 A; 3F0C A; 4IQJ A; 1GLN A; 2Q2E A; 5DUK A; 1W36 C; 2OU2 A; 4OIO F; 1HQC A; 4BEH B; 3ZR8 X; 4DYC A; 2LTP A; 3FXJ A; 3IRQ A; 4W1U A; 1UHS A; 5LGN A; 1IJW C; 2VBX A; 4A2U A; 2QQ8 A; 5J6X A; 2A68 F; 4DIQ A; 4UV8 A; 4U0Y A; 2BE5 F; 2LY1 A; 3GO5 A; 2IGM A; 1IN7 A; 4XLN F; 4LLN A; 1WKM A; 2LMD A; 3GTM J; 3K7A J; 4BS9 A; 3S1M J; 4XRF A; 3DXJ F; 2NAZ A; 1LEB A; 4IEJ A; 2DCE A; 1PP7 U; 4XON A; 4M3G A; 1SC7 A; 5BS6 A; 1X4P A; 3CJR B; 2L54 A; 3I3L A; 1WCM J; 2OTJ I; 1XMA A; 1S7O A; 2HWV A; 3A01 B; 1OYI A; 2LY2 A; 4C2T A; 5F04 A; 1JJ8 C; 1WJD A; 2HOA A; 4NQW B; 2IS4 A; 1UZC A; 4AYB N; 4BXF A; 4P55 A; 1HST A; 1IV6 A; 4LB5 A; 2MA3 A; 1T39 A; 4XSZ F; 1RES A; 2NNN A; 2BEO A; 3IAS 2; 4IL6 C; 3TBI A; 3ERM A; 3HOT A; 2R7W A; 5HOD A; 1R4M B; 5LEJ A; 4IHX A; 1ON1 A; 4OU0 A; 2DI3 A; 5EG0 A; 4YFX F; 1JJ6 C; 1K78 B; 3IWZ A; 2F4M B; 2M7B A; 2W84 A; 2DA2 A; 5BOX A; 1E3H A; 5CPR B; 1A31 A; 2K5C A; 1ERD A; 3FK7 A; 1EA3 A; 2FEZ A; 3TMO A; 4YIR X; 2PBI A; 4A5N A; 2ZME C; 2DBB A; 4YIF A; 3JRC A; 2UXN A; 5F64 A; 3R0J A; 4HV6 A; 4CYC A; 2OTL I; 4RGU A; 1V55 H; 4OIR F; 1Y8Q B; 4HA8 A; 2BVM A; 3HOU J; 2R7Q A; 2XGX A; 4LGW A; 2W1O A; 2HEO A; 2E1N A; 2DDB A; 5CQE A; 2GBY A; 1QHG A; 3MKZ A; 2OQR A; 3N4M A; 1PUF A; 3MWM A; 3HKZ A; 2NVT J; 4LD5 A; 1A6Q A; 3PJR A; 3T0Y A; 4ZJZ A; 5H2F C; 1ENH A; 1ZGA A; 4AIK A; 1IN8 A; 4BDY A; 3R60 A; 4XN3 A; 4GXO A; 1SFK A; 1F36 A; 4EM1 A; 1MH4 A; 3KCC A; 5IYD J; 4Q47 A; 3CCU I; 1YW9 A; 3J7Z I; 1ZAR A; 3HOV J; 2EV5 A; 1V5G A; 3V7C A; 4HX7 A; 5E3M A; 1R7J A; 1LNW A; 1FIA A; 3CCV I; 2KP6 A; 2ZO4 A; 1PDN C; 4BAY A; 2FU4 A; 2CFO A; 2OV7 A; 4PZJ A; 2ELH A; 3OR1 C; 2KZV A; 4CZZ A; 2PJR A; 5CVU A; 2X51 A; 4LOC A; 1PUE E; 1KU7 A; 1NG7 A; 1J5Y A; 1X1B A; 4UVA A; 3I5U A; 4MEY F; 1MW7 A; 3L2R A; 1B8I A; 2IAI A; 2MFZ A; 3WTZ A; 5K1Y A; 2CO5 A; 3CP8 A; 3OSG A; 2MG4 A; 1R00 A; 1ZN2 A; 1X19 A; 3BG6 A; 1TWC J; 2NOG A; 3G4S I; 2L0K A; 2VJ5 A; 2L02 A; 3HUG B; 4UNO A; 4BEH A; 1MSF C; 3DKY A; 1RNL A; 5L3F A; 4ZDO A; 4I99 C; 3F8F A; 1FY7 A; 4IKF A; 1SMT A; 1JKR C; 5HS8 A; 1V54 H; 3FMQ A; 1Z6T A; 4E7I A; 3GUD A; 4GO1 A; 4J00 A; 2DK5 A; 4HOB A; 5D5X B; 4Y4R A; 2HOT A; 3G1M A; 2GXA A; 1GUU A; 1LFP A; 3K70 C; 3TO7 A; 4RB3 C; 2FBK A; 3HC7 A; 4IZZ A; 1XG1 A; 4G12 A; 2FNA A; 4XLC A; 5L3B A; 2XAG A; 3BR0 A; 2RQQ A; 2VE8 A; 2HVQ A; 1OMI A; 2QGU A; 3S93 A; 4I09 A; 5JLX A; 2W85 A; 3S3O A; 4XQF A; 1J75 A; 3A01 A; 4I2O A; 2K9Q A; 4XID A; 2HS5 A; 1BC7 C; 5E8I A; 2XRL A; 3TED A; 2JSC A; 1ACI A; 2JA2 A; 3IWF A; 1SD5 A; 1HDP A; 4EVI A; 4M6V A; 1U9N A; 1F43 A; 1VI0 A; 4Y3O A; 1DU6 A; 2BOL A; 3FIS A; 3IC7 A; 1J09 A; 3DCF A; 1WJF A; 2JZY A; 1PYV A; 2R5Y B; 1U3E M; 4I0B A; 2L5Q A; 1FBS A; 3ZCO A; 2Y69 H; 1BJA A; 3IH3 A; 1USS A; 3BY6 A; 4EM0 B; 1K78 A; 3WGH A; 3K4B A; 2B9S A; 3WTT C; 3H1C A; 3V4G A; 3MN2 A; 3ML6 A; 1KQ0 A; 3GTK J; 1GV5 A; 5TJJ A; 4E70 A; 2ISY A; 5HLI A; 2YPR A; 1LFB A; 1IV8 A; 2XF6 A; 1XC5 A; 2NS0 A; 3RTR A; 3CO6 C; 4RAG A; 3HZJ A; 3ZN1 A; 3CC4 I; 3O6B B; 2P8T A; 3GFJ A; 3VOD A; 2ECC A; 1D0X A; 4U7B A; 1OLT A; 1TW2 A; 4RB2 C; 4A3K J; 1U8B A; 4CIC A; 3LMM A; 5EEA A; 1RET A; 3U9G A; 5IT9 Z; 4BXX J; 4BQO A; 5J8F A; 3K6G A; 3F8B A; 5B66 C; 2MW8 A; 2ID6 A; 1RKW A; 4LB6 B; 4L9T A; 2M4K A; 3NRV A; 1I27 A; 4M6Y A; 2HKO A; 4L5I A; 1K61 A; 3EDP A; 1ETO A; 5FRN A; 4E7Z A; 2B0L A; 3KP6 A; 2ZXJ A; 5BMZ A; 4I6Z A; 5J3L A; 1X58 A; 2LKS A; 2WB1 N; 1MJ9 A; 4S04 A; 1Z77 A; 2VQL A; 1UHW A; 3ZQC A; 2WY8 Q; 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