The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
|
sequence length |
75
|
structure length |
75
|
Chain Sequence |
NALVEDFERELGRMLSPFELEDLQKTVSDDKTDPDLVRSALREAVFNGKTNWNYIQAILRNWRHEGISTLRQVEE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of DnaD-like replication protein from Streptococcus mutans UA159.
rcsb |
| molecule keywords |
DnaD-like replication protein
|
| molecule tags |
Replication
|
| source organism |
Streptococcus mutans ua159
|
| total genus |
29
|
| structure length |
75
|
| sequence length |
75
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-11-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | DnaD domain-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2ZC2 A; 2I5U A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4HW0 A; 1FOY A; 4BE1 A; 1Y0N A; 2FA5 A; 4XRS A; 1HKT A; 3X2Q H; 1STZ A; 2GXG A; 2XC7 A; 4MFD A; 1S72 I; 3J7A Y; 3O8G A; 4KIT B; 3CCR I; 4B47 A; 3T0Y A; 3PQJ A; 4HNT A; 5HS9 A; 3TP0 A; 2L9S A; 2R7S A; 2RGV A; 5E79 C; 4CDG A; 3WTX C; 4GO1 A; 4CO8 A; 4EM2 A; 3A02 A; 2ZNZ A; 2L7K A; 3F21 A; 1ZG5 A; 3BCA A; 3M9A A; 4GXO A; 1FY7 A; 1HKS A; 1SVL A; 4P55 A; 2R7Q A; 2KKO A; 3LSR A; 1YJ9 I; 4HV5 A; 5EEH A; 5A2Q Z; 4ZH4 F; 4PDK A; 1BR4 A; 3DWL E; 3NWS A; 1WZ2 A; 1D5Y A; 1WFX A; 3QOP A; 4BGD A; 2I8D A; 3OYF A; 1SFE A; 1MMG A; 2CUJ A; 4B8X A; 2VQG A; 1KU7 A; 2YS9 A; 2W57 A; 2EK5 A; 4LG0 B; 3EYY A; 4XIC A; 2JSP A; 2E5Z A; 1P92 A; 3OS1 A; 2X6O A; 4ENM A; 3OS0 A; 2UXN A; 3M1C A; 5FKN A; 4RAF A; 3KE2 A; 4EAT A; 1TWF J; 1ERD A; 1I5Z A; 4Y52 J; 1LE8 A; 4NC7 A; 2LY1 A; 3WG9 A; 2HVS A; 1MSE C; 3A1Y A; 1G3S A; 3EUK L; 5ICF A; 3PO3 J; 2R7X A; 4F7Z A; 3K4L A; 2R92 J; 3CCY A; 1LVA A; 2CRG A; 2DDB A; 1F43 A; 4J00 A; 2FE3 A; 1MMN A; 1QHG A; 2VAS A; 2VE9 A; 2OTJ I; 3L1P A; 4HV6 A; 4IRH A; 4RB3 C; 2HOT A; 2YPR A; 1HDD C; 4BAY A; 3VYU B; 2BW3 A; 2XAQ A; 5GPC A; 3FBN B; 2RKH A; 3DTK A; 3P9K A; 4I99 C; 1OCO H; 3JSO A; 4PJN A; 2JJ7 A; 3HSE A; 3HDD A; 4A3E J; 4A93 J; 5JHU A; 4BXX J; 3P9I A; 3FXR A; 2R5Z B; 1LDD A; 2OAZ A; 3V8L A; 2EFQ A; 2RQQ A; 2FD5 A; 3BR3 A; 5H6R A; 1X1A A; 2RDP A; 5FLV A; 2IT0 A; 5IYB J; 1J9I A; 1EV7 A; 2HI3 A; 4XM3 A; 3I59 A; 5BPD A; 4Y15 A; 2LR8 A; 3MZY A; 1Z6R A; 2XDV A; 4Z6Y A; 1P2F A; 3HRM A; 1B9M A; 4PJJ A; 1KZH A; 4BBR J; 2BV6 A; 4D5C A; 4XOT A; 1QBJ A; 3RDI A; 1IRZ A; 1WJA A; 1AKH B; 5H6Q A; 4HX8 A; 2B63 J; 1YX3 A; 1Z3Y A; 3BLY A; 3SZG A; 2Z1D A; 4IRI A; 2MG4 A; 3FZV A; 3J7Y J; 1D0X A; 4E7K A; 1X4O A; 4XR6 A; 1T95 A; 3S1N J; 4A3F J; 4FTH A; 3OYL A; 1QGP A; 5BMZ A; 3WG7 H; 5F64 A; 2E7W A; 3TOB A; 1S7E A; 2R7D A; 3A01 A; 2EA4 A; 1ETO A; 2EIM H; 1DU6 A; 3HTU A; 1RET A; 2MC4 A; 2VT2 A; 3CTA A; 3KIO A; 5M3M J; 2P81 A; 1EH8 A; 2LFB A; 1MJ9 A; 1TTY A; 3A0B C; 3V8K A; 1KYW A; 2D45 A; 1TWC J; 5D8K B; 3OYG A; 4EJW A; 4E7H A; 3MKL A; 1G6N A; 2JA2 A; 4U0Y A; 3DKW A; 2CV1 A; 4BUP A; 4DZJ A; 2LSO A; 4R1H A; 3M4O J; 3S15 J; 4CYC B; 2UWM A; 4ZC3 A; 2RRE A; 1LNW A; 2E60 A; 3GLX A; 1JKQ C; 2Y31 A; 2GOX B; 3ERE D; 3IL2 A; 2Q8K A; 5D5W B; 1RUN A; 1W4M A; 3HRS A; 4HSR A; 4KT5 C; 5BS6 A; 3WTU C; 1FPQ A; 5LBQ A; 1K79 A; 2F48 A; 4CCK A; 4ESB A; 1FWZ A; 1NTC A; 1TQP A; 2M45 A; 2M4K A; 3BZK A; 5FD5 A; 4EJU A; 1BR1 A; 4MLO A; 4ETS A; 1W1W E; 2OTL I; 5IOY A; 3GTO J; 1TT5 B; 1W36 D; 3QOE A; 3E97 A; 1MND A; 1J7K A; 5IT9 Z; 5D4S A; 5FJ8 J; 1XPX A; 1K6O A; 1FLI A; 4C3I J; 4BE2 A; 1JUS A; 2PJP A; 3MKZ A; 4L5E A; 4A3D J; 1S7A A; 3VPR A; 1AHD P; 1SVO A; 1VQ5 I; 1MH3 A; 1BJZ A; 4RDU A; 2HXI A; 4DYR A; 5DUI A; 1FSH A; 1Z6T A; 4N4O B; 1YOV B; 3SYT A; 2P4W A; 2LC2 A; 4QPQ A; 4CCN A; 3NQO A; 2NNY A; 4ITV A; 3FXJ A; 5CQE A; 3G73 A; 2XB5 A; 3G71 I; 2BY3 A; 5KNL A; 1MW7 A; 1MMA A; 2X85 A; 4HOB A; 2FNA A; 4HF0 A; 1Y1W J; 2R7W A; 4CCL A; 1YYV A; 1P7I A; 2HFH A; 4PJM A; 3B6C A; 5JVG F; 3CP2 A; 5FRM A; 2N8G A; 3C2H A; 4EM0 B; 3H9J A; 1TWH J; 2MW8 A; 2LRD A; 1WKM A; 2L7F P; 3KPH A; 2RC4 A; 2XRO A; 1WJF A; 2M7B A; 3MKY B; 2MBF A; 2EFW A; 2LKX A; 2JA7 J; 1PP7 U; 2G7H A; 4PUS A; 1ZR4 A; 2AO9 A; 5JI6 A; 4YIR X; 4BQN A; 4D9J A; 1FTZ A; 1B4A A; 1XG1 A; 3BQZ A; 1S8N A; 2GOM A; 3ZCO A; 1YIJ I; 1ENH A; 4LK1 F; 3JRC A; 4ENJ A; 4YII A; 3HXL A; 2OV7 A; 2HEO A; 5JR3 A; 2Q1Z B; 3FWE A; 4IHS A; 1UJ8 A; 5DS9 A; 2CW7 A; 1GDT A; 2KRC A; 3JRE A; 4KMU X; 3CQZ J; 5ERI A; 1LPQ A; 1FTT A; 2BOL A; 4BY1 J; 4IPA A; 1WH7 A; 2JMW A; 1S5L C; 2ISY A; 4CIC A; 1OJL A; 2BY2 A; 2YU9 J; 3SJM A; 2KIU A; 1H88 C; 5JHF A; 2MD0 A; 1ZGA A; 4R79 A; 4HDV A; 4MTD A; 2EV0 A; 2DO7 A; 1IN6 A; 3LFK A; 2M0C A; 1UHM A; 4BDZ A; 3RTR A; 2MH9 A; 2QUF A; 3C3W A; 3K1P A; 3GW2 A; 4I76 A; 4IJA A; 1NH3 A; 5M5W J; 2VIX A; 5C4X J; 2W84 A; 3J80 K; 3JW4 A; 1LFU P; 2GQQ A; 4LFU A; 2MC3 A; 5F1R A; 3CCV I; 5J1Y A; 2O61 A; 5JLW A; 3ZN0 A; 1MSF C; 2HDW A; 1OCZ H; 1XMA A; 1LVK A; 1RKW A; 2B7E A; 2EV5 A; 2IA1 A; 2VJI A; 3HRT A; 3L09 A; 3G4S I; 3IH3 A; 2CQ7 A; 1W5C C; 3V8J A; 5IT3 A; 3CF5 F; 4UVA A; 3ZXS A; 2CU7 A; 2GWR A; 2K5C A; 1LQ1 A; 3CC4 I; 4NHJ A; 3F8F A; 2L2O A; 2JVH A; 3UNG C; 3DF8 A; 3BG5 A; 3DV8 A; 4L18 B; 2EZI A; 2LBF A; 3ZGK A; 3ZRG A; 2LRE A; 3GBG A; 2HDD A; 3ABM H; 3N4M A; 1O3Q A; 3P5J A; 2CQK A; 1IUY A; 2FQ4 A; 3TP3 A; 4IQJ A; 4QSH A; 3OR2 C; 4EV0 A; 1R71 A; 4Y7N J; 1N75 A; 3PSF A; 4HAM A; 5EF6 A; 2CV0 A; 3FMR A; 2NS8 A; 1BI3 A; 3KFW X; 2HTJ A; 1IXR C; 2PJR A; 5FLX K; 2QWW A; 3DFG A; 3AG4 H; 5FFX A; 1W0U A; 2BVM A; 2HXO A; 4KIG A; 3MZ8 A; 1Z1D A; 1YE9 A; 3EYI A; 3OYE A; 2LMD A; 2EFP A; 1JE8 A; 2LOO A; 4A3I J; 5ILS A; 2V9P A; 2CO5 A; 4FAS D; 3BCB A; 2DFH A; 3GEZ A; 3DLL F; 3KYL A; 2ID6 A; 1YRN B; 3CCS I; 1T33 A; 1YW7 A; 3OY9 A; 5KVR A; 5LFA A; 1WH5 A; 1DDN A; 3A01 B; 4BH9 A; 5FD6 A; 3M3Y J; 4HQE A; 2TDX A; 3N05 A; 3CF2 A; 3R4K A; 4A69 C; 3R6S A; 3HHH A; 3K0L A; 3GX4 X; 2DXI A; 4AUX A; 1K6Y A; 1WVR A; 1Y8Q B; 5EJC A; 2HYG D; 4XSX F; 2ETH A; 2TCT A; 2R4G A; 2NRA C; 1SFX A; 4XLF A; 1EA3 A; 4ZZD A; 1FBQ A; 3FIW A; 2FNP A; 2OC6 A; 3HRU A; 4BL0 B; 2JQ7 A; 4A3J J; 2M2E A; 3R0A A; 5GP9 A; 4TV7 A; 6PAX A; 5E17 F; 2DYR H; 2OJE D; 1V5E A; 4X1E A; 3ELK A; 2NVQ J; 4BEH A; 4XLN F; 2M30 A; 3S16 J; 2ELH A; 1J5Y A; 5EEA A; 4WK8 F; 3J7A O; 3OIO A; 3CCE I; 4XKB A; 3ZPL A; 2ESN A; 3NRV A; 2B9S A; 4BQA A; 2VBZ A; 2NVY J; 3CUQ B; 4HBL A; 2QKL B; 1R9T J; 2ZXI A; 1YHQ I; 4J19 A; 5L3B A; 1L3L A; 4A5N A; 4I02 A; 1LB2 A; 2XF5 A; 1PJR A; 2KRF A; 1SEU A; 1Y56 A; 2O7O A; 2XAH A; 3WTY C; 3SXY A; 1N25 A; 3ZMD A; 1XS9 A; 2EIK H; 1JUM A; 1UCR A; 3G3Z A; 1BIA A; 1WJD A; 1O4X A; 3LOC A; 2CV2 A; 4IL6 C; 3D1N I; 4RB1 A; 3SEQ A; 2WA0 A; 3BZC A; 3FHZ A; 3K6G A; 2UV1 A; 4G6Q A; 3IRQ A; 1RKT A; 3H92 A; 3WE3 A; 4HLY A; 2QCO A; 4EJO A; 3S2D J; 1W36 C; 3ZMZ A; 4PK4 A; 1O7L A; 2W82 A; 1HCR A; 3E5X A; 4MNU A; 2Y2Z A; 2DDA A; 3Q9S A; 4FX0 A; 2G9W A; 4ZDL A; 5B1A H; 4YFX F; 3D0S A; 4PSX A; 1O3S A; 1OMI A; 1PUE E; 3PQK A; 2GXB A; 1BM9 A; 2EIN H; 4YFK F; 1LFB A; 4RGX A; 2E5N A; 5E3M A; 2L54 A; 1QU3 A; 3J81 K; 3S14 J; 5LD2 C; 3MZH A; 4LG0 A; 3LAJ A; 3FIS A; 3S3M A; 1OYI A; 1REP C; 3CCL I; 2QQ9 A; 3BJO A; 5DCF A; 2KIS A; 3TDU C; 3LSM A; 2AHQ A; 3CDH A; 3J80 Z; 5ILU A; 1T2K A; 4E6K G; 1KQ0 A; 2FMY A; 1MKM A; 2KZV A; 3M8F A; 3A0H C; 2IVM A; 3H3Z A; 3DQV C; 4JX5 A; 5HNH A; 2HQ5 A; 2MFZ A; 1JGG A; 3FXQ A; 4JBA A; 2K9S A; 1IV6 A; 5LHG A; 2MSY A; 3G1O A; 4LOC A; 2OU2 A; 3M8E A; 3VFZ A; 2KL4 A; 3F8B A; 2L9R A; 1XN7 A; 2R7O A; 4QWQ A; 4Y4R A; 2LKS A; 4KIS A; 1EJ9 A; 2O6G E; 2EH3 A; 2DA1 A; 1RR7 A; 4DQ2 A; 1O57 A; 2DQR A; 1BA5 A; 1FMV A; 2HS5 A; 4DIQ A; 1T6S A; 2CW8 A; 3B02 A; 1F36 A; 2HKO A; 2JSC A; 2LLK A; 4ENK A; 4BAC A; 1X1B A; 2KT0 A; 2R7T A; 5IP9 J; 1NK3 P; 1SMT A; 5M3F J; 1HQC A; 3OYI A; 2R5Z A; 1IN7 A; 3H5A A; 1GHC A; 1QPM A; 4L5J A; 3K10 A; 1U78 A; 4IOC F; 2NS7 A; 1K4T A; 5F6F A; 1IXC A; 2WY7 Q; 4AD9 A; 4L9T A; 1JHF A; 3W3C A; 3ABL H; 3K1M A; 1YS6 A; 4II2 A; 5GAE J; 3FF5 A; 3SZT A; 1Y8R B; 5CVU A; 1Z67 A; 1VQ7 I; 3R60 A; 5GPA A; 3F23 A; 2WAF A; 3D5R C; 3HOS A; 5EZG A; 3MMY B; 2R5Y B; 2NYX A; 2VJ4 A; 5FLX Z; 1AKH A; 1Q1V A; 3EDP A; 1FP1 D; 1QVU A; 2L9V A; 3ISP A; 3E6D A; 1XD7 A; 5BPI A; 2IGK A; 2XAU A; 5CVI A; 3ECO A; 3TKY A; 2WB1 A; 1EF4 A; 4PFP A; 1W5S A; 2Y0M A; 3PFI A; 2YUS A; 3GUD A; 2V4J C; 3OYB A; 3F0C A; 1ZYR F; 2HKX A; 3MWM A; 3ZMT A; 4G7H F; 5CVV A; 3JTG A; 1ZRE A; 1EH7 A; 3WHB A; 2DQL A; 3BP8 A; 1BJA A; 1XSX A; 3GME A; 3LMM A; 3RYR A; 2JZY A; 4CUG A; 1SC7 A; 3W2W A; 4CYC A; 2XGC A; 4E7J A; 3GYH X; 3K4C A; 2VJ5 A; 3R61 A; 4H4K C; 2LY2 A; 1JT6 A; 5DCM B; 1FOW A; 1YG2 A; 4G94 A; 1MMS A; 4Q4Z F; 2ZCW A; 3TDZ C; 3WGH A; 2W1O A; 3HIF A; 3I5U A; 3G2B A; 4HF1 A; 5L3G A; 2WTE A; 2DCE A; 2E1M B; 2HQN A; 3HSF A; 3H3V K; 2EJR A; 1HDP A; 1RES A; 4YEL A; 3RIR A; 4II3 A; 3PUF A; 3TL4 X; 4DW6 A; 2V6E A; 3SQN A; 1POG A; 5DD4 A; 5H20 A; 2ZJR F; 1TWG J; 3AG2 H; 2CS3 A; 4L5I A; 2WBM A; 4RB0 A; 4HZF A; 3TW7 A; 4KNY A; 1YFH A; 1XMK A; 2K9L A; 3RSN A; 1QRY A; 1HOM A; 1IRG A; 1KQ8 A; 1U9O A; 4EEF G; 4A0X A; 4HST A; 1SMY F; 1X3U A; 1UMQ A; 1I50 J; 2E1C A; 2OQG A; 4A0Z A; 3ABT A; 2K02 A; 1CF7 B; 1YI2 I; 3K70 D; 1JUP A; 2BHZ A; 4FE4 A; 4EQQ A; 2R7Z J; 4QLC U; 2QSF X; 3IRR A; 2LP0 A; 2LK2 A; 2AS5 F; 2DU9 A; 3FXO A; 2VI6 A; 2ZFW A; 3G1M A; 1XCV A; 2M3A A; 2A68 F; 2PBI A; 2X4H A; 2QEN A; 1ZRF A; 2E71 A; 1IG7 A; 2CJJ A; 3HOV J; 2HNH A; 2DA4 A; 4XNF A; 3ZMS A; 5HDK A; 1XC5 A; 3J81 Z; 2JUG A; 4ZYE A; 1A04 A; 1YLF A; 2VB6 A; 5J8C A; 1JHH A; 1BC7 C; 3D5S C; 4QTR A; 3VB2 A; 1GV2 A; 2MD5 A; 1U8R A; 4PSW A; 4P9U A; 1CQT A; 3PUB A; 2F4O B; 1WGX A; 2X48 A; 1NG7 A; 2VE8 A; 2FBI A; 3GO5 A; 3FX3 A; 3F6V A; 3L2W A; 2JA5 J; 4GDF A; 3KLN A; 5ICG A; 1LKX A; 4WXH A; 3IV5 A; 2V9K A; 2ZB9 A; 1IW7 F; 2X9D A; 2HQR A; 2E35 A; 2LNB A; 4IF4 A; 2Z33 A; 2ZNY A; 3BT9 A; 4E7I A; 3K4J A; 5AIP A; 2W48 A; 1O3T A; 3BY6 A; 3PNY A; 3TGN A; 3ABU A; 4CZZ A; 3MEX A; 1JKP C; 1RPW A; 4OIR F; 2Y30 A; 5J1U A; 1N78 A; 3ERM A; 1WRJ A; 4OIP F; 4IHY A; 1R00 A; 2FF4 A; 1TBX A; 3NAU A; 3WHC A; 1XSD A; 4RM3 A; 2Z5U A; 1B8I A; 5HS8 A; 5IYD J; 1YIO A; 2IA0 A; 2P8T A; 4LK0 F; 1FEX A; 1S3J A; 2EPF A; 4BYY A; 3VYT B; 1JJ8 C; 5GTH C; 4UUS B; 1QZE A; 2DI3 A; 4EMS A; 3O2P E; 2IGO A; 2VQL A; 1X58 A; 4OAY A; 2PMZ A; 1WQ2 A; 1R5I D; 3ML6 A; 4XLE A; 1K7A A; 1NHA A; 2VKD A; 1JJ6 C; 5KAF C; 1VQ6 I; 1Y39 A; 2EB7 A; 2K3P A; 1J59 A; 2XGD A; 3KP3 A; 5FFZ A; 1BW6 A; 2Q2E B; 3GLL A; 1MBE A; 3QRF F; 1I6H J; 3RCO A; 1I1G A; 1TNS A; 1I39 A; 2HPM A; 1ZTR A; 3FHN A; 4E7Z A; 3WTT C; 2KIF A; 3ZOB A; 3HOY J; 3BG7 A; 3CES A; 4IXA A; 1MDM B; 2A6H F; 2XPV A; 4F55 A; 1G2H A; 2MLG A; 4M3F A; 1IDY A; 5ILV A; 2JUC A; 3CO7 C; 2VKE A; 3SDB A; 3JRI A; 4I98 B; 1OPC A; 2WAQ A; 4KFC A; 3KET A; 4OAZ A; 1F4K A; 4WCG A; 2Y48 A; 4CHU A; 3L2U A; 2IJL A; 4BHC A; 2WWY A; 1N77 A; 4IX7 A; 1MIJ A; 1A35 A; 3LA2 A; 3M8J A; 2DT7 B; 3HG9 A; 4RB2 C; 4AWX B; 5LRR A; 4S05 A; 2F5V A; 1H8A C; 1LEB A; 1X2N A; 2HGC A; 3CUO A; 1WHU A; 5IOZ A; 2P5V A; 3DEE A; 1K61 A; 1HLV A; 4L0Y B; 5B5E C; 4RAG A; 2HOS A; 2VUM J; 4NQW B; 4EJT A; 1YRN A; 5LRS A; 5DUK A; 5K5O A; 5KK1 A; 2VKV A; 1PUF B; 3IKT A; 2GM4 A; 1QA6 A; 1IF1 A; 3DPT A; 2XV4 S; 1RUO A; 2DOA A; 4J01 A; 1XSV A; 2ACJ A; 1MBJ A; 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